Экспресс-детекция и выявление генов факторов патогенности бактериальных возбудителей острых кишечных инфекций
Диссертация
Согласно официальным данным службы Госсанэпиднадзора, по России в 80% случаев кишечных заболеваний не выявляется этиологический агент. Несовершенство методической лабораторной базы ЛПУ приводит к тому, что диагностика ОКИ во многих случаях поздняя, а число диагностических ошибок достигает 12,2−14,7% и остается стабильным (Ющук Н.Д., 2000; Покровский В. И. и др. 2002). В связи с этим важной… Читать ещё >
Содержание
- СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ
- ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Характеристика бактерий — возбудителей острых кишечных инфекций
- 1. 2. Факторы патогенности бактериальных возбудителей острых кишечных инфекций и их генетическая детерминация
- 1. 3. Молекулярно-биологические методы идентификации бактериальных возбудителей ОКИ
- ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
- 2. 1. Методы взятия и транспортировки проб
- 2. 2. Методики выделения ДНК в процессе подготовки к проведению ПЦР
- 2. 3. Проведение ГШР-амплификации фрагментов генома энтеробактерий
- 2. 4. Регистрация результатов
- 2. 5. Учет результатов
- 2. 6. Анализ плазмидного состава энтеробактерий
- 2. 7. Статистическая обработка результатов
- ГЛАВА 3. Результаты собственных исследований и их обсуждение
- 3. 1. Разработка ПЦР тест-системы для экспресс-детекции шигелл и энтероинвазивных эшерихий
- 3. 2. Апробация и оптимизация к проведению практических исследований экспериментальных вариантов ПЦР тест-систем для детекции бактериальных возбудителей ОКИ: сальмонелл, кампилобактеров, йерсиний
- 3. 3. Изучение распространенности генов факторов патогенности бактериальных возбудителей ОКИ с использованием метода ПЦР
Список литературы
- Аксенов М.Ю., Гинцбург А. Л. Диагностика инфекционных заболеваний с помощью метода ПЦР // Мол. ген. микроб, и вирус. 1993. — № 4. -С.3−8.
- Безруков В.М., Шипулин Г. А., Федоров Н. А., Шобухова Т. С., Филимонова И. Н., Постникова Т. М., Блоха В. В., Эльберт Е. В. Полимеразная цепная реакция в диагностике бактериальных инфекций // Клин.лаб. диагностика 1996. — № 1. — С.20−23.
- Безопасность работы с микроорганизмами III-IV групп патогенности и гельминтами. Санитарные правила. М: Федеральный центр ГСЭН МЗ РФ.-1999.-107с.
- Белохвостов А.С. Полимеразная цепная реакция и лигазные реакции, принципы, традиционные методики и нововведения // Мол. генетика. -1995.- № 2.-С. 21−26.
- Блохина И.Н., Бруснигина Н. Ф., Скобло Л. Е., Мазепа В. Н., Барышева Н. Н. Применение метода молекулярной гибридизации для изучения энтеротоксигенных свойств сальмонелл // Журн. микробиол. 1990. -№ 6-С.20−23.
- Блохина И.Н., Леванова Г. Ф., Антонов А. С. Систематика бактерий (с основами геносистематики). Н.Новгород. 1992. — 170с.
- Бондаренко В.М. Факторы патогенности бактерий и их роль в развитии инфекционного процесса // Журн. микробиол. 1999. — № 5. — С.34−39.
- Бондаренко В.М., Шахмарданов М. З. Современнные представления о молекулярно-биологических основах патогенеза шигеллезов // Журн. микробиол. 1998. — № 6. — С.88−92.
- Боровой В.Н., Терехов В. И., Шпонько Ю. Б. Генодиагностика патогенных эшерихий в Краснодарском крае. // Сб. Генодиагностика инф. забол. Москва. 2002. — С.323−324.
- Ю.Бухарин О. В. Биомедицинские аспекты персистенции бактерий // Журн. микробиол. 1994. — (Прил.) — С.4−12.
- П.Бухарин О. В. Персистенция бактериальных патогенов как результат отношений в системе паразит-хозяин // Журн. микробиол. 1997. — № 4. — С.3−9.
- Бухарин О.В., Каган Ю. Д., Бурмистрова A.JI. Сальмонеллы и сальмонеллезы. Екатеринбург. 2000. — 163с.
- Вертиев Ю.В. Бактериальные токсины: биологическая сущность и происхождение//Журн. микробиол. 1996.- № 3.-С.43−46.
- Воробьев А.А., Бондаренко В. М. Роль микробиологии в снижении инфекционной заболеваемости // Эпидем. и инфек. бол. 1997. — № 4. -С.7−11.
- Гинцбург А.Л., Зигангирова Н. А., Романова Ю. М. Современное состояние и перспективы молекулярно-генетических методов в решении задач медицинской микробиологии // Журн. микробиол. 1999. — № 5. -С.22−26.
- Гинцбург А.Л., Романова Ю. М. Некультивируемые формы бактерий и их роль в сохранении сапронозов во внешней среде // Журн. микробиол. -1997.- № 3. С. 116−121.
