Генетический контроль устойчивости к индуктору окислительного стресса метилвиологену у цианобактерий Synechocystis sp. РСС 6803
Диссертация
Цианобактерии являются модельными объектами молекулярной генетики оксигенного фотосинтеза, но при этом регуляция систем защиты от ОС остается у них мало исследованной. Антиоксидантные ферменты (супероксиддисмутазы, каталазы, пероксидазы) и кодирующие их гены изучали у разных видов цианобактерий (Miyake et al., 1991; Obinger et al., 1997; Thomas et al., 1998; Tichy, Vermaas, 1999). В частности… Читать ещё >
Содержание
- 1. ВВЕДЕНИЕ
- 2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ Генетический контроль устойчивости к окислительному стрессу у бактерий
- 2. 1. Источники образования АФК в клетке и реакции с их участием
- 2. 2. Механизмы защиты от ОС
- 2. 2. 1. Превентивные механизмы защиты клетки от ОС
- 2. 2. 1. 1. Супероксиддисмутазы
- 2. 2. 1. 2. Каталазы и другие гидропероксидазы
- 2. 2. 1. 3. Аскорбиновая кислота
- 2. 2. 1. 4. Глутатион
- 2. 2. 1. 5. Токоферолы
- 2. 2. 1. 6. Каротиноиды
- 2. 2. 2. Репарационные механизмы защиты клетки от ОС
- 2. 2. 1. Превентивные механизмы защиты клетки от ОС
- 2. 3. Регуляция экспрессии генов защитного ответа на окислительный стресс
- 2. 3. 1. Регуляция экспрессии генов защитного ответа на пероксидный стресс
- 2. 3. 2. Регуляция экспрессии генов защитного ответа на супероксидный стресс
- 2. 3. 3. Дополнительные системы регуляции защиты от ОС. Перекрывание адаптивных ответов на различные стрессовые воздействия
- 2. 4. Генетический контроль устойчивости клеток к индуцирующим ОС агентам
- 2. 4. 1. Механизмы индукции ОС гербицидами
- 2. 4. 2. Устойчивость к МУ, связанная с активностью антиоксидантных систем
- 2. 4. 3. Устойчивость к МУ, связанная с функционированием белков-транспортеров
- 3. 1. Штаммы и условия культивирования
- 3. 2. Получение мутантов с инсерционной инактивацией генов Synechocystis
- 3. 3. Определение уровней чувствительности клеток
- 3. 4. Выделение и использование ДНК
- 3. 5. Получение специфических ДНК-зондов
- 3. 6. Выделение РНК, электрофорез и перенос РНК из геля на нейлоновую мембрану
- 3. 7. Нозерн-гибридизация
- 3. 8. ПЦР и ОТ-ПЦР
- 3. 9. Измерение супероксиддисмутазной активности в клетках Synechocystis
- 4. 1. Структурно-функциональная организация участка хромосомы Synechocystis 6803, содержащего ген prqR
- 4. 2. Модулируемая MV экспрессия регуляторного гена prqR и генов защитных белков в клетках Synechocystis
- 4. 2. 1. Авторегуляция гена prqR и prqR-зависимая экспрессия генов антиоксидантных ферментов
- 4. 2. 2. Стимулируемая MV авторепрессия гена prqR в составе оперона prqR-prqA
- 4. 2. 3. Стимулируемая MV транскрипция генов mvrA, nor, А и sodB
- 4. 2. 4. Модулируемая MV prqR-зависимая транскрипция гена sll
- 4. 3. Роль генов prqA и mvrA в контроле устойчивости клеток Synechocystis 6803 к MV
- 4. 3. 1. Конструирование мутантов с инсерционной инактивацией генов prqA и mvrA
- 4. 3. 2. Повышенная устойчивость к метилвиологену мутанта Рщ20 обусловлена дерепрессией гена ргдА
- 4. 3. 3. Ген туг, А участвует в контроле индуцибельной устойчивости клеток к МУ
- 4. 3. 4. Участие генаргдА в контроле устойчивости к кумен-гидропероксиду 93 4.4. Участие гена босО} в контроле жизнеспособности клеток
Список литературы
- Владимиров Ю.А. Свободнорадикальное окисление липидов и физические свойства липидного слоя биологических мембран // Биофизика. 1987. Т. 32. № 5. С. 830−844.
- Владимиров Ю.А. Свободные радикалы в биологических системах // Соросовский образовательный журнал. 2000. № 12. С. 13−19.
