Феномен избирательной окраски флуорохромом акридиновым оранжевым гетерохроматиновых районов метафазных хромосом человека
Диссертация
Поиск причин нарушений и остановки эмбрионального развития у человека проводится, в основном, при спонтанных абортах и реже при других клинических формах патологии беременности — неразвивающейся беременности и анэмбрионии, при которых развитие хориона продолжается в течение нескольких недель после гибели эмбриона. Доминирующим фактором в ранней внутриутробной гибели признан хромосомный дисбаланс… Читать ещё >
Содержание
- СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
- ВВЕДНИЕ
- ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Конститутивный (прицентромерный) гетерохроматин
- 1. 2. Структурно — функциональная роль прицентромерного гетерохроматина
- 1. 2. 1. Структурные функции прицентромерного гетерохроматина
- 1. 2. 2. Степень конденсации прицентромерного гетерохроматина в ядре
- 1. 2. 3. Функциональная роль прицентромерного гетерохроматина
- 1. 2. 3. 1. Гены в составе прицентромерного гетерохроматина
- 1. 2. 3. 2. Эпигенетические модификации прицентромерного гетерохроматина: метилирование ДНК и модификации гистонов
- 1. 2. 3. 3. Взаимодействие негистонового белка НР1 с прицентромерным гетерохроматином
- 1. 2. 3. 4. Особенности репликации прицентромерного гетерохроматина в. клеточном цикле
- 1. 2. 3. 5. Транскрипционная активность ДНК прицентромерного гетерохроматина
- 1. 3. Вклад прицентромерного гетерохроматина в топологию интерфазного ядра
- 1. 4. Гипотеза Главной Программы Развития
- 1. 5. Особенности прицентромерного гетерохроматина в эмбриональных и экстраэмбриональных клетках человека
- 2. 1. Материал исследования
- 2. 2. Методы исследования
- 2. 2. 1. Методика приготовления препаратов метафазных хромосом из клеток хориона (плаценты) и эмбриональных органов человека
- 2. 2. 2. Методика приготовления препаратов метафазных хромосом из хориона (плаценты) и эмбриональных тканей без мацерации в уксусной кислоте
- 2. 2. 3. Приготовление препаратов метафазных хромосом из ворсин хориона и эмбриональных органов человека «полупрямым» методом
- 2. 2. 4. Методика приготовления препаратов митотических хромосом из лимфоцитов периферической и пуповинной крови человека
- 2. 2. 5. Методика приготовления препаратов интерфазных ядер для 3 D FISH анализа
- 2. 2. 6. Методика приготовления препаратов хромосом из костного мозга и семенников мыши
- 2. 2. 7. Препараты хромосом из других тканей
- 2. 2. 8. Хранение препаратов
- 2. 3. Методы дифференциальной окраски препаратов метафазных хромосом
- 2. 3. 1. QFH окрашивание препаратов метафазных хромосом
- 2. 3. 2. Окрашивание препаратов метафазных хромосом акридиновым оранжевым
- 2. 3. 3. Окрашивание препаратов метафазных хромосом акридиновым оранжевым, приготовленным на буфере с кислым pH
- 2. 4. Обработки препаратов эндонуклеазами in situ
- 2. 4. 1. Обработки препаратов метафазных хромосом РНКазой-А и РНКазой-Н
- 2. 4. 2. Обработки препаратов метафазных хромосом ДНКазой
- 2. 4. 3. Обработки препаратов метафазных хромосом лигазой Т
- 2. 4. 4. Последовательные обработки препаратов метафазных хромосом РНКазой- А и ДНКазой
- 2. 5. Обработки препаратов протеолитическими ферментами
- 2. 5. 1. Обработки препаратов метафазных хромосом протеиназой К
- 2. 5. 2. Обработки препаратов метафазных хромосом пепсином
- 2. 5. 3. Обработки препаратов метафазных хромосом трипсином
- 2. 5. 4. Контрольные эксперименты
- 2. 6. Методы изучения спонтанной митотической активности клеток и репликации ДНК
- 2. 2. 6. 1. Метод «меченных» митозов
- 2. 2. 6. 2. Иммуноцитохимическое определение сегментов хромосом, включивших БДУ
- 2. 7. Определение митотического индекса
- 2. 8. 2-D FISH анализ
- 2. 9. 3-D FISH анализ
- 2. 9. Анализ препаратов
- 2. 9. 1. Люминисцентная микроскопия
- 2. 9. 2. Конфокальная лазерная сканирующая микроскопия
- 2. 10. Измерение расстояний 3D изображений
- 2. 10. 1. Измерение расстояний между HS3−1 и ядерной периферией
- 2. 10. 2. Ассоциация HS3−1 с хромоцентром
- 2. 10. 3. Коррекция расстояний
- 2. 11. Выделение РНК, обратная транскрипция и ПЦР
- 2. 12. Статистическая обработка результатов
- 3. 1. Анализ репликации гетерохроматиновых районов хромосом 1, 9, 16 в нескольких клеточных циклах при физиологической беременности и при остановке развития плода
- 3. 2. Особенности митотической активности клеток цитотрофобласта хориона при физиологической беременности и при остановке развития плода
- 3. 3. Характер окрашивания акридиновым оранжевым гетерохроматиновых районов хромосом 1, 9, 16 при различных условиях приготовления и флуорохромирования препаратов
- 3. 4. Анализ окраски прицентромерного гетерохроматина хромосом 1, 9 и 16 флуорохромом акридиновым оранжевым после различных цитохимических предобработок
- 3. 6. Локализация НБЗ-1 в интерфазных ядрах клеток эмбриона, хориона и плаценты
- 3. 7. Анализ транскрипционной активности Я
- 4. 1. Особенности митотической активности клеток хориона и репликации прицентромерного гетерохроматина хромосом 1,9, 16 в клетках хориона
- 4. 2. Тканеспецифичные особенности окраски флуорохромом акридиновым оранжевым районов прицентромерного гетерохроматина хромосом
4.3. Цитохимические особенности районов прицентромерного гетерохроматина метафазных хромосом из клеток цитотрофобласта хориона и эмбриональных органов, выявляемые с помощью флуорохрома акридинового оранжевого.
