Молекулярно-генетический анализ хламидий
![Диссертация: Молекулярно-генетический анализ хламидий](https://westud.ru/work/5014617/cover.png)
Диссертация
Выражаю признательность и благодарность коллективам ФГОУ ВПО «Казанская государственная академия ветеринарной медицины им. Н.Э. Баумана», ФГУ «Федеральный Центр токсикологической и радиационной безопасности — Всероссийский научно-исследовательский ветеринарный институт» (г. Казань), ГНУ «Татарский научно-исследовательский институт сельского хозяйства РАСХН» (г. Казань), НПО «СибЭнзим» (г… Читать ещё >
Содержание
- 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Молекулярно-генетическая диагностика
- 1. 1. 1. Методы выделения нуклеиновых кислот
- 1. 1. 1. 1. Детергентный метод
- 1. 1. 1. 2. Фенольный метод
- 1. 1. 1. 3. Фенольно-детергентный метод
- 1. 1. 1. 4. Сорбционный метод
- 1. 1. 2. Методы амплификации нуклеиновых кислот
- 1. 1. 2. 1. Полимеразная цепная реакция и ее модификации
- 1. 1. 2. 2. Альтернативные методы амплификации
- 1. 1. 3. Генотипирование с учетом полиморфизма единичных нуклеотидов (SNP-генотипирование)
- 1. 1. 4. Проблема контаминации. Методы деконтаминации
- 1. 1. 1. Методы выделения нуклеиновых кислот
- 1. 2. Таксономия и номенклатура хламидий
- 1. 2. 1. Семейство Chlamydiaceae
- 1. 2. 1. 1. Род Chlamydia
- 1. 2. 1. 2. Род Chlamydophila
- 1. 2. 2. Семейство Parachlamydiaceae
- 1. 2. 3. Семейство Simkaniaceae
- 1. 2. 4. Семейство Waddliaceae
- 1. 2. 5. Семейство Criblamydiaceae
- 1. 2. 6. Хламидиозы рыб
- 1. 2. 7. Критический взгляд на классификацию хламидий
- 1. 2. 1. Семейство Chlamydiaceae
- 1. 3. Исторический ракурс изучения проблемы хламидиозов животных на постсоветском пространстве
- 1. 3. 1. Характеристика некоторых штаммов хламидий, выделенных от млекопитающих
- 1. 1. Молекулярно-генетическая диагностика
- 2. 1. Штаммы хламидий. Исследованный материал
- 2. 2. Эпизоотологическое обследование
- 2. 3. Выделение и идентификация возбудителя хламидиоза
- 2. 4. Серологические реакции
- 2. 5. Люминесцентная микроскопия
- 2. 6. Очистка и концентрирование хламидий
- 2. 7. Экстракция нуклеиновых кислот исследованного материала
- 2. 8. ПЦР. ПДРФ. Горизонтальный гель электрофорез
- 2. 9. Секвенирование. Выравнивание и филогенетический анализ
- 3. 1. Совершенствование способов генодиагностики
- 3. 1. 1. Разработка способа выделения ДНК хламидий
- 3. 1. 2. Разработка способа проведения ПЦР
- 3. 1. 3. Разработка способа защиты ОТ-ПЦР от контаминации продуктами амплификации на основе разрушающего действия урацил-ДНК-гликозилазы
- 3. 2. Результаты исследования плотоядных животных на хламидиоз
- 3. 2. 1. Оценка эпизоотического состояния зверосовхоза «Вятский» Кировской области РФ в отношении хламидиоза пушных зверей
- 3. 2. 2. Лабораторная диагностика хламидиоза лисиц в зверосовхозе «Вятский» Кировской области РФ
- 3. 2. 2. 1. Вирусологические исследования
- 3. 2. 2. 3. Молекулярно-генетические исследования
- 3. 2. 3. Совершенствование молекулярно-генетической индикации возбудителей хламидиоза
- 3. 2. 3. 1. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) со специфичными праймерами для индикации хламидий
- 3. 2. 3. 2. Выявление возбудителя хламидиоза в патологическом материале при помощи ПЦР со специфичными праймерами
- 3. 4. 1. Сравнительная характеристика хламидий по отр1-тещ
- 3. 4. 2. Сравнительная характеристика хламидий по отр2-тену
- 3. 4. 3. Сравнительная характеристика хламидий по 16SрРНК,
Список литературы
- Багдонас, И. Изучение экспериментальной пневмонии телят, зараженных возбудителем группы хламидий / И. Багдонас, А. Лабутинас // Труды Литовского НИИВ. 1976. — С. 5−14.
- Бородина, Т. Методы детекции SNP / Т. Бородина // Практическая молекулярная биология электронный ресурс. — 2005. — Режим доступа: http://molbiol.edu.ru, свободный.
- Бортничук, В. А. Значение реакции иммунофлуоресценции при диагностике хламидиоза свиней / В. А. Бортничук // Микробиол. Ж. 1989. -№ 1.-С. 12.
- Бортничук, В.А. Хламидиоз свиней / В. А. Бортничук // Киев: Урожай, 1991.-192 с.
- Бортничук, В.А. Поражение половой сферы у хряков при хламидиозе. Ветеринарные и зоогигиенические мероприятия в промышленном животноводстве / В. А. Бортничук с соавт. // Тр. Латв. СХА. 1983 — № 204.-С. 67−73.
- Бортничук, В.А. Электронно-микроскопическое исследование хламидий, выделенных от свиней, в клетках желточного мешка куриных эмбрионов / В. А. Бортничук, Г. А. Иванченко // Микробиологический журнал. 1984. -№ 46(1).- С. 56−61.
- Волкова, А.А. Вирусный аборт овец / А. А. Волкова // Малоизученные заболевания с.-х. животных. М., 1967. — С. 123−124.
- Гаффаров, Х.З. Выделение вируса из группы пситтакоза-лимфогранулемы от телят, больных бронхопневмонией / Х. З. Гаффаров // Ученые записки КВИ.- 1969. -№ 104. -С. 47.
- Гаффаров, Х.З. Энзоотия хламидийного энцефаломиелита у телят / Х. З. Гаффаров // Акт. вопр. вет. вирусол., Тез. Докл. V Всесоюзн. вет вирус, конф. Казань, 1980. — С. 22.
- Гаффаров, Х.З. Выделение вируса из группы OJIT при энзоотическом аборте овец / Х. З. Гаффаров, Л. И. Михайлова, B.C. Кривоносое // Ветеринария. -М., 1971. -№ 7. -С. 109−111.
- Грибанов, О. Использование аэросила и фильтров GF/F для очистки фрагментов ДНК, ДНК плазмид и РНК / О. Грибанов, А. Щербаков, И. Перевозчикова, А. Гусев // Биохимия. 1996. — Т. 61. — С. 10.
- Гринин, А.С. Очистка, концентрирование и фракционирование вирусов животных / А. С. Гринин, И. Н. Титов // М.: Колос, 1971. 240 с.
- Домейка, М.А. Биологическая характеристика хламидий возбудителя энзоотического энтерита телят: Автореф. дис.. канд. вет. наук. — Тарту, 1986. — 25с.
- Караваев, Ю.Д. Изучение комплементсвязывающей активности различных штаммов .возбудителя аборта овец / Ю-Д. Караваев // Профилактика и меры борьбы с болезнями овец: Тез. докл. науч. совещания. М., 1973. — С. 162 164.
- Ковалев, В.JI. Схема выделения хламидий от животных / В. Л. Ковалев // Труды Тадж. НИВИ. Душанбе, 1977. — Т. 7. — С. 11−14.
- Ковалев, В.Л. Дикие животные резервенты возбудителей хламидиозов / В. Л. Ковалев, Р. Х. Андреева, С. Н. Степанова // Вопросы природ, очаговости болезней. — 1978. — № 9. — С. 138−143.
- Колкова, Н.И. К вопросам диагностики хламидийных инфекций / Н. И. Колкова, В. Р. Мартынова // Клин, лаборат. диагн. 1998. — № 2. — С. 20−21.
- Курбанов, И.А. Хламидийный энтерит телят. — Автореф. дис.. канд. вет. наук. Казань, 1982. — 18 с.
- Курбанов, И.А. Аборты крупного рогатого скота хламидиозной этиологии / И. А. Курбанов, Р. В. Боровик, О. М. Попова, Т. Г. Габдулхаев, П. М. Митрофанов // Ветеринария. 1978. — № 2. — С. 66−70.
- Курбанов, И.А. Возбудители группы ОЛТ в этиологии абортов коров / И. А. Курбанов, О. М. Попова, И. И. Терских, Х. Г. Гизатуллин // Ветеринария. 1973. — № 7. — С. 36−39.
- Лопухов, Л.В. Полимеразная цепная реакция в клинической микробиологической практике / Л. В. Лопухов, М. В. Эйделыдтейн // КМАХ. 2000. — Т. 2. — № 3. — С. 96−106.
- МУ 1.3.1794−03. «Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного микроорганизмами I-II групп патогенности.
- МУ 1.3.1888−04. „Организация работы при исследованиях методом ПЦР материала, инфицированного патогенными биологическими агентами Ш— IV групп-патогенности“:
- Носов, И.И. Аборты овец вирусной этиологии / И. И. Носов // Тез. докл. научн. конф. по малоизученным в СССР забол. с/х жив. — М., 1965. С. 17.
- Носов, И.И. Аборты овец вирусной этиологии / И. И. Носов // Малоизученные забол. с/х жив. — М.: Колос, 1967. — 104 с.
- Обухов, И.Л. Хламидиоз кошек / И. Л. Обухов // Приложение к журналу „Новости звероводства“. М., 1994. — С. 92.
- Обухов, И.Л. Обнаружение Chi.psittaci при конъюнктивитах у собак / И. Л. Обухов // Сб. науч. тр. Всерос. гос. НИИ контроля стандартизации и сертификации вет. препаратов. — 1996. Т. 57. — С. 45−51.
- Обухов, И.Л. Диагностика хламидийной инфекции у кошек / И. Л. Обухов // Ветеринария. 1997. — № 5. — С. 49−50.
- Обухов, И.Л. Использование полимеразной цепной реакции в практических ветеринарных лабораториях / И. Л. Обухов, К. Н. Груздев, А. Н. Панин / Ж. Ветеринария. 1997. — № 2. — С. 24−27.
- Обухов, И.Л. Использование полимеразной цепной реакции для определения видов хламидий / И. Л. Обухов, Г. А. Шипулин, К. Н. Груздев, А. Н. Панин // Докл. РАСХН. 1997. — № 1. — С. 44−45.
- Першина, М.Ю. Анализ геномного полиморфизма лептоспир в полимеразной цепной реакции с произвольными праймерами / М. Ю. Першина, И. А. Шагинян, Ю. В. Ананьина, С. В. Прозоровский // Молек. генетика, микробиол. и вирусол. 1998. — № 1. — С. 29−32.
- Равилов, Р.Х. Хламидиоз плотоядных животных (этиология, диагностика, профилактика и меры борьбы). — Дисс.. докт. вет. наук. Казань, 1998. -316 с.
- Равилов, Р.Х. Хламидиоз плотоядных животных / Р. Х. Равилов // Казань: „Алма-Лит“, 20 031 130 с.
- Равилов, А.З. Хламидиоз животных / А. З. Равилов, Х. З. Гаффаров, Р. Х. Равилов // Казань: „Фэн“, 2004. 368 с.
- Ременцова, М.М. Антропозоонозы в звероводческих хозяйствах / М. М. Ременцова, О. В. Постричева, С. И. Рыбалко // Алма-Ата: Наука, 1983. 176 с.
