Помощь в учёбе, очень быстро...
Работаем вместе до победы

Характеристика молекулярных механизмов, регулирующих экспрессию альфа-глобиновых генов кур

Диссертация: Характеристика молекулярных механизмов, регулирующих экспрессию альфа-глобиновых генов кур
ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Линию клеток, трансформированной вирусом эритролейкемии птиц HD3 (клон А6 линии LSCC) культивировали в среде DMEM (Dulbecco's modified Eagles medium) с добавлением 8% фетальной бычьей сыворотки, 2% куриной сыворотки, 100 ед./мл пенициллина и 100 мкг/мл стрептомицина. Культивирование вели при 37 °C в атмосфере, содержащей 5,5% углекислоты. Плотность клеточной суспензии поддерживали в пределах… Читать ещё >

Содержание

  • ГЛАВА I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
    • 1. Домены В-глобиновых генов человека и кур
      • 1. 1. Общая организация доменов 6-глобиновых генов
      • 1. 2. Идентификация области контроля локуса домена 6-глобиновых генов
      • 1. 3. Механизм работы области контроля локуса
      • 1. 4. Субдомены домена fi-глобиновых генов человека
      • 1. 5. Границы домена
    • 2. Домены а-глобиновых генов человека и кур
      • 2. 1. Общая организация доменов
      • 2. 2. Расположение доменов а-глобиновых генов в перманентно открытой хроматиновой области
      • 2. 3. Перекрывание доменов а-глобиновых генов и гена «-14»
      • 2. 4. Пространственная организация домена а-глобиновых генов
      • 2. 5. Изменение характера ацетилирования гистонов в домене а-глобиновых генов

Характеристика молекулярных механизмов, регулирующих экспрессию альфа-глобиновых генов кур (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

В настоящее время практически не подлежит сомнению тот факт, что геном эукариот организован в отдельные хроматиновые домены. На сегодняшний день известно, по крайней мере, два типа доменов: структурно-функциональные и функциональные. Типичными доменами, определенными по структурному признаку, являются домены тканеспецифичных генов, характеризующиеся повышенным уровнем чувствительности к нуклеазам и повышенным уровнем ацетилирования гистонов в тех тканях, где домен активен. На границах этих доменов часто расположены инсуляторы, которые ограничивают область действия позитивных регуляторных элементов и препятствуют распространению репрессивных структур хроматина. Типичными примерами таких «классических» хроматиновых доменов, содержащих тканеспецифичные гены, являются домены р-глобиновых генов позвоночных [1], домен овальбуминовых генов кур [2], домен гена лизоцима КУР [3], домен гена аполипопротеина В человека [4]. Можно было бы предположить, что весь геном состоит из единообразно организованных доменов, однако изучение различных геномов показало, что наряду с «классическими» доменами существует и множество «неканонических» доменов, в том числе доменов с перекрывающимися генами и регуляторными системами. Именно к такому типу доменов относятся домены а-глобиновых генов позвоночных. Они расположены в богатых генами хромосомных областях и являются предпочтительно чувствительными к нуклеазам во всех типах клеток. Такие домены было предложено называть доменами «открытого типа» или доменами с «размытыми границами» [5].

Одним из наиболее изученных доменов открытого типа является домен а-глобиновых генов кур. Этот домен перекрывается с геном «домашнего хозяйства» ggPRX и является одним из первых доменов, где были обнаружены некодирующие межгенные транскрипты. Функциональное значение такого рода транскриптов оставалось неясным. Согласно одной из гипотез, они играют важную роль в поддержании активного статуса хроматинового домена.

Следует подчеркнуть, что домены открытого типа, содержащие одновременно тканеспецифичные гены и гены домашнего хозяйства, привлекли внимание исследователей сравнительно недавно. Принципы взаимодействия регуляторных механизмов, контролирующих работу разных генов в доменах этого типа, изучены недостаточно. В то же время домены открытого типа составляют значительную часть генома. Раскрытие общих принципов организации этих доменов существенно расширит наши знания о механизмах контроля экспрессии генов в эукариотической клетке.

Настоящая работа посвящена изучению полнодоменного транскрипта домена а-глобиновых генов кур, а именно картированию его границ и изучению феномена симметричной транскрипции 5'- концевой области домена.

Выводы.

