Помощь в учёбе, очень быстро...
Работаем вместе до победы

Исследование молекулярных механизмов функционирования продуктов гена trithorax в регуляции тканеспецифической экспрессии генов у Drosophila melanogaster

ДиссертацияПомощь в написанииУзнать стоимостьмоей работы

Данная диссертационная работа включает в себя проверенные временем и признаваемые ведущими учеными разных стран пионерские исследования в области изучения транскриптов и белковых продуктов гена triihorax, их взаимодействий с другими белками группы Триторакса, а также исследования in vivo с помощью трансгенных конструкций регуляторных элементов (TRE), необходимых для TRX-зависимого поддержания… Читать ещё >

Содержание

  • Список сокращений
  • I. Введение
  • II. Обзор литературы
  • 1. Молекулярные механизмы эпигенетической регуляции «клеточной памяти»
    • 1. 1. Модификации гистонов, гипотеза «гостонового кода»
    • 1. 2. Варианты гистонов и эпигенетическая память
    • 1. 3. Метилирование ДНК, или динуклеотид «Св» как геномный сигнальный модуль
    • 1. 4. Белки, кодируемые генами групп Поликомба (РсО) и Триторакса — ключевые эпигенетические факторы поддержания тканеспецифической экспрессии генов
      • 1. 4. 1. Система генов РсСДгхО
      • 1. 4. 2. Белки группы Поликомба
      • 1. 4. 3. Белки группы Триторакса 48 1.4.3.1. Белок М1Х1 — ортолог ТКХ у млекопитающих
      • 1. 4. 4. Регуляторные хромосомные элементы (РКЕ/ТЯЕ), посредством взаимодействия с которыми осуществляют свою функцию белки групп Поликомба и Триторакса
    • 1. 5. Хроматин-ремоделирующие комплексы
    • 1. 6. Некодирующие РНК
    • 1. 7. Ядерная организация генома 71 1.7. Единство эпигенетических систем регуляции
  • 2. Однодоменные мини-антитела — новый эффективный инструмент для исследований, применения в иммунобиотехнологии и медицине
    • 2. 1. Введение
    • 2. 2. Неканонические верблюжьи антитела (НСАЬ), состоящие из Димера только тяжелой цепи иммуноглобулина
    • 2. 3. Технология получения однодоменных мини-антител наноантител") с заданной специфичностью III. Экспериментальная часть
  • 1. Определение структуры и локализации в эмбрионах БгоБорЬИа melanogaster на разных стадиях развития альтернативно сплайсируемых транскриптов гена іїШогах (ігх)
    • 1. 1. Материалы и методы
    • 1. 2. Результаты и обсуждение
  • 2. Определение и сравнительный анализ первичной структуры и экспресии гена ігх у ОгояоркПа уігіШ и у ВгояоркПа melanogaster
    • 2. 1. Материалы и методы
    • 2. 2. Результаты и обсуждение
  • 3. Исследование основных белковых продуктов гена іїИІюгах (ігх)
    • 3. 1. Материалы и методы
    • 3. 2. Результаты и обсуждение
  • 4. Исследование взаимодействий белковых продуктов гена ігх с другими ядерными белками, с белковыми продуктами других генов группы Триторакса
    • 4. 1. Материалы и методы
    • 4. 2. Результаты и обсуждение

    5. Исследование хромосомного регуляторного элемента (ТКЕ/РКЕ), необходимого для функционирования Триторакс-ассоциированной системы поддержания заданного уровня тканеспецифической транскрипции и локализованного в дальней промоторной области гена иЬгаЬикогах.

    5.1. Материалы и методы.

    5.2. Результаты и обсуждение

    6. Исследование хромосомного регуляторного элемента, Необходимого для функционирования Триторакс-ассоциированной системы поддержания заданного уровня тканеспецифической транскрипции и локализованного в промоторной области гена fork head (fkh).

    6.1. Материалы и методы.

    6.2. Результаты и обсуждение

    7. Обнаружение ассоциации продуктов гена trithorax белков TRX) с компонентами ядерного скелета (матрикса).

    7.1. Материалы и методы.

    7.2. Результаты и обсуждение

    8. Исследование изменений транскрипции различных генов человека в случае лейкемий с хромосомными нарушениями, затрагивающими ген ALL1/MLL1 (кодирующего ортолог TRX)

    8.1. Материалы и методы.

    8.2. Результаты и обсуждение

    9. Развитие технологии получения и использования однодоменных мини-антител с целью исследования продуктов гена trithorax и других внутриклеточных компонентов (антигенов) in vitro и in vivo.

    9.1. Материалы и методы.

    9.2. Результаты и обсуждение

Исследование молекулярных механизмов функционирования продуктов гена trithorax в регуляции тканеспецифической экспрессии генов у Drosophila melanogaster (реферат, курсовая, диплом, контрольная)

Данная работа посвящена очень актуальной в последние годы теме молекулярной и клеточной биологии — эпигенетической регуляции активности тканеспецифических генов в процессе развития. Особый интерес в этой связи связан с белками группы Поликомба (PcG, Polycomb Group) и группы Триторакса (trxG, trithorax Group). Эти белки, первоначально описанные у дрозофилы, являются консервативными хромосомными факторами, которые, находясь в составе многокомпонентных комплексов, поддерживают задаваемое на самых ранних этапах эмбрионального развития тканеспецифическое распределение активного или репрессированного состояния многих генов-мишеней (в частности, гомеотических генов) путём поддержания соответственно «открытой» или «закрытой» их локальной хромосомной структуры. Нарушение регуляции генов этих групп (trxG, PcG) ведёт к потере «клеточной памяти», аберрантной клеточной пролиферации и злокачественному перерождению клетки. Эти факторы играют важную роль в таких разнообразных эпигенетических процессах, как плюрипотентность и пластичность стволовых клеток, геномный импринтинг и инактивация X-хромосомы.

Интерес к генам и белкам групп Триторакса и Поликомба особенно усилился несколько лет тому назад, когда была обнаружена непосредственная связь данных хромосомных белков с энзиматическими активностями, модифицирующими гистоны и структуру нуклеосом. Так, например, белок TRX (сокращение от TRITHORAX, или Триторакс, продукт гена trx) и его гомолог у млекопитающих, протоонкоген MLL1 (ALLI, HRX), обладают гистон-метилтрансферазной активностью, за которую отвечает высококонсервативный SET-домен. Этот домен специфически метилирует лизин 4 гистона НЗ, что является эпигенетическим маркером, типично ассоциированным с транскрипционно активным хроматином.

Эпигенетические регуляторы групп Триторакса и Поликомба осуществляют свою функцию посредством взаимодействия с особыми регуляторными цис-элементами генов-мишеней. Эти элементы обычно называют PRE/TRE («Polycomb- / trithoraxresponse elements»). Так как PRE и TRE часто колокализуются, их вместе также называют «элементами поддержания» («maintenance elements») тканеспецифической активности гена, или «модулями клеточной памяти». Принципиальные особенности самих PRE/TRE, детали механизмов их узнавания хромосомными факторами и последующего распространения специфического воздействия на экспрессию регулируемого гена остаются слабо изученными. Эти элементы в некоторых случаях локализуются на значительном (десятки тысяч пар нуклеотидов) отдалении от промотора. Представление об организации этих участков ДНК на сегодняшний день остаётся довольно запутанным: «довольно протяжённый без чётко выраженных краёв элемент, чья функция зависит от множественных кооперативно работающих суб-элементов». Эти «модули клеточной памяти» обычно непосредственно соседствуют с энхансерными и репрессорными элементами, или даже включают их в свой состав. Интересные, но пока противоречивые данные были получены недавно о связи этих элементов с районами транскрипции некодирующих регуляторных РНК, о возможной связи PRE/TRE с системами транскрипционной интерференции или транскрипционной активации/репрессии близко расположенного промотора гена. Принципиальная сложность изучения этих элементов связана с тем, что их активность проявляется только в контексте развития и зависит от конкретного типа ткани/клетки. Большая часть сведений о PRE/TRE была получена при детальном функциональном изучении in vivo всего нескольких генетических локусов, что, очевидно, недостаточно. При этом не было выявлено протяжённых гомологичных последовательностей или каких-то воспроизводимых выраженных структурных особенностей. Большинство Рс-G/trx-G — белков, по-видимому, не способны связываться со строго специфической последовательностью ДНК. Некоторые белки (PHO/PHOL, GAGA factor, Zeste, Pipsqueak, Dspl, Grainyhead/Elf, Spl/KLF) в разной мере обладают подобной активностью. Эти белки, очевидно, участвуют в каких-то элементах процесса связывания регуляторных белковых комплексов с определёнными участками ДНК, однако, только участием этих белков объяснить процесс специфического узнавания не удаётся. Предполагается, что TRE и PRE в данном гене в значительной степени колокализуются и функционируют взаимоисключающе, в зависимости от типа клетки.

Исторически большинство исследователей эпигенетической регуляции уделяли большее внимание механизмам репрессии генов, считая поддержание их активности пассивным процессом. В настоящее время происходит заметный пересмотр такого одностороннего представления. Накапливается все больше веских аргументов об активной природе эпигенетически регулируемого поддержания активной экспрессии многих важных регуляторных генов. Именно исследованию экспрессии и механизмов функционирования продуктов одного из главных факторов поддержания тканеспецифической активности генов, гена triihorax, и посвящена данная работа.

Данная диссертационная работа включает в себя проверенные временем и признаваемые ведущими учеными разных стран пионерские исследования в области изучения транскриптов и белковых продуктов гена triihorax, их взаимодействий с другими белками группы Триторакса, а также исследования in vivo с помощью трансгенных конструкций регуляторных элементов (TRE), необходимых для TRX-зависимого поддержания экспрессии генов-мишеней. Впервые было показано, что TRE/PRE элемент может состоять из множественных суб-элементов, существенных для функционирования как trxG-, так и PcG-белков, причём эти суб-элементы явно взаимодействуют друг с другом. В результате сложных как конкурентных, так и кооперативных взаимодействий определяется структура локального хроматина и, как следствие, соответствующий для данной ткани уровень экспрессии гена. В ходе проделанной работы были впервые получены и опубликованы в ведущих журналах новые данные, посвященные белок-белковым взаимодействиям среди продуктов различных генов группы trx-Gочистке первого белкового комплекса (ТАС1), содержащего TRX, Sbfl (вероятно, антифосфатаза) и гистон-ацетилтрансферазу dCBPучастию TAC 1-комплекса в регуляции экспрессии генов теплового шока. Было проведено крупномасштабное исследование изменений транскрипции многих тысяч генов человека (на микрочипах фирмы Аффиметрикс) в случае лейкемий с хромосомными нарушениями, затрагивающими ген ALL1/MLL1 (гомолог дрозофилиного TRX), в результате которого были выявлены гены, которые могут быть непосредственно вовлечены в онкогенез. Было установлено, что применяемые ранее условия фракционирования (выделение комплекса ТАС1, Petruk et al., 2001]) могут приводить к потере значительной доли TRX вследствие его тенденции к ассоциации с нерастворимыми компонентами ядерного скелета [Лебедева и Тшлиб, 2003]. Более того, подобная ассоциация является, по-видимому, характерной особенностью белков, связанных с системой модификации гистонов (хроматина). Одним из основных инструментов в исследовании белков являются антитела. На протяжении многих лет исследований мы генерировали различные антитела, узнающие разные домены исследуемых белков. Конечно же, в первую очередь, получали антитела к доменам TRX. Эти антитела затем использовались во многих лабораториях мира. Также использовались полученные нами для исследования TRE/PRE конструкции и соответстующие линии трансгенных мух. В последние годы мы уделяли большое внимание разработке и использованию новой высокоэффективной технологии генерирования однодоменных мини-антител. С помощью этой технологии мы разработали новый подход к исследованию клеточных компонентов (в том числе и пока неизвестных), ассоциированных с определённым белком на примере получения однодоменных мини-антител к компонентам хроматина, ассоциированным с регуляторным белком Триторакс.г.