- Садриев, А.Р. Иммунохимический анализ и геноидентификация хламидий. Дисс.. канд. биол. наук. — Казань, 1999. — 137 с.
- Теоретические основы полимеразной цепной реакции электронный ресурс. М.: ДНК-технология, 1998. — режим доступа: www. dna-technology.ru, свободный.
- Терских, И.И. Орнитоз и другие хламидийные инфекции // И. И. Терских / М.: Медицина, 1979. 223 с.
- Тихоненко, Т.И. Получение и характеристика высокополимерных дезоксирибонуклеиновых кислот из бактериофагов / Т. И. Тихоненко // Ж. Биохимия. 1962. — Т. 27. — Вып. 6. — С. 1015−1021.
- Улендеев, А.И. Материалы по изучению респираторных заболеваний телят / А. И. Улендеев, А. А. Деханов // Тез. докл. Всесоюзной межвузовской конференции по вет. вирусологии. М., 1971. — Ч. 2. — С. 48−50.
- Урацил-ДНК-гликозилаза — снижение риска контаминации продуктами амплификации электронный ресурс. ЦНИИ Эпидемиологии МЗ РФ. -режим доступа: www.pcr.ru, свободный.
- Фаизов, Т.Х. Произвольные праймеры: новые возможности идентификации бактерий / Т. Х. Фаизов, Н. М. Гришкевич, A.M. Алимов // Матер. Междунар. научн. конф. посвящ. 125-летию КГАВМ Казань, 1998а.-Т. 4.1.-С. 90−91.
- Федоров Н.А., Ёлов А. А., Павлов С. А., Лихонин А. Г. Бактериальная безопасность компонентов крови: источники, детекция и частота риска инфекций. ФГУ „Центральная станция переливания крови Росздрава“ в г. Москве.
- Хазипов, Н.З. Хламидиозы сельскохозяйственных животных / Н. З. Хазипов, А. З. Равилов // М.: Колос, 1984. 223с.
- Хамадеев, Р.Х. Хламидиозы рогатого скота и свиней. — Автореф. дис.. докт. вет. наук. — Казань, 1991. 40 с.
- Шаткин, А.А. Основные принципы лабораторной диагностики гальпровиозов (хламидиозов) / А. А. Шаткин // Гальпровиозы (хламидиозы) человека и животных. М., 1979. — Вып. 1. — С. 25−36.
- Шафикова, Р.А. Иммунобиологическая характеристика хламидий, усовершенствование методов и средств лабораторной диагностики хламидиозов: Автореф. дис. докт. вет. наук. Казань, 1991. — 38с.
- Эйделыптейн, И.А. Фундаментальные изменения в классификации хламидий и родственных им микроорганизмов порядка Chlamydiales / И. А. Эйделыптейн // КМАХ. 1999. — Т. l.-№ 1.-С. 5−11.
- Эйделыптейн, И.А. Разработка молекулярно-генетических методов для выявления и дифференциации представителей Chlamydiaceae. Дис.. канд. биол. наук. — Смоленск, 2004. — 118 с.
- Abdelrahman, Y.M. The chlamydial developmental cycle / Y.M. Abdelrahman, R.J. Belland // FEMS Microbiol. Rev. 2005. — V. 29. — № 5. — P. 949−959.
- Abravaya, K. Molecular beacons as diagnostic tools: technology and applications / K. Abravaya, J. Huff, R. Marshall, B. Merchant, C. Mullen, G. Schneider, h Robinson // Clin. Chem: Lab. Med. 2003. — V. 41. — № 4. — P. 468 — 474.
- Ada, G.L. Yield of infective ribonucleic acid from impure Murray Valley encephalitis virus after different treatments / G.L. Ada, S.G. Anderson // Nature. 1959. -V. 183. -№ 4664. — P. 799−800.
- Agrawal, H.O. Isolation of high-molecular-weight, P32-labeled influenza virus ribonucleic acid / H.O. Agrawal, G. Bruening // Proc. Natl. Acad. Sci. U S A. -1966. V. 55. — № 4. — P. 818−825.
- Ahmadian, A. Single-nucleotide polymorphism analysis by pyrosequencing / A. Ahmadian, B. Gharizadeh, A.C. Gustafsson, F. Sterky, P. Nyren, M. Uhlen, J. Lundeberg // Anal. Biochem. 2000. — V. 280. — № 1. — P. 103−110.
- Ailenberg, M. Controlled hot start and improved specificity in carrying out PCR utilizing touch-up and loop incorporated primers (TULIPS) / M. Ailenberg, M. Silverman // Biotechniques. 2000. — V. 29. № 5. — P. 1018−1020.
- Alexander, H.E. Infectivity of ribonucleic acid from poliovirus in human cell monolayers / H.E. Alexander, G. Koch, I.M. Mountain, O. Van Damme // J. Exp. Med. 1958. -V. 108. -№ 4. -P. 493−506.
- Amann, R. Obligate intracellular bacterial parasites of acanthamoebae related to Chlamydia- spp. / R. Amann, N. Springer, W. Schonhuber, W. Ludwig, E.N. Schmid, K.D. Muller, R. Michel // Appl. Environ. Microbiol. 1997. — V. 63. -№'1.-P. 115−121.
- An, L. Characterization of a thermostable UvrD helicase and its participation in helicase-dependent amplification / L. An, W. Tang, T.A. Ranalli, H.J. Kim, J. Wytiaz, H. Kong // J. Biol. Chem. 2005. — V. 280: — № 321 — P. 28 952−28 958.
- Andersen, A.A. Serotyping of Chlamydia psittaci isolates using serovar-specific monoclonal antibodies withthe-microimmunofluorescence test/ A.A. Andersen // J: Clin. Microbiol. 1991. — V. 29. — № 4. — P: 707−711.
- Andersen, A.A. Two new serovars of Chlamydia psittaci from’North* American birds / A.A. Andersen // J. Vet. Diagn. Invest. 1997. — V. 9. — № 2. — P. 159 164.
- Andersen, A.A. Serotyping of C. psittaci isolates from ratites / A.A. Andersen, J.E. Grimes, H.L. Shivaprasad // J. Vet. Diagn. Invest. 1998a. — № 10. — P. 186−188.
- Andersen, A.A. Avian chlamydiosis / A.A. Andersen, D. Vanrompay // OIE Revue Scientifique et Technique. 2000. — V. 19. — № 2. — P. 396−404.
- Andersen, A.A. Avian chlamydiosis / A.A. Andersen, D. Vanrompay // Edited by Y.M. Saif. In Diseases of Poultry, 11th edition. — Iowa State Press, Ames, Iowa, 2003.-P. 863−878.
- Appleyard, W.T. Attempted venereal transmission of Chlamydia psittaci in sheep / W.T. Appleyard, I.D. Aitken, I.E. Anderson // Yet. Rec. 1985. — Y. 116.-№ 20. -P. 535−538.
- Ashkenas, J. Simple enzymatic means to neutralize DNA contamination in nucleic acid amplification / J. Ashkenas, J.W. Dennis, C.Y. Ho // BioTechniques. 2005. — V. 39. — № 1. — P. 69−73.
- Ausubel F.M. Short protocols in molecular biology / F.M. Ausubel, R. Brent, R.E. Kingston, D.D. Moore, J.G. Seidman, J.A. Smith, K. Struhl // Third edition. Wiley. — 1995.
- Bachrach, H.L. Thermal degradation of foot-and-mouth disease virus into infectious ribonucleic acid / H.L. Bachrach // Proc. Soc. Exp. Biol. Med. — 1961.-№ 107.-P. 610−613.
- Baker, J.A. Virus causing pneumonia in cats and producing elementary bodies / J.A. Baker // J. Exp. Med. 1944. — V. 19: — P. 159.
- Balin, B.J. Identification and localization of Chlamydiae pneumoniae in the-Alzheimer's brain / B.J. Balin, H.C. Gerard, E.J. Arking, D.M. Appelt, P.J.
- Branigan, J.T. Abrams, J.A. Whittum-Hudson, A.P. Hudson // Med. Microbiol. Immunol. 1998. -V. 187. — № 1. — p. 23−42.
- Barany F. The ligase chain reaction in a PCR world / F. Barany 11PCR Methods Appl. 1991. -V. 1. — № l.-P. 5−16.
- Barany, F. Detection of nucleic acid sequence differences using coupled ligase detection and polymerase chain reactions / F. Barany, M. Lubin, P. Belgrader // US Patent. -2001. -№ 6 268 148.
- Barron, A.L. Microbiology of Chlamydia // A.L. Barron // Boca Raton, FL, USA: CRC Press. 1988.
- Batteiger, B: E. The major outer membrane protein of a single Chlamydia trachomatis serovar can possess more than one serovar-specific epitope / B.E. Batteiger // Infect. Immun. 1996. — Vol. 64. — № 2. — P. 542−547.
- Becker, Y. Electron microscopy of Vaccinia virus DNA / Y. Becker, I. Sarov // J. Mol. Biol. 1968. — V. 34. — № 3. — P. 655−660.
- Beld, M. Fractionation of nucleic acids into single-stranded and double-stranded forms / M. Beld, C. Sol, J. Goudsmit, R. Boom // Nucl. Acids Res. 1996. — V. 24.-№ 13.-P. 2618−2619.
- Berger, L. Chlamydia pneumoniae in a free-ranging giant barred, frog (Mixophyes iteratus). from Australia / L. Berger, K. Volp, S. Mathews, R. Speare, P. Timms // J. Clin. Microbiol. 1999. — V. 37. — № 7.» — P. 2378−2380.
- Bernard, P. S. Color multiplexing hybridization probes using the apolipoprotein E locus as a model system for genotyping / P. S. Bernard, G.H. Pritham, C.T. Wittwer // Analytycal Biochemistry. 1999. — V. 273. — № 2. — P. 221−228.
- Birch, L. A comparison of nucleic acid amplification techniques for the assessment of bacterial viability / L. Birch, C.E. Dawson, J.H. Cornett, J.T. Keer // Letters in Applied Microbiology. 2001. — V. 33. — № 4. — P. 296 — 301.
- Birnboim, H.C. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA / H.C. Birnboim, J. Doly // Nucleic Acids Res. 1979. — V. 7. -№ 6.-P. 1513−1523.
- Birtles, R.J. Chlamydia like obligate parasite of freeliving amoebae / R.J. Birtles, T. J: Rowbotham, C. Storey, T.J. Marrie, D. Raoult // Lancet. 1997. -V. 349. — № 9056. — P. 925−926.
- Bishop, J.M. Purification and characterization of poliovirus-induced infectious double-stranded ribonucleic acid / J.M. Bishop, G. Koch // J. Biol. Chem. -1967. V. 242. — № 8. — P. 1736−1743.
- Blumer, C. Chlamydiae in free-ranging and captive frogs in Switzerland / C. Blumer, D.R. Zimmermann, R: Weilenmann, L. Vaughan, A- Pospischil// Vet. Pathol. 2007. — V. 44. — № 2. — P. 144−150.
- Boom, R. Rapid and Simple Mёthodi• for Purification^ of Nucleic Acids / R. Boom- C. J-, Sol- M-Mi Salimans^ C.E. Jansen* P: M- Wertheim-van Dillen, Ji vaniderNoordaa// J-Clih-Microbiol'. 1990: — V. 28: -№^3: -P: 495−503-. •
- Borel- N. Parachlamydia spp. and related Chlamydia-like organisms and bovine abortion / N. Borel, S. Ruhl, N. Casson, C. Kaiser, A. Pospischil, G. Greub // Emerg. Infect. Dis. -2007. V. 13. -№ 12. -P. 1904−1907.