1. Установлено, что в эритроидных клетках весь домен а-глобиновых генов, включая регуляторную 5'-область, транскрибируется, в результате чего образуется протяженная ядерная РНК (полнодоменный транскрипт). Верхняя граница полнодоменной транскрипционной единицы домена а-глобиновых генов кур находится на расстоянии 2224 тпн от эмбрионального гена я. Нижняя граница полнодоменного транскрипта располагается на расстоянии 1.5 тпн от аА гена. Длина полнодоменного транскрипта составляет около 30 тпн.

2. Полнодоменный транскрипт домена а-глобиновых генов кур не синтезируется в фибробластах.

3. Транскрипционная единица домена а-глобиновых генов кур является непрерывной.

4. Протяженная 5'-область домена а-глобиновых генов кур транскрибируется одновременно в двух направлениях в одних и тех же клетках.

3.

Заключение

.

Из всего вышеизложенного можно заключить, что хроматиновые домены не являются единообразными. Они представляют собой динамичные структуры, геномное окружение которых влияет на их организацию и функции.

Новые данные об эукариотическом геноме согласуются с доменной теорией организации генома. Клеточное ядро, ядерные компартменты и события реорганизации хроматина являются важной составляющей частью системы контроля хроматиновой структуры и генной регуляции.

Дальнейшие исследования в этом направлении необходимы для получения информации о механизмах активации генов на начальных стадиях, хотя к настоящему моменту не вызывает сомнений тот факт, что архитектура и динамика клеточного ядра играют важную роль в этих процессах.

Глава II. Материалы и методы.

Культуры клеток.

Линию клеток, трансформированной вирусом эритролейкемии птиц HD3 (клон А6 линии LSCC) культивировали в среде DMEM (Dulbecco's modified Eagles medium) с добавлением 8% фетальной бычьей сыворотки, 2% куриной сыворотки, 100 ед./мл пенициллина и 100 мкг/мл стрептомицина. Культивирование вели при 37 °C в атмосфере, содержащей 5,5% углекислоты. Плотность клеточной суспензии поддерживали в пределах 3×106 кл/мл. Первичные куриные фибробласты получали из 9-дневных куриных эмбрионов.

Выделение РНК из клеточных культур.

Суспензию клеток осаждали, промывали 1-кратным раствором PBS. Затем клетки лизировали и разделяли ядра и цитоплазму [59]. Ядра обрабатывали ДНКзой и протеиназой К. После этого выделяли РНК с помощью Trizol Reagent (Invitrogen).KneTKH ресуспендировали в реагенте Trizol (1 мл на 5−10×106 клеток) и инкубировали 5 минут при комнатной температуре. После этого добавляли 1/10 часть хлороформа и центрифугировали 15 минут при 4 °C. Затем отбирали верхнюю фазу, содержащую РНК, добавляли равный объем изопропанола и центрифугировали 10 минут при 4 °C. Осадок высушивали и растворяли в воде.

Выделенная таким образом РНК была использована для синтеза кДНК и для анализа по Нозерну.

РТ-ПЦР анализ.

На одну реакцию брали от 0,1 до 0,5 мкг РНК, предварительно обработав ее ДНКазой1. Затем добавляли 20пмоль специфических праймеров (их состав указан в таблице 1), 2,5 мМ смесь трифосфатов, реакционный буфер и 200 единиц обратной транскриптазы. Реакция проводилась при температуре 42 °C.

