Использование смешанной атомной модели для улучшения наборов фаз структурных факторов при рентгеноструктурном исследовании макромолекул
Диссертация
В заключение автор выражает глубокую благодарность доктору биологических наук Ю. Н. Чиргадзе и кандидату физико-математических наук В. Ю. Лунину за научное руководство при выполнении данной работызаведующему лабораторией вычислительной математики НИВЦ АН СССР д.ф.-м.н. Э. Э. Шнолю — за внимание к данной работесотрудникам лаборатории структурного анализа Института белка АН СССР к.ф.-м.н. Ю. В… Читать ещё >
Содержание
- ГЛАВА I. МЕТО.Щ УЛУЧШЕНИЯ НАБОРОВ ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ПРИ ИССЛЕДОВАНИИ МАКРОМОЛЕКУЛ (Литературный обзор). II
- 1. 1. Проблема улучшения наборов фаз в белковой кристаллографии. II
- 1. 2. Уравнения Сэйра, их аналоги и следствия
- 1. 3. Метод модификации функции распределения электронной: плотности
- 1. 4. Неотрицательность функции распределения электронной плотности. Принцип максимума определителя
- 1. 5. Использование геометрической информации
- 1. 6. Использование моделей молекулы
- 1. 7. Комбинирование дополнительной информации различных типов
- 1. 8. Сравнение методов улучшения наборов фаз структурных факторов для макромолекул
- ГЛАВА 2. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРОВ ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ПУТЕМ ПОСТРОЕНИЯ И МОДИФИКАЦИИ ГРУБОЙ ЛИБО СМЕШАННОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ
- 2. 1. Общее описание метода
- 2. 2. Построение грубой модели
- 2. 3. Модификация грубой модели
- 2. 4. Частичная реконструкция грубой модели
- 2. 5. Построение заключительного синтеза
- 2. 6. Анализ качества полученных данных
- 2. 7. Использование дополнительной информации
- 2. 8. Использование смешанной атомной модели
- 2. 9. Программное обеспечение
- ГЛАВА 3. ПРОВЕРКА МЕТОДА НА МОДЕЛЬНЫХ ДАННЫХ. ИЗ
- 3. 1. Общая организация численных экспериментов. ИЗ
- 3. 2. Численный эксперимент по расширениго набора
- 3. 3. Численный эксперимент по уточнению значений
- ГЛАВА 4. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРА ФАЗ ДЛЯ jf-КРИСТАЛЛИНА Ш
- С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ ГРУБОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ
- 4. 1. Общая характеристика J-кристаллина Ш
- 4. 2. Построение грубой модели
- 4. 3. Модификация грубой модели
- 4. 4. Анализ качества наборов фаз
- 4. 5. Построение и анализ заключительного синтеза
- ГЛАВА 5. УТОЧНЕНИЕ НАБОРА ФАЗ ДЛЯ $-КРИСТАЛЛИНА Ш
- С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ СМЕШАННОЙ АТОМНОЙ МОДЕЛИ
- 5. 1. Описание частичной модели
- 5. 2. Уточнение частичной модели
- 5. 3. Использование смешанной атомной модели
- 5. 4. Результат первого этапа улучшения набора фаз с помощью смешанной атомной модели
- 5. 5. Использование смешанной атомной модели дам улучшения набора фаз (второй этап)
- 5. 6. Эффективность методики для улучшения фаз структурных факторов jj-кристаллина Ш
- ГЛАВА 6. УЛУЧШЕНИЕ НАБОРА ФАЗ СТРУКТУРНЫХ ФАКТОРОВ ДЛЯ АСПАРТАТ-АМЙНОТРАНСФЕРАЗЫ
- 6. 1. Общие сведения об аспартат-аминотрансферазе
- 6. 2. Построение грубой модели
- 6. 3. Модификация грубой модели
- 6. 4. Использование разностных синтезов
- 6. 5. Построение и анализ заключительного синтеза
- ВЫВОЛЦ
Список литературы
- Еландел Т., Джонсон Л. Кристаллография белка. М.: «Мир», 1979.
- Green D.W., Ingram V.M., Perutz M.F. The structure of haemoglobin.IV.Sign determination by the isomorphous replacement method. Proc.Roy.Soc., 1954, v. A225,p.287−307.
- Blake C.C.F", Koenig D.F., Mair G.A., North A.C.T., Phillips D.C., Sarma V.R. Structure of hen egg-white lysozyme. Nature, 1965, v.206,p.757−761.
- Rossmann M.G. Molecular replacement method. New York, London, Paris: Gordon and Breach, 1972.
- Gull S.F., Daniell G.J. Image reconstruction from incomplete and noisy data. Nature, 1978, v.272,p.686−690.
- Agarwal R.C., Isaacs N.W. Method for obtaining a high resolution protein map starting from a low resolution map. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 1977, v.74,N 7, p.2835−2839″
- Боровиков В.А., Вайнштейн Б. К., Гельфанд И. М., Калинин Д. И. Применение методов минимизации функций многих переменных к рентгеноструктурному анализу белков. Кристаллография, 1979, т.24,вып.2,с.227−233.
- Калинин Д.И. О восстановлении электронной плотности частично расшифрованной структуры. М., 1981.-14 стр. (Препринт/Институт прикладной математики,№ 117).
- Bernstein F.C., Koezle T.F., Willams G.J.В., Meyer E, P., Jr., Brice M.D., Rodgers J.R., Kennard 0., Shimanouchi Т", Tasumi M. A Protein Data Bank: a computer-based archival file for macromolecular structures. J.Molec.Biol., 1977, v.112, P.535−542.