- Bourgaux, P. Chromatographic separation of the various forms of polyoma virus DNA / P. Bourgaux, D. Bourgaux-Ramoisy // J. Gen. Virol. 1967. — V. 1. — № 3.-P. 323−32.
- Bradley, T. Epitheliocystis associated with massive mortalities of cultured lake trout, Salvelinus namaycush / T. Bradley, C. Newcomer, K. Maxwell // Dis. Aquat. Organ. 1988. — V. 4. — P. 9−17.
- Brown, F. The ribonucleic acids of the infective and interfering components of vesicular stomatitis virus / F. Brown, S.J. Martin, B. Cartwright, J. Crick // J. Gen. Virol. 1967. — V. 1. — № 4. — P. 479−486.
- Carballeira, N. Purification of a thermostable DNA polymerase from Thermus thermophilus HB8, useful in the polymerase chain reaction / N. Carballeira, M. Nazabal, J. Brito, O. Garcia // Biotechniques. 1990. — V. 9: — № 3- - P. 276 281.
- Carlson, J.H. Comparative genomic analysis of Chlamydia trachomatis oculotropic and genitotropic strains / J.H. Carlson, S.F. Porcella, G. McClarty, H.D. Caldwell // Infect. Immun. 2005. — V. 73. — № 10. — P. 6407−6418.
- Cartwright, S.F. Some applications of detergents to the study of the virus of foot-and-mouth disease / S.F. Cartwright, H.V. Thorne // J. Gen. Microbiol. -1959. V. 20. — № 4. — P. 61−77.
- Casson, N. Protochlamydia naegleriophila as etiologic agent of pneumonia / N. Casson, R. Michel, K.D. Muller, J.D. Aubert, G. Greub // Emerg. Infect. Dis. — 2008.-V. 14.-№ l.-P. 168−172.
- Cello, R.M. Ocular infections in animals with PLT (Bedsonia) group agents / R.M. Cello // Am. J. Opthalmol. 1967. — V. 63. — № 5. — P. 1270−1274.
- Chae, C. In situ hybridization for the detection and localization of swine Chlamydia trachomatis / C. Chae, D.S. Cheon, D. Kwon, O. Kim, B. Kim, J. Suh, D.G. Rogers, K.D. Everett, A.A. Andersen // Vet. Pathol. 1997. — V. 36. — № 2. — P. 133 — 137.
- Chan, A.B. NASBA and other transcription-based amplification methods for research and diagnostic microbiology / A.B. Chan, J.D. Fox // Reviews in Medical Microbiology. 1999. — V. 10. — P. 185−196.
- Chen, X. Homogenous genotyping assays for single nucleotide polymorphisms with fluorescence resonance energy transfer detection / X. Chen, P-Y. Kwok // Genet. Anal. Biomol. Eng. 1999. — V. 14. — № 5. — P. 157−163.
- Chen, C.Y. Mutations at Arginine 276 transform human uracil-DNA glycosylase into a single-stranded DNA-specific uracil-DNA glycosylase / C.Y. Chen, D.W. Mosbaugh, S.E. Bennett // DNA Repair (Amst). 2005. — V. 4. — № 7. p- 793−805.
- Cheng, S. Long PCR / S. Cheng, S.Y. Chang, P. Gravitt, R. Respess // Nature. -1994. V. 369 — № 6482. — P. 684−685.
- Cheng, H. Relative accuracy of nucleic acid amplification tests and culture in detecting Chlamydia in asymptomatic men / H. Cheng, M. Macaluso, S.H. Vermund, E.W. Hook 3rd // Journal of Clinical Microbiology. — 2001. — V. 39. -№ 11.-P. 3927−3937.
- Chien, A. Deoxyribonucleic acid polymerase from the extreme thermophile Thermus aquaticus / A. Chien, D.B. Edgar, J.M. Trela // J. Bacteriol. — 1976. — V. 1−27. №-3. — P. 1550−1557.
- Choi, T.Y. Evaluation of serotyping using monoclonal antibodies and PCR-RFLP for Chlamydia trachomatis serotype identification / T.Y. Choi, D.A. Kim, Y.H. Seo// J. Korean Med. Sci.-2001. V. 16-№ l.p. 15.19.
- Chomezynski, P. Single-step method of total RNA isolation by acid Guanidine-Phenol extraction / P. Chomezynski, K. Mackey / Organelles and cellular structures. 1996. — V.10. — P.221−224.
- Chua, P.K. Isolation of Waddlia malaysiensis, a novel intracellular bacterium, from fruit bat (Eonycteris spelaea) / P.K. Chua, J.E. Corkill, P. S. Hooi, S.C. Cheng, C. Winstanley, C.A. Hart // Emerg. Infect. Dis. 2005. — V. 11. — № 2 -P. 271−277.
- Cimino, G.D. Post-PCR sterilization: A method to control carryover contamination for the polymerase chain reaction / G.D. Cimino, K.C. Metchette, J.W. Tessman, J.E. Hearst, S.T. Isaacs // Nucleic Acids Res. 1990. V. 19. — № l.-P. 99−107.
- Collingro, A. «Candidatus Protochlamydia amoebophila', an endosymbiont of Acanthamoeba spp.» / A. Collingro, E.R. Toenshoff, M.W. Taylor, T.R. Fritsche, M. Wagner, M. Horn // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005b. — V. 55. -№ 5.-P. 1863−1866.
- Corsaro, D. Pathogenic potential of novel Chlamydiae and diagnostic approaches to infections due to these obligate intracellular bacteria / D- Corsaro, G. Greub // Clin. Microbiol1. Rev. 2006. — V. 19. — № 2. — P: 283−297.
- Corsaro, D. Emerging chlamydial" infections / D. Corsaro, D. Venditti // Crit. Rev. Microbiol. 2004. — V. 30. — № 3. — P. 75−106.
- Cotton, R.G. Mutation detection by chemical cleavage / R.G. Cotton // Genet. Anal.-1999.-V. 14.-№ 5−6.-P. 165−168.
- Cox, R.L. Deoxyribonucleic acid relatedness of Chlamydia sp. strain TWAR to Chlamydia trachomatis and Chlamydia psittaci / R.L. Cox, C.-C. Kuo, J. T. Grayston, L.A. Campbell./ Int. J. Syst. Bacleriol. 1988. -Vol. 38. — P. 265 268.
- Darougar, S. Prevalence of antichlamydial antibody in London blood donors / S. Darougar, T. Forsey, D.A. Brewerton, K.L. Rogers // Brit. J. Vener. Dis. — 1980. V. 56. — № 6. — P. 404−407.
- DeFilippes, F.M. Decontaminating the polymerase chain reaction / F.M. DeFilippes // BioTechniques. 1991. — V. 10. -№ 1. — P. 26−29.
- DeGraves, F.J. High-sensitivity quantitative PCR platform / F.J. DeGraves, D: Gao, — B. Kaltenboeck // Biotechniques. 2003b: — V. 34: — № 1. — P. 106−110, 112−115.
- Del Tito, B.J. Jr. Automated fluorescent analysis procedure for enzymatic mutation detection- / B.J. Jr. Del Tito, H.E.3rd Poff, M.A. Novotny, D.M.
- Cartledge, R.I.2nd Walker, C.D. Earl, A.L. Bailey // Clin. Chem. 1998. — V. 44. — № 4. — P. 731−739.
- Devchand, P.R. Uracil-DNA glycosylase as a probe for protein~DNA interactions / P.R. Devchand, J.D. McGhee, J.H. van de Sande // Nucleic Acids Res. 1993'. — V. 21. — № 15. — P. 3437−3443.
- Dilbeck-Robertson, P. Results of a new serologic test suggest an association of Waddlia chondrophila with bovine abortion / P. Dilbeck-Robertson, M.M. McAllister, D. Bradway, J.F. Evermann // J. Vet. Diagn. Invest. 2003. — V. 15.-№ 6. -P. 568−569.
- Dille, B.J. Amplification of Chlamydia trachomatis DNA by ligase chain reaction / B.J. Dille, C.C. Butzen, L.G. Birkenmeyer // J. Clin. Microbiol. -1993. V. 31. — № 3. — P. 729−731.
- Don, R.H. «Touchdown» PCR to circumvent spurious priming during gene amplification / R.H. Don, P.T. Сох, В, J. Wainwright, K. Baker, J.S. Mattick // Nucl. Acids. Res. 199L — V. 19.>-№ -14.- - P. 4008.
- Draghi, A.2nd Characterization of 'Candidatus Piscichlamydia salmonis' (order Chlamydiales), a Chlamydia-like bacterium associated' with epitheliocystis in farmed Atlantic salmon (Salmo salar) / A. 2nd Draghi, V.L. Popov VL, M.M.
- Kahl, J.B. Stanton, C.C. Brown, G.J. Tsongalis, A.B. West, SJr. Frasca // J Clin Microbiol. 2004. — V. 42. — № 11. — P.5286−5297.
- Duraffour, S. Substrate specificity of homogeneous monkeypox virus uracil-DNA glycosylase. / S. Duraffour, A.A. Ishchenko, M. Saparbaev, J.M. Crance, D. Garin // Biochemistry. 2007. — V. 46. — № 42. — P. 11 874−11 881.
- Ehricht, R. Optimized DNA microarray assay allows detection and genotyping of single PCR-amplifiable target copies / R. Ehricht, P. Slickers, S. Goellner, H. Hotzel, K. Sachse // Mol. Cell. Probes. 2006. — V. 20. — № 1. — P. 60−63.
- Ellis, R.W. Infection and coronary heart disease / R.W. Ellis // J Med Microbiol. 1997. — V.46. — № 7. — P. 535−539.
- Everett, K.D. The ribosomal intergenic spacer and domain-L of the 23 S rRNA gene are phylogenetic markers for Chlamydia spp. ¦/ K.D. Everett, A.A. Andersen // Int. J. Syst. Bacterid. 1997. — V. 47. — № 2. — P. 461−473.
- Everett, K.D. Identification of nine species of the Chlamydiaceae using PCR-RFLP / K.D. Everett, A.A. Andersen // Int. J. Syst. Bacterid. 1999a. — V. 49. -№ 2.-P. 803−813.
- Everett, K.D. Rapid detection of the Chlamydiaceae and other families in the order Chlamydiales: three PCR tests / K.D. Everett, L.J. Hornung, A.A. Andersen // J. Clin. Microbiol. 1999c. — V. 37. — № 3. — P. 575−580.
- Fahy, E. Self-sustained sequence replication (3SR): an isothermal transcription-based amplification system alternative to PCR / E. Fahy, D.Y. Kwoh, T.R. Gingeras // PCR Methods Appl. 1991. — V. 1. — № 1. — P. 25−33.
- Favis, R. Universal DNA array detection of small insertions and deletions in BRCA1 and BRCA2 / R. Favis, J.P. Day, N.P. Gerry, C. Phelan, S. Narod, F. Barany // Nat. Biotechnol. 2000. — V.18. — № 5. — P. 561−564.
- Fiandaca, M.J. Self-reporting PNA/DNA primers for PCR analysis / M.J. Fiandaca, J.J. Hyldig-Nielsen, B.D. Gildea, J.M. Coull // Genome Research. -2001. V. 11. — № 4. — P. 609−613.
- Francis, T.J. An unidentified virus producing acute meningitis and pneumonia in experimental animals / T.J. Francis, T. PI Magill // J. Exp. Med. 1938*. — V. 68. -P.s 147−160.
- Fukano, H. Comparison- of five PCR assays for detecting Chlamydophila* pneumoniae DNA / H: Fukano // Microbiol. Immunol. — 2004. V. 48. — № 6. — P. 441−448.