Прамеры для обратной транскрипции подбирались с помощью программы primer premier 5. Для этого мы использовали нуклеотидную последовательность протяженного фрагмента куриной ДНК, включающего кластер а-глобиновых генов (AY016020) [94]. Для каждой исследуемой области было выбрано несколько праймеров (два или три) для обратной транскрипции, инициирующих транскрипцию с точек, находящихся на некотором расстоянии друг от друга. Продукты обратной транскрипции использовались для дальнейшего анализа с помощью полимеразной цепной реакции.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Forrester, W.C., et al., A developmentally stable chromatin strucutre in the P~globin gene cluster. Proceeding of the National Academy of Sciences USA, 1986. 83: p. 1359−1363.
  2. Lawson, G.M., et al., Definition of 5' and 3' structural boundaries of the chromatin domain containing the ovalbumin multigene family. Journal of Biological Chemistry, 1982. 257: p. 1501−1507.
  3. Jantzen, К., H.P. Friton, and T. Igo-Kimenes, The DNase I sensitive domain of the chicken lyzozyme gene spans 24 kb. Nucleic Acids Research, 1986. 14: p. 6085−6099.
  4. Iudinkova, E.S. and S.V. Razin, Regulatory systems of genome domains with vague boundaries. Genetika, 2003. 39(2): p. 182−6.
  5. Choi, O. and J.D. Engel, A 3' enhancer is required for temporal and tissue-specific transcriptional activation of the chicken adult jB-globin gene. Nature, 1986. 323: p. 731−734.
  6. Hesse, J.E., et al., Regulated gene expression in transfectedprimary chicken erythrocytes. Proc Natl Acad Sci USA, 1986. 83(12): p. 4312−6.
  7. Foley, K.P. and J.D. Engel, Individual stage selector element mutations lead to reciprocal changes in p- vs. s-globin gene transcrption: genetic confirmation of promoter competition during globin gene switching. Genes & Developpment, 1992: p. 730−744.
  8. Reitman, M., et al., Site-independent expression of the chicken ft-globin gene in transgenic mice. Nature, 1990. 348: p. 749−752.
  9. Reitman, M., et al., An enhancer/locus control region is not sufficient to open chromatin. Mol. Cell. Biol., 1993.13: p. 3990−3998.
  10. Mason, M.M., et al., Expression of the chicken b-globin cluster in mice: correct developmental expression and distributed control. Mol Cell Biol, 1995.15: p. 407−414.
  11. Reitman, M. and G. Felsenfeld, Developmental regulation of topoisomerase II sites and DNase I hypersensitive sites in the chicken b-globin locus. Molecular and Cellular Biology, 1990.10: p. 2774−2786.
  12. Chung, J.H., M. Whiteley, and G. Felsenfeld, A 5' element of the chicken b-globin domain serves as an insulator in human erythroid cells and protects against position effects in Drosophila. Cell, 1993. 74: p. 505−514.
  13. Bell, A.C., A.G. West, and G. Felsenfeld, The protein CTCF is required for the enhancer-blocking activity of vertebrate insulators. Cell, 1999. 98: p. 387−396.
  14. Saitoh, N., et al., Structural and functional conservation at the boundaries of the chicken fi-globin domain. EMBO J., 2000.19: p. 2315−2322.
  15. Prioleau, M.-N., et al., An insulator element and condensed chromatin region separate the chicken fi-globin locus from an independently regulated erythroid-specific folate receptor gene. EMBO J., 1999.18: p. 4035−4048.
  16. Litt, M.D., et al., Correlation between histone lysine methylation and developmental changes at the chicken fi-globin locus. Science, 2001. 293: p. 2453−2455.
  17. Kioussis, D., et al., P-globin gene inactivation by DNA translocation in yP thalassemia. Nature, 1983. 306: p. 662−666.
  18. Curtin, P., et al., A distant gene deletion affects beta-globin gene function in an atypical gamma delta beta-thalassemia. J. Clin. Invest., 1985. 76: p. 1554−1558.
  19. Tuan, D., et al., The «b-like-globin» gene domain in human erythroid cells. 1985. 82: p. 6384−6388.
  20. Forrester, W.C., et al., A deletion of the human J3-globin locus activation region causes a major alteration in chromatin structure and replication across the entire fi-globin locus. Genes & Development, 1990. 4: p. 16 371 649.
  21. Grosveld, F., et al., Position-independent, high-level expression of the human fi-globin gene in transgenic mice. Cell, 1987. 51: p. 975−985.
