Новые штаммы-деструкторы 2, 4, 5-Т гамма-подкласса протеобактерий
Диссертация
Фаза логарифмического роста штамма Pseudomonas kilonensis 34 Т занимала около трех суток. Об этом свидетельствует возрастающий показатель значения оптической плотности, достигший 0,77 ОЕ. Далее, почти на протяжении 3 суток, следовала фаза стационарного роста. Деградация? 2,4,5-Т проходила постепенно, в течение 9 суток было утилизировано более 59,7% ксенобиотика. Длительность лаг-фазы составила 1… Читать ещё >
Содержание
- СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
- ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Минерализация синтетических соединений у представителей 11 гамма-подкласса протеобактерий
- 1. 1. 1. Бактерии-деструкторы рода Pseudomonas
- 1. 1. 2. Бактерии-деструкторы рода Stenotrophomonas 16 1.1.3 Бактерии-деструкторы рода Xanthomonas
- 1. 2. Метаболические пути деградации 2,4-Д и 2,4,5-Т
- 1. 3. Генетические кластеры, контролирующие деградацию 2,4-Д и 31 2,4,5-Т
- 1. 3. 1. Генетические кластеры, контролирующие деградацию 2,4-Д
- 1. 3. 2. Генетические кластеры, контролирующие деградацию 2,4,5-Т
- 1. 1. Минерализация синтетических соединений у представителей 11 гамма-подкласса протеобактерий
- 2. 1. Объекты исследований
- 2. 2. Получение чистых культур штаммов-деструкторов
- 2. 3. Рост культур в жидкой питательной среде и его учет
- 2. 4. Определение количеств 2,4,5-Т в культуральной жидкости
- 2. 5. Идентификация продуктов метаболизма 2,4,5-Т
- 2. 6. Идентификация штаммов
- 2. 6. 1. Морфологические особенности колоний штаммов ЗЗТ, 34 Т и 42 ЗЗБСР
- 2. 6. 2. Классификация штаммов по физиолого-биохимическим 42 признакам
- 2. 6. 3. Определение морфометрических характеристик клеток штаммов 42 2.6.4 Амплификация, секвенирование и анализ последовательностей 43 генов 16Б рРНК
- 2. 6. 5. Получение профилей белковых масс
- 2. 7. Амплификация гена //Ы в клетках исследуемых штаммов
- 2. 8. Гибридизация препаратов ДНК на фильтре
- 2. 8. 1. Получение радиоактивного зонда методом замещения 47 нуклеотидов
- 2. 8. 2. Иммобилизация плазмидной ДНК на нитроцеллюлозном 47 фильтре
- 2. 8. 3. Дот-блот гибридизация препаратов ДНК на нитроцеллюлозном 48 фильтре
- 2. 9. Выделение плазмидной ДНК
- 2. 10. Фракционирование препаратов ДНК в агарозном геле
- 2. 11. Гидролиз препаратов плазмидной ДНК рестриктазами и 49 определение размеров фрагментов ДНК
- 2. 12. Элиминация плазмид, индуцированная акридиновым оранжевым
- 2. 13. Определение устойчивости бактерий к антибиотикам
- 3. 1. Выделение изолятов из образцов почвенной биоты
- 3. 2. Определение филогенетического положения штаммов 51 ЗЗТ, 34 Т и ЗЗБСР
- 3. 3. Динамика конверсии молекул 2,4,5-трихлорфеноксиуксусной кислоты штаммами 81епоггоркотопа8 эр. ЗЗТ, Р. кйопепш 34 Т и ХаЫкотопаБ ер. ЗЗБСР в периодической культуре
- 3. 4. Анализ интермедиатов катаболизма 2,4,5- 74 трихлорфеноксиуксусной кислоты штаммов Згепо^орЬотопаз Бр. ЗЗТ,
- 3. 5. Сравнительный анализ генетических структур, контролирующих 77 деструкцию 2,4,5-трихлорфеноксиуксусной кислоты в клетках штаммов 31епо1горкотопаз эр. ЗЗТ, Р. кИопетгя 34 Т и ХаЫкотопай Бр. ЗЗБСР
- 3. 6. Определение плазмидного статуса штаммов 81епо1торкотопав эр. 83 ЗЗТ, Р. кИопет’ш 34 Т иХаМкотопаэ эр. ЗЗОСР
Список литературы
- Баранова И. П, Заславская П. Л, Егоров Н. С. Некоторые данные о культурально-морфологических особенностях форм диссоциации низинобразующего стрептококка // Антибиотики и химиотерапия. — 1995.-Т. 40.-№ 4. -С. 3−7.
