Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита (ВКЭ) и других инфекционных агентов у иксодовых клещей в городских и пригородных биотопах г. Томска.
Секвенирование и молекулярно-биологический анализ генома штамма ВКЭ Глубинное/2004
Диссертация
Еще одной актуальной проблемой молекулярной биологии ВКЭ в настоящее время является изучение роли нетранслируемых областей генома в репликации вируса. В ряде работ (Filomatori et al., 2006; Alvarez et al., 2008; Li et al., 2008) 5'-нетранслируемая область генома (5'-НТО) флавивирусов идентифицирована как промотор репликации. В опубликованных данных, однако, содержатся указания на то, что… Читать ещё >
Содержание
- 1. Введение
- 2. Обзор литературы
- 2. 1. Характеристика вируса клещевого энцефалита
- 2. 2. Строение и свойства ВКЭ
- 2. 3. Репликативный цикл флавивирусов
- 2. 4. Генетическое разнообразие ВКЭ и географическое распределение генотипов
- 2. 5. Клиническая характеристика КЭ
- 2. 6. Клинические особенности заболевания в зависимости от генотипа ВКЭ
- 2. 7. Молекулярные основы патогенности ВКЭ
- 2. 8. Методы филогенетического и эволюционного анализа
- 2. 9. Патогенные бактерии и простейшие, переносимые клещами
- 2. 9. 1. Клещевой боррелиоз
- 2. 9. 2. Клещевой эрлихиоз
- 2. 9. 3. Клещевой риккетсиоз
- 2. 9. 4. Клещевой бабезиоз
- 2. 9. 5. Клещевые бартонеллезы
Список литературы
- Алексеев А.Н. Современное состояние знаний о переносчиках клещевого энцефалита // Вопр. Вирусол.- 2007.- № 5- С. 22−26.
- Аммосов А.Д. Клещевой энцефалит. -Кольцово, 2002.
- Бахвалова В.Н., Pap В.А., Ткачев С. Е., Добрикова Е. Ю., Морозова О. В. Генетический анализ штаммов вируса клещевого энцефалита Западной Сибири // Вопр. Вирусол.- 2000, — № 5- С. 11−13.
- Бахвалова В.Н., Караванов A.C., Матвеев Н. Э., Матвеева В. А., Морозова О. В. Исследование с помощью моноклональных антител антигенов Е и NS1 штаммов вируса клещевого энцефалита Западной Сибири // Вопр. Вирусол.- 2001.- № 6- С. 33−36.
- Богачек М.В., Протопопова Е. В., Терновой В. А., Качко A.B., Иванова A.B., Иванисенко В. А., Швалов А. Н., Локтев В. Б. Иммунохимические свойства белка ргМ и С-концевого фрагмента белка M вируса Западного Нила // Молекул, биол.-2007.- № 41- С.8−17.
- Борисов В.А., Ющук Н. Д., Малов И. В., Аитов К. А. Особенности клещевого энцефалита в различных регионах. // Эпидемиология и инфекц. бол.- 2000.- № 2- С. 43−47.
- Волкова Л.И., Образцова Р. Г. Клиническая картина острого клещевого энцефалита на Среднем Урале // Клещевой энцефалит. Владивосток, 2002.- С. 88−98.
- Воробьева М.С. Современное состояние вакцинопрофилактики клещевого энцефалита // Клещевой энцефалит. Владивосток, 2002.- С. 166−170.
- Вотяков В.И., Злобин В. И., Мишаева Н. П. Клещевые энцефалиты Евразии. -Новосибирск, 2002.
- Временные методические указания по изучению природных очагов клещевого энцефалита и оценке эффективности противоэнцефалитных мероприятий. Министерство здравоохранения РСФСР. М., 1959.
- Гайдамович С.Я. Клещевой энцефалит // Здоровье населения и среда обитания -1996.-№ 4- С. 19−22.
- Гурарий P.M. Клиническая характеристика клещевого энцефалита в Приморском крае по материалам вспышки 1956г. / Тезисы доклада научной конференции по вопросам краевой патологии АМН СССР в Иркутске. -М. 1957, е. 22.
- Зильбер JI.A. Весенний (весеннее-летний) клещевой энцефалит // Арх. биол. наук -1939, — Т. 56- Вып. 2- С. 9−37.
- Злобин В.И., Горин О. З. Клещевой энцефалит. Этиология. Эпидемиология и профилактика в Сибири. -Новосибирск, Наука, 1996.