  22. Talbot, D., et al., A dominant control region from the human b-globin locus conferring integration site-independent gene expression. Nature, 1989. 338(352−355).
  23. Henikoff, S., Conspiracy of silence among repeated transgenes. Bioessays, 1998. 20: p. 532−535.
  24. Ramirez-Solis, R., P. Liu, and A. Bradley, Chromosome engineering in mice. Nature, 1995. 378: p. 720−724.
  25. Schlake, T. and J. Bode, Use of mutated recognition target (FRT) sites for the exchange of expression cassettes at defined chromosomal loci. Biochemistry, 1994. 33: p. 12 746−12 751.
  26. Tanimoto, K., et al., Effects of altered gene order or orientation of the locus control region on human fi-globin gene expression in mice. Nature, 1999. 398: p. 344−348.
  27. Francastel, C., et al., Nuclear compartmentalisation and gene activity. Nat. Rev., 2000.1: p. 137−143.
  28. Bender, M.A., et al., fi-globin gene switching and DNase I sensitivity of the endogenous ($-globin locus in mice do not require the locus control region. Mol Cell, 2000.5: p. 387−393.
  29. Dillon, N., et al., The effect of distance on long-range chromatin interactions. Mol Cell, 1997.1: p. 131−139.
  30. Wijgerde, M., F. Grosveld, and P. Fraser, Transcription complex stability and chromatin dynamics in vivo. Nature, 1995. 377: p. 209−213.
  31. Bulger, M. and M. Groudine, Looping versus linking: toward a model of long distance gene activation. Genes Dev., 1999.13: p. 2465−2477.
  32. Peterson, K.R. and G. Stamatoyannopoulos, Role of gene order in developmental control of human gamma- and beta-globin gene expression. Mol. Cell. Biol., 1993.13: p. 4836−4843.
  33. Gribnau, J., et al., Chromatin interaction mechanism of transcriptional control in vivo. EMBO J., 1998.17: p. 6020−6027.
  34. Trimborn, Т., et al., Mechanizms of developmental control of transcription in the murine alpha and beta-globin loci. Genes Dev., 1999.13: p. 112−124.
  35. Gribnau, J., et al., Intergenic transcription and developmental remodeling of chromatin subdomains in the human beta-globin locus. Mol Cell, 2000. 5(2): p. 377−86.
  36. Amrolia, P.J., et al., Maximal activity of an erythroid-specific enhancer requires the presence of specific protein binding sites in linked promoters. J. Biol. Chem., 1998.273: p. 13 593−13 598.
  37. Bulger, M., et al., ChlPs of the b-globin locus: unravelling gene regulation within an active domain. Curr. Opin. Genet. & Dev., 2002.12: p. 170−177.
  38. Langdon, S.D. and R.E. Kaufman, Gamma-globin gene promoter elements requiredfor interaction with globin enhancers. Blood, 1998. 91: p. 309−318.
  39. , Т., К. Igarashi, and M. Groudine, Activation of beta-major globin gene transcription is associated with recruitment of NF-E2 to the beta-globin LCR and gene promoter. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001. 98: p. 10 226−10 231.
  40. Goodwin, A. J., et al., In vivo formation of the human b-globin locus control region core elements requires binding sites for multiple factors including GATA-1, NF-E2, Erythroid Kruppel-like factor and Spl. J. Biol. Chem., 2001.276: p. 26 883−26 892.
  41. Hardison, R., et al., Locus control regions of mammalian beta-globin gene clusters: combining phylogenetic analyses and experimental results to gain functional insights. Gene, 1997. 205: p. 73−94.
  42. Tewari, R., et al., Erythroid Kruppel-like factor (EKLF) is active in primitive and definitive erythroid cells ans is required for the function of 5'HS3 of the b-globin locus control region. EMBO J., 1998.17: p. 2334−2341.
  43. Wijgerde, M., et al., The role of EKLF in human b-globin gene competition. Genes. Dev., 1996.10: p. 2894−2902.
  44. Armstrong, J.A., J.J. Bieker, and X. Chen, A SWI/SNF-related chromatin remodelling complex, E-RC1, is required for tissue-specific transcriptional regulation by EKLF in vitro. Cell, 1998. 95: p. 93−104.
  45. Zhang, W. and J.J. Bieker, Acetylation and modulation of erythroid Кгърре1-lake factor (EKLF) activity by interaction with histone acetyl transferases. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998. 95: p. 9855−9860.