- Chirgadze Yu.N., Sergeev Yu.V., Fomenkova N.P., Oreshin V.D. Polypeptide chain pathway in-crystallin Illb from calf lens at 3 i resolution. FEBS Letters, 1981, v.131,N 1, p.81−84.
- Borisov V.V., Borisova S.N., Sosfenov IT.I., Vainstein B.K. Electron density map of chicken heart cytosol aspartate transaminase at 3.5 i resolution. Nature, 1980, v.284"p.189−190.
- Sayre D. The squaring method: a new method for phase determination. Acta Crystallogr., 1952, v.5,p.60−65.
- Cochran W. A relation between the signs of structure factors. Acta Crystallogr., 1952, v.5,p.65−67.
- Hughes E.W. The signs of product of structure factors. Acta Crystallogr., 1953"v.6,p.871.
- Karle J., Bauptman H. A theory of phase determination for the four types of non-centrosymmetric space groups 1P222,2P222,3P12,3P22. Acta Crystallogr., 1956, v.9,p.635−651.
- Karle J., Karle I.L. The symbolic addition procedure for phase determination for сentrosymmetric and noncentro-symmetric crystals. Acta Crystallogr., 1966, v.21,p.849−859.
- Giacovazzo C. A probabilistic theory in PT of the invariant ^E^A+k+i* Acta Crystallogr., 1975, V. A31,p.252−259.
- Бахвалов H.C. Численные методы.- M.: «Наука», 1975.
- Woolfson М.М. An equation between structure factors for structures containing unequal or overlapped atoms.I.The equation and its properties. Acta Crystallogr., 1958, v.11,p.277−283.
- Rothbauer R. Zur Teorie der Strukturfactorrelationen.il. Neues Jahrb.Miner.Monatsh, 1975, v.3,p.121−134.
- Rothbauer R, An empirical test of a convolution-type structure-factor equation. Acta Crystallogr., 1975"V.A31″ S20.
- Rothbauer R. An empirical test of a convolution-type structure-factor equation. Acta Crystallogr., 1976, v. A32, p.169−170.
- Krabbendam H., Kroon J. A step-by-step algorithm for phase refinement with the aid of Sayre*s equation. Acta Crystallogr., 1971, v. A27,p.48−53.
- Sayre D. Least-squares phase refinement.II.High-resolu-tion phasing of a small protein. Acta Crystallogr., 1974, v. A30,p.180−184.
- Sint L., Schenk H. Phase extension and refinement in non-centrosymmetric structures containing large molecules. Acta Crystallogr., 1975, v. A31,S22.
- Olthof G. J", Sint L#, Schenk H. Phase extension and refinement. Acta Crystallogr., 1979, V. A35,p.941−946.
- Allegra G#, Colombo A. A new figure of merit for multi-solution methods of phase determination. Acta Crystallogr., 1974, v. A30, p. 727−729.
- Schenk H. The relation between space group symmetry and the properties of direct solution based on the formula, A method for using centrosymmetriczEl ^ solution for solving non-centrosymmetrical structures. Acta Crystallogr, 1972, v. A28,p.412−422,
- Hull S.E., Irwin M.J. On the application of phase relationships to complex structures.XIV.The additional use of statistical information in tangent-formula refinement. Acta Crystallogr., 1978, v. A34,p.863−870.
- Giacovazzo C. A theoretical weighting scheme for tangent-formula development and refinement and Fourier synthesis. Acta Crystallogr., 1979, V. A35,p.757−764.
- Karle I.L., Karle J, An application of the symbolic addition procedure to space group and the structure of the alkaloid? anamine, CgQH^U^. Acta Crystallogr., 1966, v.21,p.860−868.
- Weinzierl J.E., Eisenberg D., Dickerson R.E. Refinement of protein phases with the Karle-Hauptman tangent-formula. Acta Crystallogr., 1969, v. B25,p.380−387.
- Reeke G.IT., Jr., Lipscomb W.1T. On the use of the tangent formula to extend the resolution of protein phases. Acta Crystallogr., 1969, V. B25,P.2614−2623.
- Coulter C.L. Tangent formula applications in structural biochemistry. Acta Crystallogr., 1969, v. A25,S190.
- Coulter C.L., Dewar R.B.K. Tangent formula applications in protein crystallography: an evaluation. Acta Crystallogr., 1971, v. B27,p.1730−1740.
- Olthof G.J., Schenk H. On the phase extension and refinement of metmyoglobin using direct methods. Acta Crystallogr., 1981, v. A37,S, C-15.
- Olthof G.J., Schenk H. Phase extension and refinement.II. Application to metmyoglobin 2.0 data. Acta Crystallogr 1982, V. A38,p.117−122.
- Bywater R.P., Carlisle C.H., Gorinsky B.A., Palmer R.A. Ribonuclease. Acta Crystallogr., 1969, v. A25,S189.
- Hendrickson W.A., Love W.F., Karle J. Crystal structureоanalysis of sea lamprey hemoglobin at 2 A resolution. J.Molec.Biol., 1973, v.74,p.331−361.
- Hendrickson W.A. Quantification of phase improvement in the tangent formula application to carp muscle calcium-binding protein. J.Molec.Biol., 1975, v.91,p.226−228.
- Tickle I.J., Glover I.D., Pitts J.E., Wood S.P., Blundell T.L. Refinement of avian pancreatic polypeptide at 0.98A resolution. Acta Crystallogr., 1981, v. A37,S, C-14.
- Hoppe W. Eine «Phasen verfeinerung» in der Kristall-struckturanalyse. Z.Kristallogr., 1969, v.118,p.121−126.
- Sayre D. On least-square refinement of the phases of crystallographic structure factors. Acta Crystallogr., 1972, V. A28,p.210−212.
