Исследование внутри-и межмолекулярных взаимодействий в модельных нуклеотидных системах методом спиновых меток
Диссертация
Используя этот метод, а также хорошо разработанный в настоящее время метод тушения люминесценции, изучено влияние рН, температуры и ионной силы среды на термодинамические паршетры ассоциации адениловых нуклеотидов — amp, adp, атр, а также отличающихся от них лишь положением ин^-группы в гетероцикле 2-аминопуриновых 2? производных — rn Pur, P-rn Pur и РР-гп Pur. Данные по ассоциации этих… Читать ещё >
Содержание
- I. ЕВВДЕНИЕ
- II. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 11. 1. Взаимодействия азотистых оснований, нуклеозидов, нуклеотидов и полинуклеотидов
- 11. 1. 1. " Комплементарные взаимодействия мономеров нуклеиновых кислот
- 11. 1. 2. Стэкинг-ассоциация азотистых оснований, нуклеозидов и нуклеотидов в водных растворах
- 11. 1. 3. Внутримолекулярные взаимодействия и конфор-мация гомопблинуклеотидов
- 11. 1. 4. Взаимодействие нуклеиновых мономеров с гомополинуклеотидами
- 11. 2. Применение метода спиновых меток для исследования нуклеиновых кислот
- 11. 2. 1. Введение
- 11. 2. 2. Спин-меченые низкомолекулярные соединения нуклеотидной природы
- 11. 2. 3. Неспецифическое введение спиновых меток в гомополинуклеотиды, РНК и ДНК
- 11. 2. 4. Селективное спин-мечение тРНК
- 11. 2. 5. Физико-химические исследования спин-меченых нуклеиновых кислот
- 11. 1. Взаимодействия азотистых оснований, нуклеозидов, нуклеотидов и полинуклеотидов
- 111. 1. 1. Синтез и-(2,2,5,5-тетраметил-З-карбонил-пирролин-1-оксил)-имвдазола и его гидролиз в водных растворах
- 111. 1. 2. Синтез и некоторые свойства спин-меченых по 2(з')-он группам рибозы нуклеозддов и нуклеотидов
- 111. 1. 3. Получение и свойства спин-меченых поли-рибонуклеотидов
- 111. 2. Изучение ассоциации нуклеозидов и нуклеотидов в водных растворах методом спиновых меток и тушения люминесценции
- 111. 2. 1. Исследование ассоциации адениловых нуклеотидов методом спиновых меток
- 111. 2. 2. Исследование ассоциации 2-аминопурин-рибозида, 2-аминопуринрибозид-51-моно-и дифосфата методом спиновых меток и тушения люминесценции
- 111. 3. Конформационные изменения спин-меченых по 2'-он группам рибозы поли (А), поли (У) и поли (Ц).ИЗ
- 111. 4. Исследование методом спиновых меток образования спиральных комплексов между полинуклеотидами и нуклеиновыми мономерами
- 111. 4. 1. Образование трехспирального комплекса 2 поли (У)*1 адёнозин цри разных температурах
- 111. 4. 2. Спиральные комплексы полиуридиловой кислоты с пиримидиновыми мономерами
Список литературы
- Watson J.D., Crick F.H.C. Molecular structure of nucleic acids, A structure for deoxyribose nucleic acid. Nature, 1953"v. 171, p.737−738.
- Pullman B. Opening Adress to the Second Meeting of the UNESCO Expert Committee on Biophysics. May 22−24, 1980, Paris. -Studia biophysica, 1980, v.81, No.1, p. V-VI.
- Флорентьев В.JI. Синтез и свойства конформационно подвижных аналогов нуклеозидов, нуклеотидов и олигонуклеотидов.: Автореф. Дис.. докт. хим. наук. Москва, 1980. — 43 с.
- Лысов Ю.П., Журкин В. П., Тычинская А. Ю., Флорентьев В. Л. Восемь типов стэкинг-взаимодействия в динуклеотидах. Конформа-ционный расчет АрА, АрС, СрА и СрС. Мол. биол., 1979, т.13, c. II6I-II88.
- Pohl P.M., Jovin R.M. Salt-induced co-operative conformational change of a synthetic DNA: Equilibrium and kinetic studies with poly (dG-dC). J. Mol. Biol., 1972, v.67, p.375−396.
- Wang A.H.J., Quigley G.J., Kolpac F.J., Crawford J.L., Van Boom J.H., Van der Marel G., Rich A. Molecular structure of a left-handed double helical DNA fragment at atomic resolution. Nature, 1979, v.282, p.680−686.
- Klysik J., Stirdivant S.M., Larson J.E., Hart P.A., Welis P.D. beft-handed DNA in restriction fragments and recombinant plasmides. Nature, 1981, v.290, p.672−677.
- Ts’o P.O.P. Monomeric units of nucleic acids bases, nucleosides, and nucleotides. — Ins Pine structure of proteins and nucleic acids (G.D.Pasmann, S.N.Timasheff, eds.) Acad. Press, New York, 1970, v.4, p.49−189.
- Michelson A.M. Oligonucleotide interactions. In: Molecularassociations in biology (B.Pullman, ed.) Acad, Press, New York, 1968, p.93-Ю6.
- Hoogsteen K. Hydrogen bonding between purines and pyrimidines. In: Molecular associations in biology (B.Pullman, ed.) Acad. Press, New York, 1968, p.21−38.
- Ts’o P.O.P. Bases, nucleosides, and nucleotides. In: Basic principles in nucleic acid chemistry (P.O.P.Ts'o, ed.) Acad. Press, New York, 1974, v.1, p.453−584.
