ΠŸΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒ Π² ΡƒΡ‡Ρ‘Π±Π΅, ΠΎΡ‡Π΅Π½ΡŒ быстро...
Π Π°Π±ΠΎΡ‚Π°Π΅ΠΌ вмСстС Π΄ΠΎ ΠΏΠΎΠ±Π΅Π΄Ρ‹

Π˜Π½Ρ‚Π΅Π³Ρ€ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½Ρ‹ΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… постгСномных исслСдований для ΠΈΠ΄Π΅Π½Ρ‚ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ ΠΊΠ»ΡŽΡ‡Π΅Π²Ρ‹Ρ… ΠΏΡƒΡ‚Π΅ΠΉ ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΠ³Π΅Π½Π½Ρ‹Ρ… Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ

Π”ΠΈΡΡΠ΅Ρ€Ρ‚Π°Ρ†ΠΈΡΠŸΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒ Π² Π½Π°ΠΏΠΈΡΠ°Π½ΠΈΠΈΠ£Π·Π½Π°Ρ‚ΡŒ ΡΡ‚ΠΎΠΈΠΌΠΎΡΡ‚ΡŒΠΌΠΎΠ΅ΠΉ Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Ρ‹

БистСмная биология ΠΏΡ€Π΅Π΄ΠΏΠΎΠ»Π°Π³Π°Π΅Ρ‚ ΠΏΠ΅Ρ€Π΅Ρ…ΠΎΠ΄ ΠΎΡ‚ ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΠΎΡ‚Π΄Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹Ρ… Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΈ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΊ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Ρƒ структуры ΠΈ Π΄ΠΈΠ½Π°ΠΌΠΈΠΊΠΈ цСлостных систСм, ΠΎΠ±Ρ€Π°Π·ΡƒΠ΅ΠΌΡ‹Ρ… ΠΏΡ€ΠΈ взаимодСйствии Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… Π±ΠΈΠΎΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ»,. Π‘Π΅Π»ΠΊΠΈ Ρ€Π΅Π΄ΠΊΠΎ Π²Ρ‹ΠΏΠΎΠ»Π½ΡΡŽΡ‚ свои Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΈ ΠΈΠ·ΠΎΠ»ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΠΎ. Π‘ΠΎΠ»ΡŒΡˆΠΈΠ½ΡΡ‚Π²ΠΎ ΠΊΠ»Π΅Ρ‚ΠΎΡ‡Π½Ρ‹Ρ… процСссов ΡΠ²Π»ΡΡŽΡ‚ΡΡ Ρ€Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚ΠΎΠΌ совмСстного дСйствия мноТСства Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΈ Π΄Ρ€ΡƒΠ³ΠΈΡ… ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ», физичСски ассоциированных Π² ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΡ‹ ΠΈΠ»ΠΈ задСйствованных… Π§ΠΈΡ‚Π°Ρ‚ΡŒ Π΅Ρ‰Ρ‘ >

Π‘ΠΎΠ΄Π΅Ρ€ΠΆΠ°Π½ΠΈΠ΅

  • Бписок сокращСний
  • 1. ΠžΠ±Π·ΠΎΡ€ Π»ΠΈΡ‚Π΅Ρ€Π°Ρ‚ΡƒΡ€Ρ‹
    • 1. 1. ΠŸΠΎΡΡ‚Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Π΅ Ρ‚Π΅Ρ…Π½ΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ
    • 1. 2. БистСмная биология
    • 1. 3. Π‘Π°Π·Ρ‹ Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… ΠΈ ΡΡ‚Π°Π½Π΄Π°Ρ€Ρ‚Ρ‹ описания биологичСских взаимодСйствий
    • 1. 4. Π€ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½Ρ‹ΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· постгСномных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…
  • 2. ΠœΠ°Ρ‚Π΅Ρ€ΠΈΠ°Π»Ρ‹ ΠΈ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄Ρ‹
    • 2. 1. ΠœΠ°ΡΡΠΈΠ²Ρ‹ Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…
    • 2. 2. Анализ Π΄ΠΈΡ„Ρ„Π΅Ρ€Π΅Π½Ρ†ΠΈΠ°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠΉ экспрСссии
    • 2. 3. ΠœΠ½ΠΎΠΆΠ΅ΡΡ‚Π²Π° Π³Π΅Π½ΠΎΠ² для классификации
    • 2. 4. Π€ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½Ρ‹ΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·
    • 2. 5. Анализ сСтСй
    • 2. 6. Анализ ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Ρ€Π°ΠΊΡ‚ΠΎΠΌΠ°
    • 2. 6. Π˜Π½Ρ‚Π΅Π³Ρ€Π°Ρ†ΠΈΡ ΠΈ ΡΠΎΠ³Π»Π°ΡΠΎΠ²Π°Π½Π½ΠΎΡΡ‚ΡŒ списков
  • 3. Π Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚Ρ‹ ΠΈ ΠΎΠ±ΡΡƒΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅
    • 3. 1. ИзмСнСния экспрСссии Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΏΡ€ΠΈ псориазС ΠΈ Π±ΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΈ ΠšΡ€ΠΎΠ½Π°
    • 3. 2. Π€ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠ΅ сравнСниС ΠΏΡ€Π΅Π΄ΠΈΠΊΡ‚ΠΎΡ€ΠΎΠ² для Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… Ρ„Π΅Π½ΠΎΡ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² ΠΎΠΏΡƒΡ…ΠΎΠ»Π΅ΠΉ Π³Ρ€ΡƒΠ΄Π½ΠΎΠΉ ΠΆΠ΅Π»Π΅Π·Ρ‹
    • 3. 3. Π‘Ρ€Π°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠΉ транскриптома ΠΈ ΠΏΡ€ΠΎΡ‚Π΅ΠΎΠΌΠ° ΠΏΡ€ΠΈ псориазС
  • 4. ΠžΠ±ΡΡƒΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΠ΅
    • 4. 1. Π‘Ρ€Π°Π²Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… массивов ΠΌΠΈΠΊΡ€ΠΎΡ‡ΠΈΠΏΠΎΠ²Ρ‹Ρ… Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…
    • 4. 2. Π˜Π½Ρ‚Π΅Π³Ρ€Π°Ρ†ΠΈΡ Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… Ρ€Π°Π·Π½Ρ‹Ρ… постгСномных Ρ‚Π΅Ρ…Π½ΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΉ
    • 4. 3. Алгоритм ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Π³Ρ€Π°Ρ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π°
  • Π’Ρ‹Π²ΠΎΠ΄Ρ‹

Π˜Π½Ρ‚Π΅Π³Ρ€ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½Ρ‹ΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… постгСномных исслСдований для ΠΈΠ΄Π΅Π½Ρ‚ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ ΠΊΠ»ΡŽΡ‡Π΅Π²Ρ‹Ρ… ΠΏΡƒΡ‚Π΅ΠΉ ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΠ³Π΅Π½Π½Ρ‹Ρ… Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ (Ρ€Π΅Ρ„Π΅Ρ€Π°Ρ‚, курсовая, Π΄ΠΈΠΏΠ»ΠΎΠΌ, ΠΊΠΎΠ½Ρ‚Ρ€ΠΎΠ»ΡŒΠ½Π°Ρ)

Π’ ΠΏΠΎΡΠ»Π΅Π΄Π½Π΅Π΅ дСсятилСтиС успСхи молСкулярной Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ ΠΈ Π³Π΅Π½Π΅Ρ‚ΠΈΠΊΠΈ сдСлали Π²ΠΎΠ·ΠΌΠΎΠΆΠ½Ρ‹ΠΌ ΡˆΠΈΡ€ΠΎΠΊΠΎΠΌΠ°ΡΡˆΡ‚Π°Π±Π½ΠΎΠ΅ ΠΈΠ·ΡƒΡ‡Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΡΡ‚Ρ€ΠΎΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹Ρ… Π±Π»ΠΎΠΊΠΎΠ² ΠΆΠΈΠ·Π½ΠΈ — Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΈ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² [1]. ПослС этого ΠΏΠ΅Ρ€Π΅Π΄ исслСдоватСлями встала ΠΏΡ€ΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ°: ΠΊΠ°ΠΊ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ ΠΏΠΎΠ»ΡƒΡ‡Π΅Π½Π½Ρ‹ΠΉ ΠΊΠ°Ρ‚Π°Π»ΠΎΠ³ молСкулярных элСмСнтов ΠΊΠ»Π΅Ρ‚ΠΊΠΈ для Ρ€Π΅ΡˆΠ΅Π½ΠΈΡ ΠΏΡ€ΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ ΠΈ ΠΌΠ΅Π΄ΠΈΡ†ΠΈΠ½Ρ‹. Π­Ρ‚Π° Π½Π΅ΠΎΠ±Ρ…ΠΎΠ΄ΠΈΠΌΠΎΡΡ‚ΡŒ Π²Ρ‹Π·Π²Π°Π»Π° Ρ€Π°Π·Π²ΠΈΡ‚ΠΈΠ΅ Π½ΠΎΠ²ΠΎΠΉ отрасли Π²Ρ‹Ρ‡ΠΈΡΠ»ΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΠΉ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ — систСмной Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ [2].

БистСмная биология ΠΏΡ€Π΅Π΄ΠΏΠΎΠ»Π°Π³Π°Π΅Ρ‚ ΠΏΠ΅Ρ€Π΅Ρ…ΠΎΠ΄ ΠΎΡ‚ ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΡ ΠΎΡ‚Π΄Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹Ρ… Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΈ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΊ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Ρƒ структуры ΠΈ Π΄ΠΈΠ½Π°ΠΌΠΈΠΊΠΈ цСлостных систСм, ΠΎΠ±Ρ€Π°Π·ΡƒΠ΅ΠΌΡ‹Ρ… ΠΏΡ€ΠΈ взаимодСйствии Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… Π±ΠΈΠΎΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ» [3], [4]. Π‘Π΅Π»ΠΊΠΈ Ρ€Π΅Π΄ΠΊΠΎ Π²Ρ‹ΠΏΠΎΠ»Π½ΡΡŽΡ‚ свои Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΈ ΠΈΠ·ΠΎΠ»ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΠΎ. Π‘ΠΎΠ»ΡŒΡˆΠΈΠ½ΡΡ‚Π²ΠΎ ΠΊΠ»Π΅Ρ‚ΠΎΡ‡Π½Ρ‹Ρ… процСссов ΡΠ²Π»ΡΡŽΡ‚ΡΡ Ρ€Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚ΠΎΠΌ совмСстного дСйствия мноТСства Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΈ Π΄Ρ€ΡƒΠ³ΠΈΡ… ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ», физичСски ассоциированных Π² ΠΊΠΎΠΌΠΏΠ»Π΅ΠΊΡΡ‹ ΠΈΠ»ΠΈ задСйствованных Π² ΡΠΏΠ΅Ρ†ΠΈΡ„ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… рСгуляторных путях [5]. Π Π°Π·Π½ΠΎΠΎΠ±Ρ€Π°Π·Π½Ρ‹Π΅ взаимодСйствия ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρƒ ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ»Π°ΠΌΠΈ — Π±Π΅Π»ΠΎΠΊ-Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ²Ρ‹Π΅ связи, рСгуляторныС связи Ρ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€ΠΎΠ² транскрипции с ΠΏΡ€ΠΎΠΌΠΎΡ‚ΠΎΡ€Π°ΠΌΠΈ Π³Π΅Π½ΠΎΠ², мСтаболичСскиС прСвращСния ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ» — ΡΠΎΡΡ‚Π°Π²Π»ΡΡŽΡ‚ ΡΠ»ΠΎΠΆΠ½ΡƒΡŽ Π³Π»ΠΎΠ±Π°Π»ΡŒΠ½ΡƒΡŽ систСму. Зная структуру этой систСмы, ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ Π΅Π΅ Π΄ΠΈΠ½Π°ΠΌΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΈΠ΅ характСристики ΠΏΡ€ΠΈ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… условиях. НапримСр, измСнСния активности ΠΈΠ»ΠΈ ΠΊΠΎΠ½Ρ†Π΅Π½Ρ‚Ρ€Π°Ρ†ΠΈΠΈ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΏΡ€ΠΈ Π½Π΅ΠΊΠΎΡ‚ΠΎΡ€ΠΎΠΌ воздСйствии Π½Π° ΠΊΠ»Π΅Ρ‚ΠΊΡƒ ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ для ΠΈΠ΄Π΅Π½Ρ‚ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ ΠΊΠΎΠ½ΠΊΡ€Π΅Ρ‚Π½Ρ‹Ρ… молСкулярных ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ², задСйствованных Π² Ρ€Π΅Π°ΠΊΡ†ΠΈΠΈ систСмы Π½Π° ΡΡ‚ΠΎ воздСйствиС.

