Метанотрофы источников кальдеры вулкана Узон, Камчатка
Диссертация
Близких к Methylothermus (около 90% идентичности). В пробах из источников Культурный (образец № 19), Терра (№ 20), Квадрат (№ 22) обнаружены метанотрофы, проявившие достаточно высокую степень сходства с термофильным метанотрофом НВ, но отличающиеся от него. Для метанотрофа из образца № 21 (источник Строма) ближайшим родственником оказался Methylothermus subterraneus, выделенный из горячих… Читать ещё >
Содержание
- Актуальность проблемы
- Цель и задачи исследования
- Научная новизна
- Практическая значимость
- Апробация работы
- Публикации
- Место проведения работы
- Объем и структура диссертации
- ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Экстремальные среды обитания, экстремофилы
- 1. 2. Метан в биосфере
- 1. 2. 1. Метан как парниковый газ
- 1. 2. 2. Источники и стоки метана
- 1. 3. Метанокисляющие микроорганизмы
- 1. 3. 1. Метанотрофы как специализированная группа метилотрофов
- 1. 3. 2. История изучения и классификация
- 1. 3. 3. Метанмонооксигеназа — ключевой фермент метанокисления
- 1. 3. 4. Метанотрофы новых филогенетических ветвей
- 1. 4. Среды обитания
- 1. 5. Метанотрофы экстремальных местообитаний
- 1. 6. Микробное окисление метана в экосистемах наземных газогидротерм
- 1. 7. 1. Культуральные методы
- 1. 7. 2. Аналитические методы
- 1. 7. 3. Молекулярно-биологические методы
- 1. 7. 4. Микроскопические методы
- 1. 7. 5. Иммунофлуоресцентный метод
- 2. 1. Объекты исследования
- 2. 1. 1. Кальдера вулкана Узон (Камчатка)
- 2. 1. 2. Условия и сроки отбора образцов
- 2. 1. 3. Определение содержания ионов
- 2. 1. 4. Измерение нативных концентраций метана
- 2. 2. Определение скоростей метаболических процессов
- 2. 2. 1. Определение скорости потребления метана
- 2. 3. Микроскопические методы
- 2. 3. 1. Световая микроскопия
- 2. 3. 2. Электронная микроскопия
- 2. 4. Культуральные методы
- 2. 4. 1. Получение накопительных культур метанотрофов
- 2. 4. 2. Выделение чистых культур метанотрофов
- 2. 5. Молекулярно-биологические методы
- 2. 5. 1. Выделение ДНК
- 2. 5. 2. Полимерная цепная реакция (ПЦР)
- 2. 5. 2. 1. ПЦР-детекция прокариот
- 2. 5. 2. 2. Количественная ПЦР
- 2. 5. 3. Электрофорез в агарозном геле
- 2. 5. 4. Создание библиотек клонов
- 2. 5. 5. Денатурирующий градиентный гель-электрофорез
- 2. 5. 6. Секвенирование
- 2. 5. 7. Филогенетический анализ
- 2. 5. 8. Депонирование нуклеотидных последовательностей
- 2. 5. 9. Гибридизация in situ с флуоресцентно-мечеными олигонуклеотидными зондами (FISH)
- 3. 1. Характеристика гидротерм
- 3. 2. Определение количества бактерий методом электронной микроскопии
- 3. 3. Интенсивность микробного окисления метана
- 3. 4. Детекция метанотрофов методом ПЦР в реальном времени
- 3. 5. Выявление метанокисляющих бактерий методом End-point PCR
- 3. 6. Оценка разнообразия метанокисляющих бактерий в обогащенных образцах
- 3. 6. 1. Оценка состава метаболически активных клеток метанотрофов методом FISH
- 3. 6. 2. ПЦР-ДГГЭ анализ фрагмента генартоА
Список литературы
- Allen M.B. Studies with Cyanidium caldarium, an anomalously pigmented chlorophyte // Arch. f. Mikrobiol. 1959. V. 32. P. 270−277.
- Alperin M.J., Reeburg W.S., Whiticar M.J. Carbon and hydrogen isotope fractionation resulting from anaerobic methane oxidation // Global Biogeochem. 1988. Cedes 2. P. 279−288.
- Anthony C. The biochemistry of methylotrophs // London: Acad. Press. 1982. 251 p.
- Auman A.J., Stolyar S., Costello A.M., Lidstrom M.E. Molecular characterization of methanotrophic isolates from freshwater lake sediment // Appl. Environ. Microbiol. 2000. V. 66. P. 5259−5266.