- Гинцбург А.Л., Романова Ю. М., Алексеева Н. В., Ковалев Ю. Н., Аляпкина Ю. С., Чегаева Е. В. Мезанизм действия и природа факторов, индуцирующих образование некультивируемых форм Salmonella tiphymurium // Журн. микробиол. 1999. — № 6. — С.3−8.
- Гущин А.Е., Гладышев Е. В., Шипулин Г. А. Использование урацил-ДНК-гликозилазы (УДГ) для снижения риска контаминации продуктами ПЦР // Сб. «Генодиагностика инф. забол». Москва. 2002. — С. 404−408.
- Домарадская Т.И., Езепчук Ю. В. Пептидные термостабильные токсины энтеробактерий (генетический контроль, структура, механизмы действия, тестирование) // Мол. генетика. 1993. — № 1. — С.3−8.
- Домарадская Т.И., Езепчук Ю. В., Мотин B.JL, Микулькис А. В., Коробко
- B.Г. Определение термостабильного и термолабильного энтеротоксинов в штаммах Escherichia coli генетическими, биологическими и иммуносерологическими методами // Мол. генетика. 1992. — № 9−10.1. C.11−13.
- Домарадский И.В. Некоторые проблемы адаптации патогенных бактерий к окружающей среде // Журн. микробиол. 1997. — № 4. -С.29−34.
- Дубинина И.Г., Щербо С. Н., Макаров В. Б. Метод ПЦР в лабораторной практике // Клин. лаб. диагностика. 1997. — № 7. — С.5−9.
- Езепчук Ю.В. Патогенность как функция биомолекул. Москва. «Медицина». 1985. — 235с.24.3айнуллин Л.И., Ахмадеев P.M., Алимов A.M. Дифференциация штаммов сальмонелл методом RAPD ПЦР // Сб. «Генодиагностика инф. забол.». Москва. — 2002. — С. 337−338.
- Ильина Т.С. Структурная организация и механизмы перемещений генных кассет, кодирующих резистентность к антибиотикам и факторы вирулентности бактерий // Мол. генетика. 2001. — № 3. — С.3−12.
- Куракин Е.С., Катков В. П. Плазмидный анализ штаммов Shigella flexneri, обусловивших вспышку в стационаре психоневрологического профиля // Журн. микробиол. 1996. — № 6. — С.69−70.
- Леванова Г. Ф., Парфенова О. В., Кашников С. Ю. Молекулярно-биологические способы идентификации и дифференциации бактерий // Методические рекомендации. Москва. 1995.
- Ломовцев А.Э., Каминский Г. Д. Анализ клонального распределения штаммов Shigella flexneri, циркулирующих в Тульской области, на основе определения их плазмидного профиля // Журн. микробиол. -1996. № 6. — С.67−69.
- Мазепа В.Н., Бруснигина Н. Ф., Скобло Л. Е., Барышева Н. Н. Изучение распространения энтеротоксигенных энтеробактерий с помощью зондов разной степени очистки // В кн. «Регуляция биологических систем». Н. Новгород-1991.-С. 10−13.
- Малов В.А. Клинико-патогенетическое значение интоксикации у больных острыми кишечными заболеваниями. Автореферат дис. д.м.н-Москва. 1992.
- Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование. М., Мир 1984 — 479с.
- Медицинская микробиология. Под ред. Покровский В. И., Поздеев O.K.// Москва. ГЭОТАР МЕДИЦИНА. — 1998.- 1200с.
- Медицинские лабораторные технологии. Под ред. проф. А. И. Карпищенко // «Интермедика» Санкт-Петербург. — 1998. — 2 т. — с. 680.
- Методические указания МЗ СССР по микробиологической диагностике заболеваний, вызванных энтеробактериями // Москва. 1984.
- Министерство здравоохранения СССР, приказ 22 апреля 1985 г. № 535 «Об унификации микробиологических (бактериологических) методов исследования, применяемых в клинико-диагностических лабораториях лечебно-профилактических учреждений».
- Пак С.Г., Турьянов М. Х., Пальцев М. П. Сальмонеллез. М., Медицина. -1988.-304 с.
- Петровская В.Г., Бондаренко В. М. Общие принципы генетического контроля патогенности бактерий // Журн. микробиол. 1994. — № 3. -С.106−110.
- Петровская В.Г., Бондаренко В. М. Роль хромосомы и ее взаимодействие с внехромосомными детерминантами в процессе генетического контроля патогенности бактерий // Мол. генетика. 1994. — № 5. — С.3−8.
- Подколзин А.Т., Яцышина С. Б., Свистунова Т. С., и др. Изучение чувствительности и специфичности диагностических ПЦР тест-систем для выявления микроорганизмов рода Salmonella // Сб. «Генодиагностика инф. забол.» Москва. 2002. — С.240−244.
- Покровский В.В., Шипулин Г. А., Безруков В. М., и др. Методические рекомендации по проведению работ в диагностических лабораториях, использующих метод ПЦР. Москва. 1995. — 10 с.