ВСхнологичСскиС достиТСния послСдних дСсятилСтий Π² ΠΌΠΎΠ»Π΅ΠΊΡƒΠ»ΡΡ€Π½ΠΎΠΉ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ Π΄Π°Π»ΠΈ исслСдоватСлям Π²ΠΎΠ·ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎΡΡ‚ΡŒ ΠΏΡ€ΠΎΠ²ΠΎΠ΄ΠΈΡ‚ΡŒ ΡˆΠΈΡ€ΠΎΠΊΠΎΠΌΠ°ΡΡˆΡ‚Π°Π±Π½Ρ‹Π΅ исслСдования Π΄ΠΈΠ½Π°ΠΌΠΈΠΊΠΈ биологичСских систСм. Π’ΠΎΠ·Π½ΠΈΠΊ Ρ†Π΅Π»Ρ‹ΠΉ ряд Ρ‚Π°ΠΊ Π½Π°Π·Ρ‹Π²Π°Π΅ΠΌΡ‹Ρ… постгСномных ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ΠΎΠ², ΠΏΠΎΠ·Π²ΠΎΠ»ΡΡŽΡ‰ΠΈΡ… ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠΌΠΎΠΌΠ΅Π½Ρ‚Π½ΠΎ ΠΏΠΎΠ»ΡƒΡ‡ΠΈΡ‚ΡŒ ΠΈΠ½Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠ°Ρ†ΠΈΡŽ практичСски ΠΎΠ±ΠΎ всСх ΠΊΠΎΠΌΠΏΠΎΠ½Π΅Π½Ρ‚Π°Ρ… систСмы Π½Π° Ρ‚ΠΎΠΌ ΠΈΠ»ΠΈ ΠΈΠ½ΠΎΠΌ ΡƒΡ€ΠΎΠ²Π½Π΅. Π’ Ρ‡Π°ΡΡ‚ности, ΡΡƒΡ‰Π΅ΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‚ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄Ρ‹ Π²Ρ‹ΡΠΎΠΊΠΎΠΏΡ€ΠΎΠΈΠ·Π²ΠΎΠ΄ΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΠ³ΠΎ измСрСния экспрСссии Π³Π΅Π½ΠΎΠ² [6], ΠΊΠΎΠ½Ρ†Π΅Π½Ρ‚Ρ€Π°Ρ†ΠΈΠΈ Π±Π΅Π»ΠΊΠΎΠ² ΠΈΠ»ΠΈ ΠΌΠ΅Ρ‚Π°Π±ΠΎΠ»ΠΈΡ‚ΠΎΠ² [7], гСнотипирования ΠΏΠΎΠ»ΠΈΠΌΠΎΡ€Ρ„ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ² ΠΈ ΠΎΠ±Π½Π°Ρ€ΡƒΠΆΠ΅Π½ΠΈΡ ΠΌΡƒΡ‚Π°Ρ†ΠΈΠΉ Π² Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ΅ [8]. ОсобСнно Π±ΠΎΠ»ΡŒΡˆΡƒΡŽ ΠΏΠΎΠΏΡƒΠ»ΡΡ€Π½ΠΎΡΡ‚ΡŒ ΠΏΡ€ΠΈΠΎΠ±Ρ€Π΅Π» ΠΏΠΎΠ»Π½ΠΎΠ³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ½Ρ‹ΠΉ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· экспрСссии Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΏΡ€ΠΈ ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΠΈ ΠΌΠΈΠΊΡ€ΠΎΡ‡ΠΈΠΏΠΎΠ², Π² ΡΠΈΠ»Ρƒ своСй доступности ΠΈ ΠΎΡ‚Π½ΠΎΡΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΠΉ тСхничСской простоты [9]. ОбъСм Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… Ρ‚Π°ΠΊΠΎΠ³ΠΎ Ρ€ΠΎΠ΄Π°, ΠΏΠΎΠ»ΡƒΡ‡Π΅Π½Π½Ρ‹Ρ… для Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… ΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ² ΠΈ Ρ„Π΅Π½ΠΎΡ‚ΠΈΠΏΠΎΠ², растСт ΠΎΠ³Ρ€ΠΎΠΌΠ½Ρ‹ΠΌΠΈ Ρ‚Π΅ΠΌΠΏΠ°ΠΌΠΈ [10]. Π’ Π½Π°ΡΡ‚оящСС врСмя ΠΏΠ΅Ρ€Π΅Π΄ исслСдоватСлями стоит ΠΏΡ€ΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ° эффСктивного использования всСх этих массивов ΠΈΠ½Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠ°Ρ†ΠΈΠΈ. Врудности состоят ΠΊΠ°ΠΊ Π² Ρ‚СхнологичСских особСнностях примСняСмых ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ΠΎΠ² (ΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΈΠ΅ ΠΈΠ· Π½ΠΈΡ… Π³Π΅Π½Π΅Ρ€ΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‚ Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Π΅ с Π±ΠΎΠ»ΡŒΡˆΠΈΠΌ ΡƒΡ€ΠΎΠ²Π½Π΅ΠΌ ΡˆΡƒΠΌΠ°), Ρ‚Π°ΠΊ ΠΈ Π² ΠΈΡ… ΠΎΠ±ΡˆΠΈΡ€Π½ΠΎΡΡ‚ΠΈ [11]. К ΠΏΡ€ΠΈΠΌΠ΅Ρ€Ρƒ, ΠΈΠ· ΠΎΡ†Π΅Π½ΠΎΠΊ экспрСссии для дСсятков тысяч Π³Π΅Π½ΠΎΠ² Π½Π΅ΠΎΠ±Ρ…ΠΎΠ΄ΠΈΠΌΠΎ ΠΈΠ·Π²Π»Π΅Ρ‡ΡŒ биологичСски ΠΎΡΠΌΡ‹ΡΠ»Π΅Π½Π½ΡƒΡŽ ΠΈΠ½Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠ°Ρ†ΠΈΡŽ, Π΄Π°ΡŽΡ‰ΡƒΡŽ Π½ΠΎΠ²ΠΎΠ΅ Π·Π½Π°Π½ΠΈΠ΅ ΠΎΠ± ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΡƒΠ΅ΠΌΠΎΠΌ явлСнии. Π•Ρ‰Π΅ ΠΎΠ΄Π½Π° ΠΏΡ€ΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌΠ° состоит Π² Ρ‚рудности сопоставлСния ΠΈ ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Π³Ρ€Π°Ρ†ΠΈΠΈ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² молСкулярных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ….

Анализ постгСномных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… особСнно Π½Π΅ΠΎΠ±Ρ…ΠΎΠ΄ΠΈΠΌ для прояснСния молСкулярных ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ² ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΡ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹Ρ… Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ [12], [13]. Π‘Π°ΠΌΡ‹ΠΌΠΈ извСстными ΠΏΡ€ΠΈΠΌΠ΅Ρ€Π°ΠΌΠΈ Ρ‚Π°ΠΊΠΈΡ… Π½Π΅Π΄ΡƒΠ³ΠΎΠ² ΡΠ²Π»ΡΡŽΡ‚ΡΡ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Π΅ злокачСствСнныС ΠΎΠΏΡƒΡ…ΠΎΠ»ΠΈ, Π½Π΅ΠΉΡ€ΠΎΠ΄Π΅Π³Π΅Π½Π΅Ρ€Π°Ρ‚ΠΈΠ²Π½Ρ‹Π΅ заболСвания — Π±ΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΈ ΠΠ»ΡŒΡ†Π³Π΅ΠΉΠΌΠ΅Ρ€Π° ΠΈ ΠŸΠ°Ρ€ΠΊΠΈΠ½ΡΠΎΠ½Π° [14], [15], Π΄ΠΈΠ°Π±Π΅Ρ‚ 1 Ρ‚ΠΈΠΏΠ°. Π•Ρ‰Π΅ ΠΎΠ΄ΠΈΠ½ ΡˆΠΈΡ€ΠΎΠΊΠΈΠΉ класс синдромов, относящихся ΠΊ ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΡ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹ΠΌ заболСваниям — Π°ΡƒΡ‚ΠΎΠΈΠΌΠΌΡƒΠ½Π½Ρ‹Π΅ Π±ΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΈ [16]. Π­Ρ‚ΠΈ синдромы связаны с ΠΏΠΎΠ²Ρ€Π΅ΠΆΠ΄Π΅Π½ΠΈΡΠΌΠΈ ΠΎΡ€Π³Π°Π½ΠΎΠ² ΠΈ Ρ‚ΠΊΠ°Π½Π΅ΠΉ собствСнной ΠΈΠΌΠΌΡƒΠ½Π½ΠΎΠΉ систСмой Ρ‡Π΅Π»ΠΎΠ²Π΅ΠΊΠ° ΠΏΡ€ΠΈ отсутствии Π²ΠΈΠ΄ΠΈΠΌΡ‹Ρ… ΠΏΡ€ΠΈΡ‡ΠΈΠ½ Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π°Ρ†ΠΈΠΈ ΠΈΠΌΠΌΡƒΠ½Π½Ρ‹Ρ… ΠΊΠ»Π΅Ρ‚ΠΎΠΊ. К Π½ΠΈΠΌ относятся Ρ‚Π°ΠΊΠΈΠ΅ Π±ΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΈ, ΠΊΠ°ΠΊ Ρ€Π΅Π²ΠΌΠ°Ρ‚ΠΎΠΈΠ΄Π½Ρ‹ΠΉ Π°Ρ€Ρ‚Ρ€ΠΈΡ‚, псориаз [17], болСзнь ΠšΡ€ΠΎΠ½Π°, Π²ΠΎΠ»Ρ‡Π°Π½ΠΊΠ° [18] ΠΈ Π΄Π΅ΡΡΡ‚ΠΊΠΈ Π΄Ρ€ΡƒΠ³ΠΈΡ… ΠΌΠ΅Π½Π΅Π΅ распространСнных синдромов. ΠœΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΡ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹Π΅ заболСвания ΡˆΠΈΡ€ΠΎΠΊΠΎ распространСны Π² Ρ‡Π΅Π»ΠΎΠ²Π΅Ρ‡Π΅ΡΠΊΠΎΠΉ популяции ΠΈ ΡΠ²Π»ΡΡŽΡ‚ся ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠΉ ΠΈΠ· Π³Π»Π°Π²Π½Ρ‹Ρ… ΠΏΡ€ΠΈΡ‡ΠΈΠ½ смСртности Π²ΠΎ Π²ΡΠ΅ΠΌ ΠΌΠΈΡ€Π΅. ΠŸΡ€Π΅Π΄ΠΏΠΎΠ»Π°Π³Π°Π΅Ρ‚ΡΡ, Ρ‡Ρ‚ΠΎ эти Π±ΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΈ Ρ€Π°Π·Π²ΠΈΠ²Π°ΡŽΡ‚ΡΡ Π½Π° ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π΅ многочислСнных Ρ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€ΠΎΠ² прСдрасполоТСнности, ΠΊΠ°ΠΊ гСнСтичСского Ρ…Π°Ρ€Π°ΠΊΡ‚Π΅Ρ€Π°, Ρ‚Π°ΠΊ ΠΈ ΠΎΠ±ΡƒΡΠ»ΠΎΠ²Π»Π΅Π½Π½Ρ‹Ρ… внСшнСй срСдой. ГСнСтичСскиС основы ΠΈ ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΡ‹ ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΡ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹Ρ… Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ, нСсмотря Π½Π° Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½Ρ‹Π΅ исслСдования Π² ΡΡ‚ΠΎΠΉ области, ΠΈΠ·ΡƒΡ‡Π΅Π½Ρ‹ ΠΏΠΎΠΊΠ° нСдостаточно [12]. ΠŸΡ€Π΅Π΄ΠΏΠΎΠ»Π°Π³Π°Π΅Ρ‚ΡΡ, Ρ‡Ρ‚ΠΎ ΠΊΠΎΠΌΠ±ΠΈΠ½ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΠΎΠ΅ воздСйствиС ΠΌΠ½ΠΎΠ³ΠΈΡ… гСнСтичСских ΠΏΠΎΠ»ΠΈΠΌΠΎΡ€Ρ„ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ² с ΠΌΠ°Π»Ρ‹ΠΌ эффСктом ΠΈ ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠΉ условий ΠΎΠΊΡ€ΡƒΠΆΠ°ΡŽΡ‰Π΅ΠΉ срСды ΠΏΠΎΡ€ΠΎΠΆΠ΄Π°Π΅Ρ‚ ΡΡ‚Π°Π±ΠΈΠ»ΡŒΠ½Ρ‹Π΅ измСнСния Π² Π½ΠΎΡ€ΠΌΠ°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠΌ Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ рСгуляторных систСм ΠΊΠ»Π΅Ρ‚ΠΎΠΊ [19].

