Физико-химические свойства и регуляция экспрессии изоферментов изоцитратлиазы в разных органах кукурузы
Анализ профилей экспрессии генов изоцитратлиазыпоказал значительные отличия их функционирования в разных органах, Zea mays L. Максимальный уровень экспрессии гена icll характерен для щитка, что-обусловлено синтезом глиоксисомальной изоцитратлиазы, связанной с протеканием ГЦ. В течение исследуемого периода экспрессия гена icll уменьшалась и. достигала минимального значения на 14-е сутки. Для этого… Читать ещё >
Содержание
- ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Выделение и получение препаратов изоцитратлиазы в высокоочищенном состоянии из разных организмов
- 1. 1. 1. Механизм действия изоцитратлиазы
- 1. 1. 2. Характеристика способов выделения изоцитратлиазы из растений, животных и бактерий
- 1. 1. 3. Пространственная структура и конформационное состояние молекулы изоцитратлиазы
- 1. 1. 3. 1. Молекулярная масса и субъединичное строение фермента
- 1. 1. 3. 2. Пространственная структура молекулы изоцитратлиазы, особенности вторичной, третичной структуры
- 1. 1. Выделение и получение препаратов изоцитратлиазы в высокоочищенном состоянии из разных организмов
- 1. 2. Регуляция активности изоцитратлиазы на разных этапах развития организмов и её физиолого-биохимическая роль
- 1. 2. 1. Распространение изоцитратлиазы в организмах различных таксономических групп
- 1. 2. 1. 1. Распространение ферментов ГЦ у микроорганизмов
- 1. 2. 1. 2. Функционирование глиоксилатного цикла у грибов3 j
- 1. 2. 1. 3. Распространение изоцитратлиазы у низших и высших растений
- 1. 2. 1. 4. Изоцитратлиаза в тканях животных
- 1. 2. 2. Субклеточная локализация изоцитратлиазы
- 1. 2. 2. 1. Микротельца в растениях
- 1. 2. 2. 2. Внутриклеточная локализация ИЦЛЗУ
- 1. 2. 3. Изоферментный состав
- 1. 2. 4. Регуляторные и кинетические характеристики изоцитратлиазы 41 1.2.4.1. рН оптимум/4 j
- 1. 2. 4. 2. Температурный оптимум
- 1. 2. 4. 3. Константа Михаэлиса
- 1. 2. 4. 4. Влияние катионов металлов
- 1. 2. 4. 5. Регуляция метаболитами
- 1. 2. 5. Физиологическое значение изоформ ИЦЛ у различных организмов
- 1. 2. 1. Распространение изоцитратлиазы в организмах различных таксономических групп
- 1. 3. Молекулярные аспекты функционирования изоцитратлиазы в различных организмах
- 1. 3. 1. Экспрессия и регуляция фермента^g
- 1. 3. 1. 1. Экспрессионная регуляция ИЦЛ
- 1. 3. 1. 2. Генетические механизмы регуляции синтеза ИЦЛ
- 1. 3. 2. Характеристика структурной организации генетического материала изоцитратлиазы
- 1. 3. 3. Эволюционные аспекты ферментов ГЦ
- 1. 3. 1. Экспрессия и регуляция фермента^g
- 2. 1. Объект и методы исследования^
- 2. 1. 1. Объект исследования
- 2. 1. 2. Методы исследования
- 2. 1. 2. 1. Определение активности изоцитратлиазы
- 2. 1. 2. 2. Определение количества белка
- 2. 1. 2. 3. Исследование субклеточной локализации
- 2. 1. 2. 4. Схема очистки изоцитратлиазы
- 2. 1. 2. 5. Электрофоретические исследования белков
- 2. 1. 2. 5. 1. Определение гомогенности ферментов^q
- 2. 1. 2. 5. 2. Специфическое проявление изоцитратлиазы
- 2. 1. 2. 5. 3. Определение молекулярной массы субъединиц ферментов методом DS-Na-ПААГ-электрофореза
- 2. 1. 2. 6. Хранение высокоочищенных ферментативных препаратов изоцитратлиазы
- 2. 1. 2. 7. Определение молекулярной массы нативного фермента
- 2. 1. 2. 8. Исследование кинетических и регуляторных характеристик изоформ изоцитратлиазы
- 2. 1. 2. 9. Экстракция суммарной РНК
- 2. 1. 2. 10. Проведение обратной транскрипции^
- 2. 1. 2. 11. Подбор праймеров
- 2. 1. 2. 12. Проведение полимеразной цепной реакции
- 2. 1. 2. 13. Секвенирование ПЦР-продукта^
- 2. 1. 2. 13. 1. Экстракция фрагментов ДНК из ПААГ
- 2. 1. 2. 14. Проведение ПЦР в реальном времени
- 2. 1. 2. 15. Статистическая обработка данныхgg
- 2. 2. 1. Физиолого-биохимические аспекты функционирования изоформ изоцитратлиазы в растениях
- 2. 2. 1. 1. Динамика активности изоцитратлиазы в растениях с различным типом основного метаболизма
- 2. 2. 1. 2. Электрофоретические исследования изоферментного состава изоцитратлиазы в растениях с разным типом основного метаболизма
