Изменчивость гена pol вариантов вируса иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) подтипа А, циркулирующих в России
Угроза, которую представляет инфекция вирусом иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) здоровью человечества, выражена тремя аспектами: неизбежностью летального исхода заболевания, глобальным масштабом эпидемии и отсутствием средств специфической профилактики инфекции. По данным Федерального научно-методического центра по профилактике и борьбе со СПИД, в России на 10.04.2006 официально… Читать ещё >
Содержание
- ВВЕДЕНИЕ (4) ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ 18)
- Глава 1. ФАКТОРЫ МИКРОЭВОЛЮЦИИ ВИЧ-1 IN VIVO (8)
- 1. 1. Репликативный цикл ВИЧ-1 (8)
- 1. 2. Механизмы генетической изменчивости ВИЧ-1 (9)
- 1. 3. Скорость репликации ВИЧ-1, квазивиды, жизнеспособность (11)
- 1. 4. Естественный отбор (13)
- 1. 5. Антиретровирусная терапия как фактор отбора устойчивых вариантов ВИЧ-1 (14)
- Глава 2. ИЗМЕНЧИВОСТЬ ГЕНА POL ВИЧ-1, НАПРАВЛЯЕМАЯ ФАКТОРАМИ ОТБОРА (16)
- 2. 1. Структура и функция протеазы (17)
- 2. 2. Ингибиторы протеазы (ИП) (19)
- 2. 3. Механизмы разви тия устойчивости ВИЧ-1 к ИП (19)
- 2. 4. Структура и функция обратной транскриптазы (24)
- 2. 5. Нуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (НИОТ) (27)
- 2. 6. Механизмы развития устойчивости ВИЧ-1 к НИОТ (28)
- 2. 7. Ненуклеозидные ингибиторы обратной транскриптазы (ННИОТ) (32)
- 2. 8. Механизмы развития устойчивости ВИЧ-1 к ННИОТ (32)
- 2. 9. Влияние клеточного иммунного ответа на вариации генаpol ВИЧ-1 (34)
- Глава 3. ЛЕКАРСТВЕННАЯ УСТОЙЧИВОСТЬ ВИЧ В КОНТЕКСТЕ ГЕНЕТИЧЕСКОГО РАЗНООБРАЗИЯ ЦИРКУЛИРУЮЩИХ ВАРИАНТОВ ВИРУСА (38)
- 3. 1. Происхождение и генетическое разнообразие ВИЧ-1 (39)
- 3. 2. Полиморфизм гена pol в отсутствие антиретровирусных препаратов (40)
- 3. 3. Влияние генетического полиморфизма ВИЧ-1 на разви тие лекарственной устойчивости (43)
- 3. 4. Эпидемиология передающейся лекарственной устойчивости ВИЧ-1 (48)
- Глава 4. МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКАЯ ХАРАКТЕРИСТИКА ЭПИДЕМИИ ВИЧ-ИНФЕКЦИИ В РОССИИ (52)
- 4. 1. Развитие эпидемии ВИЧ-инфекции в России и странах Ближнего Зарубежья (52)
- 4. 2. Генетическая характеристика варианта ВИЧ-1 IDU-A, доминирующего в России (55)
- ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТЬ (57)
- Глава 1. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ (57)
- 1. 1. Объект исследования (57)
- 1. 2. Сбор клинико-эпидемиологических данных (58)
- 1. 3. Получение «грубых» лизатов мононуклеарных клеток периферической крови (59)
- 1. 4. Определение генетического подтипа ВИЧ-1 (59)
- 1. 5. Амплификация фрагментов гена pol ВИЧ-1 (62)
- 1. 6. Выявление мутаций V77I и A62V с помощью биологических микрочипов (64)
- 1. 7. Выявление мутаций V77I и A62V с помощью рестрикционного анализа (66)
- 1. 8. Электрофоретический анализ препаратов ДНК в агарозном геле (67)
- 1. 9. Определение нуклеотидной последовательности фрагментов ДНК (68)
- 1. 10. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей (70)
- 1. 11. Статистическая обработка данных (70)
- Глава 2. МУТАЦИИ ЛЕКАРСТВЕННОЙ УСТОЙЧИВОСТИ В НУКЛЕОТИДНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЯХ ГЕНА POL ВИЧ-1 ПОДТИПА, А СРЕДИ ВИЧ
- ИНФИЦИРОВАННЫХ ЛИЦ В РОССИИ. НЕ ПРИНИМАВШИХ АРВ-ПРЕПАРАТЫ (71)
- 2. 1. Предварительная характеристика исследуемых образцов (71)
- 2. 2. Построение консенсуса нуклеотдиных последовательностей генаpol ВИЧ-1 варианта IDU-A. опубликованных к началу настоящего исследования (72)
- 2. 3. Доказательства принадлежности исследуемых нуклеотидных последовательностей гена pol подтипу, А ВИЧ-] (73)
- 2. 4. Анализ аминокислотных последовательностей протеазы и ОТ ВИЧ-1 IDU-A (76)
- 2. 5. Частота встречаемости мутаций, связанных с лекарственной устойчивостью ВИЧ-1 (77)
- 2. 6. Анализ потенциального влияния мутаций в гене pol ВИЧ-1 1DU-A на эффективность антиретровируспой терапии (79)