- Лабинская A.C. Микробиология с техникой микробиологических исследований. М.: Медицина, 1978. — 394с.
- Мазин A.B., Кузнеделов К.Д, Краев A.A. Методы молекулярной генетики и генной инженерии. — 1990. — С. 218.
- Маниатис Т, Фрич Э, Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование: Пер. с англ. / Под ред. A.A. Баева. М.: Мир, 1984. — 480с.
- Медико-биологические последствия диоксинов / под ред. Карамовой Л. М. 2002. — 248 С. — Уфа.
- Методы общей бактериологии: в 3-х т. / Под. ред. Ф. Герхарда и др. — М.: Мир, 1990.
- Методы определения микроколичеств пестицидов / под ред. М. А. Клисенко М.: Медицина, 1984. — 256с.
- Определитель бактерий Берджи // Под редакцией Дж. Хоулта, Н. Крига, П. Снита, Дж. Стейли, С. Уильямса. — 1997. С. 104.
- Плотникова Е.Г. Бактерии-деструкторы ароматических углеводородов и их хлорпроизводных: разнообразие, особенности метаболизма, функциональная геномика // Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук. — 2007.
- Соляникова И.П. Организация биодеградативных путей у родококков // Автореферат диссертации на соискание ученой степени доктора биологических наук. 2007.
- Теппер Е. З, Шильникова В. К, Переверзева Г. И. Практикум помикробиологии // под ред. Н. С. Егорова. — М.: МГУ, 1976. 307с.
- Фирсов Н.Н. Микробиология: словарь терминов. М.: Дрофа, 2005. — 256с.
- Шагинян И.А. Роль и место молекулярно-генетических методов в эпидемиологическом анализе внутрибольничных инфекций // КМАХ. 2000. — Т. 2. — № 3. — С. 82−95.
- Anzai Y., Kim Н., Park J-Y., Wakabayashi H. and Oyaizu H. Phylogenetic affiliation of the pseudomonads based on 16S rRNA sequence // International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. — 2000. V. 50. — P. 1563−1589.
- Apajalahti J.H.A., Salkinoja-Salonen M. Complete Dechlorination of Tetrachlorohydroquinone by Cell Extracts of Pentachlorophenol-Induced Rhodococcus chlorophenolicus II Journal of bacteriology. 1987. — V. 169. -№. 11.-P. 5125−5130.
- Arensdorf J.J., Focht D.D. A meta Cleavage Pathway for 4-Chlorobenzoate an Intermediate in the Metabolism of 4-Chlorobiphenyl by Pseudomonas cepacia PI66 // Applied and environmental microbiology. 1995. — V. 61. -V. 2.-P. 443−447.
- Balajee S, Mahadevan A. Dissimilation of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid by Azotobacter chroococcum II Xenobiotica. 1990. — V. 20(6). — P. 607 617.
- Baelum J., Nicolaisen M.H., Holben W.E., Strobel B. W, Senrensen J. and Jacobsen C.S. Direct analysis of tfdA gene expression by indigenous bacteria in phenoxy acid amended agricultural soil // The ISME Journal. — 2008.-V. 2.-P. 677−687.
- Batisson I., Pesce S., Besse-Hoggan P., Sancelme M. and Bohatier J. Isolation and Characterization of Diuron-degrading Bacteria from Lotie Surface // Water Microbial Ecology. 2007. — V. 54. — P. 761−770.