ΠŸΠΎΡΡ‚Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Π΅ Ρ‚Π΅Ρ…Π½ΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΡƒΡŽΡ‚ΡΡ для исслСдования молСкулярных ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ² Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ, поиска мишСнСй для тСрапСвтичСского Π²ΠΌΠ΅ΡˆΠ°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΡΡ‚Π²Π°, классификации ΠΏΠΎΠ΄Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ, ΠΊΠΎΡ‚ΠΎΡ€Ρ‹Π΅ ΠΏΠΎ-Ρ€Π°Π·Π½ΠΎΠΌΡƒ Ρ€Π΅Π°Π³ΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‚ Π½Π° Ρ‚Π΅Ρ€Π°ΠΏΠΈΡŽ, поиска биологичСских ΠΌΠ°Ρ€ΠΊΠ΅Ρ€ΠΎΠ² Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ [20], [21]. Π’Π΅ΠΌ Π½Π΅ ΠΌΠ΅Π½Π΅Π΅, Π² ΠΈΠ·ΡƒΡ‡Π΅Π½ΠΈΠΈ ΠΈ Ρ‚Π΅Ρ€Π°ΠΏΠΈΠΈ ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΡ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹Ρ… Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ остаСтся Π½Π΅ΠΌΠ°Π»ΠΎ Π½Π΅Ρ€Π΅ΡˆΠ΅Π½Π½Ρ‹Ρ… вопросов ΠΈ ΠΏΡ€ΠΎΠ±Π»Π΅ΠΌ. НСсмотря Π½Π° Π·Π½Π°Ρ‡ΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹ΠΉ прогрСсс Π² ΠΈΠ·ΡƒΡ‡Π΅Π½ΠΈΠΈ молСкулярной ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠΊΠΈ этих ΠΏΠ°Ρ‚ΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΉ (Π² ΠΏΠ΅Ρ€Π²ΡƒΡŽ ΠΎΡ‡Π΅Ρ€Π΅Π΄ΡŒ — нСопластичСских Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ), ΠΏΡ€ΠΈΡ‡ΠΈΠ½Ρ‹ ΠΈ ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΡ‹ Π½Π°Ρ€ΡƒΡˆΠ΅Π½ΠΈΠΉ рСгуляции для Π±ΠΎΠ»ΡŒΡˆΠΈΠ½ΡΡ‚Π²Π° ΠΈΠ· Π½ΠΈΡ… ΠΎΡΡ‚Π°ΡŽΡ‚ΡΡ нСизвСстными.

БистСмная биология ΠΏΡ€Π΅Π΄Π»Π°Π³Π°Π΅Ρ‚ Π½Π΅ΠΎΠ±Ρ…ΠΎΠ΄ΠΈΠΌΡ‹Π΅ ΠΏΡ€ΠΈΠ½Ρ†ΠΈΠΏΡ‹ для ΠΏΡ€ΠΎΠ΄ΡƒΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ² ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΡ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹Ρ… Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ. Π›ΡŽΠ±Ρ‹Π΅ постгСномныС Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Π΅ (ΠΌΠΈΠΊΡ€ΠΎΡ‡ΠΈΠΏΠΎΠ²Ρ‹Π΅, ΠΏΡ€ΠΎΡ‚Π΅ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Π΅ Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Π΅, Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Π΅ ΠΎ Π³Π΅Π½ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Ρ… пСрСстройках) ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ Π² ΠΊΠΎΠ½Ρ‚СкстС глобальной биологичСской сСти, выявляя ΠΏΡƒΡ‚ΠΈ ΠΈ Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΈΠ΅ процСссы, задСйствованныС Π² ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΡƒΠ΅ΠΌΡ‹Ρ… явлСниях [22]. БистСмный ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄ эффСктивСн для ΠΈΠ΄Π΅Π½Ρ‚ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ ΠΌΠ΅Ρ…Π°Π½ΠΈΠ·ΠΌΠΎΠ² Ρ‚Π΅Ρ… ΠΈΠ»ΠΈ ΠΈΠ½Ρ‹Ρ… явлСний, поиска ΠΏΡ€ΠΈΡ‡ΠΈΠ½Π½Ρ‹Ρ… Ρ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€ΠΎΠ², приводящих ΠΊ Π½Π°Π±Π»ΡŽΠ΄Π°Π΅ΠΌΠΎΠΌΡƒ явлСнию.

Π’ Ρ‚ΠΎ ΠΆΠ΅ врСмя, Π½Π΅ΠΎΠ±Ρ…ΠΎΠ΄ΠΈΠΌΡ‹ ΠΊΠ°ΠΊ усилия ΠΏΠΎ ΡΠΎΠ·Π΄Π°Π½ΠΈΡŽ ΠΊΠ°ΠΊ ΠΌΠΎΠΆΠ½ΠΎ Π±ΠΎΠ»Π΅Π΅ ΠΏΠΎΠ»Π½Ρ‹Ρ… сСтСй биологичСских взаимодСйствий, Ρ‚Π°ΠΊ ΠΈ Π½ΠΎΠ²Ρ‹Π΅ Π°Π»Π³ΠΎΡ€ΠΈΡ‚ΠΌΡ‹ систСмного Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° постгСномных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… Π² ΡΡ‚ΠΈΡ… сСтСй. ОсобСнно Π²Π°ΠΆΠ½Ρ‹ΠΌ прСдставляСтся созданиС ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄ΠΎΠ², способных Π»Π΅Π³ΠΊΠΎ ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Π³Ρ€ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Π΅ Ρ‚ΠΈΠΏΡ‹ постгСномных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… Π² ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠΉ аналитичСской инфраструктурС, выявляя ΠΈΡ… ΡΡ…одства ΠΈ Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡ΠΈΡ Π½Π° ΡΠΈΡΡ‚Π΅ΠΌΠ½ΠΎΠΌ ΡƒΡ€ΠΎΠ²Π½Π΅.

Настоящая Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Π° посвящСна Ρ€Π°Π·Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚ΠΊΠ΅ ΠΈ ΠΏΡ€ΠΈΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΡŽ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ΠΎΠ² ΠΈΠ΄Π΅Π½Ρ‚ΠΈΡ„ΠΈΠΊΠ°Ρ†ΠΈΠΈ ΠΊΠ»ΡŽΡ‡Π΅Π²Ρ‹Ρ… рСгуляторных ΠΏΡƒΡ‚Π΅ΠΉ, задСйствованных Π² ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΡ„Π°ΠΊΡ‚ΠΎΡ€Π½Ρ‹Ρ… заболСваниях, ΠΏΡ€ΠΈ ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΠΈ биологичСских сСтСй.

ЦСль Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚Ρ‹:

Π Π°Π·Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚ΠΊΠ° ΠΈ ΠΏΡ€ΠΈΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠ΅ ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄ΠΎΠ² для эффСктивного совмСстного Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² постгСномных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… с ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒΡŽ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ΠΎΠ² систСмной Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΠΈ. ΠžΡ†Π΅Π½ΠΊΠ° примСнимости ΠΈΡΠΏΠΎΠ»ΡŒΠ·ΡƒΠ΅ΠΌΡ‹Ρ… ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄ΠΎΠ² Π½Π° Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… массивах Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…, ΠΏΠΎΠ»ΡƒΡ‡Π΅Π½Π½Ρ‹Ρ… для Ρ€Π°Π·Π½ΠΎΠΎΠ±Ρ€Π°Π·Π½Ρ‹Ρ… ΠΌΡƒΠ»ΡŒΡ‚ΠΈΠ³Π΅Π½Π½Ρ‹Ρ… Π·Π°Π±ΠΎΠ»Π΅Π²Π°Π½ΠΈΠΉ.

Π—Π°Π΄Π°Ρ‡ΠΈ:

1. Найти ΠΎΠ±Ρ‰ΠΈΠ΅ ΠΈ ΡƒΠ½ΠΈΠΊΠ°Π»ΡŒΠ½Ρ‹Π΅ биологичСскиС ΠΏΡƒΡ‚ΠΈ, Ρ…Π°Ρ€Π°ΠΊΡ‚Π΅Ρ€Π½Ρ‹Π΅ для псориаза ΠΈ Π±ΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΈ ΠšΡ€ΠΎΠ½Π° с ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΡŒΡŽ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… экспрСссии Π³Π΅Π½ΠΎΠ²;

2. ΠžΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»ΠΈΡ‚ΡŒ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄, Π΄Π°ΡŽΡ‰ΠΈΠΉ Π½Π°ΠΈΠ»ΡƒΡ‡ΡˆΠΈΠ΅ Ρ€Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚Ρ‹ для классификации Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… ΠΏΠΎΠ΄Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² Ρ€Π°ΠΊΠ° Π³Ρ€ΡƒΠ΄Π½ΠΎΠΉ ΠΆΠ΅Π»Π΅Π·Ρ‹ Π½Π° ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ экспрСссионных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…;

3. Π Π΅ΠΊΠΎΠ½ΡΡ‚Ρ€ΡƒΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ ΠΊΠ»ΡŽΡ‡Π΅Π²Ρ‹Π΅ ΠΏΡƒΡ‚ΠΈ сигнальной трансдукции, Ρ…Π°Ρ€Π°ΠΊΡ‚Π΅Ρ€ΠΈΠ·ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΠ΅ ΠΏΠ°Ρ‚ΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡŽ псориаза Π½Π° ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ экспрСссионных ΠΈ ΠΏΡ€ΠΎΡ‚Π΅ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Ρ… Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…;

4. ΠŸΡ€ΠΎΠ°Π½Π°Π»ΠΈΠ·ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Ρ‚ΡŒ Π½Π°Π±ΠΎΡ€ ΡΡƒΡ‰Π΅ΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄ΠΎΠ² для ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Π³Ρ€ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΠΎΠ³ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° постгСномных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ….

1. ΠžΠ‘Π—ΠžΠ  Π›Π˜Π’Π•Π ΠΠ’Π£Π Π«.

Π²Ρ‹Π²ΠΎΠ΄Ρ‹.

1. Π’ Ρ€Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚Π΅ ΡΡ€Π°Π²Π½ΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΠ³ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½ΠΈΠΉ экспрСссии Π³Π΅Π½ΠΎΠ² ΠΏΡ€ΠΈ псориазС ΠΈ Π±ΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΈ ΠšΡ€ΠΎΠ½Π°, Π½Π°ΠΉΠ΄Π΅Π½Ρ‹ Π³Π΅Π½Ρ‹ со Π·Π½Π°Ρ‡ΠΈΠΌΠΎ ΠΈΠ·ΠΌΠ΅Π½Π΅Π½Π½ΠΎΠΉ экспрСссиСй Π² ΠΎΠ±ΠΎΠΈΡ… исслСдованных массивов Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…Π²Ρ‹Π΄Π΅Π»Π΅Π½Ρ‹ ΠΌΠΎΠ΄ΡƒΠ»ΠΈ биологичСских сСтСй, ΡΠ²ΡΠ·Ρ‹Π²Π°ΡŽΡ‰ΠΈΡ… эти Π³Π΅Π½Ρ‹. НайдСны ΠΎΠ±Ρ‰ΠΈΠ΅ ΠΈ ΡƒΠ½ΠΈΠΊΠ°Π»ΡŒΠ½Ρ‹Π΅ ΡΠΈΠ³Π½Π°Π»ΡŒΠ½Ρ‹Π΅ ΠΏΡƒΡ‚ΠΈ, ΡƒΡ‡Π°ΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΠ΅ Π² ΡΡ‚ΠΈΡ… патологиях.