4.4. Локализация и транскрипционная активность НБЗ-1 в эмбриональных и экстраэмбриональных тканях.
ВЫВОДЫ.
Список литературы
- Баранов В. С., Кузнецова Т. В. Цитогенетика эмбрионального развития человека. — СПб.: Изд-во Н-Л. 2007. — 439 с.
- Баранов B.C., Пендина A.A., Кузнецова Т. В. и др. Некоторые особенности статуса метилирования метафазных хромосом у зародышей человека доимплантацинных стадий развития // Цитология. 2005. — Т. 47. — № 8.- С. 723−730.
- Барцева О.Б. Эффективность пренатальной цитогенетической диагностики в I и II триместрах беременности: Автореф.. канд. биол. наук. М., 1989. —21 с.
- Бенюш В.А., Тупицина Л. П. Двуцветная флуоресценция дифференциально конденсированных хромосом, окрашенных акридиновым оранжевым // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 1975. — Т.79. — № 4. — с. 108−110.
- Босток К., Самнер Э. Хромосома эукариотической клетки. М: Мир. — 1981. -600с.
- Брусиловский А.И. Функциональная морфология плацентарного барьера человека. — Киев: Здоровье.- 1976. — 129 с.
- Вайсертрейгер И. С. -Р. Транскрипционная активность прицентромерной сателлитной ДНК в клетках человека и мыши: Автореф. канд. биол. наук. Санкт-Петербург, 2010. -17 с.
- Вайсертрейгер И.С. -Р., Подгорная О. И., Енукашвили Н. И. ДНК прицентромерных участков конститутивного гетерохроматина деметилирована и деконденсирована в клетках MRC5 и А431 // Цитология. 2007. — Т.49. — № 1. — С. 62−69.
- Виноградова Ю.Е., Шинкаркина А. П., Поверенный A.M. Аутоиммунный тиреоидит при заболеваниях системы крови // Тер. арх. 2003. -Т. 75. — № 12.-е. 83−92.
- Волощук И.Н., Горбачева Ю. В., Дышева Н. М. Морфология ворсинчатого хориона при спонтанных абортах с хромосомными аномалиями // Мед. Генетика. — 2002. — Т. 1 .№ 1, — С.38−41.
- Воробьева A.B. и др. Особенности репликации прицентромерного гетерохроматина хромосом 1,9, 16 в клетках хориона и эмбриональных тканей человека // Цитология. -2002. Т. 44, — № 9. — С. 868.
- Ворсанова С.Г., Юров И. Ю., Соловьев И. В., Юров Ю. Б. Гетерохроматиновые районы хромосом человека: клинико-биологические аспекты. М.: Медпрактика-М., 2008. — 300с.
- Гланц С. Медико-биологическая статистика. Электронная книга. М.: Практика, 1999. -459с.
- Гринберг К.Н. Клеточный синдром нарушение цитодифференцировки при хромосомных аномалиях. Цитологические появления хромосомного дисбаланса у человека. Прогресс в медицинской генетике / под ред. Н. П. Бочкова. — М.: Медицина,-1978. —С. 151−186.
- Груздев А.Д. Гетерохроматин и однонитевые разрывы ДНК (гипотеза) // Генетика. -1999. Т. 35, — № 7. — С. 869−872
- Дукельская A.B. Изучение изменчивости интерфазного гетерохроматина курицы Gallus domesticus / A.B. Дукельская. дисс.. канд. биол. наук. — Л.: ЛГУ, 1986. — 157 С.
- Епифанова О.И. Лекции о клеточном цикле. — М.: Товарищество научных изданий КМК, — 2003, — 160 с.
- Жимулев И.Ф. Общая и молекулярная генетика. Новосибирск: Изд-во Новосибирского ун-та.- 2003. -458 с.
- Захаров А.Ф., Бенюш В. А., Кулешов Н. П., Барановская Л. И. Хромосомы человека. Атлас-М.: Медицина. 1982. -264с.
- Зеленин A.B. Люминесцентная цитохимия нуклеиновых кислот. М.: Наука. -1967, — 136 с.
- Зыбина Е.В. Цитология трофобласта. Ленинград: Наук.-, 1986. — 192с.
- Карнаухов В.Н. Люминесцентный анализ клеток. Пущино: Электронное изд-во «Аналитическая микроскопия», — 2002. — 131 с.
- Кнорре А.Г. Эмбриональный гистогенез (морфологические очерки). — Л.: Медицина, — 1971. —429 с.
- Кузнецова Т.В., Баранов B.C. Цитогенетика цитотрофобласта: фундаментальные и прикладные аспекты // Молекулярно-биологические технологии в медицинской практике / Под ред. А. Б. Масленникова. Вып. 13 .- Новосибирск: Альфа Виста. 2009.-c.281−192.
- Кузнецова Т.В., Логинова Ю. А., Чиряева О. Г. Цитогенетические методы // Медицинские лабораторные технологии: под ред. Карпищенко А. И. СПб: Интермедика.- 1999.
- Кулиев A.M. Фенотипические аспекты хромосомных эмбриолеталей человека: Автореф.. д-ра мед. наук. — М., 1976. — 48 с.
- Кухаренко В.И. Клеточные и биохимические аспекты эмбриопатий человека с аномальным набором хромосом: Автореф.. д-ра мед. наук. — М., 1995. — 47 с.