- Baani M., Liesack W. Two isozymes of particulate methane monooxygenase with different methane oxidation kinetics are found in Methylocystis sp. strain SC2 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2008. V. 105. P. 10 203−10 208.
- Barnes R. O. & Goldberg E. D. Methane production and consumption in anoxic marine sediments // Geology. 1976. V. 4. P. 297−300.
- Bignell D. E. and Eggleton P. Termites in ecosystems // in T. Abe D. E., Bignell and M. Higashi (eds) Termites: Evolution, Sociality, Symbioses, Ecology. 2000. Kluwer Academic Publishers. Dordrecht. P. 363−387.
- BioEdit: http://jwbrown.mbio. ncsu.edu/BioEdit/bioedit.html.
- BLAST: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST.
- Bodrossy L., Kovacs K. L., McDonald I. R., Murrell J. C. A novel thermophilic methane-oxidizing y-Proteobacterium II FEMS Microbiol. Lett. 1999. V. 170. P. 335−341.
- Bowman J. P., McCammon S.A., Skerratt J.H. Methylosphaera hansonii gen. nov., sp. nov., a psychrophilic, group I methanotroph from Antarctic marine-salinity, meromictic lakes // Microbiology. 1997. V. 143. P. 1451−1459.
- Bowman J.P., Sly L.I., Stackebrandt E. The Phylogenic position of the family Methylococcaceae // Int. J. Syst. Bacteriol. 1995. V. 45. P. 182−185.
- Brock. T.D., Brock M.L. Microbiological studies of thermal habitats of the central volcanic region, North Island, New Zealand // N. Z. J. Marine and Freshwater Res. 1971. V. 5. P. 233−258.
- Brown L.R., Strawinski R.J. and McCleskey C.S. The isolation and characterization of Methanomonas methanooxidans Brown and Strawinski // Can.J.Microbiol. 1964. V. 10. P. 791−799.
- Cicerone R.Y., Oremland R.S. Biogeochemical aspects of atmospheric methane // Glob. Biogeochem. Cycles. 1988. V. 2. P. 299−327.
- Davies S.L. and Whittenbury R. Fine structure of methane and other hydrocarbon-utilizing bacteria // J.Gen. Microbiol. 1970. V. 61. P. 227−232.
- Davis J.B., Coty V.F. and Stanley J.P. Atmospheric nitrogen fixation by methane-oxidizing bacteria Ps. methanitrificans II J.Bacteriol. 1964. V. 83. P. 468−472.
- Dedysh S.N., Knief C., Dunfield P.F. Methylocella species are facultatively methanotrophic // J. of Bacteriology. 2005. V. 187 (13). P. 4665−4670.
- Dedysh S.N., Panikov N.S., Tiedje J.M. Acidophilic methanotrophic communities from sphagnum peat bogs // Appl. Environ. Microbiol. 1998. V. 64. N. 3. P. 922−929.
- Diams H., Bruhl A., Amann R, Schleifer K-H., Wagner M. The domain-specific probe EUB338 is insufficient for the detection of all Bacteria: development of a more comprehensive probe set // Syst. Appl. Microbiol. 1999. V. 22. P. 434−444.
- Duan Z., Moller N., Greenberg J. and Weare J.H. The prediction of methane solubility in natural waters to high ionic strength from 0 to 250 °C and from 0 to 1600 bar//Geochim. Chosmochim. Acta. 1992. V. 56. P. 145−1460.
- Dumont C. G., Murrell J. C. Stable isotope probing linking microbial identity to function // Nature Rev. Microbiol. 2005. V. 3. P. 499−504.
- Dunfield P.F., Belova S.E., Vorob’ev A.V., Cornish S.L. and Dedysh S.N. Methylocapsa aurea sp. nov., a facultative methanotroph possessing a particulate methane monooxygenase, and emended description of the genus
- Methylocapsa II Int. J. Syst. Evol Microbiol. 2010. V. 60. P. 2659−2664.
- Dunfield P.F., Khmelenina V.N., Suzina N.E., Trotsenko Y.A. and Dedysh S.N. Methylocella silvestris sp. nov., a novel methanotroph isolated from an acidic forest cambisol // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2003. V. 53. P. 12 311 239.
- Ehhalt L.H. The atmospheric cycle of methane // Microbiol production and utilization of gases (H2, CO, CH4). Eds.: Schlegel H.G., Gottschalk., Pfennig N., Goettingen. 1976. P. 13−22.