- Krabbendam H., Kroon J. A step-by-step algorithm for phase refinement with the aid of Sayre’s equation. Acta Crystallogr1969, v. A25,S75-S76.
- Gassmann J. Least-squares refinement of phases in direct and reciprocal space. Acta Crystallogr., 1976, v. A32,p.274−280.
- Sayre D., Toupin R. Major increase in speed of least-squares phase refinement. Acta Crystallogr., 1975, v. A31, S 20.
- Ким K.B. .Нестеров Ю. Е. .Черкасский Б. В. Оценка трудоемкости вычисления градиента. Докл. АН СССР, 1984, т.2756, с.1306−1309.
- Лунин В.Ю., Уржумцев А. Г. Конструирование программ для уточнения атомной структуры макромолекул на базе алгоритмов быстрого преобразования Фурье и быстрого дифференцирования. Пущино, 1983.- 23 стр. (Препринт/ОНТИ НЦБИ).
- Lunin V.Yu., Urzhumtsev A. G, Program construction for refinement of the atomic structure of macromolecules based on the fast differentiation algorithm. Acta Crystallogr., 1984, v. A40,S, C-18.
- Лунин В.Ю. Использование алгоритма быстрого дифференцирования в задаче уточнения значений фаз структурных факторов. Пущино, 1984.- 14 стр.(Препринт/ОНТИ НЦБИ).
- Сэйр Д. Расширение области значений фаз и их уточнение с помощью систем уравнений типа свертки. В: «Прямые методы в рентгеновской кристаллографии» (Лэдц М., Палмер Р., ред.). М.: «Мир», 1983, с.268−282.
- Qurashi М.М. An extension of the inequalities method of sign determination by means of negative-density transforms. Acta Crystallogr., 1953, v.6,p.103.
- Hoppe W. Phasenbestimmung durch Quadrierung der Electro-nendichte im Bereich von 2 bis 1,5 A- Auflosung. Acta Crystallogr., 1962, v.15,p.13−17.
- Hoppe W., Gassmarm J. Phasenbestimmung an Proteinen im Bereich von2.1 -bis 1,5-X-Auflosung. Ber.Bunsenges.Phys. Chem., 1964, v.68,p.808−817.
- Lipson H., Cochran W. The determination of crystal structures. 3-rd edition. London: Bell and Sons, 1966.
- Gold B., Rader C.M. Digital processing of signals. Hew York: McGraw-Hill, 1969.
- Collins D.M. Efficiency in Fourier phase refinement for protein crystal structures. Acta Crystallogr., 1975, V. A31,p.388−389.
- Hoppe W., Gassmann J, Phase correction, a new method to solve partially known structures. Acta Crystallogr., 1968, v. B24,p.97−107.
- Kartha G. Phase refinement and extension by Fourier transform. Acta Crystallogr., 1969, v. A25,S87.
- Barrett A.N., Zwick M. A method for the extension and refinement of crystallographic protein phases utilizing the Fast Fourier transform. Acta Crystallogr., 1971, v. A27,p.6−11.
- Gassmann J., 2echmeister K. Limits of phase expansion in direct methods. Acta Crystallogr., 1972, V. A28,p.270−280.
- Gassmann J. Real-space analogue of reflexion quartets. Acta Crystallogr., 1975, V. A31,p.825−831.
- Simonov V.I., Sirota M.I., Tovbis A.B. Automation of the superposition method for analysis of the Patterson function. Acta Crystallogr., 1975, v. A31,S10.
- Вайнштейн Б.К., Хачатурян А. Г. Нахождение фаз структурных амплитуд методом модификации нормированных распределений электронной плотности.I.Теоретические основы метода. Кристаллография, 1977, т.22,с.706−710.
- Сирота M.И. .Симонов В. И. Уточнение фаз структурных амплитуд при расшифровке кристаллических структур суперпозиционным методом. Кристаллография, 1970, т.15,с.681−685.
- Gassmann J. Improvement and extension of approximate phase set in structure determination. In: «Crystallogra-phic Computing Techniques» (Ahmed F.R., Huml K., Sedlacek B., eds.). Copenhagen: Munskgaard, 1976, p.144−154.
- Zwick M., Bantz D., Hughes J. Enhancing the power of density modification. Ultramicroscopy, 1976, v.1,p.275−277″
- Буквецкая Л.В., Шишова Т. Г., Андрианов В. И. .Симонов В. И. Автоматизированная процедура уточнения фаз структурных амплитуд'. Кристаллография, 1977, т.22,вып. 3, с. 494.
- Collins D.M., Cotton F.A., Hasen Е.Е., Jr., Meyer E.F., Jr., Mo rim п. to C.N. Protein crystal structures quicker, cheaper approaches. Science, 1975, v. 190, р. Ю47-Ю52.
- Collins D.M., Brice M., 1a Cour T., begg M., Fourier phase refinement and extension by modification of electron-density maps. In- «Crystallographic Computing Techniques» (Ahmed F.R., Huml K., Sedlacek B., eds.). Copenhagen:
- Munskgaard, 1976, p.330−335.
- Cannillo E., 0berti R., Ungaretti L. Phase extension and refinement by density modification in protein crystallography. Acta Crystallogr., 1983, v. A39,p.68−74.
- Mavridis I.M., Hatada M.H., Tulinsky A., Lebioda L. Structure of 2-keto-3-deoxy-6-phosphoglucanate aldolase at 2.8 A resolution. J.Molec.Biol., 1982, v.162,p.419−444.
- Radhavan U.V., Tulinsky A. The structure of ot-chymo-trypsin.II.Fourier phase refinement and extension of the dimeric structure at 1.8 X resolution by density modification. Acta Crystallogr., 1979, v. B35,p.1776−1785.