- Лебедев И.Н., Никитина Т. В., Токарева А. Г., Суханова H.H., Назаренко С. А. и др. Патогенетические эффекты нестабильности эмбрионального генома в развитии человека // Вестник ВОГиС. — 2006. —Т. 10, — № 3. — С. 520−529.
- Луппа X. Основы гистохимии. М.: Мир. — 1980. — 332с.
- Мудрак О.С. Архитектура хромосом в ядре сперматозоида человека // Автореф. канд. биол. наук. Санкт-Петербург. 2006. — 24 с.
- Назаренко С.А., Карагеоргий Н. М. Межтканевые различия С-полиморфных районов хромосом у эмбрионов человека: возможная роль метилирования ДНК // Генетика, — 1995, — Т. 31.- № 11.-С. 1578−1581.
- Паткин Е.Л. Динамика структурно-функциональной организации метафазных и интерфазных хромосом в раннем эмбриогенезе млекопитающих в исследовании in situ: Автореф. докт. биол. наук. Санкт-Петербург. 1995. — 39с.
- Паткин Е. Л., Сучкова И. О. Регуляторные механизмы импринтинга у млекопитающих // Цитология. 2006. — Т. 48. — № 7. — с. 578−594.
- Пендина A.A. Кузнецова Т. В. Баранов B.C. Распределение ник-трансляционного сигнала на метафазных хромосомах эмбрионов человека // Цитология. 2000. — Т. 42. -№ 3. — С. 300−301.
- Петрова Н.В. Пространственная организация хромосомных территорий в ядрах нормальных и анеуплоидных клеток: Автореф. канд. биол. наук. Москва, 2007. 24 с.
- Прокофьева-Бельговская A.A. Гетерохроматиновые районы хромосом. М.: Наука. — 1986. — 432с.
- Прохорович М. А. Хромосомные аномалии в эмбриональных стволовых клетках человека hESMO 1−04: Автореф.канд. биол. наук. Новосибирск, 2009. 18с.
- Рубцов Н.Б. Трехмерная и структурно-функциональная организация хромосом // Медицинская Генетика. 2007. — Т. 6. — № 10. — с.3−10.
- Сайфитдинова А.Ф. Двумерная флуоресцентная микроскопия для анализа биологических образцов: Учебно-методическое пособие. СПб.: «СОЛО».- 2008. — 72 с.
- Смирнов А.Ф. Структурно-функциональная организация хромосом. СПб.: Нестор-История, — 2009. — 204с.
- Усов К. Е., Вассерлауф И. Э., Стегний В. Н. Молекулярно- цитогенетический анализ прицентромерного гетерохроматина хромосом трофоцитов яичников у видов подгруппы Drosophila Melanogaster // Цитология. 2008. — Т. 50. — № 12. — с. 1044−1049.
- Ченцов Ю.С. Введение в клеточную биологию. М.: Академкнига. — 2004. — 495с.
- Ahmad K., Henikoff S. Centromeres are specialized replication domains in heterochromatin.// Cell Biol. -2001. -V. 153. -P.101−109.
- Alonso R.A., Cantu J.M. Cell cycle time and possible early DNA replication in C-band regions in the domestic pig lymphocytes // Ann Genet. 1983. — V.26. — № 4. — P.202−205.
- Almeida A., Kokalj-Vokac N., Lefrancois D. Hypomethylation of classical satellite DNA and chromosome instability in lymphoblastoid cell lines // Hum. Genet.- 1993. -V. 91.- № 6.-P.538−546.
- Bannister A.J., Schneider R., Myers F.A., Thorne A.W., Crane- Robinson C., Kouzarides T. Spatial distribution of diand tri-methyl lysine 36 of histone H3 at active genes // Biol. Chem. -2005. Vol. 280. — P. 17 732−17 736.
- Bailis J. M., Forsburg S. L. It’s all in the timing: linking S phase to chromatin structure and chromosome dynamics // Cell Cycle. 2003. — № 2. — P.303—306.
- Barski A., Cuddapah S., Cui K., Roh T. -Y., Schones D. E., Wang Z., Wei G., Chepelev I., Zhao K. High-resolution profiling of histone methylations in the human genome // Cell. -2007. — Vol. 129. — P. 823−837.
- Bensaada M., Kiefer H., Tachdjian G. et al. Altered patterns of DNA methylation on chromosomes from leukemia cell lines: identification of 5-methylcytosines by indirect immunodetection // Cancer Genet. Cytogenet. -1998. V. 103. -№ 2, — P.101−109.
- Bernstein B., Meissner A., Lander E. The mammalian epigenome // Cell. -2007. № 128. -P.669−681.
- Bischof P., Irminger-Finger I. The human cytotrophoblastic cell, a mononuclear chameleon // Int. J.Biochem.Cell Biol. — 2005. — V. 37, — P. 1−16.
- Brero A., Leonhardt H., Cardoso M.C. Replication and translation of epigenetic information // Microbiol. Immunol. 2006. — Vol. 301. — P. 21−44.
- Bobrow M., Madan K. The effects of various banding procedures on human chromosomes, studied with acridine orange // Cytogenet Cell Genet. 1973. — Vol.12.- № 3. -P.143−156.
- Bottone M., Malgara R., Pellicciari C., Fuhrman Conti A. Treatments with saline solutions and DNase I have different effects on DNA content and distribution in human and in mouse chromosomes // Eur. J. Histochem. 1996. — Vol. 40, — № 2. — P.101−108.
- Buhler M., Haas W., Gygi S. P., Moazed D. RNAi-dependent and -independent RNA turnover // Cell. 2007. — № 129. — P.707—721.
- Burkholder G.D. Morphological and biochemical effects of endonucleases on isolated mammalian chromosomes in vitro // Chromosoma. 1989. — Vol. 97. — P. 347−355.
