Аномальные изменения картины метилирования геномной ДНК при хроническом В-клеточном лимфолейкозе
Диссертация
В настоящее время происходит существенный пересмотр представлений об этиологии опухолей в связи с обнаружением значительных эпигенетических нарушений во всех изученных типах новообразований. К эпигенетическим модификациям клетки относят картину метилирования геномной ДНК и паттерн модификаций хроматина. Эпигенетические модификации определяют митотически наследуемые изменения функции генов… Читать ещё >
Содержание
- Список сокращений и обозначений. g
- ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.,
- 1. 1. ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕХАНИЗМЫ ОНКОГЕНЕЗА
- 1. 1. 1. Картина метилирования геномной ДНК (метилом) как эпигенетическая программа клеток
- 1. 1. 1. 1. Неполнота генетической информации и концепция эпигенома
- 1. 1. 1. 2. Природа эпигенетических модификаций
- 1. 1. 1. 2. 1. Нормальная картина метилирования геномной ДНК.¡
- 1. 1. 1. 2. 2. Роль ДНК-метилтрансфераз в формировании метилома
- 1. 1. 1. 2. 3. Ковалентные модификации гистонов. Гипотеза гистонового кода. j
- 1. 1. 1. 3. Механизм репликации и взаимосвязь разных типов эпигенетических модификаций в клетке
- 1. 1. 1. 4. Реализация эпигенетической информации
- 1. 1. 2. Аномальные изменения метилома и их роль в этиологии и патогенезе опухолей, jg
- 1. 1. 2. 1. Ограниченность генетической (мутационной) модели онкогенеза. g
- 1. 1. 2. 2. Локальное гиперметилирование CpG-островков de novo как эпигенетический механизм инактивации генов-супрессоров
- 1. 1. 2. 3. Общее деметилирование ДНК — фактор нестабильности генома
- 1. 1. 2. 4. Системы передачи онкогенных сигналов в клетке
- 1. 1. 2. 4. 1. Роль протоонкогенов и генов-супрессоров в системе передачи сигналов в клетке
- 1. 1. 2. 4. 2. Направленный характер эпигенетической инактивации генов-супрессоров
- 1. 1. 2. 4. 3. Сигнальный путь Wnt: митогенные и антиапоптотические сигналы
- 1. 1. 2. 4. 4. Сигнальный путь Jak/STAT: регуляция цитокинами
- 1. 1. 2. 4. 5. Сигнальный путь Ras: контроль апоптоза
- 1. 1. 3. Анализ картины метилирования ДНК для ранней диагностики и прогноза онкологических заболеваний
- 1. 1. 3. 1. Онкомаркеры в молекулярной клинической диагностике опухолей
- 1. 1. 3. 1. 1. Критерии идеального онкомаркера
- 1. 1. 3. 1. 2. Чувствительность, специфичность и прогностические показатели маркеров опухоли
- 1. 1. 3. 1. 3. Маркеры метилирования ДНК в биологических жидкостях для диагностики и прогноза онкозаболеваний
- 1. 1. 3. 1. 4. Эпигенетическая классификация опухолей
- 1. 1. 4. Эпигенетическая терапия опухолей: деметилирующие агенты как противоопухолевые химиотерапевтические средства
- 1. 1. 5. Основные подходы к экспериментальному анализу картины метилирования ДНК
- 1. 1. 5. 1. Общие принципы дискриминации цитозина и 5-метилцитозина
- 1. 1. 5. 2. Методы локального эпигенетического анализа
- 1. 1. 5. 3. Методы крупномасштабного эпигенетического анализа
- 1. 1. 1. Картина метилирования геномной ДНК (метилом) как эпигенетическая программа клеток
- 1. 1. ЭПИГЕНЕТИЧЕСКИЕ МЕХАНИЗМЫ ОНКОГЕНЕЗА
- 1. 2. МОЛЕКУЛЯРНЫЕ МЕХАНИЗМЫ ПАТОГЕНЕЗА ХРОНИЧЕСКОГО В-КЛЕТОЧНОГО ЛИМФОЛЕЙКОЗА (В-ХЛЛ)
- 1. 2. 1. В-ХЛЛ — нозологическая форма зрелоклеточных опухолей из В-лимфоцитов
- 1. 2. Л. 1. Механизмы нормальной дифференцировки и активации В-клеток
- 1. 2. 1. 2. Стадии В-ХЛЛ
- 1. 2. 1. 3. Роль цитогенетических изменений в патогенезе В-ХЛЛ
- 1. 2. 1. 4. Основные молекулярные нарушения и новые прогностические факторы В-ХЛЛ
- 1. 2. 1. 5. Роль В-клеточного рецептора и сигналов от микроокружения в прогрессии В-ХЛЛ
- 1. 2. 1. 6. Гипотетическая модель происхождения и эволюции клона В-ХЛЛ
- 1. 2. 2. Крупномасштабный профиль экспрессии генов в клетках В-ХЛЛ.5]
- 1. 2. 3. Эпигенетические изменения при В-ХЛЛ
- 1. 2. 3. 1. Различия общего уровня метилирования ДНК в формах В-ХЛЛ с разным мутационным статусом генов иммуноглобулинов
- 1. 2. 3. 2. Гиперметилирование промоторных Срв-островков некоторых генов
- 1. 2. 3. 3. Крупномасштабный анализ метилома в клоне В-ХЛЛ
- 2. 1. Цель и задачи исследования
- 2. 2. Объекты и методы исследования
- 2. 2. 1. Объекты исследования
- 2. 2. 2. Методы исследования
- 2. 2. 2. 1. Забор периферической крови
- 2. 2. 2. 2. Селекция В-лимфоцитов
- 2. 2. 2. 3. Выделение геномной ДНК
- 2. 2. 2. 4. Модификация ДНК бисульфитом натрия
- 2. 2. 2. 5. Разработка олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации ДНК, метилспецифичной ПЦР и бисульфитного секвенирования
- 2. 2. 2. 6. Условия ПЦР-амплификации
- 2. 2. 2. 7. Определение концентрации ПЦР-продуктов денситографически
- 2. 2. 2. 8. Очистка ПЦР-продуктов
- 2. 2. 2. 9. Метилирование ДНК in vitro
- 2. 2. 2. 10. Мечение ДНК биотином
- 2. 2. 2. 11. Проектирование олигонуклеотидного состава ДНК-чипов
- 2. 2. 2. 12. Синтез олигонуклеотидных ДНК-чипов in situ
- 2. 2. 2. 13. Гибридизация, отмывание и детекция флуоресцентных сигналов
- 2. 2. 2. 14. Анализ флуоресцентных сигналов
- 2. 2. 2. 15. Бисульфитное секвенирование ДНК
- 2. 2. 3. Статистическая обработка экспериментальных данных
- 2. 3. Полученные результаты и их обсуждение
- 2. 3. 1. Разработка высокопроизводительного метода определения картины метилирования ДНК посредством гибридизации на олигонуклеотидных ДНК-чипах
- 2. 3. 1. 1. Гены-кандидаты для анализа метилирования при B-XJIJI
- 2. 3. 1. 2. Схема типичного эксперимента по гибридизации на ДНК-чипе
- 2. 3. 1. 3. Получение ДНК разной степени метилирования
- 2. 3. 1. 4. Способность олигонуклеотидных зондов дискриминировать ДНК разной степени метилирования
- 2. 3. 1. 5. Высокая воспроизводимость результатов
- 2. 3. 1. 6. Отбор эффективно дискриминирующих олигонуклеотидных зондов
- 2. 3. 1. 7. Прямое сравнение индексов метилирования ДНК в контрольной и клинической пробах
- 2. 3. 2. Гибридизационный анализ картины метилирования ДНК в опухолевых клетках при В-ХЛЛ
- 2. 3. 2. 1. Олигонуклеотидные чипы для анализа метилирования ДНК
- 2. 3. 2. 2. Разработка олигонуклеотидных праймеров для ПЦР-амплификации модифицированной бисульфитом ДНК и оптимизация условий проведения ПЦР
- 2. 3. 2. 3. Подготовка пробы ДНК больных для гибридизации на чипах
- 2. 3. 2. 4. Аберрантное гиперметилирование промоторно-экзонных CpG-островков
- 2. 3. 1. Разработка высокопроизводительного метода определения картины метилирования ДНК посредством гибридизации на олигонуклеотидных ДНК-чипах
- 2. 3. 2. 5. Шесть аномально метилированных генов в клетках B-XJIJI кодируют белковые компоненты онкогенного сигнального пути Wnt
- 2. 3. 3. Анализ метилирования генов негативных регуляторов сигнальных путей Wnt, Jak/STAT и Ras с использованием бисульфитного секвенирования и метилспецифичной ПЦР
- 2. 3. 3. 1. Высокая частота аномального метилирования генов ингибиторов пути
- 2. 3. 3. 2. Гены компонентов белкового комплекса деградации р-катенина АРС и GSK3B неметилированы при В-ХЛЛ
- 2. 3. 3. 3. Гены негативных регуляторов систем передачи сигналов Jak/STAT и Ras полностью неметилированы при В-ХЛЛ
- 2. 3. 3. 4. Анализ связи характера метилирования генов DKK1, PYGOl, SFRP1 и WIF1 с факторами прогноза В-ХЛЛ
- 2. 3. 3. 3. Гены негативных регуляторов систем передачи сигналов Jak/STAT и Ras полностью неметилированы при В-ХЛЛ
Список литературы
- Аномальное метилирование генов-супрессоров опухолевого роста имикросателлситная нестабильность в предраковых состояниях шейки матки / Т. В. Кекеева и др. // Молекуляр. биология. 2006. — Т. 40, № 2. — С. 224−230.
