Еще до реформ середины XVI века отдельные отрасли государственного управления и управление отдельными территориями страны стали поручаться («приказываться») боярам. Так появились первые приказы — учреждения, ведавшие отраслями государственного управления или отдельными регионами страны. По некоторым предположениям, первые приказы стали складываться еще с 1511 г., а в середине XVI века их существовало уже несколько десятков. Однако, как утверждает советский историк А. К. Леонтьев, из состава других ведомств приказы стали выделяться только во второй половине XVI века.
С самого начала приказы приобрели характер постоянно действующих учреждений, имевших постоянный штатный состав и область управления. Военными делами — поместным войском — руководил Разрядный приказ, артиллерией — Пушкарский, стрельцами — Стрелецкий, арсеналом — Оружейная палата. Действовали также Посольский приказ, ведавший иностранными делами, Приказ Большой казны, управлявший государственными финансами. Поместный приказ занимался вопросами государственных земель, из которых наделялось дворянство, холопами — Холопий приказ. Был предусмотрен даже специальный приказ для разрешения проблем народных выступлений (Разбойный приказ), а также приказы, ведавшие отдельными территориями — Сибирский приказ, приказ Казанского дворца.
Во главе приказов, круг полномочий которых распространялся на управление, сбор налогов и суды, стояли бояре или дьяки — крупные государственные чиновники. Как отмечает Леонтьев, одной из отличительных черт этого органа власти было то, что во главе их стояло, как правило, несколько судей, а не один, хотя имелись и исключения. Коллегиальное управление в тех условиях означало обязательное обсуждение дел, подлежащих рассмотрению, всеми судьями приказа, причем согласие всех считалось необходимым «приговором», выносимым по рассматриваемому делу. С усложнением системы государственного управления число приказов росло. Ко времени петровских преобразований начала XVIII века их насчитывалось более 50.
Складывание приказной системы, по мнению советских историков, представляло собой дальнейшее усовершенствование феодальной надстройки. Как пишет А. К. Леонтьев, «появление приказов знаменовало собой перенос большей части дел из ведения боярской думы и дворцовых органов в учреждения, долженствующие стать исключительно исполнительными органами.».