Совместно с зарубежными коллегами мы разработали новый подход для наблюдения за антигеном в живых клетках с помощью специально получаемых однодоменных мини-антител, соединенных (экспрессирующихся в одной общей рамке считывания) с флуоресцирующим белком. Полученные в настоящее время мини-антитела к различным доменам ТКХ планируется использовать для получения трансгенных конструкций, экспрессирующих такие мини-антитела, соединенные с флуоресцирующим белком в разных тканях дрозофилы. Мы надеемся, что этот подход позволит изучать процессинг и функционирование белковых продуктов гена ггШогах (а также других белков) в максимально приближенных к нативным условиях.

Прежде, чем перейти к описанию экспериментальной части работы, мы остановимся на обзоре литературных данных, связанных с тематикой работы. Основное внимание в обзоре будет уделено молекулярным механизмам «эпигенетической регуляции», связанным с модификациями гистонов, метилированием ДНК, особенностями функционирования белков групп Поликомба и Триторакса, с некодирующими РНК и ядерной организацией генома. Будет также дан обзор особенностей свойств и технологии получения однодоменных мини-антител.

II. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.

V. выводы.

1. Определена структура и локализация в эмбрионах на разных стадиях развития альтернативно сплайсируемых транскриптов (длиной от 11 до 14,5 тысяч нуклеотидов) гена trithorax (trx) Drosophila melanogaster.

2. Проведены определение и сравнительный анализ первичной структуры гена trx у Drosophila virilis и у Drosophila melanogaster. Выявлена высокая консервативность как структуры этого гена, так и распределения его транскриптов в эибриогенезе.

3. Детектированы соответствующие альтернативным транскриптам две основные белковые изоформы триторакса (TRX I и TRXII, белки размером более 400 КДа). Установлено, что TRX является ядерным белком и способен связываться с определенными участками политенных хромосом слюнных желёз, по-видимому, соответствующими его генам-мишеням, активно транскрибируемым в данном типе клеток.

4. Показано, что TRX и ASH1, продукт другого гена группы Триторакса, непосредственно взаимодействуют, и их участки связывания с политенными хромосомами совпадают или находятся в непосредственной близости друг от друга.

5. Проведено исследование in vivo регуляторного элемента PRE/TRE из дальней промоторной области гена Ultrabithorax с помощью специальных трансгенных конструкций. Выявлена необычно сложная его структура, состоящая из многих функционально значимых участков, способных взаимодействовать с белками как группы Триторакса, так и группы Поликомба.

6. Определена локализация и продемонстрирована функциональная значимость in vivo нового регуляторного элемента (TRE), необходимого для TRX-зависимого поддержания экспрессии гена fork head в клетках слюнных желёз личинки дрозофилы.

7. Проведено крупномасштабное исследование изменений транскрипции многих тысяч генов человека (на микрочипах фирмы Аффиметрикс) в случае лейкемий с хромосомными нарушениями, затрагивающими ген АЫЛ/МЬЫ (гомолог дрозофилиного ТЮС). Выявлены гены, которые могут быть непосредственно вовлечены в онкогенез. Полученные результаты помимо общей схожести изменений экспрессии генов с другими случаями раковой трансформации клеток демонстрируют также и наличие характерного рисунка транскрипционной активности генов в АЬЫ/МЬЬ1 -ассоциированных опухолях.

8. Показано, что белок Триторакс (ТЮС) может быть выявлен в ассоциации с не хромосомными элементами ядерного скелета. Получены данные о колокализации ТЯЕ со скаффолд/матрикс-ассоциированными участками хромосом.

9. Разработан и продемонстрирован принципиально новый метод исследования клеточных компонентов, ассоциированных с заданным белком, на примере получения однодоменпых мини-антител к компонентам хроматина, ассоциированным с регуляторным белком Триторакс (ТЮС).

10. Разработан и продемонстрирован принципиально новый метод наблюдения за антигеном в живых клетках с помощью специально генерируемых флуоресцирующих мини-антител.

СПИСОК РАБОТ, ОПУБЛИКОВАННЫХ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИИ.

1. Sedkov I.*, Tillib S.*, Mizrokhi L. and Mazo A. (1994) The bithorax complex is regulated by trithorax earlier during Drosophila embryogenesis than is the Antennapedia complex, correlating with a bithorax-like expression pattern of distinict early trithorax transcripts. Development 120,1907;1917.

2. Kuzin B.*, Tillib S.*, Sedkov I., Mizrokhi L. and Mazo A. (1994) The Drosophila trithorax gene encodes a chromosomal protein and directly regulates the region-specific homeotic gene fork head. Genes & Dev. 8,2478−2490.

3. Tillib S., Sedkov Y., Mizrokhi. L., Mazo A. (1995) Conservation of structure and expression of the trithorax gene between Drosophila virilis and Drosophila melanogaster. Mechanisms of Development 53, 113−122.

4. Rozenblatt-Rosen O.*, Rosovskaya T.*, Burakov D.*, Tillib S*., Sedkov Yu.*, Blechman J., Nakamura T., Croce C., Mazo A. and Canaani E.(1998) The C-terminal SET domains of ALL-I and TRITHORAX interact with the INII and SNRI proteins, components of the SWI/SNF complex. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95,4152−4157.

5. Sedkov Y., Benes J., Berger J., Riker K., Tillib S., Jones R. and Mazo A. (1999) Molecular genetic analysis of Drosophila trithorax-related gene that encodes a novel SET domain protein. Mechanisms of Development 82, 171−179.

6. Tillib S., Petruk S., Sedkov Y., Kuzin A., Fujioka M., Goto T. and Mazo A. (1999) Trithorax and Polycomb group response elements within a Ultrabithorax transcription maintenance unit consist of closely situated but separable sequences. Mol. Cell. Biol. 19, 5289−5202.

7. Rosovskaya Т., Tillib S., Smith S., Sedkov Y., Rozenblatt-Rosen O., Petruk S., Yano Т., Nakamura Т., Ben-Simchon L., Gildea J., Croce C., Shearn A., Canaani E and Mazo A. (1999) Trithorax and ASH1 interact directly and associate with the Trithorax-Group responsive bxd region of the Ultrabithorax promoter. Mol. Cell. Biol. 19, 6441−6447.

8. Petruk S., Sedkov Y., Smith S., Tillib S., Kraevsky V., Nakamura Т., Canaani.

E., Croce C.M., Mazo A. Epigenetic regulator trithorax and acetyltransferase.

221 dCBP act in a protein complex to maintain expression of a homeotic gene. Science, 2001, 294: 1331−1334.

9. Tillib S.V., Mirzabekov A.D. (2001) Advances in the analysis of DNA sequence variations using oligonucleotide microchip technology. Curr Opin Biotechnol. 12, 53−58.

10. Rozovskaia Т., Ravid-Amir O., Tillib S., Getz G., Feinstein E., Agrawal H., Nagler A., Rappaport E.F., Issaeva I., Matsuo Y., Kees U.R., Lapidot Т., Lo Coco F., Foa R., Mazo A., Nakamura Т., Croce C.M., Cimino G., Domany E., Canaani E. Expression profiles of acute lymphoblastic and myeloblasts leukemias with ALL-1 rearrangements. Pro с Nail Acad Sci USA. 2003, 100(13):7853−7858.

11. Л. А. Лебедева, С. В. Тиллиб. Глобальный фактор поддержания тканеспецифического активного состояния генов Diosophila melanogaster белок TRITHORAX, ассоциирован с ядерным матриксом. Генетика 2003, 39(2):250−258.

12. Smith S.T., Petruk S., Sedkov Y., Cho E., Tillib S., Canaani E., Mazo A. Modulation of heat shock gene expression by the TAC1 chromatin-modifying complex. Nature Cell Biol. 2004; 6(2): 162−7.

13. Rothbauer U., Zolghadr K., Tillib S., Nowak D., Schermelleh L., Gahl A., Backmann N., Conrath K., Muyldermans S., Cardoso M.C., Leonhardt H. Targeting and tracing antigens in live cells with fluorescent nanobodies. Nature Methods 2006, 3, 887−889.

14. Ряховский A.A., Тиллиб C.B. Иммунопреципитационное картирование TRX-ассоциированных участков хромосом в промоторе гена fkh в клетках слюнных желез Drosophila melanogaster. Генетика 2007, Т. 43, № 9, С. 11 811 189.

15. Ряховский А. А., Тиллиб С. В. Колокализация S/MAR и TRE в регуляторных участках хромосом тканеспецифически экспрессирующихся генов Drosophila melanogaster. Доклады Академии Наук 2007, Т. 416, № 3, С. 416−419.

16. Вятчанин А. С., Тиллиб С. В. Новый подход к исследованию клеточных компонентов, ассоциированных с определённым белком. Доклады Академии Наук. 2008. Т.421. № 6. С. 826−829.

17. Вятчанин А. С., Тиллиб С. В. Модификации процедуры фагового дисплея для повышения эффективности селекции антиген-связывающих доменов особых одноцепочечных верблюжьих антител. Биотехнология. 2008. № 4. С. 32−34.

18. S. Muyldermans, T.N. Baral, V. Cortez Retamozzo, P. De Baetselier, E. De Genst, J. Kinne, H. Leonhardt, S. Magez, V.K. Nguyen, H. Revets, U. Rothbauer, B. Stijlemans, S. Tillib, U. Wernery, L. Wyns, Gh. Hassanzadeh-Ghassabeh and D. Saerens. Camelid immunoglobulins, nanobody technology. Veterinary Immunology andImmunopathology. 2009, 128(l-3):178−83.

19. Тиллиб C.B., Иванова Т. И., Васильев JI.А. Фингерпринтный анализ селекции «наноантител» методом фагового дисплея с использованием двух вариантов фагов-помощников. 2010. Acta Naturae 2, № 3 (6), 100−108.