- Аномальное метилирование некоторых генов-супрессоров при спорадическом ракемолочной железы / В. В. Землякова и др. // Молекуляр. биология. 2003. -Т. 37, № 4. — С. 696−703.
- Биологические микрочипы, содержащие иммобилизованные в гидрогеленуклеиновые кислоты, белки и другие соединения: свойства и приложения в геномике / В. Барский и др. // Молекуляр. биология. 2002. — V. 36, № 4. -Р. 563−584.
- Ванюшин Б. Ф. Энзиматическое метилирование ДНК эпигенетический контроль загенетическими функциями клетки / Б. Ф. Ванюшин // Биохимия. 2005. — Т. 70, № 5.-С. 598−611.
- Глик Б. Молекулярная биотехнология: принципы и применение / Б. Глик, Дж.
- Пастернак. М.: Мир, 2002. — 589 с.
- Диагностика эпигенетической патологии при наследственных и онкологическихзаболеваниях / Д. В. Залетаев и др. // Молекуляр. биология. 2004. — Т. 38, № 2. -С. 213−223.
- Москалёв Е. А. Методы определения картины метилирования геномной ДНК приканцерогенезе: от отдельных нуклеотидов к метилому / Е. А. Москалёв, А. Т. Епринцев, J. D. Hoheisel // Молекуляр. биология. 2007. — Т. 41, №. 5. — С. 793−807.
- Изменение метилирования ДНК лимфоцитов крупного рогатого скота прихроническом лимфолейкозе / Н. Н. Бурцева и др. // Биохимия. 1977. — Т. 42. -С. 1690−1696.
- Канцерогенез: Руководство / Под ред. Д. Г. Заридзе. М.: Медицина, 2004. — С. 191−203.
- Киселёва Н. П. 2005. Деметилирование ДНК и канцерогенез / Н. П. Киселева,
- Ф. Л. Киселев // Биохимия. Т. 70, № 7. — С. 900−911.
- Кольман Я. Наглядная биохимия / Я. Кольман, К.-Г. Рём. М.: Мир, 2000. — 469 с.
- Лакин Г. Ф. Биометрия / Г. Ф. Лакин. 4-е издание. — М.: Высш. школа, 1990. — 352 с.
- Маршалл В. Дж. Клиническая биохимия / В. Дж. Маршалл. М. — СПб.:
- Издательство БИНОМ"-«Невский Диалект», 1999. 368 с.
- Метилирование предполагаемого гена-супрессора RASSF1 в опухолях шейки матки / А.
- В. Малюкова и др. // Молекуляр. биология. 2004. — Т. 38, № 6. — С. 1005−1013.
- Молекулярная клиническая диагностика. Методы / Под ред. С. Херрингтона,
- Дж. Макги. М: Мир, 1999. — 560 с.
- Никитин Е. А. Прогностическое значение мутаций вариабельного регионаиммуноглобулинов при хроническом лимфолейкозе: Автореф. дис. на соискание учен. степ. канд. мед. наук / Е. А. Никитин. Москва, 2001. — 24 с.
- Онкомаркеры, их характеристика и некоторые аспекты клинико-диагностическогоиспользования / М. JI. Алексеева // Проблемы репродукции. 2005. — № 3. — 65−79.
- Ройт А. Иммунология / А. Ройт, Дж. Бростофф, Д. Мейл. М.: Мир, 2000. — 592 с.
- Руководство по гематологии / Под ред. А. И. Воробьёва. М.: Ньюдиамед, 2003.1. Т. 2. 280 с.
- Сингер М. Гены и геномы / М. Сингер, П. Берг. М.: Мир, 1998. — Т. 1. — 373 с.
- Уровень метилирования промоторной области гена RASSF1A в первичныхэпителиальных опухолях / В. И. Логинов и др. // Молекуляр. биология. 2004. — Т. 38, № 4. — С. 654−667.
- Функциональная патология генов RB1 и pio в ретинобластомах / О. В. Бабенко идр. // Молекуляр. биология. 2002. — Т. 36, № 5. — С. 777−783.
- A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells /
- B. E. Bernstein et al. // Cell. 2006. — V. 125, № 20. — P. 315−326.
- A genomic sequencing protocol that yields a positive display of 5-methylcytosine residuesin individual DNA strands / M. Frommer et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. -V. 89, № 5.-P. 1827−1831.
- A mammalian protein with specific demethylase activity for mCpG DNA /
- S. K. Bhattacharya et al. // Nature. 1999. — V. 397, № 6720. — P. 579−583.
- A new prognostic classification of chronic lymphocytic leukemia derived from amultivariate survival analysis / J. L. Binet et al. // Cancer. 1981. — V. 48, № 1. — P. 198−206.
- A quantitative Hpall-PCR assay to measure methylation of DNA from a small number ofcells / J. Singer-Sam et al. // Nucleic Acids Res. 1980. — V. 18, № 3. — P. 687.
- A stem cell-like chromatin pattern may predispose tumor suppressor genes to DNAhypermethylation and heritable silencing / J. E Ohm et al. // Nat. Genet. 2007. -V. 39, № 2. — P. 237−242.
- A targeting sequence directs DNA methyltransferase to sites of DNA replication inmammalian nuclei / H. Leonhardt et al. // Cell. 1992. — V. 71, № 5. — P. 865−873.
- Aberrant CpG island hypermethylation of chronic gastritis, in relation to aging, gender, intestinal metaplasia, and chronic inflammation / G. H. Kang et al. // Am. J. Pathol. -2003. V. 163, № 4. — P. 1551−1556.
- Aberrant methylation of RASGRF2 and RASSF1A in human non-small cell lung cancer /
- H. Chen et al. //Oncol. Rep. 2006. — V. 15, № 5. — P. 1281−1285.
- Aberrant methylation of RASSF4/AD037 in nasopharyngeal carcinoma / L. S. Chow //
- Oncol. Rep. 2004. — V. 12, № 4. — P.781−787.
- Aberrant methylation of suppressor of cytokine signalling-1 (SOCS-1) gene in pancreaticductal neoplasms / N. Fukushima et al. // Br. J. Cancer. 2003. — V. 89, № 2. — P. 338−343.
- Aberrant methylation of the negative regulators RASSFIA, SHP-1 and SOCS-1 inmyelodysplastic syndromes and acute myeloid leukaemia / M. F. Johan et al. // Br J Haematol. 2005. — V. 129, № 1. — P. 60−65.
- Aberrant methylation of the Wnt antagonist SFRP1 in breast cancer is associated withunfavourable prognosis / J. Veeck et al. // Oncogene. 2006. — V. 25, № 24, 34 793 488.
- Aberrant promoter hypermethylation and silencing of the critical 3p21 tumour suppressorgene, RASSF1A, in Chinese oesophageal squamous cell carcinoma / M. L. Wong et al. // Int. J. Oncol. 2006. — V. 28, № 3. — P. 767−773.
- Aberrant promoter hypermethylation of multiple genes in gallbladder carcinoma andchronic cholecystitis / T. Takahashi et al. // Clin. Cancer. Res. 2004. — V. 10, № 18 Pt 1. — P. 6126−6133.
- Aberrant promoter methylation profiles of tumor suppressor genes in hepatocellularcarcinoma / B. Yang et al. // Am. J. Pathol. 2003. — V. 163, № 3. — P. 1101−1107.
- Abnormalities of the APC/beta-catenin pathway in endometrial cancer / G. Moreno-Buenoet al. // Oncogene. 2002. — V. 21, № 52. — P. 7981−7990.
