Особое место в решении фундаментальных проблем охраны и изучения Байкала занимает академик В. А. Коптюг, возглавлявший Сибирское отделение РАН. Он был инициатором создания модели территории устойчивого развития Байкальского региона, автором идеи перепрофилирования БЦБК на экологобезопасные технологии. В 1991 году по его инициативе был основан Байкальский институт рационального природопользования, ныне Байкальский институт природопользования СО РАН. В настоящий момент институт возглавляет А. К. Тулохонов.
В 1992 году была создана постоянно действующая Правительственная комиссия по Байкалу, координирующая деятельность по подготовке и реализации «Комплексной программы по обеспечению охраны и рационального использования природных ресурсов бассейна оз. Байкал».
В 1993 году на базе музея Лимнологического института в пос. Листвянка создан Байкальский экологический музей СО РАН, бессменным руководителем которого является В. А. Фиалков.
В 1994 году Правительством РФ утверждена комплексная программа по охране озера Байкал и рациональному использованию природных ресурсов его бассейна.
По причине интенсивного освоения природных ресурсов бассейна Байкала возникла необходимость в его охране от истощения и загрязнения. Для уменьшения отрицательных последствий ученые разработали программу под названием «Сибирь». По ней предусматривается перепрофилирование Байкальского целлюлозно-бумажного комбината, разработка мероприятий по охране воздушной среды от загрязнений, перевод на газовое топливо котельных и ТЭЦ, централизованная очистка промышленных стоков предприятий города Улан-Удэ.
5 декабря 1996 декабря по решению 20-й сессии Комитета Всемирного наследия ЮНЕСКО, состоявшейся в мексиканском городе Мерида, Байкал был включен в список Участков Мирового природного наследия ЮНЕСКО. Главная цель списка Всемирного наследия — сделать известными и защитить объекты, которые являются уникальными в своём роде. Для этого и из-за стремления к объективности были составлены оценочные критерии. Шесть первых критериев действуют с 1978 года и определяют культурные объекты, природные объекты включаются в список с 2002 года, когда дополнительно появилось четыре природных критерия включения. С 2005 года все 10 критериев объединены в единый список.