2.2.1.3. Динамика активности ИЦЛ и ключевых ферментов основных метаболических путей в онтогенезе кукурузы 732.2.1.4. Электрофоретическая подвижность изоцитратлиазы в разных органах Zea mays L при проростании
2.2.1.5. Исследование субклеточной локализации изоцитратлиазы в щитках кукурузы
2.2.2. Очистка, физико-химические, кинетические и регуляторные изоформ изоцитратлиазы из разных органов Zea mays L g
2.2.2.1. Очистка изоформ ИЦЛ из щитков
2.2.2.2. Очистка изоцитратлиазы из проростков кукурузы
2.2.2.3. Электрофоретические исследования изоцитратлиазы gg
2.2.2.4. Молекулярная масса изоформ изоцитратлиазы gg
2.2.2.5. Изучение влияния концентрации изоцитрата на активность ИЦЛ из щитков и зеленых листьев кукурузы
2.2.2.6. Изучение влияния концентрации ионов водорода на активность ИЦЛ из щитков и зеленых листьев кукурузы
2.2.2.7. Влияние катионов металлов на активность изоформ изоцитратлиазы из щитков и зеленых листьев кукурузы
2.2.2.8. Влияние глицина и гликолата на активность изоферментов изоцитратлиазы
2.2.2.9. Оптимизация условий хранения высокоочищенных изоформ изоцитратлиазы
2.2.3. Молекулярные аспекты функционирования изоферментов изоцитратлиазы в различных органах Zea mays L
2.2.3.1. Идентификация генов изоцитратлиазы методом ПЦР в щитках и зелёных листьях кукурузы
2.2.3.1.1. Подбор праймеров^
2.2.3.1.2. Идентификация генов изоцитратлиазы методом ОТ-ПЦР
2.2.3.2. Определение нуклеотидной последовательности продуктов полученных методом ПЦР
2.2.3.3. Изменение экспрессии генов изоцитратлиазы в онтогенезе в различных органах кукурузы^ j g
Список литературы
- Волвенкин С. В. Субклеточная локализация и свойства ферментов глиоксилатного цикла в печени крыс с аллоксановым диабетом / С. В. Волвенкин, В. Н. Попов, А. Т. Епринцев // Биохимия. 1999. -Т. 64, вып. 9. — С.1185−1191.
- Грабович М.Ю. Особенности углеродного метаболизма у бесцветных серобактерий Macromonas bipunctata / М. Ю. Грабович, Г. А. Дубинина, В. В. Чурикова // Микробиология. 1993. -Т.62, вып. 3. — С. 421−429.
- Детерман Г. Гель-хроматография / Г. Детерман. — М.: Мир, 1970. -173с.
- Диксон М. Ферменты: в 3-х т. / М. Диксон, Э. Уэбб- перевод с англ. JI.M. Гинодмана, М.И. Левянт- под ред. В. К. Антонова, А. Е. Браунштейна. М.: Мир, 1982. — Т. 3. — 216 с.
- Епринцев А. Т. Глиоксилатный цикл: универсальный механизм адаптации? / А. Т. Епринцев, В. Н. Попов, М. Ю. Шевченко. М.: ИКЦ Академ. книга, 2007. — 228с.
- Епринцев А. Т. Очистка и физико-химические свойства изоцитратлиазы из куколок бабочки P.machaon L. / А. Т. Епринцев, М. Ю. Шевченко, В. Н. Попов. // Биохимия. 2004. — Т.69, № 4. — С. 467 472.
- Епринцев А. Т. Экспрессия и регуляция ферментов глиоксилатного цикла / А. Т. Епринцев, М. Ю. Шевченко, В. Н. Попов. Воронеж: Центрально-Черноземное книжное издательство, 2005. -224с.
- Епринцев А.Т. Полимеразная цепная реакция как универсальный метод диагностики и идентификации генов / А. Т. Епринцев, Е. А. Москалёв, В. Н. Попов // Системный анализ и управление в биомедицинских системах. 2001. -Т. 54, № 1. — С. 9−14.
- Епринцев А.Т. Роль изоформ малатдегидрогеназы в регуляции анаболических процессов у бесцветных серобактерий Beggiatoaleptomitiformis Д-402 / A.T. Епринцев, М. И. Фалалеева, М. Ю. Грабович // Микробиология. 2004. — Т. 73, № 4. -С. 437−442.
- Особенности структурной организации и экспрессионной регуляции изоформ МДГ из Rhodobacter sphaeroides штамма 2R / A.T. Епринцев и др. // Биохимия. 2009. — Т. 74, № 7. С. 977−984.
- Глиоксилатный цикл растений / А. А. Землянухин и др. — Воронеж: ВГУ, 1986. 148с.
- Игамбердиев А. У. Микротельца в метаболизме растений / А. У. Игамбердиев. — Воронеж: ВГУ. 1990. 148с.
- Игамбердиев А.У. Исследование кинетических свойств и модификаций аминокислотных остатков изоцитратлиазы из щитка кукурузы / А. У. Игамбердиев, А. А. Землянухин // Биохимия. 1987. — Т. 52, вып. 8. — С. 1286−1293.
- Игамбердиев А.У. Роль пероксисом в организации метаболизма растений / А. У. Игамбердиев // Соросовский Образовательный журнал. 2000. — Т.6, № 12. — С. 113−124.