- Abundant hypermethylation of SOCS-1 in clinically silent pituitary adenomas / R. Busleiet al. // Acta Neuropathol. (Berl). 2006. — V. 111, № 3. — P. 264−271.
- Activated proliferation of B-cell lymphomas/leukemias with the SHP1 gene silencing byaberrant CpG methylation / M. Koyama et al. // Lab. Invest. 2003. — V. 83, № 12. -P. 1849−1858.
- Activated proliferation of B-cell lymphomas/leukemias with the SHP1 gene silencing byaberrant CpG methylation / M. Koyama et al. // Laboratory Investigation. 2003. -V. 83, № 12.-P. 1849−1858.
- Activation of the Wnt signaling pathway in chronic lymphocytic leukemia / D. Lu, Y.
- Zhao, R. Tawatao et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. — V. 101, № 9. -P. 3118−3123.
- Activity of the suppressor of cytokine signaling-3 promoter in human non-small-cell lungcancer / B. He et al. // Clin. Lung. Cancer. 2004. — V. 5, № 6. — P. 366−370.
- Agathanggelou A. Role of the Ras-Association domain family 1 in tumor /
- A. Agathanggelou, W. N. Cooper, F. Latif // Cancer Res. 2005. — V. 65, № 9. — P. 3497−3508.
- Allele-specific hypermethylation of the retinoblastoma tumor-suppressor gene / T. Sakaiet al. // Am. J. Hum. Genet. 1991. — V. 48, № 5. — P. 880−888.
- Allelic silencing at the tumor-suppressor locus 13ql4.3 suggests an epigenetic tumorsuppressor mechanism / D. Mertens et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006. -V. 103,№ 20.-P. 7741−7746.
- Alterations of the Wnt signaling pathway during the neoplastic progression of Barrett’sesophagus / G. Clement et al. // Oncogene. 2006. V. 25, № 21. — P. 3084−3092.
- An autocrine mechanism for constitutive Wnt pathway activation in human cancer cells /
- A. Bafico et al. // Cancer Cell. 2004. — V. 6, № 5. — P. 497−506.
- Analysis of adenomatous polyposis coli promoter hypermethylation in human cancer /
- M. Esteller et al. // Cancer Res. 2000. — V. 60, № 16. — P. 4366−4371.
- Antequera F. Structure, function and evolution of CpG island promoters / F. Antequera //
- Cell. Mol. Life Sci. 2003. — V. 60, № 8. — P. 1647−1658.
- Antisense suppression of Pygopus 2 results in growth arrest of epithelial ovarian cancer / C.
- M. Popadiuk et al. // Clin. Cancer Res. 2006. — V 12, № 7 Pt. 1. — P. 2216−2223.
- APC, beta-catenin, and E-cadherin and the development of recurrent endometrialcarcinoma / J.M. Pijnenborg et al. // Int. J. Gynecol. Cancer. 2004. — V. 14, № 5. -P. 947−956.
- Apoptosis and cancer therapy / Eds. K. M. Debatin, S. Fulda. Weinheim: Wiley-VHC, 2006. P. 60−85.
- Array-based analysis of genomic DNA methylation patterns of the tumor suppressor genepl6INK4A promoter in colon carcinoma cell lines / C. Mund et al. I I Nucleic Acids Res.-2005.-V. 33, № 8.-P. e73.
- Arrayed primer extension: solid phase four-color DNA resequencing and mutationdetection technology / A. Kurg et al. // Genetic testing. 2000. — V. 4, № 1. — P. 1−7.
- Association of promoter hypermethylation of the RASSF1A gene with prognosticparameters in endometrial cancer / H. Jo et al. // Oncol. Res. 2006. — V. 16, № 4. -P. 205−209.
- Baylin S. B. DNA hypermethylation in tumorigenesis: epigenetics joints genetics /
- S. B. Baylin, J. G. Herman // Trends Genet. 2000. — V. 16, № 4. — P. 168−174.
- Baylin S. B. Epigenetic gene silencing in cancer a mechanism for early oncogenicpathway addiction? / S. B. Baylin, J. E. Ohm // Nature Rev. 2006. — V.6, № 2. -P. 107−116.
- B-cell chronic lymphocytic leukemia cells express a surface membrane phenotype ofactivated, antigen-experienced B lymphocytes / R. N. Damle et al. // Blood. 2002. -V. 99,№ 11.-P. 4087−4093.
- Bernstein B. E. The mammalian epigenome / B. E. Bernstein, A. Meissner, E. S. Lander //
- Cell. 2007. — V.128, № 4. — P. 669−681.
- Bioinformatics methods and protocols: methods in molecular biology / S. Krawetz,
- S. Misener (Eds.). Totowa: Humana Press, 2000. — pp. 365−386.
- Biology and treatment of chronic lymphocytic leukemia / M. J. Keating et al. //
- Hematology (Am. Soc. Hematol. Educ. Program). 2003. — P. 153−175.
- Bird A. DNA methylation patterns and epigenetic memory / A. Bird // Genes Dev. 2002.-V. 16, № l.-P. 6−21.
- Bird A. P. Use of restriction enzymes to study eukaryotic DNA methylation: I. Themethylation pattern in ribosomal DNA from Xenopus laevis / A. P. Bird, E. M. Southern //J. Mol. Biol. 1978. — P. 118, № 1. — P. 27−47.
- Bird A. Perceptions of epigenetics / A. Bird // Nature. 2007. — V. 447, № 7143. — P. 396−398.
- Boes M. Role of natural and immune IgM antibodies in immune responses / M. Boes //
- Mol. Immunol. 2000. — V. 37, № 18. — P. 1141−1149.
- Brero A. Replication and translation of epigenetic information / A. Brero, H. Leonhardt,
- M. C. Cardoso // Curr. Top. Microbiol. Immunol. 2006. — № 301. — P. 21−44.
- Cadigan K. M. Wnt signaling: a common theme in animal development / K. M. Cadigan,
- R. Nusse // Genes Dev. 1997. — V. 11, № 24. — P. 3286−3305.
- Chim C. S. Epigenetic dysregulation of the Jak/STAT pathway by frequent aberrantmethylation of SHP1 but not SOCS1 in acute leukaemias / C. S. Chim, A. S. Wong, Y. L. Kwong // Ann. Hematol. 2004. V. 83, № 8. — P. 527−532.
- Chiorazzi N. Chronic lymphocytic leukemia / N. Chiorazzi, K. R. Rai, M. Ferrarini //
- N. Engl. J. Med. 2005. — V. 352, № 8. — P. 804−815.
- Chronic lymphoid leukemias / Ed. B. D. Cheson. 2nd ed. — New York: Marcel Dekker, 2001.-P. 127−160.
- Clinical staging of chronic lymphocytic leukemia / K. R. Rai et al. // Blood. 1975.1. V. 46, № 2. 219−234.
- Clonal inheritance of the pattern of DNA methylation in mouse cells / R. Stein et al. //
- Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1982. — V. 79, № 1. — P. 61−65.
- Combination analysis of hypermethylated Wnt-antagonist family genes as a novelepigenetic biomarker panel for bladder cancer detection / S. Urakami et al. // Clin. Cancer Res. 2006. — V. 12, № 7. — P. 2109−2116.
- Composition and histone substrates of polycomb repressive group complexes changeduring cellular differentiation / A. Kuzmichev et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -2005.-V. 102, № 6. -P. 1859−1864.
- Concurrent DNA hypermethylation of multiple genes in acute myeloid leukemia /
- J. R. Melki et al. // Cancer Res. 1999. — V. 59, № 15. — P. 3730−3740.
- Constitutional activation of IL-6-mediated JAK/STAT pathway through hypermethylationof SOCS-1 in human gastric cancer cell line / K.F. To et al. // Br. J. Cancer. 2004. -V. 91, № 7. — P. 1335−1341.
- Control of microtubule stability by the RASSF1A tumor suppressor / L. Liu et al. //
- Oncogene. 2003. — V. 22, № 50. — P. 8125−8136.
- Cox A. D. The dark side of Ras: regulation of apoptosis / A. D. Cox, C. J. Der // Oncogene.- 2003. V. 22, № 56. — P. 8999−9006.
- CpG island methylation and expression of the secreted frizzled-related protein gene familyin chronic lymphocytic leukemia / T. Liu et al. // Cancer Res. 2006. — V. 66, № 2. -P. 653−658.
- CpG island methylation of DNA damage response genes in advanced ovarian cancer /
- J. M. Teodoridis et al. // Cancer Res. 2005. — V. 65, № 19. — P. 8961−8967.
