Высшим органом является Совет директоров — коллегиальный орган, определяющий основные направления деятельности БР, осуществляющий руководство и управление БР. В Совет директоров входят Председатель БР (назначается на должность ГД сроком на 4 года по представлению президента) и 12 членов Совета директоров (назначаются на должность на 4 года ГД по представлению Председателя БР, согласованному с Президентом РФ).
Банк России образует единую централизованную систему с вертикальной структурой управления.
В систему БР входят центральный аппарат, территориальные учреждения, расчетно-кассовые центры, вычислительные центры, полевые учреждения, подразделения безопасности и Российское объединение инкассации.
Национальные банки республик являются территориальными учреждениями БР — они не имеют статуса юридического лица и не имеют права принимать решения, носящие нормативный характер, выдавать гарантии и поручительства, вексельные и другие обязательства без разрешения Совета директоров.
В составе территориального учреждения БР действует расчетно-кассовый центр: головной РКЦ, межрайонный РКЦ, районный РКЦ. Создание РКЦ, реорганизация и ликвидация осуществляется решением Совета директоров БР в порядке, установленном ФЗ «О ЦБ РФ», Положением об РКЦ и др. н/а БР.
Таким образом, основной целью деятельности РКЦ является обеспечение эффективного, надежного и безопасного функционирования платежной системы РФ.