- Злобин В.И., Газо М. Х., Беликов С. И., Джиоев Ю. П., Демина Т. В., Верхозина М. М., Козлова И. В., Адельшин Р. В., Дорощенко Е. К. Молекулярные зонды для генетического типирования вируса клещевого энцефалита // Вопр. Вирусол.- 2001,-№ 4- С. 43−47.
- Злобин В.И. Клещевой энцефалит в Российской Федерации: современное состояние проблемы и стратегия профилактики // Вопр. Вирусол.- 2005.- № 3- С. 26−32.
- Злобин В.И., Верхозина М. М., Демина Т. В., Джиоев Ю. П., Адельшин Р. В., Козлова И. В., Беликов С. И., Хаснатинов М. А., Данчинова Г. А., Исаева Е. И., Гришечкин А. Е. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита // Вопр. Вирусол.- 2007.-№ 6-С. 4−13.
- Иерусалимский А.П. Клещевой энцефалит. Руководство для врачей. -Новосибирск, 2001.
- Карань JI.C., Браславская С. И., Мязин А. Е. Развитие методов детекции и генотипирования вируса клещевого энцефалита на основе амплификационных технологий. // Вопр. Вирусол. 2007, № 6, с. 17−22.
- Коренберг Э.И. Микст инфекции, передающиеся иксодовыми клещами: актуальные аспекты изучения и профилактики. // Клещевой энцефалит. Под ред. Леоновой Г. Н., Сомовой-Исачковой Л.М. 2002, Владивосток.
- Леонова Г. Н., Исачкова Л. М., Кругляк С. П., Майстровская О. С. Патогенетические критерии оценки вирулентности штаммов вируса клещевого энцефалита, изолированных на юге Дальнего Востока. // Вопр. вирусол., 1995, № 4, 165−169.
- Леонова Г. Н. Клещевой энцефалит в Приморском крае. // Владивосток, 1997.
- Леонова Г. Н., Исачкова Л. М., Борисевич В.Г.,' Фисенко А. Ю. Экспериментальный клещевой энцефалит у золотистых хомячков на фоне специфической иммунотерапии. // Вопр. Вирусол. 2000, № 4, с. 28−33.
- Леонова Г. Н., Беликов С. И., Павленко Е. В., Кулакова Н. В., Крылова Н. В. Биологическая и молекулярно-генетическая характеристика дальневосточной популяции вируса клещевого энцефалита и ее патогенетическое значение. // Вопр. Вирусол. 2007, № 6, с. 13−17.
- Локтев В.Б., Терновой В. А., Нетесов C.B. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита. // Вопр. Вирусол. 2007, № 5, с. 10−16.
- Львов Д.К., Ильичев В. Д. Миграции птиц и перенос возбудителей инфекций. // М.: Наука, 1979.
- Львов Д.К., Злобин В. И. Стратегия и тактика профилактики клещевого энцефалита на современном этапе. // Вопр. Вирусол. 2007, № 5, с. 26−30.
- Мельникова О.В., Ботвинкин А. Д., Данчинова Г. А. Зараженность голодных и питавшихся таежных клещей вирусом клещевого энцефалита (по данным иммуноферментного анализа). //Журн. инфекц. патол. 1996, Т. З, № 1, 14−18.
- Морозова О.В., Фоменко H.A., Бургышева Ю. В., Максимова Т. Г., Белавин П. А., Репкова М. Н., Добрикова Е. Ю. Взаимодействие РНК вируса клещевого энцефалита с белками. // Вопр. Вирусол. 2001, № 2, с. 13−17.
- Морозова О.В. Свойства некоторых белков вируса клещевого энцефалита. Диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук. -Кольцово, 20 016.
- Москвитина Н.С., Романенко В. Н., Терновой В. А., Иванова Н. В., Протопопова Е. В., Кравченко Л. Б., Кононова Ю. В., Куранова В. Н., Чаусов Е. В., Москвитин С. С., Першикова Н. Л., Гашков С. И., Коновалова С. Н., Большакова Н. П., Локтев В.Б.
- Выявление вируса Западного Нила и его генотипирование в иксодовых клещах (Parasitiformes: Ixodidae) в Томске и его пригородах // Паразитология.- 2008.- 42(3)-С.210−225.
- Онищенко Г. Г. Распространение вирусных природно-очаговых инфекций в Российской Федерации и меры по их профилактике //Эпидемиол. и инфекц. бол.-2000.- № 4- С. 4−8
- Онищенко Г. Г., Федоров Ю. М., Пакскина Н. Д. Организация надзора за клещевым энцефалитом и меры по его профилактике в Российской Федерации // Вопр. Вирусол.- 2007.- № 5- С. 8−10.