2. ΠŸΡ€ΠΎΠ²Π΅Π΄Π΅Π½ΠΎ Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠ΅ сравнСниС мноТСств ΠΈΠ½Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠ°Ρ‚ΠΈΠ²Π½Ρ‹Ρ… Π³Π΅Π½ΠΎΠ², ΠΎΡ‚ΠΎΠ±Ρ€Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… ΠΏΡΡ‚ΡŒΡŽ ΠΎΡ‚Π΄Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹ΠΌΠΈ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄Π°ΠΌΠΈ для Ρ‚Ρ€Π΅Ρ… ΠΎΡ‚Π΄Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹Ρ… Π·Π°Π΄Π°Ρ‡ классификации ΠΏΡ€ΠΎΡ„ΠΈΠ»Π΅ΠΉ экспрСссии Π² Ρ€Π°ΠΊΠ΅ Π³Ρ€ΡƒΠ΄Π½ΠΎΠΉ ΠΆΠ΅Π»Π΅Π·Ρ‹: классификация статуса эстрогСнового Ρ€Π΅Ρ†Π΅ΠΏΡ‚ΠΎΡ€Π° Π² ΠΎΠΏΡƒΡ…ΠΎΠ»ΠΈ (Π•Π―), классификация ΠΏΠΎΠ²Ρ‹ΡˆΠ΅Π½Π½ΠΎΠΉ Ρ‡ΡƒΠ²ΡΡ‚Π²ΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ ΠΊ Ρ…ΠΈΠΌΠΈΠΎΡ‚Π΅Ρ€Π°ΠΏΠΈΠΈ (Ρ€Π‘Π―) ΠΈ ΠΊΠ»Π°ΡΡΠΈΡ„икация ΠΏΠΎΠ²Ρ‹ΡˆΠ΅Π½Π½ΠΎΠΉ Ρ‡ΡƒΠ²ΡΡ‚Π²ΠΈΡ‚Π΅Π»ΡŒΠ½ΠΎΡΡ‚ΠΈ ΠΊ Ρ…ΠΈΠΌΠΈΠΎΡ‚Π΅Ρ€Π°ΠΏΠΈΠΈ Π² Π•Π―-ΠΎΡ‚Ρ€ΠΈΡ†Π°Ρ‚Π΅Π»ΡŒΠ½Ρ‹Ρ… опухолях. ΠžΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄, Π΄Π°ΡŽΡ‰ΠΈΠΉ Π½Π°ΠΈΠ»ΡƒΡ‡ΡˆΠΈΠ΅ Ρ€Π΅Π·ΡƒΠ»ΡŒΡ‚Π°Ρ‚Ρ‹ ΠΏΡ€ΠΈ классификации Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… ΠΏΠΎΠ΄Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² Ρ€Π°ΠΊΠ° ΠΌΠΎΠ»ΠΎΡ‡Π½ΠΎΠΉ ΠΆΠ΅Π»Π΅Π·Ρ‹ Π½Π° ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π°Π½ΠΈΠΈ экспрСссионных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…. На ΡƒΡ€ΠΎΠ²Π½Π΅ Π³Π΅Π½ΠΎΠ² мноТСства ΠΎΠ±ΡŠΠ΅ΠΊΡ‚ΠΎΠ² для классификации: Π°) схоТи ΠΌΠ΅ΠΆΠ΄Ρƒ собой для Ρ€Π°Π·Π½Ρ‹Ρ… ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄ΠΎΠ² ΠΎΡ‚Π±ΠΎΡ€Π° Π² ΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»Π°Ρ… ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ классифицируСмого Ρ„Π΅Π½ΠΎΡ‚ΠΈΠΏΠ°Π±) Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π°ΡŽΡ‚ΡΡ для ΠΎΠ΄Π½ΠΎΠ³ΠΎ ΠΈ Ρ‚ΠΎΠ³ΠΎ ΠΆΠ΅ ΠΌΠ΅Ρ‚ΠΎΠ΄Π° ΠΎΡ‚Π±ΠΎΡ€Π° ΠΏΡ€ΠΈ Ρ€Π°Π·Π½Ρ‹Ρ… Ρ„Π΅Π½ΠΎΡ‚ΠΈΠΏΠ°Ρ…. На Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½ΠΎΠΌ ΡƒΡ€ΠΎΠ²Π½Π΅ ΠΏΠΎΠ²Ρ‚ΠΎΡ€Π΅Π½Ρ‹ Π²Ρ‹Π²ΠΎΠ΄Ρ‹ для уровня Π³Π΅Π½ΠΎΠ², Π° Ρ‚Π°ΠΊΠΆΠ΅ выявлСно, Ρ‡Ρ‚ΠΎ мноТСства ΠΈΠ½Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΠ°Ρ‚ΠΈΠ²Π½Ρ‹Ρ… Π³Π΅Π½ΠΎΠ² для Ρ„Π΅Π½ΠΎΡ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² Π•Π― ΠΈ Ρ€Π‘Π― Ρ„ΡƒΠ½ΠΊΡ†ΠΈΠΎΠ½Π°Π»ΡŒΠ½ΠΎ схоТи ΠΈ Π²Ρ…одят Π² Π΅Π΄ΠΈΠ½ΡƒΡŽ ΠΏΠΎΠ΄ΡΠ΅Ρ‚ΡŒ с Π³Π»Π°Π²Π½Ρ‹ΠΌ рСгулятором — Ρ€Π΅Ρ†Π΅ΠΏΡ‚ΠΎΡ€ΠΎΠΌ эстрогСна.

5. ΠžΠ±Π½Π°Ρ€ΡƒΠΆΠ΅Π½ ряд ΠΏΡƒΡ‚Π΅ΠΉ сигнальной трансдукции, Ρ…Π°Ρ€Π°ΠΊΡ‚Π΅Ρ€ΠΈΠ·ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… ΠΏΠ°Ρ‚ΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡŽ псориаза Π½Π° ΠΎΡΠ½ΠΎΠ²Π΅ экспрСссионных ΠΈ ΠΏΡ€ΠΎΡ‚Π΅ΠΎΠΌΠ½Ρ‹Ρ… Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…. ΠžΠΏΡ€Π΅Π΄Π΅Π»Π΅Π½ список ΠΌΠ΅ΠΌΠ±Ρ€Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… Ρ€Π΅Ρ†Π΅ΠΏΡ‚ΠΎΡ€ΠΎΠ², ΠΊΠΎΡ‚ΠΎΡ€Ρ‹Π΅ ΠΈΠ½ΠΈΡ†ΠΈΠΈΡ€ΡƒΡŽΡ‚ Π²Π°ΠΆΠ½Ρ‹Π΅ ΡΠΈΠ³Π½Π°Π»ΡŒΠ½Ρ‹Π΅ ΠΏΡƒΡ‚ΠΈ (Π² Ρ‚ΠΎΠΌ числС Π±ΠΎΠ»Π΅Π΅ 20 Ρ€Π΅Ρ†Π΅ΠΏΡ‚ΠΎΡ€ΠΎΠ², Ρ€Π°Π½Π΅Π΅ Π½Π΅ ΠΈΡΡΠ»Π΅Π΄ΠΎΠ²Π°Π²ΡˆΠΈΡ…ся с ΡΠ²ΡΠ·ΠΈ с ΠΏΡΠΎΡ€ΠΈΠ°Π·ΠΎΠΌ). ВыявлСно, Ρ‡Ρ‚ΠΎ число ΠΏΡƒΡ‚Π΅ΠΉ, ΠΏΠΎΡ‚Π΅Π½Ρ†ΠΈΠ°Π»ΡŒΠ½ΠΎ Π·Π½Π°Ρ‡ΠΈΠΌΡ‹Ρ… для Π°ΠΊΡ‚ΠΈΠ²Π°Ρ†ΠΈΠΈ псориаз-спСцифичСского экспрСссионного ΠΎΡ‚Π²Π΅Ρ‚Π°, достаточно Π²Π΅Π»ΠΈΠΊΠΎ, Ρ‡Ρ‚ΠΎ ΠΌΠΎΠΆΠ΅Ρ‚ ΡƒΠΊΠ°Π·Ρ‹Π²Π°Ρ‚ΡŒ Π½Π° ΠΏΡ€ΠΈΡ‡ΠΈΠ½Ρ‹ ΠΌΠ°Π»ΠΎΠΉ эффСктивности лСкарствСнной Ρ‚Π΅Ρ€Π°ΠΏΠΈΠΈ этой Π±ΠΎΠ»Π΅Π·Π½ΠΈ.

4. ΠŸΡ€ΠΎΠ²Π΅Π΄Π΅Π½ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ· ΡΡƒΡ‰Π΅ΡΡ‚Π²ΡƒΡŽΡ‰ΠΈΡ… ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄ΠΎΠ² для ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Π³Ρ€ΠΈΡ€ΠΎΠ²Π°Π½Π½ΠΎΠ³ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° постгСномных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ…. ΠŸΡ€Π΅Π΄Π»ΠΎΠΆΠ΅Π½ ΠΏΠΎΠ΄Ρ…ΠΎΠ΄ ΠΈΠ½Ρ‚Π΅Π³Ρ€Π°Ρ‚ΠΈΠ²Π½ΠΎΠ³ΠΎ Π°Π½Π°Π»ΠΈΠ·Π° Ρ€Π°Π·Π»ΠΈΡ‡Π½Ρ‹Ρ… Ρ‚ΠΈΠΏΠΎΠ² постгСномных Π΄Π°Π½Π½Ρ‹Ρ… ΠΏΡ€ΠΈ ΠΏΠΎΠΌΠΎΡ‰ΠΈ поиска топологичСски Π·Π½Π°Ρ‡ΠΈΠΌΡ‹Ρ… рСгуляторов Π² Π±ΠΈΠΎΠ»ΠΎΠ³ΠΈΡ‡Π΅ΡΠΊΠΎΠΉ сСти.

