Идентификация, клонирование и исследование молекулярных маркеров генома гороха
Диссертация
Изучение амплификации SCAR-маркеров в разных генотипах гороха при различных температурах отжига и сравнение с амплификацией исходных RAPD-фрагментов в этих же генотипах может служить косвенным подходом к изучению природы RAPD-полиморфизма. Так, в случаях, когда полиморфизм у SCAR-маркера проявляется в довольно жестких условиях реакции, можно предположить, что исходный RAPD-полиморфизм был вызван… Читать ещё >
Содержание
- СПИСОК ИСПОЛЬЗОВАННЫХ СОКРАЩЕНИЙ
- ГЛАВА 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Молекулярные маркеры и их использование для исследования генома растений
- 1. 2. ПДРФ-маркеры
- 1. 3. Полимеразная цепная реакция
- 1. 4. ДНК-маркеры, основанные на полимеразной цепной реакции
- 1. 5. Использование RAPD-метода в исследовании генома растений
- 1. 6. SCAR-маркеры и проблемы, связанные с их получением
- 1. 7. Системы обнаружения известных точковых мутаций
- 1. 8. Генетическая карта посевного гороха (Pisum sativum L.)
- ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
- 2. 1. Характеристика растительного материала
- 2. 2. Получение гибридов Fin расщепляющихся популяций F
- 2. 3. Выделение тотальной ДНК из листьев гороха
- 2. 4. Метод ПЦР с использованием коротких случайных праймеров (RAPD-метод)
- 2. 5. Клонирование RAPD-фрагментов
- 2. 5. 1. Получение ДНК-фрагментов для клонирования
- 2. 5. 2. Лигирование фрагментов ДНК с pGEM-T вектором
- 2. 5. 3. Приготовление компетентных клеток E. col
- 2. 5. 4. Трансформация E. coli (штамм JM109) плазмидной ДНК
- 2. 6. Метод выделения плазмидной ДНК
- 2. 7. Анализ векторной ДНК на наличие требуемых вставок
- 2. 8. Секвенирование клонированных фрагментов
- 2. 9. Анализ нуклеотидных последовательностей
- 2. 10. Создание SCAR-маркеров
- 2. 10. 1. Подбор праймеров для амплификации специфических фрагментов ДНК
- 2. 10. 2. Реакция амплификации с использованием SCAR-праймеров
- 2. 10. 3. Подготовка ПЦР-фрагментов для рестрикции
- 2. 10. 4. Рестрикция ПЦР-фрагментов
- 2. 11. Массовый сегрегационный анализ
- 2. 12. Математическая обработка данных
- ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
- 3. 1. Картирование гена Ха-18 у гороха с помощью морфологических маркеров
- 3. 2. Выявление RAPD-маркеров в ДНК гороха
- 3. 3. Изучение наследования полиморфных RAPD-фрагментов
- 3. 4. Количественная оценка RAPD-полиморфизма и построение дендрограмм
- 3. 5. Поиск RAPD-маркеров, сцепленных с некоторыми генами гороха
- 3. 6. Создание и изучение SCAR-маркеров
- 3. 6. 1. Получение SCAR-маркера из К10#950 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 2. Получение SCAR-маркера из В474#800 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 3. Получение SCAR-маркера из R03# 1800 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 4. Получение SCAR-маркера из Рг10#820 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 5. Получение SCAR-маркера из К8#620 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 6. Получение SCAR-маркера из Е16#860 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 7. Получение SCAR-маркера из R06#470 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 8. Получение SCAR-маркера из В474#550 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 9. Получение SCAR-маркера из R11#540 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 10. Получение SCAR-маркера из Рг10#660 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 11. Получение SCAR-маркера из D6#550 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 12. Получение SCAR-маркера из Рг10#340 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 13. Получение SCAR-маркера из R06# 1100 RAPD-фрагмента
- 3. 6. 14. Получение SCAR-маркера из V03#800 RAPD-фрагмента
- 3. 7. Анализ нуклеотидных последовательностей фрагментов, использованных для получения SCAR-маркеров
Список литературы
- Алтухов Ю.П., Салменкова Е. А. «Полиморфизм ДНК в популяционной генетике». Генетика 38(9): 1173−1195, 2002
- Гавриленко Т.А., Дорохов Д. Б., Никуленкова Т. В. «Характеристика межродовых соматических гибридов томата Lycopersicon Esculentum Mill, и неклубеньковых видов картофеля серии Etuberosa». Генетика 30(12): 1605−1615, 1994
- Гостимский С.А., Карвовская Е. А., Синещеков В. А., Беляева О. Б. «Электронно-микроскопические и спектральные свойства желтых летальных мутантов гороха». Генетика 28(1): 124−132, 1982
- Гостимский С.А., Кокаева З. Г., Боброва В. К. «Использование молекулярных маркеров для анализа генома растений». Генетика 35(11): 1538−1549, 1999
- Дорохов Д.Б., Клоке Э. «Быстрая и экономичная технология RAPD анализа растительных геномов». Генетика 33(4): 443−450, 1997
- Ежова Т.А., Гостимский С. А. «Генетический анализ хлорофильных мутантов гороха». Генетика 25(4): 691−700, 1979
- ЕжОва Т.А., Солдатова О. П., Пенин А. А., Шестаков С. В. «Молекулярно-генетическое картирование генома растений». Москва, 2002.
