В соответствии с Правилом (стандартом) аудиторской деятельности изучение и оценка систем бухгалтерского учета и внутреннего контроля в ходе аудита надежность и эффективность системы внутреннего контроля может оцениваться как высокая, средняя и низкая. Процесс оценки состоит из нескольких этапов общее знакомство с системой внутреннего контроля, первичная оценка ее надежности и подтверждение достоверности сделанной оценки.
На этапе общего знакомства с системой внутреннего контроля аудитор получает общее представление о специфике и масштабах деятельности предприятия, системе его бухгалтерского учета, структуре службы внутреннего аудита и ее месте в системе управления, регулярности и качестве проводимых ими проверок, принятых мерах по обеспечению сохранности имущества, надежности бухгалтерского учета и достоверности отчетности. Если по результатам такого изучения будет сделан вывод о ненадежности системы внутреннего контроля, низком ее уровне, то полагаться на эту систему нецелесообразно. Наоборот, если, по мнению аудитора, можно доверять системе внутреннего контроля предприятия, он приступает к следующему этапу.
Первичная оценка надежности системы внутреннего контроля осуществляется аудитором на основе собственных методик и приемов. При этом следует учитывать, что для проверки надежности средств контроля нужно изучить учетную и хозяйственную документацию не выборочно, а за весь отчетный период.
Подтверждение достоверности оценки системы внутреннего контроля осуществляется в процессе проверки. Доверяя в определенной степени системе внутреннего контроля предприятия, аудитор в ходе проверки должен проводить процедуры подтверждения ее надежности (тесты средств контроля), используя различные методы и приемы.