Существует ряд недостатков, снижающих применяемость рейтинговых оценок при определении финансового состояния коммерческих банков. Хотелось бы выделить основные:
Остаётся незавершённой проблема достоверного отражения финансового состояния банка в балансе. Существующие сегодня пробелы в финансовом законодательстве, несовершенство ведения бухгалтерии, а также не сформировавшиеся до конца правила поведения банков на рынке не позволяют в полной мере доверять их финансовой отчетности. Несколько сгладить эту проблему позволяет использование экспертных оценок, корректирующих формальные результаты расчетов. И такие оценки в той или иной степени сегодня действительно используются в каждой из существующих методик рейтинга. Однако формализовать мнения экспертов и выработать усреднённый критерий влияния экспертной оценки на положение того или иного банка в рейтинге пока не удалось никому.
Обычно рейтинг рассчитывается на по отчетности на конец года или полугодия, реже используются балансы на конец квартала. В печати рейтинг появляется спустя 2−4 месяца от даты анализируемых балансов (время необходимо на сбор и обработку информации). Такое отставание по времени — еще один недостаток рейтингов. Из-за неустойчивости банковской системы (когда такие колоссы, как Тверьуниверсалбанк, входящий, практически, во все возможные рейтинги, прекращает своё существование за несколько дней) в настоящее время (да еще искажение отчетности) к моменту публикации рейтингов финансовое состояние банков уже изменяется и представленная информация устаревает.
Практически все публикуемые рейтинги оценивают финансовое состояние только банков московского региона. Исключение составляют рейтинги по величине собственного капитала, например, «Сто крупнейших банков России» (в то время, когда в стране действует более 2,5 тысяч коммерческих банков) составляемые ИЦ «Рейтинг».