- Журавлев Ю.Н., Козыренко М. М., Артюкова Е. В., Реунова Г. Д., Музарок Т. И., Еляков Г. Б. «ПЦР-генетическое типирование женьшеня с использованием произвольных праймеров». Доклады Академии Наук, т.349, № 1: 111−114, 1996
- Калинин В.Н., Шипицина Г. И., Кикодзе М. Л., Рубцов П. М., Свердлова П. С., Скрябин К. Г., Логачев М. Ф., Князев Ю. А. «Использование генов гормона роста для диагностики заболевания карликовостью». Мол. генет. микробиол. и вирусология № 6: 30−32, 1988
- Кокаева З.Г., Боброва В. К., Вальехо-Роман К.М., Гостимский С. А., Троицкий А. В. «RAPD-анализ сомаклональной и межсортовой изменчивости гороха». Доклады Академии Наук 355(1): 1−7, 1997
- Кокаева З.Г., Боброва В. К., Петрова Т. В., Гостимский С. А., Троицкий А. В. «Генетический полиморфизм сортов, линий и мутантов гороха по данным RAPD-анализа». Генетика 34(6): 771−777, 1998
- Конарев В.Г., Гаврилюк Н. К., Губарева и др., под ред. Конарева В. Г. «Молекулярно-биологические аспекты прикладной ботаники, генетики и селекции». М.: Колос, 1993
- Кочиева Е.З., Оганисян А. С., Рысков А. П. «RAPD-маркеры генома картофеля: клонирование и использование для определения межвидовых и межсортовых различий». Молекулярная биология 33(5): 893−897, 1999
- Кочиева Е.З., Рыжова Н. Н., Храпалова И. А., Пухальский В. А. «Использование метода RAPD анализа в определении генетического полиморфизма и филогенетических связей у представителей рода Lycopersicon (Tourn.) Mill.». Генетика 38(9): 1298−1303, 2002
- Малышев С.В., Картель Н. А. «Молекулярные маркеры в генетическом картировании растений». Молекулярная биология 31(62): 197−208, 1997
- Манниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. «Методы генетической инженерии. Молекулярное клонирование». Москва, «Мир», 1984
- Патрушев Л.И., Зыкова Е. С., Каюшин A.JL, Коростелева М. Д., Мирошников А. И. «Новая тест-система ДНК диагностики для идентификации гомозиготных и гетерозиготных точковых мутаций». Биоорган. Химия 24: 194−200, 1998
- Саматадзе Т.Е., Муравенко О. В., Зеленин А. В., Гостимский С. А. «Идентификация хромосом генома гороха (Pisum sativum L.) по рисунку С-окраски». Доклады академии наук 387(5): 714−717, 2002
- Серебровский А.С. «Генетический анализ». М.: Наука, 1970
- Сиволап Ю.М., Календарь Р. Н. «Генетический полиморфизм ячменя, выявленный ПЦР с произвольными праймерами». Генетика 31(10): 1358−1364, 1995
- Сиволап Ю.М., Календарь Р. Н., Нецветаев В. П. «Использование продуктов полимеразной цепной реакции для картирования генома ячменя {Hordeum vulgare L.)». Генетика 33(1): 53−60, 1997
- Сиволап Ю.М., Солоденко А. Е., Бурлов В. В. «RAPD-анализ молекулярно-генетического полиморфизма подсолнечника (Helianthus annuus)». Генетика, т.34, № 2: 266−271, 1998
- Сулимова Г. Е., Салменкова Е. А., Политов Д. В., Зинченко В. В., Глазер В. М. «Практикум по полиморфизму ДНК и белков». Москва, 2002
- Фучжуи JL, Гостимский С. А. «Исследование транслокаций у гороха». Генетика, 34(9): 1−8, 1998
- Хлесткина Е.К., Салина Е. А., Леонова И. Н., Лайкова Л. И., Коваль С. Ф. «Использование RAPD- и STS-анализа для маркирования генов пятой гомеологической группы хромосом мягкой пшеницы». Генетика, т.35, № 35: 1349−1357, 1999
- Шишкин С.С., Калинин В. Н. «Медицинские аспекты биохимической и молекулярной генетики». Москва, 1992
- Abd-Elsalam К.А. «Bioinformatic tools and guideline for PCR primer design». African Journal of Biotechnology 2(5): 91−95, 2003