20. Тиллиб С. В. «Верблюжьи антитела» — эффективный инструмент для исследований, диагностики и терапии. 2011. Молекулярная биология 45, № 1, 77−85.

Равное участие в работе на правах первого автора.

БЛАГОДАРНОСТИ.

Автор благодарит проф. Крамерова Д. А., академика Георгиева Г. П. и других сотрудников лаборатории «биосинтеза нуклеиновых кислот» в ИМБ им. В. А. Энгельгардта РАН (1982;1991 гг.) за полученную хорошую базовую подготовку в области молекулярной биологиипроф. Мазо A. (Mazo А.) и проф. Канаани Э. (Canaani Е.), а также сотрудников их лабораторий в Университете Томаса Джефферсона (г. Филадельфия, США), в первую очередь, моих бывших коллег — др. Седкова Ю. А. (Sedkov Y.) и проф. Кузина Б. А. (Kuzin В.), за участие, помощь и поддержку в работепроф. Муйлдерманса (S. Muyldermans) и сотрудников его лаборатории в Свободном Университете Брюсселя (г. Брюссель, Бельгия) за помощь в освоении технологии получения однодоменных верблюжьих антителсотрудников моей группы и сотрудников других подразделений ИБГ РАН, особенно проф. Георгиеву С. Г., сотрудников лаборатории академика Георгиева П. Г., администрацию ИБГ РАН за помощь в работеРутовскую М.В. и сотрудников научно-экспериментальной базы «Черноголовка» ИПЭЭ имени А. Н. Северцова РАН за помощь в работе с верблюдамиПрограмму «Молекулярная и клеточная биология» и Российский фонд фундаментальных исследований за финансовую поддержку работы.

IV.

ЗАКЛЮЧЕНИЕ

.

Данная работа, проводимая в течение последних 20 лет, включает в себя проверенные временем и признаваемые ведущими учеными разных стран пионерские исследования в области изучения транскриптов и белковых продуктов гена trithorax, их взаимодействий с другими белками группы Триторакса, а также исследования in vivo с помощью трансгенных конструкций регуляторных элементов (TRE), необходимых для TRX-зависимого поддержания экспрессии генов-мишеней. Впервые было показано, что TRE/PRE элемент может состоять из множественных субэлементов, существенных для функционирования как TrxG-, так и PcG-белков, причём эти суб-элементы явно взаимодействуют друг с другом. В результате сложных как конкурентных, так и кооперативных взаимодействий определяется структура локального хроматина и, как следствие, соответствующий для данной ткани уровень экспрессии гена. В ходе проделанной работы были впервые получены и опубликованы в ведущих журналах новые данные, посвященные а) белок-белковым взаимодействиям среди продуктов различных генов группы trx-G, б) очистке первого белкового комплекса (ТАС1), содержащего TRX, в котором также выявлялась гистон-ацетилтрансфераза dCBP и вероятная антифосфатаза Sbfl, в) участию TAC 1-комплекса в регуляции экспрессии генов теплового шока, г) в работе по крупномасштабному исследованию изменений транскрипции многих тысяч генов человека (на микрочипах фирмы Аффиметрикс) в случае лейкемий с хромосомными нарушениями, затрагивающими ген ALL1/MLL1 (гомолог дрозофилиного TRX), в результате которой были выявлены гены, которые могут быть непосредственно вовлечены в онкогенез. Было установлено, что применяемые ранее условия фракционирования (выделение комплекса ТАС1, Petruk et al., Science, 2001) могут приводить к потере значительной доли TRX вследствие его тенденции к ассоциации с нерастворимыми компонентами ядерного скелета (Лебедева и Тиллиб,.

Генетика 2003). Одним из основных инструментов в исследовании белков являются антитела. На протяжении многих лет исследований мы генерировали различные антитела, узнающих разные домены исследуемых белков. Конечно же, в первую очередь, получали антитела к доменам ТЮС Эти антитела используются во многих лабораториях мира. Также использовались полученные нами для исследования ТЯЕ/РЯЕ конструкции и соответстующие линии трансгенных мух. В последние годы мы уделяли большое внимание разработке и использованию новой высокоэффективной технологии генерирования однодоменных мини-антител. С помощью этой технологии мы разработали новый подход к исследованию клеточных компонентов (в том числе и пока неизвестных), ассоциированных с определённым белком на примере получения однодоменных мини-антител к компонентам хроматина, ассоциированным с регуляторным белком Триторакс.

Совместно с зарубежными коллегами мы разработали новый подход для наблюдения за антигеном в живых клетках с помощью специально получаемых однодоменных мини-антител, соединенных (экспрессирующихся в одной общей рамке считывания) с флуоресцирующим белком. Полученные в настоящее время мини-антитела к различным доменам ТЮС планируется использовать для получения трансгенных конструкций, экспрессирующих такие мини-антитела, соединенные с флуоресцирующим белком в разных тканях дрозофилы. Мы надеемся, что этот подход позволит изучать процессинг и функционирование белковых продуктов гена Ыйюгах в максимально приближенных к нативным условиях.