- CpG island promoter hypermethylation of the Ras-effector gene NORE1A occurs in thecontext of a wild-type K-ras in lung cancer / M. Irimia et al. // Oncogene. 2004. -V. 23, № 53. — P. 8695−8699.
- Cremer T. Chromosome territories, nuclear architecture and gene regulation in mammaliancells / T. Cremer, C. Cremer // Nat. Rev. Genet. 2001. — V. 2, № 4. — P. 292−301.
- Dalerba P. Cancer stem cells: model and concepts / P. Dalerba, R. W. Cho, M. F. Clarke //
- Annu Rev Med. 2007. — № 58. — P. 267−284
- Dammann R. Hypermethylation of the CpG island of Ras association domain family 1A
- RASSF1A), a putative tumor suppressor gene from the 3p21.3 locus, occurs in a large percentage of human breast cancers / R. Dammann, G. Yang, G. P. Pfeifer // Cancer Res. 2001. — V. 61, № 7. — P. 3105−3109.
- Datta S. R. Cellular survival: a play in three Akts / S. R. Datta, A. Brunet, M. E. Greenberg
- Genes Dev. 1999. — V. 13, № 22. — P. 2905−2927.
- Demethylation of the zygotic paternal genome / W. Mayer et al. // Nature. 2000.
- V. 403, № 6769. P. 501−502.
- Detection and measurement of PCR bias in quantitative methylation analysis of bisulphitetreated DNA / P. Warnecke et al. // Nucleic Acids Res. 1997. — V. 25, № 21. -P. 4422−4426.
- Diagnostic and prognostic information in prostate cancer with the help of a small set ofhypermethylated gene loci / P. J. Bastian et al. // Clin. Cancer Res. 2005. — V. 11, № 11.-P. 4097−4106.
- Differential DNA methylation of gene promoters in small B-cell lymphomas / J. Guo //
- Am. J. Clin. Pathol. 2005. — V. 124, № 3. — P. 430−439.
- Differential hypermethylation of SOCS genes in ovarian and breast carcinomas /
- K.D. Sutherland et al. // Oncogene. 2004. — V. 23, № 46. — P. 7726−7733.
- Distinct epigenetic changes in the stromal cells of breast cancers / M. Hu et al. // Nat.
- Genet. 2005. — V. 37, № 8. — P. 899−905.
- Distribution, silencing potential and evolutionary impact of promoter DNA methylation inthe human genome / M. Weber et al. // Nat. Genet. 2007. — V. 39, № 4. — P. 457−466.
- DNA in the serum of cancer patients and the effect of therapy / S. A. Leon et al. //
- Cancer Res. 1977. — V. 37, № 3. — P. 646−650.
- DNA methylation changes in multiple myeloma / O. Galm et al. // Leukemia. 2004.
- V. 18, № 10.-P. 1687−1692.
- DNA methylation patterns of the calcitonin gene in human lung cancers and lymphomas /
- S. B. Baylin et al. // Cancer Res. 1986. — V. 46, № 6. — P. 2917−2922.
- DNA Methylation: Basic Mechanisms / Ed. W. Doerfler, P. Bohm. Berlin Heidelberg.:
- Springer-Verlag, 2006. 321 p.
- DNA methyltransferase Dnmtl associates with histone deacetylase activity / F. Fuks et al.
- Nat. Genet. 2000. — V. 24, № 1. — P. 88−91.
- DNA methyltransferases Dnmt3a and Dnmt3b are essential for de novo methylation andmammalian development / M. Okano et al. // Cell. 1999. — V. 99, № 3. — P. 247−257.
- DNMT1 forms a complex with Rb, E2F1 and HDAC1 and represses transcription from
- E2F-responsive promoters / K. D. Robertson et al. // Nat. Genet. 2000. — V. 25, № 3. — P. 338−342.
- Doerfler W. DNA methylation and gene activity / W. Doerfler // Annu. Rev. Biochem.1983.-№.52.-P. 93−124.
- Dormant tumor cells develop cross-resistance to apoptosis induced by CTLs or imatinibmesylate via methylation of suppressor of cytokine signaling 1 / A. Saudemont et al. // Cancer Res. 2007. — V. 67, № 9. — P. 4491−4498.
- Epigenetic alterations complement mutation of JAK2 tyrosine kinase in patients with
- BCR/ABL-negative myeloproliferative disorders / E. Jost et al. // Leukemia. 2007. — V. 21, № 3. — P. 505−510.
- Epigenetic alterations in RASSF1A in human aberrant crypt foci / E. J. Greenspan et al.
- Carcinogenesis. 2006. — V. 27, № 7. — P. 1316−1322.
- Epigenetic alterations of the Wnt/p-catenin pathway in human disease / O. Aguilera et al.
- Endocrine, Metabolic and Immune Disorders Drug Targets. — 2007. V.7 № 1. -P. 13−21.
- Epigenetic changes may contribute to the formation and spontaneous regression ofretinoblastoma / V. Greger et al. // Hum. Genet. 1989. — V. 83, № 2. — P. 155−158.
- Epigenetic defects of hepatocellular carcinoma are already found in non-neoplastic livercells from patients with hereditary haemochromatosis / U. Lehmann et al. // Hum. Mol. Genet.-2007.-V. 16, № 11.-P. 1335−1342.
- Epigenetic inactivation of a RAS association domain family protein from the lung tumoursuppressor locus 3p21.3 / R. Dammann et al. // Nat. Genet. 2000. — V. 25, № 3. -P.315−319.
- Epigenetic inactivation of RASSFla in uveal melanoma / W. Maat et al. // Invest.
- Ophthalmol. Vis. Sci. 2007. — V. 48, № 2. — P. 486−490.
- Epigenetic inactivation of SOCS-1 by CpG island hypermethylation in human gastriccarcinoma / Y. Oshimo et al. // Int. J. Cancer. 2004. — V. 112, № 6. — P. 1003−1009.
- Epigenetic inactivation of the RASSF1A tumour suppressor gene in ependymoma /
- D. W. Hamilton et al. // Cancer Lett. 2005. — V. 227, № 1. — P. 75−81.
- Epigenetic inactivation of the Wnt antagonist DICKKOPF-1 (DKK-1) gene in human colorectalcancer/ O. Aguilera et al. // Oncogene. 2006. — V. 25, № 29. — P. 4116−4121.
- Epigenetic inactivation of tumor suppressor genes in serum of patients with cutaneousmelanoma / A. Marini et al. //J. Invest. Dermatol. 2006. — V. 126, № 2. — P. 422−431.
- Epigenetic Inactivation of Wnt Inhibitory Factor-1 Plays an Important Role in Bladder
- Cancer through Aberrant Canonical Wnt/ p-Catenin Signaling Pathway / S. Urakami et al. // Clin. Cancer Res. 2006. — V. 12, № 2. — P. 383−391.
- Epigenetic profiling in chronic lymphocytic leukemia reveals novel methylation targets /
- J. Rush et al. // Cancer Res. 2004. — V. 64, № 7. — P. 2424−2433.
- Epigenetic regulation of Wnt-signaling pathway in acute lymphoblastic leukemia /
- J. Roman-Gomez et al. // Blood. 2007. — V. 109, № 8. — P. 3462−3469.
- Epigenetic stem cell signature in cancer / M. Widschwendter et al. // Nat. Genet. 2007.-V. 39,№ 2.-P. 157−158.
- Espada J. Epigenetic control of nuclear architecture / J. Espada, M. Esteller // Cell. Mol.1.fe Sci. 2007. — V. 64, № 4. — P. 449−457.
- Esteller M. Aberrant DNA methylation as a cancer-inducing mechanism / M. Esteller //
- Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 2005. — №. 45. — P. 629−656.
- Evaluating the arrayed primer extension resequencing assay of TP53 tumor suppressorgene / N. Tonisson et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002. — V. 99, № 8. -P. 5503−5508.
- Evidence that chronic lymphocytic leukemia B lymphocytes are frequently committed toproduction of natural autoantibodies / L. Borche et al. // Blood. 1990. — V. 76, № 3. -P. 562−569.
- Expression level of lipoprotein lipase and dystrophin genes predict survival in B-cellchronic lymphocytic leukemia / E. A. Nikitin et al. // Leukemia and Lymphoma. -2007.-V. 48, № 5, — P. 912−922.
- Expression of the secreted frizzled-related protein gene family is downregulated in humanmesothelioma / A.Y. Lee et al. // Oncogene. 2004. — V. 23, № 39. — P. 6672−6676.
- Feinberg A. P. DNA methylation and genomic imprinting: insights from cancer intoepigenetic mechanisms / A. P. Feinberg, H. Cui, R. Ohlsson // Semin. Cancer Biol. -2002. -V. 12, № 5.-P.389−398.