  46. Bresnick, E.H. and L. Tze, Synergism between, hypersensitive sites confers long-range activation by the human beta-globin locus control region. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997. 94: p. 4566−4571.
  47. Elefant, F., N.E. Cooke, and S.A. Liebhaber, Targeted recruitment of histone acetiltransferase activity to a locus control region. J. Biol. Chem., 2000.275: p. 13 827−13 834.
  48. Forsberg, E.C., et al., Requirement of an ElA-sensitive coactivator for long-range activation by the beta-globin locus control region. J. Biol. Chem., 1999. 274: p. 26 850−26 859.
  49. Ashe, H.L., Monks, J., Wijgerde, M., Fraser, P., Proudfoot, N.J., Intergenic transcription and transinduction of the human beta-globin locus. Genes Dev., 1997.11: p. 2494−2509.
  50. Cho, H., et al., A human RNA polymerase II complex containing factors that modify chromatin structure. Mol. Cell. Biol., 1998.18: p. 5355−5363.
  51. Wilson, C.J., et al., RNA polymerase II holoenzyme contains SWI/SNF regulators involved in chromatin remodelling. Cell, 1996. 84: p. 235−244.
  52. Wittschieben, B.O., et al., A novel histone acetiltransf erase is an integral submit of elongating RNA polymerase II holoenzyme. Mol. Cell, 1999.1: p. 123−128.
  53. Travers, A., Chromatin modification by DNA tracking. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999. 96: p. 13 634−13 637.
  54. Kong, S., et al., Transcription of the HS2 enhancer toward a cis-linked gene is independent of the orientation, position and distance of the enhancer relative to the gene. Mol. Cell. Biol., 1997.17: p. 3955−3965.
  55. Plant, K.E., S.J. Routledge, and N.J. Proudfoot, Intergenic transcription in the human beta-globin cluster. Mol. Cell. Biol., 2001. 21: p. 6507−6514.
  56. Broders, F., A. Zahraoui, and K. Scherrer, The chicken a-globin gene domain is transcribed into a 17-kilobase polycistronic RNA. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 1990. 87: p. 503−507.
  57. Herendeen, D.R., G.A. Kassavetis, and E.P. Geiduschek, A transcriptional enhancer whose function imposes a requerement that proteins track along DNA. Science, 1992. 256: p. 1298−1303.
  58. Tuan, D., S. Kong, and K. Hu, Transcription of the hypersensitive site HS2 enhancer in erythroid cells. Proceedings of the National Academy of Sciences USA, 1992. 89: p. 11 219−11 223.
  59. Grosveld, F., Activation by locus control regions? Curr. Opin. Genet. Dev., 1999.9: p. 152−157.
  60. McMorrow, Т., et al., Activation of the fi-globin locus by transcription factors and chromatin modifiers. EMBO J., 2000.19: p. 4986−4996.
  61. Gribnau, G., et al., Intergenic transcription and developmental remodelling of chromatin subdomains in the human b-globin locus. Mol Cell, 2000. 5: p. 377−386.
  62. Engel, J.D. and K. Tanimoto, Looping, linking, and chromatin activity: new insights into fi-globin locus regulation. Cell, 2000.100: p. 499−502.
  63. Forsberg, E.C., et al., Developmentally dynamic histone acetylation pattern of a tissue-specific chromatin domain. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2000. 97: p. 14 494−14 499.
  64. Forsberg, E.C. and E.H. Bresnick, Histone acetylation beyond promoters: long-range acetylation patterns in the chromatin world. Bioessays, 2001. 23: p. 820−830.
  65. West, A.G., M. Gaszner, and G. Felsenfeld, Insulators: many functions, many mechanisms. Genes Dev, 2002.16(3): p. 271−88.
  66. Bell, A.C. and G. Felsenfeld, Stopped at the border: boundaries and insulators. Curr. Opin. Genet. & Dev., 1999. 9: p. 191−198.
  67. Chung, J.H., A.C. Bell, and G. Felsenfeld, Characterization of the chicken /З-globin insulator. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997. 94: p. 575−580.
  68. Ohlsson, R., R. Renkawitz, and V. Lobanenkov, CTCF is a uniquely versatile transcription regulator linked to epigenetics and disease. Trends Genet., 2001.17: p. 520−527.
  69. Recillas-Targa, F., et al., Position-effect protection and enhancer blocking by the chicken fi-globin insulator are separable activities. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2002. 99: p. 6883−6888.
  70. Farrell, C.M., A.G. West, and G. Felsenfeld, Conserved CTCF insulator elements flank the mouse and human fi-globin loci. Mol. Cell. Biol., 2002. 22: p. 3820−3831.