- Schevitz R.W., Pod-jarny A.D., Zwick M., Hughes J.J., Sigler P.B. Improving and extending the phases of medium- and low-resolution macromolecular structure factors by density modification. Acta Crystallogr., 1981, v. A37,p.669−677.
- Schevitz R.W., Podjarny A.D., Zwick M., Hughes J., West-brook E.M., Feldman D., Sigler P.B. Phase improvement by density modification in three large structures. Acta Crystallogr., 1981, v. A37, S, C-15.
- Bentley G.A., Lewit-Bentley A. Crystal structure of the nucleosome core particle at 16 1 resolution. J.Molec. Biol., 1984, v. 176, K" 1, p.55−75.
- Davies A.R., Rollett J.S. Phase extension by means of the square root of the electron density. Acta Crystallogr., 1976, v. A32,p.17−23.
- Biraud Y. A new approach for increasing the resolution power by data processing. Astr.Astrophys., 1969, v.1,p.124−127.89* Karle J., Hauptman H. The phases and magnitudes of the structure factors. Acta Crystallogr., 1950, v.3,p.181−187.
- Achieser N., Krein M. Bber Fouriersche Reihen beschrank-ter aijmmierbarer Funktionen und ein newes Extremumprob-lem (I Teii). Труды мат. общества, Харьков, 1934, сер.4,9,с.9−28.
- Achieser U., Krein M. Ober eine Transformation der rullen Toeplitzschen Formen und das Momentenproblem in einem endiichen intervaiie. Труды мат. общества, Харьков, 1935, сер.4,№ II, с.21−26.
- De Rango C., Tsoucaris G, Zelwer C. Determination directe des signes des facteurs de structure par la methode du «determinant maximal». C.R.Acad.Sci., Paris, 1969, v. B268, p.1090−1093.
- Tsoucaris G. A new method for phase determination. The «Maximum Determinant Rule». Acta Crystallogr., 1970, v. A26,p.492−499.
- Mauguen Y., de Rango C, Tsoucaris G. Pull use of symmetry in the maximum-determinant rule. Acta Crystallogr., 1973, v. A29,p.574−575.
- Heinennan J.J.L. The joint probability distribution of structure factors: the first order terms. Acta Crystallogr., 1975, V. A31,S14.
- Knossow M., de Rango C., Mauguen У., Sarrasin M., Tsoucaris G. Hew algebraic and probabilistic relations between structure factors and direct space information. Acta Crystallogr., 1977, V. A33,P.119−125.
- Podjarny A.D., Yonath A. Use of matrix direct methods for low-resolution phase extension for tRUA, Acta Crystallogr., 1977, v. A33,p.655−661.
- Podjarny A.D., 3? aerman C. A new determinantal theory for solving the phase problem using stereochemical information. Acta Crystallogr., 1981, v. A37,S, C-325.
- Podjarny A.D., Faerman C. A new determinantal theory for solving the phase problem using stereochemical information. Acta Crystallogr., 1982, V. A38,p.401−407.
- De Rango C.', Mauguen Y., Tsoucaris G. Use of high-order probability laws in phase refinement and extension of protein structures. Acta Crystallogr., 1975, v. A31,p.227−233.
- De Rango C., Mauguen Y., Tsoucaris G. Application of high order probability laws in phase extension of insulin. Acta Crystallogr., 1975, v. A31,S21.
- Podjarny A.D., Yonath A., Traub W. Application of multivariate distribution theory to phase extension for a crystalline protein. Acta Crystallogr., 1976, v. A32,p.281−292.
- Carlisle C.H., Gorinsky В.A., Moss D.S., Palmer R.A. An extension of the heavy atom phase of ribonuclease using the maximum determinant method. Acta Crystallogr., 1975, v. A31,S21.
- Podjarny A.D., Schevitz R., Sigler P.B. Prediction of1. Metvery low resolution phases in tRNA^. Acta Crystallogr 1978, v. A34,S47.
- Schevitz R.W., Podjarny A.D., Krishnamachar N., Hughes J.J., Sigler P.B., Sussmann J.J. Crystal structure of a eukaryotic initiator trRNA. Nature, 1979, v.278,p.188−190.
- Podjarny A.D., Schevitz R.W., Sigler P.B. Phasing low-resolution macromolecular structure factors by metrical direct methods. Acta Crystallogr., 1981, v. A37,p.662−668.
- Piro O.E. Information theory and the «phase problem» in crystallography. Acta Crystallogr., 1983, v".A39,p.61−68.
- Steenstrup S. Karle-Hauptman determinants and entropy. Acta Crystallogr., 1984, v. A40,p.66−67.
- Арго П., Россман M. Метод молекулярного замещения. В: «Прямые методы в рентгеновской кристаллографии» (Лэдц М., Палмер Р., ред.). М.: «Мир», 1983, с.350−406.
- Вагин А.А. Использование некристаллографической симметрии в структурной кристаллографии белков.-Дисс.на соиск.уч.степ.канд.физ.-мат, наук.-Москва, I983.-134 стр.
- Rossmann M.G., Blow D.M. Solution of the phase equations representing non-crystallographic symmetry. Acta Crystallogr., 1964, v.17,p.1474−1475.
- Main P., Rossmann M.G. Relationships among structure factors due to identical molecules in different crystallographic enviroments. Acta Crystallogr., 1966, v.21, p.67−72.
- Rossmann M.G. Application of the molecular replacement equations to the heavy atom technique. Acta Crystallogr., 1967, v. 23, p. 173. i V
- Crowther R.A. A linear analysis of the non-crystallographic symmetry problems. Acta Crystallogr., 1967, v.22, p.758−764.
- Crowther R.A. The use of non-crystallographic symmetry for phase determination. Acta Crystallogr., 1969, V. B25, p.2571−2580.