Показать весь текст

Список литературы

  1. Agalioti, T., Chen, G., Thanos D. (2002). Deciphering the transcriptional histone acetylation code for a human gene. Cell 111, 381−92.
  2. D.J., Henderson K.D., Seshaiah P. (2000) Salivary gland development in Drosophila melanogaster. Mech. Dev. V. 92, P. 5−17.
  3. Ayton P.V., Cleary V.L. Molecular mechanisms of leukemogenesis mediated by MLL fusion proteins. // 0ncogene.2001. V. 20, P. 5695−5707.
  4. Bae, E., Calhoun, C., V., Levine, M., Lewis, B., E., Drewell A., R. (2002). Characterization of the intergenic RNA profile at abdominal-A and Abdominal-B in the Drosophila bithorax complex. Proc Natl Acad Sci USA 99, 16 847−52.
  5. Bantignies, F., Goodman, H., R., Smolik M., S. (2000). Functional interaction between the coactivator Drosophila CREB-binding protein and ASH1, a member of the trithorax group of chromatin modifiers. Mol Cell Biol 20, 9317−30.
  6. Bantignies, F., Grimaud, C., Lavrov, S., Gabut, M., Cavalli G. (2003). Inheritance of Polycomb-dependent chromosomal interactions in Drosophila. Genes Dev 17, 2406−20.
  7. Barbas III C.F., Burton D.R., Scott J.K., Silverman G. J. (2001) Phage Display: A Laboratory Manual. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 738 pp.
  8. Barrack E.R., Coffey D.S. The specific binding of estrogens and androgens to the nuclear matrix of sex responsive tissues. // J. Biol. Chem. 1980. V. 255,1. P. 7265−7275.
  9. Beisel, C., Buness, A., Roustan-Espinosa, M., I., Koch, B., Schmitt, S. et al. (2007). Comparing active and repressed expression states of genes controlled by the Polycomb/Trithorax group proteins. Proc Natl Acad Sci U S A 104, 16 615−20.
  10. Beisel, C., Imhof, A., Greene, J., Kremmer, E. and Sauer, F. (2002). Histone methylation by the Drosophila epigenetic transcriptional regulator Ashl. Nature 419, 857−62.
  11. Berezney R., Mortillaro M.J., Ma H., Wei X., Samarabandu J. The nuclear matrix: a structural milieu for genomic function. // Int. Rev. Cytol. 1995. V. 162, P. 1−65.
  12. Berger L., S. (2002). Histone modifications in transcriptional regulation. Curr Opin Genet Dev 12, 142−8.
  13. Bernstein B.E., Mikkelsen T.S., Xie T.S., Kamal M et al. (2006). A bivalent chromatin structure marks key developmental genes in embryonic stem cells. Cell 125, 315−326.
  14. Bhaumik, R., S., Green R., M. (2001). SAGA is an essential in vivo target of the yeast acidic activator Gal4p. Genes Dev 15, 1935−45.
  15. A. (2011) The dinucleotide CG as a genomic signalling module. J. Mol. Biol, (in press, doi:10.1016/j.jmb.2011.01.056).
  16. Birke, M., Schreiner, S., Garcia-Cuellar, P., M., Mahr, K., Titgemeyer, F. et al. (2002). The MT domain of the proto-oncoprotein MLL binds to CpG-containing DNA and discriminates against methylation. Nucleic Acids Res 30, 958−65.
  17. Blomen V.A. and Boonstra J. (2011) Stable transmission of reversible modificationsA maintenance of epigenetic information through the cell cycle. Cell. Mol. Life Sci. 68, 27−44.
  18. Bloyer, S., Cavalli, G., Brock, W., H., Dura M., J. (2003). Identification and characterization of polyhomeotic PREs and TREs. Dev Biol 261, 426−42.
  19. Bode J., Benham C., Knopp A., Mielke C. Transcriptional augmentation: modulation of gene expression by scaffold/matrix-attached regions (S/MAR elements). // Crit. Rev. Eukaryot. Gene Expr. 2000. V. 10, P. 73−90.
  20. Breen T.R. and Harte P.J. (1991). Molecular characterization of the trithorax gene, a positive regulator of homeotic gene expression in Drosophila. Mech. Dev. 35, 113−127.
  21. Breiling, A., Bonte, E., Ferrari, S., Becker, B., P., Paro R. (1999). The Drosophila polycomb protein interacts with nucleosomal core particles In vitro via its repression domain. Mol Cell Biol 19, 8451−60.
  22. Breiling, A., Sessa, L., Orlando V. (2007). Biology of polycomb and trithorax group proteins. Int Rev Cytol 258, 83−136.
  23. Breiling, A., Turner, M., B., Bianchi, E., M., Orlando V. (2001). General transcription factors bind promoters repressed by Polycomb group proteins. Nature 412, 651−5.
  24. Brickman, M., J., Adam, M., Ptashne M. (1999). Interactions between an HMG-1 protein and members of the Rel family. Proc Natl Acad Sci USA 96, 10 679−83.
  25. R., Goldstein N.I. 2007. The use of phage display peptide libraries for basic and translational research. Methods Mol Biol. 383, 203−213.
  26. Brock, W., H., Lohuizen, v. M. (2001). The Polycomb group-no longer an exclusive club? Curr Opin Genet Dev 11, 175−81.
  27. Brotherton, T., Zenk, D., Kahanic, S., Reneker J. (1991). Avian nuclear matrix proteins bind very tightly to cellular DNA of the beta-globin gene enhancer in a tissue-specific fashion. Biochemistry 30, 5845−50.
  28. Brown, E., C., Howe, L., Sousa, K., Alley, C., S., Carrozza, J., M. et al. (2001). Recruitment of HAT complexes by direct activator interactions with the ATM-related Tral subunit. Science 292, 2333−7.
  29. Brown, L., J., Fritsch, C., Mueller, J., Kassis A., J. (2003). The Drosophila pho-like gene encodes a YY1-related DNA binding protein that is redundant with pleiohomeotic in homeotic gene silencing. Development 130, 285−94.
  30. Brown, L., J., Mucci, D., Whiteley, M., Dirksen, L., M., Kassis A., J.1998). The Drosophila Polycomb group gene pleiohomeotic encodes a DNA227binding protein with homology to the transcription factor YY1. Mol Cell 1, 1057−64.
  31. Buchenau, P., Hodgson, J., Strutt, H., Arndt-Jovin J., D. (1998). The distribution of polycomb-group proteins during cell division and development in Drosophila embryos: impact on models for silencing. J Cell Biol 141, 46 981.
  32. D. R. 1985. Immunoglobulin G: functional sites. Mol. Immunol. 22, 161−206.
  33. Butler L.H., Slany R., Cui X., Cleary M.L., Mason D.Y. The HRX proto-oncogene product is widely expressed in human tissues and localizes to nuclear structures. // Blood. 1997. V. 89, P. 3361−3370.
  34. Campos-Ortega J.A. and Hartenstein V. (1985). The embryonic development of Drosophila melanogaster. Springer-Verlag, Berlin, Germany.
  35. Canaani, E., Nakamura, T., Rozovskaia, T., Smith, T., S., Mori, T. et al. (2004). ALL-1/MLL1, ahomologue of Drosophila TRITHORAX, modifies chromatin and is directly involved in infant acute leukaemia. Br J Cancer 90, 756−60.
  36. Cao, R., Wang, L., Wang, H., Xia, L., Erdjument-Bromage, H. et al.2002). Role of histone H3 lysine 27 methylation in Polycomb-group silencing. Science 298, 1039−43.
  37. Cao, R., Zhang Y. (2004). The functions of E (Z)/EZH2-mediated methylation of lysine 27 in histone H3. Carr Opin Genet Dev 14, 155−64.
  38. Caslini C., Alarcon A.S., Hess J.L., Tanaka R., Miirti K.G., Biondi A. The amino terminus targets the mixed lineage leukemia (MLL) protein to the nucleolus, nuclear matrix and mitotic chromosomal scaffolds. // Leukemia. 2000. V. 14, P. 1898−1908.
  39. , G., Paro R. (1999). Epigenetic inheritance of active chromatin after removal of the main transactivator. Science 286, 955−8.
  40. Cavener D.R. and Ray S.C. (1991). Eukaryotic start and stop translational sites. Nucleic Acids Res. 19, 3185−3192.
  41. Chalkley G., Moshkin Y., Langenberg K., Bezstarosti K. et al.(2008). Thetranscriptional coactivator SAYP is a trithorax group signature subunit of the PBAP chromatin remodeling complex. Mol Cell Biol. 28(9), 2920−2929.
  42. Chan, S., C., Rastelli, L., Pirrotta V. (1994). A Polycomb response element in the Ubx gene that determines an epigenetically inherited state of repression. EmboJ 13, 2553−64.
  43. Chen Z., Zang J., Whetstine J., Hong X. et al. (2006). Structural insights into histone demethylation by JMJD2 family members. Cell 125, 691−702.
  44. Chen Y., Sprung R., Tang Y., Ball H., Sangras B., Kim S.C., Falck J.R., Peng J., Gu W., Zhao Y. (2007). Lysine propionylation and butyrylation are novel post-translational modifications in histones. Mol Cell Proteomics 6, 812−819.
  45. Chernov, P., I., Akopov, B., S., Nikolaev G., L. (2004). Structure and function of nuclear matrix associated regions (S/MARs). Bioorg Khim 30, 314.
  46. Clapier C.R. and Cairns B.R. (2009) The biology of chromatin remodelling complexes. Annu. Rev. Biochem. 78, 273−304.
  47. Conaway, C., R., Brower, S., C., Conaway W., J. (2002). Emerging roles of ubiquitin in transcription regulation. Science 296, 1254−8.
  48. K.E., Lauwereys M., Galleni M., Matagne A., Frere J.M., Kinne J., Wyns L., Muyldermans S. 2001. Beta-lactamase inhibitors derived from single-domain antibody fragments elicited in Camelidae. Antimicrob. Agents Chemother. 45, 2807−2812.
  49. Cooper D. and Krawczak M. (1990) The mutational spectrum of single base-pair substitutions causing human genetic disease: patterns and predictions. Hum. Genet 85, 55−74.
  50. Corona D.F., Siriaco G., Armstrong J.A., Snarskaya N., et al. (2007). ISWI regulates higher-order chromatin structure and histone HI assembly in vivo. PLoSBiol. 5, e232.
  51. Cortez-Retamozo V., Backmann N., Senter P.D., Wernery U., de Baetselier P., Muyldermans S., Revets H. 2004. Efficient cancer therapy with a nanobody-based conjugate. Cancer Res. 64, 2853−2857.
  52. Cosgrove M. S. and Patel A. (2010) Mixed lineage leukemia: a structure-function perspective of the MLL1 protein. FEBSJ. 277, 1832−1842.
  53. Cuthbert G.L., Daujat S., Snwden A.W. et al. (2004). Histone deimination antagonizes arginine methylation. Cell 118, 545−553.
  54. Czermin, B., Melfi, R., McCabe, D., Seitz, V., Imhof, A. et al. (2002). Drosophila enhancer of Zeste/ESC complexes have a histone H3 methyltransferase activity that marks chromosomal Polycomb sites. Cell 111, 185−96.
  55. K., Muyldermans S., Wyns L. 2000. Canonical antigen binding loop structures: more structures, more canonical classes? J. Mol. Biol. 300, 83−91.
  56. De Genst E., Handelberg F., Van Meirhaeghe A., Vinck S., Loris R., Wyns L., Muyldermans S. 2004. Chemical basis for the affinity maturation of a camel single domain antibody. J. Biol. Chem. 279, 53 593−53 601.
  57. De Genst E., Saerens D., Muyldermans S., Conrath K. 2006. Antibody repertoire development in camelids. Develop. Comp. Immunol. 30, 187−198.
  58. De Genst E., Silence K., Decanniere K., Loris R., Kinne J., Wyns L., Muyldermans S. 2005. Strong in vivo maturation compensates for structurally restricted H3 loops in antibody repertoires. J. Biol. Chem. 280, 14 114−14 121.
  59. De Genst E., Silence K., Decanniere K., Loris R., Kinne J., Muyldermans S. 2006. Molecular basis for the preferential cleft recognition by dromedary heavy-chain antibodies. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103, 4586−4591.