- Владимиров Ю.А., Азизова O.A., Деев А. И. и др. Свободные радикалы в живых системах // Итоги науки и техники. Сер. Биофизика. 1992. Т. 29. С. 3−250.
- Зинченко В.В., Пивен И. В., Мельник В. А., Шестаков C.B. Векторы для комплементационного анализа мутантов цианобактерий // Генетика. 1999. Т. 35. С. 291−296.
- Кулинский В.И. Активные формы кислорода и оксидативная модификация макромолекул: польза, вред и защита // Соросовский образовательный журнал. 1999. № 1. С. 2−7.
- Манниатис, Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование // Москва. «Мир». 1984.
- Мерзляк М.Н. Активированный кислород и жизнедеятельность растений // Соросовский образовательный журнал. 1999. № 9. С. 20−6.
- Сидорук К.В., Шахнабатян Л. Г., Белавина Н. В., Эрнст А., Сталь Л., Галлон Д., Шестаков С. Мутанты одноклеточных цианобактерий, устойчивые к ингибиторам, индуцирующим окислительный стресс // Вестник МГУ, сер. биол. 1996. Т. 4. С. 43−49.
- Сидорук К.В. Клонирование и анализ генов, контролирующих устойчивость к гербициду параквату у цианобактерии Synechocystis sp.
- РСС 6803 // Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических наук. Москва. 1997.
- Altschul S.F., Madden T.L., Schaffer A.A., Zhang J., Zhang Z., Miller W., Lipman D.J. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs // Nucleic Acids Res. 1997. V. 25(17). P. 3 389 402.
- Amabile-Cuevas C., Demple B. Molecular characterization of the soxRS genes of Escherichia colt two genes control a superoxide stress regulon // Nucl. Acid Res. 1991. V. 19. P. 4479−84.
- Ames B.N. Mutagenesis and carcinogenesis: endogenous and exogenous factors //Environ. Mol. Mutagen. 1989. V. 14 Suppl. 16. P. 66−77.
- Antelmann H., Engelmann S., Schmid R., Hecker M. General and oxidative stress responses in Bacillus subtilis: cloning, expression, and mutation of the alkyl hydroperoxide reductase operon // J. Bacteriol. 1996. V. 178(22). P. 6571−8.
- Bowler C., Van Montague M., Inze D. Superoxide dismutase and stress tolerance II Ann. Rev. Plant Physiol PlantMol. Biol. 1992. V. 43. P. 83−116.
- Bsat N., HerbigA., Casillas-Martinez L., Setlow P., Helmann J.D. Bacillus subtilis contains multiple Fur homologues: identification of the iron uptake (Fur) and peroxide regulon (PerR) repressors // Mol. Microbiol. 1998. V. 29(1). P. 189−98.
- Chadd H.E., Newman J., Mann N.H., Carr N.G. Identification of iron superoxide dismutase and copper/zink superoxide dismutase enzyme activity within the marine cyanobacterium Synechococcus sp. WH 7803 // FEMS Microbiol. Lett. 1996. V. 138. P. 161−165.
- Chaudiere J., Wilhelmsen E.C., Tappel A.L. Mechanism of selenium-glutathione peroxidase and its inhibition by mercaptocarboxylic acids and other mercaptans it J. Biol. Chem. 1984. V. 259(2). P. 1043−50.
- Chen J., Morita Y., Huda M.N., Kuroda T., Mizushima T., Tsuchiya T. VmrA, a member of a novel class of Na (+)-coupled multidrug efflux pumps from Vibrio parahaemolyticus 11 J. Bacterid. 2002. V. 184(2). P. 572−6.
- Demmig-Adams B., Adams W.W. The Xanthophyll Cycle // In: R.G. Alscher and J.L. Hess (eds). Antioxidants in Higher Plants. CRC Press, Baco Raton 1993. P. 59−90.
- Di Simplicio P., Cheesman K.H., Slater T.F. The reactivity of the SH group of bovine serum albumin with free radicals // Free Radic. Res. Commun. 1991. V. 14. P. 253−62.
- Ding H, Hidalgo E, Demple B. The redox state of the 2Fe-2S. clusters in SoxR protein regulates its activity as a transcription factor // J. Biol. Chem. 1996. V. 271(52). P. 33 173−5.
- Ding H, Demple B. In vivo kinetics of a redox-regulated transcriptional switch // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94(16). P. 8445−9.
- Dumoulin M.J., Chahine R., Atanasiu R., Nadeau R., Mateescu M.A. Comparative antioxidant and cardioprotective effects of ceruloplasmin, superoxide dismutase and albumin // Arzneimittelforschung. 1996. V. 46 P. 855−61.
