Школа как социальный институт имеет религиозное происхождение, раньше учителями были жрецы и священнослужители. Первые духовные школы, готовившие жрецов, возникли при храмах Древнего Египта и Древней Вавилонии во II тыс. до н. э. Монастырские учебные заведения буддистов появились в середине I тыс. до н. э. в Индии и в государствах Центральной и Средней Азии. В I—II вв. появляются христианские школы в Александрии (Египет), Иерусалиме, Риме и других городах Римской империи.
В IX в. складываются мусульманские медресе. Со временем в систему христианских учебных заведений стали входить следующие школы: архиерейские (епископские), катехизические, монастырские пасторско-монашеские школы, школы-общежития при монастырях. В Византии появились также духовные семинарии армяно-григорианской и грузинской церквей. В XI—XII вв. в монастырях Западной Европе зарождаются университеты, в составе некоторых из них были богословские факультеты (к XV в. факультеты теологии были в 18 из 46 университетов).
До конца Средневековья монастыри и храмы оставались главными очагами образования. Позже появились богословские университеты и академии, теологические факультеты при светских университетах, семинарии, колледжи, коллегиумы. Римская католическая церковь основала папскую академию наук (1603) и церковную академию (1701). В XVI в. в рамках протестантизма возникают богословские университеты, теологические факультеты при светских вузах, духовные академии и семинарии, колледжи и пастырские школы.
Сегодня наиболее крупные буддийские университеты и институты функционируют в Наланде (Индия), Мандалае (Бирма), Пномпене (Камбоджа) Видьодая и Видьяланкара (Цейлон), Киото (Япония). Крупнейший центр подготовки католических священнослужителей — Рим (11 папских университетов и институтов, 29 семинарий и 94 колледжа). Кроме того, в Италии более 60 различных монашеских орденов, десятки монастырских школ и региональных семинарий.
В Западной Европе христиане-протестанты имеют свыше 100 духовных семинарий, теологических колледжей, богословских училищ и школ, до 70 духовных академий, университетов и теологических факультетов. Исламские университеты (в Египте, Тунисе и др.) готовят кадры духовенства для многих стран.