- Покровский В.И. Энтеробактерии. Москва. «Медицина». 1985. — 321с.
- Покровский В.И., Малеев В. В. Актуальные проблемы инфекционной патологии//Эпид. и инфек. бол. 1999. — № 2.- С. 17−20.
- Покровский В.И., Онищенко Г. Г., Черкасский Б. Л. Актуальные направления совершенствования профилактики инфекционных болезней // Эпид. и инфек. бол. 2000. — № 2 — С.4−8.
- Покровский В.И., Онищенко Г. Г., Черкасский Б. Л. Инфекционные болезни в конце XX века и санитарно-эпидемиологическое благополучие в России в XXI веке // Журн. микробиол. 2002. — № 3. -С. 16−23.
- Покровский В.И., Черкасский Б. Л., Сальмонеллезы. Москва. АО «Медицинская газета». 1995. -С.286.
- Попова Т.А., Сыпченко А. Я., Шишкина Л. И. Вспышка ОКИ, вызванных Е. coli 0157: Н7, в Тульской области // Эпид. и инфек. бол. 2000. — № 3. -С. 19−21.
- Ратинер Ю.А., Бондаренко В. М., Siitonen А. Энтерогеморрагические кишечные палочки и вызываемые ими заболевания // Журн. микробиол. 1998.-№ 5.-С.87−96.
- Романова Ю.М. Плазмиды вирулентности бактерий рода Shigella // Мол. генетика. 1991. — № 6 — С.3−9.
- Романова Ю.М., Бошнаков Р. Х., Баскаков Т. В., Гинцбург А. Л. Механизмы активации патогенных бактерий в организме хозяина // Журн. микробиол. 2000. — № 4. — С.7−11.
- Романова Ю.М., Гинцбург А. Л. Есть ли сходство в механизмах образования «некультивируемых форм» у грамотрицательных бактерий и спор у бацилл? // Мол. генетика. 1993. — № 6. — С.34−37.
- Романова Ю.М., Гинцбург А. Л. Участие мобильных элементов в формировании свойств патогенных бактерий // Журн. микробиол. -1999.-№ 5.-С.22−29.
- Рябченко Л.Е., Ряпис А. А. Рестрикционный анализ хромосомной ДНК штаммов S. enteritidis // Мол. генетика. 1993. — № 6. — С.31−34.
- Саики Р., ГиленстенУ., Эрлих Г. Полимеразная цепная реакция // Анализ генома. Методы. Под ред. Дейвиса К. М.: Мир. — 1990. -С. 176−190.
- Сергевнин В.И. Методические подходы к расследованию вспышек ОКИ // Эпид. и инфек. бол. 1999. — № 1. — С.27−28.
- Сергевнин В.И. Этиологическая структура и экологическая классификация острых кишечных инфекций // Эпид. и инфек. бол. -1997.- № 6 С.8−9.
- Скобло Л.Е., Уланова Т. И., Мазепа В. Н., Бруснигина Н. Ф., Барышева Н. Н. Плазмиды бактерий семейства Enterobacteriaceae, несущие ген термолабильного энтеротоксина // В кн. «Биотехнология и генетика». -Н. Новгород. 1991. — С. 14−16.
- Ставицкая Е.Л., Нарвская О. В., Мокроусов И. В., и др. Генотипирование S. flexneri 2а, выделенных от пациентов с острой дизентерией в Санкт-Петербурге // Журн. микробиол. 1998. — № 3. — С.5−7.
- Тимаков В.Д., Петровская В. Г., Бондаренко В. М. Биологические и генетические характеристики бактерий рода Shigella. Москва. 1980. -148с.
- Чайка Н.А., Хазенсон Л. Б., Butzler J.M. и др. Кампилобактериоз. Москва. Медицина. 1988. — С.115−135.
- Черкасский Б.Л. Современные особенности эпидемиологии кишечных инфекций в Российской Федерации // Эпид. и инфек. бол. 1997. — № 5 -С.12−15.
- Шагинян И.А. Геномный полиморфизм в решении фундаментальных и прикладных проблем микробиологии и эпидемиологии // Журн. микробиол. 1996. — № 3. — С.21−24.
- Шагинян И.А. Идентификация и типирование патогенных бактерий: современные подходы // Вест. РАМН. -2000. 1:22−8.
- Шагинян И.А., Гинцбург A.JI. ПЦР-генетическое типирование патогенных микроорганизмов // Генетика. 1995. — Т.31. — № 5. -С.600−609.
- Шагинян И.А., Першина М. Ю. Генетические маркеры в эпидемиологии бактериальных инфекций // Журн. микробиол. 1997. — № 4. — С.5−9.
- Шагинян И.А., Романова Ю. М., Уткин В. В. и др. Изучение геномного полиморфизма штаммов Shigella flexneri, изолированных в разных географических регионах // Мол. генетика. 1993. — № 1. — С.8−13.
