Применение методов контролируемой классификации для анализа биологических данных
Диссертация
Изучение генной экспрессии является одной из самых актуальных проблем функциональной геномики. Крупномасштабные (large-scale) эксперименты по генной экспрессии, позволяющие одновременно получать данные об экспрессии целого генома — это передовая и многообещающая технология в области реконструирования сетей регуляции генов. До настоящего момента было предложено множество способов предсказания… Читать ещё >
Содержание
- ЧАСТЬ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- Глава.
- 1. 1. Биочипы: технология изготовления и область применения
- 1. 1. 1. Предпосылки к использованию микрочипов
- 1. 1. 2. Микрочипы фирм Affymetrix, Protogene, Nimble Gen
- 1. 1. 3. Матричные микрочипы с пре-синтезированными зондами
- 1. 1. Биочипы: технология изготовления и область применения
- 1. 11. 1. Методы представления, нормализации и трансформации данных в экспериментах с биомикрочипами
- 1. 11. 2. Анализ микрочипных данных методами неконтролируемой классификации
- 1. 11. 3. Анализ микрочипных данных методами контролируемой классификации
- 11. 11. 1. Индукционный алгоритм
- 11. 11. 2. Дискретизация по методу Fayyad и Iran
- 11. 11. 3. Определение характеристической выборки
- 11. 11. 4. Метод кривых рабочих характеристик
- 11. 11. 5. Подготовка и анализ данных
- III. I.1 Поиск правил классификации
- III. I.3 Классифицирующие правила
- I. If .1.4 Верификация полученных правил
111.11. Идентификация наиболее информативных характеристических мотивов InterPro и исследование влияния качества мотивов на точность автоматической аннотации белковых последовательностей с помощью InterPro.
ВЫВОДЫ.
Список литературы
- Steen Knudsen. A biologist’s guide to analysis of DNA microarray data. 2002, WILEY-LISS.
- Барский В.E., Колчинский A.M., Лысов Ю. П., Мирзабеков А. Д. Биологические микрочипы, содержащие иммобилизованные в гидрогеле нуклеиновые кислоты, белки и другие соединения: свойства и приложения в геномике. Молекулярная биология. 2002, 36: 563−584
- Baugh LR, Hill АА, Brown EL, Hunter CP. Quantitative analysis of mRNA amplification by in vitro transcription. Nucleic Acids Res. 2001 Mar 1−29(5):E29.
- Pierre Baldi, G. Wesley Hatfield. DNA microarrays and gene expression. 2002, Cambridge University Press.
- Fodor SP, Rava RP, Huang XC, Pease AC, Holmes CP, Adams CL. Multiplexed biochemical assays with biological chips. Nature. 1993 Aug 5−364(6437):555−6.
- Affimetrix 2000. GeneChip Expression Analysis. Technical manual.
- Singh-Gasson S, Green RD, Yue Y, Nelson C, Blattner F, Sussman MR, Cerrina F. Maskless fabrication of light-directed oligonucleotide microarrays using a digital micromirror array. Nat Biotechnol. 1999 Oct-17(10):974−8.9. http://brownlab.stanford.edu
- Shalon D, Smith SJ, Brown PO. A DNA microarray system for analyzing complex DNA samples using two-color fluorescent probe hybridization.
- Genome Res. 1996−6:639−45.
- Zamatteo N, Jeanmart L, Hamels S, Courtois S, Louette P, Hcvesi L, Remacle J. Comparison between different strategies of covalent attachment of DNA to glass surfaces to build DNA microarrays. Anal. Biochem. V.280, pp. 143−150 (2000).
- Livshits M, Mirzabekov A. Theoretical analysis of the kinetics of DNA hybridization with gel-immobilized oligonucleotides. Biophys. J. V.71, pp.2795−2801 (1996).
- Edman CF, Raymond DE, Wu DJ, Tu E, Sosnowski RG, Butler WF, Nerenberg M, Heller MJ. Electric field directed nucleic acid hybridization on microchips. Nucl. Acids Res. V.25, pp.4907−4914 (1997).
- Helen C. Causton, John Quackenbush, Alvis Brazma. Microarray gene expression data analysis. 2003, Blackwell.
- Brazma A, Hingamp P, Quackenbush J, Sherlock G, Spellman P, Stoeckert C, Aach J, Ansorge W, Ball CA, Causton HC, et al.: Minimum information about a microarray experiment (MIAME) toward standards for microarray data. Nat Genet 2001, 29:365−371
- Duboit S, Yang Y, Callow MJ and Speed TP. Statistical methods for identifying differentially expressed genes in replicated cDNA microarray experiments. Technical report #578, www.stst.berkeley.edu/tech-reports/index.html
- Quackenbush J. Microarray data normalization and transformation. Nat Genet. 2002 Dec-32 Suppl:496−501.
- Schuchhardt J, Beule D, Malik A, Wolski E, Eickhoff H, Lehrach H, Herzel H. Normalization strategies for cDNA microarrays. Nucleic Acids Res. 2000 May 15−28(10):E47.
- Suzuki T, Higgins PJ, Crawford DR. Control selection for RNA quantitation. Biotechniques. 2000 Aug-29(2):332−7.
- Chatterjee S. & Price B. Regression Analysis by Example (John Wiley & Sons, New York, 1991).
- Tseng GC, Oh MK, Rohlin L, Liao JC & Wong W.H. Issues in cDNA microarray analysis: quality filtering, channel normalization, models of variations and assessment of gene effects. Nucleic Acids Res. 2001, 29, 2549−2557
- Chen Y, Dougherty ER & Bittner ML. Ratio-based decisions and the quantitative analysis of cDNA microarray images. J. Biomed. Optics 1997, 2, 364−374.
- Yang YH, et al. Normalization for cDNA microarray data: a robust composite method addressing single and multiple slide systematic variation. Nucleic Acids Res. 2000, 30, el 5.
- Yang IV, et al. Within the fold: assessing differential expression measures and reproducibility in microarray assays. Genome Biol. 2002, 3, research0062.1−0062.12.25