- Camargo M., Cervenka J. Patterns of DNA Replication of Human Chromosomes. II. Replication Map and Replication Model.// Hum.Genet. 1982. -Vol.34. — P.757−780
- Chen E.S., Zhang K., Nicolas E., Cam H.P., Zofall M., Grewal S.I. Cell cycle control of centromeric repeat transcription and heterochromatin assembly // Nature. 2008. — Vol. 451. -Issue 7179. — P. 734−737.
- Choi J., Howe L. Histone acetylation: truth ore consequences? // Biochem Cell Biol. -2009. Vol.87. — P. 139−150.
- Christman J. K. 5-azacytidine and 5-aza-2R-deoxycytidine as inhibitors of DNA methylation: mechanistic studies and their implications for cancer therapy // Oncogene. 2002. -№ 21.-P.5483—5495.
- Corradini N., Rossi F., Giordano E., Caizzi R., Verm F., Dimitri P. Drosophila melanogaster as a model for studying protein-encoding genes that are resident in constitutive heterochromatin // Heredity.- 2007, — № 98.- P. 3−12.
- Craig J. M. Heterochromatin many flavours, common themes // Bioessays. — 2004. — № 27.-P. 17—28.
- Cremer T., Cremer M., Dietzel S., Muller S., Solovei I., Fakan S. Chromosome territories a functional nuclear landscape // Cell Biology. — 2006. — № 18. -P. 307−316.
- Croft J., Bridger J., Boyle S., Perry P., Teague P., Bickmore W. Differences in the localization and morphology of chromosomes in the human nucleus // Cell Biol. 1999. -Vol.145. -№ 6. — P. 1119−31.
- Creusot F., Acs G., Christman J. K. Inhibition of DNA methyltransferase and induction of Friend erythroleukemia cell differentiation by 5-azacytidine and 5-aza-2'-deoxycytidine // Biol.Chem. 1982. -№ 357. — P.2041—2048.
- Delcuve G., Rastegar M., Davie J. Epigenetic Control // Cell. Physiol. 2009. — Vol. 219. — P. 243−250.
- Dillon N. Heterochromatin structure and function // Biology of the Cell. 2004. -№ 96. -P. 631−637
- Dimitri P., Caizzi R., Giordano E. Constitutive heterochromatin: a surprising variety of expressed sequences // Chromosoma. -2009.- Vol.118, — № 4, — P. 419−35.
- Dimitri P., Corradini N., Rossi F., Verni F. The paradox of functional heterochromatin // Bioessays. 2005. — Vol. 21.- № 1.- P. 29−41.
- Dong F., Jiang J. Non-Rabl patterns of centromere and telomere distribution in the interphase nuclei of plant cells // Chrom. Res. 1998. — Vol. 6. — № 7. — P. 551−558.
- Dunn K., Griffith J. The presence of RNA in a double helix inhibits its interaction with histone protein // Nucleic Acids Res.- 1980.- Vol.8.- № 3.- P. 555−566.
- Eissenberg, J.C., Elgin, S.C. The HP1 protein family: getting a grip on chromatin. // Curr. Opin. Genet. Dev. -2000. № 10. — P.204−210.
- Eberl D.F., Duyf B. J, Hilliker A.J. The role of heterochromatin in the expression of a heterochromatic gene, the rolled locus of Drosophila melanogaster // Genetics. 1993. — Vol.134. -№ 1. -P.277−292.
- Elder J., Turner B., Concerted evolution of repetitive DNA sequences in eukaryotes // Q. Rev. Biol. 1995. -№ 70. — P. 297−320.
- Epstein L. M., Kathleen A., Gall M., Gall J. Transcription of a Satellite DNA in the Newt //Cell Biol. 1986. -Vol. 103.-P. 1137−1144.
- Evenson D.P., Klein F.A., Whitmore W.F., Melamed M.R. Flow cytometric evaluation of sperm from patients with testicular carcinoma // Urol. 1984. — Vol. 132.- № 6. — P. 1220−1225.
- Eymery A. Heat shock factor 1 binds to and transcribes satellite II and III sequences at several pericentromeric regions in heat-shocked cells // Exp. Cell Res. 2010. — Vol. 316. — № 11. -P. 1845−1855.
- Eymery A., Callanan M., Vourc’h C. The secret message of heterochromatin: new insights into the mechanisms and function of centromeric and pericentric repeat sequence transcription // Dev. Biol. 2009. — № 53. -P.259−268.
- Farber R.A., Davidson R.L. Differences in the order of termination of DNA replication in human chromosomes in peripheral blood lymphocytes and skin fibroblasts from the same individual // Cytogenet Cell Genet. 1977. — Vol.18. — P.349−363.
- Fedorova E. and Zink D. Nuclear architecture and gene regulation // Biochimica et Biophysica Acta. 2008. — Vol. 178. — P. 2174−2184.
- Ferguson M., Ward D.C. Cell cycle dependent chromosomal movement in pre-mitotic human T-lymphocyte nuclei // Chromosoma.- 1992. Vol. 101. — № 9. — P. 557−65.
- Ferrai C., I. J. de Castro, Lavitas L., Chotalia M., Pombo A. Gene Positioning // Cold Spring Harb Perspect Biol. 2010, — Vol. 2.-№ 6, — P. 1−17.
- Ferree P., Prasad S. How can satellite DNA divergence cause reproductive isolation? Let us countthe chromosomal ways // Genetics Research International.- 2012, — P. 1−11.
- Folle G.A. Nuclear architecture, chromosome domains and genetic damage // Mutat Res. -2008, — Vol.658.-№ 3.-P.172−183.
- Genbacev O. Regulation of human placental development by oxygen tension. // Science. — 1997. — Vol. 277, — № 5332. — P. 1669−1672.