- Игамбердиев А.У. Внеглиоксисомальная форма изоцитратлиазы высших растений / А. У. Игамбердиев, А. А. Землянухин, И. В. Мещерякова //Физиология растений. 1986. — Т. 33, вып.6. С. 11 131 120.
- Лакин Г. Ф. Биометрия / Г. Ф. Лакин. М.: Высш. шк. 1990. — 351с.
- Остерман JI.A. Исследование биологических макромолекул / Л. А. Остерман. -М.: Мир. 1983. 297с.
- Индукция ферментов глиоксилатного цикла в различных тканях голодающих крыс / В. Н. Попов и др. // Известия РАН, Серия биологическая. 2000. — № 6.- С.663−667.
- Сравнительный анализ ключевого фермента глиоксилатного цикла, изоцитратлиазы, из организмов разных систематических групп / В. Н. Попов и др. // Журнал эволюционной биохимии и физиологии. — 2005.-№ 6.-С.317−329.
- Роль ключевых ферментов глюконеогенеза при адаптации крыс к пищевой депривации / М. Ю. Шевченко и др. // Физиология и психофизиология мотиваций. Межрегиональный сборник научных работ.- Воронеж: ВГУ 2003. — вып. 6. — С.87−91.
- Щипарёв С.М., Чупрова Г. В., Полевой В. В. / Вестник ЛГУ, Биология, -1976. — Т.21. С. 314−319.
- The role of the glyoxylate cycle in the symbiotic fungus Tuber borchii: expression analysis and subcellular localization / S. Abba' et. al. // Curr Genet. 2007. -Vol.52, № 3. — P. 159−70.
- Insights into corn genes derived from large-scale cDNA Sequencing / N. N. Alexandrov et. al. // Plant Mol Biol. 2009. -Vol. 69. — P. 179−194.
- Armin R. Effect of red light and gibberellic acid on lipid metabolism in germinating spores of the fern Anemia phyllitidis / Armin R. // Physiologia Plantarum. 1981. — Vol. 54, № 1. — P. 58 — 62.
- Promoter analysis of the acetate-inducible isocitrate lyase gene (acu-3) from Neurospora crassa / M. Bibbins et. al. I I Biochim Biophys Acta. 1998. -Vol.144, № 2.-P. 320−325.
- Blackburn P. Ribonuclease inhibitor from human placenta: interaction with derivatives of ribonuclease A / P. Blackburn, B.L. Jailkhani // J Biol Chem. -1979. Vol. 254. — P. 12 488−93.
- The structure and domain organization of Escherichia coli isocitrate lyase / K. L. Britton et. al. I I Acta Crystallogr. 2001. -Vol. 57. — P. 1209−1218.
- The crystal structure and active site location of isocitrate lyase from the fungus Aspergillus nidulans / K. Britton et. al. I I Struct. Folding Des. — 2000.-Vol.8.-P. 349−362.
- Anaerobic central metabolic pathways active during polyhydroxyalkanoate production in uncultured cluster 1 Defluviicoccus enriched in activated sludge communities // L.C. Burow et. al. // FEMS Microbiology Letters. -2009. -Vol.298, № 1, P. 79 — 84.
- Transient occurrence of seed germination processes during coffee post-harvest treatment / G. Bytof et. al. // Selmar Ann Bot (Lond). 2007. -Vol.100, № 1.-P. 61−67.
- Canovas D. Developmental regulation of the glyoxylate cycle in the human pathogen Penicillium marneffei / D. Canovas, A. Andrianopoulos // Mol Microbiol. 2006. -Vol.62, № 6. — P. 1725−1738.
- Non-coordinate expression of peroxisome biogenesis, «-oxidation and glyoxylate cycle genes in mature Arabidopsis plants / W. L. Charlton et. al. // Plant Cell Rep. 2005. -Vol.23. — P. 647−653.
- Are Isocitrate Lyase and Phosphoenolpyruvate Carboxykinase Involved in Gluconeogenesis during Senescence of Barley Leaves and Cucumber Cotyledons? / Z. Chen et. al. // Plant and Cell Physiology. 2000. -Vol.41, № 8.-P. 960−967.
- Isolation and characterization of an isocitrate lyase gene from senescent leaves of sweet potato / Chen Hsien-Jung et. al. // J. of plant physiology. -2000. Vol. 157, № 6. -P. 669−676.
- Chigen T. Purification and Some Properties of Isocitrate Lyase from the Pollen of Pinus densiflora Sieb. et Zucc. / T. Chigen, E. Shin-ichiro, K. Teizo // Agricultural and Biological Chemistry. 1986. -Vol.50, № 2. — P. 409−416.
- Chomczynski P. Single-Step method of RNA isolation by acid guanidinium thiocyanate-phenol-chloroform extraction / P. Chomczynski, N. Sacchi // Anal. Biochem. 1987. — Vol. 162. — P. 156−159.
- Cioni M. Comparative biochemistry of the glyoxylate cycle / M. Cioni, G. Pinzauti, P. Vanni // Сотр. Biochem. Physiol. 1981. — Vol.70, № 1. — P. 1−26.
- Fat-to-glucose interconversion by hydrodynamic transfer of two glyoxylate cycle enzyme genes / P. Cordero et. al. // Lipids Health Dis. 2008. -Vol.7, № 49. — P. 123−134.