- Feinberg A. P. Hypomethylation distinguishes genes of some human cancers from theirnormal counterparts / A. P. Feinberg, B. Vogelstein // Nature. 1983. — V. 301, № 5895. — P. 89−92.
- Feinberg A. P. The history of cancer epigenetics / A. P. Feinberg, B. Tycko // Nat. Rev.
- Cancer. 2004. — V. 4, № 2. — P. 143−153.
- Felsenfeld G. Controlling the double helix / G. Felsenfeld, M. Groudine // Nature. 2003.-V. 421,№ 6921-P. 448−453.
- Fisher A. G. Gene silencing, cell fate and nuclear organization / A. G. Fisher,
- M. Merkenschlager // Curr. Opin. Genet. Dev. 2002. — V. 12, № 2. — P. 193−197.
- Frequent epigenetic inactivation of RASSF1A and BLU genes located within the critical3p21.3 region in gliomas / L. Hesson et al. // Oncogene. 2004. — V. 23, № 13. -P. 2408−2419.
- Frequent epigenetic inactivation of RASSF1A in human bladder carcinoma / M. G. Lee et al.
- Cancer Res. 2001. — V. 61, № 18. — P. 6688−6692.
- Frequent epigenetic inactivation of SFRP genes and constitutive activation of Wntsignaling in gastric cancer / M. Nojima et al. // Oncogene. 2007. V. 26, № 32. -P. 4699−4713.
- Frequent epigenetic inactivation of Wnt inhibitory factor-1 in human gastrointestinalcancers / H. Taniguchi et al. // Oncogene. 2005. V. 24, № 53. P. 7946−7952.
- Frequent hypermethylation of 5' flanking region of TIMP-2 gene in cervical cancer /
- T. Ivanova et al. // Int. J. Cancer. 2004. — V. 108, № 6. — C. 882−886.
- Frequent hypermethylation of the RASSF1A gene in prostate cancer / L. Liu et al. //
- Oncogene. 2002. — V. 21, № 44. — P. 6835−6840.
- Frequent loss of SFRP1 expression in multiple human solid tumours: association withaberrant promoter methylation in renal cell carcinoma / E. Dahl et al. // Oncogene. -2007. V. 26, № 38. — P. 5680−5691.
- Frequent promoter hypermethylation of RASSF1A and CASP8 in neuroblastoma /
- P. Lazcoz et al. // BMC Cancer. 2006. — № 6. — P.254.
- Fukui T. Transcriptional silencing of secreted frizzled related protein 1 (SFRP1) bypromoter hypermethylation in non-small-cell lung cancer / T. Fukui, M. Kondo, G. Ito // Oncogene. 2005. — V. 24, № 41. — P. 6323−6327.
- Functional variants within the secreted frizzled-related protein 3 gene are associated withhiposteoarthritis in females / J. Loughlin et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2004. V.101, № 26. — P. 9757−9762.
- Gene expression profiling of B cell chronic lymphocytic leukemia reveals a homogeneousphenotype related to memory B cells / U. Klein et al. // J. Exp. Med. 2001. -V. 194, № 11.- P. 1625−1638.
- Gene silencing of the tyrosine phosphatase SHP1 gene by aberrant methylation inleukemias/lymphomas / T. Oka et al. // Cancer Res. 2002. — V. 62, № 22. -P. 6390−6394.
- Genetic and epigenetic alterations of the APC gene in malignant melanoma / J. Worm et al.
- Oncogene. 2004. — V. 23, № 30. — P. 5215−5226.
- Glantz S. A. Primer of biostatistics / S. A. Glantz. 5th ed. — McGraw-Hill Medical, 2002.- 489 p.
- Gonzalgo M. L. Quantitative methylation analysis using methylation-sensitive singlenucleotide primer extension (Ms-SNuPE) / M. L. Gonzalgo, P. A. Jones // Methods. -2002.-V. 27, № 2.-P. 128−133.
- Hall T.A. BioEdit: A user-friendly biological sequence alignment editor and analysisprogram for Windows 95/98/NT / T. A. Hall // Nucl. Acids Symp. 1999. — Ser. 41. -P. 95−98.
- Hanahan D. The hallmarks of cancer / D. Hanahan, R. A. Weinberg // Cell. 2000.1. V. 100, № 1,-P. 57−70.
- HDPR1, a novel inhibitor of the WNT/b-catenin signaling, is frequently downregulated inhepatocellular carcinoma: involvement of methylation mediated gene silencing / T. Yau et al. // Oncogene. 2005. — V. 24, № 9. — P.1607−1614.
- Hendrich B. Identification and characterization of a family of mammalian methyl-CpGbinding proteins / B. Hendrich, A. Bird // Mol. Cell. Biol. 1998. — V. 18, № 11. -P. 6538−6547.
- High bone density due to a mutation in LDL-receptor-related protein 5 / L. M. Boyden et al. //
- N. Engl. J. Med. 2002. V.346, № 20. — P. 1513−1521.
- High frequency of promoter hypermethylation of RASSF1A and pl6 and its relationship toaflatoxin Bl-DNA adduct levels in human hepatocellular carcinoma / Y. J. Zhang et al. // Mol. Carcinog. 2002. — V. 35, № 2. — P. 85−92.
- High frequency of promoter hypermethylation of RASSF1A in nasopharyngeal carcinoma /
- K.-W. Lo et al. // Cancer Res. 2001. — V. 61, № 10. — P. 3877−3881.
- High frequency of promoter hypermethylation of RASSF1A in tumorous and nontumourous tissue of breast cancer / W. Yeo et al. // Pathology. 2005. — V. 37, № 2. -P. 125−130.
- Hillmen P. Chronic lymphocytic leukemia aiming at a moving target! / P. Hillmen //
- Haematologica/The hematology Journal. 2005. — V. 90, № 11. — P. 1451−1452.
- Histologically normal human mammary epithelia with silenced pl6(INK4a) overexpress
- COX-2, promoting a premalignant program / Y. G. Crawford et al. // Cancer Cell. -2004. V. 5, № 3. — P. 263−273.
- Hoheisel J. D. Microarray technology: beyond transcript profiling and genotype analysis /
- J. D, Hoheisel // Nat. Rev. Genet. 2006. — V. 7, № 3. — P. 200−210.
- Holland-frei cancer medicine / D. W. Kufe et al. 6nd ed. — Amsterdam: Elsevier, 2003.- 2400 p.
- Homozygous WNT3 mutation causes tetra-amelia in a large consanguineous family /
- S. Niemann et al. // Am. J. Hum. Genet. 2004. — V.74, № 3, — P. 558−563.
- Hotchkiss R. D. The quantitative separation of purines, pyrimidines, and nucleosides by paperchromatography / R. D. Hotchkiss//J. Biol. Chem. 1948. — V. 168. — P. 315−332.
- Hypermethylation associated with inactivation of the SOCS-1 gene, a JAK/STAT inhibitor, in human hepatoblastomas / H. Nagai et al. // J. Hum. Genet. 2003. V. 48, № 2. -P. 65−69.
- Hypermethylation of E-cadherin in leukemia / J. R. Melki et al. // Blood. 2000.1. V. 95, № 10.-P. 3208−3213.
- Hypermethylation of the APC promoter but lack of APC mutations in myxoid/round-cellliposarcoma / S. Sievers et al. // Int. J. Cancer. 2006. V. 119, № 10. — P. 2347−2352.
- Hypermethylation of the death-associated protein (DAP) kinase promoter andaggressiveness in stage I non-small-cell lung cancer / X. Tang et al. // J. Natl. Cancer Inst. 2000. — V. 92, № 18. — P. 1511−1516.
- Hypermethylation of the suppressor of cytokine signalling-1 (SOCS-1) in myelodysplasticsyndrome / K. Brakensiek et al. // Br. J. Haematol. 2005. — V. 130, № 2. — P. 209−217.
- Hypermethylation-associated inactivation of the SOCS-1 gene, a JAK/STAT inhibitor, inhuman pancreatic cancers / T. Komazaki et al. // Jpn. J. Clin. Oncol. 2004. — V. 34, № 4. — P.191−194.
- Identification and resolution of artifacts in bisulfite sequencing / P. M. Warnecke et al. //
- Methods. 2002. — V. 27, № 2. — P. 101−107.
- Identification of pancreatic cancer stem cells / C. Li et al. // Cancer Res. 2007. — V. 67,3. P.1030−1037.
- Inactivation of the DNA-repair gene MGMT and the clinical response of gliomas toalkylating agents / M. Esteller et al. // N. Engl. J. Med. 2000. — V. 343, № 23. -P. 1350−1354.
