Мероприятия по охране окружающей среды при гидролесомелиорации является составной частью проектной и предпроектной документации.
Организационные мероприятия все соглашения с заинтересованными организациями и руководствами (райисполкомами, лесхозами, санэпидемстанциями и др.). При этом выявляются на объектах поиска участки болотных ягодников, места сбора лечебных и технических трав, местообитания ценных видов охотничьей фауны, гнездования и участков с ценными видами рыб и т. д.
В районной санэпидемстанции получают разрешение на сброс воды из осушаемого объекта в отмеченные участки водоприемника. При проектировании необходимо предупредить возможность исчезновения ягодников, ценных дикорастущих лечебных, технических, а также редких растений, занесенных в Красную книгу, исключить перерождение натуральных сенокосов. Места с наличием животных, занесенных в Красную книгу, гидролесомелиорации не подлежат.
При разработке в проекте раздела охраны окружающей среды необходимо показывать воздействие мелиорации на прилегающие территории и на продуктивность леса на болотах и суходолах, сенокосы, луга, ягодники, условия обитания фауны, особо ценных видов, изменение гидрологических, транспортных и противопожарных условий.
При проектировании осушительной и дорожной сети, предусматривают переходы для животных с учетом пути их перемещения. Прорубка мелиоративных трасс, корчевание пней на них, постройку каналов и сооружений не проводят в местах обитания ценных видов зверей и птиц в период гнездования птиц и вскармливания потомства. Химический уход за лесом и внесение удобрений в местах обитания этих животных не разрешается.