- Шагинян И.А. Роль и место молекулярно-генетических методов в эпидемиологическом анализе внутрибольничных инфекций // Лаб. диагностика. 2000. — Т.2. — № 3. — С. 1−21.
- Шахмарданов М.З. Инвазивные свойства возбудителя в патогенезе шигеллеза Флекснера 2а // Эпид. и инфек. бол. 2000. — № 1. — С. 25−27.
- Шмитт К.К., Мейсик К. С., О’Брайен А.Д. Бактериальные токсины: друзья или враги? // Клин, микробиол. и химиотер. 2000. — № 2. — С.4−15.
- Шувалова Е.И., Беляева Т. В., Осипова Г. И. Клинико-морфологические и иммунологические особенности дизентерии Флекснера // Эпид. и инфек. бол. № 6 — 2002. — С. 18−23.
- Ющук Н.Д., Бродов JI.E. Острые инфекционные диарейные болезни // Мед. газета 2000. — № 31.
- Ющук Н.Д., Розенблюм А. Ю., Пархоменко Ю. Г. и др. Клинико-морфологические особенности шигеллеза Флекснера у больных с отягощенным преморбидным фоном //Журн. микробиол. 2002. — № 2. -С.26
- Aabo S., Rasmussen O.F., Rossen L et al. Salmonella identification by the polymerase chain reaction // Molecular and Cellular probes. 1993. — Vol. 10.- № 3 — P. 171−178.
- A1-Hasani K., Adler В., Rajakumar K., Sakellaris H. Distribution and structural variation of the she pathogenicity island in enteric bacterial pathogens // Med. Microbiol. 2001. — Vol. 50. — № 9. — P. 780−786.
- Altwegg, Perschil I., Gruner E. Molecular biology detection and antibiotic sensitivities of Shigella spp. and enteroinvasive Escherichia coli (EIEC) in patients returning from the tropics // Schweiz Rundsch Med Prax. 1997. -Vol.86. — № 9 — P. 348−351.
- Bai S., Li X., Xia G. et al. Gena types of Shigella enterotoxins of S. flexneri 2a // Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 2000. — Vol. 21. — № 4. — P. 280−282.
- Bando S.Y., do Valle G.R., Martinez M.B., Trabulsi L.R., Moreira-Filho C.A. Characterization of enteroinvasive Escherichia coli and Shigella strains by RAPD analysis // FEMS Microbiol Lett. 1998. — Vol. 165. -№ 1. — P. 159−165.
- Barlow R.S., Hirst R.G., Norton R.E., Ashhurst-Smith C., Bettelheim K.A. A novel serotype of enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) as a major pathogen in an outbreak of infantile diarrhoea // J Med Microbiol. 1999.
- Vol. 48.- № 12.-P. 1123−1125.
- Belanger S.D., Boissinot M., Menard C., Picard F.J., Bergeron M.G. Rapid detection of Shiga toxin-producing bacteria in feces by multiplex PCR with molecular beacons on the smart cycler // J. Clin. Microbiol. 2004. — Vol.40.- № 4. P. 1436−1440.
- Beutin L., Strauch E., Fischer I. Isolation of Shigella sonnei lysogenic for a bacteriophage encoding gene for production of Shiga toxin // Lancet. 1999.- Vol.353. № 9163.-P.1498.
- Birnboim H.C., Doly J. // Nucleic. Acid. Res. 1979. — Vol. 7. — № 6. -P.l 513−1523.
- Boom R., Sol C., Salimans V. Rapid and simple method for purification of nucleic acid. // J. Clin. Microbiol. 1990 — Vol. 28. — № 6. — P.495−503.
- Carniel E., Guilvout I., Prentice M. Characterization of a large chromosomal «High Pathogenicity Island» in biotype IB Yersinia enterocolitica // J. Bact.- 1996.-Vol. 178.-P. 6743−6751.
- Cheetham B.F., Katz M.E. A role for bacteriophages in the evolution and transfer of bacterial virulence determinants // Gene. 1995. — Vol. 165. -P.53−58.
- Coimbra R.S., Grimont F., Grimont P.A. Identification of Shigella serotypes by restriction of amplified O-antigen gene cluster. // Res Microbiol. 1999. -Vol.150.-№ 8.- P. 543−553.
- Coimbra R.S., Lenormand P., Grimont F., Bouvet P., Matsushita S., Grimont P.A. Molecular and phenotypic characterization of potentially new Shigella dysenteriae serotype.// J Clin Microbiol. 2001. — Vol.39. — № 2. — P. 618 621.
- David H. Pershing, Ed. PCR protocols for emerging infectious diseases // American society for microbiology. Washington, DC. 1996. — P.526.
- Doran J.L., Collinson S.K., Burian J. et al. DNA-based diagnostic tests for Salmonella species targeting agfA, the structural gene for thin, aggregative fimbriae // J Clin Microbiol. 1993. — Vol. 31. — № 9. — P. 2263−2273.
- Donnenberg M.S., Welch R.A. Virulence determinants of uropathogenic Echerichia coli // Urinari Tract Infectious Molecular Pathogenesis and Clinical Management // Ed.H.Mobley, J. W. Warren. Washington. — P. 465 496.
