Сравнительный структурно-функциональный анализ генов тирозинаминотрансферазы человека и крысы

Содержание

• СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
• 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
  • 1. 1. Регуляция экспрессии генов стероидными гормонами
    • 1. 1. 1. Структура и функции стероидных гормонов
    • 1. 1. 2. Строение рецептора глюкокортикоидов
    • 1. 1. 3. Изменение структуры хроматина под действием глюкокортикоидов
    • 1. 1. 4. Участки ДНК, ответственные за связывание с рецептором 21 глюкокортикоидов
    • 1. 1. 5. Синергичное взаимодействие глюкокортикоидного рецептора с другими 23 транскрипционными факторами
  • 1. 2. Ген тирозинаминотрансферазы — модель для изучения молекулярных 25 механизмов регуляции экспрессии генов
    • 1. 2. 1. Строение и свойства тирозинаминотрансферазы
    • 1. 2. 2. Структура генов TAT
    • 1. 2. 3. Регуляция экспрессии генов TAT глюкокортикоидами
• 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
  • 2. 1. Материалы и реактивы, использованные в работе
  • 2. 2. Выделение препаратов ДНК из образцов клеток и тканей
    • 2. 2. 1. Выделение геномной ДНК
      • 2. 2. 1. 1. Выделение геномной ДНК из тканей млекопитающих
      • 2. 2. 1. 2. Выделение геномной ДНК из крови
      • 2. 2. 1. 3. Выделение геномной ДНК из гепатоцитов
    • 2. 2. 2. Выделение ДНК из клеток Е. соИ
      • 2. 2. 2. 1. Выделение плазмидной дцДНК с использованием термического лизиса
      • 2. 2. 2. 2. Выделение плазмидной дцДНК с использованием щелочного лизиса
      • 2. 2. 2. 3. Выделение плазмидной дцДНК с использованием ионообменной 47 хроматографии
      • 2. 2. 2. 4. Выделение оцДНК бактериофага М13 из бактериальных клеток
  • 2. 3. Получение препаратов ДНК с использованием полимеразной цепной 50 реакции
    • 2. 3. 1. Использование техники «горячего старта» для повышения специфичности 51 полимеразной цепной реакции
    • 2. 3. 2. Использование изменяющейся температуры гибридизации для повышения 52 выхода и специфичности реакции
    • 2. 3. 3. Использование глицерина для понижения температуры плавления дцДНК 56 и стабилизации ДНК-полимеразы
    • 2. 3. 4. Использование термостабильной ДНК-полимеразы с 3−5' экзонуклеазной 60 активностью для амплификации длинных фрагментов ДНК
  • 2. 4. Ферментативная обработка препаратов ДНК
    • 2. 4. 1. Гидролиз ДНК эндонуклеазами рестрикции
    • 2. 4. 2. Гидролиз ДНК МипдВеап нуклеазой
    • 2. 4. 3. Введение радиоактивной метки в ДНК
      • 2. 4. 3. 1. С использованием фрагмента Кленова ДНК-полимеразы I Е. соИ
      • 2. 4. 3. 2. С использованием полинуклеотидкиназы бактериофага Т
    • 2. 4. 4. Лигирование фрагментов дцДНК с использованием ДНК-лигазы 64 бактериофага Т
  • 2. 5. Анализ и очистка препаратов ДНК методами гель-электрофореза
    • 2. 5. 1. Электрофорез в гелях агарозы
    • 2. 5. 2. Электрофорез в полиакриламидном геле
    • 2. 5. 3. Разделение цепей дцДНК электрофорезом в полиакриламидном геле
    • 2. 5. 4. Выделение ДНК из гелей электроэлюцией в ячейках фирмы «ISCO»
    • 2. 5. 5. Выделение ДНК из агарозного геля методом сорбции на стекловолокне
    • 2. 5. 6. Выделение ДНК из агарозных гелей сорбцией на DEAE-81 целлюлозу в 73 процессе электрофореза
    • 2. 5. 7. Очистка олигонуклеотидов в денатурирующем полиакриламидном геле с 73 непрерывной элюцией и спектрофотометрической детекцией
  • 2. 6. Клонирование фрагментов ДНК в составе бактериальных векторных ДНК
  • 2. 7. Определение нуклеотидной последовательности (секвенирование) 78 фрагментов ДНК
    • 2. 7. 1. Методом химической модификации по Максаму-Гилберту
      • 2. 7. 1. 1. В жидкой фазе
      • 2. 7. 1. 2. С использованием сорбции на DEAE-81 целлюлозе
      • 2. 7. 1. 3. Комбинированным методом
    • 2. 7. 2. Методом специфической терминации полимеризации по Сэнгеру
      • 2. 7. 2. 1. Секвенирование оцДНК бактериофага М
      • 2. 7. 2. 2. Секвенирование суперскрученной дцДНК плазмид с использованием 86 щелочной денатурации
      • 2. 7. 2. 3. Секвенирование суперскрученной дцДНК плазмид с использованием 86 денатурации в присутствии гликолей
      • 2. 7. 2. 4. Секвенирование с использованием флюоресцентно меченных праймеров и 87 детекции на автоматическом секвенаторе Applied Biosystems 370А
      • 2. 7. 2. 5. Секвенирование микроколичеств дцДНК с использованием фермента 87 ThermoSequenase
    • 2. 7. 3. Разделение специфически терминированных фрагментов ДНК электрофорезом в денатурирующем полиакриламидном геле
• 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
  • 3. 1. Определение нуклеотидных последовательностей
    • 3. 1. 1. Определение последовательности района -1990 — -580 п.н. 5'- 91 фланкирующей области гена TAT человека
    • 3. 1. 2. Определение последовательности гена TAT крысы
      • 3. 1. 2. 1. Определение последовательности района 10 350 — 12 289 п. н
      • 3. 1. 2. 2. Определение последовательности района 9298 — 10 355 п. н
      • 3. 1. 2. 3. Определение последовательности района 5622- 9293 п. н
      • 3. 1. 2. 4. Определение последовательности района -19- 5627 п. н
  • 3. 2. Структура гена TAT крысы
  • 3. 3. Сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей генов TAT 106 человека и крысы
  • 3. 4. Поиск потенциальных участков связывания факторов регуляции 106 транскрипции в 5'-фланкирующей области гена TAT человека
• ВЫВОДЫ