- Онищенко Г. Г. приказ от 25.03.2008 № 01/2659−8-32.
- Погодина В.В. Устойчивость вируса клещевого энцефалита к воздействию желудочного сока// Вопр. Вирусол.- 1958.- № 3- С. 295−299.
- Погодина В.В., Фролова М. П., Ерман Б. А. Хронический клещевой энцефалит. -Новосибирск, 1986.
- Погодина В.В., Бочкова Н. Г., Карань Л. С., Фролова М. П., Маленко Г. В., Левина Л. С., Платонов А. Е. Сравнительный анализ вирулентности сибирского идальневосточного подтипов вируса клещевого энцефалита // Вопр. Вирусол.- 2004.-№ 6- С. 24−30.
- Погодина В.В. Мониторинг популяций вируса клещевого энцефалита и этиологической структуры заболеваемости за 60-летний период // Вопр. Вирусол.-2005.-№ 3-С. 7−13.
- Покровский В.И., Лобан K.M. (ред.) Руководство по инфекционным болезням. -Москва, 1986.
- Романенко В.В., Прохорова О. Г., Злобин В. И. Новая стратегия специфической профилактики клещевого энцефалита: опыт организации массовой вакцинации населения Свердловской области // Эпидемиол. и вакцинопрофилактика.- 2005.-№ 3- С. 24−27.
- Фоменко Н.В., Сабитова Ю. В., Хаснатдинов М. А., Гольцова H.A., Данчинова Г. А., Батаа Ж., Амбед Д., Стронин О. В. Гетерогенность гена р83/100 комплекса Borrelia burgdorferi sensu lato // Молекуляр. генет. микробиол. вирусол.- 2007.- № 4- С. 31−37.
- Чебышев Н.В., Воробьев A.A., Пак С.Г. Трансмиссивные инфекции и инвазии. -Москва, 2005.
- Чунихин С.П., Стефуткина Л. Ф., Королев М. Б., Решетников И. А., Хозинская Г. А. Половая передача вируса клещевого энцефалита у иксодовых клещей (Ixodidae) // Паразитология, — 1983, — Т.17, — вып. 3- С. 214−217.
- Чунихин С.П., Решетников И. Н., Ляпустин В. Н. Изменчивость вируса клещевого энцефалита при пассировании через иксодовых клещей и мелких млекопитающих // Мед. паразитол. и паразитарн. болезни.- 1986.- № 6- С. 58−61.
- Шаповал А.Н. Клещевой энцефаломиелит. Москва, 1980.
- Alekseev A.N., Dubinina H.V., Jushkova O.V. First report on the coexistence and compatibility of seven tick-borne pathogens in unfed adult Ixodes Persulcatus Schulze (Acarina:Ixodidae) // Int. J.Med. Microbiol.- 2004.- Vol. 293.- Suppl. 37- P. 104−108.
- Allison, S. L., J. Schalich, K. Stiasny, C. W. Mandl, C. Kunz, and F. X. Heinz. Oligomeric rearrangement of tick-borne encephalitis virus envelope proteins induced by an acidic pH // J. Virol.- 1995, — 69- P.695−700.
- Allison S.L., Schlalich J., Stiasny K. Mandl C.W., Heinz F.X. Mutational evidence for an internal fusion peptide in flavivirus envelope protein E // J. Virol.- 2001, — 75- P. 42 684 275.
- Alvarez D.E., Filomatori C.V., Gamarnik A.V. Functional analysis of dengue virus cyclization sequences located at the 5' and 3' UTRs // Virology.- 2008.- 375- P. 223−235.
- Amberg, S. M., A. Nestorowicz, D. W. McCourt, and С. M. Rice. NS2B-3 proteinase-mediated processing in the yellow fever virus structural region: in vitro and in vivo studies // J. Virol.- 1994.- 68- P. 3794−3802.
- Arias C.F., Preugscat F., Strauss J.H. Dengue 2 virus NS2B and NS3 form a stable complex that can cleave NS3 within the helicase domain // Virology.- 1993.- 193- P. 888 899.1. T*
- Barrett P.N., Schober-Bendixen S., Ehrlich H.J. History of TBE vaccines // Vaccine.-2003.- 21- S1/41-S1/49.