- DuPont H.L., Enteropathogenic organisms: New etiological agents and concepts of disease // Med. Clin. North Am. 1997. — Vol. 62. — P. 945−949.
- Eckhardt T. A rapid method for the identification of plasmid
- Desoxiribonucleic acid in bacteria // Plasmid. J. 1978. — Vol. 21. — P. 584 588.
- Elliot S.J., Wainwright L.A., McDaniel Т.К. et.al. Structural analysis of locus enterocyte effacement genomic islands among enteropathogenic (EPEC) and enterohemorrhagic (ЕНЕС) E. coli // Mol. Microbiol. — 1998. -Vol. 28.-P. 1−4.
- Elwell L.P., Shipley P.L. Plasmid-mediated factors associated with virulence of bacteria to animals // Annu. Rev. Microbiol. 1991. — Vol. 34. -P. 465−496.
- Falkow S. The evolution of pathogenecity in Escherichia, Shigella, and Salmonella // Escherichia coli and Salmonella Cellular and Molecular Biology / (Ed.-in-chief) F.C. Neidhardt. Wachington. — 1999. — P. 27 232 729.
- Finkelstein R.A., Ben Marchlewicz A., Donald R. et al. Isolation and characterization of a cholera related enterotoxin from Salmonella typhimurium // FEMS Microbiol. Lett. 1990. — Vol. 17. — P. 239−241.
- Finkelstein R.A., Boesman-Finkelstein M., Holt P. et al. Vibrio cholerae hemaglutinin-lectin-pronase hydrolises fibronectin and ovomucin // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1993. — Vol. 80. — P. 1092−1095.
- Foultier В., Troisfontaines P., Muller S. et al. Characterization of the ysa pathogenicity locus in the chromosome of Yersinia enterocolitica and phylogeny analysis of type III secretion systems // Mol Cell Probes. 1994. -Vol.8.-№ 4.-P. 285−290.
- Friedrich M.J., Kinsey N.E., Vila J., Kadner R.J. Nucleotide sequence of a 13,9 kb segment of the 90 kb virulence plasmid of Salmonella typhimurium: the presence of the fimbrial biosynthetic genes // Mol. Microbiol. 1993. — Vol. 8. — P. 543−558.
- Fukushima M., Kakinuma K., Kawaguchi R. Phylogenetic analysis of Salmonella, Shigella, and Escherichia coli strains on the basis of the gyrB gene sequence // J. Clin. Microbiol. 1998. — Vol. 32. — P. 3072−3078.
- Gascon J., Vargas M., Quinto L. et al. Enteroaggregative Escherichia coli strains as a cause of traveler’s diarrhea: a case-control study // J. Infect. Dis. -1998.-Vol. 177.-№ 5.-P. 1409−1412.
- Gates R. Infectious disease secrets. Philadelfia. Hanley & Belfus. 1998.- P. 96.
- Grant M.A., Weagant S.D., Feng P. Glutamate decarboxylase genes as a prescreening marker for detection of pathogenic Escherichia coli groups // Appl Environ Microbiol. 2001. — Vol. 67. — № 7. — P. 3110−3114.
- Groisman E.A., Ochman H. Cognate gene clusters govern invasion of host epithelial cells by Salmonella typhimurium and Shigella flexneri // EMBO J.- 1993. Vol. 142. — P. 3779−3787.
- Haker J., Blum Oehler G., Muhldorfer I., Tschape H. Pathogenecity Islands of virulent bacteria: structure, function and impact on microbial evolution // Mol. Microbiol. 1997. — Vol. 23. — P. 1089−1097.
- Houng H.S., Venkatesan M.M. Genetic analysis of Shigella sonnei form I antigen: identification of a novel IS630 as an essential element for the form I antigen expression. // Microb Pathog. 1998. — Vol. 25. — № 4. — P. 165−173.
- Hsu S.C., Tsen H.Y. PCR primers designed from malic acid dehydrogenase gene and their use for detection of Escherichia coli in water and milk samples // Int. J. Food Microbiol. 2001. — Vol.64. — № 1−2. — P. 111.
- Hulton C.S., Higgins C.F., Sharp P.M. ERIC sequences: a novel family of Repetitive elements in the genomes of Escherichia coli, Salmonella typhimurium and other enterobacteria //Mol. Microbiol. 1991. — Vol. 35. -P. 825−834.
- Ina K., Kusugami K., Ohta M. Bacterial hemorrhagic enterocolitis // J. Gastroenterol. 2003. -Vol.38. — № 2. — P. 111−120.
- Islam M.S., Hossain M.S., Hasan M.K. et al. Detection of Shigellae from stools of dysentery patients by culture and polymerase chain reaction techniques // J. Diarrhoeal. Dis. Res. 1998. — Vol. 14. — № 4. — P. 248−251.
- Ito K., Watanabe H., Toyosato M., Kosaka Т., Mizuno K. Genetic analysis of Shigella pathogenesis and rapid detection method of Shigella virulencegene by the polymerase chain reaction // Nippon Rinsho. 1992. — Vol. 50. -P. 368−372.