- Ts’o P.O.P. Dinucleoside monophosphates, dinucleotides, and oligonucleotides. In: Basic principles in nucleic acid chemistry (P.O.P.Ts'o, ed.) Acad. Press, New York, 1974, v.2,p.305−469.
- Riesner D., Roraer R. Thermodynamics and kinetics of conformational transitions in oligonucleotides and tRNA. In: Physico-chemical properties of nucleic acids (J.Duchesne, ed.) Acad. Press, New York, 1973, v.2, p.237−318,
- Соколова Н.И., Каграмова В. К., Долинная Н. Г. Специфическое комплексообразование в водных растворах с участием моно- и олигонуклеотидов. Успехи химии, 1975, т.44, с.104−133.
- Hinz H.-J. Conformational changes in nucleic acids. In: Biochemical thermodynamics (M.N.Jones, ed.) Elsevier, Amsterdam, 1979, p.116−167.
- Donohue J. Hydrogen-bonded helical configurations of polynucleotides. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1960, v.42, p.60−65.
- Donohue J., Trueblood K.M. Base pairing in DNA. J. Mol. Biol., 1960, v.2, p.363−371.
- Hoogsteen K. The crystal and molecular structure of a hydrogen bonded complex between 1-methylthymine and 9-methyl-adenine. — Acta Crystallogr., 1963, v.16, p.907−916.
- Tomita Т., Katz L., Rich A. Crystal structure of the intermolecular complex 9-ethyladenine:1-methyl-5-fluorouracil. -J. Mol. Biol., 1967, v.30, p.545−549.
- Tavale S.S., Sakore T.D., Sobell H.M. Base-pairing configuration between purines and pyrimidines in the solid state. II. Crystal and molecular structure of 9-ethyl-8-bromoadeni-ne-1-methyl-5-bromouracil. J. Mol. Biol., 1969, v.43"p.375−384. •
- Kyogoku Y., Lord R.C., Rich A. An infrared study of hydrogen bonding between adenine and uracil derivatives in chloroform solution. J. Amer. Chem. Soc., 1967, v.89, p.469−504.
- Newmark R.A., Cantor C.R. Nuclear magnetic resonance study of the interactions of guanosine and cytidine in dimethyl sulfoxide. J. Amer. Chem. Soc., 1968, v.90, p.5010−5017.
- Thomas Jr., G.J., Kyogoku Y. Hypochromism accompanying purine pyrimidine association interactions. — J. Amer. Chem. Soc., 1967, v.89, p.4170−4175.
- Sukhodub L.P., Yanson I.K. Mass spectroscopic studies of binding energies for nitrogen bases of nucleic acids in vacuo. -Nature, 1976, v.264, p.245−247.
- Янсон И.К., Суходуб Л. Ф. Ряд стабильности пар азотистых оснований нуклеиновых кислот. Докл. АН СССР, 1975, т.223, с. ЮЮ-1013.
- Poltev V.I., Bruskov V.I. On molecular mechanisms of nucleic acids synthesis. Fidelity aspects. 1. Contribution of base interactions. J. Theor. Biol., 1978, v.70, p.69−83.
- Danilov V.I., Zheltovsky N.V., Kudritskaya Z.G. Quantum mechanical study of interactions between nucleic acid bases. -Studia biophysica, 1974, v.43, p.201−216.
- Kudritskaya Z.G., Danilov V.I. Quantum mechanical study of bases interactions in various associates in dipole approximation. J. Theor. Biol., 1976, v.59, p.303−318.
- Voet D., Rich A. The crystal structure of purines, pyrimidi-nes and their intermolecular complexes. Progr. Uucl. Acid Res. Mol. Biol., 1970, v.10, p.183−265.
- Ts’o Р.О.P., Melvin I.S., Olson А.С. Interaction and association of bases and nucleotides in aqueous solutions. -J. Amer. Chem. Soc., 1963, v.85, p.1289−1296.
- Ts’o P.O.P., Chan S.I. Interaction and association of bases and nucleosides in aqueous solutions. II. Association of 6-methylpurine and 5-bromouridine and treatment of multiple equilibria. J. Amer. Chem. Soc., 1964, v.86, p.4176−4181.
- Lord R.C., Thomas Jr., G.J. Raman studies of nucleic acids. II. Aqueous purine and pyrimidine mixtures. Biochim. Bio-phys. Acta, 1967, v.142, p.1−11.
- Dimicoli J.-L., Helene C. Complex formation between purine and indole derivatives in aqueous solutions. Proton magnetic resonance studies. J. Amer. Chem. Soc., 1973, v.95, p.1036−1044.
- Schweizer M.P., Chan S.I., Ts’o P.O.P. Interaction and association of bases and nucleosides in aqueous solutions. IV. Proton magnetic resonance studies of the association of pyrimidine nucleosides and their interaction with purine.
- J. Amer. Chem. Soc., 1965, v.87, p.5241−5247.
- Stepien E., Lisewski R., V/ierzchowski K.L. Photochemistry of 2,4-diketopyrimidines. Photodimerization, photohydration and stacking association of 1,3-dimethyluracil in aqueous solutions. Acta Biochim. Polon., 1973, v.20, p.313−323.
- Ferguson W.E., Smith C.M., Adams E.T., Barlow G.H. The temperature dependent self-association of adenosine-5'-phosphate in 0,154 M NaCl. Biophys. Chem., 1974, v.1, p.325−337.
- Rossetti G.P., Van Holde K.E. Association adenosine-5'-phosphate in aqueous solutions. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1967, v.26, p.717−721.
- Marenchic M.G., Sturtevant J.M. Calorimetric investigation of the association of various purine bases in aqueous media.- J. Phys. Chem., 1973, v.77, p.544−548.
