Историки на основании древних документов установили, что Иван Тимофеев имел фамилию Семенов и имел образование и выдающиеся знания в области истории, философии, христианского богословия. Известно, что Иван Тимофеев родился в период правления Ивана Грозного (примерно в 1555 году), имел сан дьяка. Следует отметить, что в России в 16−17 веках основной грамотной группой населения являлись священники. Из дошедших до нас произведений Ивана Тимофеева известен только «Временник по седмой тысящи от сотворения света во осмой в первые лета».
В 1598—1599 гг. занимал 17-е место среди приказных дьяков. Он принимал самое активное участие во всех политических событиях этого времени. Его подпись стоит на избирательной грамоте Бориса Годунова.
Среди современников дьякон И. Тимофеев был значимой фигурой и имел государственную известность как философ и литератор. Дьяк Записного приказа Тимофей Кудрявцев, которому в 60-х годах XVII в. царем Алексеем Михайловичем было поручено составить продолжение Степенной книги, пишет: «Гость Матвей Васильев сказывал мне про дьяка Ивана Тимофеева, — был де он книгочтец и временных книг писец, а жаловал де его за то боярин князь Иван Михайлович Воротынский, и потому Ивановых книг или списка с тех книг у стольника у князя Ивана Алексеевича Воротынского чаят. Да купчина Герасим Дьяков про летописные книги того же дьяка Ивана Тимофеева сказывал мне: чаят де те Ивановы летописные книги остались после боярина князя Алексея Михайловича Львова, в дому ево» .
Иван Тимофеев достиг высокого карьерного роста и в 1604—1605 годах состоял дьяком Приказа Большого прихода. Известно, что Иван Тимофеев принимал активное участие в военных событиях «Смутного времени», например, в 1605 году составитель Временника участвовал в походе против Лжедмитрия I., а позднее против мятежников Болотникова.
В 1607 году Иван Тимофеев получил назначение в качестве дьяка в Новгород. В конце 1608 года там произошло восстание, в результате которого был убит воевода Михаил Татищев. По поручению Михаила Скопина-Шуйского Иван Тимофеев участвовал в описи и оценке имущества Татищева. К началу 1610 года Иван Тимофеев отбыл срок своей службы в Новгороде, но не смог сразу выехать в Москву, а в июле 1611 года Новгород был захвачен шведскими войсками. В Новгороде Иван Тимофеев оставался до конца шведской интервенции. В 1618—1620 годах он был дьяком в Астрахани, в 1622—1626 годах — в Ярославле, в 1626—1628 годах — в Нижнем Новгороде.
Иван Тимофеев умер в начале марта 1631 г.