- Jackson M.P. Detection of Shiga toxin-producing Shigella dysenteriae type 1 and Escherichia coli by using polymerase chain reaction with incorporation of digoxigenin-ll-dUTP // J. Clin Microbiol. 1991. — Vol. 29.-№ 9.-P. 1910−1914.
- James P. Nataro and James B. Kaper. Diarreagenic Echerichia coli. // Clin. Microbiol. Rev. 1998. -Vol. 11. — P. 142−201.
- Kaplan B.S. Hemolytic uremic syndrome and thrombotic thrombocytopenic purpura//N.Y. 1992. — P. 54.
- Kobayashi K., Seto K., Makino M. Detection of two Shiga-like toxins from Escherichia coli 0157: H7 isolates by the polymerase chain reaction method // Nippon Saikingaku Zasshi. 1990. — Vol. 45. — № 3 — P. 649−652.
- Kobayashi K. A simple and rapid confirmation method of the bacterial contamination using polymerase chain reaction // Kansenshogaku Zasshi. -1994. Vol. 68. — № 4. — P. 495−499.
- Kongmuang U., Luk J.M., Lindberg A.A. Comparison of three stool-processing methods for detection of Salmonella serogroups В, C2 and D by PCR. // J. Clin. Microbiol. 1994. — Vol. 32. — P. 3072−3074.
- Lampel K.A., Jagow J.A., Trucksess M., Hill W.E. Polymerase chain reaction for detection of invasive Shigella flexneri in food // Appl. Environ. Microbiol. 1990.-Vol. 56.-№ 6.-P. 1536−1540.
- Lan R., Lumb В., Ryan D et al. Molecular evolution of large virulence plasmid in Shigella clones and enteroinvsive Escherichia coli. // Infect. Immun. 2001. — Vol. 65. — P. 2685−2692.
- Lindqvist R. Detection of Shigella spp. in food with a nested PCRmethod-sensitivity and performance compared with a conventional culture method // J. Appl. Microbiol. 1999. — Vol. 86. — № 6. — P. 971−978.
- Liu P.Y., Lau Y.J., Hu B.S., et al. Analysis of clonal relationships among isolates of Shigella sonnei by different molecular typing methods // J Clin Microbiol. 1995. — Vol. 33. -№ 7. — P. 1779−1783.
- Ludwig A., Tengel C., Bauer S. et al. SlyA, a regulatory protein from Salmonella typhimurium, induces a haemolytic and pore-forming protein in Escherichia coli // Mol. Gen. Genet. 1995. — Vol. 249. — № 5. — P. 474 486.
- Luo W., Wang S., Peng X. Identification of shiga-toxin producing bacteria by a new immuno-capture toxin gene PCR // J. Clin. Microbiol. 1998. -Vol. 28.-P. 543−548.
- Luscher D., Altwegg M. Detection of shigellae, enteroinvasive and enterotoxigenic Escherichia coli using the polymerase chain reaction (PCR) in patients returning from tropical countries // Mol. Cell. Probes. 1994. -Vol. 8. — № 4. — P. 285−290.
- Luscher D., Graf Settah S., Altwegg M. Bacterial pathogens in diarrhea: demonstration of verotoxin-producing Escherichia coli using the polymerase chain reaction // Schweiz. Med. Wochenschr. 1992. — Vol. 122. -№ 50.- P. 1911−1918.
- Mainil J. Shiga/verocytotoxins and Shiga/verotoxigenic Escherichia coli in animals // Vet. Res. 1999. — Vol. 30. — № 2−3. — P. 235−257.
- Mariani-Kurkdjian P., Bingen E. Hemolytic-uremic syndrome after verotoxin-producing Escherichia coli infection // Presse Med. 1995. — Vol. 24.-№ 2.-P. 99−101.
- Marquart M.E., Picking W.L., Picking W.D. Structural analysis of invasion plasmid antigen D (IpaD) from Shigella flexneri // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1995. — Vol. 214. — № 3. — P. 963−970.
- Maurelli A.T., Blackmon В., Curtiss R. Loss of pigmentation in Shigella flexneri 2a is correlated with loss of virulence and virulence-associated plasmid // Infect Immun. 1994. — Vol. 43. — № 1. — P. 397−401.
- Mclver C.J., White P.A., Jones L.A. et al. Epidemic strains of Shigella sonnei biotype g carrying integrons // J Clin Microbiol. 2002. — Vol. 40. -№ 4.-P. 1538−1540.
- McDaniel Т.К., Jarvis K.G., Donnenberg M.S., Kaper J.B. A genetic locus of enterocyte effacement concerved among diverse enterobacterial pathogens // Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 1995. — Vol. 95. -№ 5. — P.1664−1668.
- Meng J., Zhao S., Doyle M.P., Mitchell S.E., Kresovich S. A multiplex PCR for identifying Shiga-like toxin-producing Escherichia coli 0157: H7// Lett. Appl. Microbiol. 1997. — Vol. 24. — № 3. — P. 172−176.