- Genbacev O., Miller R. K. Post-implantation Differentiation and Proliferation of Cytotrophoblast Cells: In Vitro Models—A Review // Placenta. —2000. — Suppl. A, Trophoblast Res. —Vol. 14. — P. 4519.
- Goto T., Monk M. Regulation of X-chromosome inactivation in development in mice and humans // Microbiol. Mol. Biol. Rev. 1998. -№ 62. — P. 362—378.
- Grasser F., Neusser M., Fiegler H., Thormeyer T., Cremer M, Carter N.P., Cremer T., Muller S. Replication-timing-correlated spatial chromatin arrangements in cancer and in primate interphase nuclei // J Cell Sei.- 2008.-Vol.l21(Pt 11).- P. 1876−1886.
- Grewal S. I., Moazed D. Heterochromatin and epigenetic control of gene expression // Science. 2003. — № 301. — P. 798—802.
- Grigoryev S.A., Bulynko Y. A., Popova E. Y. The end adjusts the means: Heterochromatin remodelling during terminal cell differentiation // Chrom. Res. 2006. — Vol. 14. — P. 53−69.
- Guenatri M., Bailly D., Maison C., Almouzni G. Mouse centric and pericentric satellite repeats form distinct functional heterochromatin// The Journal of Cell Biology.- 2004, — Vol. 166,-№ 4.-P. 493−505.
- Habermann F.A., Cremer M., Walter J., Kreth G., von Hase J., Bauer K., Wienberg J., Cremer C., Cremer T., Solovei I. Arrangements of macro- and microchromosomes in chicken cell // Chromosome Res. 2001. — Vol. 9, — № 7. — P. 569−584.
- Hall I. M., Grewal S. I. A Guide To Gene Silencing / ed. Hannon, G. J. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Press.- 2003. — P.205−232.
- Hollo G., Keresx J., Praznovszky T., Cserpan I., Fodor K., Katona R., Csonka E., Fatyol K., Szeles A., Szalay A. Evidence for a megareplicon covering megabases of centromeric chromosome segments // Chrom. Res. 1996. — Vol. 4. — P. 240−247.
- Horakova A. H., Galiova G., Legartova S., Kozubek S., Matula P., Bartova E. Chromocentre integrity and epigenetic marks // Structural Biology.- 2010, — Vol.169.- P. 124−133.
- Hemberger M. Genetic-epigenetic intersection in trophoblast differentiation: implications for extraembryonic tissue function.- Epigenetics.- 2010.- Vol. 5, — № 1.- P. 24−29.
- Horvath J.E., Schwartz S., Eichler E.E. The mosaic structure of human pericentromeric DNA: a strategy for characterizing complex regions of the human genome // Genome Res. -2000, — Vol.10. -№ 6, — P. 839−852.
- Houlard M., Berlivet S., Probst A.V., Quivy J.P., Hery P., Almouzni G. and Gerard M. CAF-1 is essential for heterochromatin organization in pluripotent embryonic cells // PLoS Genet. 2006. — № 2. — P. 181 -196.
- Huisinga K.L., Brower-Toland B., and Elgin S.C. The contradictory definitions of heterochromatin: transcription and silencing // Chromosoma-2006. № 115. — P.110−122.
- Huppertz B., Herrler A. Regulation of proliferation and apoptosis during development of the preimplantation embryon and the placenta // Buth Defects Res.- 2005, — Vol.75.- Part C.1. P.249−261.
- Jackson D. A. Regulating gene expression in mammalian cells: how nuclear architecture influences mRNA synthesis and export to the cytoplasm // Exp. Biol.-2004. -Vol. 56. -P. 135−55.
- Jeanpierre M. Human satellites 2 and 3 // Ann. Genet. -1994. -Vol. 37. -№ 4.- P.163−171.
- Jin Q., Trelles-Stricken E., Scherthan H., Loidl J. Yeast nuclei display prominent centromere clustering that is reduced in nondividing cells in meiotic prophase. 1998. — Cell Biol. — Vol. 141. -P.21−29.
- Jolly C., Konecny L., Grady D., Kutskova Y., Cotto J., Morimoto R., Vourc’h C. In vivo binding of active heat shock transcription factor 1 to human chromosome 9 heterochromatin during stress // Cell Biology. 2002. -Vol. 156. — № 5. — P. 775−778.
- Jolly C., Lakhotia S.C. Human sat III and Drosophila hsr omega transcripts: a common paradigm for regulation of nuclear RNA processing in stressed cells // Nucleic Acids Res.2006. -Vol. 34. № 19, — P. 5508−5514.
- Jolly C., Metz A., Govin J., Vigneron M., Turner B., Khochbin S., Vourc’h C. Stress induced transcription of satellite III repeats // The journal of Cell Biology. 2004. — Vol.164.- № 1. — P.25−33.
- Jurisicova A., Detmar J., Caniggia I. Molecular mechanisms of trophoblast survival: from implantation to birth // Birth Defects Res C Embryo Today. — 2005. -Vol.75. № 4.-P. 262−280.
- Kar M., Ghosh D., Sengupta J. Histochemical and morphological examination of proliferation and apoptosis in human first trimester villous trophoblast // Human Reproduction.2007, — Vol. 22, — № 11, — P. 2814−2823.
- Kennerknehct I., Baur-Aubele S., Terinde R., Vogel W. Nuclear and chromosomal replication patterns in chorionic villi cells by bromodeoxyuridine labelling and DNA flow cytometry // Cell. Prolif. — 1992. — Vol. 25, — № 4. — P. 321−336.
- Kim S., Dubey D., Huberman J. Early-replicating heterochromatin. // Genes. Dev. -2003.- Vol.17. -№ 3. -P.330−335.