- Eller G., Stubner S., Frenzel P. Group-specific 16S rRNA targeted probes for the detection of type I and type II methanotrophs by fluorescence in situ hybridisation//FEMS Microbiol. Lett. 2001. V. 198. P. 31−37.
- Etiope G. GEM—geologic emissions of methane, the missing source in the atmospheric methane budget// Atmos. Environ. 2004. V. 38. P. 3099−3100.
- Etiope G., Ciccioli P. Earth’s degassing: a missing ethane and propane source // Science. 2009. V. 323 (5913). P. 478.
- Etiope G., Klusman R. W. Geologic emissions of methane to the atmosphere // Chemosphere. 2002. V. 49. P. 777−789.
- Fiebig J., Woodland A. B., Spangenberg J., Oschmann W. Natural evidence for rapid abiogenic hydrothermal generation of CH4 // Geochim. Cosmochim. Acta. 2007. V. 71. P. 3028−3039.
- Foster J. W., Davis R. H. A methane-dependent coccus, with notes on classification and nomenclature of obligate, methane-utilizing bacteria // J. Bacteriol. 1966. V. 91. P. 1924−1931.
- Galchenko V.F. Ecology of Methanotrophic Bacteria in Aquatic Ecosystems // Physiol.Gen. Biol. Rev. / Eds. Turpaev T.M., Koltzov N.K. Malaysia: harwood academic publishers. 1995a. V. 9. P. 1−92.
- Galchenko V.F. Methane oxidation in marine water bodies // J. Ecol. Chem. 1995b. V. 6. P. 37−59.
- Galchenko V.F., Lein A., Ivanov M. Biological sinks of methane // Exchange of trace gases between terrestrial ecosystems and the atmosphere / Eds. Andreae M.O., Schimel D.S. Chichester: Wiley. 1989. P. 59−71.
- GenBank: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank.114
- Geymonat E., Ferrando L. and Tarlera S.E. Methylogaea oryzae gen. nov., sp. nov., a mesophilie methanotroph isolated from a rice paddy field // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2011. V. 61. P. 2568−2572.
- Giggenbach W. Variations in the chemical and isotopic composition of fluids discharged from the Taupo Volcanic Zone, New Zealand // J. Volcanol. Geotherm. Res. 1995. V. 68. P. 89−116.
- Giggenbach W.F. Chemical composition of volcanic gases // Monitoring and Mitigation of Volcanic Hazards. Springer. / Eds.: Scarpa M., Tilling R. Berlin.1996. P. 221−256.
- Greenhouse Gas Online, http://www.ghgonline.org/methane.htm. 2011.
- Hansen L., Finster K., Fossing H., & Iversen N. Anaerobic methane oxidation in sulfate depleted sediments: effects of sulfate and molybdate additions // Aquatic Microbial Ecology. 1998. V. 14. P. 195−204.
- Hanson R.S., Hanson T.E. Methanotrophic bacteria // Microbiol. Rev. 1996. V. 60. P. 439−471.
- Hazeu W., Batenburg-Van Der Vegte W.H. and De Bruyn J.C. Some characteristics of Methylococcus mobilis sp. nov. // Arch. Mikrobiol. 1980. V. 124. P. 211−220.
- Heyer J. Results of enrichment experiments of methane-assimilating organisms from an ecological point of view // In: Microbial growth on Ci compounds. Eds.: Scryabin G.A. et al. Pushino. 1977. P. 19−21.
- Heyer J., Berger U., Hardt M. and Dunfield P.F. Methylohalobius crimeensis gen. nov., sp. nov., a moderately halophilic, methanotrophic bacterium isolated from hypersaline lakes of Crimea // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005. V. 55. P. 1817−1826.
- Hoehler T. M., Alperin M. J., Albert D. B. and Martens C. S. Field and laboratory studies of methane oxidation in an anoxic marine sediment-evidence for a methanogen-sulfate reducer consortium // Global Biogeochemical Cycle. 1994. V. 8. P. 451−463.
- Holmes A.J., Costello A., Lidstrom M.E., Murrell G.C. Evidence that particulate methane monooxigenase and ammonia monooxigenase may be evolutionarily related//FEMS Microbiol. Lett. 1995. V. 132. P. 203−208.
- Hugenholtz P., Pitulle C., Hershberger K.L., Pace N.R. Novel division level bacterial diversity in a Yellowstone hot spring // J. Bacteriol. 1998. V. 180 (2). P. 366−376.