- Blaskovic D, Pucekova G, Kubinyi L. An epidemiological study of tick-borne encephalitis in the Tribec region: 1956−1963 // Bull. WHO.- 1967.- 36- P. 89−94.
- Bormane A., Lucenko I., Duks A., Mavtchoutko V., Ranka R., Salmina K., Baumanis V. Vectors of tick-borne diseases and epidemiological situation in Latvia in 1993−2002 // Int. J. Med. Microbiol.- 2004.- Vol. 293(37) — P. 36−47.
- Cahour A., Pletnev A., Vazielle F.M., Rosen L., Lai C.J. Growth-restricted dengue virus mutants containing deletions in the 5' noncoding region of the RNA genome // Virology.-1995, — 207- P. 68−76.
- Casati S., Gern L., Pifaretti J-C. Diversity of the population of tick-borne encephalitis virus infecting Ixodes ricinus ticks in an endemic area of central Switzerland (Canton Bern) // J. Gen. Virol.- 2006, — 87- P. 2235−2241.
- Cavalli-Sforza L.L., Edwards A.W.F. Phylogenetic analysis: models and estimation procedures // Evolution.- 1967.- 32- P. 550−570.
- Chambers T.J., Hahn C.S., Galler R, Rice C.M. Flavivirus genome organization, expression, and replication // Annu. Rev. Microbiol.- 1990.- 44- P. 649−688.
- Chang C.C., Hayashidani H., Pusterla N., Kasten R.W., Madigan J.E., Chomel B.B. Investigation of Bartonella infection in ixodid ticks from California // Comp. Immunol. Microbiol. Infect. Dis.- 2002.- 25- P. 229−236.
- Colombage G., Hall R., Pavy M., Lobigs M. DNA-based and alphavirus-vectored immunisation with prM and E proteins elicits long-lived and protective immunity against the flavivirus, Murray Valley encephalitis virus //Virology.- 1998.- 250- P- 151−163.
- Corver J., Lenches E., Smith K., Robison R.A., Sando T., Strauss E.G., and Strauss J.H. Fine mapping of a cis-acting sequence element in yellow fever virus RNA that is required for RNA replication and cyclization // J. Virol.- 2003.- 77- P. 2265−2270.
- Csango P.A., Blakstad E., Kirtz G.C., Pedersen J.E. and Czettsel B. Tick-borne encephalitis in Southern Norway // Emerg. Infect. Dis.- 2004.- 10- P. 533−534.
- Dumpis U., Crook D., Oksi J. Tick-borne encephalitis // Clin. Inf. Dis.- 1999.- 28- P. 882−890.
- Ebel G.D., Kramer L.D. Short report: duration of tick attachment required for transmission of Powassan virus by deer ticks // Am. J. Trop. Hyg.- 2004.- 71(3) — P. 268 271.
- Ecker M. Allison S.L., Meixner T. and Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia // J. Gen. Virol.-1999.- 80-P. 179−185.
- Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: an approach using the bootstrap // Evolution.- 1985.- 39- P. 787−791.
- Felsenstein J. Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability // Annu. Rev. Genet.- 1988.- 22- P. 521−565.
- Felsenstein J., Churchill G.A. A Hidden Markov Model approach to variation among sites in rate of evolution // Mol. Biol. Evol.-1996.-.13- P. 93−104.
- Filomatori C.V., Lodeiro M.F., Alvarez D.E., Samsa M.M., Pietrasanta L., Gamarnik A.V. A 5' RNA enement promotes dengue virus synthesis on a circular genome // Genes Dev.- 2006.- 20- P. 2238−2249.
- Fitch W.M. Towards defining the course of evolution: Minimum change for a specific tree topology // Systematic Zoology.- 1971.- 20- P. 406−416.
- Gorbalenya A.E., Donchenko A.P., Koonin E.V., Blinov V.M. N-terminal domains of putative helicases of flavi- and pestiviruses may be serine proteases // Nucl. Acids Res.-1989, — 17- P. 3889−3897.
- Gould E.A. Virus cryopreservation and storage // Meth. Mol. Biol.- 1995.- 38- P. 7−20.
- Gray J.S. Babesia sp.: emerging intracellular parasites in Europe // Pol. J. Microbiol.-2004.- 53- P. 55−60.
- Gritsun T.S., Lashkevich V.A. and Gould E.A. Tick-borne encephalitis // Antiviral Res.-2003a.- 57- P. 129−146.