- Binks P.R., Nickiin S., Neil C.B. Degradation of hexahydro-1,3,5-trinitro-1,3,5-triazine (RDX) by Stenotrophomonas maltophilia PB1 // Applied and Environmental Microbiology. 1995. — V. 61(4). -P. 1318−1322.
- Bolshakova A.V., Kiselyova O.I., and Yaminsky I.V. Microbial Surfaces Investigated Using Atomic Force Microscopy // Biotechnol. Prog. 2004. -V. 20.-P. 1615−1622.
- Bruckmann M., Blasco R., Timmis K.N., and Pieper D.H. Detoxification of Protoanemonin by Dienelactone Hydrolase // J Bacteriol. 1998. — V. 180(2).-P. 400−402.
- Cavalca L., Hartmann A., Rouard N. and Soulas G. Diversity of tfdC genes: distribution and polymorphism among 2,4-dichlorophenoxyacetic acid degrading soil bacteria // FEMS Microbiology Ecology. 1999. — V. 29. -№ 1. — P. 45−58.
- Chen Y.M., Lin T.F., Huang C., Lin J.C., Hsieh F.M. Degradation of phenol and TCE using suspended and chitosan-bead immobilized Pseudomonas putida IIJ Hazard Mater. 2007. — V. 148(3). — P. 660−670.
- Choi N.C., Choi J.W., Kim S. Bi, Kim D.J. Modeling of growth kinetics for Pseudomonas putida during toluene degradation // Appl Microbiol Biotechnol. — 2008: — V. 81(1).-P. 135−141.
- Daubaras D.L., Hershberger C. D., Kitano K., and Chakrabarty A. M. Sequence Analysis of a Gene Cluster Involved in Metabolism, of 2,4,5
- Trichlorophenoxyacetic Acid by Burkholderia cepacia AC 1100 // Applied and Environmental Microbiology. 1995. — V. 61. — № 4. — P. 1279−1289.
- De Souza M.L., Seffernick J., Martinez B., Sadowsky M.J., and Wackett L.P. The Atrazine Catabolism Genes atzABC Are Widespread and Highly Conserved // J Bacteriol. 1998. — V. 180. — № 7. — P. 1951−1954. (a).
- De Souza M.L., Sadowsky M.J., and Wackett L.P. Atrazine Chlorohydrolase from Pseudomonas sp. Strain ADP: Gene Sequence, Enzyme Purification, and Protein Characterization // Journal of bacteriology. 1996. -V. 178. -№ 16. — P. 4894−4900. (6).
- Don R.H., Pemberton J.M. Genetic and Physical Map of the 2,4-Dichlorophenoxyacetic Acid-Degradative Plasmid pJP4 // Journal of bacteriology. 1985.-V. 161.-№ 1.-P. 466−468.
- Dong X., Hong Q., Li L., Li S. Characterization of a p-nitrophenol degrading bacterium Pseudomonas sp. PDS-7 and cloning of degradation relevant genes // Wei Sheng Wu Xue Bao. 2008. — V. 48(11). — P. 14 861 492.
- Edwards U., Rogall T., Bloeker H., Ende M.D., Boeettge E.C. Isolation and direct complete nucleotide determination of entire genes, characterization of gene coding for 16S ribosomal RNA // Nucl. Acids. Res. 1989. -V. 17.-P. 7843−7853.
- El-Deeb A.B. Catabolic plasmid-mediated heavy metal resistance in herbicide diuron-degrading Pseudomonas species // Journal of Microbiology and Biotechnology. 2001. — V. 11(1). — P. 7−12.
- Farrell A, Quilty B. Degradation of mono-chlorophenols by a mixed microbial community via a meta- cleavage pathway // Biodegradation. — 1999.-V. 10.-P. 353−362.
- Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap // Evolution. 1985. — V. 39. — P. 783−791.