- Main P. Phase determination using non-crystallographic symmetry. Acta Crystallogr., 1967, v.23,p.50−54.
- Colman P.M. Noncrystallographic symmetry and the sampling theorem. Z.Kristallogr., 1974, b.140,p.344−349.
- Bricogne G. Geometric sources of redundancy in intensity data and their use for phase determination. Acta Crystallogr., 1974, v. A30,p.395−405.
- Bricogne G. Methods and programs for direct space exploitation of geometric redundancies. Acta Crystallogr., 1976, v. A32,p.832−847.
- Bricogne G. Use of non-crystallographic symmetry in structure determination. Ins «Crystallographic Computing Techniques» (Ahmed F.R., Huml K., Sedlacek B., eds.). Copenhagen: Munskgaard, 1976, p.239−247.
- Rayment I., Johnson J.E., Suck D., Akimoto T., Rossmann M.G. An 11% resolution electron density map of southern bean mosaic virus. Acta Crystallogr., 1978, v. B34, p.567−578.
- Matthews B.M., Sigler P.B., Henderson R., Blow D. M, Three-dimensional structure of tosyl-o (-chymotrypsin. Nature, 1967, v.214,p.652−656.
- Sigler P.В., Blow D.M., Matthews B.W., Henderson R. Structure of crystalline c^-chymotrypsin.II.A preliminary report including a hypothesis for the activation mechanism. J.Molec.Biol., 1968, v.35,p.143−164.
- Birktoft J.J., Blow D.M. Structure of crystalline d-chymotrypsin.V.The atomic structure of tosyl- -chymo-trypsin at 2 1 resolution. J.Molec.Biol., 1972, v.68,p.187−240.
- Holmgren A., Soderberg B.-0., Eklund H., Branden C.-I. Three-dimensional structure of Escherichia coli thio-redoxin-S2 to 2.8 X resolution. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 1975, v.72,N 6, p.2305−2309.
- Muirhead H., Cox J., Mazzarella L., Perutz M.F. Structure and function of haemoglobin.III.A three-dimensional Fourier synthesis of human deoxyhaemoglobin at 5.5 X resolution. J.Molec.Biol., 1967, v.28,p.117−156.
- Buehner M., Ford G.G., Moras D., 01sen K.W., Rossmann M.G. Structure determination of crystalline lobster D-gly-ceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase. J.Molec.Biol., 1974, v.82,U 4, p.563−585.
- Argos P., Ford G.G., Rossmann M.G. An application of the molecular replacement technique in direct space to a known protein structure. Acta Crystallogr., 1975, v. A31, p.499−506.
- Hendrickson W.A., Klippenstein G.L., Ward K.B. Tertiary structure of myohemerythrin at low resolution. Proc. Natl.Acad.Sci.USA, 1975, v.72,p.2160−2164.
- Ward K.B., Hendrickson W.A., Klippenstein G.L. Quaternary and tertiary structure of haemerythrin. Nature, 1975, v.257,p.818−821.
- Moras D., 01sen K.W., Sabesan M.H., Buehner M., Ford G.G., Rossmahn M.G. Studies of asymmetry in the three-dimen-. sional structure of lobster d-glyceraldehyde-3-phospha-te dehydrogenase. J, Biol.Chem., 1975, v.250,p.9137−9162.
- Fletterick R., Steitz T.A. MIR phase combination and refinement: optimal utilization of phase information in multisubunit system. Acta Crystallogr., 1975, V. A31,S22.
- Fletterick R.J., Steitz Т.A. The combination of independent phase information obtained from separate protein structure determination of yeast hexokinase. Acta Crystallogr., 1976, v. A32,p.125−132.
- Steitz T.A., Fletterick R.J., Anderson W.F., Anderson C.M. High resolution X-ray structure of yeast hexokinase, an allosteric protein exhibiting a non-symmetric arrangement of subunits. J.Molec.Biol., 1976, v.104,p.197−222.
- Musick W.D.L., Adams A.D., Rossmann M.G., Wheat Т.Е., Goldberg E. A low-resolution study of testicular lactate dehydrogenase using the molecular replacement technique. J.Molec.Biol., 1976, v.104,p.659−668.
- Adman E.T., Stenkamp R.E., Sieker L.C., Jensen L.H. A cry-Btallographic model for azurin at 3 X resolution. J.Molec.Biol., 1978, v.123,p.35−47.
- Murthy M.R.N., Garavito R.M., Johnson J.E., Rossmann M, G.
- Structure of lobster apo-d-glyceraldehyde-3-phosphateоdehydrogenase at 3.0 A resolution. J.Molec.Biol., 1980, v. 138, p.859−872.
- Szebenyi D.M.E., 0bendorf S.K., Moffat K. Structure of vitamin D-dependent calcium-binding protein from bovine intestine. Nature, 1981, v.294,p.327−332.
- Mauguen Y., Hartley R.W., Dodson E.J., Dodson G.G., Bricogne G., Chothia C., Jack A. Molecular structure of a new family of ribonucleases. Nature, 1982, v.297,p.162−164.
- Agard D.A., Stroud R.M. O^-bungarotoxin structure revealed by a rapid method for averaging electron density of non-crystallographically translationally related molecules. Acta Crystallogr., 1982, V. A38,p.186−194.
- Rossmann M.G., Henderson R. Phasing electron diffraction amplitudes with the molecular replacement method. Acta Crystallogr., 1982, v. A38,p.13−20.
- Gaykema W.P.J., Hoi W.G.J., Vereijken J.M., Soeter N.M., Bak H. J., Beinteina J.J. 3.2% structure of the copper-containing, oxigen-carrying protein Pannlirus interrup-tus haemocyanin. Nature, 1984, v.309,N 5963, p.23−29.