- Fukushi, H. Monoclonal antibody typing of Chlamydia psittaci strains derived from avian and mammalian species / H. Fukushi, K. Nojiri, K. Hirai // J. Clin. Microbiol.-1987.-V. 25.-№ 10.-P. 1978−1981.
- Fukushi, H. Proposal of Chlamydia pecorum sp. nov. for Chlamydia strains derived from ruminants / H. Fukushi, K. Hirai // Int. J. Syst. Bacterid. 1992. -V. 42.-№ 2.-P. 306−308.
- Furrer, B. Improving PCR efficiency / B. Furrer, U. Candrian, P. Wieland, J. Luthy // Nature. 1990. — V. 346. — № 6282. — P. 324.
- Gafford, L.G. The high molecular weight of the fowlpox virus genome / L.G. Gafford, C.C. Randall // Jt Mol. Biol. 1967. — V. 26. — № 2. — P. 303−310.
- Gaillard, E.T. Pathogenesis of feline gastric chlamydial infection / E.T. Gaillard, A.M. Hargis, D.J. Prieur, J.F. Evermann, A.S. Dhillon // Am. J. Vet. Res. -1984.-V. 45.11.-P. 2314−2321.
- Garrett, A.J. Some properties of the polysaccharide from cell cultures infected with TRIG agent (Chlamydia trachomatis) / A.J. Garrett // J. Gen. Microbiol. — 1975.-Vol. 90.-P. 133−139.
- Gatti R.A. Modified SSCP method using sequential electrophoresis of multiple nucleic acid segments. United States Patent. 2002. — № 6 458 536.
- Geens, T. Sequencing of the Chlamydophila psittaci ompA gene reveals a new genotype, E/B, and the need for a rapid discriminatory genotyping method / T.
- Geens, A. Desplanques, M. Van Loock, B.M. Bonner, E.F. Kaleta, S. Magnino, A.A. Andersen, K.D. Everett, D. Vanrompay // J. Clin. Microbiol. 2005a. — V. 43.-№ 5.-P. 2456−2461.
- Geens, T. Development of a Chlamydophila psittaci species-specific and genotype-specific real-time PCR / T. Geens, A. Dewitte, N. Boon, D. Vanrompay // Vet. Res. 2005b. — V. 36. — № 5−6. — P. 787−797.
- Gethings, P.M. Prevalence of Chlamydia, toxoplasma, toxocara and ringworm in farm cats in south-west England / P.M. Gethings, G.L. Stephens, J.M. Wills, P. Howard, A.H. Balfour, A. L Wright, K.L. Morgan // Vet. Rec. 1987. — V. 121. -№ 10.-P. 213−216.
- Gierer, A. Infectivity of ribonucleic acid from tobacco mosaic virus / A. Gierer, G. Schramm / Nature. 1956. — V. 177. — P. 702−703.
- Gill, P. Nucleic acid isothermal amplification technologies, a review. Nucleosides Nucleotides / P. Gill, A. Ghaemi // Nucleic Acids. 2008. — V. 27. — № 3 — P. 224−243.
- Gingeras, T.R. Unique features of the self-sustained sequence replication (3SR) reaction in the in vitro amplification of nucleic acids / T.R. Gingeras, K.M. Whitfield, D.Y. Kwoh // Ann. Biol. Clin. (Paris). 1990. — V. 48. — № 7. — P. 498−501.
- Girjes, A.A. Lipopolysaccharide1 biosynthesis genes in koala type I Chlamydia: cloning and. characterization / A.A. Girjes, F.N. Carrick, M.F. Lavin // Res. Microbiol. 1997.-V. 148. -№ 5. -P. 413−425.
- Girjes, A.A. Comparison! of type I and type II Chlamydia psittaci" strains infecting koalas (Phascolarctos cinereus) / A.A. Girjes, A. Hugall, D. M:
- Graham, T.F. McCaul, M.F. Lavin // Vet. Microbiol. 1993. — V. 37. — № 1−2. -P. 65−83.
- Glassick, T. Outer membrane protein 2 gene sequences indicate that Chlamydia pecorum and Chlamydia pneumoniae cause infections in koalas / T. Glassick, P. Giffard, P. Timms // System. Appl. Microbiol. 1996. — V. 19. — № 3. — P. 457 464.
- Goldmeyer, J. Development of a novel one-tube isothermal reverse transcription thermophilic helicase-dependent amplification platform for rapid RNA detection / J. Goldmeyer, H. Kong, W. Tang // J. Mol. Diagn. 2007. — V. 9. — № 5. — P. 639−644.
- Gordon, F.B. Observations on guinea pig inclusion conjunctivitis agent / F. B. Gordon, E. Weiss, A.L. Quan, H.R. Dressier // J. Infect. Dis. 1966. — V. 116. -P. 203−207.
- Goy, G. Waddlia chondrophila enters and multiplies within human macrophages / G. Goy, A. Croxatto, G. Greub // Microbes Infect. 2008. — V. 10. — № 5. — P. 556- 562.
- Graber, J.H. Differential sequencing with mass spectrometry / J.H. Graber, C.L. Smith, C. Cantor// Genet. Anal. 1999. -V. 14. -№ 5−6. — P. 215−219.
- Grayston J.T. Chlamydia pneumoniae sp. nov. for Chlamydia sp. strain TWAR / J. T. Grayston, C.-C. Kuo, L. A. Campbell, S.-P. Wang // Int. J. Syst. Bacteriol. 19 891 — V. 39.-P. 88−90.
- Greub, G. Parachlamydiaceae as rare agents of pneumonia / G. Greub, P. Berger, L. Papazian, D. Raoult // Emerg. Infect. Dis. 2003 — V. 9. — № 6. — P. 755−756.
- Greub, G., Parachlamydiaceae:-potential emerging pathogens / G. Greub, D. Raoult // Emerging Infect. Dis. 2002. — V. 8. — № 6. — P. 625−630.
- Greub, G. History of the ADP/ATP-Translocase-Encoding Gene, a Parasitism Gene Transferred from a Chlamydiales Ancestor to Plants 1 Billion Years Ago /
- G. Greub, D. Raoult // Appl. Environ. Microbiol. 2003. — V. 69. — № 9. — P. 5530−5535.
- Grieg, J.R. Enzootic abortion in ewes. A preliminary note / J.R. Grieg // Vet. Rec. 1936. — V. 48. — P. 1225−1232.
- Griffin, T.J. Direct genetic analysis by matrix assisted laser desorption/ ionization mass spectrometry / T.J. Griffin, J.G. Hall, J.R. Prudent, L.M. Smith 11 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1999. — V. 96. — № 11. — P. 6301−6306.
- Grimes, J.E. Chlamydia psittaci infection of pet and other birds in the United States in 1984 / J.E. Grimes, D. Clark // J. Infect. Dis. 1986. -V. 153. — P. 374 375.
- Hacia, J.G. Mutational analysis using oligonucleotide microarrays / J.G. Hacia, F.S. Collins 11 J. Med. Genet. 1999. — V. 36. — № 10. — P. 730−736.
- Harkinezhad, T. Chlamydophila psittaci genotype E/B transmission from African grey parrots to humans / T. Harkinezhad, K. Verminnen, C. Van Droogenbroeck, D. Vanrompay // J. Med. Microbiol. 2007. — V. 56. — № 8. P. 1097−1100.
- Harrison, GJ. A practitioner’s view of the problem of avian chlamydiosis / G.J. Harrison//J. Am. Vet. Med. Assoc. 1989.-V. 195.-№ 11.-P. 1525−1528.
- Hartley, J.C. PCR detection and molecular identification of Chlamydiaceae species / J.C. Hartley, S. Kaye, S. Stevenson, J. Bennett, G. Ridgway // J. Clin. Microbiol. 2001. — V. 39. — №-9. — P. 3072−3079.
- Hartley, J.L. Dealing with contamination: enzymatic control of carryover contamination in PCR / J.L. Hartley, A. Rashtchian // PCR Methods. Appl. -1993. — V. 3. — № 2. P. 10−14.
- Heddema, E.R. Genotyping of Chlamydophila psittaci in human samples / E.R. Heddema, E.J. van Hannen, B. Duim, C.M. Vandenbroucke-Grauls, Y. Pannekoek // Emerg. Infect. Dis. 2006. — V. 12. — № 12. — P. 1989−1990-
- Heid, C.A. Real time quantitative PCR / C.A. Heid, J. Stevens, K.J. Livak, P.M. Williams // Genome Res. 1996. — V. 6. — № 10. — P: 986−994.
- Heinz, E. An Acanthamoeba sp. containing two phylogenetically different bacterial endosymbionts / E. Heinz, I. Kolarov, C. Kastner, E.R. Toenshoff, M. Wagner, M. Horn // Environ. Microbiol. 2007. — V. 9. — № 6. — P. 1604−1609.
- Helps, C. Detection of Chlamydophila felis and feline herpesvirus by multiplex real-time PCR analysis / C. Helps, N. Reeves, K. Egan, P. Howard, D. Harbour //J. Clin. Microbiol. -2003. -V. 41. -№ 6. P. 2734−2736.
- Helps, C. Use of real-time quantitative PCR to detect Chlamydophila felis infection / C. Helps, N. Reeves, S. Tasker, D. Harbour // J. Clin. Microbiol. — 2001.-V. 39.-№ 7.-P. 2675−2676.
- Herrmann, B. Chlamydophila psittaci in Fulmars, the Faroe Islands / B. Herrmann, H. Persson, J.K. Jensen, H.D. Joensen, M. Klint, B. Olsen // Emerg. Infect. Dis. 2006. — V. 12. — № 2. — P. 330−332.
- Herrmann, B. Chlamydophila abortus in a-Brown skua (Catharacta antarctica lonnbergi) from a subantarctic island / B. Herrmann, R. Rahman, S. Bergstrom, J. Bonnedahl, B. Olsen / Appl. Environ. Microbiol. 2000. — V. 66. — № 8. — P. 3654−3656.
- Hewinson, R.G. Detection of Chlamydia psitaci DNA in avian clinical samples by polymerase chain reaction / R.G. Hewinson, P.C. Griffiths, B.J. Bevan, S.E. Kirwan, M.E. Field, M.J. Woodward, M. Dawson // Vet. Microbiol. 1997. -V. 54.-№ 2.-P. 155−166.
- Higuchi, R. Kinetic PCR Analysis: Real-time monitoring of DNA amplification reactions/ R. Higuchi, C. Fockler, G. Dollinger, R. Watson // Biotechnology. — 1993.-V. 11. № 9. — P. 1026−1030.
- Hjelm, E. Cervical, urine and vaginal specimens for detection of Chlamydia trachomatis by ligase chain reaction in women: a comparison / E. Hjelm, A. Hallen, M. Domeika // Acta Derm. Venereol. 2001. — V. 81. — № 4. — P. 285 288.
- Hoffman, G.L. Epitheliocystis, a new infectious disease of the bluegill (Lepomis macrochirus) / G.L. Hoffman, C.E. Dunbar, K. Wolf, L.O. Zwillenberg // Antonie Van Leeuwenhoek. 1969. — V. 35. — № 2. — P. 146−158.
- Hongyo, T. «Cold SSCP»: a simple, rapid and non-radioactive method for optimized single-strand conformation polymorphism analyses / T. Hongyo, G.S. Buzard, R.J. Calvert, C.M. Weghorst // Nucleic Acids Res. 1993. — V. 21. — № 16.-P. 3637−3642.