- Islam T., Jensen S., Registad L. J., Larsen 0., Birceland N.-K. Methane oxidation at 55 °C and pH 2 by a thermoacidophilic bacterium belonging to Verrucomicrobia phylum // PNAS. 2008. V. 105. P. 300−304.
- Jackel U., Thummes K., Kampfer P. Thermophilic methane production and oxidation in compost // FEMS Microbiol. Ecol. 2005. V. 52. P. 175−184.
- Jahng D., Wood T.K. Metal ions and chloramphenicol inhibition of soluble methane monooxygenase from Methylosinus trichosporium OB3b // Appl. Microbiol. Biotechnol. 1996. V. 45. P. 744−749.
- Johnson D. E. and Ward G. M. Estimates of animal methane emissions // Environmental Monitoring and Assessment. 1996. V. 42. P. 133−141.
- Kelly D.P. Murrell J.C. Microbial metabolism of methanesulfonic acid // Arch. Microbiol. 1999. V. 172. P. 341−348.
- Kim H.J., Graham D.W., DiSpirito A.A., Alterman M.A., Galeva N. Larive C.K., Asunskis D., Sherwood P.M. Methanobactin, a copper-acquisition compound from methane-oxidizing bacteria // Science. 2004. V. 305 (5690). P. 1612−1615.
- Klappenbach J.A., Dumbo J.M., Schmidt T.M. rRNA operon copy numbers reflects ecological strategies of bacteria // Appl. Environ. Microbiol. 2000. V. 66. P. 1328−1333.
- Lindner A.S., Pacheco A., Aldrich H.C., Staniec A.C., Uz I., Hodson D.J. Methylocystis hirsuta sp. nov., a novel methanotroph isolated from a groundwater aquifer 11 Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. V. 57. P. 18 911 900.
- Lynch M. J., Wopat A. E., and O’Connor M. L. Characterization of two new facultative methanotrophs // Appl. Environ. Microbiol. 1980. V. 40 (2). P. 400−407.
- Madigan M.T. Bacterial habitats in extreme environments // In: Seckbach, J. (ed.), Journey to diverse microbial worlds. Adaptation to exotic environments. Kluwer Academic Publishers, Dordrecht. 2000. P. 63−72.
- Matthews E., Fung I. Methane emission from natural wetlands: global distribution, area, and environmental characteristics of sources // Global Biogeochemical Cycles. 1987. V. 1. P. 61−86.
- McDonald I.R., Bodrossy L., Chen Y., Murrell C.J. Molecular ecology techniques for the study of aerobic methanotrophs // Appl. Environ. Microbiol. 2008. V. 74. P. 1305−1315.
- Murrell J.C., Gilbert B., McDonald I.R. Molecular biology and regulation of methane monooxygenase // Arch. Microbiol. 2000a. V. 173. P. 325−332.
- Nquyen H.T., Elliott S.J., Yip J.H., Chan S.I. The particulate methane monooxigenase from Methylococcus capsulatus (Bath) is a novel copper-containing three-subunit enzyme I I J. Biol. Chem. 1998. V. 3. P. 7957−7978.
- Ogiso T., Ueno C., Dianou D., Huy T.V., Katayama A., Kimura M., Asakawa S. Methylomonas koyamae sp. nov., a type I methane-oxidizing bacterium from floodwater of a rice paddy field in Japan // Int. J. Syst. Bacteriol. 2011. in press.
- Omelchenko M.V., Vasilyeva L.V., Zavarzin G. A., Savel’eva N. D., Lysenco M., Mityushina L. L., Khmelenina V. N., Trotsenko Y. A. A novel psychrophilic methanotroph of the genus Methylobacterll Mikrobiologiya. 1996. V. 65. P. 339−343.
- Oren A. Halophilic microorganisms and their environments // Kluwer Academic Publishers. Dordrecht. 2002.
- Patt T. E., Cole G.C., Bland J., and Hanson R. S. Methylobacterium, a new genus of facultatively methylotrophic bacteria // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 1976. V. 26 (2). P. 226−229.
- Pol A., Heijmans K., Harhangi H. R., Tedesco D., Jetten M. S., Op den Camp H. J. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. 2007. V. 450. P. 874−878.
- Pol A., Heijmans K., Harhangi H. R., Tedesco D., Jetten M. S., Op den Camp H. J. Methanotrophy below pH 1 by a new Verrucomicrobia species // Nature. 2007. V. 450. P. 874−878.