- Lipid Utilization, Gluconeogenesis, and Seedling Growth in Arabidopsis Mutants Lacking the Glyoxylate Cycle Enzyme Malate Synthase / J. E. Cornah et. al. // Biol. Chem. -2004. -Vol.279, № 41. -P. 42 916−42 923.
- Cots J. Germination, senescence and pathogenic attack in soybean {Glycine max. L.): identification of the cytosolic aconitase participating in the glyoxylate cycle / J. Cots, F. Widmer // Plant Sci. 1999. — Vol.149, № 3. -P. 95−104.
- Davis В. J. Disc-electrophoresis II. Method and application to human Serum protein / B. J. Davis // Ann. N.Y. Acad. Sci. 1964. — Vol.121. — P. 404−427.
- Can sugars be produced from fatty acids? A test case for pathway analysis tools // L.F. de Figueiredo et. al. // Bioinformatics. — 2009. — Vol.25, № 1. -P.152−8.
- De los Reyes B.G. Differential induction of glyoxylate cycle enzymes by stress as a marker for seedling vigor in sugar beet {Beta vulgaris) / B. G. De los Reyes, S. J. Myers, J. M. McGrath // Mol. Genet. Genomics. 2003. -Vol.269, № 5.-P.692−698.
- Purification and properties of isocitrate lyase-from Aspergillus nidulans, a model enzyme to study catabolite inactivation in filamentous fungi / J.R. De Lucas et. al. //Microbiol. 1997.-Vol.101. — P.410−414.
- Delkin». G. Specific elements of the glyoxylate pathway play a significant role in the functional transition of the soybean cotyledon during seedling development / G. Delkin and L. Vodkin //BMC Genomics. 2007. — Vol.8, № 468.-P. 1−22.
- Demaggio A. E. Biochemistry of Fern Spore Germination. Glyoxylate and Glycolate cycle activity in Onoclea sensibilis L. / A. E. Demaggio, C. Greene // Plant Physiol. -1980. -Vol.66. P. 922−924.
- Identification of the aceA gene encoding isocitrate lyase required for the growth of Pseudomonas aeruginosa on acetate, acyclic terpenes and leucine / A.L. Diaz-Рёгег et. al. // FEMS Microbiol Lett. 2007. -Vol.269, № 2. -P. 309−316.
- Studies on the regulation and localisation of the glyoxylate cycle enzymes in Saccharomyces cerevisiae / W. Duntze et. al. // European Journal of Biochemistry. 1969. — Vol.10. — P. 83−89.
- Eastmond P J. Re-examining the role of the glyoxylate cycle in oilseeds // P.J. Eastmond, I.A. Graham // Trends Plant Sci. 2001. — Vol.6, № 5. -P.72−77.
- Analysis of the regulation, expression, and localisation of the isocitrate lyase from Aspergillus fumigatus, a potential target for antifungal drug development / F. Ebel et. al. // Fungal Genet Biol. 2006.- Vol.43, № 7. -P.476−489.
- Eckardt N.A. Peroxisomal citrate synthase provides exit route from fatty acid metabolism in oilseeds / N.A. Eckardt // Plant Cell. 2005. — Vol.17, № 6.-P. 1863−1865.
- Fargeix C. Soybean (Glycine max. L.) and bacteroid glyoxylate cycle activities during nodular senescence / C. Fargeix, K. Gindro, F. Widmer // J. Plant Physiol. -2004. Vol. 161. — P. 183−190.
- Fernandez E. The ICLl gene from Saccaaromyces cerevisiae II E. Fernandez, F. Moreno, R. J. Rodicio // Biochem. 1992. — Vol.204, № 1. -P. 983−990.
- Flavell R. B. Metabolic role, regulation of synthesis, cellular localization, and genetic control of the glyoxylate cycle enzymes in Neurospora crassa / R. B. Flavell, D. O. Woodward // Journal of Bacteriology. 1971. -Vol.105.-P. 200−210.
- Overexpression of the ICLl gene changes the product ratio of citric acid production by Yarrowia lipolytica II A. Forster et. al. // Appl Microbiol Biotechnol. -2007. -Vol.77, № 4. P. 861−870.
- Francesco R. Multisite Inhibition of Pinus pinea Isocitrate Lyase by Phosphate / R. Francesco, P. Vanni and E. Giachetti // Plant Physiol. -2000.-Vol.124, № 3.-P. 1131−1138.
- Frevert J. Occurrence and biosynthesis of glyoxysomal enzymes in ripening cucumber seeds / J. Frevert, W. Koller, H. Kindl // Physiol.Chem. 1980. -Vol.361, № 10. -P.1557−1565.
- Characterization of the glyoxysomal isocitrate lyase genes of Aspergillus nidulans (acuD) and Neurospora crassa (acu-3) / L.D. Gainey et. al. // Curr Genet. 1992. -Vol. 21, № 1. — P. 43−47.
- Modification of the active site of isocitrate lyase from Pinus pinea / E. Giachetti et. al. // Life Sci. Adv. 1993. — Vol. 12, № 3. — P. 159−167.
- Giachetti E. Effect of Mg2+ and Mn2+ on isocitrate lyase, a non-essentially metal-ion-activated enzyme. A graphical approach for the discrimination of the model for activation / E. Giachetti, P. Vanni // Biochem. 1991. — Vol. 276, № 5.-P. 223−230.