- Hortzel, H. Genetic characterisation of Chlamydophila pneumoniae isolate from an African frog* and comparison to currently accepted biovars / H. Hortzel, E. Grossmann, F. Mutschmann, K. Sachse // Syst. Appl. Microbiol. 2001. — V. 24.- № l.-P: 63−66.
- Hosoda К. Kinetic analysis of the entire RNA amplification process by Qbeta replicase / K. Hosoda, T. Matsuura, H. Kita, N. Ichihashi, K. Tsukada, T. Yomo // J. Biol. Chem. 2007. — V. 282. — № 21. — P. 15 516−15 527.
- Howard, J.T. Heteroduplex cleavage analysis using SI nuclease / J.T. Howard, J. Ward, J.N. Watson, K.H. Roux // Biotechniques. 1999. — V. 27. — № 1. — P. 18−19.
- Huang, J. Quantitative detection of Chlamydia spp. by fluorescent PCR in the LightCycler / J. Huang, F.J. DeGraves, D. Gao, P. Feng, T. Schlapp, B. Kaltenboeck // Biotechniques. 2001. — V. 30. — № 1. — P. 150−157.
- Instruction manual, DyNAmo™ Capillary SYBR® Green 2-Step qRT-PCR Kit (Distributed by New England Biolabs, Version 1.2. — 2005. режим доступа: www.finnzymes.com.
- Jackson, L.A. Isolation of Chlamydia pneumoniae from a carotid endarterectomy specimen / L.A. Jackson, L.A. Campbell, C.C. Kuo, D.I. Rodriguez, A. Lee, J.T. Grayston // J. Infect. Dis. 1997 — V. — 176. — № 1. — P. 292−295.
- Jackson, M. Outer membrane protein A gene sequencing demonstrates the polyphyletic nature of koala C. pecorum isolates / M. Jackson, P. Giffard, P. Timms // Syst. Appl. Microbiol. 1997. — V. 20. — P. 187−200.
- Jackson, P.E. Mass spectrometry for genotyping: an emerging tool for molecular medicine / P.E. Jackson, P.F. Scholl, J.D. Groopman // Mol. Med. Today. -2000. V. 6. — № 7. — P. 271−276.
- Jalal, H. Development of real-time PCR assays for genotyping of Chlamydia trachomatis / H. Jalal, H. Stephen, S. Alexander, C. Carne, C. Sonnex // J. Clin. Microbiol. 2007. — V. 45. -№ 8.,-P. 2649−2653.
- Jee, J. High prevalence of natural’Chlamydophila1 species infection in calves / J. Jee, F.J. Degraves, T. Kim, B. Kaltenboeck // J. Clin. Microbiol. 2004. — V. 42.-№ 12.-P. 5664−5672.
- Jinno, Y. Use of psoralen as extinguisher of contaminated DNA in PCR / Y. Jinno, K. Yoshiura, N. Niikawa // Nucleic Acids Res. 1990. — V. 18. — № 22. -P. 6739.
- Jorgensen, D.M. Gestational psittacosis in a Montana sheep rancher / D.M. Jorgensen // Emerg. Infect. Dis. 1997. — V. 3 — № 2. — P. 191−194.
- Kacian, D.L. Methods for assaying reverse transcription / D.L. Kacian // Edited by Maramorosch et al. In Methods in Virology. — Academic Press Inc., London, 1977.-P. 143−184.
- Kahane, S. Description and partial characterization of a new chlamydia-like microorganism / S. Kahane, R. Gonen, C. Sayada, J. Elion, M.G. Friedman // FEMS Microbiol. Lett. 1993. — V. 109. — № 2−3. — P. 329−334.
- Kahane, S. Simkania negevensis strain ZT: growth, antigenic and genome characteristics / S. Kahane, K.D. Everett, N. Kimmel, M.G. Friedman // Int. J. Syst. Bacteriol. 1999. -V. 49. -№ 2. — P. 815−820.
- Kalman, S. Comparative genomes of Chlamydia pneumoniae and C. trachomatis / S. Kalman, W. Mitchell, R. Marathe, C. Lammel, J. Fan, R.W. Hyman, L. dinger, J. Grimwood, R.W. Davis, R.S. Stephens // Nature Genet. 1999. — V. 21.-№ 4.-P. 385−389.
- Kaltenboeck, B. Detection and strain differentiation of Chlamydia psittaci mediated by a two-step polymerase chain reaction / B. Kaltenboeck, K.G. Kousoulas, J. Storz // J. Clin. Microbiol. 1991. — V. 29. — № 9. — P. 19 691 975.
- Kaltenboeck, B. Biological properties and genetic analysis of the ompA locus in chlamydiae isolated from swine / B. Kaltenboeck, J. Storz // Am. J. Vet. Res. -1992. V. 53. — № 9: — P. 1482−1487.
- Kaltenboeck, B. Structures of and allelic diversity and relationships among the major outer membrane protein (ompA) genes of the four chlamydial species / B. Kaltenboeck, K. G. Kousoulas, J. Storz // J. Bacteriol. 1993. — V. 175. — № 2. -P. 487−502.
- Kaltenboeck, В. Evidence for numerous ompl alleles of porcine Chlamydia trachomatis and novel chlamydial species obtained by PCR / B. Kaltenboeck, N. Schmeer, R. Schneider // J. Clin. Microbiol. 1997. — V. 35. — № 7. — P. 18 351 841.
- Karlsen, M. Characterization of’Candidatus Clavochlamydia salmonicola1: an intracellular bacterium infecting salmonid fish / M. Karlsen, A. Nylund, K. Watanabe, J.V. Helvik, S. Nylund, H. Plarre // Environ. Microbiol. 2008. — V. 10.-№ l.-P. 208−218.
- Kilger, C. Direct DNA sequence determination from total genomic DNA / C. Kilger, S. Paabo // Nucleic Acids Res. 1997. — V. 25. -№ 10. — P. 2032−2034.
- Kleiboeker, S. B* Quantitative assessment1 of the. effect: of uracilrDNA glycosylase on amplicon DNA degradation and RNA amplification in reverse transcription-PCR / S.B. Kleiboeker // Virol: J. 2005. — V- 2. — P. 29.
- Klinger, E. /Е. Klinger, P. Choppin, G. Dubs //Proc.Soc.Exp.Biol.Med: 1959. -V. 101.
- Kristensen, T. High throughput- screening .for known5 mutations by automated analysis of single sequencing reactions (SSR) / T. Kristensen, V. Nedclcheva Kj-istensen- A-L. Bon-esen-Dale // BioTechniques. 1998. — V. 24. — № 5. — P.•" 832−835. .
- Krusong, К. A comparative study of uracil-DNA glycosylases from human and herpes simplex virus type 1 / K. Krusong, E.P. Carpenter, S.R. Bellamy, R. Sawa, G.S. Baldwin // J. Biol. Chem. 2006. — V. 281. — № 8. — P. 4983−4992.
- Kuo, C.-C. Chlamydia pneumoniae (TWAR) / C.-C. Kuo, L.A. Jackson, L.A. Campbell, J.T. Grayston // Clin. Microbiol. Rev. 1995. — Y. 8. — № 4. — P. 451−461.
- Kuoppa, Y. Quantitative detection of respiratory Chlamydia pneumoniae infection by real-time PCR / Y. Kuoppa, J. Boman, L. Scott, U. Kumlin, I. Eriksson, A. Allard // J. Clin. Microbiol. 2002. — V. 40. — № 6. — P. 22 732 274.
- Kwok, S. Avoiding false positives with PCR / S. Kwok, R. Higuchi // Nature. -1989. V. 339. — № 6221. — P. 237−238.
- Lan, J. Improved PCR sensitivity for direct genotyping of Chlamydia trachomatis, serovars by using a nested, PCR / J. Lan, J.M. Ossewaarde, J.M. Walboomers, C.J. Meijer, A.J. van den Brule // J. Clin. Microbiol. 1994. — V. 32'.-№ 2.-P. 528−530.
- Leutenegger, C.M. The Real-Time TaqMan PCR and Applications in Veterinary Medicine / C.M. Leutenegger // Veterinary Sciences Tomorrow. 2001. — № 1. — режим доступа: www.vetscite.org/issuel/tools/leut0800.pdf.
- Lindahl, T. DNA N-glycosidases: properties of uracil-DNA glycosidase from Escherichia coli / T. Lindahl, S. Ljungquist, W. Siegert, B. Nyberg, B*. Sperens // J. Biol. Chem.- 1977. V. 252. -№ 10.-PI 3286−3294.
- Little, D.P. Mass spectrometry from miniaturized arrays for full' comparative1 DNA analysis / D.P. Little, A. Braun, M.J. Donnel, H. Koester // Nat. Med: -1997. -V. 3. -№ 12. P. 1413−1416.
- Little, M.C. Strand displacement amplification and homogeneous real-time detection incorporated in a second-generation DNA probe system,
- BDProbeTecET / М.С. Little, J. Andrews, R. Moore, S. Bustos, L. Jones, C. Embres, G. Durmowicz, J. Harris, D. Berger, K. Yanson, C. Rostkowski, D. Yursis, J. Price, T. Fort, A. Walters, M. Collis, O. Llorin, J. Wood, F. Failing,
- C. O’Keefe, B. Scrivens, P. Pope, T. Hansen, K. Marino, K. Williams et al // Clinical Chemistry. 1999. — V. 45. — № 6. — P. 777 — 784.
- Liu, B.L. Molecular characterization of a bacteriophage (Chp2) from Chlamydia psittaci / B.L. Liu, J.S. Everson, B. Fane, P. Giannikopoulou, E. Vretou, P.R. Lambden, I.N. Clarke // J. Virol. 2000. — V. 74. — № 8. — P. 3464−3469.
- Lizardi, P.M. Mutation detection and single-molecule counting using isothermal rolling-circle amplification / P.M. Lizardi, X. Huang, Z. Zhu, P. Bray-Ward,
- D.C. Thomas, D.C. Ward // Nat. Genet. 1998. — V. 19. — № 3. — P. 225−232.
- Longo, M.C. Use of uracil DNA glycosylase to control carry-over contamination in polymerase chain reactions / M.C. Longo, M.S. Berninger, J.L. Hartley//Gene.-1990.-V. 93.-№ l.-P. 125−128.
- Lusher, M. Plasmid diversity within the genus Chlamydia / M. Lusher, C. C> Storey, S.J. Richmond // J. Gen. Microbiol. 1989. — V. 135. — № 5. — P. 11 451 151.
- Mair, T.S. Chlamydia psittaci infection in horses: results of a prevalence survey and experimental challenge / T.S. Mair, J.M. Wills // Vet. Rec. 1992. — V. 130. -№ 19.-P. 417−419.
- Marmur, J. A procedure for isolation of DNA from microorganisms / J. Marmur // J. Mol. Biol. 1961. — V.3. — P.208−218.
- Marras, S.A. Multiplex detection of single nucleotide variations using molecular beacons / S.A. Marras, F.R. Kramer, S. Tyagi // Genet. Anal. Biomol. Eng. -1999.-V. 14.-№ 5−6.-P. 151−156.
- Marras, S.A. Genotyping SNPs with molecular beacons / S.A. Marras, F.R. Kramer, S. Tyagi // Methods Mol. Biol. 2003. — V. 212. — P. 111−128.
- Mathews, S.A. Development of a quantitative gene expression assay for Chlamydia trachomatis identified temporal expression of sigma factors / S.A. Mathews, K. Mi Volp, P. Timms // FEBS Eett. 1999. — V. 458. — № 3. — P. 354−358. '
- May, S.W. Virulence of feline Chlamydia psittaci in mice is not a function of the major outer membrane protein / S.W. May, C.L. Kelling, M. Sabara, J. Sandbulte // Vet. Microbiol. 1996. — V. 53. — № 3−4. — P. 355−368.