- Gritsun T.S. Gould E.A. The 3' unrtanslated region of tick-borne flaviviruses originated by the duplication of long repeat sequences within the open reading frame // Virology.-2006a.- 350- P. 269−275.
- Gritsun T.S. Gould E.A. The 3' untranslated regions of Kamiti River virus and cell fusing agent virus originated by self-duplication // J. Gen. Virol.- 2006b.- 87- P. 2615−2619.
- Gritsun T.S. Gould E.A. Direct repeats in the 3' untranslated regions of mosquito-borne flaviviruses: possible implications for virus transmission // J. Gen. Virol.- 2006c.- 87- P. 3297−3305.
- Gritsun T.S. Gould E.A. Direct repeats in the flavivirus 3' untranslated region- a strategy for survival in the environment // Virology.- 2007a.- 358- P. 258−265.
- Gritsun T.S. Gould E.A. Origin and evolution of flavivirus 5' UTRs and panhandles: trans-terminal duplications? // Virology.- 2007b.- 366- P. 8−15.
- Haglund M., Gunther G. Tick-borne encephalitis — pathogenesis, clinical course and long-term follow-up //Vaccine.- 2003.- 21- Sl/11-S1/18.
- Hanada K., Suzuki Y., Gojobori T. A large variation in the rates of synonymous substitution for RNA viruses and its relationship to a diversity of viral infection and transmission modes // Mol. Biol. Evol.- 2004.- 21- P. 1074−1080.
- Hayasaka D., Ivanov L., Leonova G.N., Goto A., Yoshii K., Mizutani T., Kariwa H. and Takashima I. Distribution and characterization of tick-borne encephalitis viruses from Siberia and Far-Eastern Asia// J. Gen. Virol.- 2001.- 82- P. 1319−1328.
- Hayasaka D., Goto A., Yoshii K., Mizutani T., Kariwa H., Takashima I. Evaluation of European tick-borne encephalitis virus vaccine against recent Siberian and far-eastern subtype strains //Vaccine.- 2001, — 19- P. 4774−4779.
- Hendy M.D., Penny D. Branch and bound algorithms to determine minimal evolutionary trees // Mathematical Biosciences.- 1982.- 59- P. 277−290.
- Heinz F.X. and Kunz C. Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis virus: peptide mapping of large non-structural proteins of European isolates and comparison with other flaviviruses // J. Gen. Virol.- 1982.- 62- P. 271−285.
- Heinz F.X. Molecular aspects of TBE virus research // Vaccine.- 2003.- 21- S1/3-S1−10.
- Heinz, F. X., and S. L. Allison. Flavivirus structure and membrane fusion // Adv. Virus Res.- 2003.- 59-P. 63−97.
- Heinz F.X., Kunz C. Tick-borne encephalitis and impact of vaccination // Arch. Virol.-2004, — 18- P. 201−205.
- Hewson R.A. RNA viruses: emerging vectors for vaccination and gene therapy // Molecular Medicine Today.- 2000.- 6- P. 18−35.
- Hilpertshauser H., Deplazes P., Schnyder M., Gern L., Mathis A. Babesia spp. identified by PCR in ticks collected from domestic and wild ruminants in Southern Switzerland // Appl. Environ Microbiol.- 2006.- 72(10) — P. 6503−6507.
- Hillis D.M., Bull J.J. An empirical test of bootstrapping as a method for assessing confidence in phylogenetic analysis // Syst. Biol.- 1993.- 42- P. 182−192.
- Heibz F.X. Molecular epidemiology of tick-borne encephalitis virus: cross-protection between European and Far Eastern subtypes // Vaccine.- 1992.- 10- P. 345−349.
- Holzmann H., Stiasny K., Ecker M. Kunz C, Heinz F.X. Characterization of monoclonal antibody-escape mutants of tick-borne encephalitis virus with reduced neuroinvasiveness in mice // J. Gen. Virol.- 1997.- 78- P. 31−37.
- Jenkins G.M., Rambaut A., Pybus O.G., Holmes E.C. Rates of molecular evolution in RNA viruses: a quantitative phylogenetic analysis // J. Mol. Evol.- 2002, — 54- P. 156−165.
- Jones L.D., Davies C.R., Steele G.M., Nuttal P.A. A novel mode of arbovirus transmission involving a nonviremic host // Science.- 1987.- 237- P. 775−777.
- Jukes T.H., Cantor C.R. Evolution of protein molecules / Mammalian Protein Metabolism. Edited by H. N. Munro. -Acad. Press., NY London, 1996, P. 21−132.