- Schimmack V7., Sapper H., Lohmann W. Stacking interactions ofnucleobases: HMR-investigation. II. Self~association of purine- and pyrimidine-derivatives. Biophys. Struct. Mechanism, 1975, v.1, p.311−318.
- Маевский А.А., Сухоруков Б. И. Исследование влияния солей, стабилизирующих и дестабилизирующих структуру воды, на стоп-чатую ассоциацию аденозина. Биофизика, 1976, т.21, с.1122−1124.
- Маевский А.А., Сухоруков Б. И. Сиектрофотометрический метод определения констант стопчатой ассоциации гетероциклических соединений. Ж. физ. химии, 1976, т.50, с.261−264.
- Heyn М.Р., Bretz R. The self-association of ATP: thermodynamics and geometry. Biophys. Chem., 1975, v.3, p.35−45.
- Gilligan III, Th.J., Schwarz G. The self-association of adenosine-5^triphosphate studied by circular dichroism at low ionic strengh. Biophys. Chem., 1976, v.4, p.55−63″
- Bierzynski A., Kozlowska H., Wierzchowski K.L. Investigation on purine and pyrimidine bases stacking association in aqueous solutions by the fluorescence quenching method.
- Autoassociation of 2-aminopurine. Biophys. Chem., 1977, v.6, p.213−222.
- Garland F., Christian S.D. Thermodynamic and kinetic model of sequential nucleoside base aggregation in aqueous solution. J. Phys. Chem., 1975, v.79, p.1247−1252.
- Magar M.E., Steiner R.F., Kolinski M.E. Association of ino-sine and cytidine. Biophys. J., 1971, v.11, p.387−397.
- Steiner R.F. The analysis of the interaction of two different molecular species by colligative method: The purine-uridine system. Biochim. Biophys. Acta, 1971, v.247, p.22−28.
- Gill S.J., Downing M., Sheats G.F. The enthalpy of self-association of purine derivatives in water. Biochemistry, 1967, v.6, p.272−276.
- Poltev V.I., Shulga S.M. Semiempirical calculations of stacking interactions. Self-association of nucleic acid bases. Studia biophysica, 1978, b.70, s.51−61.
- Nemethy G., Scheraga H.A. Structure of water and hydrophobic bonding in proteins. I. A model for the thermodynamic properties of liquid water. J. Chem. Phys., 1962, v.36,p.3382−3400.
- Kauzmann W. Some factors in the interpretation of protein denaturation. In: Advances in protein chemistry (C.B.An-finsen Jr., M.L.Anson, K. Bailey, J.T.Edsall, eds.) Acad. Press, New York, 1959, v.14,p.1−63.
- Nemethy G., Scheraga H.A. Structure of water and hydrophobic bonding in proteins. II. Model for the thermodynamic properties of aqueous solutions of hydrocarbons. J. Chem. Phys., 1962, v.36, p.3401−3417.
- Neurohr K.J., Mantch H.H. The self-association of naturally occuring purine nucleoside 5'-monophosphates in aqueous solutions. Canad. J. Chem., 1979, v.57, p.1986−1994.
- Mayevsky A.A. Hydration of nucleic bases and nature «hydrophobic» interactions in nucleic acids. Studia biophysica, 1982, v. 87, p.219−220.
- Sinanoglu 0. Solvent effect on molecular associations. In: Molecular associations in biology (B.Pullman, ed.) Acad. Press, New York, 1968, p.427−445.
- Langlet J., Giessner-Prettre C., Pullman В., Claverie P., Piazzola D. Purine-water interactions in base stacking. -Int. J. Quant. Chem., 1980, v.18, p.421−437.
- Fritzsche H., Petri I., Schiitz H., Weller K., Sedmers P., 1. ng H. On the interaction of caffeine with nucleic acids.1
- I. H NMR studies of caffeine-5'-adenosine monophosphate and caffeine poly (riboadenylate) interactions. — Biophys. Chem., 1980, v.11, p.109−119.
- Mitchel P.R., Sigel H. A proton nuclear-magnetic-resonance study of self-stacking in purine and pyrimidine nucleosides and nucleotides. Eur. J. Biochem., 1978, v.88, p.149−154.
- Бобрускин И.Д., Кирпичников М. Р., Крицын A.M., Михайлов С. Н., Мишарин А. Ю., Флорентьев B.JI. Негликозидные аналоги нуклеотидов. 9. Самоассоциация 9-(со-оксилалкил)аденин- оУ-фосфатов в водных растворах. Мол. биол., 1976, т.10, c. IIII-III5.
- Langrige R., Rich A. Molecular structure of helical poly-cytidylic acid. Nature, 1963, v.198, p.725−728.
- Rich A., Davies D.R., Crick F.H.C., Watson J.D. The molecular structure of polyadenylic acid. J. Mol. Biol., 1961, v.3, p.71−86.
- Bloomfield V.A., Crothers D.M., Tinoko Jr., I. Physical chemistry of nucleic acids. Harper & Row Publishers, New York, 1974-, p.83−102.
- Felsenfeld G., Miles H.T. The physical and chemical properties of nucleic acids. Ann. Rev. Biochem., 1967, v.36,p.407−448.31
- Akasaka K., Yamada A., Hatano H. ^ P magnetic relaxation in polynucleotides. Bull. Chem. Soc. Jpn., 1977, v.50, p.2858−2862.
- Opella S.J., Y/ise W.B., DiVerdi J.A. Deoxyribonucleic acid dynamics from Phosphorus-31 nuclear magnetic resonance. -Biochemistry, 1981, v.20, p.284−290.