- Medrano, J.F. Genotyping of bovine kappa-casein loci following DNA sequence amplification / J.F. Medrano, E. Aguilar-Cordova / Bio/Technology. — 1990. -V. 8.-P. 144−146.
- Meijer, A. Chlamydophila abortus infection in a pregnant, woman associated with indirect contact with infected goats / A. Meijer, A. Brandenburg, J. de
- Vries, J. Beentjes, P. Roholl, D. Dercksen // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis.- 2004. V. 23. — № 6. — P. 487−490.
- Meijer, A. Genomic relatedness of Chlamydia isolates determined by amplified fragment length polymorphism analysis / A. Meijer, S.A. Morre, A.J. van den Brule, P.H. Savelkoul, J.M. Ossewaarde// J. Bacteriol. 1999. — V. 181. — № 15.-P. 4469−4475.
- Messmer, Т.О. Application-of a nested, multiplex PCR to psittacosis outbreaks / Т.О. Messmer, S.K. Skelton, J.F. Moroncy, H. Daugharty, B.S. Fields // J. Clin. Microbiol: 1997. — V. 35- - № 8. — P- 2043−2046.
- Meyer, K.F. Ornithosis / K.F. Meyer // Edited by H.E. Biester et al. In Diseasetbof Poultry, 5 edition- Iowa. State University Press, Ames, Iowa, USA, 1965. -P. 1−675.
- Mhlanga, M.M. Using molecular beacons to detect single-nuclcotide polymorphisms with real-time:PCR / MM. Mhlanga^ B. Malmberg // Methods.• --200r.-V.25:-№ 4.-P:463−47K .
- Miyashita, N: The morphology of Chlamydia pneumoniae / N. Miyashita, Y. Kanamoto-yA. Matsumotoi//^^JrMediMicrobiol.^1993^ V.-38i- № 6^- Pf-41'8'•¦ 425. ' ' '¦--'.
- Miyashita, N. Evaluation of the diagnostic: usefulness of real-time PCR for detection of Chlamydophila’pneumoniae in acute respiratory infections / N.
- Miyashita, Y. Obase, M. Fukuda, H. Shouji, K. Yoshida, K. Ouchi, M. Oka // J. Infect. Chemother. 2007. -V. 13. -№ 3. — P. 183−187.
- Moulder, J.W. Genus Chlamydia / J.W. Moulder, T.P. Hatch, C.-C.Kuo, J. Schachter, J. Storz // Edited by N. R. Krieg et al. In Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. — 1984 — V. 1. — P. 729−739.
- Mullis, K.B. Target amplification for DNA analysis by the polymerase chain reaction / K.B. Mullis // Ann. Biol. Clin. (Paris). 1990. — V. 48. — № 8. — P. 579−582.
- Mullis, K. Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain, reaction / K. Mullis, F. Faloona, S. Scharf, R. Saiki, G. Нот, H. Erlich // Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 1986. — V. 51. — № 1. — P. 263−273.
- Mullis, K.B. Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain, reaction / K.B. Mullis, F.A. Faloona // Methods Enzymol. 1987. — V. 155.-P. 335−350.*
- Murray, E.S. Guinea pig inclusion conjunctivitis virus. I. Isolation and identification as a member of the psittacosislymphogranuloma-trachoma group / E.S. Murray // J. Infect. Dis. 1964. — V. 114. — P. 1−12.
- Myers, T.W. Reverse transcription and DNA amplification by a Thermus thermophilus DNA polymerase / T.W. Myers, D.H. Gelfand // Biochemistry. -1991 V. 30. — № 31. — P. 7661−7666.
- Mygind, P. Analysis of the humoral immune response to Chlamydia outer membrane protein 2 / P. Mygind, G. Christiansen, K. Persson, S. Birkelund // Clin. Diagn. Lab. Immunol. 1998. -V. 5. -№ 3. — P. 313−318.
- Nelson, N.C. Detection of all single-base mismatches in solution by chemiluminescence / N.C. Nelson, P.W. Hammond, E. Matsuda, A.A. Goud, M.M. Becker // Nucleic Acids Res. 1996. — V. 24. — № 24. — P. 4998−5003.
- Niederhauser, C. Reliability of PCR decontamination systems / C. Niederhauser, C. Hofelein, B. Wegmuller, J. Luthy, U. Candrian // PCR Methods Appl. -1994.-V. 4.-№ 2.-P. 117−123.
- Nigg, C. Unidentified virus which produces pneumonia and systemic infection in mice / C. Nigg // Science. 1942. — V. 95. — P. 49−50.
- Nikkari, S. Ligase chain reaction in detection of Chlamydia DNA in synovial fluid cells / S. Nikkari, M. Puolakkainen, U. Yli-Kerttula, R. Luukkainen, O.P. Lehtonen, P. Toivanen // Br. J. Rheumatol. 1997. — V. 36. — № 7. — P. 763 -765.
- Notomi, T. Loop-mediated isothermal amplification of DNA / T. Notomi, H. Okayama, H. Masubuchi, T. Yonekawa, K. Watanabe, N. Amino, T. Hase // Nucleic Acids Res. 2000. — V. 28. — № 12. — P. E63.
- Nowak, B.F. Epitheliocystis in fish / B.F. Nowak, S.E. LaPatra // J Fish Dis. df 2006. — V. 29. — № 10. — P. 573−588.
- Nylund, A. A morphological study of the epitheliocystis agent in farmed Atlantic salmon / A. Nylund, A. Kvenseth, E. Isdal // J. Aquat. Anim. Health. — 1998.-Y. 10.-P. 43−55.
- Page, L.A. Comparison of pathotypes among chlamydial (psittacosis) strains recovered from diseased birds and mammals / L.A. Page // Bull. Wildlife Dis. Assoc.-1967.-V. 2.-P. 166−175.
- Page, L.A. Proposal for the recognition of two species in the genus Chlamydia / L.A. Page // J. Syst. Bacteriol. 1968. — V. 18. — P. 51−66.
- Pang, J. Use of modified nucleotides and uracil-DNA glycosylase (UNG) for the control of contamination in the PCR-based amplification of RNA / J. Pang, J. Modlin, R. Yolken // Mol. Cell Probes. 1992. — V. 6. — № 3. — P 251−256.
- Papp, J.R. Localization of chronic Chlamydia psittaci infection in the reproductive tract of sheep / J.R. Papp, P.E. Shewen, C.E. Thom, A.A. Andersen //J. Infect. Dis.-1996.-V. 174.-№ 6.-P. 1296−1302.
- Pastinen, T. Multiplex fluorescent solidphase minisequencing for efficient screening of DNA sequence variation / T. Pastinen, J. Partanen, A-C. Syvanen // Clin. Chem. 1996. — V. 42. — № 9. — P. 1391−1397.
- Pastinen, T. Minisequencing: a specific tool for DNA analysis and diagnostics on oligonucleotide arrays / T. Pastinen, A. Kurg, A. Metspalu, L. Peltonen, A-C. Syvanen // Genome Res. 1997. — V. 7. — № 6. — P. 606−614.
- Peeling, R.W. Chlamydiae as pathogens: new species and new issues / R.W. Peeling, R.C. Brunham // Emerg Infect. Dis. 1996. — V. 2. — № 4. — P. 307 319.
- Perez Melgosa, M. Sequence analysis of the major outer membrane protein gene of Chlamydia pneumoniae / M. Perez Melgosa, C.C. Kuo, L.A. Campbell // Infect. Immun: 1991. — V. 59. -№ 6. — P. 2195−2199:
- Plaschke, J. Doublex sequencing in molecular diagnosis of hereditary diseases / J. Plaschke, H. Voss, M. Hahn, W. Ansorge, H.K. Schackert // BioTechniques. -1998. V.24 -№ 5. — P. 838−841.
- Poddar, S.K. Optimized PCR amplification of influenza A virus RNA using Tth DNA polymerase, incorporating uracil N glycosylase (UNG) in a single tube reaction / S.K. Poddar, M.H. Sawyer, J.D. Connor // J. Clin. Lab. Anal. 1997. -V. 11.-№ 6.-P. 323−327.
- Poffenroth, L. Ultrastructural studies of Chl. psittaci 6BC strains / L. Poffenroth, J.W. Costerton, N. Kordova, J.C. Wilt / Can. J. Microbiol. 1973. — V. 19. — № 8.-P. 887−894.
- Poison, A. Physico-chemical investigation of an enteric cytopathogenic bovine orphan virus, ECBO SA.I. / A. Poison, A. Kipps // Arch. Gesamte Virusforsch. 1965. -V. 17. -№ 3. — P. 488−494.
- Pons, M.W. Polyacrylamide gel electrophoresis of the replicative form of influenza virus RNA M.W. Pons, G.K. Hirst // Virology. 1968. — V. 35. — № l.-P. 182−184.
- Poppert, S. Detection and differentiation of chlamydiae by fluorescence in situ hybridization / S. Poppert, A. Essig, R. Marre, M. Wagner, M. Horn // Appl. Environ. Microbiol. 2002a. — V. 68. — № 8. — P. 4081−4089.
- Popov, V.L. infrastructure of Chlamydia pneumoniae in cell culture / V.L. Popov, A.A. Shatkin, V.N. Pankratova, N.S. Smirnova, C.H. von Bonsdorff, M.R. Ekman, A. Morttinen, P. Saikku // FEMS Microbiol. Lett. V. 68. — № 2. -P. 129−134.
- Pospischil, A. Abortion in woman caused by caprine Chlamydophila abortus (Chlamydia psittaci serovar 1) / A. Pospischil, R. Thoma, M. Hilbe, P. Grest, J.O. Gebbers // Swiss Med. Wkly. 2002. — V. 132. — № 5−6. — P. 64−66.
- Pospisil, L. Chlamydia (Chlamydophila) pneumoniae in animals: a review / L Pospisil, J. Canderle // Vet. Med. Czech. — 2004. — V. 49. — № 4. — P. 129−134.
- Pruvost, M. Minimizing DNA contamination by using UNG-coupled quantitative real-time PCR on degraded DNA samples: application to ancient DNA studies / M. Pruvost, T. Grange, E.M. Geigl // Biotechniques. 2005. -V. 38.-№ 4.-P. 569−575.
- Pudj iatmoko. Phylogenetic analysis of the genus Chlamydia based on 16S rRNAgene sequences / Pudj iatmoko, H. Fukushi, Y. Ochiai, T. Yamaguchi, K. Hirai //i1.t. J. Syst. Bacteriol. 1997a. — V. 47. — № 2. — V. 425−431.
- Pudjiatmoko. Diversity of feline Chlamydia psittaci revealed by random amplification of polymorphic DNA / Pudjiatmoko, H. Fukushi, Y. Ochiai, T. Yamaguchi, K. Hirai // Vet. Microbiol. 1997b. — V. 54. — № 1. — P. 73−83.
- Wacholder, E. Freer, B. Cortes, R. Herrero // J. Clin. Microbiol. 2007. — V. 45.-№ 12.-P. 3986−3991.
- Reed, K.D. Chlamydia pneumoniae in a breeding colony of African clawed frogs (Xenopus tropicalis) / K.D. Reed, G.R. Ruth, J.A. Meyer, S.K. Shukla // Emerg. Infect. Dis. 2000. — V. 6. — № 2. — P. 196−199.
- Reed, L.F. A simple method of counting 50% end-point / L.F. Reed, H. Muench // Am. J. Higiene. 1938. — V. 27. — P. 493−497.