- Karabatsos N. General characteristics and antigenic relationships / Monath T.P. (Ed.), St. Louis Encephalitis., -APHA, Washington DC.- 1980.- P. 159−200.
- Karbowiak G., Stanko M., Rychlik L., Nowakowski W., Siuda K. The new data about zoonotic reservoir of Babesia Microti in small mammals in Poland // Acta Parasitologic^- 1999.- 44- P. 142−144.
- Kjemtrup, A.M., Conrad P.A. Human babesiosis: an emerging tick-borne disease // Int. J. Parasitol.- 2000, — 30- P. 1323−1337.
- Khromykh A.A., Meka H., Guyatt K.J., Westaway E.G. Essential role of cyclisation sequences in flavivirus RNA replication // J. Virol.- 2001, — 75- P. 6719−6728.
- Khromykh A.A., Kondratieva N., Sgro J-Y., Palmenberg A., Westaway E.G. Significance in replication of the terminal nucleotides of the flavivirus genome // J. Virol.- 2003, — 77(19) — P. 10 623−10 629.
- Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rates of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences // J. Mol. Evol.- 1980.- 16- P. 111 120.
- Koonin E.V. Computer-assisted identification of a putative methyl transferase domain in NS5 protein of flaviviruses and lambda 2 protein of reovirus // J. Gen. Virol.- 1993.- 74-P. 733−740.
- Korenberg E.I., Kovalevskii Y.V. Main features of tick-borne encephalitis eco-epidemiology in Russia//Z. Bakteriol.- 1999a.- Bd. 289- P. 525−539.
- Korenberg E.I., Kovalevskii Y.V., Karavanov A.S., Moskvitina G.G. Mixed infection by tick-borne encephalitis virus and Borrelia in ticks // Med. Vet. Entomol.- 1999b.- 13- P. 204−208.
- Korenberg E., Likhacheva T. Analysis of the long-term dynamics of tick-borne encephalitis (TBE) and ixodid tick-borne borrelioses (ITBB) morbidity in Russia //Int. J. Med. Microbiol.- 2006, — 296- P. 54−58.
- Kuno G., Chang G.-J., Tsuchiya K.R., Karabatsos N., Cropp C.B. Phylogeny of the genus Flavivirus // J.Virol.- 1998, — 72- P. 73−83.
- Kunz C. TBE vaccination and the Austrian experience // Vaccine.- 2003.- 21- Sl/50-Sl/55.
- Li, W.H., Wu C.I., Luo C.C. A new method for estimating synonymous and nonsynonymous rates of nucleotide substitution considering the relative likelihood of nucleotide and codon changes // Mol. Biol. Evol.- 1985.- 2- P. 150−174.
- Li W.H., Tanimura M. The molecular clock runs more slowly in man than in apes and monkeys //Nature.- 1987.- 326- P. 93−96.
- Li W.H., Tanimura M., Sharp P.M. Rates and dates of divergence between AIDS virus nucleotide sequences // Mol. Biol. Evol.- 1988, — 5(4) — P. 313−330.
- Li Yu, Nomaguchi M., Padmanabhan R., Markoff L. Specific requirements for elements of the 5' and 3' terminal regions in flavivirus RNA synthesis and viral replication // Virology.- 2008, — 374- P. 170−185.
- Mackensie J.M., Khromykh A.A., Jones M.K., Westaway E.G. Subcelluar localization and some biochemical properties of the Flavivirus Kunjin nonstructural proteins NS2A and NS4A //Virology.- 1998.- 245- P. 203−215.
- Majlathova V., Majlath I., Derdakova M., Vichova B., Pet’ko B. Borrelia lusitaniae and green lizards (Lacerta viridis), Karst Region, Slovakia // Emerg. Infect. Dis.- 2006.- 12-P. 1895−1901.
- Mandl C.W., Holzmann H., Kunz C., Heinz F.X. Complete genomic sequence of Powassan virus: evaluation of genetic elements in tick-borne versus mosquito-borne flaviviruses// Virology.- 1993.- 194-P. 173−184.
- Mandl C.W., Ecker M., Holzmann H., Kunz C., Heinz F.X. Infectious cDNA clones of tick-borne encephalitis virus European subtype prototypic strain Neudoerfl and high virulence strain Hypr // J.Gen. Virol.- 1997.- 78- P. 1049−1057.
