Функциональный анализ структурных элементов промотора гена udp Escherichia coli
Диссертация
Научная новизна. Проведен систематический анализ структурных элементов промотора гена udp с помощью сайт-специфического мутагенеза. Выявлено функциональное перекрывание этих элементов как на стадии узнавания промотора RNAP, так и на стадии инициации транскрипции. При сравнении эффективности экспрессии мутантных промоторов с различными заменами в -10 области выявлено наличие конкуренции между… Читать ещё >
Содержание
- СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ Актуальность проблемы
- Цели и задачи работы
- Научная новизна и
- Практическая ценность работы 9 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- Глава 1. Зависимость процесса инициации транскрипции от структуры промотора
- 1. 1. Влияние структуры ДНК на процесс регуляции функционирования 11 промотора
- 1. 2. Дополнительные элементы структуры промоторной ДНК, влияющие на активацию транскрипции
- 1. 3. Особенности взаимодействия RNAP с промоторной ДНК
- Глава 2. Основные принципы молекулярного взаимодействия 24 регуляторных белков и промоторной ДНК в процессе транскрипции
- 2. 1. Влияние структуры белка на процесс регуляции функционирования 24 промотора
- 2. 2. Позитивная регуляция транскрипции генов. Структура белка CRP
- 2. 3. Классификация CRP-зависимых промоторов
- 2. 4. Взаимодействие CRP и РНК-полимеразы при активации транскрипции с промоторов класса I и П
- 2. 5. Дополнительные элементы структуры CRP и его гомологов, способные влиять на активацию транскрипции
- 2. 6. Активация транскрипции в промоторах, содержащих несколько сайтов узнавания комплекса CRP-cAMP
- 2. 7. Репрессия транскрипции комплексом CRP-cAMP
- 2. 8. Строение и регуляция гена сгр
- 2. 9. Катаболитная репрессия
- 2. 10. Строение и регуляция гена суа
- 2. 11. Негативная регуляция транскрипции генов
- Глава 3. Особенности регуляции транскрипции генов катаболизма нуклеозидов
- 3. 1. Регуляция транскрипции deo оперона
- 3. 2. Регуляция транскрипции гена cytR
- 3. 3. Структура белка CytR
- 3. 4. Взаимодействие CytR и комплекса CRP-cAMP при регуляции транскрипции
- 3. 5. Общая характеристика генов CytR регулона 56 ЭКСПЕРИМЕНТАЛЬНАЯ ЧАСТ
- Глава 4. Материалы и методы
- 4. 1. Бактериальные штаммы, плазмиды и среды
- 4. 2. Генно-инженерные методы
- 4. 3. Конструирование рекомбинантных плазмид
- 4. 4. Методы анализа рекомбинантных плазмид
- 4. 5. Определение активности ферментов
- Глава 5. Изучение структурно-функциональной организации промотора гена udpE. col
- 5. 1. Получение мутаций в регуляторной области гена udp E. coli и их первичная характеристика
- 5. 2. Изучение влияния структуры — 10 области на эффективность экспрессии промотора гена udp Е. col
- 5. 3. Изучение влияния мутаций в области блока Прибнова на экспрессию промотора udpP+
- 5. 4. Изучение влияния мутаций в —35 области и в области CRP-связывающих сайтов на экспрессию промотора udpP+
- 5. 5. Сравнительный анализ эффективности промоторов генов udp и lacZ
- Глава 6. Изучение влияния структуры +1 области гена udp Е. coli на 89 эффективность инициации транскрипции промотора
- 6. 1. Уточнение точки инициации транскрипции гена udp Е. col
- 6. 2. Изучение функциональной значимости поли-Т структуры в области инициации транскрипции гена udp Е. col
- 6. 3. Исследование функциональной роли гуанинового нуклеотида в положении +
- ОБСУЖДЕНИЕ
- ВЫВОДЫ
Список литературы
- Adhya S. 1989. Multipartite genetic control elements: Communication by DNA loop. Annual Rewevs Genetics, v.23, p.227−250
- Aiba H. 1983. Autoregulation of the Escherichia coli crp gene: CRP is a transcriptional repressor for its own gene. Cell, v.32, p. 141−149
- Aiba #., Hanamura A., Tobe T. 1989. Semisynthetic promoers activated by cyclic AMP receptor protein of Escherichia coli. Gene, v.85, p.91−97
- Amouyal M., Mortensen L., Вис H., Hammer K. 1989. Single and double loop formation when deoR repressor binds to its natural operator sites. Cell, v.58, № 3, p.545−551
- Ann-Hue Thi Tu, Turnbough C.L. 1997. Regulation of upp expression in Escherichia coli by UTP-sensitive selection of transcriptional start sites coupled with UTP-dependent reiterative transcription. J. Bacterid, v. 179, p. 6665−6673.
- Avraham Y., Grossowicz N. YashpheJ. 1990. Purification and characterization of uridine and thymidine phosphorylase from Lactobacillus casei. Biol. Bioph. Acta, 1990, v. 1040, p.287−293
- Ayers D.G., Auble D.T., deHaseth P.L. 1989. Promoter recognition by Escherichia coli RNA polymerase. Role of the spacer DNA in functional complex formation. J. Mol. Biol. v. 207. p.749−756
- B. de Crombrugghe, Busby S., Вис H. 1984. Activation of transcription by the cyclic AMP receptor protein. Science, v.224, p. 129−167
- B. de Crombrugghe, Busby S., Вис H. 1984. Cyclic AMP receptor protein: Role in transcription activation. Science, v.224, p.831−838
- Baichoo N. Heyduk T. 1997. Mapping conformational changes in a protein: application of a protein footprinting technique to cAMP-induced conformational changes in cAMP receptor protein. Biochemistry, v.36, p.10 830−10 836
- Bankaitis V.A., Bassford P.J. 1985. Regulation of Adenylat Cyclase Synthesis in
- Escherichia coli: Studies with cya-lac operon and protein fusion strains., J. Bacteriol., v.158, p.1346−1357
- Barbier C.S., Short S.A. 1985. Studies on deo operon regulation in Escherichia coli: cloning and expression of the CytR structural gene. Gene, v.36, p.37−44
- Barbier C.S., Short S.A., Senear D.F. 1997. Allosteric Mechanism of induction of CytR-regulated gene expression. CytR repression cytidine interaction., The Journal of Biological Chemistiy, v.272, № 27, p. 16 962−16 971
- Вате K.A., Bown J.A., Busby S.J.W., Minchin S.D. 1997. Region 2.5 of the Escherichia coli RNA polymerase o70-subunit is responsible for the recognition of the «extended-10» motif at promoters. EMBO J. v. 16, p. 4034−4040
- Bell A., Busby S. 1994. Location and orientation of the activating region of FNR. Mol. Microbiol, v. l 1, p.383−390
- Belyaeva Т., Bown J., Fujita N. Ishihama A., Busby S. 1996. Location of C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit in different complexes at the Escherichia coli galactose operon regulatory region. Nucleic. Acids Res., v.24, p.2243−2251
- Belyaeva Т., Rhodius V., Webster C., Busby S. 1998. Transcription activation at promoters carrying tandem DNA sits for the Escherichia coli cyclic AMP receptor protein: organization of the RNA polymerase a subunits. J. Mol. Biol., v.277, p.789−804
- Birnboim H., Doly J. 1979. A rapid alkaline extraction procedure for screening recombinant plasmid DNA. Nucleic. Acids Res, v.7, p.1513−1523
- Borukhov S, Severinov K. 2002. Role of the RNA polymerase sigma subunit in transcription initiation. Res Microbiol, v. 153, № 9, p.557−562.23