- Chen G.C., Yang J.T. Some hydrodynaraic properties of polyribonucleotides. Biophys. Chem., 1973, v, 1, p.62−72.
- Thrier J.C., Dourlent M., Leng M. A study of polyuridylic acid. J. Mol. Biol., 1971, v.58, p.815−830.
- Simkins H., Richards E.G. Preparation and properties of oligouridylic acids. J. Mol. Biol., 1967, v.29, p.349−356.
- Heinecke M., Bode D., Schernau H. Calorimetric investigation of the helix-coil conversion of polyuridylic acid. -Biopolymers, 1974, v.13, p.227−235.
- Gukovsky I.Ya., Gukovskaya A.S., Sukhomudrenko A.G., Sukho-rukov B.I. Calorimetric study of the complexes between polyuridylic acid and adenylic nucleotides, Nucl. Acids Res., 1981, p.4061−4079.
- Leng M., Felsenfeld G. A study of polyadenylic acid at neutral pH. J. Mol. Biol., 1968, v.15, p.455−466.
- Stannard В., Felsenfeld G. The conformation of polyriboade-nylic acid at low temperature and neutral pH. A single-stranded rodlike structure. Biopolymers, 1975, v.14"p.299−307.
- Филимонов В.В. Термодинамика тепловой денатурации индивидуальных тРНК. Дис.. канд. физ.-мат. наук. — Цущино, 1978. — 168 с.
- Holcomb D.TT., Timasheff S.H. Temperature dependence of the hydrogen ion equilibria in poly (riboadenylic acid). Biopolymers, 1968, v.6, p.513−529.
- Hartman K.A., Rich A. The tautomeric form of helical poly-ribocytidylic acid. J. Amer. Chem. Soc., 1965, v.87,p.2033−2039.
- Akinrimisi E.O., Sander C., Ts’o P.O.P. Properties of helical polycytidylic acid. Biochemistry, 1963, v.2, p.340−344.
- Guschlbauer W. Protonated polynucleotide structure. 16. Thermodynamics of the melting of the acid form of polycytidylic acid. Hucl. Acids Res., 1975, v.2, p.353−360.
- Zimmerman S.B., Cohen G.H., Davies D.R. X-ray fiber diff
- Taction and model-bilding study of polyguanylic and poly-inosinic acid. J. Mol. Biol., 1975, v.92, p.181−192.
- Porschke D. The dynamics of nucleic-acid single-strand conformation changes. Oligo- and polyriboadenylic acid. Eur. J. Biochem., 1973, v.39, p.117−126.
- Akasaka K. Proton and phosphorus magnetic relaxation studies on the dynamic structure of single-stranded polyriboadenylic acid. Biopolymers, 1974, v.13, p.2273−2280.
- Neumann J.M., Tran-Dinh S. H-NMR comparative studies of polynucleotides: Conformation and dynamic structure of polyribo (uridylic) and polyribo (cytidylic) acids in neutral solutions. Biopolymers, 1982, v.21, p.383−402.
- Davies R.J.H. Kinetic of dissociation of polynucleotide-monomer complexes. J. Mol. Biol., 1972, v.63, p.117−137.
- Porschke D. Elementary steps in base recognition and helix-coil transitions in nucleic acids. In: Chemical relaxation in molecular biology (I.Pecht, R. Rigler, eds.) Springer-Verlag, Berlin, 1977, p.191−218.
- Davies R.J.H., Davidson N. Base pairing equilibria between polynucleotides and complementary monomers. Biopolymers, 1971, v.10, p.1455−1479.
- Hoffman G.W., Porschke D. Cooperative nonenzymic base recognition. Thermodynamics of the helix-coil transitionof a monomer-polymer double helix. Biopolymers, 1973, v.12, p.1611−1623.
- Klump H. A calorimetric study of the triple helix formation: Interaction of poly (C)*guanosine"protonated poly©. Biochim. Biophys. Acta, 1975, v.383, p.117−122.
- Franck P., Ackermann Th. A calorimetric study of a polymer-monomer complex formed by polyuridylic acid and 3,5I-cyclic AMP. Biopolymers, 1973, v.12, p.373−385.
- Gibbs D.E., Orgell L.E. Triple helices formed by polyuridylic acid with some amino deoxyadenosine derivatives. -J. Mol. Evol., 1976, v.8, p.55−58.
- Howard F.B., Frazier J., Lipsett M.N., Miles H.T. Infrared demonstration of two- and three-strand helix formation between poly© and guanosine mononucleotides and oligonucleotides. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1964, v.17, p.93−102.
- Howard P.B., Frazier J., Singer M.F., Miles H.T. Helix formation between polyribonucleotides and purines, purine nucleosides and nucleotides. J. Mol. Biol., 1966, V.16T p.415−439.
- Ts’o P.O.P., Huang W.M. Physico-chemical basis of the recognition process in nucleic acid interactions. II. Interactions of polyuridylic acid and polycytidylic acid with nucleoside mono- and triphosphates. Biochemistry, 1968, v.7, p.2954−2962.
- Huang W.M., Ts’o P.O.P. Physico-chemical basis of the recognition process in nucleic acid interaction. I. Interactions of polyuridylic acid and nucleosides. J. Mol. Biol., 1966, v.16, p.523−543.
- Banderger B.W., Modestas Z. Proton magnetic resonance study of complex formation between Ng-methyladenosine and polyuridylic acid. Biopolymers, 1974, v.13, p.567−575.
- Mathelier H.D., Howard F.B., Miles H.T. Circular dichro-ism of helices formed by purine monomers with pyrimidine polynucleotides. Biopolymers, 1979, v.18, p.709−722.