  60. , J., Cavalli G. (2004). Chromatin inheritance upon Zeste-mediated Brahma recruitment at a minimal cellular memory module. Embo J23, 85 768.
  61. Dejardin, J., Rappailles, A., Cuvier, O., Grimaud, C., Decoville, M. et al.2005). Recruitment of Drosophila Polycomb group proteins to chromatin by T>SP. Nature Ш, 533−8.
  62. Dingwall A.K., Beek S.J., McCallum C.M., Tamkun J.W., Kalpana G.V., Goff S.P., Scott M.P. (1995). The Drosophila snrl and brm proteins are related to yeast SWI/SNF proteins and are components of a large protein complex. Мої Biol Cell. 6(7), 777−791.
  63. S.S., Krebs J.E. (2004). Functional diversity of ISWI complexes. Biochem. Cell. Biol. 82, 482−489.
  64. Dou, Y., Gorovsky A., M. (2002). Regulation of transcription by HI phosphorylation in Tetrahymena is position independent and requires clustered sites. Proc Natl Acad Sci USA 99, 6142−6.
  65. Dover, J., Schneider, J., Tawiah-Boateng, A., M., Wood, A., Dean, K. et al. (2002). Methylation of histone H3 by COMPASS requires ubiquitination of histone H2B by Rad6. J Biol Chem 277, 28 368−71.
  66. Doyen C.M., An W., Bondarenko V., Mietton F., Studitsky V.M., et al.2006) Mechanism of polymerase II transcription repression by the histone variant macroH2A. Мої. Cell.Biol. 26, 1156−1164.
  67. Drewell, A., R., Bae, E., Burr, J., Lewis B., E. (2002). Transcription defines the embryonic domains of cis-regulatory activity at the Drosophila bithorax complex. Proc Natl Acad Sci USA 99, 16 853−8.
  68. Dumoulin M., Last A.M., Desmyter A., Decanniere K., Canet D., Larsson G., Spencer A., Archer D.B., Sasse J. et al. 2003. A camelid antibody fragment inhibits the formation of amyloid fibrils human lysozyme. Nature 424, 783−788.
  69. Dura, M., J., Brock, W., H., Santamaria P. (1985). Polyhomeotic: a gene of Drosophila melanogaster required for correct expression of segmental identity. Mol Gen Genet 198, 213−20.
  70. R.A., Sutton B.J., Perkins S.J., Rademacher T.W. 1984. Structure-function relationships in immunoglobulins. Biochem. Soc. Symp. 49, 123 136.
  71. Ernst, P., Fisher, K., J., Avery, W., Wade, S., Foy, D. et al. (2004). Definitive hematopoiesis requires the mixed-lineage leukemia gene. Dev Cell 6, 437−43.
  72. Ernst J. and Kellis M. (2010) Discovery and characterization of chromatin states for systematic annotation of the human genome. Nat. Biotechnol. 28, 817−825.
  73. Fauvarque, O., M., Dura M., J. (1993). polyhomeotic regulatory sequences induce developmental regulator-dependent variegation and targeted P-element insertions in Drosophila. Genes Dev 7, 1508−20.
  74. Felix A., C. (1998). Secondary leukemias induced by topoisomerase-targeted drugs. Biochim Biophys Acta 1400, 233−55.
  75. Felix, A., C., Lange, J., B., Chessells M., J. (2000). Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia: Challenges and Controversies in 2000. Hematology (Am Soc Hematol Educ Program), 285−302.
  76. Ficz, G., Heintzmann, R., Arndt-Jovin J., D. (2005). Polycomb group protein complexes exchange rapidly in living Drosophila. Development 132, 3963−76.
  77. Fillon G.J., van Bemmel J.G., Braunschweig U. et al. (2010) Systematic protein location mapping reveals five principal chromatin types in Drosophila cells. Cell 143,212−224.
  78. Fischle, W., Wang, Y., Allis D., C. (2003a). Binary switches and modification cassettes in histone biology and beyond. Nature 425, 475−9.
  79. Fischle, W., Wang, Y., Jacobs, A., S., Kim, Y., Allis, D., C. et al. (2003b). Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains. Genes Dev 17, 1870−81.
  80. Fischle, W., Wang, Y., Jacobs, S. A., Kim, Y., Allis, C. D. and Khorasanizadeh, S. (2003c). Molecular basis for the discrimination of repressive methyl-lysine marks in histone H3 by Polycomb and HP1 chromodomains. Genes Devil, 1870−81.
  81. Fitzgerald, P., D., Bender W. (2001). Polycomb group repression reduces DNA accessibility. Mol Cell Biol 21, 6585−97.
  82. Flanagan J. F, Mi L.Z., Chruszcz M., Cymborowski M., Clines K.L. et al. (2005). Double chromodomains cooperate to recognize the methylated histone H3 tail. Nature 438, 1181−1185.
  83. Francis, J., N., Kingston E., R. (2001). Mechanisms of transcriptional memory. Nat Rev Mol Cell Biol 2, 409−21.
  84. Franke, A., DeCamillis, M., Zink, D., Cheng, N., Brock, W., H. et al. (1992). Polycomb and polyhomeotic are constituents of a multimeric protein complex in chromatin of Drosophila melanogaster. EmboJll, 2941−50.
  85. M., Yusibova G.L., Zhou J., Jaynes J. (2008). The DNA-binding Polycomb-group protein Pleiohomeotic maintains both active and repressed transcriptional states through a single site. Development 135, 4131−4139.
  86. Furuyama, T., Banerjee, R., Breen, R., T., Harte J., P. (2004). SIR2 is required for polycomb silencing and is associated with an E (Z) histone methyltransferase complex. Curr Biol 14, 1812−21.
  87. K.E., Allis C.D., Stral B.D. (2011). Operating on chromatin, a colorful language where context matters. J. Mol. Biol. (doi:i0.i0i6/j.jmb.20ii.0i.040)
  88. M.A., Desmyter A., Wyns L., Hamers R., Muyldermans S. 1997. Selection and identification of single domain antibody fragments from camel heavy-chain antibodies. FEBS Lett. 414, 521−526.
  89. D.M. (1987). DNA cloning. A practical approach, vol.3. IRL Press, Oxford, UK.
  90. A.S., Avila D., Hughes M., Hughes A., Mckinney E.C., Flajnik M.F. 1995. A new antigen receptor gene family that undergoes rearrangement and extensive somatic diversification in sharks. Nature 374, 168−173.
  91. Gregory G.D., Vakoc C.R., Rozovskaia T. et al. (2007). Mammalian ASH1L is a histone methyltransferase that occupies the transcribed region of active genes. Mol. Cell. Biol. 27, 8466−8479.
  92. Grimaud, C., Bantignies, F., Pal-Bhadra, M., Ghana, P., Bhadra, U. Cavalli, G. (2006). RNAi components are required for nuclear clustering of Polycomb group response elements. Cell 124, 957−71.
  93. Gueorguieva D., Li S., Walsh N., Mukerji A., Tanha J., Pandey S. 2006. Identification of single-domain, Bax-specific intrabodies that confer resistance to mammalian cells against oxidative-stress-induced apoptosis. FASEB J. 20, 2636−2638.
  94. T. (2006) Methylation dynamics in the early mammalian embryo: implications of genome reprogramming defects for development. Curr. Top. Microbiol. 310- 13−22.
  95. S.B., Allis C.D. (2006) Histone H3 variants and theirpotential role in indexing mammalian genomes: the «H3 barcode hypothesis». Proc. Natl. Acad. Sci. USA 103, 6428−6435.
  96. Hamers-Casterman, C., Atarhouch, T., Muyldermans, S., Robinson, G., Hamers, C., Bajyana Songa, E., Bendahman, N., Hamers, R. 1993. Naturally occurring antibodies devoid of light chains. Nature 363, 446−448.
  97. M.M., Haad H.J. 2007. Properties, production, and applications jf camelid single-domain antibody fragments. Appl. Microbiol. Biotechnol. 77 (1), 13−22.
  98. Hassan, A. H., Neely, K. E. and Workman, J. L. (2001). Histone acetyltransferase complexes stabilize swi/snf binding to promoter nucleosomes. Cell 104, 817−27.
  99. He D., Nickerson J.A., Penman S. Core filaments of the nuclear matrix. // J. Cell Biol. 1990. V. 110, P. 569−580.
  100. Henikoff, S., Furuyama, T., Ahmad K. (2004). Histone variants, nucleosome assembly and epigenetic inheritance. Trends Genet 20, 320−6.
  101. Hess L., J. (2004). MLL: a histone methyltransferase disrupted in leukemia. Trends Mol Med 10, 500−7.
  102. Ho L. and Crabtree G.R. (2010) Chromatin remodelling during development. Nature 463, 474−484.
  103. H.R. 2005. Selecting and screening recombinant antibody libraries. Nat Biotechnol. 23(9), 1105−16.
  104. Hsieh, J., J., Ernst, P., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Korsmeyer
  105. J., S. (2003b). Proteolytic cleavage of MLL generates a complex ofN- and C235terminal fragments that confers protein stability and subnuclear localization. Mol Cell Biol 23, 186−94.
  106. Hsu, Y., J., Sun, W., Z., Li, X., Reuben, M., Tatchell, K. et al. (2000). Mitotic phosphorylation of histone H3 is governed by Ipll/aurora kinase and Glc7/PPl phosphatase in budding yeast and nematodes. Cell 102, 279−91.
  107. Iizuka, M., Smith M., M. (2003). Functional consequences of histone modifications. Curr Opin Genet Dev 13, 154−60.
  108. Ingham, P. W., and Whittle, R. (1980). Trithorax: A new homeotic mutation of Drosophila melanogaster causing transformations of abdominal and thoracic imaginal segments. Putative role during embryogenesis. Mol. Gen. Genet. 179, 607−614.
  109. Jackson D.A., Hassan A.B., Errington R.J., Cook P.R. Visualization of focal sites of transcription within human nuclei. // EMBO J. 1993. V. 12, P. 1059−1065.
  110. T. (2006). The epigenetic magic of histone lysine methylation.1. Fefe / 273,3121−35.
  111. Jenuwein, T., Allis D., C. (2001). Translating the histone code. Science 293, 1074−80.
  112. Jin C., Felsenfeld G. (2007) Nucleosome stability mediated by histone variants H3.3 andH2A.Z. Genes Dev. 21, 1519−1529.
  113. Jobling S.A., Jarman C., Teh M.M., Holmberg N., Blake C., Verhoeyen
  114. M.E. 2003. Immunomodulation of enzyme function in plants by singledomain antibody fragments. Nat. Biotechnol. 21, 77−80.
  115. P.A., Liang G. (2009) Rethinking how DNA methylation patterns are maintained. Nat .Rev. Genet. 10, 805−811.
  116. , G. (1985). A group of genes controlling the spatial expression of the bithorax complex in Drosophila. Nature 316, 153−155.
  117. Kabat E., Wu T.T., Perry H.M., Gottesman K.S., Foeller, C. 1991. Sequence of Proteins of Immunological Interest. US Public Health Services, NIH, Bethesda, MD, Publication no. 91−3242.
  118. Kahn, G., T., Schwartz, B., Y., Dellino, I., G., Pirrotta V. (2006). Polycomb complexes and the propagation of the methylation mark at the Drosophila ubx gene. J Biol Chem 281, 29 064−75.
  119. Kal, J., A., Mahmoudi, T., Zak, B., N., Verrijzer P., C. (2000). The Drosophila brahma complex is an essential coactivator for the trithorax group protein zeste. Genes Dev 14, 1058−71.
  120. Kanhere A., Viiri K., Araujo C.C., Rasaiyaah J. et al. (2010). Short RNAs are transcribed from repressed polycomb target genes and interact with polycomb repressive complex-2. Mol. Cell 38, 675−688.
  121. Katsani, R., K., Arredondo, J., J., Kal, J., A., Verrijzer P., C. (2001). A homeotic mutation in the trithorax SET domain impedes histone binding. Genes Dev 15,2197−202.
  122. Kennison A., J. (1995). The Polycomb and trithorax group proteins of Drosophila: trans-regulators of homeotic gene function. Annu Rev Genet 29,289.303.
