Классификация триплетной периодичности нуклеотидных последовательностей генов из базы данных KEGG-29

ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Введена мера подобия между типами скрытой триплетной периодичности, на ее базе разработан алгоритм классификации районов триплетной периодичности. Проведена классификация 472 288 районов триплетной периодичности, найденных в 578 868 кодирующих последовательностях генов из БД KEGG. Получены 2 520 ста тистически значимых классов, охватывающие около 94% найденных районов три плетной периодичности.2… Читать ещё >

Содержание

Предметная область
Последовательности ДНК генов
Гены, кодирующие белки. б
Гены транспортных РНК

Классификация триплетной периодичности нуклеотидных последовательностей генов из базы данных KEGG-29 (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Постановка задачи.8.

Научная новизна.9.

Практическое значение работы.10.

Положения, выносимые на защиту.11.

Структура и объем диссертации

11.

Опубликование и апробация результатов работы.11.

В рамках настоящей работы:

1. Введена мера подобия между типами скрытой триплетной периодичности, на ее базе разработан алгоритм классификации районов триплетной периодичности. Проведена классификация 472 288 районов триплетной периодичности, найденных в 578 868 кодирующих последовательностях генов из БД KEGG. Получены 2 520 ста тистически значимых классов, охватывающие около 94% найденных районов три плетной периодичности.2. Создан банк данных, содержащий информацию о сформированных классах три плетной периодичности.3. Найдено 36 111 случаев возможных мутаций в кодирующих районах генов, при ведших к сдвигу рамки считывания или инверсии последовательности. Для 2 660 возможных мутаций найдены подобия аминокислотных последовательностей, ко дированных по найденной гипотетической (древней) рамке считывания, к последо вательностям известных белков из БД UniProt. Для 190 из них также найдены бел ковые подобия и при трансляции по действующей рамке считывания гена.4. Создан банк данных, содержащий информацию о возможных мутациях, приведших к сдвигу рамки считывания гена.5. Найдены 1135 случаев возможных мутаций в кодирующих районах генов, привед шие к сдвигу рамки считывания в областях кодирующих последовательностей, смежных с районами непрерывной триплетной периодичности. Для 150 обнару женных возможных мутаций найдены подобия аминокислотных последовательно стей, транслированных по предполагаемой древней рамке считывания, к извест ным белкам.6. Создан банк данных, содержащий информацию о возможных мутациях, приведших к сдвигу рамки считывания в областях кодирующих последовательностей, смежных с районами непрерывной триплетной периодичности.7. Проведен поиск тРНК-подобных последовательностей в БД GenBank, найдено 175 901 ранее не известных тРНК-подобных последовательностей. Значительная доля тРНК-подобных последовательностей находится в кодирующих районах гено ма. Предположительно, найденные тРНК-подобные последовательности являются частью высоко дивергировавших копий известных повторов, и распространялись по геному именно в составе этих повторов. Многие районы, содержащие тРНК подобные последовательности, были распознаны как известные повторы. Показа ны множественные случаи встраивания повторов или их фрагментов в другие из вестные повторы. Для 9 основных таксономических разделов GenBank показан ха рактерный состав преобладающих изотипов тРНК-подобных последовательностей. Построенная классификация тРНК-подобных последовательностей для каждого раздела выделяет группы наиболее подобных последовательностей, предполагая их одновременное расселение по геному.8. Создан банк данных с информацией о найденных тРНК-подобных последователь ностях.

Показать весь текст

Список литературы

Frenkel F.E., Korotkov E.V. Revealing and functional analysis of tRNA-like sequences in various genomes. // Proceedings of the 2nd international conference on bioinformatics of genome regulations and structure. Новосибирск. — 2002. -P. 23−26.
Френкель Ф.Е., Чалей М. Б., Короткое E.B. Поиск и функциональный анализ тРНК-подобных последовательностей.// Материалы 7-й Пущинской школы-конференции молодых ученых «БИОЛОГИЯ НАУКА XXI ВЕКА». — Пущино. -2003. — С. 257.
Короткое Е.В., Короткова М. А., Френкель Ф. Е., Кудряшов Н. А. Информационная концепция поиска периодичности в символьных последовательностях. // Молекулярная биология. 2003. — Том 37(3) — С. 436−451.
Frenkel F.E., Chaley M.B., Korotkov E.V., Skryabin K.G. Revealing and functional analysis of tRNA-like sequences in various genomes. // In «Bioinformatics Of Genome Regulation And Structure» .- Kluwer. 2004. — P. 39−46.
Frenkel F.E., Chaley M.B., Korotkov E.V., Skryabin K.G. Evolution of tRNA-like sequences and genome variability // Gene. 2004. — Vol. 335 — P. 57−71.
Создание профиля (компонента PROFMAKE).
Строится множественное выравнивание найденных подобий.

Заполнить форму текущей работой

Другие работы

Научно-методические основы оценки влияния возбудителей холеры, чумы и туляремии на адаптационно-компенсаторные реакции биомоделей

Для. сравнительного морфометрического исследования были взяты культуры штаммов Ypestis 231 (pFra+, pPst+, pCad+, Pgm+), Y pestis (pFra+, pPst+, pCad+, Pgm") -штаммов, выделенных в 2006 г. на территории Прикаспийского природного очага чумы и Ypestis ЕV (pFra+, pPst+, pCad+, Pgm") линии НИИЭГ. Для природных штаммов характерным было отсутствие в их геноме, по данным генетического анализа, hmsи…

Диссертация