- Gukovskaya A.S., Gukovsky I.Ya., Chikh V.P., Sukhorukov B.I. Study of salt effect on adenosine-polyuridylic acid interaction. Biopolymers, 1980, v.19, p.453−468.
- Sarocchi M.-T., Courtois Y., Guschlbauer W. Protonated polynucleotide structures. Specific complex formation between polycytidylic acid and guanosine or guanylic acids. -Eur. J. Biochem., 1970, v.14, p.411−421.
- Гуковская А.С., Ланин B.H., Сухоруков Б. И. Исследование взаимодействия полицитидиловой кислоты с гуанозин-5"-фосфатом при нейтральных рН. Биофизика, 1978, т.23, с.208−212.
- Davies R.J.H. Complexes of polyadenylic acid v/ith complementary monomers. Eur. J. Biochem., 1976, v.61, p.225−236.
- Davies R.J.H., Diamond S.Ph. The complexing of guanine nucleosides by polyinosinic acid. Biochim. Biophys. Acts, 1978, v.518, p.1−6.
- Damle V.W. Three-stranded helix-coil equilibrium in polyuri-dylic acid adenosine complex. — Biopolymers, 1972, v.11, p.1789−1816.
- Schleich Th., Gould G.R. Stability and thermodynamics of polyuridylic acid deoxyadenosine complexes in aqueous neutral salt solutions. — Biopolymers, 1974, v.13, p.327−337.
- Boyd P.A., Christian S.D., Burr J.G. The binding of deoxy-guanosine to polycytidylic acid: An application of the thermodynamic model of monomer-polymer complex formation. Bio-chem. Biophys. Res. Commun., 1979, v.89, p.1088−1096.
- Schwarz G. Cooperative binding to linear biopolymers. 1. Fundamental static and dynamic properties. Eur. J. Biochem., 1970, v.12, p.442−453.
- Заседателев А.С., Гурский Г. В., Волькенштейн М. В. Теория одномерной адсорбции. I. Адсорбция малых молекул на гомополимере. -Мол. биол., 1971, т.5, с.245−251.
- Burr J.G., McDowell T.L., Christian S.D. A model for the binding of adenosine to polyuridylic acid. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1974, v.56, p.21−28.
- Hill T.L. An introduction to statistical thermodynamics. Addison-Wesley, Reading, Mass., 1960, p.235−241.
- Лихтенштейн Г. И. Метод спиновых меток в молекулярной биологии. М.: Наука, 1974. — 255 с.
- Кузнецов А.Н. Метод спинового зонда. М.: Наука, 1976. -210 с.
- Берлинер Л. Метод спиновых меток. Теория и применение. -М.: Мир, 1979. 739 с.
- Berliner L.J. Spin labeling. Theory and application. New York, Acad. Press, 1979, v. 2.
- Stone T.J., Buckman Т., Nordio P.b., McConnell H.M. Spinlabeled biomolecules. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1965, v.54, p.1010−1017.
- Neuman M.B., Rozantsev E.G., Mamedova Ju.G. Free radical reactions involving no unpaired electrons. Nature, 1962, v.196, p.472−474.
- Розанцев Э.Г. Свободные иминоксильные радикалы. М.: Химия, 1970. — 216 с.
- Гамильтон К.Л., Мак-Коннелл Г.М. Спиновые метки. Успехи химии, 1970, т.39, с.531−559.
- McConnell H.M. Physics and chemistry of spin labels. -Quart. Rev. Biophys., 1970, v.3, p.91−136.
- Jost P., Griffith O.H. Electron spin resonance and the spin labeling method. In: Methods in pharmacology (C.Chignell, ed.) Appleton-Century-Croffs, Hew York, 1972, v.2, p.223−276.
- Jost P., Waggoner A.S., Griffith O.H. Spin labeling and membrane structure. In: Structure and function of biological membranes (L.Rothfield, ed.) Acad. Press, New York, 1971, p.83−144.
- McConnell H.M. Effect of anisotropic hyperfine interactions on paramagnetic relaxation in liquids. J. Chem. Phys., 1956, v.25, p.709−711.
- Freed J.H., Praenkel G.K. Theory of linewidths in electron spin resonance spectra. J. Chem. Phys., 1963, v.39, p.326−348.
- Kivelson D. Theory of ESR linewidths of free radicals. J. Chem. Phys., 1960, v.33, p.1094−1106.
- Dugas H. Spin-labeled nucleic acids. Acc. Chem. Res., 1977, v.10, p.47−54.
- Kuznetzov A.N., Wasserman A.M., Volkov A.I., Korst N.N. Determination of rotational correlation time of nitric oxide radicals in a viscous medium. Chem. Phys. Letters, 1971, v.12, p.103−106.
- Кольтовер В.К. Спиновые метки и зонды в исследованиях модельных и биологических мембран. Итоги науки и техники. Биофизика. -М.: ВИНИТИ, 1979, т. II, с.10−100.
- Нданов Р.И. Парамагнитные модели биологически активных соединений. -М.: Наука, 1981, с. 162−184.
- Cooke R., Duke J. The synthesis and some properties of a spin label analogue of adenosine 5'-triphosphate. J. Biol. Chem., 1971, v.246, p.6360−6369.
- Ogata R.T., McConnell H.M. Mechanism of cooperative oxygen binding to hemoglobin. Proc. Hat. Acad. Sci. USA, 1972, v.69, p.335−339.
- Zhdanov R.I., Porotikova V.A., Rozantsev E.G. Biologically active stable radicals. VII. Spin labeling of nucleosides and nucleotides at the NHg group. Synthesis, 1979, No.4, p.267−269.