  123. Kennison, A., J., Tamkun W., J. (1988). Dosage-dependent modifiers of polycomb and antennapedia mutations in Drosophila. Proc Natl Acad Sci U S A 85, 8136−40.
  124. KeteI, S., C., Andersen, F., E., Vargas, L., M., Suh, J., Strome, S. et al.2005). Subunit contributions to histone methyltransferase activities of fly and worm polycomb group complexes. Mol Cell Biol 25, 6857−68.
  125. S. (2004). The nucleosome: from genomic organization to genomic regulation. Cell 116, 259−72.
  126. King, F., I., Emmons, B., R., Francis, J., N., Wild, B., Muller, J. et al.2005). Analysis of a polycomb group protein defines regions that link repressive activity on nucleosomal templates to in vivo function. Mol Cell Biol 25, 6578−91.
  127. Klymenko, T., Papp, B., Fischle, W., Kocher, T., Schelder, M. et al.2006). A Polycomb group protein complex with sequence-specific DNA-binding and selective methyl-lysine-binding activities. Genes Dev 20, 111 022.
  128. Konev A.Y., Tribus M., Park S.Y., Podhraski V., Lim C.Y. et al. (2007) CHD1 motor protein is required for deposition of histone variant H3.3 into chromatin in vivo. Science 317, 1087−1090.
  129. T. (2007). Chromatin modifications and their function. Cell 128, 693−705.
  130. Krajewski, A., W., Nakamura, T., Mazo, A., Canaani E. (2005). A motif within SET-domain proteins binds single-stranded nucleic acids and transcribed and supercoiled DNAs and can interfere with assembly of nucleosomes. Mol Cell Biol 25, 1891−9.
  131. W.A., Vassiliev O.L. (2011). Interaction of SET domains with histones and nucleic acid structures in active chromatin. Clin. Epigenet. 2, 1725.
  132. H., Zipursky I. (1992). Whole mount in situ hybridization to imaginal discs using digoxygenin labeled DNA probes. Dros. Inf. Serv. 71, 147.
  133. Krebs, E., J., Fry, J., C., Samuels, L., M., Peterson L., C. (2000). Global role for chromatin remodeling enzymes in mitotic gene expression. Cell 102, 587−98.
  134. Kuzin, B., Tillib, S., Sedkov, Y., Mizrokhi, L., Mazo A. (1994). The Drosophila trithorax gene encodes a chromosomal protein and directly regulates the region-specific homeotic gene fork head. Genes Dev 8, 2478−90.
  135. Laemmli U.K. Cleavage of structural proteins during the assembly of the head of bacteriophage T4. //Nature. 1970. V. 227, P. 680−685.
  136. Lanzuolo, C., Roure, V., Dekker, J., Bantignies, F., Orlando V. (2007). Polycomb response elements mediate the formation of chromosome higherorder structures in the bithorax complex. Nat Cell Biol 9, 1167−74.
  137. Lauwereys M., Ghahroudi M., Desmyter A., Kinne J., Holzer W., De Genst E., Wyns L., Muyldermans S. 1998. EMBO J. 17, 3512−3520.
  138. Lebedeva, A., L., Tillib V., S. (2003). Trithorax protein, a global factor for maintenance of tissue specific gene activation in Drosophila melanogaster, is associated with the nuclear matrix. Genetika 39, 250−8.
  139. Lee, G., M., Villa, R., Trojer, P., Norman, J., Yan, P., K. et al. (2007). Demethylation of H3K27 regulates polycomb recruitment and H2A ubiquitination. Science 318, 447−50.
  140. Lee, N., Maurange, C., Ringrose, L., Paro R. (2005). Suppression of Polycomb group proteins by JNK signalling induces transdetermination in Drosophila imaginal discs. Nature 438, 234−7.
  141. Lee J.-H., Skalnik D.G. (2005) CpG-binding protein (CXXC finger protein 1) is a component of the mammalian Setl histone H3-Lys4 methyltransferase complex, the analogue of the yeast Setl/COMPASS complex. J. Biol. Chem. lSQ, 41 725−41 731.
  142. Lee J.-H., Voo K.S., Skalnik D.G. (2001) Identification and characterization of the DNA binding domain of CpG-binding protein. J. Biol. Chem. 276, 44 669−44 676.
  143. Levine, S., S., Weiss, A., Erdjument-Bromage, H., Shao, Z., Tempst, P. et al. (2002). The core of the polycomb repressive complex is compositionally and functionally conserved in flies and humans. Mol Cell Biol 22, 6070−8.
  144. Levy-Wilson, B., Fortier C. (1989). The limits of the DNase I-sensitive domain of the human apolipoprotein B gene coincide with the locations of chromosomal anchorage loops and define the 5' and 3' boundaries of the gene. J Biol Chem 264, 21 196−204.
  145. Lewis B., E. (1978). A gene complex controlling segmentation in Drosophila. Nature 276, 565−70.
  146. Li G. and Reinberg D. (2011) Chromatin higher-order structures and gene regulation. Curr. Opinion in Genet. Dev. 21, 1−12.
  147. Li H., Ilin S., Wang W., Duncan E.M., Wysocka J., Allis C.D., Patel D.J. (2006). Molecular basis for site-specific read-out of histone H3K4me3 by the BPTF PHD finger of NURF. Nature 442, 91−95.
  148. Liu Y., Cheng E.H., Hsieh J.J. (2009). MLL fusions: pathways to leukemia.
  149. Cancer Biol. Ther. 8, 1204−1211.
  150. Lo, S., W., Duggan, L., Emre, C., N., Belotserkovskya, R., Lane, S., W. et al. (2001). Snfl~a histone kinase that works in concert with the histone acetyltransferase Gcn5 to regulate transcription. Science 293, 1142−6.
  151. Luger, K., Mader, A. W., Richmond, R. K., Sargent, D. F. and Richmond,
  152. T. J. (1997). Crystal structure of the nucleosome core particle at 2.8 A resolution. Nature 389, 251−60.
  153. MacDonald P.M. and Strul G. (1986). molecular gradient in early Drosophila embryos, and its role in specifying the body pattern. Nature 324, 537−545.
  154. R. (2010). Mixed lineage leukemia: roles in human malignancies and potential therapy. FEBS J. 277, 1822−1831.
  155. A.M., Huang D.H., Mozer B.A., Dawid I.B. (1990). The trithorax gene, a trans-acting regulator of the bithorax complex in Drosophila, encodes a protein with zink-binding domains. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 21 122 116.
  156. Mikkelsen T.S., Hanna J., Zhang X., Ku M., Wernig M., et al. (2008) Dissecting direct reprogramming through integrative genomic analysis. Nature 454, 49−55.
  157. Milne T.A., Dou Y., Martin M.E. et al. (2005). MLL associates specifically with a subset of transcriptionally active target genes. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 14 765−14 770.
  158. Milne T.A., Kim J., Wang G.G. et al. (2010). Multiple interactions recruit MLL1 and MLL1 fusion proteins to the HOXA9 locus in leukemogenesis. Mol. Cell 38, 853−863.
  159. Mirkovitch J., Mirault M.-E., Laemmli U.K. Organization of the higherorder chromatin loop: specific DNA attachment sites on nuclear scaffold. // Cell. 1984. V. 39, P. 223−232.
  160. Miyagishima, H., Isono, K., Fujimura, Y., Iyo, M., Takihara, Y. et al. (2003). Dissociation of mammalian Polycomb-group proteins, Ring IB and
  161. Rae28/Phl, from the chromatin correlates with configuration changes of the chromatin in mitotic and meiotic prophase. Histochem Cell Biol 120, 111−9.
  162. Mizuguchi G., Shen X., Landry J., Wu W.H., Sen S., Wu C. (2004). ATP-driven exchange of histone H2AZ variant catalyzed by SWR1 chromatin remodeling complex. Science 303, 343−348.
  163. Mohd-Sarip, A., Cleard, F., Mishra, K., R., Karch, F., Verrijzer P., C. (2005). Synergistic recognition of an epigenetic DNA element by Pleiohomeotic and a Polycomb core complex. Genes Dev 19, 1755−60.
  164. Mohd-Sarip, A., Knaap, v. d., A., J., Wyman, C., Kanaar, R., Schedl, P. et al. (2006). Architecture of a polycomb nucleoprotein complex. Mol Cell 24, 91−100.
  165. D.F., Dawid I.B. (1989). Cloning and molecular characterization of the trithorax locus of Drosophila melanogaster. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 3738−3742.
  166. Muller, J., Hart, M., C., Francis, J., N., Vargas, L., M., Sengupta, A. et al.2002). Histone methyltransferase activity of a Drosophila Polycomb group repressor complex. Cell 111, 197−208.
  167. Muller, M., Hagstrom, K., Gyurkovics, H., Pirrotta, V., Schedl P. (1999). The mcp element from the Drosophila melanogaster bithorax complex mediates long-distance regulatory interactions. Genetics 153, 1333−56.
  168. S., Cambillau C., Wyns L. 2001. Recognition of antigens by single-domain antibody fragments: the superfluous luxury of paired domains. TIBS 26, 230−235.
  169. Muyldermans S., Baral T.N., Retamozzo V.C. et al. 2009. Camelid immunoglobulins and nanobody technology. Vet. Immunol. Immunopathol. 128(1−3), 178−183.
  170. Nakamura, T., Mori, T., Tada, S., Krajewski, W., Rozovskaia, T. et al.2002). ALL-1 is a histone methyltransferase that assembles a supercomplex of proteins involved in transcriptional regulation. Mol Cell 10, 1119−28.
  171. T., Nishioka K., Dong Y.X., Shimojima T., Hirose S. (2007) Drosophila GAGA factor directs histone H3.3 replacement that prevents the heterochromatin spreading. Genes Dev. 21, 552−561.
  172. Nan X., Campoy J., Bird A. (1997) MeCP2 is a transcriptional repressor with abundant binding sites in genomic chromatin. Cell 88, 471−481.
  173. Nathan D., Ingvarsdottir K., Sterner D.E. et al. (2006). Histone sumoylation is a negative regulator in Saccaromyces cerevisiae and shows dynamic interplay with positive-acting histone modifications. Genes Dev. 20, 966−976.
  174. Negre, N., Hennetin, J., Sun, V., L., Lavrov, S., Bellis, M. et al. (2006). Chromosomal distribution of PcG proteins during Drosophila development. PLoSBiol 4, el 70.
  175. Nekrasov, M., Klymenko, T., Fraterman, S., Papp, B., Oktaba, K. et al.2007). Pcl-PRC2 is needed to generate high levels of H3-K27 trimethylation at Polycomb target genes. EmboJ26, 4078−88.
  176. Nelson C.J., Santos-Rosa H., Kouzarides T. (2006). Proline isomerization of histone H3 regulates lysine methylation and gene expression. Cell 126, 905−916.
  177. Ng R.K., Gurdon J.B. (2008) Epigenetic inheritance of cell differentiation status. Cell Cycle 7, 1173−1177.
  178. Ng H.H., Robert F., Young R.A. et al. (2003). Targeted reqruitment of Setl histone methylase by elongating Pol II provides a localized mark and memory of recent transcriptional activity. Mol. Cell 11, 709−719.
  179. Ng, H., H., Xu, M., R., Zhang, Y., Struhl K. (2002). Ubiquitination of histone H2B by Rad6 is required for efficient Dotl-mediated methylation of histone H3 lysine 79. J Biol Chem 277, 34 655−7.
  180. V.K., Hamers R., Wyns L., Muyldermans S. 1999. Loss of splice consensus signal is responsible for the removal of the entire CHI domain of the functional camel IGG2A heavy-chain antibodies. Mol. Immunol. 36, 515 524.
  181. V.K., Hamers R., Wyns L., Muyldermans S. 2000. Camel heavy-chain antibodies: diverse germline VHH and specific mechanisms enlarge the antigen-binding repertoire. EMBO J. 19, 921−931.
  182. V.K., Desmyter A., Muyldermans S. 2001. Functional heavy-chain antibodies in camelidae. Adv. Immunol. 79, 261−296.
