Вопросы и задания для самопроверки к главам 4 и 5

1. Для чего используются и как устроены биологические базы данных?

2. Какие существуют классификации биологических БД?

3. Опишите основные форматы файлов биологических БД.

4. Опишите общие принципы работы с веб-сервисами.

5. Опишите возможности BLAST по поиску последовательностей биологических полимеров.

6. Какие веб-порталы, связанные с биоинформатикой, вам известны?

Задачи

1. Последовательность белка обратной транскриптазы вируса иммунодефицита человека имеет идентификатор NP 57 849. Найдите гомологи этого белка.

2. Постройте множественное выравнивание последовательностей из предыдущего задания.

3. Проведите филогенетический анализ семейства глобинов. В качестве исходной последовательности используйте NP 509 (бета-глобин человека).

4. Проведите поиск последовательностей, богатых CG-повторами, в геноме человека.

5. Исследуйте доменную организацию белка HIV-1 gag-pol. Используйте базу данных PDB, идентификатор 4ВЗО:

• какие домены (Pfam, САТИ) присутствуют в белке gag-pol?

• какие домены и мотивы присутствуют в обратной транскриптазе этого белка?

• какие модификации обратной транскриптазы описаны?

• рассмотрите ЗП-структуру комплекса обратной транскриптазы с ДНК, сохраните изображение;

• сравните вторичную структуру данного белка из БД PDB со вторичной структурой из БД DSSP.

6. Используя БД PDB, найдите ТМ (трансмембранный — transmembrane) белок с аннотированными трансмембранными фрагментами. Скачайте аминокислотную последовательность белка в формате FAST А. Предскажите двумя разными методами распределение ТМ-участков, сравните результаты.