- Fetzner S, Lingens F. Bacterial degalogenases: biochemestry, genetics, and biotechnological applications // Microbiol. Rev. 1994. — V. 58. — № 4. -P. 641−685.
- Fukumori F. and Hausinger R.P. Purification and Characterization of 4-Dichlorophenoxyacetate/a-Ketoglutarate Dioxygenase // Journal of biological chemistry. 1993. -V. 268. -№ 32. — P. 24 311−24 317.
- Garcia-Gonzalez V, Govantes F, Shaw L. J, Burns R.G. and Santero E. Nitrogen control of atrazine utilization in Pseudomonas sp strain ADP // Applied and environmental microbiology. 2003. — V. 69 (12). — P. 69 876 993.
- Gisi M.R. and Xun L. Characterization of Chlorophenol 4-Monooxygenase (TftD) and NADH: Flavin Adenine Dinucleotide Oxidoreductase (TfiC) of Burkholderia cepacia AC1100 // Journal of bacteriology. 2003. — V. 185. — № 9. — P. 2786−2792.
- Haizhen W.U., Wei C., Wang Y., He Q., Liang S. Degradation of o-chloronitrobenzene as the sole carbon and nitrogen sources by Pseudomonas putida OCNB-1 // Journal of Environmental Sciences. — 2009. V. 21. — Iss. 1. — P. 89−95.
- Hauben L., Vauterin L., Moore E.R.B., Hoste B., Swings J. Genomic diversity of the genus Stenotrophomonas II International Journal of Systematic Bacteriology. 1999. — V. 49. — P. 1749−1760.
- Hoffmann D., Kleinsteuber S., Miiller R.H. and Babel W. A transposon encoding the complete 2,4-dichlorophenoxyacetic acid degradation: pathway in the alkalitolerant strain Delftia: acidovorans P4a // Microbiology. 2003. — V. 149 ¦ -P. 2545−2556.
- Hogan D.A., Buckley D.H., Nakatsu G.H., Schmidt T.M., Hausinger R.P. Distribution of the tfdA gene in soil bacteria that do not degrade 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) // Microb. Ecol. 1997. — V. 34. -№ 2. — P. 90−96.
- Hollender J., Dott W., Hopp J. Regulation of Chloro- and Methylphenol Degradation In Comamonas testosteroni JH5 // Applied and environmental microbiology. 1994. — V. 60. — № 7. — P. 2330−2338.
- Hollender J., Hopp J., Dott W. Degradation of 4-Chlorophenol via the meta Cleavage Pathway by Comamonas testosteroni JH5 // Applied and environmental microbiology. 1997. — V. 63. — № 11. — P. 4567−4572.
- Hu X., Fukutani A., Liu X., Kimbara K., Kawai F. Isolation of bacteria-able to grow on both polyethylene glycol (PEG) and polypropylene glycol (PPG) and their PEG/PPG dehydrogenases // Appl Microbiol Biotechnol. -2007. V. 73. — P. 1407−1413.
- Huong N.L., Itoh K., Suyama K. Diversity of 2,4-Dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) and 2,4,5-Trichlorophenoxyacetic acid Degrading bacteria in Vietnamese Soils // Microbes Environ. — 2007. — V. 22. — № 3. — P. 243 256. (a)
- Itoh K., Kanda R., Sumita Y., Kim H., Kamagata Y., Suyama K., Yamamoto H., Hausinger R.P., and Tiedje J.M. tfdA-Like Genes in 2,4-Dichlorophenoxyacetic Acid-Degrading Bacteria Belonging to the
- Bradyrhizobium-Agromonas-Nitrobacter-Afipia Cluster in Proteobacteria
- Applied and environmental microbiology. 2002. — V. 68. — № 7. — P. 3449−3454.
- Jia Y., Yin H., Ye J.S., Peng H., He B.Y., Qin H.M., Zhang N., Qiang J: Characteristics and pathway of naphthalene degradation by Pseudomonas sp. N7// Huan Jing Ke Xue. 2008. — V. 29(3). — P. 756−762. .