- Muller M., Kruse L., Tabrett A.M. et al. Detection of a single base exchange in PCR-amplified DNA fragments using agarose gel electrophoresis containing bisbensimide-PEG // Nucleic Acids Res. 1997. -Vol.25. — № 24. — P.5125−5126.
- Nataro J.P., Seriwatana J., Fasano A. et al. Identification and cloning of a novel plasmid-encoded enterotoxin of enteroinvasive Escherichia coli and Shigella strains // Infect Immun. 1995. — Vol. 63. — № 12. — P. 4721−4728.
- Noriega F.R., Liao F.M., Formal S.B., Fasano A., Levine M.M. Prevalence of Shigella enterotoxin 1 among Shigella clinical isolates of diverse serotypes // J. Infect. Dis. 1995. — Vol. 172. — № 5. — P. 1408−1410.
- Olive D.M., P.Bean. Principes and application of methods for DNA-based typing of microbial organisms // J. Clin. Microbiol. 1999. — Vol. 37. — P. 1661−1669.
- Oyofo B.A., Mohran Z.S., el-Etr S.H. et al. Detection of enterotoxigenic Escherichia coli, Shigella and Campylobacter spp. by multiplex PCR assay // J. Diarrhoeal. Dis. Res. 1996. — Vol. 14. — № 3. — P. 207−210.
- Parreira V.R., Gyles C.L. Shiga toxin genes in avian Escherichia coli \ Mol. Microbiol. 1995. — Vol. 5. — P. 825−834.
- Peng X., Luo W., Zhang J., Wang S., Lin S. Rapid detection of Shigella species in environmental sewage by an immunocapture PCR with universal primers // Appl. Environ. Microbiol. 2002. — Vol. 68. — № 5. — P. 25 802 583.
- Petrovskaya V.G., Bondarenko V.M., Nastichkin J.A. A chromosome map of Shigella flexneri with the loci related to pathogenicity // Мол. генетика. -1994.-№ 1.-С. 3−10.
- Pierard D., Stevens D., Moriau L., Lior H., Lauwers S. Isolation and identification virulence factors of verocytotoxin-producing Escherichia coli in human stool samples // Clin Microbiol Infect. 1997. — Vol. 3. — № 5. — P. 531−540.
- Pronk L.M., Sanderson K.E. Intervening sequences in rrl genes and fragmentation of 23 S rRNA in genera of the family Enterobacteriaceae // J. Bacterid.-2001.-Vol. 183.-№ 19.-P. 5782−5787.
- Qadri F., Hossain S.A., Ciznar I. et al. Congo red binding and salt aggregation as indicators of virulence in Shigella species // J. Clin. Microbiol. 1988. — Vol. 26. — № 7. — P. 1343−1348.
- Read S.C., Clarke R.C., Martin A. et al. Polymerase chain reaction for detection of verocytotoxigenic Escherichia coli isolated from animal and food sources // Mol.Cell. Probes. 1992. — Vol. 6. — № 2. — P. 153−161.
- Rosqvist R., Hakansson S., Forsberg A., Wolf-Watz H. Functional conservation of the secretion and translocation machinery for virulence proteins of yersiniae, salmonellae and shigellae // EMBO J. 1995. — Vol. 14. -№ 17.-P. 4187−4195.
- Sabat G., Rose P., Hickey W.J., Harkin J.M. Selective and sensitive method for PCR amplification of Escherichia coli 16S rRNA genes in soil. // Appl. Environ. Microbiol. 2000. — Vol. 66. — № 2. — P. 844−849.
- Sakai Т., Sasakawa C., Makino S., Kamata K., Yoshikawa M. Molecular cloning of a genetic determinant for Congo red binding ability which is essential for the virulence of Shigella flexneri // Infect. Immun. 1986. -Vol. 51.-№ 2.-P. 476−482.
- Sasakawa C., Kamata K., Sakai T. et al. Virulence-associated genetic regions comprising 31 kilobases of the 230-kilobase plasmid in Shigella flexneri 2a // J. Bacterid. 1988. — Vol. 170. — № 6. — P. 2480−2484.
- Sasakawa C., Kamata K., Sakai T. et al. Molecular alteration of the 140-megadalton plasmid associated with loss of virulence and Congo red binding activity in Shigella flexneri // Infect. Immun. 1986. — Vol. 51. — № 2. — P. 470−475.
- Sasakawa C., Komatsu R., Tobe Т., et al. Eight genes in region 5 that from an operon are essential for invasion of Epithelial cells by Shigella flexneri 2a // J. Bacteriol. 1993. — Vol.175. — P. 2334−2346.
- Schuch R., Maurelli A.T. Virulence plasmid instability in Shigella flexneri 2a is induced by virulence gene expression // Infect. Immun. 1997. — Vol. 65.-№ 9.-P. 3686−3692.
- Sethabutr O., Venkatesan M., Murphy G.S. et al. Detection of Shigellae and enteroinvasive Escherichia coli by amplification of the invasion plasmid antigen H DNA sequence in patients with dysentery // J. Infect. Dis. 1993. -Vol. 167.-№ 2.-P. 458−461.