- Hoppe J., Wagner K.G. Synthesis and properties of C-8 and C-2 spin-labelled derivatives of adenosine cyclic 3':5'-monophosphate. Eur. J. Biochem., 1974, v.48, p.519−525.
- Robey P.A., Jamieson G.A., Hunt J.B. Synthesis and use of a new spin-labeled analogue of ADP with Platelet-aggregating activity. J. Mol. Biol., 1979, v.254, p.1114−1118.
- Ненодарова C.M., Поротикова В. А., Клягина В. П., Кданов Р. И. Синтез олигорибонуклеотидов со спиновой меткой. Биоорган, химия, 1979, т.5, с.1341−1345.
- Weiner Н. Interaction of a spin-labeled analog of nicotineamide-adenine dinucleotide v/ith alcohol dehydrogenase, 1. Synthesis, kinetics and electron paramagnetic resonance studies. Biochemistry, 1969, v.8, p.526−533.
- Berliner L.J., Wong S.S. Manganese (II) and spin-labeled uridine 5'-diphosphate>binding to bovine galactosyltransferase. Biochemistry, 1975, v.14, p.4977−4982.
- Кедик С.А., Жданов P.И. Аденозинтрифосфат, спин-меченный по-фосфатной группе. Изв. АН СССР, сер. химич., 1978, № 7, с. 1689.
- Smith I.C.P., Yamane Т. Spin-labeled nucleic acids. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1967, v.58, p.884−887.
- Schofield P., Hoffman B.M., Rich A. Spin-labeling studies of aminoacyl transfer ribonucleic acid. Biochemistry, 1970, v.9, p.2525−2533.
- Bobst A.M. Studies on spin-labeled polyriboadenylic acid. -Biopolymers, 1972, v.11, p.1421−1433.
- Girshovich A.S., Grachev M.A., Knorre D.G., Kumarev V.P., Levintahl V.I. Reaction of a spin-labeled carbodiimide with nucleosides, poly (U) and tRNA. FEBS Lett., 1971, v. 14, p.199−202.
- Артюх P.И., Постникова Г. Б., Сухоруков Б. И., Камзолова С. Г. Изучение спин-меченых ДНК. Модификация ДНК с помощью стабильного радикала 2,2,6,6-тетраметил-4-бромацетоксипипери-дин-1-оксш1а. Биохимия, 1972, т.37, с.902−906.
- Завриев С.К., Григорян Г. Л., Карманов П.А., Ртвелиашвили
- Г. А., Розанцев Э. Г. Изучение рРНК и синтетических полирибо-нуклеотидов методом спиновой метки. Мол. биол., 1974, т.8, с.302−309.
- Миль Е.М., Завриев С. К., Григорян Г. Л., Круглякова К. Е. Изучение структурных переходов спин-меченой ДНК. Докл.
- АН СССР, 1973, т.209, с.217−220.
- Zavriev S.K., Grigorian G.L., Krilova J., Karmanov P.A.
- A spin label for RITA study. Biochem. Biophys. Res. Commuru, 1973, v.54, p.123−126.
- Завриев С.К., Григорян Г. JI., Минченкова JI.E., Иванов В. И. Изучение конформационных переходов в пределах двухтяжевого состояния спин-меченой ДНК. Мол. биол., 1974, т.8, с.775−783.
- Caspary W.J., Greene J.J., Stempel L.M., Та*о P.O.P. Spin labeled nucleic acids. Uucl. Acids Res., 1976, v.3,p.847−861.
- Bobst A.M. Application of spin labeling to nucleic acids.- In: Spin labeling. Theory and application (L.J.Berliner, ed.) Acad. Press, New York, 1979, v.2, p.291−345.
- Векстерн Т.В. Первичная структура транспортных нуклеиновых кислот. -М.: Наука, 1970. 258 с.
- Vogel S.V., Slepneva I.А., Backer J.M. Influence of 1Лп2+1. Valion tRTTA 1 macrostrueture and determination of some coordination sites of Mn2+ ions in tRNAVa"4. Biopolymers, 1975, v.14, p.2445−2456.
- Caron M., Dugas H. Specific spin-labeling of transfer ribonucleic acid molecules. Nucleic Acids Res., 1975, v.3,p.19−34.
- Hoffman B.M., Schofield P., Rich A. Spin-labeled transfer RITA. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1969, v.62, p.1195−1202.
- Kabat D., Hoffman В., Rich A. Synthesis and characterisation of a spin-labeled aminoacyl transfer ribonucleic acid.- Biopolymers, 1970, v.9, p.95−101.
- Нага H., Horiuchi Т., Saneyoshi И., Nishimura S. 4-thiouri-dine-specific spin-labeling of E.coli transfer RNA. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1970, v.38, p.305−311.
- Daniel W.E., Cohn M. Proton nuclear magnetic resonance of spin-labeled E. coli tRNA^. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 1975, v.72, p.2582−2586.
- Caron M., Brisson N., Dugas H. Evidence for a conformational1. Phechange in tRNA upon aminoacylation. J. Biol. Chem., 1976, v.251, p.1529−153 .
- Mcintosh A.R., Caron М., Dugas H. A specific spin-labeling1. Пиof the anticodon of E. coli tRNA. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1973, v.55, p.1356−1363.
- Sprinzl M., Kramer E., Stehlic D. On the structure of phenylalanine tRNA from yeast. Eur. J. Biochem., 1974, v.49, p.595−605.1. Rip
- Bobst A.M., Torrence P.P. Intercorporation of spin probes into polynucleotides by enzymatic polymerization. Polymer, 1978, v.19, p.115−117.
- Ozinskas A.J., Bobst A.M. 175. Synthesis and properties of some spin labeled uridine and 2'-deoxyuridine analogues. -Helv. Chim. Acta, 1979, v.62, p.1677−1681.