- Inactivation of Wnt inhibitory factor-1 (WIF1) expression by epigenetic silencing is acommon event in breast cancer / L. Ai et al. // Carcinogenesis. 2006. — V.27, № 7. -P. 1341−1348.
- Increased DNA methyltransferase expression in leukemia / J. R. Melki et al. // Leukemia.- 1998. V. 12, № 3.-P. 311−316.
- Initial sequencing and analysis of the human genome / E. S. Lander et al. // Nature.2001. V. 409, № 6822. — P. 860−921.
- Issa J.-P. Decitabine in chronic leukemias / J. P. Issa, J. C. Byrd // Semin. Hematol. 2005.- V. 42, № 3 Suppl. 2. P. S43−49.
- Issa J.-P. CpG island methylator phenotype in cancer / J.-P. Issa // Nat. Rev. Cancer.2004.-V. 4, № 12. -P. 988−993.
- Issa J.-P. Decitabine / J.-P. Issa // Curr. Opin. Oncol. 2003. — V. 15, № 6. — P. 446−451.
- Katzenellenbogen R. A. Hypermethylation of the DAP-kinase CpG island is a commonalteration in B-cell malignancies / R. A. Katzenellenbogen, S. B. Baylin, J. G. Herman // Blood. 1999. — V. 93, № 12. — 4347−4353.
- Jenuwein T. Translating the histone code / T. Jenuwein, C. D. Allis // Science. 2001.
- V. 293, № 5532. P. 1074−1080.
- Jones P. A. The epigenomics of cancer / P. A. Jones, S. B. Baylin // Cell. 2007. — V. 128,4, 683−692.
- Khan N. I. Role of WNT signaling in normal and malignant hematopoiesis / N. I. Khan,
- J. Bendall // Histol. Histopathol. 2006. — V.21, № 7. — 761−774.
- Knudson A. G. Two genetic hits (more or less) to cancer / A. G. Knudson // Nat. Rev.
- Cancer. 2001. — V. 1, № 2. — P. 157−162.
- Kouzarides T. Chromatin modifications and their function / T. Kouzarides // Cell. -2007.1. V. 128,№ 4.-P. 693−705.
- Kriaucionis S. DNA methylation and Rett syndrome / S. Kriaucionis, A. Bird // Hum. Mol.
- Genet. 2003. — V. 12, Spec. № 2. — P. R221-R227.
- Laird P. W. Early detection: the power and the promise of DNA methylation markers /
- P. W. Laird // Nat. Rev. Cancer. 2003. — V. 3, № 4. p. 253−266.
- LDL receptor-related protein 5 (LRP5) affects bone accrual and eye development /
- Y. Gong et al. II Cell. 2001. V.107, № 4. P. 513−523.
- Li L. C. MethPrimer: designing primers for methylation PCRs / L. C. Li., R. Dahiya //
- Bioinformatics. 2002. — V. 18, № 11. — P. 1427−1431.
- Liu S. Mammary stem cells, self-renewal pathways, and carcinogenesis / S. Liu, G. Dontu,
- M. S. Wicha // Breast Cancer Res. 2005. — V. 7, № 3. — P. 86−95.
- Lu H. Inflammation, a key event in cancer development / H. Lu, W. Ouyang, C. Huang //
- Mol. Cancer Res. 2006. — V.4, № 4. — P.221−233.
- Luo L. Leukemia Stem Cells / L. Luo, Zh. Ch. Han // Int. J. Hematol. 2006. V. 84, № 2.1. P.123−127.
- Lustig B. The Wnt signaling pathway and its role in tumor development / B. Lustig,
- J. Behrens // J. Cancer. Res. Clin. Oncol. 2003. — V. 129, № 4. — P. 199−221.
- MBD2 is a transcriptional repressor belonging to the MeCPl histone deacetylase complex /
- H. H. Ng et al. // Nat. Genet. 1999. — V. 23, № 1. — P. 58−61.
- Methylated DNA and MeCP2 recruit histone deacetylase to repress transcription /
- P. L. Jones et al. // Nat Genet. 1998. — V. 19, № 2. — P. 187−191.
- Methylation and silencing of the retinoic acid receptor-beta 2 gene in cervical cancer /
- T. Ivanova et al. // BMC Cancer. 2002. — №. 2. — P. 4.
- Methylation of apoptosis related genes in the pathogenesis and prognosis of prostate cancer
- M. Suzuki et al. // Cancer Lett. 2006. — V. 242, № 2. — P. 222−230.
- Methylation of histone H3 lysine 9 creates a binding site for HP1 proteins / M. Lachner et al.
- Nature. 2001. — V. 410, № 6824. — P. 116−120.
- Methylation of pl6(INK4a) promoters occurs in vivo in histologically normal humanmammary epithelia / C. R. Hoist et al. // Cancer Res. 2003. — V. 63, № 7. — P. 1596−1601.
- Methylation of RAS association domain family protein 1A as a biomarker of lung cancer /
- H. J. Grote et al. // Cancer. 2006. — V. 108, № 2. — P. 129−134.
- Methylation of Socs-3 and Socs-1 in the carcinogenesis of Barrett’s adenocarcinoma /
- Tischoff et al. // Gut. 2007. — V. 56, № 8. — P. 1047−1053.
- Methylation silencing of SOCS-3 promotes cell growth and migration by enhancing
- JAK/STAT and FAK signalings in human hepatocellular carcinoma / Y. Niwa et al. // Oncogene. 2005. — V. 24, № 42. — P. 6406−6417.
- Methylation status of suppressor of cytokine signaling-1 gene in hepatocellular carcinoma /
- H. Miyoshi et al. //J. Gastroenterol. 2004. — V. 39, № 6. — P. 563−569.
- Methylation status of the SOCS3 gene in human malignant melanomas / T. Tokita et al.
- Int. J. Oncol. 2007. — V. 30, № 3. — P. 689−694.
- Methylation-associated silencing of the Wnt antagonist SFRP1 gene in human ovariancancers / T. Takada et al. // Cancer Sci. 2004. — V. 95, № 9. — P. 741−744.
- Methylation-specific PCR: a novel PCR assay for methylation status of CpG islands /
- J. G. Herman et al. // Proc. Nad. Acad. Sci. USA. 1996. — V. 93, № 18. — P. 9821−9826.
- Multiple distinct sets of stereotyped antigen receptors indicate a key role for antigen inpromoting chronic lymphocytic leukemia / B. T. Messmer et al. // J. Exp. Med. -2004.-V. 200, № 4.-P.519−525.
- Norel inhibits tumor cell growth independent of Ras or the MST½ kinases / Y. Aoyamaet al. // Oncogene. 2004. — V.23, № 19. — P. 3426−3433.
- NORE1A, a homologue of RASSF1A tumour suppressor gene is inactivated in humancancers / L. Hesson et al. // Oncogene. 2003. — V. 22, № 6. — P. 947−954.
- Novel method for high throughput DNA methylation marker evaluation using PNA-probelibrary hybridization and MALDI-TOF detection / P. Schatz et al. // Nucleic Acids Res. 2006. — V. 34, № 8. — P. 59.
- Ohm J. E. Stem cell chromatin patterns: an instructive mechanism for DNAhypermethylation? / J. E. Ohm, S. B. Baylin // Cell Cycle. 2007. — V. 6, № :9. -P. 1040−1043.
- Oligonucleotide-based microarray for DNA methylation analysis: principles andapplications / H. Shi et al. // J. Cell. Biochem. 2003. — V. 88, № 1. — P. 138−143.
- On mammary stem cells / W. A. Woodward et al. //J. Cell Sci. 2005. — V. 118, Pt. 16.- P. 3585−3594.
- Oncogenic ras provokes premature cell senescence associated with accumulation of p53and pl6INK4a / M. Serrano et al. // Cell. 1997. — V. 88, № 5. — P. 593−602.
- Oncogenic Ras-mediated cell growth arrest and apoptosis are associated with increasedubiquitin-dependent cyclin D1 degradation / J. Shao et al. // J. Biol. Chem. 2000. -V. 275, № 30. — P. 22 916−22 924.
- Parallel genotyping of over 10,000 SNPs using a one-primer assay on a high-densityoligonucleotide array / H. Matsuzaki et al. // Genome Res. 2004. — V. 14, № 3. -P. 414−425.
- Perantoni A. O. Renal development: perspectives on a Wnt-dependent process /
- A. O. Perantoni // Semin. Cell Dev. Biol. 2003. — V. 14, № 4. — P. 201 208.