- Kaparullina E., Doronina N., Chistyakova T., Trotsenko Y. Stenotrophomonas chelatiphaga sp. nov., a new aerobic EDTA-degrading bacterium // Syst Appl Microbiol. 2009. — V. 32(3). — P. 157−162.
- Kaparullina E.N., Fedorov D. N, Doronina N.V., and. Trotsenko Yu.A. System of Oligonucleotide Primers for Detection and Amplification of the emoA Gene Encoding Bacterial Ethylenediaminetetraacetate
- Monooxygenase // Applied Biochemistry and Microbiology. 2008. — V. 45.-V. 4.-P. 361−365.
- Kaphammer B. and Olsen R.H. Cloning and Characterization of tfdS, the Repressor-Activator Gene of tfdB, from the 2,4-Dichlorophenoxyacetic Acid Catabolic Plasmid pJP4 // Journal of bacteriology. 1990. — V. 172. -№ 10.-P. 5856−5862.
- Kaphammer B., Kukor J.J., and Olsen R.H. Regulation of tfdCDEF by tfdR of the 2,4-Dichlorophenoxyacetic Acid Degradation Plasmid pJP4 // Journal of bacteriology. 1990. — V. 172. — № 5. — P. 2280−2286.
- Kay S., Bonas U. How Xanthomonas type III effectors manipulate the host plant // Curr Opin Microbiol. 2009. — V. 12(1). — P. 37−43.
- Kawai F. Microbial degradation of poly ethers // Appl Microbiol Biotechnol. 2002. — V. 58. — P. 30−38.
- Kim S., Bae W., Hwang J., Park JI Aerobic TCE degradation by encapsulated" toluene-oxidizing bacteria, Pseudomonas putida and Bacillus spp. // Water Sci Technol. 2010: — V.62(9). — P. 1991−1997.
- Krumme M. L, Timmis K. N, and Dwyer D.F. Degradation of Trichloroethylene by Pseudomonas cepacia G4 and the Constitutive Mutant Strain G4 5223 PR1 in Aquifer Microcosms // applied and environmental microbiology. 1993. -V. 59. -№ 8. -P. 2746−2749.
- Ledger T, Pieper D. H, and Gonzalez B. Chlorophenol Hydroxylases Encoded by Plasmid pJP4 Differentially Contribute to Chlorophenoxyacetic Acid Degradation // Applied and environmental microbiology. 2006. — V. 72. — № 4. — P. 2783−2792.
- Lee E. Y, Jun Y. S, Cho K. S, Ryu H.W. Degradation characteristics of toluene, benzene, ethylbenzene, and xylene by Stenotrophomonas maltophilia T3-c // J Air Waste Manag Assoc. 2002. — V. 52(4). — P. 400−406.
- Lee M.-S, Chang H.-W, Kahng H.-Y, So J.-S, and Oh K.-H. Biological Removal of Explosive 2,4,6-Trinitrotoluene by Stenotrophomonas sp. OK-5 in Bench-scale Bioreactors // Biotechnol. Bioprocess Eng. 2002. — V. 7. -P. 105−111.
- Lee B.-U, Cho Y.-S, Park S.-C, Oh K.-H. Enhanced Degradation of TNT by Genome-Shuffled Stenotrophomonas maltophilia OK-5 // Curr Microbiol. 2009. — V. 59. — P. 346−351.
- Li Q., Wang X., Yin G., Gai Z., Tang H., Ma C., Deng Z.5 Xu P. New metabolites in dibenzofuran cometabolic degradation by a biphenyl-cultivated Pseudomonas putida strain B6−2 // Environ Sci Technol. 2009. -V. 43(22).-P. 8635−8642.
- Louie T.M., Webster C.M., and, Xun L. Genetic and Biochemical Characterization of a 2,4,6-Trichlorophenol Degradation Pathway in Ralstonia eutropha JMP134 // Journal of bacteriology. 2002. — V. 184. -№ 13.-P. 3492−3500.