- Kloc A., Martienssen R. RNAi, heterochromatin and the cell cycle // Trends in Genetics.- 2008. Vol. 24. — № 10. — P. 511−517.
- Knopf K. -W. Simple isolation method and assay for T4 DNA Ligase and characterization of the purified enzyme // Eur. J. Biochem. 1977. — Vol. 73. — P. 33−38.
- Kokalj-Vokac N., Zagorac A., Pristovnik M. et al. DNA methylation of the extraembryonic tissues: an in situ study on human metaphase chromosomes // Chromosome Res.- 1998. -Vol. 6. -№ 3, — P. 161−166.
- Kokawa K., Shikone T., Nakanoa R. Apoptosis in Human Chorionic Villi and Decidua During Normal Embryonic Development and Spontaneous Abortion in the First Trimester // Placenta.- 1998.-Vol. 19.-P. 21−26.
- Kouzarides T. Chromatin modifications and their function // Cell. 2007. — № 128. -P.693−705.
- Lachner M., O’Sullivan R. J., Jenuwein T. An epigenetic road map for histone lysine methylation//Cell Sei.-2003. -№ 116.-P.2117—2124.
- Leach T.J., Mazzeo M., Chotkowski H.L., Madigan J.P., Wotring M.G., Glaser R.L. Histone H2A. Z is widely but nonrandomly distributed in chromosomes of Drosophila melanogaster // Biol. Chem. 2000. — № 275. — P.267−272.
- Lee C., Li X., Jabs E.W., Court D.R., Lin C.C. Human gamma X satellite DNA: an X chromosome specific centromeric DNA sequence // Chromosoma. 1995.-Vol. 104, — P.103−112.
- Lee C., Wevrick R., Fisher R.B., Ferguson-Smith M.A., Lin C.C. Human centromeric DNAs // Hum. Genet. 1997. — Vol.100. — P.291−304.
- Leitch A. Higher Levels of Organization in the Interphase Nucleus of Cycling and Differentiated Cells //Microbiology and Molecular Biology Reviews. 2000. — № 3. — P.138−152.
- Lin C.C., Jorgenson K.F., van de Sande J.H. Specific Fluorescent Bands on Chromosomes Produced by Acridine Orange After Prestaining with Base Specific Non-Fluorescent DNA Ligands // Chromosoma.- 1980, — Vol. 79, — № 3, — P. 271−286.
- Li E., Bestor T.H., and Jaenisch, R. Targeted mutation of the DNA methyltransferase gene results in embryonic lethality // Cell. 1992. — № 69. — P. 915−926.
- Li Q., Zhang Z. Linking DNA replication to heterochromatin silencing and epigenetic inheritance // Acta Bioch. Bioph. Sin.- 2012.-Vol. 44.-Is.l.-P. 3.11.
- Li Y.X., Kirby M.L. Coordinated and conserved expression of alphoid repeat and alphoid repeat-tagged coding sequences // Dev. Dyn. 2003. — Vol. 228. -№ 1. — P. 72−81.
- Lu J., Gilbert D.M. Proliferation-dependent and cell cycle-regulated transcription of mouse pericentric heterochromatin // J. Cell Biol.- 2007. Vol. 179. -№ 3. — P.411−421.
- Luger K., Hansen J.C. Nucleosome and chromatin fiber dynamics // Curr. Opin. Struct. Biol. -2005. -№ 15. P. 188−196.
- Lyko F., Ramsahoye B. H., Kashevsky H., Tudor M., Mastrangelo M. A., Orr-Weaver T. L., Jaenisch R. Mammalian (cytosine- 5) methyltransferases cause genomic DNA methylation and lethality in Drosophila // Nat. Genet. -1999. Vol. 23. — P. 363—366.
- Ma Y., Jacobs S.B., Jackson-Grusby L., Mastrangelo M.A., Torres-Betancourt J.A., Jaenisch R., Rasmussen T.P. DNA CpG hypomethylation induces heterochromatin reorganization involving the histone variant macroH2A // Cell Sci. 2005.- № 118.-P.1607−1616.
- Matsumoto L., Gerbi S. Early initiation of bovine satellite I DNA replication // Exp. Cell Biol. 1982. -Vol. 140. — P. 47−54.
- Mattei M.G., Luciani J. Heterochromatin, from Chromosome to Protein // Atlas Genet Cytogenet Oncol Haematol. 2003.
- Mayer R., Brero A., von Hase J., Schroeder T. Common themes and cell type specific variations of higher order chromatin arrangements in the mouse // BMC Cell Biology. 2005. -Vol. 6. — Issue 44. — P. 1−22.
- Mendez J. Temporal regulation of DNA replication in mammalian cells // Crit. Rev.Bioch. Mol. Biol.- 2009, — Vol. 44.-№ 5, — P.343−351.
- Meneveri R., Agresti A., Marozzi A., Saccone S. Molecular organization and chromosomal location of human GC-rich heterochromatic blocks //Gene.-1993.-Vol. 123.-P. 227−234.
- Meshorer E., Misteli T. Chromatin in pluripotent embryonic stem cells and differentiation // Nat Rev Mol Cell Biol. 2006.-№ 7. — P.540−546.
- Metz A., Soret J., Vourch C., Tazi J., Jolly C. A key role for stress-induced satellite III transcripts in the relocalization of splicing factors into nuclear stress granules // Cell Science. -2004. -№ 117.-P. 4551−4558
- Mine E., Allory Y., Worman H., Courvalin J., Buendia B. Localization and phosphorylation of HP1 proteins during the cell cycle in mammalian cells // Chromosoma. -1999.-№ 108.-P. 220−34.
- Mine E., Courvalin J., Buendia B. HP 1 gamma associates with euchromatin and heterochromatin in mammalian nuclei and chromosomes // Cytogenet Cell Genet. 2000. — № 90. — P. 279−84.