- Dual role of isocitrate lyase 1 in the glyoxylate and methylcitrate cycles in Mycobacterium tuberculosis / T. A. Gould et. al. // Mol. Microbiol. -2006 Vol. 61, № 4. -P.940−947.
- Godavari H. R. Isocitrate Lyase in Green Leaves / H. R. Godavari, S. S. Badour, E. R. Waygood // Plant Physiol. 1973. — Vol.51, № 5. — P. 863 867.
- Residues С123 and D58 of the 2-methylisocitrate lyase (PrpB) enzyme of Salmonella enterica are essential for catalysis / T. L. Grimek et. al. // J. Bacteriol. 2003. -Vol. 185, -P. 4837−4843.
- Crystal structure of 2-methylisocitrate lyase (PrpB) from Escherichia coli and modelling of its ligand bound active centre / C. Grimm et. al. // J. Mol. Biol. 2003. -Vol. 328. — P. 609−621.
- Transcriptome of Arabidopsis leaf senescence / Y. Guo et. al. // Plant Cell EnViron. 2004. -Vol.27. — P. 521−549.
- Hamel R.D. Modulation of TCA cycle enzymes and aluminum stress in Pseudomonas fluorescens / R.D. Hamel, V.D. Appanna // J Inorg Biochem. -2001.-Vol. 87, № 1. -P. 1−8.
- Harrison-Lowe N. Isolation of glyoxysomes from pumpkin cotyledons / N. Harrison-Lowe, L.J. Olsen // Curr Protoc Cell Biol. 2006. — Vol. 43, № 1. -P. 443−447.
- Herrington C.S. Diagnostic Molecular Pathology: A Practical Approach / C.S. Herrington, J.O.D. McGee // Oxford: Oxford Univ. Press, 1992. — P. 296.
- Holmes R. P. The absence of glyoxylate cycle enzymes in rodent and embrionic chick liver / R. P. Holmes // Biochim. Biophys. Acta. 1993. — Vol. 1158. -P.47−51.
- Horswill A. R. Salmonella typhimurium LT2 catabolizes propionate via the 2-methylcitric acid cycle / A. R. Horswill, J. C. Escalante-Semerena // J. Bacteriol. -1999. -Vol.181.-P. 5615−5623.
- Activity staining of isocitrate lyase after electrophoresis on either native or sodium dodecyl sulfate polyacrylamide gels / W.C. Hou et. al. // Electrophoresis. -2001. -Vol:22, № 13. -P. 2653−2658.
- Hunt L. Intracellular location of isocitrate’lyase in leaf tissue / L. Hunt, J. Fletcher // Plant Science Letters. -1977. -Vol.10, № 3. P. 243−247.
- Idnurm A. Isocitrate lyase is essential for pathogenicity of the fungus Leptosphaeria maculans to canola (Brassica napus) / A. Idnurm, B. J. Howlett // Eukaryot. Cell. 2002. — Vol.1. — P.719−724.
- Jameel S. H. Caenorhabditis elegans: purification of isocitrate lyase and the isolation and cell-free translation of poly (A+) RNA. / S. H. Jameel, B. McFadden // Exp. Parasitol. 1985. — Vol.59. — P.337−346.
- Janssen J. A cDNA clone for isocitrate lyase from tomato / J. Janssen // Plant Physiol. -1995. -Vol.108, № 3. -P. 13−39.
- Jones J.D. The glyoxylate cycle: does it function in the dormant or active bear? / J.D. Jones, P. Burnett, P. Zollman // Сотр. Biochem. Physiol. — 1999. -Vol.124, № 2. -P.177−179.
- Kabsch W. Dictionary of protein secondary structure pattern-recognition of hydrogen-bonded and geometrical features / W. Kabsch, C. Sander //
- Biopolymers. 1983. — Vol.22. — P. 2577−2637.
- Kamel M. Y. Biochemical studies of tick embriogenesis. Purification and partial characterisation of isocitrate lyase from eggs of the tick Hyalomma dromedarii / M. Y. Kamel, A. S. Fahmy // Сотр. Biochem. Physiol. B. — 1982.-Vol. 72. — P.107−115.
- A regulatory factor, Fillp, involved in derepression of the isocitrate lyase gene in Saccharomyces cerevisiae / T. Kanai et. al. // European Journal of Biochemistry. 2001. -Vol.256, № 1, -P. 212 — 220.
- Khan F.R. Isocitrate Lyase from Flax. Terminal Residues, Composition, Active Site, and Catalysis / F.R. Khan, B. A. McFadden // Plant Physiol. -1982. -Vol.70, № 4. P. 943−948.
- Kim K.W. Glyoxysomal Nature of Microbodies Complexed with Lipid Globules in Botryosphaeria dothidea / K.W. Kim, E.W. Park, K.S. Kim // Phytopathology. 2004. — Vol.94, № 9. — P. 970−977.
- Evolution of glyoxylate cycle enzymes in Metazoa: evidence of multiple horizontal transfer events and pseudogene formation / F.A. Kondrashov et. al. //Biol Direct. -2006. -Vol.1, № 31. P. 658−667.
- Kornberg, H. L., Synthesis of cell constituents from C2-units by a modigied tricarboxylic acid cycle / H. L. Kornberg, H. A. Krebs // Nature. 1957. — Vol.179, №.4568. — P. 988−991.