- Poly F., Monrozier L.J., Bally R. Improvement in the RFLP procedure for studying the diversity of nifH genes in communities of nitrogen fixers in soil // Res. Microbiol. 2001. V. 152. P. 95−103.
- Rahalkar M., Bussmann I. and Schink B. Methylosoma difficile gen. nov., sp. nov., a novel methanotroph enriched by gradient cultivation from littoral sediment of Lake Constance // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2007. V. 57. P. 1073−1080.
- Reay D., Smith P., van Amstel A.(Eds.) Methane and climate change. 2010. Earthscan Ltd. London. 261 p.
- Reeburgh W. S. Methane consumption in Cariaco Trench waters and sediments // Earth and Planetary Science Letters. 1976. V. 28 (3). P. 337−344.
- Reynolds E.S. The use of lead citrate at high pH as an electronopaque stain in electron microscopy // Journal of Cell Biology. 1963. V. 17. P. 208−212.
- Rothschild L.J. and Mancinelli R.L. Life in extreme environments // Nature. 2001. V. 409. P. l 092−1101.
- Schlesner H, Jenkins C. and Staley J.T. The Phylum Verrucomicrobia: a phylogenetically heterogeneous bacterial group // Prokaryotes. 2006. V. 7. P. 881−896.
- Schoell M. Multiple origins of methane in the earth. //Chem. Geol. 1988. V. 71. P. 1−10.
- Seckbach J. The extremophiles: Diversity of Life Environments // Life as We Know It / Ed.: Seckbach J. New York. Springer. 2006. P. 3−20.
- Sohngen N.L. uber Bacteria welche Methan als Kohlenstorfnahrung und Energie-quelle gebrauchen (On the bacteria which use methane as a carbon and energy source) // Zentr. Bact. Parazitenk. 1906. V. 15. P. 513−517.
- Sieburth J.M., Johnson P.W., Eberhardt M.A., Sieracki M.E., Lidstrom M., Laux D. The First Methane-oxidizing Bacterium from the Upper Mixing Layer of the Deep Ocean: Methylomonas pelagica sp. nov. // Current Microbiology 1987. V. 14. P. 285−293.
- Skerman V.B.D., McGowan V. and Sneath P.H.A. Approved Lists of Bacterial Names // Int. J. Syst. Bacteriol. 1980. V. 30. P. 225−420.
- Smemo K.A., & Yavitt J.B. Evidence for Anaerobic CH4 Oxidation in Freshwater Peatlands // Geomicrobiology Journal. 2007. V. 24 (7−8). P. 583 597.
- Sorokin D.Y., Jones B. E., Kuenen J. G., A novel obligately methylotrophic, methane-oxidizing Methylomicrobium species from a highly alkaline environment// Extremophiles. 2000. V. 4, P. 145−155.
- Stahl D. A., Amann R. Nucleic acid techniques in bacterial systematic // Development and Application of Nucleic Acid Probes / Eds. Stakebrandt E., Goodfellow V. Chichester: Wiley. 1991. P. 205−248.
- Stoecker K., Bendinger B., Schoning B., Nielsen P.H., Nielsen J.L., Baranyi C., Toenshoff E.R., Daims H. and Wagner M. Cohn’s Crenothrix is a filamentous methane oxidizer with an unusual methane monooxygenase // PN AS. 2006. V. 103. № 7. P. 2363−2367.
- Stott M.B., Crowe M.A., Mountain B.W., Smirnova A.V., Hou S., Alam M., Dunfield P.F. Isolation of novel bacteria, including a candidate division, from geothermal soils in New Zealand // Environ. Microbiol. 2008. V. 10 (8). P. 2030−2041.
- Strom T., Ferency T. and Quayle The carbon assimilation pathway of Methylococcus capsulatus, Pseudomonas methanica and Methylosinus trichosporium (OB3b) // Biochem. 1974. V. 144. P. 465−476.
- Taylor S.C. Evidence for the presence of ribulose-l, 5-bisphosphate carboxylase and phosphoribulokinase in Methylococcus capsulatus (Bath) // FEMS Microb.Lett. 1977. V. 2. P. 305−307.
- Topp E., Pattey E. Soils as sourses and sinks for atmospheric methane // Can. J. Soil. Sei. 1997. V. 77. P. 167−178.
- TREECONW: http://bioc-www.uia.ac.be/u/yvdp/treeconw.html.
- Trotsenko Y. A., Khmelenina V.N. Biology of extremophilic and extremotolerant methanotrophs//Areh. Microbiol. 2002. V. 177. P. 123−131.