- Moran R., Darzynkiewicz Z., Staiano-Coico L., Melamed M. Detection of 5-Bromodeoxyuridine (BrdUrd) incorporation by monoclonal antibodies: role of the DNA denaturation step. // Histoch. and Cytoch. 1985. — Vol. 33. — № 8. — P. 821−827.
- Murapa P., Gandhapudi S., Skaggs H., Sarge K., Woodward J. Physiological Fever Temperature Induces a Protective Stress Response in T Lymphocytes Mediated by Heat Shock Factor-1 (HSF1) // Immunol. 2007. — Vol. 179. — P. 8305−8312.
- Nakayama J., Rice J., Strahl B., Allis C., Grewal S. Role of histone H3 lysine 9 methylation in epigenetic control of heterochromatin assembly //Science.-2001.-№ 29.-P.110−113.
- Nielsen A.L., Oulad-Abdelghani, M., Ortiz, J.A., Remboutsika, E., Chambon, P., and Losson, R. Heterochromatin formation in mammalian cells: interaction between histones and HP1 proteins // Mol. Cell. 2001. -№ 7. — P. 729−739.
- Parris G.E. A hypothetical Master Development Program for multi-cellular organisms: Ontogeny and phylogeny // Biosci Hypotheses. 2009. — № 2. — P. 3−12.
- Parris G.E. Developmental diseases and the hypothetical Master Development Program // Medical Hypotheses. 2010. — № 74. — P.564−573.
- Peaston A., Rossant J., Li L., Knowles B.B. Retrotransposons regulate host genes in mouse oocytes and preimplantation embryos // Dev.Cell. 2004, — Vol. 7. P. 597−606.
- Perez M., Miguez L., Fuster C. Heterochromatin decondensation in chromosomes from chorionic villus samples // Prenat. Diagn. 1991. — Vol.11. — № 9. — P. 697−704.
- Pichugin A., Beaujean N., Vignon X., Vassetzky Y. Ring-Like Distribution of Constitutive Heterochromatin in Bovine Senescent Cells // PLoS One. Vol. 6. — Is. l 1.- P. 1−7.
- Pierpont M., Yunis J. Localization of chromosomal RNA in human G-banded metaphase chromosomes // Exp. Cell Res. 1977. — Vol.106. — P. 303−308.
- Plohl M., Luchetti A., Mestrovic N., Mantovani B. Satellite DNAs between selfishness and functionality: Structure, genomics and evolution of tandem repeats in centromeric (hetero)chromatin // Gene. 2008. — Vol. 409. — Issue 1−2. — P. 72−82.
- Probst A. V., Almouzni G. Pericentric heterochromatin: dynamic organization during early development in mammals // Differentiation. 2008. -№ 76. — P. 15−23.
- Probst A. V., Almouzni G. Heterochromatin establishment in the context of genome-wide epigenetic reprogramming//Trends in Genetics.- 2011, — Vol.27.- № 5.- P. 177−185.
- Rici R.E.G., Facciotti P.R., Ambrysio C.E., Maria D.A., Kfoury J.R., Bertolini M., Miglino M.A. Cell cycle and apoptosis in normal and cloned bovine near-term placentae // Animal Reproduction Science.- 2009, — Vol. 115, — P. 29−38.
- Richards E., Elgin S. Epigenetic codes for heterochromatin formation and silencing: rounding up the usual suspects // Cell. 2002. — № 108. — P.489−500.
- Rieder C.L., Cole R.W. Cold-shock and the Mammalian cell cycle // Cell Cycle.- 2002,-Vol.l.- № 3.-P.169−175.
- Roman-Gomez J., Jimenez-Velasco A., Agirre X. Repetitive DNA hypomethylation in the advanced phase of chronic myeloid leukemia //Leuk.Res.-2008.-Vol. 32, — № 3.-P. 487−490.
- Rosenfeld J. A., Wang Z., Schones D. E., Zhao K., DeSalle R., Zhang M. Q. Determination of enriched histone modifications in non-genic portions of the human genome // BMC Genomics. 2009. — Vol. 10. -№ 143. — P. 1−11.
- Rudert, F., Bronner, S., Gamier, J.M. And Dolle, P. Transcripts from opposite strands of gamma satellite DNA are differentially expressed during mouse development // Mamm. Genome. 1995. -№ 6. -P.76−83.
- Santos A., Shaw P. Interphase chromosomes and the Rabl configuration: does genome size matter? // Microsc. 2004. — Vol. 214(Pt 2). — P. 201−206.
- Schmidt T., Heslop-Harrison J. Genomes, genes and junk: the largescale organization of plant chromosomes // Trends Plant Sci. 1998. — № 3. — P. 195−199.
- Schubeler D., Scalzo D., Kooperberg C., van Steensel B., Delrow J., Groudine M. Genome-wide DNA replication profile for Drosophila melanogaster: a link between transcription and replication timing.// Nat. Genet. 2002. — Vol. 32. — № 3. -P. 438−442.
- Sharp A., Robinson D., Jacobs P. Absence of correlation between late-replication and spreading of X inactivation in an X / autosome translocation // Hum. Genet. 2001. -Vol. 109. -P. 295−302.
- Shemer R., Birger Y., Dean W. L., Reik W., Riggs A. D., Razin A. Dynamic methylation adjustment and counting as part of imprinting mechanisms // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1996. -№ 93.-P. 6371—6376.
- Sengupta S., Parihar R., Ganesh S. Satellite III non-coding RNAs show distinct and stress-specific patterns of induction // Biochemical and Biophysical Research Communications. -2009.-Vol. 382.-P. 102−107.
- Serman L., Dodig D. Impact of DNA methylation on trophoblast function// Clinical Epigenetics. 2011. — P. 1−6.