- Глава 3. ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ ЧЕТЫРЕХ ОБНАРУЖЕННЫХ В РОССИИ ВАРИАНТОВ ВИЧ-1 IDU-A. РАЗЛИЧАЮЩИХСЯ МУТАЦИЯМИ V77I В PRO И A62V В
- RT (НО)
- 3. 1. Характеристика исследуемых групп (80)
- 3. 2. Филогенетические взаимоотношения между вирусами четырех обнаруженных генотипов IDU-A ВИЧ-1 (81)
- 3. 3. Изменчивость гена pol обнаруженных вариантов 1DU-A ВИЧ-1 (84)
- ГЛАВА 4. РАСПРОСТРАНЕНИЕ ВАРИАНТОВ ВИЧ-i ПОДТИПА, А ЧЕТЫРЕХ POL-ГЕНОТИПОВ В РАЗНЫХ РЕГИОНАХ РОССИИ В ПЕРИОД С 1996 ПО 2005 ГГ (87)
- 4. 1. Изучение возможности применения биологических микрочипов и рестрикционного анализа для выявления мутаций V771 в pro и A62V в Rt (87)
- 4. 2. Передача вариантов ВИЧ-1 IDU-A, несущих мутации V77I и/или A62V, в эпидемиологических цепочках (90)
- 4. 3. Частота встречаемости /?о/-генотипов Wt, Ми177шу, МШ771 и Mut^v ВИЧ-1 1DU-A в разных регионах России и ее изменение в ходе эпидемии в стране (90)
- 4. 4. Частота встречаемости мутаций V771 в pro и A62V в Rl ВИЧ-1 1DU-A в регионах России (96)
- 9. ОБСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ (98)
I. Вопрос о передающейся лекарственной устойчивости ВИЧ-1 в России (98) И. Генетическая гетерогенность вариантов ВИЧ-1 IDU-A, циркулирующих в России (100) Ш. Обсуждение возможных причин преимущественного распространения в России варианта IDU-A с /w/-ген о типом Mut77[/s2v О 06)
V. Обсуждение данных о клиническом значении выявленных мутаций в гене pol (108) ВЫВОДЫ (111)
Список литературы
- Бобков А. Ф. Каченнова Е.В., Селимова Л. М. и др. Субтипы ВИЧ-1 в России // Журн. микробиол.- 1999. № 1. -С.43−45.
- Бобков А. Ф. Каченнова Е.В., Селимова Л.М, и др. Молекулярно-вирусологические особенности эпидемии ВИЧ-инфекции в России и других странах СНГ // Вестник Российской Академии Медицинских Наук. -2003. № 12. — С. 83−85.
- Бобков А.Ф., Покровский В. В., Селимова Л. М. и др. Генетическое разнообрачие вирусов иммунодефицита человека первого типа (ВИЧ-1) на территории России // ДАН. -1997.-Т.353.-С.822−824.
- Бобкова М.Р. Лекарственная устойчивость ВИЧ и лабораторные методы ее определения (лекция) // Клиническая лабораторная диагностика. 2002, — № 1. -C.2S-32.
- Богословская Е.В., Шипулин Г. А., Башкирова Л. Ю. и др. Определение лекарственной устойчивости ВИЧ у пациентов, получавших противоретровирусную терапию // Эгшдемиол. и инфекц. бол. 2004 — № 4 — С. 38−42
- Галегов '.А. Лекарственная устойчивость и ее значение в процессе лечения ВИЧ-инфекции // Consilium medicum. 2001, — Экстра выпуск, ВИЧ-инфекция. — С. 11−13.
- Зарецкая Ю. М. Клиническая иммуногенетика. //- М., 1983. — С. 135−181.
- Каченнова Е.В. Молекулярно-эпидемиологический аналич вариантов вируса иммунодефицита человека 1-го типа (ВИЧ-1), циркулирующих в России, 1987−2003 г. Автореф. дис.. докт. биол. наук. М., 2005. 52 с.
- Казеннова Е.В., Бобков А. Ф. Подтипы вируса иммунодефицита человека 1 типа: классификация, происхождение и распространение в Европе II Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. -2003. № 1. — С.90−96.
- Казеннова Е. В. Бобков А.Ф., Селимова Л. М. и др. Анализ субтипов гена gag вариантов ВИЧ-1, выделенных в России, методом сравнительной оценки электрофоретической подвижности гетеродуплексов // Вопр. Вируеол. 2001. — Т.46. — С. 12−16.
- Коровина Г. И., Фомин Ю. А., Додонов К. Н., Улюкин И. М. К вопросу молекулярно-генетического мониторинга антиретровирусной терапии ВИЧ-инфекции // Terra Medica Nova 2005. № 3. — интернет-издание.
- Ладная Н.Н. Распространение различных субтипоь ВИЧ на территории Российской Федерации.: Автореф. дис.. канд. биол. наук. М., 2000. -24 с.
- Ладная Н.Н., Покровский В. В. Бобков А.Ф. и др. Распространение субтипов ВИЧ-1 в России. Эпидемиология и инфекционные болезни (1998) — 3: 19−23.
- Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Д. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование.-М.: Мир, 1984.
- Мирзабеков А.Д., Рубина А.Ю., Паньков С. В. и др. А.С. № 2 175 972 Бюл. Ичобр. 2001. № 251 819,2021,22,23