- Fang F.C., Vazquez-Torres A., Xu Y. The transcriptional regulator SoxS is required for resistance of Salmonella typhimurium to paraquat but not for virulence in mice // Infect. Immun. 1997. V. 65(12). P. 5371−5.
- Farr S., Kogoma T. Oxidative stress responses in Escherichia coli and Salmonella typhimurium II Microbiol. Rev. 1991. V. 55. P. 561−85.
- Foyer C. Ascorbic acid // In: Antioxidants in Higher Plants. Alscher R.G. and Hess J.L. (eds) CRC Press, Boca Raton. 1993. P. 31−58.
- Fryer M.J. The antioxidant effects of thylakoid vitamin E (a-tocopherol) // Plant Cell Environ. 1992. V. 15. P. 381−92.
- Grkovic S., Brown H., Skurray R.A. Transcriptional regulation of multidrug efflux pumps in bacteria 11 Semin. Cell. Dev. Biol. 2001. V. 12. P. 225−37.
- Halliwell B., Gutteridge J. Role of free radicals and catalytic metal ions in human desease: an overview H Methods Enzymol. 1990. V. 186. P. 1−85.
- Herbert S. K., Samson G., Fork D. C., Laudenbach D. E. Characterization of damage to photosystem I and II in a cyanobacterium lacking detectable iron superoxide dismutase activity // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. V. 89. P. 8716−20.
- Higgins C.F. ABC transporters: from microorganisms to man // Annu. Rev. Cell Biol. 1992. V. 8. P. 67−113.
- Higgins C.F., Hyde S.C., Mimmack M.M., Gileadi U., Gill D.R., Gallagher M.P. Binding protein-dependent transport systems // J. Bioenerg. Biomembr. 1990. V. 22 P. 571−92.
- Hillen W., Berens C. Mechanisms underlying expression of TnlO encoded tetracycline resistance // Annu. Rev. Microbiol. 1994. V. 48. P. 345−69.
- Holmes D.S., Quigley M. A rapid boiling method for the preparation of bacterialplasmids // Anal. Biochem. 1981. V. 114. P. 193−197.
- Huffman J.L., Brennan R.G. Prokaryotic transcription regulators: more than just the helix-turn-helix motif// Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 V. 12(1). P. 98−106.
- Hung L.W., Wang I.X., Nikaido K., Liu P.Q., Ames G.F., Kim S.H. Crystal structure of the ATP-binding subunit of an ABC transporter // Nature. 1998. V. 396. P. 703−7.
- Jacobs J.M., Jacobs N.J., Sherman T.D., Duke S.O. Effect of diphenyl ether herbicides in oxidation of photoporphyrinogen to protoporphyrin in organellar and plasma membrane enriched fractions of barley // Plant Physiol. 1991. V. 97. P. 197−203.
- Johnson W.O., Kollman G.E., Swithenbank C., Yih R.Y. RH-6201 (Blazer): A new broad spectrum herbicide for postemergence use in soybeans // J. Agric. Food Chem. 1978. V. 26. P. 285−286.
- Kimura S., Ikeda-Saito M. Human myeloperoxidase and thyroid peroxidase, two enzymes with separate and distinct physiological functions, are evolutionarily related members of the same gene family // Proteins. 1988. V. 3(2). P. 113−20.
- Konings W.N., Kaback H.R., Lolkema J.S. Transport processes in eukaryotic and prokaryotic organisms // V. 2. Amsterdam: Elsevier Science Publishers B.V., 1996.
- Lee J., Dawes I.W., Roe J.H. Isolation, expression, and regulation of the pgrl (+) gene encoding glutathione reductase absolutely required for the growth of Schizosaccharomyces pombe il J. Biol. Chem. 1997. V. 272(37). P. 23 042−9.
- Levy S.B. Active efflux mechanisms for antimicrobial resistance // Antimicrob. Agents and Chemother. 1992. V. 36. P. 695−703.
- Marger M.D., M.H.Saier Jr. A major superfamily of transmembrane facilitators that catalyse uniport, symport and antiport // Trends Biochem. Sci. 1993. V. 18. P. 13−20.
- Markham P.N., Neyfakh A.A. Efflux mediated drug resistance in Grampositive bacteria//Curr. Opin. Microbiol. 2001. V. 4. P. 509−14.
- Mathis P., Kleo J. The triplet state of B-carotene and of analog polyenes of different length//Photochem. Photobiol. 1973. V. 18. P. 343−6.