- Sethabutr O., Venkatesan M., Yam S. et al. Detection of PCR products of the ipaH gene from Shigella and enteroinvasive Escherichia coli by enzyme linked immunosorbent assay // Diagn. Microbiol. Infect. Dis. 2000. — Vol. 37. -№ 1. — P. 11−16.
- Sharma K., Rishi P., Grewal J.S., Ram S., Tiwari R.P. Correlation between Congo red binding and contact haemolysin production in Shigella species // Microbios. 2001. — Vol. 106. — № 413. — P. 31−38.
- Small P.L., Falkow S. Development of DNA probe for the virulence plasmid of Shigella ssp. and enteroinvasive Escherichia coli // Microbiol. -1986. American Society for Microbiology, Washington D.C. — P. 121−124.
- Spierings G., Ockhuijsen C., Hofstra H., Tommassen J. Polymerase chain reaction for the specific detection of Escherichia coli/Shigella // Res. Microbiol. 1993. — Vol. 144. — № 7. — P. 557−564.
- Szakal D., Gado I., Pal T. A colony blot immunoassay to detect enteroinvasive Escherichia coli and Shigella in water samples // J. Appl.
- Microbiol. 2001. — Vol. 90. — № 2. — P. 229−236.
- Theron J., Morar D., Du Preez M. et al. A sensitive seminested PCR method for the detection of Shigella in spiked environmental water samples // Water Res. 2001. — Vol. 35. — № 4. — P. 869−874.
- Unkmeir A., Schmidt H. Structural analysis of phage-borne stx genes and their flanking sequences in shiga toxin-producing Escherichia coli and Shigella dysenteriae type 1 strains // Infect. Immun. 2000. — Vol. 68. — № 9. -P. 4856−4864.
- Vantarakis A., Komninou G., Venieri D., Papapetropoulou M. Development of a multiplex PCR detection of Salmonella spp. and Shigella spp. in mussels // Lett. Appl. Microbiol. 2000. — Vol. 31. — № 2. — P. 105 109.
- Vargas M., Gascon J., Jimenez De Anta M.T., Vila J. Prevalence of Shigella enterotoxins 1 and 2 among Shigella strains isolated from patients with traveler’s diarrhea. // J. Clin. Microbiol. 1999. — Vol. 37. — № 11. — P. 3608−3611.
- Villalobo E., Torres A. PCR for detection of Shigella spp. in mayonnaise // Appl. Environ. Microbiol. 1998. — Vol. 64. — № 4. — P. 1242−1245.
- Wang R.F., Cao W.W., Cerniglia C.E. A universal protocol for PCR detection of 13 species of foodborne pathogens in foods // Appl. Microbiol. -1997. Vol. 83. -№ 6. — P. 727−736.
- Wang RF, Cao WW, Cerniglia CE. Phylogenetic analysis and identification of Shigella spp. by molecular probes // Mol Cell Probes. -1997. Vol. 11. — № 6. — P. 427−432.
- Watanabe H., Nakamura A., Timmis K.N. Structural analysis of the virulence plasmid of Shigella ssp. // Ibid. 1995. — Vol. 43. — P. 55.
- Way J.S., Josephson K.L., Pillai S.D. et al. Specific detection of Salmonella spp. by multiplex polymerase chain reaction // Appl. Environ. Microbiol. 1993. — Vol. 59. — № 5. — P. 1473−1479.
- Wawer C., Ruggeberg H., Meyer G., Muyzer G. A simple and rapid electrophoresis method to detect sequence variation in PCR-amplified DNA fragments // Nucleic Acids Res. 1995. — Vol. 23. — № 11. — P.4928−4929.
- Xu J., Cheng В., Wu Y. A new diarrhea pathogen: entero-SLTs-producing and invasive Escherichia coli was over-looked as normal flora E. coli // Zhonghua Liu Xing Bing Xue Za Zhi. 1994. — Vol. 15. — № 6 — P. 333−338.
- Yavzori M., Cohen D., Wasserlauf R. et al. Identification of Shigella species in stool specimens by DNA amplification of different loci of the Shigella virulence plasmid // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 1994. -Vol. 13. -№ 3 — P. 232−237.
- Yavzori M., Uriel N., Porat N. et al. Development of molecular tests for rapid detection of enteropathogens // Harefuah. 2000. — Vol. 138. — № 9. -P. 758−762, 805.
- Ye L. Y, Lan F.H., Zhu Z.Y. et al. Detection of Shigella and enteroinvasive Escherichia coli using polymerase chain reaction // J. Diarrhoeal. Dis. Res. 1993. — Vol. 11. — № 1. — P. 38−40.
- Yokoigawa К., Hirasawa R., Ueno H. et al. Gene cloning and characterization of alanine racemases from Shigella dysenteriae, Shigella boydii, Shigella flexneri, and Shigella sonnei // Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001. — Vol. 288. — P. 676−684.