ΠŸΠΎΠΊΠ°Π·Π°Ρ‚ΡŒ вСсь тСкст

Бписок Π»ΠΈΡ‚Π΅Ρ€Π°Ρ‚ΡƒΡ€Ρ‹

  1. «Finishing the euchromatic sequence of the human genome,» Nature, vol. 431, no. 7011, pp. 931−945, Oct. 2004.
  2. M. Vidal, «A unifying view of 21st century systems biology.,» FEBS letters, vol. 583, no. 24, pp. 3891−3894, Dec. 2009.
  3. H. Kitano, «Systems Biology: A Brief Overview,» Science, vol. 295, no. 5560, pp. 16 621 664, Mar. 2002.
  4. H. Kitano, «Computational systems biology.,» Nature, vol. 420, no. 6912, pp. 206−210, Nov. 2002.
  5. L. II. Hartwell, J. J. Hopfield, S. Leibler, and A. W. Murray, «From molecular to modular cell biology.,» Nature, vol. 402, no. 6761, pp. C47-C52, Dec. 1999.
  6. N. H. Lee and A. I. Saeed, «Microarrays: an overview,» Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), vol. 353, pp. 265−300, 2007.
  7. N. M. Verrills, «Clinical proteomics: present and future prospects,» The Clinical Biochemist. Reviews / Australian Association of Clinical Biochemists, vol. 27, no. 2, pp. 99−116, May. 2006.
  8. D. G. Wang et al., «Large-scale identification, mapping, and genotyping of single-nucleotide polymorphisms in the human genome,» Science (New York, N.Y.), vol. 280, no. 5366, pp. 1077−1082, May. 1998.
  9. D. Murphy, «Gene expression studies using microarrays: principles, problems, and prospects.,» Advances in physiology education, vol. 26, no. 1, pp. 256−270, Dec. 2002.
  10. T. Barrett et al., «NCBI GEO: mining tens of millions of expression profiles-database and tools update.,» Nucleic Acids Res, vol. 35, Jan. 2007.
  11. P. Cahan, F. Rovegno, D. Mooney, J. C. Newman, G. St Laurent, and T. A. McCaffrey, «Meta-analysis of microarray results: challenges, opportunities, and recommendations for standardization.,» Gene, vol. 401, no. 1, pp. 12−18, Oct. 2007.
  12. J. N. Hirschhorn and M. J. Daly, «Genome-wide association studies for common diseases and complex traits.,» Nature reviews. Genetics, vol. 6, no. 2, pp. 95−108, Feb. 2005.
  13. W. Cookson, L. Liang, G. Abecasis, M. Moffatt, and M. Lathrop, «Mapping complex disease traits with global gene expression.,» Nature reviews. Genetics, vol. 10, no. 3, pp. 184—194, Mar. 2009.
  14. K. Blennow, M. J. de Leon, and II. Zetterberg, «Alzheimer's disease,» Lancet, vol. 368, no. 9533, pp. 387−403, Jul. 2006.
  15. J. Hardy, P. Lewis, T. Revesz, A. Lees, and C. Paisan-Ruiz, «The genetics of Parkinson’s syndromes: a critical review,» Current Opinion in Genetics & Development, vol. 19, no. 3, pp. 254−265, Jun. 2009.
  16. A. Davidson and B. Diamond, «Autoimmune diseases.,» N Engl J Med, vol. 345, no. 5, pp. 340−350, Aug. 2001.
  17. E. D. O. Roberson and A. M. Bowcock, «Psoriasis genetics: breaking the barrier,» Trends in Genetics: TIG, vol. 26, no. 9, pp. 415−423, Sep. 2010.
  18. A. Rahman and D. A. Isenberg, «Systemic lupus erythematosus,» The New England Journal of Medicine, vol. 358, no. 9, pp. 929−939, Feb. 2008.
  19. W. Bodmer and C. Bonilla, «Common and rare variants in multifactorial susceptibility to common diseases,» Nature Genetics, vol. 40, no. 6, pp. 695−701, Jun. 2008.
  20. Y. Q. Qiu, S. Zhang, X. S. Zhang, and L. Chen, «Detecting disease associated modules and prioritizing active genes based on high throughput data.,» BMC bioinformatics, vol. 11, no. 1, p. 26+, 2010.
  21. M. A. A. Ali and T. Sjoblom, «Molecular pathways in tumor progression: from discovery to functional understanding.,» Molecular bioSystems, vol. 5, no. 9, pp. 902—908, Sep. 2009.
  22. T. Ideker and R. Sharan, «Protein networks in disease.,» Genome research, vol. 18, no. 4, pp. 644−652, Apr. 2008.
  23. M. B. Eisen, P. T. Spellman, P. O. Brown, and D. Botstein, «Cluster analysis and display of genome-wide expression patterns,» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 95, no. 25, pp. 14 863−14 868, Dec. 1998.
  24. H. W. Ressom, R. S. Varghese, Z. Zhang, J. Xuan, and R. Clarke, «Classification algorithms for phenotype prediction in genomics and proteomics.,» Frontiers in bioscience: a journal and virtual libraiy, vol. 13, pp. 691−708, 2008.
  25. T. Sorlie et al.3 «Gene expression patterns of breast carcinomas distinguish tumor subclasses with clinical implications,» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 98, no. 19, pp. 10 869−10 874, Sep. 2001.
  26. B. D. Gregory and D. A. Belostotsky, «Whole-genome microarrays: applications and technical issues,» Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), vol. 553, pp. 39−56, 2009.
  27. J. Wu, L. T. Smith, C. Plass, and T. H. Huang, «ChlP-chip comes of age for genome-wide functional analysis,» Cancer Research, vol. 66, no. 14, pp. 6899−6902, Jul. 2006.
  28. T. LaFramboise, «Single nucleotide polymorphism arrays: a decade of biological, computational and technological advances.,» Nucleic acids research, vol. 37, no. 13, pp. 4181−4193, Jul. 2009.
  29. J. M. Johnson et al., «Genome-wide survey of human alternative pre-mRNA splicing with exon junction microarrays,» Science (New York, N.Y.), vol. 302, no. 5653, pp. 2141−2144, Dec. 2003.
  30. E. Purdom, K. M. Simpson, M. D. Robinson, J. G. Conboy, A. V. Lapuk, and T. P. Speed, «FIRMA: a method for detection of alternative splicing from exon array data,» Bio informatics, vol. 24, no. 15, pp. 1707−1714, Aug. 2008.
  31. H. Wang et al., «Gene structure-based splice variant deconvolution using a microarray platform,» Bioinformatics (Oxford, England), vol. 19, pp. i315−322, 2003.
  32. M. Tyers and M. Mann, «From genomics to proteomics,» Nature, vol. 422, no. 6928, pp. 193−197, Mar. 2003.
  33. R. Aebersold and D. R. Goodlett, «Mass spectrometry in proteomics,» Chemical Reviews, vol. 101, no. 2, pp. 269−295, Feb. 2001.
  34. M. Karas and F. Hillenkamp, «Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10,000 daltons,» Analytical Chemistiy, vol. 60, no. 20, pp. 2299−2301, Oct. 1988.
  35. J. B. Fenn, M. Mann, C. K. Meng, S. F. Wong, and C. M. Whitehouse, «Electrospray ionization for mass spectrometry of large biomolecules,» Science (New York, N.Y.), vol. 246, no. 4926, pp. 64−71, Oct. 1989.
  36. J. R. Yates, «Mass spectrometry and the age of the proteoine,» Journal of Mass Spectrometry: JMS, vol. 33, no. 1, pp. 1−19, Jan. 1998.
  37. A. Gorg, W. Weiss, and M. J. Dunn, «Current two-dimensional electrophoresis technology for proteomics,» Proteomics, vol. 4, no. 12, pp. 3665−3685, Dec. 2004.
  38. M. Mann and O. N. Jensen, «Proteomic analysis of post-translational modifications,» Nature Biotechnology, vol. 21, no. 3, pp. 255−261, Mar. 2003.
  39. A. W. Dowsey, M. J. Dunn, and G. Yang, «The role of bioinformatics in two-dimensional gel electrophoresis,» Proteomics, vol. 3, no. 8, pp. 1567−1596, Aug. 2003.
  40. S. P. Gygi, B. Rist, S. A. Gerber, F. Turecek, M. H. Gelb, and R. Aebersold, «Quantitative analysis of complex protein mixtures using isotope-coded affinity tags,» Nature Biotechnology, vol. 17, no. 10, pp. 994−999, Oct. 1999.
  41. L. V. Schneider and M. P. Hall, «Stable isotope methods for high-precision proteomics,»
  42. Drug Discovery Today, vol. 10, no. 5, pp. 353−363, Mar. 2005.
  43. R. Matthiesen and A. S. Carvalho, «Methods and algorithms for relative quantitative proteomics by mass spectrometry,» Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), vol. 593, pp. 187−204, 2010.
  44. L. D. Rogers and L. J. Foster, «Phosphoproteomics—finally fulfilling the promise?,» Molecular bioSysterns, vol. 5, no. 10, pp. 1122−1129, Oct. 2009.
  45. L. A. Liotta et al., «Protein microarrays: meeting analytical challenges for clinical applications,» Cancer Cell, vol. 3, no. 4, pp. 317−325, Apr. 2003.
  46. J. Jacquemier et al., «Protein expression profiling identifies subclasses of breast cancer and predicts prognosis,» Cancer Research, vol. 65, no. 3, pp. 767−779, Feb. 2005.
  47. K. M. Sheehan et al., «Use of reverse phase protein microarrays and reference standard development for molecular network analysis of metastatic ovarian carcinoma,» Molecular & Cellular Proteomics: MCP, vol. 4, no. 4, pp. 346−355, Apr. 2005.
  48. M. L. Metzker, «Sequencing technologies — the next generation,» Nature Reviews Genetics, vol. 11, no. 1, pp. 31—46, Dec. 2009.
  49. C. Trapnell and S. L. Salzberg, «How to map billions of short reads onto genomes.,» Nature biotechnology, vol. 27, no. 5, pp. 455−457, May. 2009.
  50. J. R. Miller, S. Koren, and G. Sutton, «Assembly algorithms for next-generation sequencing data.,» Genomics, vol. 95, no. 6, pp. 315—327, Jun. 2010.
  51. Z. Wang, M. Gerstein, and M. Snyder, «RNA-Seq: a revolutionary tool for transcriptomics,» Nature Reviews Genetics, vol. 10, no. 1, pp. 57−63, Jan. 2009.
  52. J. C. Marioni, C. E. Mason, S. M. Mane, M. Stephens, and Y. Gilad, «RNA-seq: an assessment of technical reproducibility and comparison with gene expression arrays.,» Genome research, vol. 18, no. 9, pp. 1509−1517, Sep. 2008.
  53. P. J. Park, «ChlP-seq: advantages and challenges of a maturing technology,» Nature Reviews Genetics, vol. 10, no. 10, pp. 669−680, Sep. 2009.
  54. B. A. Flusberg et al., «Direct detection of DNA methylation during single-molecule, realtime sequencing,» Nature Methods, vol. 7, no. 6, pp. 461−465, 2010.
  55. P. J. Campbell et al., «Identification of somatically acquired rearrangements in cancer using genome-wide massively parallel paired-end sequencing,» Nat Genet, vol. 40, no. 6, pp. 722 729, Apr. 2008.
  56. J. M. Raser and E. K. O’Shea, «Noise in Gene Expression: Origins, Consequences, and Control,» Science, vol. 309, no. 5743, pp. 2010−2013, Sep. 2005.
  57. Benson, Mikael, Breitling, and Rainer, «Network Theory to Understand Microarray Studies of Complex Diseases,» Current Molecular Medicine, vol. 6, no. 6, pp. 695−701, Sep. 2006.
  58. S. Sundaresh, S. P. Hung, G. W. Hatfield, and P. Baldi, «How noisy and replicable are DNA microarry data 1,» International journal of bioinformatics research and applications, vol. 1, no. 1, pp. 31−50, 2005.
  59. II. van Bakel, C. Nislow, B. J. Blencowe, and T. R. Hughes, «Most «dark matter» transcripts arc associated with known genesPLoS Biology, vol. 8, no. 5, p. el000371, May. 2010.
  60. A. Brazma et al., «Minimum information about a microarray experiment (MIAME)-toward standards for microarray dataNature genetics, vol. 29, no. 4, pp. 365−371, Dec. 2001.
  61. H. Parkinson et al., «ArrayExpress-a public database of microarray experiments and gene expression profiles.,» Nucleic Acids Res, vol. 35, Jan. 2007.
  62. A. Ramasamy, A. Mondry, C. C. Holmes, and D. G. Altman, «Key Issues in Conducting a Meta-Analysis of Gene Expression Microarray Datasets,» PLoS Med, vol. 5, no. 9, p. el 84+, Sep.2008.
  63. O. Larsson and R. Sandberg, «Lack of correct data format and comparability limits future integrative microarray research,» Nature Biotechnology, vol. 24, no. 11, pp. 1322−1323, Nov.2006.