- Matringe M., Camadro J-M., Labbe P., Scalla R. Protoporphyrinogen oxidase as a molecular target for diphenyl ether herbicides // Biochem. J. 1989. V. 260. P. 231−5.
- McCarthy J. E., Gerstel B., Surin B., Wiedemann U., Ziemke P. Differential gene expression from the Escherichia coli afp operon mediated by segmental differences in mRNA stability // Mol. Microbiol. 1991. V. 5(10). P. 2447−58.
- Mittler R., Tel-Or E. Oxidative stress response in unicellular cyanobacterium Synechococcus PCC 7942 // Free Radic. Res. Commun. 1991. V. 12−13. P. 845−50.
- Morimyo M., Hongo E., Hama-Inaba H., Machida I. Cloning and characterization of the mvrC gene of Escherichia coli Kl2 which confersresistance against methyl viologen toxicity // Nucl. Acid Research. 1992. V. 20. P. 3159−65.
- Nawrath C., Heck S., Parinthawong N., Metraux J.P. EDS5, an essential component of salicylic acid-dependent signaling for disease resistance in Arabidopsis, is a member of the MATE transporter family // Plant Cell. 2002. V. 14(1). P. 275−86.
- Niederhoffer E.C., Naranjo CM., Bradley K.L., Fee J.A. Control of Escherichia coli superoxide dismutase (sodA and sodB) genes by the ferric uptake regulation (fur) locus // J. Bacteriol. 1990. V. 172(4). P. 1930−8.
- Nikaido H. Multidrug efflux pumps of Gram-negative bacteria // J. Bacteriol. 1996. V. 178. P. 5853−9.
- Nishino K.O., Yamaguchi A. Overexpression of the response regulator evgA of the two-component signal transduction system modulates multidrug resistance conferred by multidrug resistance transporters // J.Bacteriol. 2001. V. 183. P. 1455−8.
- Nunoshiba T., Yamamoto K. Role of glutathione on acrolein-induced cytotoxicity and mutagenicity in Escherichia coli II Mutat. Res. 1999. V. 442(1). P. 1−8.
- Okada S., Kanematsu S., Azada K. Intracellular distribution of manganese and ferric superoxide dismutases in blue-green algae // FEBS Lett. 1979. V. 103. P. 106−10.
- Okusu H., Ma D., Nikaido H. AcrAB efflux pump plays a major role in the antibiotic resistance phenotype of Escherichia coli multiple-antibiotic-resistance (Mar) mutants // J. Bacteriol. 1996. V. 178(1). P. 306−8.
- Pahl H.L., Baeuerle P.A. Oxygen and the control of gene expression // Bioessays. 1994. V. 16(7). P. 497−502.
- Pan W., Spratt B, G. Regulation of the permeability of the gonococcal cell envelope by the mtr system. Mol. Microbiol. 1994. V. 11(4). P. 769−75.
- Paulsen I.T., Skurray R.A. Topology, structure and evolution of two families of proteins involved in antibiotic and antiseptic resistance in eukaryotes and prokaryotes analysis // Gene. 1993. V. 124. P. 1−11.
- Paulsen IT., Skurray R.A., TamR, SaierM.H.Jr, Turner R.J., Weiner J.H., Goldberg E.B., Grinius L.L. The SMR family: a novel family of multidrug efflux proteins involved with the efflux of lipophilic drugs // Mol. Microbiol. 1996. V. 19(6). P. 1167−75.
- Privalle C.T., Fridovich I. Induction of superoxide dismutase in Escherichia coli by heat shock. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84(9). P. 2723−6.
- Randall L.P., Woodward M. J. The multiple antibiotic resistance (mar) locus and its significance //Res. Vet. Sci. 2002. V. 72(2). P. 87−93.
- Rava P. S., Somma L., Steinman H.M. Identification of a regulator that controls stationary-phase expression of catalase-peroxidase in Caulobacter crescentuslH. Bacterid. 1999. V. 181(19). P. 6152−9.
- Reason A.J., Morris H.R., Panico M., Marais R., Treisman R.H., Haltiwanger R.S., HartG.W., Kelly W.G., Dell A. Localization of O-GlcNAc modification on the serum response transcription factor // J. Biol. Chem. 1992. V. 267(24). P. 16 911−21.
- Rippka R, Deruelles D. E., Waterbury J.B., Herdman M., Stanier RY. Generic assignments, strain histories and properties of pure cultures of cyanobacteria//J. Gen. Microbiol. 1979. V. 111. P. 1−61.
- Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. Molecular cloning: a laboratory manual // 2nd ed. Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor. N.Y. 1989.
- Schweizer H.P. Small broad-host-range gentamycin resistance gene cassettes for site-specific insertion and deletion mutagenesis // BioTechniques. 1993. V. 15. P. 831−833.
- Siwecki G., Brown O.R. Overproduction of superoxide dismutase does not protect Escherichia coli from stringency-induced growth inhibition by ImM paraquat // Biochem. Int. 1990. V. 20(1). P. 191−9.
- Smith T.F., Waterman M.S. Identification of common molecular subsequences//! Mol. Biol. 1981 V. 147(1). P. 195−7.
- Stadtman E.R. Oxidation of proteins by mixed-function oxidation systems: implication in protein turnover, aging and neutrophil function // Trends Biochem. Sci. 1986. V. 11. P. 11−12.
- Steinitz Y., Mazor Z., Shilo M. A mutant of the cyanobacterium Plectonema boryanum resistant to photooxidation // Plant Sci. Lett. 1979. V. 16. P. 32 735.
- Storz G., Christman M.F., Sies H., Ames B.N. Spontaneous mutagenesis and oxidative damage to DNA in Salmonella typhimurium // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1987. V. 84(24). P. 8917−21.
- Storz G., Imlay J.A. Oxidative stress // Curr. Opp. Microbiol. 1999. V. 2. P. 188−94.
- Storz G., Tartaglia L.A., Farr S.B., Ames B.N. Bacterial defenses against oxidative stress //Trends Genet. 1990. V. 6(11). P. 363−8.
- Suzuki Y., Forman H., Sevanian A. Free radicals // Biol. Med. 1996. V. 22(½). P. 269−85.
- Takahashi M.A., Asada K. Superoxide anion permeability of phospholipid membranes and chloroplast thylakoids. Arch. Biochem. Biophys. 1983. V. 226(2). P. 558−66.
- Tel-Or E., Huflejt M., Packer L. The role of glutathione and ascorbate in hydroperoxide removal in cyanobacteria // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1985. V. 132(2). P. 533−9.
- Tel-Or E., Huflejt M.E., Packer L. Hydroperoxide metabolism in cyanobacteria//Arch Biochem Biophys. 1986. V. 246(1). P. 396−402.
- Tepperman J.M., Dunsmuir P. Transformed plants with elevated levels of chloroplastic SOD are not more resistant to superoxide toxicity // Plant Mol. Biol. 1990. V. 14(4). P. 501−11.
- Tichy M., Vermaas W. In vivo role of catalase-peroxidase in Synechocystis sp. strain PCC 6803 //J. Bacterid. 1999. V. 181. P. 1875−82.
- Timmerman K.P. Molecular characterization of corn glutathione-S-transferase isozymes involved in herbicide detoxification // Physiol. Plant 1989. V. 77. P. 465−71.
- Toledano M.B., Kullik L, Trinh F., Baird P.Т., Schneider T.D., Storz G. Redox-dependent shift of OxyR-DNA contacts along an extended DNA-binding site: a mechanism for differential promoter selection // Cell. 1994. V. 78. P. 897−909.
- Tsaneva I.R., Weiss B. soxR, a locus governing a superoxide response regulon in Escherichia coli K-12 // J. Bacterid. 1990. V. 172. P. 4197−205.
- Walkup L.K., Kogoma T. Escherichia coli proteins inducible by oxidative stress mediated by the superoxide radical. J. Bacterid. 1989. V. 171(3). P. 1476−84.
- Welinder K.G. Bacterial catalase-peroxidases are gene duplicated members of the plant peroxidase superfamily // Biochim. Biophys. Acta. 1991. V. 1080(3). P. 215−20.
- Baker N.R. andPercival M.P. (eds). Elsevier Publishers. P. 131−71.
- Young A.J. 1991b. The photoprotective role of carotenoids in higher plants // Physiol. Plant V. 83. P. 702−8.
- Youngman R.J., Dodge A.D. Mechanism of paraquat action: inhibition of the herbicidal effect by a copper chelate with superoxide dismutating activity. Z. Naturforsch C. 1979. V. 34(11). P. 1033−5.
- Zheng M, Aslund F, Storz G. Activation of the OxyR transcription factor by reversible disulfide bond formation // Science. 1998. V. 279(5357). P. 171 821.
- ZhengM., Doan B., Schneider T.D., Storz G. OxyR and SoxRS regulation of fur. J. Bacteriol. 1999. V. 181. P. 4639−43.