  183. Nickerson J.A., Blencowe B.J., Penman S. The architectural organization of nuclear metabolism. // Int. Rev. Cytol. 1995. V. 162A, P. 67−123.
  184. Nielsen, R., P., Nietlispach, D., Mott, R., H., Callaghan, J., Bannister, A. et al. (2002). Structure of the HP1 chromodomain bound to histone H3 methylated at lysine 9. Nature 416, 103−7.
  185. Nottke A., Colaiacovo M.P., Shi Y. (2009). Developmental roles of the histone lysine demethylases. Development 136, 879−889.
  186. Nowak, J., S., Corces G., V. (2000). Phosphorylation of histone H3 correlates with transcriptionally active loci. Genes Dev 14, 3003−13.
  187. Nuttall S.D., Krishnan U.V., Hattarki M., De Gori R., Irving R.A., Hudson P.J. 2001. Isolation of a new antigen receptor from wobbegong sharks, and use as a scaffold for the display of protein loop libraries. Mol. Immunol. 38,313−326.
  188. V. (2000). Mapping chromosomal proteins in vivo by formaldehyde-crosslinked-chromatin immunoprecipitation. Trends Biochem Sci 25, 99−104.
  189. V. (2003). Polycomb, epigenomes, and control of cell identity. Cell 112, 599−606.
  190. Orlando, V., Jane, P., E., Chin walla, V., Harte, J., P., Paro R. (1998). Binding of trithorax and Polycomb proteins to the bithorax complex: dynamicchanges during early Drosophila embryogenesis. Embo JYl, 5141−50.
  191. Orlando, V., Strutt, H., Paro R. (1997). Analysis of chromatin structure by in vivo formaldehyde cross-linking. Methods 11, 205−14.201.0rphanides, G., Reinberg D. (2002). A unified theory of gene expression. Cell 108, 439−51.
  192. E.A. 1994. Anatomy of the antibody molecule. Mol. Immunol. 31, 169−217.
  193. Padlan E.A.I 996. X-Ray crystallography of antibodies. Adv. Protein Chem. 49, 57−133.
  194. , B., Muller J. (2006). Histone trimethylation and the maintenance of transcriptional ON and OFF states by trxG and PcG proteins. Genes Dev 20, 2041−54.
  195. Pattatucci A.M. and Kaufman T.C. (1991). The homeotoc gene Sex combs reduced of Drosophila melanogaster is differentially regulated in the embryonic and imaginal stages of development. Genetics 129, 443−461.
  196. Peterson, L., C., Workman L., J. (2000). Promoter targeting and chromatin remodeling by the SWI/SNF complex. Curr Opin Genet Dev 10, 187−92.
  197. Petruk, S., Sedkov, Y., Smith, S., Tillib, S., Kraevski, V. et al. (2001). Trithorax and dCBP acting in a complex to maintain expression of a homeotic gene. Science 294, 1331−4.
  198. Petruk, S., Sedkov, Y., Brock, H. W. and Mazo, A. (2007b). A model for initiation of mosaic HOX gene expression patterns by non-coding RNAs in early embryos. RNA Biol 4, 1−6.
  199. Pham, D., A., Sauer F. (2000). Ubiquitin-activating/conjugating activity of TAFII250, a mediator of activation of gene expression in Drosophila. Science 289,2357−60.
  200. Polo, E., S., Almouzni G. (2006). Chromatin assembly: a basic recipe with various flavours. Curr Opin Genet Dev 16, 104−11.
  201. R.R. 1973. Structural studies of immunoglobulins. Science 180, 713 716.
  202. Poux, S., McCabe, D., Pirrotta V. (2001a). Recruitment of components of Polycomb Group chromatin complexes in Drosophila. Development 128, 7585.
  203. Poux, S., Melfi, R., Pirrotta V. (2001b). Establishment of Polycomb silencing requires a transient interaction between PC and ESC. Genes Dev 15, 2509−14.
  204. Qian C. and Zhou M.M. (2006) SET domain protein lysinemethytransferases: Structure, specificity and catalysis. Cell Mol. Life Sci., 63, 2755−2763.
  205. Rank, G., Prestel, M. and Paro, R. (2002). Transcription through intergenic chromosomal memory elements of the Drosophila bithorax complex correlates with an epigenetic switch. Mol Cell Biol 22, 8026−34.
  206. Rappailles, A., Decoville, M., Locker D. (2005). DSP1, a Drosophila HMG protein, is involved in spatiotemporal expression of the homoeotic gene Sex combs reduced. Biol Cell 97, 779−85.
  207. J.P., Amemiya C.T., Litman R.T., Strong S.J., Litman G.W. 1998. Distinct patterns of IgH structure and organization in divergent lineage of chondrichthyan fishes. Immunogenetics 47, 234−245.
  208. Rastelli, L., Chan, S., C., Pirrotta V. (1993). Related chromosome binding sites for zeste, suppressors of zeste and Polycomb group proteins in Drosophila and their dependence on Enhancer of zeste function. Embo J12, 1513−22.
  209. Reyes J.C., Muchardt C., Yaniv M. Components of the human SWI/SNF complex are enriched in active chromatin and are associated with the nuclear matrix. // J. Cell Biol. 1997. V. 137, P. 263−274.
  210. Richards, J., E., Elgin C., S. (2002). Epigenetic codes for heterochromatin formation and silencing: rounding up the usual suspects. Cell 108, 489−500.
  211. Ringrose, L., Ehret, H., Paro R. (2004). Distinct contributions of histone H3 lysine 9 and 27 methylation to locus-specific stability of polycomb complexes. Mol Cell 16, 641−53.
  212. , L., Paro R. (2007). Polycomb/Trithorax response elements and epigenetic memory of cell identity. Development 134, 223−32.
  213. Ringrose, L., Rehmsmeier, M., Dura, M., J., Paro R. (2003). Genome-wide prediction of Polycomb/Trithorax response elements in Drosophila melanogaster. Dev Cell 5, 759−71.
  214. Robzyk, K., Recht, J., Osley A., M. (2000). Rad6-dependent ubiquitination of histone H2B in yeast. Science 287, 501−4.
  215. U., Zolghadr K., Tillib S., Nowak D., Schermelleh L., Gahl A., Backmann N., Conrath K., Muyldermans S., Cardoso M.C., Leonhardt L. 2006. Targeting and tracing antigens in live cells with fluorescent nanobodies. Nature Methods 3, 887−889.
  216. Rozenblatt-Rosen O., Rosovskaya T., Burakov D., Tillib S. et al. The C-terminal SET domains of ALL-I and TRITHORAX interact with the INII and
  217. SNRI proteins, components of the SWI/SNF complex. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1998. V. 95, P. 4152−4157.
  218. Rozovskaia, T., Tillib, S., Smith, S., Sedkov, Y., Rozenblatt-Rosen, O. et al. (1999). Trithorax and ASH1 interact directly and associate with the trithorax group-responsive bxd region of the Ultrabithorax promoter. Mol Cell Biol 19, 6441−7.
  219. K., Wang Z., Hart G.W. (2010). Beta-N-acetylglucosamine (O-GlcNAc) is part of the histone code. Proc Natl Acad Sci USA. 107, 1 991 519 920.
  220. J., Fritsch E.F., Maniatis T. (1989) Molecular cloning. A laboratory manual. Edn. 2. Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY.
  221. Sanchez-Eisner, T., Gou, P., Kremmer, E., Sauer F. (2006). Noncoding RNAs of trithorax response elements recruit Drosophila Ashl to Ultrabithorax. Science 311, 1118−23.
  222. V., Logan I.R., Robson C.N. (2006). Cellular functions of TIP60. Int. J. Biochem. Cell. Biol. 38, 1496−1509.
  223. Sarcinella, E., Zuzarte, C., P., Lau, N., P., Draker, R., Cheung P. (2007). Monoubiquitylation of H2A. Z distinguishes its association with euchromatin or facultative heterochromatin. Mol Cell Biol 27, 6457−68.
  224. Saurin, J., A., Shao, Z., Erdjument-Bromage, H., Tempst, P., Kingston E., R. (2001). A Drosophila Polycomb group complex includes Zeste and dTAFII proteins. Nature 412, 655−60.
  225. Schaft D., Roguev A., Kotovic K.M. et al. (2003). The histone 3 lysine 36 methyltransferase, SET2, is involved in transcriptional elongation. Nucleic Acids Res. 31, 2475−2482.
  226. Schichman, A., S., Caligiuri, A., M., Gu, Y., Strout, P., M., Canaani, E. et al. (1994). ALL-1 partial duplication in acute leukemia. Proc Natl Acad Sei U SA 91, 6236−9.
  227. Schmitt, S., Prestel, M., Paro R. (2005). Intergenic transcription through a polycomb group response element counteracts silencing. Genes Dev 19, 697 708.
  228. Schnetz M.P., Bartels C.F., Shastri K., Balasubramanian D. et al. (2009). Genomic distribution of CHD7 on chromatin tracks H3K4 methylation patterns. Genome Res. 19, 590−601.
  229. Schubeler D., Scalzo D., Kooperberg C. et al. (2002). Genome-wide DNA replication profile for Drosophila melanogaster: a link between transcription and replication timing. Nat. Genet. 32, 438−442.
  230. Schwartz, B., Y., Kahn, G., T., Nix, A., D., Li, Y., X., Bourgon, R. et al. (2006). Genome-wide analysis of Polycomb targets in Drosophila melanogaster. Nat Genet 38, 700−705.
  231. Schwartz, JB., Y., PjrrottaJV1(2007). Polycomb silencing mechanisms and the management of genomic programmes. Nat Rev Genet 8, 9−22.
  232. Sedkov Y., Benes J., Berger J., Riker K., Tillib S., Jones R. and Mazo A.1999) Molecular genetic analysis of Drosophila trithorax-related gene that encodes a novel SET domain protein. Mechanisms of Development 82, 171 179.
  233. Shao, Z., Raible, F., Mollaaghababa, R., Guyon, R., J., Wu, T., C. et al.1999). Stabilization of chromatin structure by PRC1, a Polycomb complex. Cell 98, 37−46.
  234. A. (1989). The ash-J, ash-2 and trithorax genes of Drosophila melanogaster are functionally related. Genetics 121, 517−525.
  235. Shi, Y., Lan, F., Matson, C., Mulligan, P., Whetstine, R., J. et al. (2004). Histone demethylation mediated by the nuclear amine oxidase homolog LSD1. Cell 119, 941−53.
  236. S.S., Koide S. 2007. Phage display for engineering and analyzing protein interaction interfaces. Curr Opin Struct Biol. 17(4), 481−487.
  237. Sigrist, J., C., Pirrotta V. (1997). Chromatin insulator elements block the silencing of a target gene by the Drosophila polycomb response element (PRE) but allow trans interactions between PREs on different chromosomes. Genetics 147,209−21.
  238. Simon J.A. and Kingston R.E. (2009). Mechanisms of Polycomb gene silencing: knowns and unknowns. Mol. Cell. Biol. 10, 697−708.
  239. Simon, A., J., Tamkun W., J. (2002). Programming off and on states in chromatin: mechanisms of Polycomb and trithorax group complexes. Curr Opin Genet Dev 12, 210−8.
  240. Sims R.J., Millhouse S., Chen C.F., Lewis B.A., Erdjument-Bromage H. et al. (2007) Recognition of trimethylated histone H3 lysine 4 facilitates therecruitment of transcription postinitiation factors and pre-mRNA splicing. Mol. Cell 28, 665−676.
  241. Sing A., Pannell D., Karaiskakis A., Sturgeon K. et al. (2009). A vertebrate Polycomb response element governs segmentation of the posterior hindbrain. Cell 138, 885−897.
  242. Smith S.T., Petruk S., Sedkov Y., Cho E., Tillib S., Canaani E., Mazo A.2004) Modulation of heat shock gene expression by the TAC1 chromatin-modifying complex. Nature Cell Biol. 6(2), 162−167.
  243. Srinivasan S, Dorighi KM, Tamkun JW. (2008) Drosophila Kismet regulates histone H3 lysine 27 methylation and early elongation by RNA polymerase II. PLoS Genet.- 4, el000217.