  64. F. Hong, R. Breitling, C. W. McEntee, B. S. Wittner, J. L. Nemhauscr, and J. Chory, «RankProd: a bioconductor package for detecting differentially expressed genes in metaanalysis,» Bioinformatics, vol. 22, no. 22, pp. 2825−2827, Nov. 2006.
  65. P. Warnat, R. Eils, and B. Brors, «Cross-platform analysis of cancer microarray data improves gene expression based classification of phenotypes.,» BMC bioinformatics, vol. 6, no. l, p. 265+, 2005.
  66. M. Benito et al., «Adjustment of systematic microarray data biases,» Bioinformatics (Oxford, England), vol. 20, no. 1, pp. 105−114, Jan. 2004.
  67. E. S. Lander et al., «Initial sequencing and analysis of the human genome,» Nature, vol. 409, no. 6822, pp. 860−921, Feb. 2001.
  68. M. Pertea and S. L. Salzberg, «Between a chicken and a grape: estimating the number of human genes,» Genome Biology, vol. 11, no. 5, p. 206, 2010.
  69. T. Ideker, T. Galitski, and L. Hood, «A NEW APPROACH TO DECODING LIFE: Systems Biology,» Annual Review of Genomics and Human Genetics, vol. 2, no. 1, pp. 343−372, 2001.
  70. T. Ideker et al., «Integrated genomic and proteomic analyses of a systematically perturbed metabolic network.,» Science, vol. 292, no. 5518, pp. 929−934, 2001.
  71. C. H. Yeang, T. Ideker, and T. Jaakkola, «Physical network models.,» Journal of computational biology: a journal of computational molecular cell biology, vol. 11, no. 2, pp. 243−262, 2004.
  72. R. Albert and A. L. Barabasi, «Statistical mechanics of complex networks,» Reviews of Modern Physics, vol. 74, no. 1, pp. 47−97, 2002.
  73. R. Milo, S. Shen-Orr, S. Itzkovitz, N. Kashtan, D. Chklovskii, and U. Alon, «Network motifs: simple building blocks of complex networks.,» Science (New York, N.Y.), vol. 298, no. 5594, pp. 824−827, Oct. 2002.
  74. R. Sharan et al., «Conserved patterns of protein interaction in multiple species.,» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 102, no. 6, pp. 1974−1979, Feb. 2005.
  75. H. Yu et al., «High-quality binary protein interaction map of the yeast interactome network.,» Science (New York, N.Y.), vol. 322, no. 5898, pp. 104−110, Oct. 2008.
  76. J. F. Rual et al., «Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network.,» Nature, vol. 437, no. 7062, pp. 1173−1178, Oct. 2005.
  77. M. Vidal, «Interactome modeling.,» FEBS letters, vol. 579, no. 8, pp. 1834−1838, Mar. 2005.
  78. M. E. Cusick, N. Klitgord, M. Vidal, and D. E. Hill, «Interactome: gateway into systems biology.,» Hitman molecular genetics, vol. 14, Oct. 2005.
  79. C. von Mering et al., «Comparative assessment of large-scale data sets of protein-protein interactions.,» Nature, vol. 417, no. 6887, pp. 399−403, 2002.
  80. P. Braun et al., «An experimentally derived confidence score for binary protein-protein interactions,» Nature Methods, vol. 6, no. 1, pp. 91−97, Jan. 2009.
  81. Y. Chen, S. V. Rajagopala, T. Stellberger, and P. Uetz, «Exhaustive benchmarking of the yeast two-hybrid system,» Nature Methods, vol. 7, no. 9, pp. 667−668- author reply 668, Sep. 2010.
  82. A. Gavin et al., «Functional organization of the yeast proteome by systematic analysis of protein complexes,» Nature, vol. 415, no. 6868, pp. 141−147, Jan. 2002.
  83. M. Tompa et al., «Assessing computational tools for the discovery of transcription factor binding sites,» Nature Biotechnology, vol. 23, no. 1, pp. 137−144, Jan. 2005.
  84. A. Beyer, S. Bandyopadhyay, and T. Ideker, «Integrating physical and genetic maps: from genomes to interaction networks.,» Nature reviews. Genetics, vol. 8, no. 9, pp. 699—710, Sep. 2007.
  85. N. Daraselia, A. Yuryev, S. Egorov, S. Novichkova, A. Nikitin, and I. Mazo, «Extracting human protein interactions from MEDLINE using a full-sentence parser,» Bioinformatics (Oxford, England), vol. 20, no. 5, pp. 604−611, Mar. 2004.
  86. M. E. Cusick et al., «Literature-curated protein interaction datasets,» Nature Methods, vol. 6, no. 1, pp. 39−46, Dec. 2008.
  87. L. Hakes, J. W. Pinney, D. L. Robertson, and S. C. Lovell, «Protein-protein interaction networks and biology—what's the connection?,» Nature Biotechnology, vol. 26, no. 1, pp. 69−72, Jan. 2008.
  88. H. Yu et al., «High-quality binary protein interaction map of the yeast interactome network,» Science (New York, N.Y.), vol. 322, no. 5898, pp. 104−110, Oct. 2008.
  89. A. P. Presson et al., «Integrated weighted gene co-expression network analysis with an application to chronic fatigue syndrome.,» BMC systems biology, vol. 2, p. 95+, Nov. 2008.
  90. H. Jeong, B. Tombor, R. Albert, Z. N. Oltvai, and A. L. Barabasi, «The large-scale organization of metabolic networks.,» Nature, vol. 407, no. 6804, pp. 651−654, Oct. 2000.
  91. R. Albert, «Scale-free networks in cell biology,» Journal of Cell Science, vol. 118, no. 21, pp. 4947.4957, Nov. 2005.
  92. Barabasi and Albert, «Emergence of scaling in random networks,» Science (New York, N.Y.), vol. 286, no. 5439, pp. 509−512, Oct. 1999.
  93. H. Jeong, B. Tombor, R. Albert, Z. N. Oltvai, and A. L. Barabasi, «The large-scale organization of metabolic networks.,» Nature, vol. 407, no. 6804, pp. 651−654, Oct. 2000.
  94. A. L. Barabasi and Z. N. Oltvai, «Network biology: understanding the cell’s functional organization.,» Nature reviews. Genetics, vol. 5, no. 2, pp. 101—113, Feb. 2004.
  95. H. Yu, D. Greenbaum, H. Xin Lu, X. Zhu, and M. Gerstein, «Genomic analysis of essentiality within protein networks.,» Trends Genet, vol. 20, no. 6, pp. 227−231, Jun. 2004.
  96. L. H. Hartwell, J. J. Hopfield, S. Leibler, and A. W. Murray, «From molecular to modular cell biology,» Nature, vol. 402, no. 6761, pp. C47−52, Dec. 1999.
  97. J. D. Han et al., «Evidence for dynamically organized modularity in the yeast protein-protein interaction network.,» Nature, vol. 430, no. 6995, pp. 88−93, Jul. 2004.
  98. M. Oti, B. Snel, M. A. Huynen, and H. G. Brunner, «Predicting disease genes using proteinprotein interactions,» Journal of Medical Genetics, vol. 43, no. 8, pp. 691−698, Aug. 2006.
  99. F. Sams-Dodd, «Target-based drug discovery: is something wrong?,» Drug Discoveiy Today, vol. 10, no. 2, pp. 139−147, Jan. 2005.
  100. H. Kitano, «A robustness-based approach to systems-oriented drug design,» Nature Reviews. Drug Discoveiy, vol. 6, no. 3, pp. 202−210, Mar. 2007.
  101. G. R. Zimmermann, J. Lehar, and C. T. Keith, «Multi-target therapeutics: when the whole is greater than the sum of the parts,» Drug Discoveiy Today, vol. 12, no. 1, pp. 34−42, Jan. 2007.
  102. G. P. Gupta et al., «Mediators of vascular remodelling co-opted for sequential steps in lung metastasis,» Nature, vol. 446, no. 7137, pp. 765−770, Apr. 2007.
  103. Z. Dezso et al., «Identifying disease-specific genes based on their topological significance in protein networks,» BMC Systems Biology, vol. 3, no. 1, p. 36+, 2009.
  104. W. Hwang, A. Zhang, and M. Ramanathan, «Identification of information flow-modulating drug targets: a novel bridging paradigm for drug discovery,» Clinical Pharmacology and
  105. Therapeutics, vol. 84, no. 5, pp. 563−572, Nov. 2008.
  106. A. A. Ptitsyn, M. M. Weil, and D. H. Thamm, «Systems biology approach to identification of biomarkers for metastatic progression in cancer,» BMC Bioinformatics, vol. 9, p. S8, 2008.
  107. H. Y. Chuang, E. Lee, Y. T. Liu, D. Lee, and T. Ideker, «Network-based classification of breast cancer metastasis.,» Molecular systems biology, vol. 3, Oct. 2007.
  108. S. Bureeva, S. Zvereva, V. Romanov, and T. Serebryiskaya, «Manual annotation of protein interactions,» Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.), vol. 563, pp. 75−95, 2009.
  109. H. Ge, A. J. Walhout, and M. Vidal, «Integrating 'omic' information: a bridge between genomics and systems biology.,» Trends in genetics: TIG, vol. 19, no. 10, pp. 551−560, Oct. 2003.
  110. S. Killcoyne, G. W. Carter, J. Smith, and J. Boyle, «Cytoscape: a community-based framework for network modeling.,» Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), vol. 563, pp. 219−239, 2009.
  111. C. H. Yeang, H. C. Mak, S. McCuine, C. Workman, T. Jaakkola, and T. Ideker, «Validation and refinement of gene-regulatory pathways on a network of physical interactions.,» Genome biology, vol. 6, no. 7, p. R62+, 2005.
  112. H. Hermjakob et al., «The HUPO PSI’s molecular interaction format-a community standard for the representation of protein interaction data.,» Nature biotechnology, vol. 22, no. 2, pp. 177−183, Feb. 2004.
  113. E. Demir et al., «The BioPAX community standard for pathway data sharing,» Nature Biotechnology, vol. 28, no. 9, pp. 935−942, Sep. 2010.
  114. A. Portela and M. Esteller, «Epigenetic modifications and human disease,» Nature Biotechnology, vol. 28, no. 10, pp. 1057−1068, Oct. 2010.
  115. M. Hucka et al., «The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models,» Bioinformatics, vol. 19, no. 4, pp. 524−531, Mar. 2003.
  116. G. D. Bader, M. P. Cary, and C. Sander, «Pathguide: a pathway resource list,» Nucleic Acids Research, vol. 34, pp. D504−506, Jan. 2006.
  117. S. Mathivanan et al., «An evaluation of human protein-protein interaction data in the public domainBMC Bioinformatics, vol. 7, no. 5, p. S19+, 2006.
  118. L. Salwinski, C. S. Miller, A. J. Smith, F. K. Pettit, J. U. Bowie, and D. Eisenberg, «The Database of Interacting Proteins: 2004 update,» Nucl. Acids Res., vol. 32, no. 1, pp. D449−451, Jan. 2004.
  119. B. Aranda et al., «The IntAct molecular interaction database in 2010,» Nucl. Acids Res., vol. 38, pp. gkp878−531, Oct. 2009.
  120. A. Ceol et al., «MINT, the molecular interaction database: 2009 update.,» Nucleic acids research, vol. 38, pp. D532−539, Jan. 2010.
  121. B. J. Breitkreutz et al., «The BioGRID Interaction Database: 2008 update.,» Nucleic acids research, vol. 36, Jan. 2008.
  122. S. Peri et al., «Development of human protein reference database as an initial platform for approaching systems biology in humans.,» Genome research, vol. 13, no. 10, pp. 2363−2371, Oct. 2003.
  123. G. D. Bader, D. Betel, and C. W. Hogue, «BIND: the Biomolecular Interaction Network Database.,» Nucleic acids research, vol. 31, no. 1, pp. 248−250, Jan. 2003.
  124. G. O. Consortium, «The Gene Ontology (GO) project in 2006,» Nucl. Acids Res., vol. 34, no. 1, pp. D322—326, Jan. 2006.
  125. M. Kanehisa and S. Goto, «KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes,» Nucleic Acids Research, vol. 28, no. 1, pp. 27−30, Jan. 2000.
  126. D. Croft et al., «Reactome: a database of reactions, pathways and biological processes,» Nucleic Acids Research, vol. 39, pp. D691−697, Jan. 2011.