- Trotsenko Y. A., Murreil J. C. Metabolic aspects of aerobic obligate methanotrophy//Adv. Appl. Microbiol. 2008. V. 63. P. 183−229.
- Tsubota J., Eshinimaev B., Khmelenina V. N., Trotsenko Y. A. Methylothermus thermalis gen, nov., sp. nov., a novel moderately thermophilic obligate methanotroph from a hot spring in Japan // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005. V. 55. P. 1877−1884.
- Tsuji K., Tsien H.C., Hanson R.S., DePalma S.R., Scholtz R. and LaRoche S.16S ribosomalRNA sequence analysis for determination of phylogenetic relationships among methylotrophs//J.Gen.Microbiol. 1990. V. 136. P. 1−10.
- US EPA Global Mitigation of Non-C02 Greenhouse Gases, EPA 430-R-06−005, United States Environmental Protection Agency. Office of Atmospheric Programs. Washington. DC. 2006.
- Valentine D. L. Biogeochemistry and microbial ecology of methane oxidation in anoxic environments: a review, Antonie van Leeuwenhoek. 2002. V. 81. P. 271−282.
- Validation of the publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSB. List No. 15 // Int. J. Syst. Bacteriol. 1984. V. 34. P. 355−357.
- Validation of the publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSB. List No. 35 // Int. J. Syst. Bacteriol. 1990. V. 40. P. 470−471.
- Validation of the publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSB. List No. 5 // Int. J. Syst. Bacteriol. 1980. V. 30. P. 676−677.
- Validation of the publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSB. List No. 64 // Int. J. Syst. Bacterid. 1998. V. 48. P. 327−328.
- Validation of the publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSB. List No. 66 // Int. J. Syst. Bacteriol. 1998. V. 48. P. 631−632.
- Validation of the publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSEM. List No. 73 // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000. V. 50. P. 423−424.
- Validation of the publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSEM. List No. 74 // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2000. V. 50. P. 949−950.
- Validation of the publication of new names and new combinations previously effectively published outside the IJSEM. List No. 83 // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. P. 1945.
- Ventosa A., Nieto J.J., and Oren A. Biology of aerobic moderately halophilic bacteria. Microbiol.Mol. Biol. Rev. 1998. V. 62.P. 504−544.
- Wartiainen I., Eriksson T., Zheng W., Rasmussen U. Variation in the active diazotrophic community in rice paddy—nifH PCR-DGGE analysis of rhizosphere and bulk soil // Appl. Soil Ecol. 2008. V. 39. P. 65−75.
- Wartiainen I., Hestnes A.G., McDonald I.R. and Svenning M.M. Methylocystis rosea sp. nov., a novel methanotrophic bacterium from Arctic wetland soil, Svalbard, Norway (78° N) // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2006b. V. 56. P. 541−547.
- Whittenbury R. and Dalton H. The methylotrophic bacteria. In: The procaryotes. Eds. Starr M.P. et al. Springer-Verlag H.G. Berlin. 1981. P. 894 902.
- Whittenbury R. and Krieg N.R. Family Methylococcaceae // Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, first edition. / Eds.: Krieg N.R. and Holt J. G. The Williams & Wilkins Co. Baltimore. 1984. V. 1. P. 256−261.
- Whittenbury R. The interrelationship of autotrophy and methylotrophy as seen in Methylococcus capsulatus (Bath). In: Microbial growth on Ci compounds. Eds: H. Dalton et al. Heyden. London. 1981. P. 181−190.
- Whittenbury R., Phillips K.C., Wilkinson J.F. Enrichment, isolation and some properties of methane-utilizing bacteria// J. Gen. Microbiol. 1970a. V. 61. P. 205−218.
- Wise M.G., McArthur J.V. and Shimkets L.J. Methylosarcina fibrata gen. nov., sp. nov. and Methylosarcina quisquiliarum sp. nov., novel type I methanotrophs // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2001. V. 51. P. 611−621.
- Wright J.F., Chuvilin E.M., Dallimore S.R. et al. Methane hydrate formation and dissociation in fine sands at temperatures near 0 °C // Permafrost: Proc. of the 7th Intern. Conf. Yellowknife. Canada. 1998. P. 1147−1153.
- Yagi K., Tsuruta H. and Minami K. Possible options for mitigating methane emission from rice cultivation // Nutrient Cycling in Agroecosystems. 1997. V. 49. P. 213−220.