- Function and transcriptional regulation of the isocitrate lyase in Pseudomonas aeruginosa / U. Kretzschmar et. al. // Arch Microbiol. -2008 B.190, № 2. -P.151−158.
- The purification and characterization of phosphonopyruvate hydrolase, a novel carbon-phosphorus bond cleavage enzyme from Variovorax sp Pal2 / A. N. Kulakova et. al. // J. Biol. Chem. 2003. -Vol.278. — P. 2 342 623 431.
- The roles of the glyoxylate and methylcitrate cycles in sexual development and virulence in the cereal pathogen Gibberella zeae / S.H. Lee et. al. // Eukaryot Cell. 2009. — Vol. 157. — P. 1139−1147.
- Inhibition of Candida albicans isocitrate lyase activity by sesterterpene sulfates from the tropical sponge Dysidea sp. / D. Lee et. al. // Bioorg Med Chem Lett. 2008. -Vol. 18, № 20. — P: 5377−5380.
- Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4 / U.K. Laemmli // Nature. 1970. -Vol.227. — P. 680−685.
- Isocitrate lyase from Mycobacterium tuberculosis promotes survival of Mycobacterium smegmatis within macrophage by suppressing cell apoptosis / J.M. Li et. al. // Chin Med J (Engl).- 2008: -Vol.121, № 12. P: 11 141 123.
- Differential expression of isocitrate lyase in P. marneffeiphagocytized by nonstimulated and stimulated murine macrophages / J. Li et. al. // Chinese. 2007. -Vol.27, № 5. — P. 631−634.
- Lingard M.J. Peroxisome-associated matrix protein degradation in Arabidopsis / M.J. Lingard, M. Monroe-Augustus, B- Bartel// Natl Acad Sci U S A. -2009. Vol.106, № 11. — P. 4561−4567.
- Purification- identification, and characterization of peanut isocitrate lyase / S. F. Lin et. al. II J Agric Food Chem. -2008.- Vol.56, № 6. -P.1845−1851.
- Liu F. Induction of glyoxylate cycle expression in Caenorhabditis elegans: a fasting response throughout larval development / F. Liu, J. D. Thatcher, H. F. Epstein // Biochemistry. 1997. — Vol. 36. — P.255−260.
- Liu F. Bifimctional glyoxylate cycle protein of Caenorhabditis elegans: a developmentally regulated protein of intestine and muscle / F.1.u, J. D. Thatcher, J. M. Barral // Dev. Biol. 1995. — Vol.169. — P.399−414.
- Conformational flexibility of PEP-mutase / S. Liu et. al. // Biochemistry. 2004. -Vol.43. — P. 4447−53.
- Dissociative phosphoryl transfer in PEP mutase catalysis: Structure of the enzyme/sulfopyruvate complex and kinetic properties of mutants / S. Liu et. al. // Biochemistry.-2002.-Vol.41.-P. 10 270−10 276.
- Crystal structures of 2-methylisocitrate lyase in complex with product and with isocitrate inhibitor provide insight into lyase substrate specificity, catalysis and evolution / S. Liu et. al. // Biochemistry. — 2005. -Vol.44. -P. 2949−2962.
- Effects of CO2 on respiratory metabolism in ripening banana fruit / S. Liu et. al. // Postharvest Biology and Technology. — 2004. Vol.33, № 1. -P. 27−34.
- Lorenz M. C. The glyoxylate cycle is required for fungal virulence / M. C. Lorenz, G. R. Fink//Nature. -2001. -Vol.412. -P.83−86.
- Protein measurement with Folin phenol reagent / O.H. Lowry et. al. // J. Biol. Chem. 1951. — Vol.193, № 1. — P. 265−275.
- Diversity of function in the isocitrate lyase enzyme superfamily: the Dianthus caryophyllus petal death protein cleaves alpha-keto and alpha-hydroxycarboxylic acids / Z. Lu et. al. // Biochemistry. 2005. — Vol.44. -P.16 365−16 376.
- The Saccharomyces cerevisiae ICL2 Gene Encodes a Mitochondrial 2-Methylisocitrate Lyase Involved in Propionyl-Co-A Metabolism / A. H. Luttik et. al. // Journal of Bacteriology. 2000. — Vol.182, № 5. — P. 70 077 013.
- Malhotra O.P. Isolation and characterization of isocitrate lyase of caster endosperm / O.P. Malhotra, P.K. Srivastava // Archives of Biochemistry and Biophysics. -1982. -Vol. 214. P. 164−171.
- Maniatis T. Molecular cloning / T. Maniatis, E.F. Frisch // J.
- Sambrook// Cold Spring Harbor Lab. 1982. — Vol.65. — P. 141−146.
- Masaaki U. Properties of isocitrate lyase from an alkane-utilizable yeast, Candida tropicalis / U. Masaaki, M. Ueda, T. Matsuki // Agr. And Biol. Chem. 1986. — Vol.50, № 1. — P.127−134.
- Menendez J. The ICL1 gene of Pichia pastoris, transcriptional regulation and use of its promoter / J. Menendez, I. Valdes, N. Cabrera // Yeast. 2003. — Vol.20, № 13. — P. 1097−1108.