- Regan, R.J. Infective endocarditis and glomerulonephritis associated with cat Chlamydia (C. psittaci) infection / R.J. Regan, J.R.E. Dathnan, J.D. Treharne // Br. Heart. J. 1979. — V. 42. — P. 349−352.
- Reischl, U. Rapid and standardized detection of Chlamydia pneumoniae using LightCycler real-time fluorescence PCR / U. Reischl, N. Lehn, U. Simnacher, R. Marre, A. Essig // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2003. — V. 22. — № 1. -P. 54−57.
- Ridley, A.M. Genomic Fingerprinting by Application of. repPCR / A.M. Ridley // Molecular Bacteriology. Protocols and Clinical. Applications. Totowa: Humana Press. — 1998.-P. 103−117.
- Rincon, G. Single nucleotide polymorphism, genotyping of bovine milk protein genes using the tetra-primer ARMS-PCR / G. Rincon, J: F. Medrano // J. Anim. Breed. Genet. 2003. — V. 120. — №-5. — P: 331−337.
- Ritzier, M. Influence of residual uracil-DNA glycosylase activity 'on the electrophoretic migration of dUTP-containing PCR products / M. Ritzier, I.
- Perschil, M. Altwegg // J. Microbiol. Methods. 1999. — V. 35. — № 1. — p. 7376.
- Roche PCR Application Manual 2nd edition. — 1999. — P. 1−321.
- Rodolakis, A. Mouse models for evaluation of virulence of Chlamydia psittaci isolated from ruminants / A. Rodolakis, F. Bernard, F. Lantier // Res. Vet. Sci. -1989. V. 46. — № 1. — P. 34−39
- Rogers, D.G. Intestinal lesions caused by two swine chlamydial isolates in gnotobiotic pigs / D.G. Rogers, A.A. Andersen // J. Vet. Diagn. Invest. 1996. -V. 8.-№ 4.-P. 433−440.
- Rogers, D.G. Lung and nasal lesions caused by a swine chlamydial isolate in gnotobiotic pigs / D.G. Rogers, A.A. Andersen, B.D. Hunsaker // J. Vet. Diagn. Invest.-1996.-V. 8.-№ l.-P. 45−55.
- Rourke, A. A light and electron microscope study of epitheliocystis in uvenile steelhead trout, Salmo gairdneri Richardson / A. Rourke, R. Davis, T. Bradley // J. Fish. Dis. 1984. — V. 7. — P. 301−309.
- Ruano, G. Coupled amplification and sequencing of genomic DNA / G. Ruano, K.K. Kidd //Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1991. -V. 88. — P. 2815−2819.
- Rushizky, G.W. Ribonuclease-sensitive infectious units from tomato bushy stunt virus / G.W. Rushizky, C.A. Knight // Virology. 1959. — V. 8. — P. 448−455.
- Sachse, К. Specificity and performance of diagnostic PCR assays / K. Sachse // Methods Mol. Biol. 2003. — V. 216. — P. 3−29.
- Sachse, K. PCR Detection of Microbial Pathogens / K. Sachse, J. Frey // Humana Press. 2003a. — P. 334.
- Sachse, K. Detection and differentiation of Chlamydiae by nested PCR / K. Sachse, H. Hotzel // Methods Mol. Biol. 2003b. — V. 216. — P. 123−136.
- Sachse, K. DNA microarray-based detection and identification of Chlamydia and Chlamydophila spp. / K. Sachse, H. Hotzel, P. Slickers, T. Ellinger, R. Ehricht // Mol. Cell Probes. 2005. — V. 19. — № 1. — P. 41−50.
- Sachse, K. Genotyping of Chlamydophila psittaci using a new DNA microarray assay based on sequence analysis of ompA genes / K. Sachse, K. Laroucau, H. Hotzel, E. Schubert, R. Ehricht, P. Slickers // BMC Microbiol. 2008. — V. 8. -P. 63.
- Sachse, K. Recent developments in the laboratory diagnosis of chlamydial infections / K. Sachse, E. Vretou, M. Livingstone, N. Borel, A. Pospischil, D. Longbottom // Vet. Microbiol. 2009. — V. 135. — № 1−2. — P. 2−21.
- Saiki, R.K. Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase / R.K. Saiki, D.H. Gelfand, S. Stoffel, S.J. Scharf, R. Higuchi, G.T. Horn, K.B. Mullis, H.A. Erlich // Science. 1988! — V. 239.-№ 4839.-P. 487−491.
- Sandigursky, Ml' Uracil-DNA glycosylase in the extreme thermophile Archaeoglobus fulgidus / M: Sandigursky, W. A1. Franklin // J. Biol. Chem. — 2000.--V. 275. № 25. — P. 19 146−19 149.
- Sayada, C. Homogeneity of the major outer membrane protein gene of feline Chlamydia psittaci / C. Sayada, A. Andersen, P. Rodriguez, F. Eb, A. Milon, J. Elion, E. Denamur // Res. Vet. Sci. 1994. — V. 56. — № 1. — р. 116−118.
- Schachter, J. Human infection with the agent of feline pneumonitis / J. Schachter, H.B. Ostler, K.F. Meyer // Lancet. 1969. — V. 1. — P. 1063−1065.
- Schmitz-Esser, S. ATP/ADP translocases: a common feature of obligate intracellular amoebal symbionts related to Chlamydiae and Rickettsiae / S.
- Schmitz-Esser, N. Linka, A. Collingro, C.L. Beier, H.E. Neuhaus, M. Wagner, M. Horn // J. Bacteriol. 2004. — V. 186. — № 3. — P. 683−691.
- Schuster, H. Die structur der ribonucleinsaure aus tabakmo- saik virus / H. Schuster, G. Schramm, W. Zilling // Z. Naturforschung. 1956. — V. 116. — P. 339−345.
- Scieux, C. Molecular typing of Chlamydia trachomatis by random amplification of polymorphic DNA / C. Scieux, F. Grimont, B. Regnault, A. Bianchi, S. Kowalski, P.A.D. Grimont // Res. Microbiol. 1993. — V. 144. — № 5. — P. 395 404.
- Shaw, E.I. Three temporal classes of gene expression during the Chlamydia trachomatis developmental*cycle / E.I. Shaw, C.A. Dooley, E.R. Fischer, M.A. Scidmore- K. A-. Fields, T. Hackstadt // Mol. Microbiol. 2000. — V. 37. — № 4. -P. 913−925.
- Sheehy, N. Differentiation of Chlamydia-- psittaci and-C. pecorimv strains by species-specific PCR / N. Sheehy, В. Markey, M. Gleeson, P.J. Quinn // J. Clin. Microbiol. 1996. -V. 34. -№ 12. — P. 3175−3179.
- Sheffield, V.C. The sensitivity of single-strand conformation polymorphism analysis for the detection of single base substitutions / V.C. Sheffield, J.S. Beck, A.E. Kwitek, D.W. Sandstrom, E.M. Stone // Genomics. 1993. — V. 16. — № 2. -P. 325−332.
- Shewen, P.E. Feline chlamydial infection / P.E. Shewen, R.C. Povey, M.R. Wilson // Can. Vet. J. 1978. — V. 19. — P. 289−292.
- Sheehy, N. Differentiation of Chlamydia psittaci and C. pecorum strains by species-specific PCR / N. Sheehy, В. Markey, M. Gleeson, P.J. Quinn // J. Clin. Microbiol. 1996. — V. 34. — № 12. — P. 3175−3179.
- Siarkou, V. Papadopoulos O. Subspecies variation in Greek strains of Chlamydophila abortus / V. Siarkou, A.F. Lambropoulos, S. Chrisafi, A. Kotsis //VetMicrobiol.-2002:-V. 85.-№ 2.-P. 145−157.
- Singleton, P. DNA Methods in Clinical Microbiology / P. Singleton // Springer. -2000.-P. 255.
- Sokolov, В.P. Primer extension technique for the detection of single nucleotides in genomic DNA / B.P. Sokolov // Nucleic Acids Res. 1990. — V. 18. — № 12. -P. 3671.
- Spears, P.A. Simultaneous strand displacement amplification and fluorescence polarization detection of Chlamydia trachomatis DNA / P.A. Spears, C.P. Linn, D.L. Woodard, G.T. Walker // Anal. Biochem. -1997. V. 247. — № 1. — P. 130−137.
- Sprunt, K. Reaction of infectious RNA. with mammalian cells. I. Attachment to cells // K. Sprunt, M. Fierer, H.E. Alexander // Proc. Soc. Exp. Biol. Med. -1967.-V. 124.-№ 1.-P. 12−18.
- Srinath, T. Substrate specificities and* functional" characterization of a thermo-tolerant uracil DNA glycosylase (UdgB) from Mycobacterium tuberculosis / T. Srinath, S.K. Bharti, U. Varshney // DNA Repair (Amst). 2007. — V. 6. — № 10.-P. 1517−1528.
- Stamp, J.T. Enzootic abortion in ewes. I. Transmission of the disease / J.T. Stamp, A.D. McEwen, J.A.A. Watt, D.L. Nisbet // Vet. Rec. 1950. — V. 62. -P. 251−254.
- Stephens, R.S. Chlamydia. Intracellular Biology, Pathogenesis, and Immunity I R.S. Stephens // ASM Press: Washington, 1999. P. 143−146.
- Stephens, R.S. Divergence without difference: phylogenetics and taxonomy of Chlamydia resolved /R.S. Stephens, G. Myers, M. Eppinger, P. M- Bavoil // FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2009. — V. 55. — № 2. — P. 115−119.
- Stephens, R.S. Diversity of Chlamydia trachomatis major outer membrane protein genes / R.S. Stephens, R. Sanchez-Pescador, E.A. Wagar, C. Inouye, M.S. Urdea // J. Bacteriol. 1987. — V. 169. — № 9. — P. 387.9−3885.
- Stills, H.F. A «new» Chlamydia sp. strain SFPD isolated from transmissible proliferative ileitis in hamsters / H.F. Stills, J.G. Fox, B.J. Paster, F.E. Dewhirst // Microbiol. Ecol. Health Dis. 1991. — V. 4. — P. 99.
- Storey, G. Evidence for- Chlamydia1, pneumoniae of non-human origin / C. Storey, M. Lusher,. P. Yates, S. Richmond // J. Gen-.Microbiol: 1993. — V. 139.-№ 11.-P. 2621−2626.
- Storz, J., 1971. Intestinal' chlamydial infections of ruminants / J. Storz // In Chlamydia and C/i/arwy^'ar-Induced Diseases. — Charles C. Thomas, Springfield, Illinois, U.S.A, 1971.-P. 146−154.
- Storz, J. Overview of animal diseases induced by chlamydial infections / J. Storz // Edited by A.L. Barron. In Microbiology of Chlamydia. — CRC Press, Boca Raton, Florida, USA, 1988.-P. 167−192.
- Storz, J. The isolation of a viral agent from epizootic bovine abortion / J. Storz, D.G. McKercher, J.A. Howarth, O.C. Straub // J. Am. Vet. Med. Assoc. 1960. -V. 137.-P. 509−514.
- Studdert, M.J. Isolation of Chlamydia psittaci from cats with conjunctivitis / M.J. Studdert, V.P. Studdert, H.J. Wirth // Aust. Vet. J. 1981. — V. 57. — № 11. -P. 515−517.
- Sykes, J.E. Detection of feline calicivirus, feline herpesvirus 1 and Chlamydia psittaci mucosal swabs by multiplex RT-PCR/PCR / J.E. Sykes, J.L. Allen, V.P. Studdert, G.F. Browning // Vet. Microbiol. 2001. — V. 81. — № 2. — P. 95−108.