  71. Recillas-Targa, F., The chicken alpha- and beta-globin gene domains and their chromatin organization. L in Cellett, 2000(5): p. 451−467.
  72. Razin, S.V. and O.V. Iarovaia, Association of transcription-active DNA fraction with the nuclear skeleton is altered during incubation of nuclei in solutions of low ionic strength. Mol Biol (Mosk), 1986. 20(3): p. 646−55.
  73. Moreau, J., et al., A+T-rich linkers define functional domains en eukaryotic DNA. Nature, 1982. 295: p. 260−262.
  74. Razin, S.V., et al., Non-clonability correlates with genomic instability: a case study of a unique DNA region. J Mol Biol, 2001. 307(2): p. 481−6.
  75. Recillas-Targa, F. and S.V. Razin, Chromatin domains and regulation of gene expression: familiar and enigmatic clusters of chicken globin genes. Crit. Rev. Eukaryot. Gene Expr., 2001.11: p. 227−242.
  76. Razin, S.V., et al., Replication origins are attached to the nuclear skeleton. Nucl. Acids Res., 1986.14(20): p. 8189−8207.
  77. Verbovaia, L. and S.V. Razin, Analysis of the replication direction through the domain of a-globin-encoding genes. Gene, 1995.166: p. 255−259.
  78. Razin, S.V., et al., Transcriptional enhancer in the vicinity of replication origin within the 5' region of the chicken a-globin gene domain. J. Mol. Biol., 1991.217: p. 595−598.
  79. Sjakste, N., et al., A novel gene is transcribed in the chicken a-globin gene domain in the direction opposite to the globin genes. Mol. Gen. Genet., 2000. 262: p. 1012−1021.
  80. Brickner, H.E., X.X. Zhu, and G.F. Atweh, A novel regulatory element of the human a-globin gene responcible for its constitutive expression. J. Biol. Chem., 1991.266: p. 15 363−15 368.
  81. James-Pederson, M., et al., Flanking and intragenic sequences regulating the expression of the rabit alpha-globin gene. J. Biol. Chem., 1995. 270: p. 3965−3973.
  82. Reitman, M. and G. Felsenfeld, Mutational analysis of the chicken beta-globin enhancer reveals two positive-acting domains. Proc Natl Acad Sci U SA, 1988. 85(17): p. 6267−71.
  83. Recillas Targa, F., et al., Silencer and enhancer elements located at the 3-side of the chicken and duck a-globin-encoding gene domains. Gene, 1993. 129: p. 229−237.
  84. Recillas Targa, F., et al. Silencer and enhancer elements and the framing structure of the chicken a-globin gene domain, in 9th Conf. on Hemoglobin Switching. 1995. Orcas Islands, WA, USA: Intercept, Andover.
  85. Stalder, J., et al., Tissue-specific DNA cleavage in the globin chromatin domain introduced by DNase I. Cell, 1980. 20: p. 451−460.
  86. Weintraub, H., A. Larsen, and M. Groudine, a-globin gene switching during the development of chicken embryos: expression and chromosome structure. Cell, 1981. 24: p. 333−344.
  87. Razin, S.V., C.V. De Moura Gallo, and K. Scherrer, Characterization of the chromatin structure in the upstream area of the chicken a-globin gene domain. Molecular and General Genetics, 1994. 242: p. 649−652.
  88. Valadez-Graham, V., S.V. Razin, and F. Recillas-Targa, CTCF-dependent enhancer blockers at the upstream region of the chicken {alpha}-globin gene domain. Nucleic Acids Res, 2004.32(4): p. 1354−1362.
  89. Razin, S.V., et al., Functional analysis of DNA sequences located within a cluster of DNase I hypersensitive sites colocalising with MAR element at the upstream border of the chicken a-globin gene domain. J Cell. Biochem., 1999. 74: p. 38−49.
  90. Flint, J., et al., Comparative genome analysis delimits a chromosomal domain and identifies key regulatory elements in the alpha globin cluster. Hum. Mol. Genet., 2001.10: p. 371−382.
  91. Imaizumi, M.-T., H. Diggelmann, and К. Scherrer, Demonstration of Globin Messenger Sequences in Giant Nuclear Precursors of Messenger RNA of Avian Erythroblasts. Proceedings of the National Academy of Science USA, 1973.70: p. 1122−1126.
  92. Vyas, P., Vickers, M.A., Picketts, D.J., Higgs, D.R., Conservation of position and sequence of a novel, widely expressed gene containing the major human alpha-globin regulatory element. Genomics, 1995. 29: p. 679 689.
  93. Sjakste, N., et al., A novel gene is transcribed in the chicken alpha-globin gene domain in the direction opposite to the globin genes. Mol Gen Genet, 2000. 262(6): p. 1012−21.