- Миль E.M., Жильцова B.M., Круглякова K.E. Использование метода парамагнитной метки для изучения конформационных изменений в ДНК при УФ-облучении. Биофизика, 1974, т.19, с.601−605.
- Миль Е.М., Бобович С. И., Азизов Ю. М., Криницкая Л. А., Жильцова Б. М., Кижина Г. П., Круглякова К. Е. Структурные переходы в ДНК, выделенной из нормальных и опухолевых клеток. Биофизика, 1975, т.20, с.757−761.
- Kamzolova S.G., Postnilcova G.B. Spin-labeled nucleic acids. Quart. Rev. Biophys., 1981, v.14, p.223−288.
- Pan Y.C.E., Bobst A.M. Melting studies on spin-labeled poly-adenylic polyuridylic complexes. — Biopolymers, 1973, v.12, p.367−371.
- Pan Y.C.E., Bobst A.M. Spin-labeled polyuridylic acid. Formation of an intermediate structure. Biopolymers, 1974, v. 13, p.1079-Ю83.
- Сухоруков Б.И., Козлова Л. А. Обнаружение методом парамагнитного зонда новых спектральных переходов в системе ДНК-вода при изменении температуры. Биофизика, 1970, т.15, с.539−541.
- Семенов М.А., Сухоруков Б. И., Малеев В. Я., Шабарчина Л. И. Исследование температурной аномалии воды, сорбированной на ДНК, методом ИК-спектроскопии. Биофизика, 1979, т.24,с.210−216.
- Сухоруков Б.И., Семенов М. А., Малеев В. Я., Шабарчина Л. И. Исследование структурных превращений сахарофосфатной цепи и азотистых оснований гидрата ДНК методом ИК-спектроскопии. -Биофизика, 1979, т.24, с.611−619.
- Bobst A.M., Hakam A., Langemeier P.W., Kouidou S. Electron spin resonance melting of chemically spin-labeled nucleic acids. Arch. Biochem. Biophys., 1979, v.194, p.171−178.
- Caron M., Dugas H. A spin label study of the thermal unfolding of secondary and tertiary structure in E. coli transfer RUAs. Uucl. Acids Res., 1976, v.3, p.35−47.
- Arnott S. The geometry of nucleic acids. Progr. Biophys. Mol. Biol., 1970, v.21, p.265−319.
- Завриев С.К., Григорян Г. Л., Минченкова Л. Е. Изучение взаимодействия ДНК с красителями методом спиновых меток. Мол. биол., 1976, т.10, с.1387−1393.
- Камзолова С.Г., Колонтаров А. С., Елфимова Л. И., Сухоруков Б. И. Исследование структурных превращений комплекса РНК-по-лимеразы из E.coli с Т2 ДНК. Докл. АН СССР, 1973, т.208, с.245−247.
- Bobst A.M., Pan Y.C.E. A spin probe approach for measuring the nucleic acid affinity of gene 32 protein. Biochem. Biophys. Res. Commun., 1975, v.67, p.562−570.
- Сухоруков Б.И., Камзолова С. Г., Колонтаров А. И., Петров А. И. Изучение структурных превращений ДНК в комплексе с РНК-поли-меразой методом спиновых меток. Биофизика, 1973, т.18,с.377−378.
- Burd J.P., Wartell R.M., Dodgson J.B., Wells R.D. Transmission of stability (telestability) in deoxyribonucleic acid. J. Biol. Chem., 1975, v.250, р.5Ю9−5113.
- Burd J.P., Larson J.E., Wells R.D. Further studies on tele-stability in DTJA. J. Biol. Chem., 1975, v.250, p.6002−6007.
- Hogan M., Dattagupta N., Grothers D.M. Transmission of allosteric effects in DTI A. Nature, 1979, v.278, p. 521−524.
- Langemeier P.7/., Bobst A.M. Interaction of a 5-nitroxide labeled poly (uridylic acid) with poly (adenylic acid). Arch. Biochem. Biophys., 1981, v.208, p.205−211.
- Rodrigues A., Tougas G., Brisson N., Dugas H. Interaction of 70S ribosomes from E. coli with spin-labeled N-Cbz-Phe-tRNA. J. Biol. Chem., 1980, v.255, p.8116−8120.
- Ebert В., Damerau W., Stahl J., Bielka H. Preparation of spin-labeled poly (U) and its binding to ribosomal particles. Studia biophysica, 1980, v.79, p.81−82.
- Kouidou S., Sinha Т.К., Janik B., Bobst A.M. Nucleic acid interaction with Vero cells: A temperature barrier in the interaction pattern. Biochim. Biophys. Acta, 1978, v.520, p.210−218.
- Физер Л., Физер M. Реагенты для органического синтеза. М.: Мир, 1970, т.2, с. 119.
- Janik В. Physico-chemical characteristics of oligonucleotides and polynucleotides. IPI/Plenum, New York, 1971.
- Bierzynski A., Jasny J. High accuracy spectofluorimeter for determination of relative quantum yields within a broad range of optical densities. J. Photochem., 1974/75, v.3, p.431−439.
- Barrat M.D., Dodd G.H., Chapman D. A spin label for tyrosine residues. Biochim. Biophys. Acta, 1969, v.194, p.600−602.
- Готтих Б.П., Краевский А. А., Пурыгин П. П., Цилевич Т. Л., Белова З. С., Рудзите Л. Н. Новый метод синтеза 2'(3*)-о-амино-ацилнуклеозидов и нуклеотидов. Изв. АН СССР, сер. химич., 1967, № II, с.2571−2573.