- Syvanen, A.-C. From gels to chips: «minisequencing» primer extension for analysis of point mutations and single nucleotide polymorphisms / A.-C. Syvanen // Hum. Mutat. 1999. — V. 13. — №. 1. — P. 1−10.
- Szemes, M>. Design of molecular beacons for AmpliDet RNA assay-Characterization1 of binding stability and probe specificity / Ml Szemes, C.D. Schoen // Anal. Biochem. 2003. — V. 315. — № 2. — P. 189−201.
- Szeredi, L. Intestinal Chlamydia in finishing pigs / L. Szeredi, I. Schiller, T. Sydler, F. Guscetti, E. Heinen, L. Corboz, E. Eggenberger, G.E. Jones, A. Pospischil // Vet. Pathol. 1996. — V. 33. — № 4. — P. 369−374.
- Taggart, E.W. Use of heat labile UNG in an RT-PCR assay for enterovirus detection / E.W. Taggart, K.C. Carroll, C.L. Byington, G.A. Crist, D.R. Hillyard //J. Virol. Methods. 2002. — V. 105.-№ 1.-P.57−65.
- Takahashi, T. Immunotyping of Chlamydia psittaci by indirect immunofluorescence antibody test with monoclonal antibodies / T. Takahashi, I. Takashima, N. Hashimoto // Microbiol. Immunol. 1988. — V. 32. — № 3. — P. 251−263.
- Takahashi, T. Phylogenetic analyses of Chlamydia psittaci from birds based on 16S rDNA gene sequence / T. Takahashi, M. Masuda, T. Tsuruno, Y. Mori, I.
- Takashima, T. Hiramune, N. Kikuchi // J. Clin. Microbiol. 1997. — V. 35. — №i11.-P. 2908−2914.
- Takashima, I. Polymerase chain reaction for the detection of Chlamydia psittaci in the feces of budgerigars / I. Takashimal, Y. Imai, N. Itoh, H. Kariwa, N. Hashimoto // Microbiol. Immunol. 1996. — V. 40. — № 1. — P. 21−26.
- Thao, M.L. Phylogenetic evidence for two new insect-associated Chlamydia of the family Simkaniaceae / M.L. Thao, L. Baumann, J.M. Hess, B.W. Falk, J.C. Ng, P. J: Gullan, P. Baumann // Gurr. Microbiol. 2003. — V. 47. — № 1. — P. 4650.
- Thomas, N.S. Plasmid diversity in Chlamydia / N.S. Thomas, M. Lusher, C.C. Storey, I.N. Clarke // Microbiology. 1997. — V. 143. — № 6. — P. 1847−1854.
- Thomas, V. Criblamydia sequanensis, a new intracellular Chlamydiales isolated from Seine river water using amoebal co-culture / V. Thomas, N. Casson, G. Greub // Environ. Microbiol. 2006. — V. 8. — № 12. — P. 2125−2135.
- Thorne, H.V. Electrophoretic characterization* and fractionation of polyoma virus DNA / H.V. Thorne // J. Mol. Biol. 1967. — V. 24. — № 2. — P. 203−211.
- Timms, P. Comparison of Chlamydia psittaci isolates by restriction endonuclease and DNA probe analyses / P. Timms, F.W. Eaves, A.A. Girjes, M.F. Lavin // Infect. Immun. 1988. — V. 56. — № 1. — P. 287−290.
- Tondella, M: L. Development and. evaluation of real-time PCR-based. fluorescence assays for detection of Chlamydia pneumoniae / MIL. Tondella, D.F. Talkington, B.P. Holloway, S.F. Dowell, K. Cowley, MI Soriano-Gabarro,
- M.S. Elkind, B.S. Fields // J. Clin. Microbiol. 2002. — V. 40. — № 2. — P. 57 583.
- Tong, C.Y. Detection of Chlamydia pneumoniae and Chlamydia psittaci in sputum samples by PCR / C.Y. Tong, M. Sillis // J. Clin. Pathol. 1993. — V. 46.-№ 4.-P. 313−317.
- Tsourkas, A. Hybridization kinetics and thermodynamics of molecular beacons / A. Tsourkas, M.A. Behlke, S.D. Rose, G. Bao // Nucleic Acids Res. 2003. -V. 31. — № 4. — P. 1319−1330.
- Turnbull, J. Evidence that superfical brancial colonies on the gills of Salmo salar L. are not Aeromonas salmonicida / J. Turnbull- R. Richards, M. Tatner // J. Fish. Dis. — 1989. V. 121 —№ 5- — P. 449M-58-
- Tyagi, S. Multicolor molecular beacons for allele discrimination / S. Tyagi, D.P. Bratu, F.R. Kramer // Nat. Biotechnol- 1998. — V. 16. — P. 49−53 .
- Tyagi- S. Molecular beacons: probes, that fluoresce: upon hybridization / S. Tyagi, F.R. Kramer / Nat. Biotechnol. 1996. — V. Г4. -P. 303−308.
- Van Der Pol- B- Multicenter Evaluation of the BDProbeTec ET System for Detection- ofi Chlamydiai trachomatis and? Neisseria? gonorrhoeae- in- Uriner
- Pol, D: V. Ferrero, L. Buck-Barrington- E.3rd Hook, C. Lcndcrman, T. Quinn-, C.A. Gaydos,.Ji Lovchik, J- Schachter, J. Moncada- G: Hall, MJ. Tuohy, R.B. Jones // J. Clin, Microbiol- 2001. — V. 39.-№ 3. — P. 1008−1016.
- Vanrompay, D. Serotyping of European isolates of Chlamydia psittaci from poultry and other birds / D. Vanrompay, A.A. Andersen, R. Ducatelle, F. Haesebrouck//J. Clin. Microbiol. 1993. — V. 31.-№ l.-P. 134−137.
- Vanrompay, D. Pneumonia in Moorish tortoises (Testudo graeca) associated with avian serovar A Chlamydia psittaci / D. Vanrompay, W. De Meurichy, R. Ducatelle, F. Haesebrouck // Vet. Rec. 1994'. — V. 135. — № 12. — P. 284−285.
- Vanrompay, D. High-level expression of Chlamydia psittaci major outer membrane protein in COS cells and in skeletal muscles of turkeys / D. Vanrompay, E. Cox, J. Mast, B. Goddeeris, G. Volckaert // Infect Immun.1998. V. 66. — № 11. — P. 5494−5500.
- Varveri,. C. Potato: Y Potyvirus Detection by Immunological and' Molecular Techniques in Plants and Aphids / C. Varveri // Phytoparasitica. 2000. — V. 28.2. — P. 10−20
- Verma I.M. Studies on reverse transcriptase of RNA tumor viruses III. Properties of purified Moloney murine leukemia virus DNA polymerase and associated RNase H. J Virol. 1975 April- 15(4): 843−854.
- Viljoen, G.J. Molecular Diagnostic PCR Handbook / G.J. Viljoen, L.H. Nel, J.R. Crowther // Springer. 2005. — P. 307.
- Vincent, M. Helicase-dependent isothermal DNA amplification / M. Vincent, Y. Xu, H. Kong // EMBO Rep. 2004. — V. 5. — № 8. — P. 795−800.
- Vos, P. AFLP: a new technique for DNA fingerprinting / P. Vos, R. Hogers, M. Bleeker, M. Reijans, T. van de Lee, M. Homes, A. Frijters, J. Pot, J. Peleman, M. Kuiper, M. Zabeau // Nucleic Acids Res. 1995. — V. 23. — № 21. — P. 44 074 414.
- Walker, G.T. Isothermal in vitro amplification of DNA by a restriction enzyme/DNA polymerase system / G.T. Walker, M.C. Little, J.G. Nadeau, D.D. Shank // Proc. Natl. Acad. Sci. USA- 1992. V. 89. — № 1. — P. 392−396.
- Wang, Z.G. Overproduction and characterization of the uracil-DNA glycosylase inhibitor of bacteriophage PBS2 / Z.G. Wang, D.G. Smith, D.W. Mosbaugh // Gene.-1991.-V. 99.-№> 1.-P. 31−37.
- Wardrop, S. Characterisation of the koala biovar of Chlamydia pneumoniae at four gene loci / S. Wardrop, A. Fowler, P. O’Callaghan, P. Giffard, P. Timms // Syst Appl. Microbiol. 1999. — V. 22. — № 1. — P. 22−27.
- Weighardt, F. A simple procedure for enhancing PCR specificity / F. Weighardt, G. Biamonti, S: Riva / PCR Methods Appl. 1993- - V. 3. — № 1. — P. 77−80.
- Wecker, E. The extraction of infectious virus nucleic acid with hot phenol / E. Wecker // Virology. 1959. — V. 7. — № 2. — P. 241−243.
- Westphal, O. Uber die extartion von bacterien mit phenol / O. Westphal, O. Luderitz, F. Bister // Z. Naturforsch. Teil. B. 1952. — V. 7. — P. 148−155.
- Wills, J.M. Characterisation of Chlamydia psittaci isolated from a horse / J.M. Wills, G. Watson, M. Lusher, T.S. Mair, D. Wood, SJ. Richmond // Vet. Microbiol. 1990. — V. 24. — № 1. — P. 11−19.
- Wittenbrink, M.M. Endometritis in cattle experimentally induced by Chlamydia psittaci / M.M. Wittenbrink, H.A. Schoon, D. Schoon, R. Mansfield, W. Bisping // Zentralbl. Veterinarmed B. 1993. — V. 40. — № 6. — P. 437−450.
- Woodford, N. Genomics, Proteomics, and Clinical Bacteriology: Methods and Reviews / N. Woodford, A. P. Johnson // Humana Press. 2004. — P. 395.
- Wu, D.Y. The ligation amplification reaction (LAR)~amplification of specific DNA sequences using sequential rounds of template-dependent ligation / D.Y. Wu, R.B. Wallace // Genomics. 1989.* - V. 4. — № 4. — P: 560−569.
- Xu, Y. High sequence fidelity in a non-enzymatic DNA autoligation reaction / Y. Xu, E.T. Kool // Nucleic Acids Res. 1999. — V. 27. — № 3. — P. 875−881.
- Yang, J.M. Development of a rapid' realtime PCR assay for detection^ and quantification of four familiar species of Chlamydiaceae / J. M: Yang, H.X. Liu,
- Y.X. Нао, С. Не, D.M. Zhao // J. Clin. Virol. 2006. — V. 36. — № 1. — P. 7981.
- Yuan, Y. Multiple tandem promoters of the major outer membrane protein gene (ompl) of Chlamydia psittaci / Y. Yuan, Y.X. Zhang, D.S. Manning, H.D. Caldwell // Infect. Immun. 1990. — V. 58. — № 9. — P. 2850−2855.
- Zhang, Y.-X. Cloning and sequence analysis of the major outer membrane protein genes of two Chlamydia psittaci strains / Y.X. Zhang, S.G. Morrison, H.D. Caldwell, W. Baehr // Infect. Immun. 1989. — V. 57. — № 5. — P. 1621−1625.
- Zhao, Q. Lack of allelic polymorphism for the major outer membrane protein gene of the agent of guinea pig inclusion conjunctivitis (Chlamydia psittaci) / Q. Zhao, J. Schachter, R.S. Stephens // Infect Immun. 1993. — V. 61. — № 7. — P. 3078−3080.
- Zhu, K.Y. Addition of a competitive primer can dramatically improve the specificity of PCR amplification of specific alleles / K.Y. Zhu, J.M. Clark // Biotechniques. 1996. -V. 21. -№ 4. — P. 586−590.