- J54. Perutz M.P., Fermi G., Shih T.-B. Structure of deoxyhemo-globin cowtow (jHisHC3(146)^-* Leu.: origin of the alkaline Bohr effect and electostatic interactions in hemoglobin. Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 1984, v.81,p.4781−4784.
- Pavlovsky A.G., Vagin A.A., Vainstein B.K., Chepurnova N.K., Karpeisky M.Ya. Three-dimensional structure of ribonuclease from Bacillus intermedius 7P at 3.2 Л resolution. FEBS Letters, 1983, V.162,H 1, p.167−170.
- Rees D.C. Largest likely values for R-factors calculated after phase refinement by non-crystallographic symmetry averaging. Acta Crystallogr., 1983, v. A39,p.9l6−920.
- Rayment I. Molecular replacement method at low resolution: optimum strategy and intrinsic limitations as determined by calculations on icosahedral virus models. Acta Crystallogr., 1983, V. A39,p.102−116.
- Rayment I., Baker T.S., Caspar D.L.D. A description of the techniques and application of molecular replacement used to determine the structure of polyoma virus capsid at 22.5 1 resolution. Acta Crystallogr., 1983, V. B39,p.505−516.
- Jack A., Harrison S.C., Crowther R.A. Structure of tomato bushy stunt virus.II.Comparison of results obtained by electron microscopy and X-ray diffraction. J.Molec. Biol., 1975, v.97,U 2, p.163−172.
- Harrison S.C., Jack A. Structure of tomato bushy stunt virus.III.Three-dimensional X-ray diffraction analysis at 16 X resolution. J.Molec.Biol., 1975, v.97,p.173−191.
- Strandberg В., Lentz D.J., Jr., Kannan K.K., Vaara I., Unge T. jPridborg K., Borell A., Petef G. The structure of satellite tobacco necrosis virus: three-dimensional X-ray diffraction analysis at 10% resolution. Acta Crystallogr., 1975, v. A31,S46.
- Champness J.N., Bloomer A.C., Bricogne G., Butler P.J.G., Klug A. The structure of the protein disc of tobacco virus to 5 i resolution. Nature, 1976, v.259,p.20−24.
- Johnson J.E., Akimoto Т., Suck D., Rayment I., Rossmann M.G. The structure of southern bean mosaic virus at 22.5 & resolution. Virology, 1976, v.75,p.394−400.
- Winkler F.K., Schutt C.E., Harrison S.C., Bricogne G. Tomato bushy stunt virus at 5.5-X resolution. Nature, 1977, v.265,p.509−513.
- Bloomer A.C., Champness J.N., Bricogne G., Staden R., Klug A. Protein disc of tobacco mosaic virus at 2.8 Я resolution showing the interaction within and between subunits. Nature, 1978, v.276,N 5686, Р.362−368.
- Suck D., Rayment I., Johnson J.E., Rossmann M.G. The structure of southern bean mosaic virus at 5% resolution. Virology, 1978, v.85,p.187−197.
- Nordman C.E. Procedures for detection and idealization of non-crystallographic symmetry with application to phase refinement of the satellite tobacco necrosis virus structure. Acta Crystallogr., 1980, v. A36,p.747−754.
- Stubbs G., Stauffacher C. Protein RNA interactions in tobacco mosaic virus. Biophys. Journal, 1980, v.32,N 1, p.244−246.
- Unge Т., L±-ljas L., Strandberg В., Vaara I., Kannan K.K., Fridborg K., Nordman C.E., Lettz P.J., Jr. Satellite tobacco necrosis virus structure at 4*0 1 resolution. Nature, 1980, v.285,p.373−377.
- Abad-Zapatero C., Abdel-Meguin S.S., Johnson J.E., Leslie A.G.W., Rayment I.R., Rossmann M.G., Suck D., Tsukihara T. Structure of southern bean mosaic virus at 2.8% resolution. Nature, 1980, v.286,N 5768, p.33−39.
- Abad-Zapatero C., Abdel-Meguin S.S., Johnson J, E., Leslie A.G.W., Rayment I., Rossmann M.G., Suck D., Tsukihara T.
- A description of techniques used in the structure determination of southern bean mosaic virus at 2.8 resolution. Acta Crystallogr., 1981, v. B37,p.2002−2018.
- Rayment I., Baker T.S., Caspar D.L.D., Murakami W.T. Polyoma virus capsid structure at 22.5 X resolution. Nature, 1982, v.295,p. 1Ю-115.
- Robinson I.K., Harrison S.C. Structure of the expanded state of tomato bushy stunt virus. Nature, 1982, v.297, p.563−568.
- Liljas L., Unge Т., Jones T.A., Fridborg K., Lovgren S., Skoglund U., Strandberg B. Structure of satellite tobacco necrosis virus at 3.0% resolution. J.Molec.Biol., 1982, v.159,N 1, p.93-Ю8.
- Rossmann M.G., Abad-Zapatero C., Hermodson M.A., Erickson J.W. Subunit interaction in southern bean mosaic virus. J.Molec.Biol., 1983, v.166,p.37−83.
- Olson A.J., Bricogne G., Harrison S.C. Structure of tomato bushy stunt virus.IV.The virus particle at 2.9 X resolution. J.Molec.Biol., 1983, v.171,p.61−93.
- Калинин Д.И. Использование цилиндрической модели белка для расшифровки пространственной структуры ромбической модификации леггемоглобина. Кристаллография, 1980, т.25, вып. З, с.535−544.
- Калинин Д.И. Применение методов минимизации функции многих переменных к рентгеноструктурному анализу белков типа миоглобина.- Дисс. на соиск.уч.степ.канд.физ.плат, наук.- Москва, 1981, — 119 стр.