  94. Sharpe, J.A., et al., Role of upstream DNase I hypersensitive sites in the regulation of human alpha globin gene expression. Blood, 1993. 82: p. 1666−1671.
  95. Gourdon G, S.J., Wells D, Wood WG, Higgs DR., Analysis of a 70 kb segment ofDNA containing the human zeta and alpha-globin genes linked to their regulatory element (HS-40) in transgenic mice. Nucleic Acids Res., 1994 Oct 11. 22(20): p. 4139−47.
  96. Bernet A, S.S., Picketts DJ, Ouazana R, Morle F, Higgs DR, Godet J., Targeted inactivation of the major positive regulatory element (HS-40) of the human alpha-globin gene locus. Blood., 1995 Aug 1. 86(3): p. 1202−11.
  97. Buongiorno-Nardelli, M., et al., A relationship between replicon size and supercoiled loop domains in the eukaryotic genome. Nature, 1982. 298: p. 100 102.
  98. Svetlova, E.Y., S.V. Razin, and M. Debatisse, Mammalian recombination hot spot and DNA loop anchorage region: a model for the study of common fragile sites, in J. Cell. Biochem. 2001. p. 170−178.
  99. Linskens, M.H., A. Eijsermans, and P.A. Dijkwel, Comparative analysis of DNA loop length in nontransformed and transformed hamster cells. Mutat Res, 1987.178(2): p. 245−56.
  100. Ioudinkova, E., Petrov, A., Razin, S., Vassetzky, Y., Mapping long-range chromatin organization within the chicken alpha-globin gene domain using oligonucleotide DNA arrays. Genomics, 2004.
  101. Anguita, E., et al., Identification of a conserved erythroid specific domain of histone acetylation across the alpha-globin gene cluster. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2001. 98: p. 12 114−12 119.
  102. Sambrook J, F.E., Maniatis T, Molecular cloning: a laboratory manual. 2nd edition. New York: Cold Spring Harbor., 1989.
  103. Engel, J.D. and J.B. Dodgson, Analysis of the closely linked adult chicken a-globin genes in recombinant DNAs. Proceeding, 1980. 77: p. 2596−2600.
  104. Iarovaia, O.V., et al., Visualization of individual DNA loops and a map of loop-domains in the human dystrophin gene. Nucl. Acids Res., 2004. 32: p. 2079−2086.
  105. Broders, F. and K. Scherrer, Transcription of the a-globin gene domain in normal and AEV-transformed chicken erythroblasts: mapping of giant globin-specific RNA including embryonic and adult gene. Molecular and General Genetics, 1987. 209: p. 210−220.
  106. Beug, H., et al., Erythroblast cell lines transformed by a temperature sensitive mutant of avian erythroblastosis virus. A model system to study erythroid differentiation in vitro. Journal of Cell Physiology, 1979. 1: p. 195−207.
  107. Higgs, D.R., et al., A major positive regulatory region located far upstream of the human a-globin gene locus. Genes & Development, 1990. 4: p. 15 881 601.
  108. Razin, S.V., et al., The 33 kb transcript of the chicken alpha-globin gene domain is part of the nuclear matrix. J Cell Biochem, 2004. 92(3): p. 44 557.
  109. Ioudinkova E, P.A., Razin SV, Vassetzky YS., Mapping long-range chromatin organization within the chicken alpha-globin gene domain using oligonucleotide DNA arrays. Genomics, 2005.
  110. Iarovaia, O., et al., In chicken leukemia cells globin genes are fully transcribed but their mas are retained in the perinucleolar area. Exp Cell Res, 2001.270(2): p. 159−65.
  111. Ioudinkova, E.S., et al., Regulation of globin genes expression: New findings made with the chicken domain of alpha globin genes. Gene Ther. Mol. Biol., 2001.6: p. 149−157.
  112. Grisanti P, F.S., Tataseo P, Palleschi C., Symmetrical transcription in the tRNA region of the mitochondrial genome of Saccharomyces cerevisiae. Curr Genet., 1993.
  113. Makalowska I, L.C., Makalowski W., Overlapping genes in vertebrate genomes. Comput Biol Chem., 2005.1. Благодарности
  114. Также благодарю всех сотрудников лаборатории «структурно-функциональной организации хромосом» за поддержку и помощь при выполнении работы. Особую признательность хочу выразить Петровой Наталье за личное участие в написании и оформлении диссертации.
  115. Благодарю моих оппонентов д.б.н., профессора, чл.-корр. Алексея Петровича Рыскова и д.б.н., профессора Карпова Вадима Львовича за проявленный интерес, обсуждение и ценные замечания.
Заполнить форму текущей работой

Пора сдавать?