- Mai P., Stig O., Jacobsen J.A. Mineralization and co-metabolic degradation of phenoxyalkanoic acid herbicides by a pure bacterial culture isolated from an aquifer // Appl Microbiol Biotechnol. 2001. — V. 56. — P. 486 490.
- Mandelbaum R.T., Allan D.L., and Wackett L.P. Isolation and Characterization of a Pseudomonas sp. That Mineralizes the s-Triazine Herbicide Atrazine // Applied and environmental microbiology. 1995. -V. 61.-№ 4. -P. 1451−1457.
- Markus A., Klages U., Krauss S., Lingens F. Oxidation and dehalogenation of 4-chlorophenolacetate by a two-component enzyme system from Pseudomonas sp. strain CBS3 // J. Bacteriol. 1984. — V. 160. — P. 618 621.
- Marecik R, Kroliczak P., Czaczyk K., Bialas W., Olejnik A., Cyplik P. Atrazine degradation by aerobic microorganisms isolated from the rhizosphere of sweet flag (Acorus calamus L.) // Biodegradation. 2008. -V. 19.-P. 293−301.
- Martinez B., Tomkins J., Wackett L.P., Wing R., and Sadowsky M.J. Complete Nucleotide Sequence and Organization of the Atrazine Catabolic Plasmid pADP-1 from Pseudomonas sp. Strain ADP // Journal of bacteriology.-2001.-V. 183.-№ 19.-P. 5684−5697.
- Matrubutham U., Harker A R Analysis of duplicated gene sequences associated with tfdR and tfdS in Alcaligenes eutrophus JMP134 // J Bacteriol. 1994. -V. 176. -№ 8. — P. 2348−2353.
- McGhee I., Burns R.G. Biodegradation of 2,4-dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) and 2-methyl-4-chlorophenoxyacetic acid (MCPA) in contaminated soil // Applied Soil Ecology. 1995. — V. 2(3). — P. 143−154.
- McGowan C., Fulthorpe R., Wright A., and Tiedje J.M. Evidence for Interspecies Gene Transfer in the Evolution of 2,4-Dichlorophenoxyacetic Acid Degraders // Applied and Environmental microbiology. 1998. — V. 4.-№ 10.-P. 4089−4092.
- McGuinness M. and Dowling D. Plant-Associated Bacterial Degradation of Toxic Organic Compounds in Soil // Int. J. Environ. Res. Public Health.- 2009. V. 6. — P. 2226−2247.
- Nayak A.S., Yeeranagouda Y., Lee K., Karegoudar T.B. Metabolism of acenaphthylene via 1,2-dihydroxynaphthalene and catechol by Stenotrophomonas sp. RMSK // Biodegradation. 2009. — P. 9271−9281.
- Parameswarappa S., Karigar C., Nagenahalli M. Degradation of ethylbenzene by free and immobilized Pseudomonas fluorescens-CS2 II Biodegradation. 2008. — V. 19(1).-P. 137−144.
- Pathak H., Kantharia D., Malpani A., Madamwar D. Naphthalene degradation by Pseudomonas sp. HOB1: in vitro studies and assessment of naphthalene degradation efficiency in simulated microcosms // J Hazard Mater. -2009. V. 166(2−3).-P. 1466−1473.
- Peix A., Ramirez-Bahena M.H., Velazquez E. Historical evolution and current status of the taxonomy of genus Pseudomonas II Infect Genet Evol. 2009. — V. 9(6). — P. 1132−1147.
- Puntus I.F., Filonov A.E., Akhmetov L.I., Karpov A.V., Boronin A.M. Phenanthrene degradation by bacteria of the genera Pseudomonas and Burkholderia in model soil systems // Mikrobiologiia. — 2008. V. 77(1). -P. 11−20.
- Jayachandran V.P., Kunhi A.A. Degradation of 3-chlorobenzoate and phenol singly and in mixture by a mixed culture of two ortho-pathway-following Pseudomonas strains // J Ind Microbiol Biotechnol. 2009. — V. 36(2).-P. 219−227.