- Mandl C.W., Alison S.L., Holzman H., Meixner T., Heinz F.X. Attenuation of tick-borne encephalitis by sructure-based site-specific mutagenesis of putative flavivirus receptor binding site //J. Virol.- 2000, — 74(20) — P. 9601−9609.
- McMinn P.C. The molecular basis of virulence of the encephalitogenic flaviviruses // J. Gen. Virol.- 1997.- 78- P. 2711−2722.
- Mediannikov O.Y., Sidelnikov Y., Ivanov L., Mokretsova E., Fournier E.L., Tarasevich I., Raoult D. Acute tick-borne rickettsiosis caused by Rickettsia Heilongjiangensis in Russian Far East // Emerg. Infect. Dis.- 2004.- 10(5) — P. 810−817.
- Mediannikov, O., Matsumoto, K., and Fournier, P.-E. Rickettsia raoultii, a potential human pathogen // Submitted (16-JAN-2006) Unite des Rickettsies, Universite de la Mediterranee, 27 Blvd. Jean Moulin, Marseilles 13 385, France.
- Meer-Scherrer L., Adelson M., Mordechai E., Lottaz B., Tilton R. Babesia microti infection in Europe // Curr. Microbiol.- 2004.- 48(6) — P. 435−437.
- Monath T.P., Heinz F.X. Flaviviruses / Fields Virology, 3-d Edition ed. by B.N. Fields, D.M. Knipe, P.M. Howley, et al. -Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996- P. 961−1034.
- Morozova O.V., Cabello F.C., Dobrotvorsky A.K. Seminested PCR detection of Bartonella henselae in Ixodes persulcatus ticks from Western Siberia, Russia // Vector Borne Zoonotic Dis.- 2004.- 4- P. 306−309.
- Mukhopadhyay, S., R. J. Kuhn, and M. G. Rossmann. A structural perspective of the flavivirus life cycle //Nat. Rev. Microbiol.- 2005.- 3- P. 13−22.
- Muylaert I.R., Galler R.G., Rice C.M. Mutagenesis of the N-linked glycosylation sites of the yellow fever virus NS1 protein: Effects on virus replication and mouse neurovirulence // Virology.- 1996, — 222- P. 159−168.
- Muse S.V. Evolutionary analysis of DNA sequences subject to constraints on secondary structure // Genetics.- 1995.- 139- P. 1429−1439.
- Ng M.L., Hong S.S. Flavivirus infection: Essential ultrastructural changes and association of Kunjin virus NS3 protein with microtubules // Arch.Virol.- 1989.-106- P. 103−120.
- Pletnev A.G. Yamshchikov V.F. and Blinov V.M. Tick-borne encephalitis virus genome //FEBS.- 1986.- 200(2) — P. 317−321.
- Popovnikova T.V. Specific clinical and epidemiological features of tick-borne encephalitis in Western Siberia // Int. J. Med. Microbiol.- 2006.- 296- P. 59−62.
- Protopopova E.V., Sorokin A.V., Konovalova S.N., Kachko A.V., Netesov S.V., Loktev V.B. Human laminin binding protein as a cell receptor for the tick-borne encephalitis virus // Zent. Bl. Bakteriol.- 1999.- 289- P. 632−638.
- Rey F.A., Heinz F.X., Mandl C., Kunz C., Harrison S.C. The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2A resolution //Nature.- 1995.- 375- P. 291−298.
- Rice C.M. Flaviviridae: The Viruses and Their Replication // Fields Virology. 3-d Edition ed. by D.N. Fields, D.M. Knipe, P.M. Howley, et al. -Lippincott-Raven Publishers, Philadelphia, 1996, p. 931- 959.
- Roehrig J.T. Antigenic structure of flavivirus proteins // Adv. Virus Res.- 2003.- 59- P. 141−175.
- Russell P.K., Brandt W.E., Dalrymple J.M. Chemical and antigenic structure of flaviviruses / Schlesinger RW, eds. The Togaviruses: Biology, Structure, Replication. -New York: Academic Press, 1980, P. 503−529.
- Ruzek D., St’asna H., Kopecky J., Golovljova I., Grubhoffer L. Rapid subtuping of tickborne encephalitis virus isolates using multiplex RT-PCR // J. Virol. Methods.- 2007.-144-P. 133−137.
- Rzhetsky A. Nei M. A simple method for estimating and testing minimum-evolution trees // Mol. Biol. Evol.- 1992.- 9- P. 945−967.
- Saitou N., Nei M. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees // Mol. Biol. Evol.- 1987.- 4- P. 406−425.
