Компьютеризации аптеки можно условно разделить на четыре основных этапа: приобретение и установка необходимой компьютерной техники и локальной сети; выбор компьютерных программ; внедрение компьютерных программ; внедрение компьютерных программ и обучение работе с программами; эксплуатация программно-аппаратного комплекса .
Директор (управляющий) совместно с менеджером имеет возможность получения точных сведений о деятельности аптеки в любой конкретный период. Менеджер занимается контролем и анализом данных. Директор (управляющий) — организацией всей работы аптеки с учетом анализа и контроля данных. Из управленческого отдела в структурные подразделения аптеки в виде электронных посланий доводятся управленческие решения.
В плановом отделе менеджер по закупкам, основываясь на данных, которые он получает из других отделов (в частности из отдела запасов и реализации) занимается оформлением заказов. Действия менеджера можно значительно облегчить, снабдив его необходимым справочно-информационным программным обеспечением по обработке прайс-листов.
В отделе запасов происходит прием и маркировка товара, выдача его в отделы реализации, производится оперативный контроль движения товаров. Непосредственно процесс маркировки заключается в изготовлении внутренних штрих-кодов на термопринтере и расклейке их при помощи этикетопистолета. В случае имеющихся заводских штрих-кодов приемка товара значительно упрощается.
Реализация медикаментов через розничный отдел облегчается за счет использования POS-терминала. Информация о реализованных медикаментах из отделов как розничной, так и мелкооптовой реализации поступает в базу данных на сервере и используется для учета и анализа.