- Qureshi A., Verma V., Kapley A. and Purohit H J. Degradation of 4-nitroaniline by Stenotrophomonas strain HPC 135 // International Biodeterioration & Biodegradation. 2007. — V. 60(4). — P. 215−218.
- Rein' A., Fernqvist MM., Mayer P., Trapp S., Bittens M., Karlson U.G. Degradation of PCB congeners by bacterial strains // Appl Microbiol Biotechnol. 2007. — V. 77(2). — P. 469−481.
- Rice J.F., Menn F.-M., Hay A.G., Sanseverino J. and Sayler G.S. Natural selection for 2,4,5-trichlorophenoxyacetic acid mineralizing bacteria in agent orange contaminated soil // Biodegradation. — 2005. — V. 16. — P. 501−512.
- Roscetto E., Rocco F., Carlomagno M.S., Casalino M., Colonna B., Zarrilli R., Di Nocera P.P. PCR-based rapid genotyping of Stenotrophomonas maltophilia isolates BMC Microbiology. 2008. — V. 8. — P. 202.,
- Rosenbluth M.J., Lam W.A., and Fletcher D.A. Force Microscopy of Nonadherent Cells: A Comparison of Leukemia Cell Deformability // Biophysical Journal. 2006. — V. 90. — P. 2994−3003:
- Ryan R.P., Monchy S., Cardinale M., Taghavi S., Crossman L., Avison M.B., Berg G., Van der Lelie D., Dow J.M. The versatility and adaptation of bacteria from the genus Stenotrophomonas II Nature Reviews Microbiology. 2009. — V. 7. — P. 514−525.
- Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees // Molecular Biology and Evolution. -1987.-V. 4.-P. 406−425.
- Salvadori L, Di Gioia D, Fava F, Barberio C. Degradation of Low-Ethoxylated Nonylphenols by a Stenotrophomonas Strain and Development of New Phylogenetic Probes for Stenotrophomonas spp. Detection. // Current microbiology. 2006. — V.52. — P. 13−20.
- Santacruz G, Bandala E.R., Torres L.G. Chlorinated pesticides (2,4-D and DDT) biodegradation at high concentrations using immobilized Pseudomonas fluorescens II J Environ Sci Health B. 2005. — V. 40(4). -P. 571−583.
- Seibert V, Thiel M, Hinne I.-S. and Schlomann M. Characterization of a gene cluster encoding the maleylacetate reductase from Ralstonia eutropha 335T, an enzyme recruited for growth with 4-fluorobenzoate // Microbiology. 2004. — V., 150. — P. 463−472.
- Shimojo M, Kawakami M. and Amada K. Analysis of genes encoding the 2,4-dichlorophenoxyacetic acid-degrading enzyme from Sphingomonas agrestis 58−1 II Journal of Bioscience and Bioengineering. 2009. — V. 108.-№ 1.-P. 56−59:
- Soares A., Guieysse B., Delgado O., Mattiasson B. Aerobic biodegradation of nonylphenol by cold-adapted bacteria // Biotechnology. Letters. 2003. -V. 25.-P. 731−738.
- Sondossi M., Sylvestre M., and Ahmad D. Effects of Chlorobenzoate Transformation on the Pseudomonas testosteroni Biphenyl and Chlorobiphenyl Degradation Pathway // Applied and environmental microbiology. 1992. — V. 58. — №. 2. — P. 485−495.
- Song H., Liu Y., Xu W., Zeng G., Aibibu N., Xu L., Chen B. Simultaneous Cr (VI) reduction and phenol degradation in pure cultures of Pseudomonas aeruginosa CCTCC AB91095 // Bioresour Technol. 2009. — V. 100(21). -P. 5079−5084.
- Spasenovski T., Carroll M.P., Payne M.S., Bruce K.D. Molecular analysis of diversity within the genus Pseudomonas in the lungs of cystic fibrosis patients // Diagn Microbiol Infect Dis. 2009. — V. 63(3). — P. 261−267.