- Краевский А.А., Цурыгин П. П., Рудзите Л. Н., Белова З.С.,
- Готтих Б.П. Ашноацильные цроизводные нуклеозидов, нуклеоти-дов и полинуклеотидов. Сообщение I. Синтез 3'(2')-о-амино-ацилнуклеотидов. Изв. АН СССР, сер. химич., 1968, № 2, с.378−382.
- Пурыгин П.П., Краевский A.A., Готтих Б. П. Аминоацильные производные нуклеозидов, нуклеотидов и полинуклеотидов. Сообщение 2. Синтез 3'(2')-о-аминоацилнуклеозид-5'-ди- и трифосфа-тов. Изв. АН СССР, сер. химич., 1968, В 5, с.1084−1087.
- Готтих Б.П., Краевский A.A., Цилевич Т. Л., Рудзите Л. Н. Аминоацильные производные нуклеозидов, нуклеотидов и полинуклеотидов. Сообщение 3. Взаимодействие имидазолида тт-трет.-ВОС-глицина с тРНК. Изв. АН СССР, сер. химич., 1970, № I, C. II3-I2I.
- Бендер М. Механизмы катализа нуклеофильных реакций производных карбоновых кислот. М.: Мир, 1964. — 186 с.
- Брюс Т., Бенкович С. Механизмы биоорганических реакций. -М.: Мир, 1970. 392 с.
- Кочетков Н.К., Будовский Э. И., Свердлов Е. Д., Симукова H.A., Турчинский М. Ф., Шибаев В. Н. Органическая химия нуклеиновых кислот. М.: Химия, 1970. — 718 с.
- Табак М., Рууге Э. К., Смирнова И. Н., Петров А. И., Сухоруков Б. И., Твердислов В. А. Взаимодействие мембранного препарата Ыа+, к±А!ПРазы со спин-меченым аналогом АТР. Биохимия, 1977, т.42, с.476−480.
- Y/yatt G.R., Cohen S.S. A new pyriraidine base from bacteriophage nucleic acids. Nature, 1952, v.170, p.1072−1073.
- Lehman I.R., Pratt Е.Л. On the structure of the glucosylated hydroxymethylcytosine nucleotides of Coliphages T2, T4, and T6. J. Biol. Chem., 1960, v.235, p.3254−3259.
- Kuno S., Lehman I.R. Gentiobiose, a constituent of deoxyribonucleic acid from Coliphage T6. J. Biol. Chem., 1962, v.237, p.1266−1270.
- Robinson D.R., Grant M.E. The effect of aqueous salt solutions on the activity coefficients of purine and pyrimidine bases and their relation to the denaturation of ща by salts. J. Biol. Chem., 1966, v.241, p.4030−4042.
- Sukhodub L.P., Yanson I.K., Shelkovski V.S., Wierzchowski K.L. Mass-spectrometric investigation of nucleic acid component hydration in vacuum. I. Alkylated uracils. Biophys. Chem., 1982, v.15, p.149−155.
- Рейн P. Исследование бимолекулярных взаимодействий. Зависимость структура-функция для нуклеиновых кислот с учетом взаимодействия их компонентов. В кн.: Межмолекулярные взаимодействия: от двухатомных молекул до биополимеров (Б.
- Пульман, ред.). -М.: Мир, 1981, с.414−488.
- Danilov V.l. Interaction of nucleic acid bases and their associates with water: theory and experiment. Abstracts of the symposium on biophysics of nucleic acids and nucleo-proteins, 1981, Tallinn, p.167.
- Jordan P., Sostman H.D. Molecular orbital (CHD0/2 and М1ТГО0) calculations on protonated deoxyribonucleic acid bases. The effect of base protonation on intermolecular interactions.- J. Amer. Chem. Soc., 1973, v.95, p.6544−6554.
- Анциферова JI.И., Вассерман A.M., Иванова А. Н., Лившиц В. А., Наземец Н. С. Атлас спектров электронного парамагнитного резонанса спиновых меток и зондов. М.: Наука, 1977. — 160 с.
- Wrobel A., Rabchenko A., Shugar D. Conformation of acid forms of poly (C): temperature and ionic strength dependence of protonation of cytidine and cytidine-5'-phosphate. Acta Biochim. Polon., 1970, v.17, p.339−349.
- Teitelbaum H., Englander S.W. Open states in native polynucleotides. I. Hydrogen-exchange study of adenine-conta-ining double helices. J. Mol. Biol., 1975, v.92, p.55−78.
- Teitelbaum H., Englander S.W. Open states in native polynucleotides. II. Hydrogen-exchange study of cytosine-con-taining double helices. J. Mol. Biol., 1975, v.92, p.79−92.
- Early Th.A., Kearns D.R., Hillen W., Wells R.D. A 300- and
- MHz proton nuclear magnetic resonance investigation of a 12 base pairs deoxyribonucleic acid restriction fragment: relaxation behavior of the low-field resonance in water. -Biochemistry, 1981, v.20, p.3756−3764.
- Mandal G., Kallenbach U.R., Englander S.W. Base-pair opening and closing reactions in the double helix. A stopped-flow hydrogen exchange study in poly (rA)*poly (rU). J. Mol. Biol., 1979, v.135, p.391−411.
- Гуковский И.Я., Сухоруков Б. И. Многоцентровая модель конфор-мационных превращений в биополимерах. I. Равновесная кривая перехода. Биофизика, 1974, т.19, с.415−419.
- Сухоруков Б.И. Протеолитические процессы нуклеиновых кислот и стабильность генома. 1У Международный биофизический конгресс, Москва, 1973. Доклады симпозиумов, т.4(11), с.780−804.