- Overexpression of isocitrate lyase-glyoxylate bypass influence on metabolism in Aspergillus niger / S. Meijer et. al. // Metab. Eng. 2009. -Vol.11, № 2. — P. 107−123.
- L-Malyl-coenzyme A — Methylmalyl-coenzyme A lyase is involved in acetate assimilation of the isocitrate lyase-negative bacterium Rhodobacter capsulatus / M. Meister et. al. // J. Bacteriol. 2005. — Vol.187, № 4. — P. 1415−1425.
- Millerd A. Role of isocitrate lyase in the synthesis of oxalic acid in plants / A. Millerd, R. K. Morton, J. R. Wells // Nature. 1962. -Vol.196.-P. 955−956.
- Mullen R. T. Isocitrate lyase from germinated loblolly pine megagametophytes: enzyme purification and immunocharacterization / R. T. Mullen, D. J. Gifford // Plant Physiol, and Biochem. 1995. — Vol.33, № 1. -P.87−95.
- Mullen R.T. Regulation of two loblolly pine (Pinus taeda L.) isocitrate lyase genes in megagametophytes of mature and stratified' seeds and during postgerminative growth / R.T. Mullen, D.J. Gifford // Plant Mol Biol. -1997. Vol.33, № 4. — P. 593−604.
- Mullis K.B. Specific synthesis of DNA in vitro via- a polymerase-catalyzed chain reaction / K.B. Mullis, F.A. Faloona // Methods Enzymol. -1987.- № 155.-P. 335−350.
- Munir E. Purification and Characterization of Isocitrate Lyase from the Wood-Destroying Basidiomycete Fomitopsis palustris Grown on
- Glucose / E. Munir, T. Hattori, M. Shimada // Archives of Biochemistry and Biophysics. 2002. -Vol.399, № 2. — P. 225−231.
- Murray C. J. Modeling the impact of global tuberculosis control strategies / C. J. Murray, J. A. Salomon // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1998. -Vol.95, № 13. -P. 881−886.
- Molecular characterization of a bifunctional glyoxylate cycle enzyme, malate synthase/isocitrate lyase, in Euglena gracilis / M. Nakazawa et. al. // Comp Biochem Physiol В Biochem Mol Biol. -2005.- Vol.141, № 4. -P.445−452.
- Nguyen A.T. Metal-catalyzed oxidation induces carbonylation of peroxisomal proteins and^ loss of enzymatic activities / A.T. Nguyen, R.P. Donaldson // Arch Biochem Biophys. 2005. — Vol.439, № 1. — P.25−31.
- Okayama H. High-efficiency cloning of full-length cDNA- construction and screening of cDNA expression libraries for mammalian cells / H. Okayama // Methods Enzymol. 1987. — Vol. 154. — P. 3−28.
- Ono K. Presence of glyoxylate cycle enzymes in the mitochondria of Euglena gracilis / K. Ono, M. Kondo, T. Osafiine // J. Eukaryot. Microbiol. 2003. — Vol.50, № 2. — P.92−96.
- Расу В. J. Distribution of Isocitrate Lyase in Induced and De-adapting Cells of the Green Alga Chlorellafusca / B. J. Расу, С. F. Thurston // Journal of General Microbiology. 1987. -Vol.133. — P. 3341−3346.
- Inhibition of germination gene expression by Viviparous-1 and ABA during maize kernel development / N.C. Paek et. al. // Mol Cells. 1998. -Vol.8, № 3.-P. 336−342.
- Penfield S. Storage reserve mobilization and seedling establishment in Arabidopsis / S. Penfield, H.M. Pinfield-Wells, I.A. Graham // The
- Arabidopsis Book American Society of Plant Biologists. — 2006. —Vol. 54. — P. l-17.
- Reserve mobilization in the Arabidopsis endosperm fuels hypocotyls elongation in the dark, is independent of abscisic acid, and requires phosphoenolpyruvate carboxykinasel / S. Penfield et. al. // Plant Cell. -2004.-Vol. 16, № 8.-P. 2705−2718.
- Phue J. N. Transcription levels of key metabolic genes are the cause for different glucose utilization pathways in E. coli В (BL21) and E. coli К (JM109) / J. N. Phue, J. Shiloach // J. Biotechnol. 2004. — Vol. 109- № 2. -Р.2Г-30.
- Pinzauti G. Isocitrate lyase of conifers (Pinus pined) / G. Pinzauti, E. Giachetti, P. Vanni // Int. J. Biochem. 1982. — Vol. 14, № 4. — P.267−275.
- Polanowski AJ. Soybean isocitrate lyase: Purification, immunoassay and N-terminal sequence / A.J. Polanowski, R.L. Obendorf // Plant Physiol. Biochem. -1991.-Vol.29.-P. 119−129.
- Cloning, overexpression and mechanistic studies of carboxyphosphonoenolpyruvate mutase from Streptomyces hygroscopicus / S. J. Pollack et- al. // Eur. J. Biochem. 1992. -Vol.209. — P.735−743.
- Popov V.N. Induction of glyoxylate cycle enzymes in rat liver upon food starvation / V. N. Popov, A. U. Igamberdiev, C. Schnarrenberger // FEBS Lett. 1996. — Vol. 390. — P. 258−260.
- Popov V.N. Glyoxylate cycle enzymes are present in liver peroxisomes of alloxan-treated rats / V. N. Popov, S. V. Volvenkin, A. T. Eprintsev // FEBS Lett. 1998. — Vol. 440. — P.55−58.