- Stockert J.C., Lisanti J.A. Acridine-orange differential fluorescence of fast- and slow-reassociating chromosomal DNA after in situ DNA denaturation and reassociation // Chromosoma.- 1972, — Vol.37.- № 2, — P. 117−30.
- Strahl, B.D., Allis, C.D. The language of covalent histone modifications // Nature. -2000. -№ 403. -P.41−45.
- Sullivan B., Karpen G. Centromeric chromatin exhibits a histone modification pattern that is distinct from both euchromatin and heterochromatin // Nat. Struct. Mol. Biol. 2004.-Vol. 11. -№ 11. -P. 1076−1083.
- Sullivan B., Karpen G. Centromere identity in Drosophila is not determined in vivo by replication timing. // Cell Biol. 2001. — Vol.144. — P.683−690.
- Suzuki T., Fujii M., Ayusawa D. Demethylation of classical satellite 2 and 3 DNA with chromosomal instability in senescent human fibroblasts // Experimental Gerontology.- 2002.-Vol. 37, — P. 1005−1014.
- Szulwach K.E., Li X., Li Y. Integrating 5-hydroxymethylcytosine into the epigenomic landscape of human embryonic stem cells // PLoS Genetics. 2011.- Vol. 7.-№. 6.-P. 1553−7390.
- Takebayashi S., Sugimura K., Saito T., Sato C., Fukushima Y., Taguchi H., Okumura K. Regulation of replication at the R/G chromosomal band boundary and pericentromeric heterochromatin of mammalian cells // Exp. Cell Res. 2005. — № 304. — P. 162- 174.
- Tamaru H. Confining euchromatin/heterochromatin territory: jumonji crosses the line // Genes and development.- 2010.- № 24, — P. 1465−1478.
- Tomilin N.V. Regulation of mammalian gene expression by retroelements and non-coding tandem repeats // BioEssays. 2008. -Vol. 30. — P. 338−348.
- Ugarcovic D. Functional elements residing within satellite DNAs // EMBO Rep. 2005. -Vol. 6. -№ 11. -P.1035−1039.
- Vaissiere T., Sawan C., Herceg Z. Epigenetic interplay between histone modifications and DNA methylation in gene silencing // Mutation Res. 2008. — Vol. 659. — P. 4018.
- Vakoc C. R., Mandat S. A., Olenchock B. A., Blobel G. A. Histone H3 lysine 9 methylation and HP1 gamma are associated with transcription elongation through mammalian chromatin // Mol. Cell. 2005. — № 19. — P.381—391.
- Valgardsdottir R., Chiodi I., Giordano M., Cobianchi F., Riva S., Biamonti G. Structural and functional characterization of noncoding repetitive RNAs transcribed in stressed human cells // Mol. Biol. Cell. -2005. № 16. — P. 2597−2604.
- Vanderlaan M., Thomas C.B. Characterisation of monoclonal antibodies to bromodeoxyuridine // Cytometry. 1985. — Vol.6. — P. 501−505.
- Verma R.S., Lub H. A. A Simple R Banding Technic //Am J Hum Genet.-1975.-Vol.27.- P.110−117.
- Vogel W., Auteurieth M., Speit G. Detection of bromodeoxyuridine-incorporation in mammalian chromosomes by a bromodeoxyuridine-antibody. I. Demonstration of replication patterns // Hum. Genet. — 1986. — Vol.72. — P.129−132.
- Vujcic M., Miller C.A., Kowalski D. Activation of silent replication origins at autonomously replicating sequence elements near the HML locus in budding yeast // Mol. Cell Biol.- 1999. Vol. 19. — № 9. — P. 6098−6109.
- Wallrath L.L. Unfolding the mysteries of heterochromatin // Curr. Opin. Genet. Dev.-1998.-Vol. 8,-№ 2.-P. 147−53.
- Weidtkamp-Peters S., Rahn H., Cardoso M., Hemmerich P. Replication of centromeric heterochromatin in mouse fibroblasts takes place in early, middle, and late S phase // Histochem. Cell Biol. 2006. — Vol. 125. -P .91−102.
- Weierich C., Brero A., Stein S., von Hase J., Cremer C., Cremer T., Solovei I. Three-dimensional arrangements of centromeres and telomeres in nuclei of human and murine lymphocytes // Chromosome Res. 2003. — Vol. 11. — № 5. — P. 485−502.
- Woodfine K., Fiegler H., Beare D.M., Collins J.E., McCann O.T., Young B.D., Debernardi S., Mott R., Dunham I., Carter N.P. Replication timing of the human genome // Hum. Mol. Genet.-2003. Vol. 13. -№ 2. — P. 191−202.
- Wright W., Tesmer V., Liao M., Shay J. Normal human telomeres are not late replicating.// Exp. Cell Res. -1999. Vol. 251. — P. 492−499.
- Yunis J., Yasmineh W. Heterochromatin, satellite DNA, and cell function. Structural DNA of eucaryotes may support and protect genes and aid in speciation // Science. -1971. -Vol. 174. -Issue 4015. P. 1200−1209.
- Zahed L., Murer-Orlando M., Bobrow M. Cell cycle studies in chorionic villi // Hum. Genet. — 1988. — Vol. 80, — № 2. — P. 127−134.
- Zeng W., Ball A. R., J. Yokomori, K. Yokomori HP1: Heterochromatin binding proteins working the genome // Epigenetics. 2010. — Vol. 5. — № 4. — P. 287−292.
- Выражаю благодарность заведующему лабораторией пренатальной диагностикиинститута АиГ им. Д. О. Отта Владиславу Сергеевичу Баранову за всемерную поддержку, понимание и помощь.
- Хотелось бы выразить слова благодарности Елене Романовне Гагинской и сотрудникам центра «Хромас» в помощь при работе и за советы по оформлению теста автореферата.