  244. Sterner D.E. and Berger S.L. (2000). Acetylation of histones and transcription-related factors. Microbiol. Mol. Biol. Rev. 64, 435−459.
  245. Strahl, D., B., Allis D., C. (2000). The language of covalent histone modifications. Nature 403, 41−5.
  246. G. (1983). Role of the esc+ gene product in ensuring the selective expression of segment-specific homeotic genes in Drosophila. JEmbryol Exp Morphol 76, 297−331.
  247. , H., Paro R. (1997). The polycomb group protein complex of Drosophila melanogaster has different compositions at different target genes. Mol Cell Biol 17, 6773−83.
  248. Sun, W., Z., Allis D., C. (2002). Ubiquitination of histone H2B regulates H3 methylation and gene silencing in yeast. Nature 418, 104−8.
  249. J.J., Kingston R.E. (2008). WDR5 interacts with mixed lineage leukemia (MLL) protein via the histone H3-binding pocket. J. Biol. Chem. 283, 35 258−35 264.
  250. P.T., Rubin G.M. (2002). Evidence for large domains of similarly expressed genes in the Drosophila genome. J. Biol. 1,5.
  251. Tang Y., Getzenberg R.H., Vietmeier B.N., Stallcup M.R. et al. The DNA-binding and U2 transactivation domains of the rat glucocorticoid receptor constitute a nuclear matrix-targeting signal. // Molecular Endocrinology. 1998. V. 12, P. 1420−1431.
  252. Tahiliani M., Koh K.P., Shen Y., Pastor W.A., et al. (2009) Conversion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine in mammalian DNA by MLL partner TET1. Science 324, 930−935.
  253. TaIbert P.B. and Henikoff S. (2010). Histone variants- ancient wrap artists of the epigenome. Nat. Rev. Mol. Cell. Biol. 11, 264−275.
  254. D., Pfeifle C. (1989). A non-radioactive in situ hybridization method for the localization of specific RNAs in Drosophila embryos reveals translational control of the segmentation gene hunchback. Chromosoma, Berl. 98, 81−85.
  255. N.A., Kretova O.V., Sosin D.V., Zykov I.A., Zhimulev I.F., Kravatsky Y.V. (2011). Genome-wide profiling of forum domains in Drosophila melanogaster. Nucleic Acids Res. (doi:10.1093/nar/gkql353).
  256. Tchurikov N.A. and Ponomarenko N.A. (1992). Detection of DNA domains in Drosophila, human and plant chromosomes possesing mainly 50- to 150-kilobase stretches of DNA. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89, 6751−6755.
  257. Thiagalingam, S., Cheng, K. H., Lee, H. J., Mineva, N., Thiagalingam, A. and Ponte, J. F. (2003). Histone deacetylases: unique players in shaping the epigenetic histone code. Ann N Y Acad Sci 983, 84−100.
  258. Tie, F., Furuyama, T., Prasad-Sinha, J., Jane, E., Harte J., P. (2001): The Drosophila Polycomb Group proteins ESC and E (Z) are present in a complex containing the histone-binding protein p55 and the histone deacetylase RPD3. Development 128, 275−86.
  259. S.V., Mirzabekov A.D. (2001) Advances in the analysis of DNA sequence variations using oligonucleotide microchip technology. Curr Opin Biotechnol. 12, 53−58.
  260. TilIib S., Sedkov Y., Mizrokhi. L., Mazo A. (1995) Conservation of structure and expression of the trithorax gene between Drosophila virilis and Drosophila melanogaster. Mechanisms of Development 53, 113−122.
  261. Thomson J.P., Skene P. J., Selfridge J., Clouaire T., et al. (2010) CpG islands influence chromatin structure via the CpG-binding protein Cfpl. Nature 464, 1082−1086.
  262. Tripoulas N., LeJeunesse D., Gildea J., Shearn A. (1996). The Drosophila ashl gene product, which is localized at specific sites on polytene chromosomes, contains a SET domain and PHD finger. Genetics 143, 913 928.
  263. Tolhuis B., Muijrers I., de Wit F. et al. (2006). Genome-wide profiling of PRC1 and PRC2 Polycomb chromatin binding on Drosophila melanogaster. Nat. Genet. 38, 694−699.
  264. Tsukada Y., Fang J., Erdjument-Bromage H. et al. (2006). Histone demethylation by a family of JmjC domain -containing proteins. Nature 439, 811−816.
  265. Turner M., B. (2000). Histone acetylation and an epigenetic code. Bioessays 22, 836−45.
  266. Turner M., B. (2002). Cellular memory and the histone code. Cell 111, 28 591.
  267. Vaquero A., Scher M.B., Lee D.H., Sutton A. et al. (2006). SirT2 is a histone deacetylase with preference for histone H4 Lys 16 during mitosis. Genes Dev. 20, 1256−1261.
  268. Versteeg R., van Schaik B.D., van Batenburg M.F. et al. (2003). The human transcriptome map reveals extremes in gene density, intron length, GC content, and repeat pattern for domains of highly and weakly expressed genes. Genome Res. 13, 1998−2004.
  269. Vincke С., Loris R., Saerens D., Martinez-Rodriguez S., Muyldermans S., Conrath K. 2009. General strategy to humanize a camelid single-domain antibody and identification of a universal humanized nanobody scaffold. J. Biol. Chem. 284 (5), 3273−3284.
  270. Wang, H., Huang, Q., Z., Xia, L., Feng, Q., Erdjument-Bromage, H. et al.2001). Methylation of histone H4 at arginine 3 facilitating transcriptional activation by nuclear hormone receptor. Science 293, 853−7.
  271. Wang, H., Wang, L., Erdjument-Bromage, H., Vidal, M., Tempst, P. et al. (2004). Role of histone H2A ubiquitination in Polycomb silencing. Nature 431, 873−8.
  272. Weigel D., Jurgens G., Kuttner F. et al. (1989). The homeotic gene fork head encodes a nuclear protein and is expressed in the terminal regions of the Drosophila embryo. Cell 51, 645−658.
  273. D., Seifert E., Reuter D., Jackie H. (1990). Regulatory elements controlling expression of the Drosophila homeotic gene fork head. EMBO J. 9, 1199−1207.
  274. Wesolowski J., Alzogaray V., Reyelt J. et al. 2009. Single domain antibodies: promising experimental and therapeutic tools in infection and immunity. Med. Microbiol. Immunol. 198, 157−174.
  275. F., Carlson M. (1992). Yeast SNF/SWI transcriptional activators and the SPT/SIN chromatin connection. Trends Genet. 8, 387−391.
  276. C., Bell O., Schubeler D. (2005) Variant histone H3.3 is deposited at sites of nucleosomal displacement throughout transcribed genes while active histone modifications show a promotor-proximal bias. Genes Dev. 19, 1761−1766.
  277. Wong M.M., Cox L.K., Chrivia J.C. (2007). The chromatin remodeling protein, SRCAP, is critical for deposition of the histone variant H2A. Z at promoters. J. Biol. Chem. 282, 26 132−26 139.
  278. Woo C.J., Kharchenko P.V., Daheron L., Park P.J., Kingston R.E. (2010). A region of the human HOXD cluster that confers Polycomb-group responsiveness. Ce//140, 99−110.
  279. Woolven B. P., Frenken L., van der Logt P., Nicholls P.J. 1999. The structure of the llama heavy chain constant genes reveals a mechanism for heavy-chain antibody formation. Immunogenetics 50, 98−101.
  280. Wu, T., C., Howe M. (1995). A genetic analysis of the Suppressor 2 of zeste complex of Drosophila melanogaster. Genetics 140, 139−81.
  281. A. (2007) Xist function: bridging chromatin and stem cells. Trends Genet. 23, 457−464.
  282. Wysocka J., Swigut T., Xiao H., Milne T.A. et al. (2006). A PHD finger of NURF couples histone H3 lysine 4 trimethylation with chromatin remodelling. Nature 442, 86−90.
  283. Yano T., Nakamura T., Blechman J., Sorio C., Dang C.V., Geiger B., Canaani E. Nuclear punctate distribution of ALL-1 is conferred by distinct elements at the N terminus of the protein. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997. V. 94, P. 7286−7291.
  284. Yau K.Y., Groves M.A., Li S., Sheedly C., Lee H., Tanha J., MacKenzie C.R., Jermutus L., Hall J.C. 2003. Selection of hapten-specific singledomain antibodies from a non-immunized llama ribosome display library. J. Immunol. Methods 281, 161−175.
  285. Yokoyama A., Wang Z., Wysocka J., Sanyal M. et al. (2004). Leukemia proto-oncoprotein MLL forms a SETl-like histone methyltransferase complex with menin to regulate Hox gene expression. Mol. Cell. Biol. 24, 5639−5649.
  286. Yu, D., B., Hess, L., J., Horning, E., S., Brown, A., G., Korsmeyer J., S. (1995). Altered Hox expression and segmental identity in Mil-mutant mice. Nature 378, 505−8.
  287. Zink B., Paro R. In vivo binding pattern of a transregulator of homeotic genesin Drosophila melanogaster. //Nature. 1989. V. 337, P. 468−471.
  288. Zhang Y., Ng H.H., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. (1999) Analysis of the NuRD subunits reveals a histone deacetylase core complex and a connection with DNA methylation. Genes Dev. 13, 1924−1935.
  289. , Y., Reinberg D. (2001). Transcription regulation by histone methylation: interplay between different covalent modifications of the core histone tails. Genes Dev 15, 2343−60.
  290. Zhou, B., Bagri, A., Beckendorf K., S. (2001). Salivary gland determination in Drosophila: a salivary-specific, fork head enhancer integrates spatial pattern and allows fork head autoregulation. Dev Biol 237, 54−67.
  291. Zhu B., Zheng Y., Pham A.D. et al. (2005). Monoubiquitination of human histone H2B: the factors involved and their roles in HOX gene regulation. Mol. Cell 20, 601−611.
  292. , D., Paro R. (1995). Drosophila Polycomb-group regulated chromatin inhibits the accessibility of a trans-activator to its target DNA. Embo J14, 5660−71.
  293. E. (1999). Sectorial gene repression in the control of development. Gene 238, 263−76.
  294. A.C., Тиллиб C.B. (2008а) Новый подход к исследованию клеточных компонентов, ассоциированных с определённым белком. Доклады Академии Наук. Т.421. № 6. С. 826−829.
  295. A.C., Тиллиб C.B. (20 086) Модификации процедуры фагового дисплея для повышения эффективности селекции антиген-связывающих доменов особых одноцепочечных верблюжьих антител. Биотехнология. № 4. С. 32−34.
  296. JI.A., Тиллиб C.B. (2003) Глобальный фактор поддержания тканеспецифического активного состояния генов Diosophila melanogaster белок TRITHORAX, ассоциирован с ядерным матриксом. Генетика 39(2):250−258.
  297. A.A., Тиллиб C.B. (2007а) Иммунопреципитационное картирование TRX-ассоциированных участков хромосом в промоторе гена fkh в клетках слюнных желез Drosophila melanogaster. Генетика Т. 43, № 9, С. 1181−1189.
  298. A.A., Тиллиб C.B. (2007в) Колокализация S/MAR и TRE в регуляторных участках хромосом тканеспецифически экспрессирующихся генов Drosophila melanogaster. Доклады Академии Наук Т. 416, № 3, С. 416−419.
  299. C.B., Иванова Т. И., Васильев JI.A. (2010) Фингерпринтный анализ селекции «наноантител» методом фагового дисплея с использованием двух вариантов фагов-помощников. Acta Naturae 2, № 3 (6), 100−108.
  300. С. В. «Верблюжьи антитела» эффективный инструмент для исследований, диагностики и терапии. (2011) Молекулярная биология 45, № 1, 77−85.
Заполнить форму текущей работой