Недостатки TrueCrypt. 
Криптоконтейнеры TrueCrypt

Недостатки — это продолжения достоинств. Том TrueCrypt не имеет сигнатур целостности, и при передаче по сети, через флеш-накопители на внешний винчестер через USB может возникнуть повреждение данных тома. Если повреждение (даже в один бит) выпадет на заголовок тома — будут повреждены ключи шифрования, и доступ к данным станет невозможен. Ситуацию усугубляет то обстоятельство, что флеш-накопители на аппаратном уровне не контролируют целостность секторов, осуществляя прозрачную коррекцию, и сбой ячеек памяти, превысивший возможности системы коррекции никак не будет обнаружен — Вы скопируете с USB-флеш-накопителя поврежденный файл. Защитить от повреждений том TrueCrypt можно, например, поместив его в архив WinRAR5 в режиме без сжатия, добавив данные для восстановления (3−5%). При шифровании же разделов и устройств настоятельно рекомендуется выполнять резервное копирование заголовка тома (резервные копии заголовков также лучше всего хранить в архивах с данными для восстановления). Размер копии заголовка тома: 128 килобайт.

Была выполнена успешная попытка извлечения ключей шифрования из оперативной памяти, но не удалось достать ключи шифрования из файла гибернации. Однако все эти методы работают исключительно в случае, если шифрованный том был смонтирован на момент начала поиска ключа.