- Perwez H. S. Inflammation and cancer: an ancient link with novel potentials /
- H. S. Perwez, C. C. Harris // Int. J. Cancer. 2007. — V. 121, № 11. — P. 2373−2380.
- Phases of biomarker development for early detection of cancer / M. S. Pepe et al. //
- J. Natl. Cancer Inst. 2001. — V. 93, № 14. — P. 1054−1061.
- Polycomb-mediated methylation on Lys27 of histone H3 pre-marks genes for de novomethylation in cancer / Y. Schlesinger et al. // Nat. Genet. 2007. — V. 39, № 2. -P. 232−236.
- Preferential methylation of Wnt inhibitory factor-1 in acute promyelocytic leukemia: anindependent poor prognostic factor / C. S. Chim et al. // Leukemia. 2006. — V. 20, № 5. -P. 907−909.
- Promoter CpG methylation of tumor suppressor genes in colorectal cancer and itsrelationship to clinical features / S.-Y. Lin et al. // Oncol.Rep. 2004. — V. 11, № 2. -P. 341−348.
- Promoter hypermethylation profile of ovarian epithelial neoplasms / P. B. Makarla et al.
- Clin. Cancer Res. 2005. — V. 11, № 15. — P. 5365−5369.
- Promoter methylation inhibits APC gene expression by causing changes in chromatinconformation and interfering with the binding of transcription factor CCAAT-binding factor / G. Deng et al. // Cancer Res. 2004. — V. 64, № 8. — P. 2692−2698.
- Promoter methylation of RASSF1A, RARbeta and DAPK predict poor prognosis ofpatients with malignant mesothelioma / J. R. Fischer et al. // Lung Cancer. 2006. -V. 54, № 1.-P. 109−116.
- Promoter methylation of the secreted frizzled-related protein 1 gene SFRP1 is frequent inhepatocellular carcinoma / Y. L. Shih et al. // Cancer. 2006. — V.107, № 3. -P. 579−590.
- Purification and molecular cloning of a secreted, frizzled-related antagonist of Wnt action / P.
- W. Finch et al. // Proc. Natl. Acad. Sei. USA. 1997. V. 94, № 13. — P. 6770−6775.
- Quantitative analysis of DNA methylation in chronic lymphocytic leukemia patients /
- F. Lyko et al. // Electrophoresis. 2004. — V. 25, № 10−11. — P. 1530−1535.
- Rare bases in animal DNA / B. F. Vanyushin et al. // Nature. 1970. — V. 225, № 5236.- P. 948−949.
- RASSF2, a potential tumour suppressor, is silenced by CpG island hypermethylation in gastriccancer / M. Endoh et al. // Br. J. Cancer. 2005. — V. 93, № 12. — P. 1395−1399.
- RASSF3 and NORE1: identification and cloning of two human homologues of the putativetumor suppressor gene RASSF1 / S. Tommasi et al. // Oncogene. 2002. — V. 21, № 17.-P. 2713−2720.
- Reciprocal regulation of SOCS 1 and SOCS3 enhances resistance to ionizing radiation inglioblastoma multiforme / H. Zhou et al. // Clin. Cancer Res. 2007. — V. 13, № 8. -P. 2344−2353.
- Reconstitution of Syk function by the ZAP-70 protein tyrosine kinase / G. H. Kong et al.
- Immunity. 1995. — V. 2, № 5. — P. 485−492.
- Relation of gene expression phenotype to immunoglobulin mutation genotype in B cellchronic lymphocytic leukemia / A. Rosenwald et al. // J. Exp. Med. 2001. — V. 194, № 11. -P.1639−1647.
- Relationship of the aberrant DNA hypermethylation of cancer-related genes withcarcinogenesis of endometrial cancer / K. Banno et al. // Oncol. Rep. 2006. V. 16, № 6.-P. 1189−1196.
- Remarkably similar antigen receptors among a subset of patients with chronic lymphocyticleukemia / F. Ghiotto et al. // J. Clin. Invest. 2004. — V. 113, № 7. — P. 1008−1016.
- Ringrose L. Epigenetic regulation of cellular memory by the Polycomb and Trithorax groupproteins / L. Ringrose, R. Paro // Annu. Rev. Genet. 2004. — № 38. — P. 413−443.
- Ronaghi M. A sequencing method based on real-time pyrophosphate / M. Ronaghi,
- M. Uhlen, P. Nyren // Science. 1998. — V. 281, № 5375. — P. 363−365.
- Russo V. E. A. Epigenetic mechanisms of gene regulation / V. E. A. Russo,
- R. A. Martienssen, A. D. Riggs. New York: Cold Spring Harbor Lab. Press, 1996. — 692 p.
- Sanger F. DNA-sequencing with chain-terminator inhibitors / F. Sanger, S. Nicklein,
- A. R. Coulson // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1977. — V. 74, № 12. — P. 5463−5467.
- Santoro R. Many players, one goal: how chromatin states are inherited during cell division
- R. Santoro, F. De Lucia // Biochem. Cell Biol. 2005. — V. 83, № 3. — P. 332−343.
- Schumacher A. Microarray-based DNA methylation profiling: technology and applications
- A. Schumacher, P. Kapranov, Z. Kaminsky. Nucleic Acids Res. — 2006. — V. 34, № 2. — P. 528−542.
- Secreted frizzled-related protein 4 is silenced by hypermethylation and induces apoptosis inbeta-catenin-deflcient human mesothelioma cells / B. He et al. // Cancer Res. 2005. -V. 65, № 3.-P. 743−748.
- Selker K. Histone acetylation and transcriptional regulatory mechanisms / K. Struhl //
- Genes Dev. 1998. — V. 12, № 5. — P. 599−606.
- SFRP1 suppressed hepatoma cells growth through Wnt canonical signaling pathway /
- Y. L. Shih et al. // Int. J. Cancer. 2007. V. 121, № 5. — P. 1028−1035.
- Signalling through the JAK/STAT pathway, recent advances and future challenges /
- T. Kisseleva et al. // Gene. 2002. — V. 285, № 1−2. — 1−24.
- SOCS1 and SHP1 hypermethylation in mantle cell lymphoma and follicular lymphoma: implications for epigenetic activation of the Jak/STAT pathway / C. S. Chim et al. // Leukemia. 2004. — V. 18, № 2. — P. 356−358.
- SOCS1 and SHP1 hypermethylation in multiple myeloma: implications for epigeneticactivation of the Jak/STAT pathway / C. S. Chim et al. // Blood. 2004. — V. 103, № 12.-P. 4630−4635
- SOCS-1, a negative regulator of cytokine signaling, is frequently silenced by methylation inmultiple myeloma / O. Galm et al. // Blood. 2003. — V. 101, № 7. — P. 2784−2788.
- SOCS-3 is frequently methylated in head and neck squamous cell carcinoma and itsprecursor lesions and causes growth inhibition / A. Weber et al. // Oncogene. 2005. — V. 24, № 44. — P. 6699−6708.
- SOCS-3 is frequently silenced by hypermethylation and suppresses cell growth in humanlung cancer / B. He et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. — V. 100, № 24. -P. 14 133−14 138.
- Sokol S. Y. Wnt signaling and dorso-ventral axis specification in vertebrates / S. Y. Sokol
- Curr. Opin. Genet. Dev. 1999. — V. 9, № 4. — P. 405−410.
- STAT3- and DNA methyltransferase 1-mediated epigenetic silencing of SHP-1 tyrosinephosphatase tumor suppressor gene in malignant T lymphocytes / Q. Zhang et al. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005. — V. 102, № 19. — P. 6948−6953.
- Strathdee G. Aberrant DNA methylation in cancer: potential clinical interventions /
- G. Strathdee, R. Brown // Exp. Rev. Mol. Med. 2002. — V. 4, № 4. — P. 1−17.
- Suppressor of cytokine signalling-1 gene silencing in acute myeloid leukaemia and humanhaematopoietic cell lines / D. Watanabe et al. // Br. J. Haematol. 2004. — V. 126, № 5. — P. 726−735.
- Sustained IL-6/STAT-3 signaling in cholangiocarcinoma cells due to SOCS-3 epigeneticsilencing / H. Isomoto et al. // Gastroenterology. 2007. — V. 132, № 1. — P. 384−396.
- Suv39h-mediated histone H3 lysine 9methylation directs DNA methylation to majorsatellite repeats at pericentric heterochromatin / B. Lehnertz et al. // Curr. Biol. -2003.-V. 13,№ 14. -P. 1192−1200.
- The content of 5-methylcytosine in animal DNA: the species and tissue specificity /
- B. F. Vanyushin et al. // Biochim. Biophys. Acta. 1973. — V. 299, № 3. — P. 397−403.