  127. H. Mi, N. Guo, A. Kejariwal, and P. D. Thomas, «PANTHER version 6: protein sequence and function evolution data with expanded representation of biological pathways,» Nucleic
  128. Acids Research, vol. 35, pp. D247−252, Jan. 2007.
  129. A. R. Pico, T. Kelder, M. P. van Iersel, K. Hanspers, B. R. Conklin, and C. Evelo, «WikiPathways: pathway editing for the people,» PLoS Biology, vol. 6, no. 7, p. el84, Jul. 2008.
  130. D. Soh, D. Dong, Y. Guo, and L. Wong, «Consistency, comprehensiveness, and compatibility of pathway databases,» BMC Bioinformatics, vol. 11, no. 1, p. 449, Sep. 2010.
  131. K. Xia, D. Dong, and J. J. Han, «IntNetDB vl.0: an integrated protein-protein interaction network database generated by a probabilistic model,» BMC Bioinformatics, vol. 7, p. 508, 2006.
  132. B. Turner et al., «iRefWeb: interactive analysis of consolidated protein interaction data and their supporting evidence,» Database: The Journal of Biological Databases and Cnration, vol. 2010, p. baq023, 2010.
  133. P. Khatri and S. Draghici, «Ontological analysis of gene expression data: current tools, limitations, and open problems,» Bioinformatics (Oxford, England), vol. 21, no. 18, pp. 35 873 595, Sep. 2005.
  134. S. Draghici et al., «A systems biology approach for pathway level analysis,» Genome Research, vol. 17, no. 10, pp. 1537−1545, Oct. 2007.
  135. D. W. Huang, B. T. Sherman, and R. A. Lempicki, «Bioinformatics enrichment tools: paths toward the comprehensive functional analysis of large gene lists,» Nucl. Acids Res., vol. 37, no. l, pp. 1−13, Jan. 2009.
  136. X. Wang, E. Dalkic, M. Wu, and C. Chan, «Gene module level analysis: identification to networks and dynamics.,» Current opinion in biotechnology, vol. 19, no. 5, pp. 482—491, Oct. 2008.
  137. S. E. Baranzini et al., «Pathway and network-based analysis of genome-wide association studies in multiple sclerosis,» Hum. Mol. Genet., vol. 18, no. 11, pp. 2078−2090, Jun. 2009.
  138. A. Keller et al., «A novel algorithm for detecting differentially regulated paths based on gene set enrichment analysis.,» Bioinformatics (Oxford, England), vol. 25, no. 21, pp. 2787—2794, Nov. 2009.
  139. H. Hu, «An Efficient Method to Identify Conditionally Activated Transcription Factors and their Corresponding Signal Transduction Pathway Segments,» Bioinformatics and Biology Insights, vol. 3, pp. 179−187,2009.
  140. Z. Tu, L. Wang, M. N. Arbeitman, T. Chen, and F. Sun, «An integrative approach for causal gene identification and gene regulatory pathway inference.,» Bioinformatics, vol. 22, no. 14, pp. e489−496, Jul. 2006.
  141. L. Shi et al., «The MicroArray Quality Control (MAQC)-II study of common practices for the development and validation of microarray-based predictive models,» Nature Biotechnology, Jul. 2010.
  142. J. Stec et al., «Comparison of the predictive accuiacy of DNA array-based multigene classifiers across cDNA arrays and Affymetrix GeneChips,» The Journal of Molecular Diagnostics: JMD, vol. 7, no. 3, pp. 357−367, Aug. 2005.
  143. C. J. Miller, simpleaffy: Very simple high level analysis of Affymetrix data.
  144. E. Piruzian et al., «Integrated network analysis of transcriptomic and proteomic data inpsoriasis,» BMC Systems Biology, vol. 4, no. 1, p. 41+, 2010.
  145. U. K. Laemmli, «Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 «Nature, vol. 227, no. 5259, pp. 680−685, Aug. 1970.
  146. B. L. Welch, «The Generalization of «Student's' Problem when Several Different Population Variances are Involved,» Biometrika, vol. 34, no. 1, pp. 28−35, 1947.
  147. Y. Benjamini and Y. Hochberg, «Controlling the False Discovery Rate: A Practical and Powerful Approach to Multiple Testing,» Journal of the Royal Statistical Society. Series B, Methodological, vol. 57, no. 1, pp. 289−300, 1995.
  148. V. Pihur, S. Datta, and S. Datta, «RankAggreg, an R package for weighted rank aggregation,» BMC Bioinformatics, vol. 10, no. 1, p. 62+, 2009.
  149. R. D. C. Team, R: A Language and Environment for Statistical Computing. Vienna, Austria:, 2010.
  150. R. Gentleman et al., «Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics,» Genome Biology, vol. 5, no. 10, p. R80+, 2004.
  151. T. Byrt, J. Bishop, and J. B. Carlin, «Bias, prevalence and kappa.,» Journal of clinical epidemiology, vol. 46, no. 5, pp. 423429, May. 1993.
  152. A. M. Bowcock and J. G. Krueger, «Getting under the skin: the immunogenetics of psoriasis,» Nature Reviews Immunology, vol. 5, no. 9, pp. 699—711, Sep. 2005.
  153. Y. Liu, J. G. Krueger, and A. M. Bowcock, «Psoriasis: genetic associations and immune system changes,» Genes and Immunity.
  154. M. D. Srivastava and M. N. Kulaylat, «Gene expression profiles of late colonic Crohn’s disease,» Journal of Medicine, vol. 35, no. 1, pp. 233−255, 2004.
  155. F. Andre et al., «HER2 expression and efficacy of preoperative paclitaxel/FAC chemotherapy in breast cancer,» Breast Cancer Research and Treatment, vol. 108, no. 2, pp. 183−190, Mar. 2008.
  156. P. Madsen et al., «Molecular cloning, occurrence, and expression of a novel partially secreted protein «psoriasin» that is highly up-regulated in psoriatic skin,» The Journal of Investigative Dermatology, vol. 97, no. 4, pp. 701−712, Oct. 1991.
  157. H. Vorum et al., «Expression and divalent cation binding properties of the novel chemotactic inflammatory protein psoriasin,» Electrophoresis, vol. 17, no. 11, pp. 1787−1796, Nov. 1996.
  158. A. Takeda et al., «Overexpression of serpin squamous cell carcinoma antigens in psoriatic skin,» The Journal of Investigative Dermatology, vol. 118, no. 1, pp. 147−154, Jan. 2002.
  159. P. Madsen et al., «Cloning, expression, and chromosome mapping of human galectin-7,» The Journal of Biological Chemistry, vol. 270, no. 11, pp. 5823−5829, Mar. 1995.
  160. S. Ghavami et al., «S100A8/A9 at low concentration promotes tumor cell growth via RAGE ligation and MAP kinase-dependent pathway.,» Journal of leukocyte biology, vol. 83, no. 6, pp. 1484−1492, Jun. 2008.
  161. D. Tsuruta, «NF-kappaB links keratinocytes and lymphocytes in the pathogenesis of psoriasis,» Recent Patents on Inflammation & Allergy Drug Discoveiy, vol. 3, no. 1, pp. 4048, 2009.
  162. S. Sano, K. S. Chan, and J. DiGiovanni, «Impact of Stat3 activation upon skin biology: a dichotomy of its role between homeostasis and diseases,» Journal of Dermatological Science, vol. 50, no. 1, pp. 1−14, Apr. 2008.
  163. K. Ghoreschi, U. Mrowietz, and M. Rocken, «A molecule solves psoriasis? Systemic therapies for psoriasis inducing interleukin 4 and Th2 responses,» Journal of Molecular
  164. Medicine (Berlin, Germany), vol. 81, no. 8, pp. 471−480, Aug. 2003.
  165. A. Gandarillas and F. M. Watt, «c-Myc promotes differentiation of human epidermal stem cells,» Genes & Development, vol. 11, no. 21, pp. 2869−2882, Nov. 1997.
  166. I. Arnold and F. M. Watt, «c-Myc activation in transgenic mouse epidermis results in mobilization of stem cells and differentiation of their progeny,» Current Biology: CB, vol. 11, no. 8, pp. 558−568, Apr. 2001.
  167. F. Santilli, N. Vazzana, L. G. Bucciarelli, and G. Davi, «Soluble forms of RAGE in human diseases: clinical and therapeutical implications,» Current Medicinal Chemistiy, vol. 16, no. 8, pp. 940−952, 2009.
  168. Y. Yao et al., «Type I Interferon: Potential Therapeutic Target for Psoriasis?,» PLoS ONE, vol. 3, no. 7, p. e2737+, Jul. 2008.
  169. R. Kelly, R. A. Marsden, and D. Bevan, «Exacerbation of psoriasis with GM-CSF therapy,» The British Journal of Dermatology, vol. 128, no. 4, pp. 468−469, Apr. 1993.
  170. J. Gu et al., «A 588-gene microarray analysis of the peripheral blood mononuclear cells of spondyloarthropathy patients,» Rheumatology (Oxford, England), vol. 41, no. 7, pp. 759−766, Jul. 2002.
  171. J. Reischl, S. Schwenke, J. M. Beekman, U. Mrowietz, S. Sturzebecher, and J. F. Heubach, «Increased expression of Wnt5a in psoriatic plaques,» The Journal of Investigative Dermatology, vol. 127, no. 1, pp. 163−169, Jan. 2007.
  172. T. Shiina, K. Hosomichi, H. Inoko, and J. K. Kulski, «The HLA genomic loci map: expression, interaction, diversity and disease,» Journal of Human Genetics, vol. 54, no. 1, pp. 15−39, Jan. 2009.
  173. K. Asadullah et al., «IL-10 is a key cytokine in psoriasis. Proof of principle by IL-10 therapy: a new therapeutic approach,» The Journal of Clinical Investigation, vol. 101, no. 4, pp. 783 794, Feb. 1998.
  174. J. C. Cancino-Diaz et al., «Interleukin-13 receptor in psoriatic keratinocytes: overexpression of the mRNA and underexpression of the protein,» The Journal of Investigative Dermatology, vol. 119, no. 5, pp. 1114−1120, Nov. 2002.
  175. A. Pietrzak et al., «Genes and structure of selected cytokines involved in pathogenesis of psoriasis,» Folia Histochemica Et Cytohiologica / Polish Academy of Sciences, Polish Histochemical and Cytochemical Society, vol. 46, no. 1, pp. 11−21, 2008.
  176. R. Martin, «Interleukin 4 treatment of psoriasis: are pleiotropic cytokines suitable therapies for autoimmune diseases?,» Trends in Pharmacological Sciences, vol. 24, no. 12, pp. 613 616, Dec. 2003.
  177. D. Foell et al., «Expression of the pro-inflammatory protein S100A12 (EN-RAGE) in rheumatoid and psoriatic arthritis,» Rheumatology (Oxford, England), vol. 42, no. 11, pp. 1383−1389, Nov. 2003.
  178. R. Horuk, «BX471: a CCR1 antagonist with anti-inflammatory activity in man,» Mini Reviews in Medicinal Chemistry, vol. 5, no. 9, pp. 791−804, Sep. 2005.
  179. M. de Groot et al., «Expression of the chemokine receptor CCR5 in psoriasis and results of a randomized placebo controlled trial with a CCR5 inhibitor,» Archives of Dermatological Research, vol. 299, no. 7, pp. 305−313, Sep. 2007.
  180. C. N. Ellis and G. G. Krueger, «Treatment of chronic plaque psoriasis by selective targeting of memory effector T lymphocytes,» The New England Journal of Medicine, vol. 345, no. 4, pp. 248−255, Jul. 2001.
  181. M. A. De Rie, I. Cairo, R. A. Van Lier, and J. D. Bos, «Expression of the T-cell activation antigens CD27 and CD28 in normal and psoriatic skin,» Clinical and Experimental Dermatology, vol. 21, no. 2, pp. 104−111, Mar. 1996.
  182. E. Prens, K. t Hooft-Benne, B. Tank, J. Van Damme, T. van Joost, and R. Benner, «Adhesion molecules and IL-1 costimulate T lymphocytes in the autologous MECLR in psoriasis,» Archives of Dermatological Research, vol. 288, no. 2, pp. 68−73, Feb. 1996.
  183. R. Debets et al., «The IL-1 system in psoriatic skin: IL-1 antagonist sphere of influence in lesional psoriatic epidermis,» Journal of Immunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 158, no. 6, pp. 2955−2963, Mar. 1997.