- Гельфанд И.М., Вул Е. Б., Гинсбург С.I. .Федоров Ю. Г. Метод оврагов в задачах рентгеноструктурного анализа.- М.: «Наука», 1966.
- Rabinovich D., Shakked Z. A new approach to structure determination of large molecules by multi-dimensional search methods. Acta Crystallogr., 1984, V. A40,p.195−200.
- Watenpaugh K.D., Sieker L.C., Herriott J.R., Jensen L.H. Refinement of the model of a protein: rubredoxin at, 1.5.Х. resolution. Acta Crystallogr., 1973, v. B29,p.943 956.
- Karle J. Partial structure information combined with the tangent formula. for noncentrosymmetric crystals.
- Acta Crystallogr., 1968, v. B24,p.182−186.
- Karle J. Partial structures and the tangent, formula,. In: «Crystallographic Computing» (Ahmed P.R., Hall S.R., Huber C.P., eds.). Copenhagen: Munskgaard, 1970, p.37−40.
- Karle J. Partial structures and use of the tangent formula and translation functions. In: «Crystallographic Computing Techniques» (Ahmed P.R., Huml K, Sedlacek В., eds.). Copenhagen: Munskgaard, 1976, p.155−164.
- Beurskens P.Т., van der Hark T.E.M., Beurskens G. Application of direct methods on difference Fourier coefficients for the solution of partially known structures. Acta Crystallogr., 1976, V. A32,p.821−822.
- Schmid M.F., Herriott J.R. The structure of carboxipep-tidase B: a model at 2.8% resolution obtained without the use of heavy atom derivatives. Acta Crystallogr., 1975, v. A31,S30.
- Quigley G.J., Wang A.H.J., Seeman N.C., Rich A. Refinement and phasing of yeast phenilalanine tRNA to 2.5% resolution. Acta Crystallogr., 1975, v. A31,S40.
- Deisenhofer J., Steigemann W. Crystallographic refinement of the structure of bovine pancreatic trypsin inhibitor at 1.5 Я resolution. Acta Crystallogr., v. B31, p.238−250.
- Schmid M.F., Herriott J.R. Structure of carboxipeptidase В at 2.8 1 resolution. J.Molec.Biol., 1976, v.103,p.175−190.
- Schmidt Jr., Girling R.L., Amma E.L. Application of restraint least-square refinement procedure to sickling deer haemoglobin. Acta Crystallogr., 1977, V. B33,p.3618−3620.
- Anderson С.M., Mcdonald R.C., Steitz Т.A. Sequencing a protein by X-ray crystallography.I.Interpretation of yeast hexokinase В at 2.5 & resolution by model building. J.Molec.Biol., 1978, v.123,p.1−13.
- Furey W.Jr., Wang B.C., Yoo C.S., Sax M. Phase extension and refinement of Bence-Jones protein RHE (1.9 X). Acta Crystallogr., 1979, v. A35,p.810−817.
- Rao S.T., Hogle J., Sundaralingam M. Refinement of the monoclinic hen egg white lysozyme at 2% resolution. Acta Crystallogr., 1981, v. A37,S, C-16.
- Remington S., Wiegand C., Huber R. Crystallographic refinement and atomic model of two different forms of cit--rate synthase at 2.7 and 1.7 X resolution. J.Molec. Biol., 1982, v.158,p.111−152.
- Rice D. W, The use of phase combination in the refinement of phosphoglycerate kinase at 2.5 & resolution. Acta Crystallogr., 1981, v. A37,p.491−500.
- Rice D.W. Map improvement by the combination of partial structure and isomorphous replacement information. In: «Refinement of protein structures», Daresbury Lab., 198'1.
- Agarwal R.C." A new least-square refinement technique based on the Past Fourier Transform algorithm. Acta Crystallogr., 1978, v. A34,p.791−809.
- Evans P.R., Hudson P. J, Structure and control of phos-phofructokinase from Bacillius stearothermophilus. Nature, 1979, v.279,p.500−504.
- Лунин В.Ю., Уржумцев А. Г. Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры.I.Описание метода.-Пущино, 1981.-24 стр. (Препринт/ОНТИ НЦШ),
- Лунин В.Ю., Уржумцев А. Г. Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры. Кристаллография, 1983, т.28,вып.2,с.310−315.
- Lunin V.Yu., Urzhumtsev A.G. Improvoment of protein phases by coarse model modification. Acta Crystallogr., 1984, v. A40,N 3, p.269−277.
- Chirgadze Yu.N., Sergeev Yu.V., Fomenkova N.P., Lunin V.Yu., Urzhumtsev A.G. The structure-crystallin Illb from calf lens. Acta Crystallogr., 1981, v. A37,S, C-40.
- Уржумцев А.Г., Лунин В. Ю. Повышение разрешения карт электронной плотности белков путем уточнения модельной структуры.П.Улучшение набора фаз для jf-кристаллина ШЬ. Пущино, 1982.- 24 стр. (Препринт/ОНТИ НЦШ).
- Bhat T.N.tBlow D.M. A density modification method for the improvement of poorly resolved protein electron-density maps. Acta Crystallogr., 1982, v. A38,p.21−29.
- Bhat Т.Н., Blow D.M. A computer procedure for extension of model electron density for density modification or for refinement process. Acta Crystallogr., 1981, v. A37, S, C-15.
- Bhat Т.Н., Blow D.M., Brick P., Hyborg J. Tyrosil-tHNA-synthetase forms a mononucleotide-binding fold. J.Molec.Biol., 1982, v.158,p.699−709.