- Asakura N., Nakamura C., and Ohtsuka I. «RAPD markers lined to the nuclear gene from Triticum tiropheevii that confers compatability with Aegilops squarrosa cytoplasm on alloplasmic durum wheat». Genome 40: 201−210, 1997
- Bai Y., Michaels Т.Е. and Pauls K.P. «Identification of RAPD markers linked to common bacterial blight resistant genes in Phaseolus vulgaris L.» Genome 40: 544−551, 1997
- Bai D. «Three novel Nicotiana debneyi specific repetitive DNA elements derived from a RAPD marker». Genome, 42: 104−109, 1999
- Barzen E., Stahl R., Fuchs E., Borchardt D.C., Salamini F. «Development of coupling-repulsion-phase SCAR markers diagnostic for the sugar beet Rrl allele conferring resistance to rhizomania». Molecular Breeding 3: 231 238, 1997
- Bassam B.J., Caetano-Anolles G. «Automated „Hot Start“ PCR using mineral oil and parafin wax». BioTechniques 14(1): 30−34, 1993
- Baumbusch L.O., Sundal I.K., Hughes D.W., Galau G.A. & Jakobsen K.S. «Efficient protocols for CAPS-based mapping in Arabidopsis». Plant Mol. Biol. Rep. 19: 137−149, 2001
- Ben Chaim A., Grube R.C., Lapidot M., Jahn M.K. and Paran I. «Identification of quantitative trait loci associated with resistance to cucumber mosaic virus in Capsicum annuum». Theor Appl Genet 102: 1213−1220, 2001
- Bennetzen J.L., SanMiguel P., Chen M., Tikhonov A., Francki M., and Avramova Z. «Grass genomes» PNAS 95(5): 1975 1978, 1998
- Benter Т., Papadopoulos S., Pape M., Mannas M. and Poliwoda H. «Optimization and reproducibility of random amplified polymorphic DNA». Analytical Biochemistry 230: 92−100, 1995
- Bhat K.V., Jarret R.L., Rana R.S. «DNA profiling of banana and plantain cultivars using random amplified polymorphic DNA (RAPD) and restriction fragment length polymorphism (RFLP) markers». Electrophoresis 16(9): 1736−1745, 1995
- Birch D.E., Kolmodin L., Laird W.J., McKinney N., Wong J., Young K.K.Y., Zangenberg G.A., Zoccoli M.A. «Simplified Hot-Start PCR». Nature 381: 445−446, 1996
- Blixt S. «Cytology in Pisum. III. Investigation of five interchange lines and coordination of linkage groups with chromosomes». Agri Hort. Genet. 17(1−2): 47−75, 1959
- Bogani P., Simoni A., Lio P., Germinario A. and Buiatti M. «Molecular variation in plant cell populations evolving in vitro in different physiological contexts». Genome 44: 549−558, 2001
- Brauner S., Murphy R.L., Walling J.G., Przyborowski J. and Weeden, N.F. «STS markers for comparative mapping in legumes». J. Amer. Soc. Hort. Sci. 127(4): 616−622, 2002
- Brown P.T.H., Lange F.D., Kranz E. and Lorz H. «Analysis of single protoplasts and regenerated plants by PCR and RAPD technology». Mol. Gen. Genet. 237: 311−317, 1993
- Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gresshoff P.M. «DNA amplification fingerprinting using very short arbitrary oligonucleotide primers». Biotechnology (NY) 9(6): 553−557, 1991
- Caetano-Anolles G., Bassam B.J., Gresshoff P.M. «DNA amplification fingerprinting with very short primers». Applications of RAPD Technology to Plant Breeding. Joint Plant Breeding Symposia Series: 18−25, 1992
- Caetano-Annoles G. «Amplifying DNA with arbitrary oligonucleotide primers». PCR Methods and Applications 3: 85−94, 1993
- Carneiro M.S., Camargo L.E.A., Coelho A.S.G., Vencovsky R., Junior R.P.L., Stenzel N.M.C. and Vieira M.L.C. «RAPD-based genetic linkage maps of yellow passion fruit (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa Deg.)». Genome 45: 670−678, 2002