- Stackebrandt E., Goebel B.M. Taxonomic note: a place for DNA-DNA reassociation and 16S rRNA sequence analysis in the present species definition in bacteriology // Int. J. Syst. Bacteriol. 1994. — V. 44. — № 4. -P. 846−849.
- Stackebrandt E., Murray R.G.E., and Triiper H.G. Proteobacteria classis nov. a Name for the Phylogenetic Taxon That Includes the «Purple Bacteria and Their Relatives» // Int. Journal of Systematic Bacteriology. -1988. -V. 38. -№ 3. P. 321−325.
- Suwa Y., Wright A. D, Fukimori F. Nummy K.A., Hausinger R. P, Holben W.E., and Forney L.J. Characterization of a Chromosomally Encoded 2,4
- Dichlorophenoxyacetic Acid/a Ketoglutarate Dioxygenase from Burkholderia sp. Strain RASC // Applied and environmental microbiology. 1996. — V. 62. — № 7. — P. 2464−2469.
- Szabados F., Woloszyn J., Richter C., Kaase M. and' Gatermann S.G. A Biotyper 2.0 (Bruker Daltonics)-based score cut-off of actually 2 is superior to molecular Staphylococcus aureus identification // J Med Microbiol. 2010. — V. 59. — P. 787−790.
- Tamura K., Dudley J., Nei M., Kumar S. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 4.0. // Molecular Biology and Evolution. 2007. — V. 24. — P. 1596−1599.
- Tamura K., Nei M., Kumar S. Prospects for inferring very large phylogenies by using the neighbor-joining method // Proceedings of the National Academy of Sciences (USA). 2004. — V. 101. — P. 1 103 011 035.
- Winker S., Woese C.R. A definition of the domains Archaea, Bacteria and Eucarya in terms of small subunit ribosomal RNA characteristics // Syst Appl Microbiol. 1991. -V. 14(4). — P. 305−310.
- Woese C.R., Kandier O., and Wheelis M.L. Towards a natural system of organisms: Proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya //
- Proc. Nati. Acad. Sei. USA. 1990. — V. 87. — P. 4576−4579.
- Xie N., Tang H., Feng J., Tao F., Ma C. and Xu P. Characterization of benzoate degradation by newly isolated bacterium Pseudomonas sp. XP-M2 // Biochemical Engineering Journal. 2009. — V. 46(1). — P. 79−82.
- Xun L. and Wagnon K.B. Purification and Properties of Component B of 2,4,5-Trichlorophenoxyacetate Oxygenase from Pseudomonas cepacia AC 1100 // Applied and Environmental Microbiology. 1995. — V. 61. -№ 9.-P. 3499−3502.
- Xun L. and Webster C.M. A Monooxygenase Catalyzes Sequential Dechlorinations of 2,4,6-Trichlorophenol by Oxidative and Hydrolytic Reactions // The journal of biological chemistry. — 2004. — V. 279 — № 8. — P. 6696−6700.
- Yamamoto S., Kasai H., Arnold D.L., Jackson R.W., Vivian A. and Harayama S. Phylogeny of the genus Pseudomonas: intrageneric structure reconstructed from the nucleotide sequences of gyrB and rpoD genes // Microbiology. 2000. — V. 146. — P. 2385−2394.
- Ye J., Su L.-H., Chen C.-L., Hu S., Wang J., Yu J. and Chiu C.-H. Analysis of pSC138, the multidrug resistance plasmid of Salmonella enterica serotype Choleraesuis SC-B67 // Plasmid. — 2010. — V. 65. — P. 132−140.
- Zeng S. Y, Hu J, Huang G. X, He C.Z. Identification of a hrp-associated gene hpaB in the role of pathogenicity of Xanthomonas oryzae pv. oryzae I I Wei Sheng Wu Xue Bao. 2007. — V. 47(3). — P. 402−406.