- Васильева JI.B., Берестовская Ю. Ю., Заварзин Г. А. Психрофильные ацидофильные метанотрофы из сфагнеты вечной мерзлоты // Докл. Акад. наук. 1999. Т. 368. № 1. С. 125−128.
- Вомперский С.Э., Цыганова О. П., Ковалев А. Г., Глухова Т. В., Валяева Н. А. Заболоченность территории России как фактор связывания атмосферного углерода // Круговорот углерода на территории России. М.: Изд-во Моск. Правительства. 1999. С. 124−145.
- Гайер Г. Электронная гистохимия // М.: Изд-во «Мир». 1974. 488 с.
- Гальченко В.Ф. Метанотрофные бактерии / М.: ГЕОС. 2001. 500 с.
- Гальченко В.Ф. Метанотрофные бактерии водных экосистем. Диссертация на соискание уч. степени доктора биол. наук. М.: ИНМИ АН. 1989. С.1−381.
- Гальченко В.Ф. Сульфатредукция, метанобразование и метанокисление в различных водоемах оазиса Бангер Хиллс, Антарктида // Микробиология. 1994. Т. 63. Вып. 4. С. 683−698.
- Гальченко В.Ф., Андреев JI.B., Троценко Ю. А. Таксономия и идентификация облигатных метанотрофных бактерий // Пущино: Изд-во «НЦБИ». 1986. 96 с.
- Гальченко В.Ф., Галкин C.B., Леин А. Ю., Москалев Л. И. и Иванов М.В. Роль бактерий-симбионтов в питании беспозвоночных из районов активных подводных гидротерм // Океанология. 1988а. Вып. 27. С. 10 201 031.
- Гальченко В.Ф., Дулов JI.E., Крамер Б., Конова Н. И., Барышева C.B. Биогеохимические процессы цикла метана в почвах, болотах и озерах Западной Сибири // Микробиология. 2001а. Т. 70. № 2. С. 215−225.
- Гальченко В.Ф., Леин А. Ю., Галимов Е. М. и Иванов М.В. Метанотрофные бактерии-симбионты как первичное звено пищевой цепи в океане // Доклады АН СССР. 19 886. Вып. 300. С. 717−720.
- Гальченко В.Ф., Пименов Н. В. Метанотрофные симбионты морских животных // Труды Института микробиологии имени С. Н. Виноградского. К 100-летию открытия метанотрофии / отв. ред. В. Ф. Гальченко. М.: «Наука». 2006. Вып. 13. С. 225−224.
- Горбатюк О.В., Минько О. И., Лифшиц А. Б. Ферментеры геологического масштаба//Природа. 1989. № 9. С. 71−79.
- Дедыш С.Н. Исследование экологии метанотрофныхбактерий с использованием молекулярных подходов//Труды Института микробиологии имени С. Н. Виноградского. К 100-летию открытия метанотрофии // отв. ред. В. Ф. Гальченко. М.: Наука. 2006. Вып. 13. С. 192.
- Ешинимаев Б.Ц., Медведкова К. А., Хмелениена В. Н., Сузина Н. Е., Осипов Г. А., Троценко Ю. А. Новые термофильные метанотрофы рода Methylocaldumll Микробиология. 2004. Т. 73. № 4. С. 530−539.
- Заварзин Г. А. Эмиссия метана с территории России. // Микробиология. 1997. Т. 66. Вып. 5. С. 669−673.
- Зеленкина Т.С., Ешинимаев Б. Ц., Дагурова О. П., Сузина Н. Е., Намсараев Б. Б., Троценко Ю. А. Аэробные метанотрофы прибрежных гидротерм озера Байкал // Микробиология. 2009. Т. 78. Вып. 4. С. 545−551.
- Иванов М.В., Леин А. Ю., Гальченко В. Ф. Глобальный метановый цикл в океане // Геохимия. 1992. № 7. С.1035−1045.
- Иванов М.В., Нестеров А. И., Намсараве Б. Б., Гальченко В. Ф. и Назаренко A.B. Распространение и геохимическая деятельность метанотрофных бактерий в водах угольных шахт // Микробиология. 1978. Т. 47. С. 489−494.
- Иванова Е.Г., Доронина Н. В., Троценко Ю. А. Аэробные метанотрофы как симбионты растений // Труды Института микробиологии имени С. Н. Виноградского. К 100-летию открытия метанотрофии / отв. ред. В. Ф. Гальченко. М.: «Наука». 2006. Вып. 13. С. 263−284.