- Pracharoenwattana I. When is a peroxisome not a peroxisome? / I.
- Pracharoenwattana- S.M. Smith // Trends Plant Sci. 2008. -Vol.13, № 10. -P. 522−527.
- The role of isocitrate lyase and the glyoxylate cycle in Escherichia coli growing under glucose limitation / R. Prasad Maharjan et. al. //Res Microbiol. -2005 Vol.156, № 2. -P. 178−183.
- Ranaldi F. Enzyme catalysis im microgravity: steady-state kinetic analysis of the isocitrate lyase reaction / F. Ranaldi, P. Vanni^E. Giachetti // Biophys Chem. 2003. — Vol.103, № 2. — P. 169−177.
- Reeves H.C. Determination- of isocitrate lyase activity in polyacrylamide gels / H.C. Reeves, M.J. Volk // Anal. Biochem. 1972. -Vol. 48, № 2.-P. 437−441.
- Rozen S. Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers / S. Rozen, IT. Skaletsky // Methods Mol. Biol. 2000. Vol. 132.-P. 365−386.
- Isocitrate lyase from Phycomyces blakesleeanus. The role of Mg2+ ions, kinetics and evidence for two- classes of modifiable thiol- groups / J- Rua et. ab. // Biochem J. 1990. -Vol. 272, № 2. — P.359−367.
- Ruchti M. Isocitrate Lyase from Germinating Soybean Cotyledons: Purification and Characterization / M. Ruchti, F. Widmer // Journal of Experimental-Botany. 1986: — Vok 37, № 11. — P. U685−1690/ •
- Aspergillus- fumigatusi does not require fatty acid: metabolism via isocitrate lyase for development of invasive aspergillosis / F. Schobel et. аЩ[/1 Infect Immum 2007. -Voh75< № 3*- -P. 1237−1244.
- Schloss J.V. Inhibition of isocitrate: lyase by 3-nitropropionate, a-, reaction-intermediate: analogue / J.V. Schloss/ W. W. Cleland II Biochemistry. 1982.-Voh21, № 18. -P. 4420^4427.
- Biochemical and Structural- Studies of Malate Synthase from Mycobacterium tuberculosis / С. V. Smith et. al. // J. Biol. Chem. — 2003. -Vol.278.-P. 1735−1743
- Sohn O.J. Flow injection analysis system for monitoring of succinic acid in Biotechnological processes / OJ. Sohn, K.A. Han, J.I. Rhee // Talanta Links. 2005. — Vol.65, № 1. — P. 185−191.
- Song S. Can the glyoxylate pathway contributes to fat-indused hepatic insulin: resistance? / Si Song // Med. Hypotheses- 2000. — Vol. 54. — P:739−747.
- Mycobacterium tuberculosis ketopantoate hydroxymethyltransferase: Tetrahydrofolate-independent hydroxymethytransferase and enolization reactions with R-keto acids / M. Sugantino et. al. // Biochemistry. 2003. -Vol.42.-P. 191−200.
- Sequence and analysis of chromosome, V of the plant Arabidopsis tha liana / A. Theologis et. al. II Nature. 2000. -Vol.408.-P. 816−820.
- Tzachi В. Kinetic Outlier Detection (KOD) in real-time PCR / / B. Tzachi //Nucleic Acids Research. 2003. — Vol. 31. — P. 105−109.
- The glyoxylate cycle in germinating Ginkgo biloba seeds / P. Vanni et. al.,// Can. J. Biochem. 1973. — Vol.51, № 6. — P. 961−964.
- Isocitrate lyase activity is required for virulence of the intracellular pathogen Rhodococcus equi / D. M. Wall et. ah. // Infect. Immun. -2005.-Vol.73, № 10. -P.6736−6741.
- The cold-inducible icl gene encoding thermolabile isocitrate lyase of a psychrophilic bacterium, Colwellia maris / S. Watanabe et. al. // Microbiology. -2002 Vol.148. -P.2579−2589.
- Ying L.U. Anaerobic Induction of Isocitrate Lyase and Malate Synthase in Submerged Rice Seedlings Indicates the Important Metabolic
- Role of the Glyoxylate Cycle / L.U. Ying, W.U. Yong-Rui, H. Bin // Acta Biochimica et Biophysica Sinica. -2005. -Vol.37, № 6. -P. 406−414.
- Yanik T. A protective association between catalase and isocitrate lyase in peroxisomes / T. Yanik, R.P. Donaldson // Arch Biochem Biophys. 2005. — Vol.435, N2. — P. 243−252.
- Gene expression profiling in the human pathogenic dermatophyte Trichophyton rubrum during growth on proteins / C. Zaugg et. al. // Eukaryot Cell. 2009.-Vol.8, № 2.- P.241−250.
- Two classes of isocitrate lyase genes are expressed during late embryogeny and postgermination in Brassica napus L / J.Z. Zhang et. al. // Molecular and General Genetics. 1993. -Vol.238, № 2. — P. 177−184.
- Zelitch I. Synthesis of Glycolate from Pyruvate via Isocitrate Lyase by Tobacco Leaves in Light / I. Zelitch // Plant Physiol. -1988. -Vol.86, № 2. -P.463−468.