- The DNA (cytosine-5) methyltransferases / S. Kumar et al. // Nucleic Acids Res. 1994.1. V. 22, № 1, — P. 1−10.
- The human frizzled-3 (FZD3) gene on chromosome 8p21, a receptor gene for Wntligands. is associated with the susceptibility to schizophrenia / T. Katsu et al. // Neurosci. Lett. 2003. V.353, № 1. — P. 53−56.
- The Polycomb group protein EZH2 directly controls DNA methylation / E. Vire et al. //
- Nature. 2006. — V. 439, № 7078. — P. 871−874.
- The putative tumor suppressor RASSF1A homodimerizes and heterodimerizes with the
- Ras-GTP binding protein Norel / S. Ortiz-Vega et al. // Oncogene. 2002. — V. 21, № 9.-P. 1381−1390.
- The Wnt antagonist sFRPl in colorectal tumorigenesis / G. M. Caldwell et al. // Cancer
- Res. 2004. — V. 64, № 3. — P. 883−888.
- The Wnt antagonist sFRPl is downregulated in premalignant large bowel adenomas /
- G. M. Caldwell et al. // Br. J. Cancer. 2006. — V. 94, № 6. — P. 922−927.
- Tonisson N. Mutation detection by primer extension on oligonucleotide microarray
- Dissertation for commencement of the degree of Doctor of Philosophy in Molecular Diagnostics) / N. Tonisson. Tartu: Tartu University Press, 2002. — 124 p.
- Tost J. Analysis and quantification of multiple methylation variable positions in CpGislands by Pyrosequencing / J. Tost, J. Dunker, I. G. Gut // BioTechniques. 2003. -V. 35, № 1.-P. 152−156.
- Transcriptional repression by the methyl-CpG-binding protein MeCP2 involves a histonedeacetylase complex / X. Nan et al. // Nature. 1998. — V. 393, № 6683. — P. 386−389.
- Transcriptional silencing of the Dickkopfs-3 (Dkk-3) gene by CpG hypermethylation inacute lymphoblastic leukaemia / J. Roman-Gomez et al. // Br. J. Cancer. 2004. -V. 91, № 4. — P. 707−713.
- Trinh B. N. DNA methylation analysis by Methylight technology / B. N. Trinh, T. I. Long,
- P. W. Laird / Methods. 2001. — V. 25, № 4. — P. 456−462.
- Tumor-specific methylation in saliva: a promising biomarker for early detection of headand neck cancer recurrence / C. A. Righini et al. // Clin. Cancer Res. 2007. — V. 13, № 4.-P. 1179−1185.
- Tumour class prediction and discovery by microarray-based DNA methylation analysis /
- P. Adorjan et al. // Nucleic Acids Res. 2002. — V. 30, № 5. — P. e21.
- TWIST2 demonstrates differential methylation in immunoglobulin variable heavy chainmutated and unmutated chronic lymphocytic leukemia / A. Raval et al. // J. Clin. Oncol. 2005. — V. 23, № 17. — P. 3877−3885.
- Ubiquitous activation of Ras and Jak/Stat pathways in human HCC / D. F. Calvisi et al. //
- Gastroenterology. 2006. — V. 130, № 4. — P. 1117−1128.
- Unmutated Ig V (H) genes are associated with a more aggressive form of chroniclymphocytic leukemia / T. J. Hamblin et al. // Blood. 1999. — V. 94, № 6. -P. 1848−1854.
- Vairapandi M. Characterization of DNA demethylation in normal and cancerous cell linesand the regulatory role of cell cycle proteins in human DNA demethylase activity / M. Vairapandi //J. Cell. Biochem. 2004. — V. 91, № 3. — P. 572−583.
- Valentino L. JAK/STAT signal transduction: regulators and implication in hematologicalmalignancies / L. Valentino, J. Pierre // Biochem. Pharmacol. 2006. — V.71, № 6. -P. 713−721.
- Validation of a novel, fully integrated and fexible microarray benchtop facility for geneexpression profiling / M. Baum et al. // Nucleic Acids Res. 2003. — V. 31, № 23. -P. el51.
- Waalwijk C. DNA methylation at a CCGG sequence in the large intron of the rabbit betaglobin gene: tissue-specific variations / C. Waalwijk, R. A. Flavell // Nucleic Acids Res. 1978. — V. 5, № 12. — P. 4631−4634.
- Walsh C. P. Transcription of IAP endogenous retroviruses is constrained by cytosinemethylation / C. P. Walsh, J. R. Chaillet, T. H. Bestor // Nat. Genet. 1998. — V. 20, № 2.-P. 116−117.
- Watson J. D. / Molecular structure of nucleic acids- a structure for deoxyribose nucleic acid
- J. D. Watson, F. H. Crick // Nature. 1953. — V. 171, № 4356. — P. 737−738.
- Weinberg R. A. The biology of cancer / R. A. Weinberg. New York: Garland Science, 2007. 850 p.
- Wigler M. The somatic replication of DNA methylation / M. Wigler, D. Levy, M. Perucho
- Cell. 1981. — V. 24, № 1. V. 33−40.
- Wnt and P-catenin signalling: diseases and therapies / R. T. Moon et al. // Nat. Rev.
- Genet. 2004. — V. 5, № 9. — P. 689−699.
- Wnt inhibitory factor-1 is silenced by promoter hypermethylation in human lung cancer /
- J. Mazieres et al. // Cancer Res. 2004. — V. 64, № 14. — P. 4717−4720.
- Wnt inhibitory factor-1 is silenced by promoter hypermethylation in human lung cancer /
- J. Mazieres et alj. // Cancer Res. 2004. — V. 64, № 14. — P. 4717−4720.
- Wnt inhibitory factor-1, a Wnt antagonist, is silenced by promoter hypermethylation inmalignant pleural mesothelioma / S. Batra et al. // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2006. — V. 342, № 4. — P. 1228−1232.
- Wnt4 overexpression disrupts normal testicular vasculature and inhibits testosteronesynthesis by repressing steroidogenic factor 1/p-catenin synergy / B. K. Jordan et al. //Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2003. — V.100, № 19. — P.10 866−10 871.
- Wyatt G. R. Recognition and estimation of 5-methylcytosine in nucleic acids / G. R. Wyatt
- J. Biochem. (Tokyo). 1951. — V. 48, № 5. — P. 581−584.
- Xiong Zh. COBRA: a sensitive and quantitative DNA methylation assay / Zh. Xiong,
- P. W. Laird // Nucleic Acids Res. 1997. — V. 25, № 12. — P. 2532−2534.
- Yoder J. A. Cytosine methylation and the ecology of intragenomic parasites / J. A. Yoder,
- T. H. Bestor // Trends Genet. 1997. — V. 13, № 8. — P. 335−340.
- Yoo C. Epigenetic therapy of cancer: past, present and future / C. Yoo, P. A. Jones // Nat.
- Rev. Drug Discov. 2006. — V. 5, № 1, 37−50.
- ZAP-70 expression as a surrogate for immunoglobulin-variable-region mutations inchronic lymphocytic leukemia / M. Crespo et al. // N. Engl. J. Med. 2003. — P. 348, № 18.-P. 1764−1775.
- ZAP-70 methylation status is associated with ZAP-70 expression status in chroniclymphocytic leukemia / M. Corcoran et al. // Haematologica. 2005. — V. 90, № 8. -P. 1078−1088.
- ZAP-70: a 70 kd protein-tyrosine kinase that associates with the TCR zeta chain /
- A. C. Chan et al. // Cell. 1992. — V. 71, № 4. — P. 649−662.
- Zent C. S. Advances in the understanding of biology and prognosis in chronic lymphocyticleukemia / C. S. Zent, N. E. Kay // Curr. Oncol. Rep. 2004. — V.6, № 5. — P. 348−354.
- Zhao C.H. Hypermethylation and aberrant expression of Wnt antagonist secreted frizzledrelated protein 1 in gastric cancer / C. H. Zhao, X. M. Bu, N. Zhang // World J. Gastroenterol. 2007. — V. 13, № 15. — P. 2214−2217.
- Настоящая работа стала возможной благодаря поддержке окружавших меня людей, которые способствовали развитию моих научных интересов и которым я обязан за всё, чему научился до сих пор.
- Огромное спасибо Станиславе Владимировне Золотарёвой, Татьяне Ивановне Дедовой и Лидии Константиновне Воиновой за развитие моего интереса к биологии и химии в школе, высочайший профессионализм и педагогический талант.
- Бесконечно благодарю мою семью и особенно маму за безоговорочную поддержку, терпение и искреннее желание успеха на пути научных исследований.