Сразу после воцарения Е. была заметна кипучая деятельность в государственном организме. При этом во всех отношениях выказывалось личное участие императрицы в решении всевозможных вопросов.
С момента восшествия на престол и до коронации Е. участвовала в 15 заседаниях Сената, и небезуспешно. В 1963 году Сенат был реформирован: он был разделен на шесть департаментов со строго определенными функциями и под руководством генерал-прокурора, назначаемого монархом, стал органом контроля за деятельностью государственного аппарата и высшей судебной инстанцией. Сенат лишился своей главной функции законодательной инициативы, она фактически перешла к императрице.
Смерть Иоанна Антоновича (05/07/1764) избавила Е. от страха за будущее своего трона. Теперь ее честолюбие могло быть удовлетворено реализацией собственных планов. Она накопила определенный опыт управления, появились замыслы реализовать новшества. Е. принадлежала к числу тех государственных деятелей, которые намеревались не только царствовать, но и управлять.
Интересна история с секуляризацией, начатой Петром III. Сначала Е. II отменила секуляризацию, а затем была создана Комиссия, высказавшая единодушное мнение о необходимости секуляризации. Указом от 26/02/1764 монастырские, архиерейские и церковные вотчины с населявшими их крестьянами передавались в Коллегию экономии. Все повинности крестьян заменялись денежным оброком из общей суммы которого ?1/3 передавались на содержание церковных институтов (монастырей и пр.).
Секуляризация имела важные следствия. Она лишила духовенство экономической мощи. Теперь монастыри, епархии, рядовые монахи полностью зависели от государства. Кроме того, были облегчены условия жизни крестьян, ранее принадлежавших духовным помещикам. Это связано с заменой барщины оброком, что представляло крестьянам больше самостоятельности и развивало их хозяйственную инициативу. Крестьяне восприняли секуляризацию за благо и прекратили неповиновение.
Е.II был подтвержден указ Петра III об упразднении Тайной розыскных дел канцелярии, которая, собственно, умирала сама собой. Однако орган такой остался, Тайную канцелярию заменили Тайные экспедиции при Сенате в столице и при сенатской конторе в Москве. Е. вывела Тайную экспедицию из ведения Сената и подчинила ее генерал-прокурору.