- Monteilhet C., Blow D.M., Brick P. Interaction of crystalline tyrosil-tRHA-synthetase with adenosine, adenosine monophosphate, adenosine triphosphate and pyrophosphate in the presence of tyrosinol. J.Molec.Biol., 1984, v.173,P.477−485.
- Bhat T.N., Blow D.M. A method for refinement of partially interpreted protein structures including a procedure for scaling between a model and an electron-density maps. Acta Crystallogr., 1983, V. A39,p.166−170.
- Лунин В.Ю., Уржумцев А. Г., Вернослова Е. А., Чиргадзе Ю. Н., Фоменкова Н. П., Невская Н. А. Использование смешанной модели электронной плотности для улучшения набора фаз в белковой кристаллографии.-Пущино, 1984.-19 стр.(Препринт ОНТИНЦБИ).
- Chirgadze Yu.N., Nevskaya N.A., Sergeev Yu.V., Lunin V.Yu. Urzhumtsev A.G. Crystal structure of the calf eye lens protein gamma-crystallin III. Acta Crystallogr., 1984, v. A40,S, C-32.
- Ten Eyck L.P. Efficient structure-factor calculation for large molecules by the Past Fourier Transform. Acta Crystallogr., 1977, v. A33,P.486−492.
- Sweet R.M., Wright H.T., Janin J., Chothia C.H., Blow D.M. Crystal structure of the complex of porcine trypsin with soybean trypsin inhibitor (Kunitz) at 2.6−1 resolution. Biochemistry, 1974, v.13,p.4212−4228.
- Blow D.M., Crick P.H.C. The treatment of errors in the isomorphous replacement method. Acta Crystallogr., 1959, v. 12, p.794−802.
- Rossmann M.G., Blow D.M. The refinement of structure partially determined by the isomorphous replacement method. Acta Crystallogr., 1961, v.14,p.641−647.
- Sim G.A. The distribution of phase angles for structures containing heavy atoms.I.Space group P1 with one heavy atom in the asymmetric unit. Acta Crystallogr., 1957, v.10,p.536−537.
- Sim G.A. The distribution of phase angles for structures containing heavy atoms.II.A modification of the normal heavy atom method for non-centrosymmetrical structures. Acta Crystallogr., 1959, v.12,p.813−815.
- Sim G.A. A note on the heavy-atom method. Acta Crystal. logr., 1960, v.13,p.511−512.
- Hendrickson W.A., Lattmann E.E. Representation of phase probability distributions for simplified combination of independent phase information. Acta Crystallogr., 1970, V. B26,p.136−143.
- Karle J. A generalization of the tangent formula. Acta
- Crystallogr., 1971, v. B27,p.2063−2065.
- Hauptman H. New theory of the structure invariants= m* Acta Orystallogr., 1975, v. A31, S12.
- Сринивасан Р., Партасарати С. Применение статистических методов в рентгеновской кристаллографии. М.: «Мир», 1979.
- Лунин В.Ю. Использование метода максимального правдоподобия для оценки ошибок при определении фаз в кристаллографии белка.Пущино, 1982.-22 стр. (Препринт/ОНТИ НЦБИ)
- Wilson A.J.С. The probability distribution of X-ray intensities. Acta Crystallogr., 1949, v.2,p.318−321.
- Лунин В.Ю. Оптимизация расчета структурных факторов в кристаллографии белка. Пущино, 1982.-16 стр.(Препринт/ ОНТИ НЦБИ).
- Booth A.D. Application of the method of steepest descent to X-ray structure analysis. Nature, 1947, v.160, p.196.
- Phillips S.E.V. Structure and refinement of oxymyoglo-bin at 1.6% resolution. J.Molec.Biol., 1980, v.148,p.531−554.
- Лунин В.Ю. Комплекс программ «Быстрое преобразование Фурье».-Пущино, 1979.-46 стр.(Материалы по мат.обесп. ЭВМ, ФОРТРАН, вып. З/ОНТИ НЦБИ).
- Ten Eyck L.F. Crystallographic Past Fourier Transform. Acta Crystallogr., 1973, v. A29,p.183−191•
- Лунин В.Ю. Фазовая программа Тен Эйка.-Пущино, 1979.-52 стр. (Материалы по мат.обесп.ЭВМ, ФОРТРАН, вып.4/ОНТИ НЦБИ).
- Croft L.R., Slingsby G. In: «The human lens in relation to cataract», CIBA Found.Symp., v.19. Amsterdam-Nev/ York: Elsevier-Excerpta Medica, 1973, p.212−213.
- Richards P.M. The matching of physical models to three-dimensional electron-density maps: a simple optical device. J.Molec.Biol., 1968, v.37,p.225−230.
- Colman P.M., Jansonius J.N., Matthews B.W. The structure of thermolysin: an electron density map at 2.3 1 resolution. J.Molec.Biol., 1972, v.70,p.701−724.
- Невская H.A., Курочкина H.A., Чиргадзе Ю. Н. Построение пространственной модели белка по картам электронной плотности, с использованием молекулярной графики.-Пущино, 1983.-12 стр. (Препринт/ОНТИ НЦБИ).
- Волкова Г. А. Дочкина В.М., Синицына Н. И. Дорчинский Ю.М., Браунштейн А. Е. .Воронова А. А., Вайнштейн Б. К. Получение ромбических кристаллов куриной цитозольной аспартат-трансаминазы и определение элементарной ячейки. Кристаллография, 1978, т.23,с.852−853.
- Борисов В.В., Борисова С. Н. Качалова Г. С., Сосфенов Н. И., Воронова А.А., Вайнштейн Б. К., Торчинский Ю. М. .Волкова Г. А., Браунштейн А. Е. Рентгеноструктурное исследование аспартат-трансаминазы при разрешении 5 1. Докл. АН СССР, 1977, т.235,с.212−215.