- Кубланов И.В., Подосокорская O.A. Термофильные микроорганизмы, разлагающие биополимеры // Труды Института микробиологии имени С. Н. Виноградского. Термофильные микроорганизмы // отв. ред. В. Ф. Гальченко. М.: МАКС Пресс. 2011. Вып. 16. С. 315.
- Лебедева E.B. Нитрифицирующие прокариоты из наземных горячих источников // Труды Института микробиологии имени С. Н. Виноградского. Термофильные микроорганизмы // отв. ред. В. Ф. Гальченко. М.: МАКС Пресс. 2011. Вып. 16. С. 92.
- Малашенко Ю.Р., Романовская В. А., Богаченко В. Н., Швед А. Д. Термофильные и термотолерантные бактерии, ассимилирующие метан//Микробиология. 1975. Т. 44. № 5. С. 855−862.
- Медведкова К.А., Хмеленина В. Н., Троценко Ю. А. Сахароза как фактор термоадаптации термофильного метанотрофа Methylocaldum szegediense 0−12 // Микробиология. 2007. Т. 76. № 4. С. 567−569.
- Медведкова К.А., Хмеленина В. Н., Троценко Ю. А. Синтез меланина умеренно термофильным метанотрофом Methylocaldum szegediense зависит от температуры культивирования // Микробиология. 2008. Т. 77. № 1. С. 126−128.
- Миронов A.A., Комиссарчик Я. Ю., Миронов В. А. Методы электронной микроскопии в биологии и медицине // С.-П.: Изд-во «Наука». 1994. 399 с.
- Перевалова A.A. Биоразнообразие и биогеография термофильных Crenarcheota II Труды Института микробиологии имени С.Н. Виноградского. Термофильные микроорганизмы // отв. ред. В. Ф. Гальченко. М.: МАКС Пресс. 2011. Вып. 16. С. 249.
- Прокофьева М.И. Анаэробные термоацидофидбные археи // Труды Института микробиологии имени С. Н. Виноградского. Термофильные микроорганизмы // отв. ред. В. Ф. Гальченко. М.: МАКС Пресс. 2011. Вып. 16. С. 286.
- Ривкина Е.М., Краев Г. Н., Кривушин К. В., Лауринавичюс К. С., Федоров-Давыдов Д.Г., Холодов А. Л., Щербакова В А., Гиличинский Д. А. Метан в вечномерзлых отложениях северо-восточного сектора Арктики // Криосфера Земли. 2006. т. 10. № 3. С. 23−41.
- Русанов И.И., Гальченко В. Ф., Пименов Н. В., Иванов М. В. Микробиологические процессы цикла углерода в районе черноморского метанового сипа // Микробиология. 1994. Т. 63. Вып. 5. С. 890−895.
- Слободкин А.И., Гаврилов С. Н., Слободкина Г. Б. Термофильные железовосстанавливающие прокариоты // Труды Института микробиологии имени С. Н. Виноградского. Термофильные микроорганизмы // отв, ред. В. Ф. Гальченко. М.: МАКС Пресс. 2011. Вып. 16. С. 36.
- Троценко Ю.А., Доронина Н. В., Торгонская M.JI. Аэробные метилобактерии // Пущино. 2010.
- Троценко Ю.А., Хмеленина В. Н. Экстремофильные метанотрофы // Пущино: ОНТИ ПНЦ РАН, 2008. 206 с.
- Уикли Б. Электронная микроскопия для начинающих // М.: Изд-во «Мир». 1975. 324 с.
- Хмеленина В.Н., Медведкова К. А., Троценко Ю. А. Термофильные аэробные метанотрофы // Труды Института микробиологии имени С. Н. Виноградского. Термофильные микроорганизмы / отв. ред. В. Ф. Гальченко. М.: МАКС Пресс. 2011. Вып. 16. С. 105−128.
- Хмеленина В.Н., Щукин В. Н., Решетников A.C., Мустахимов И. И., Сузина Н. Е., Ешинимаев Б. Д., Троценко Ю. А. Структурно-функциональные особенности метанотрофов гиперсоленых и щелочных водоемов//Микробиология. 2010 Т. 79. № 4. С. 498−508.
- Цыренжапова И.С., Ешинимаев БД., Хмеленина В. Н., Осипов Г. А., Троценко Ю. А. Новый термотолерантный аэробный метанотроф из термального источника Бурятии // Микробиология. 2007. Т. 76. № 1. С.