- Sanderson M.J. Objections to bootstrapping phylogenies: A critique // Syst. Biol.- 1995.44- P. 299−320.
- Sanderson M.J. Wojciechowski M.F. Improved bootstrap confidence limits in large-scale phylogenies, with an example from Neo-Astragalus (Leguminosae) // Syst. Biol.- 2000.-49-P. 671−685.
- Schmidt H.A., Strimmer K., Vingron M., von Haeseler A. TREE-PUZZLE: maximum likelihood phylogenetic analysis using quartets and parallel computing // Bioinformatics.-2002.- 18- P. 502−504.
- Shimodaira H., Hasegawa, M. Multiple comparisons of log-likelihoods with applications to phylogenetic inference // Mol. Biol. Evol.- 1999.- 16- P. 1114−1116.
- Schrader C., Suss J. A nested RT-PCR for the detection of tick-borne encephalitis virus (TBEV) in ticks in natural foci // Zentralbl. Bakteriol.- 1999, — 289- P. 319−328.
- Smith R.P., Muzaffar S.B., Lavers J., Lacombe J.H., Cahill B.K., Lubelczyk B. K, Kinsler A., Mathers A.J., Rand P.W. Borrelia garinii in seabird ticks (Ixodes uriae), Atlantic Coast, North America//Emerg. Infect. Dis.- 2006, — 12- P. 1909−1912.
- Skarpaas T., Ljostad U. and Sundoy A. First human cases of tick-borne encephalitis, Norway // Emerg. Infect. Dis.- 2004, — 10- P. 2241−2243.
- Stadler, K., S. L. Allison, J. Schalich, and F. X. Heinz. Proteolytic activation of tickborne encephalitis virus by furin // J. Virol.- 1997.- 71- P. 8475−8481.
- Stiasny K., Kossl C., Lepault J., Rey F.A., Heinz F.X. Characterization of a structural intermediate of flavivirus membrane fusion // PLOS Feb.- 2007.- 3(2) — P. 191−199.
- Suss J. Epidemiology and ecology of TBE relevant to the production of effective vaccines // Vaccine.- 2003.- 21 S1 /19-S1 -35.
- Suzuki Y. Multiple transmissions of tick-borne encephalitis virus between Japan and Russia // Genes Genet. Syst.- 2007.- 82- P. 187−195.
- Tajima F. Simple methods for testing the molecular evolutionary clock hypothesis // Genetics.- 1993.- 135- P. 599−607.
- Tamura K., Nei M. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees // Mol. Biol. Evol.- 1993.- 10-P. 512−526.
- Ternovoi V.A., Protopopova E.V., Chausov E.V., Novikov D.V., Leonova G.N., Netesov S.V. and Loktev V.B. Novel variant of Tick-borne encephalitis virus, Russia // Emerg.
- Infect. Dis.-2007, — 13-P. 1574−1578.
- Thorne J.L., Kishino H., Felsenstein, J. Inching toward reality: an improved likelihood model of sequence evolution // J. Mol. Evol.- 1992.- 34- P. 3−16.
- Thorne J.L., Goldman, N., Jones, D.T. Combining protein evolution and secondary structure // Mol. Biol. Evol.- 1996.- 13- P. 666−673.
- Wallner G., Mandl C.W., Ecker M., Holzmann H., Stiasny K., Kunz C. and Heinz F.X. Characterization and complete genome sequences. of high- and low- virulence variants of tick-borne encephalitis virus // J. Gen. Virol.- 1996.- 77- P. 1035−1042.
- Westaway E.G., Khromykh A.A., Kenney M.T., Mackenzie J.M., Jones M.K. Proteins C and NS4B of the Flavivirus Kunjin translocate independently into the nucleus // Virology.- 1997, — 234- P. 31−41.
- Zanotto P.M., Gao G.F., Gritsun T., Marin M.S., Jiang W.R., Venugopal K., Reid H.W., Gould E.A. An arbovirus cline across the northern hemisphere // Virology.- 1995.- 210-P. 152−159.
- Zanotto P.M., Gould E.A., Gao G.F., Harvey P.H., Holmes E.C. Population dynamics of flaviviruses revealed by molecular phylogenies // Proc. Nat. Acad. Sei. USA.- 1996.- 93-P.548−553.
- Zharkikh A., Li W.H. Statistical properties of bootstrap estimation of phylogenetic variability from nucleotide sequences: II. Four taxa without a molecular clock // J. Mol. Evol.- 1992.-35- P. 356−366.