  184. B. S. Schulz et al., «Increased expression of epidermal IL-8 receptor in psoriasis. Down-regulation by FK-506 in vitro,» Journal of Immunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 151, no. 8, pp. 4399−4406, Oct. 1993.
  185. E. Guttman-Yassky et al., «Blockade of CDlla by efalizumab in psoriasis patients induces a unique state of T-cell hyporesponsiveness,» The Journal of Investigative Dermatology, vol. 128, no. 5, pp. 1182−1191, May. 2008.
  186. F. Sjogren, O. Ljunghusen, A. Baas, B. I. Coble, and O. Stendahl, «Expression and function of beta 2 integrin CD 1 IB/CD 18 on leukocytes from patients with psoriasis,» Acta Dermato-Venereologica, vol. 79, no. 2, pp. 105−110, Mar. 1999.
  187. J. L. Curry et al., «Innate immune-related receptors in normal and psoriatic skin,» Archives of Pathology & Laboratory Medicine, vol. 127, no. 2, pp. 178−186, Feb. 2003.
  188. A. M. Patterson et al., «Differential expression of syndecans and glypicans in chronically inflamed synovium,» Annals of the Rheumatic Diseases, vol. 67, no. 5, pp. 592−601, May. 2008.
  189. H. Wakita and M. Takigawa, «E-selectin and vascular cell adhesion molecule-1 are critical for initial trafficking of helper-inducer/memory T cells in psoriatic plaques,» Archives of Dermatology, vol. 130, no. 4, pp. 457−463, Apr. 1994.
  190. A. Chu, K. Hong, E. L. Berg, and R. O. Ehrhardt, «Tissue specificity of E- and P-selectin ligands in Thl-mediated chronic inflammation,» Journal of Immunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 163, no. 9, pp. 5086−5093, Nov. 1999.
  191. N. R. Seung et al., «Comparison of expression of heat-shock protein 60, Toll-like receptors 2 and 4, and T-cell receptor gammadelta in plaque and guttate psoriasis,» Journal of Cutaneous Pathology, vol. 34, no. 12, pp. 903−911, Dec. 2007.
  192. C. Zhao et al., «Identification of novel functional differences in monocyte subsets using proteomic and transcriptomic methods.,» Journal of proteome research, vol. 8, no. 8, pp. 4028−4038, Aug. 2009.
  193. M. L. Gatza et al., «A pathway-based classification of human breast cancer,» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 107, no. 15, pp. 69 946 999, Apr. 2010.
  194. C. J. Hack, «Integrated transcriptome and proteome data: the challenges ahead.,» Briefings in functional genomics & proteomics, vol. 3, no. 3, pp. 212—219, Nov. 2004.
  195. K. Steiling et al., «Comparison of proteomic and transcriptomic profiles in the bronchial airway epithelium of current and never smokers.,» PloS one, vol. 4, no. 4, 2009.
  196. Π’. Cox, T. Kislinger, and A. Emili, «Integrating gene and protein expression data: pattern analysis and profile mining.,» Methods (San Diego, Calif), vol. 35, no. 3, pp. 303−314, Mar. 2005.
  197. Y. R. Chen et al., «Quantitative proteomic and genomic profiling reveals metastasis-related protein expression patterns in gastric cancer cells.,» Journal of proteome research, vol. 5, no. 10, pp. 2727−2742, Oct. 2006.
  198. Y. Nikolsky, T. Nikolskaya, and A. Bugrim, «Biological networks and analysis ofexperimental data in drug discovery.,» Drug discoveiy today, vol. 10, no. 9, pp. 653−662, 2005.
  199. A. L. Hopkins, «Network pharmacology: the next paradigm in drug discovery,» Nature Chemical Biology, vol. 4, no. 11, pp. 682−690, Nov. 2008.
  200. R. J. Lipshutz, S. P. Fodor, T. R. Gingeras, and D. J. Lockhart, «High density syntheticoligonucleotide arrays.,» Nat Genet, vol. 21, no. 1, pp. 20−24, Jan. 1999.
  201. K. Kuhn et al., «A novel, high-performance random array platform for quantitative geneexpression profiling,» Genome Research, vol. 14, no. 11, pp. 2347−2356, Nov. 2004.
  202. K. L. Gunderson et al., «Decoding randomly ordered DNA arrays,» Genome Research, vol.14, no. 5, pp. 870−877, May. 2004.
  203. B. M. Bolstad, R. A. Irizarry, M. Astrand, and T. P. Speed, «A comparison of normalization methods for high density oligonucleotide array data based on variance and bias,» Bioinformatics, vol. 19, no. 2, pp. 185−193, Jan. 2003.
  204. R. A. Irizarry, B. M. Bolstad, F. Collin, L. M. Cope, B. Hobbs, and T. P. Speed, «Summaries of Affymetrix GeneChip probe level data.,» Nucl. Acids Res., vol. 31, no. 4, p. el5+, Feb. 2003.
  205. Z. Wu, R. A. Irizarry, R. Gentleman, F. Martinez-Murillo, and F. Spencer, «A Model-Based Background Adjustment for Oligonucleotide Expression Arrays,» Journal of the American Statistical Association, vol. 99, no. 468, p. 909+.
  206. J. J. Chen, S. J. Wang, C. A. Tsai, and C. J. Lin, «Selection of differentially expressed genes in microarray data analysis,» The Pharmacogenomics Journal.
  207. V. G. Tusher, R. Tibshirani, and G. Chu, «Significance analysis of microarrays applied to the ionizing radiation response,» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 98, no. 9, pp. 5116−5121, Apr. 2001.
  208. G. K. Smyth, «Linear models and empirical bayes methods for assessing differential expression in microarray experiments.,» Statistical applications in genetics and molecidar biology, vol. 3, no. 1, 2004.
  209. J. D. Storey and R. Tibshirani, «Statistical significance for genomewide studies,» Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol. 100, no. 16, pp. 9440−9445, Aug. 2003.
  210. Y. Pawitan, S. Michiels, S. Koscielny, A. Gusnanto, and A. Ploner, «False discovery rate, sensitivity and sample size for microarray studies «Bioinformatics, vol. 21, no. 13, pp. 3017— 3024, Jul. 2005.
  211. A. Ben-Hur, C. S. Ong, S. Sonnenburg, B. Scholkopf, and G. Ratsch, «Support vector machines and kernels for computational biology,» PLoS Computational Biology, vol. 4, no. 10, p. el000173, Oct. 2008.
  212. S. Ma and J. Huang, «Penalized feature selection and classification in bioinformatics,» Briefings in Bioinformatics, vol. 9, no. 5, pp. 392−403, Sep. 2008.
  213. P. Anand et al., «Cancer is a preventable disease that requires major lifestyle changes,» Pharmaceutical Research, vol. 25, no. 9, pp. 2097−2116, Sep. 2008.
  214. N. Petrucelli, M. B. Daly, and G. L. Feldman, «Hereditary breast and ovarian cancer due to mutations in BRCA1 and BRCA2,» Genetics in Medicine: Official Journal of the American College of Medical Genetics, vol. 12, no. 5, pp. 245−259, May. 2010.
  215. P. A. Futreal et al., «A census of human cancer genes,» Nature Reviews. Cancer, vol. 4, no. 3, pp. 177−183, Mar. 2004.
  216. D. Hanahan and R. A. Weinberg, «The hallmarks of cancer,» Cell, vol. 100, no. 1, pp. 57−70, Jan. 2000.
  217. M. P. Little and G. Li, «Stochastic modelling of colon cancer: is there a role for genomic instability?,» Carcinogenesis, vol. 28, no. 2, pp. 479−487, Feb. 2007.
  218. T. Sjoblom et al., «The consensus coding sequences of human breast and colorectal cancers,» Science (New York, N.Y.), vol. 314, no. 5797, pp. 268−274, Oct. 2006.
  219. A. Davidson and B. Diamond, «Autoimmune diseases,» The New England Journal of Medicine, vol. 345, no. 5, pp. 340−350, Aug. 2001.
  220. B. J. Nickoloff and F. O. Nestle, «Recent insights into the immunopathogenesis of psoriasis provide new therapeutic opportunities.,» J Clin Invest, vol. 113, no. 12, pp. 1664−1675, Jun. 2004.
  221. C. H. Smith and J. N. Barker, «Psoriasis and its management.,» BMJ, vol. 333, no. 7564, pp. 380−384, Aug. 2006.
  222. J. T. Elder et al., «Molecular dissection of psoriasis: integrating genetics and biology,» The Journal of Investigative Dermatology, vol. 130, no. 5, pp. 1213−1226, May. 2010.
  223. L. Samuelsson et al., «A genome-wide search for genes predisposing to familial psoriasis by using a stratification approach,» Human Genetics, vol. 105, no. 6, pp. 523−529, Dec. 1999.
  224. A. M. Bowcock and W. O. C. M. Cookson, «The genetics of psoriasis, psoriatic arthritis and atopic dermatitis,» Human Molecular Genetics, vol. 13, pp. R43−55, Apr. 2004.
  225. R. L. Smith, R. B. Warren, C. E. Griffiths, and J. Worthington, «Genetic susceptibility to psoriasis: an emerging picture,» Genome Medicine, vol. 1, no. 7, p. 72, 2009.
  226. R. P. Nair et al., «Genome-wide scan reveals association of psoriasis with IL-23 and NF-kappaB pathways,» Nature Genetics, vol. 41, no. 2, pp. 199−204, Feb. 2009.
  227. E. Dika, F. Bardazzi, R. Balestri, and H. I. Maibach, «Environmental factors and psoriasis.,» CurrProhl Dermatol, vol. 35, pp. 118−135, 2007.
  228. M. A. Lowes, A. M. Bowcock, and J. G. Krueger, «Pathogenesis and therapy of psoriasis,» Nature, vol. 445, no. 7130, pp. 866−873, Feb. 2007.
  229. I. Kryczek et al., «Induction of IL-17+ T cell trafficking and development by IFN-gamma: mechanism and pathological relevance in psoriasis,» Journal of Immunology (Baltimore, Md.: 1950), vol. 181, no. 7, pp. 4733−4741, Oct. 2008.
  230. W. Lew, A. M. Bowcock, and J. G. Krueger, «Psoriasis vulgaris: cutaneous lymphoid tissue supports T-cell activation and «Type 1» inflammatory gene expression,» Trends in Immunology, vol. 25, no. 6, pp. 295−305, Jun. 2004.
  231. X. Zhou et al., «Novel mechanisms of T-cell and dendiitic cell activation revealed by profiling of psoriasis on the 63,100-element oligonucleotide array.,» Physiol Genomics, vol. 13, no. 1, pp. 69−78, Mar. 2003.
  232. E. A. Ahvawi, E. Krulig, and K. B. Gordon, «Long-term efficacy of biologies in the treatment of psoriasis: what do we really know?,» Dermatologic Therapy, vol. 22, no. 5, pp. 431−440, Oct. 2009.
  233. W. Strober, I. Fuss, and P. Mannon, «The fundamental basis of inflammatory bowel disease.,» J Clin Invest, vol. 117, no. 3, pp. 514−521, Mar. 2007.
  234. T. Kucharzik et al., «Recent understanding of IBD pathogenesis: implications for future therapies.,» Inflamm Bowel Dis, vol. 12, no. 11, pp. 1068−1083, Nov. 2006.
  235. I. Peluso, F. Pallone, and G. Montelcone, «Interleukin-12 and Thl immune response in Crohn’s disease: pathogenetic relevance and therapeutic implication.,» World J Gastroenterol, vol. 12, no. 35, pp. 5606−5610, Sep. 2006.
  236. S. Danese and C. Fiocchi, «Etiopathogenesis of inflammatory bowel diseases,» World Journal of Gastroenterology: WJG, vol. 12, no. 30, pp. 4807−4812, Aug. 2006.
  237. A. P. Cuthbert et al., «The contribution of NOD2 gene mutations to the risk and site of disease in inflammatory bowel disease,» Gastroenterology, vol. 122, no. 4, pp. 867−874, Apr. 2002.
  238. T. Watanabe, A. Kitani, P. J. Murray, and W. Strober, «NOD2 is a negative regulator of Tolllike receptor 2-mediated T helper type 1 responses,» Nature Immunology, vol. 5, no. 8, pp. 800−808, Aug. 2004.
  239. J. H. Cho and C. T. Weaver, «The genetics of inflammatory bowel disease,» Gastroenterology, vol. 133, no. 4, pp. 1327−1339, Oct. 2007.
  240. J. M. Torpy, C. Lynm, and R. M. Glass, «JAMA patient page. Crohn disease.,» JAMA: the journal of the American Medical Association, vol. 299, no. 14, Apr. 2008.
Π—Π°ΠΏΠΎΠ»Π½ΠΈΡ‚ΡŒ Ρ„ΠΎΡ€ΠΌΡƒ Ρ‚Π΅ΠΊΡƒΡ‰Π΅ΠΉ Ρ€Π°Π±ΠΎΡ‚ΠΎΠΉ