- Chakrabarti R. and Schutt C.E. «The enhancement of PCR amplification by low molecular weight amides». Nucleic Acids Res. 29(11): 2377−2381, 2001
- Chalmers K.J., Barua U.M., Hackett C.A., Thomas W.T.B., Waugh R., Powell W. «Identification of RAPD markers linked to genetic factors controlling the milling energy requirement of barley». Theor Appl Genet 87: 314−320, 1993
- Chou Q., Russell M., Birch D.E., Raymond J. & Bloch W. «Prevention of pre-PCR mis-priming and primer dimerization improves low-copy-number amplifications». Nucleic Acids Research 20(7): 1717−1723, 1992
- Chowdari К. V., Venkatachalam S. R., Davierwala A. P., Gupta V. S., Ranjekar P. K., Govila O. P. «Hybrid performance and genetic distance as revealed by the (GATA)4 microsatellite and RAPD markers in pearl millet». Theor Appl Genet 97: 163−169, 1998
- Dang, C. & Jayasena S.D. «Oligonucleotide inhibitors of Taq DNA polymerase facilitate detection of low copy number targets by PCR». J. Mol. Biol., 264: 268−278, 1996
- Dax E., Livneh O., Aliskevicius E., Edelbaum O., Kedar N., Gavish N., Milo J., Geffen A. Blumenthal A., Rabinowitch H.D., Sela I. «A SCAR marker linked to the ToMV resistance gene, Tm2, in tomato». Euphytica 101:73−77,1998
- Deng Z., Huang S., Xiao S.Y. and Gmitter F.G., Jr. «Development and characterization of SCAR markers linked to the citrus tristeza virus resistance gene from Poncirus trifoliata». Genome. 40. p.697−704, 1997
- Diwan N., Fluhr R., Eshed Y., Zamir D. & Tanksley S. D. «Mapping of Ve in tomato: a gene conferring resistance to the broad-spectrum pathogen, Verticillium dahliae race 1.» Theor. Appl. Genet. 98: 315−319, 1999
- Domoney C., Ellis T.H.N, and Davies D.R. «Organisation and mapping of legumin genes in Pisum». Mol. Gen.Genet. 202: 280−285, 1986
- Ellis Т.Н., Turner L., Hellens R.P., Lee D., Harker C.L., Enard C., Domoney C., Davies D.R. «Linkage maps in pea». Genetics 130(3): 649 663, 1992
- Ellis Т.Н., Hellens R.P., Turner L., Lee D., Domoney C. and Welhan T. «On the pea linkage map». Pisum Genetics 25: 5−12, 1993
- Felsenstein J. «Confidence limits on phylogenies: an approach using bootstrap». Evolution 39(4): 783−791, 1985
- Fodde R., Losekoot M. «Mutation analysis by Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE)». In: Pfeifer M (ed). Technologies for detection of DNA damage and mutations: 253−265,1996
- Folkeson D. «The use of BSG-staining in making a more detailed nomenclature possible for interchange systems in Pisum sativum L.». Hereditas 101: 119−122, 1984(a)
- Folkeson D. «Free segregation beetwen a (3S-7S) interchange and genes within linkage group VII in Pisum sativum L.» Hereditas 101: 127−133, 1984(b)
- Folkeson D. «Assignment of linkage segments to chromosomes 3 and 5 in Pisum sativum». Hereditas 112: 249−255, 1990(a)
- Folkeson D. «Assignment of linkage segments to the satellite chromosomes 4 and 7 in Pisum sativum». Hereditas 112: 257−263, 1990(b)
- Folkeson D. «A revised genetic map of Pisum sativum». Department of Genetics, University of Lund. Sweden, 1−33, 1990(c)
- Galande A.A., Tiwari R., Ammiraju J.S.S., Santra D.K., Lagu M.D., Rao V.S., Gupta V.S., Misra B.K., Nagarajan S., Ranjekar P.K. «Genetic analysis of kernel hardness in bread wheat using PCR-based markers». Theor. Appl. Genet. 103: 601−606, 2001
- Ganal M.W., Bonierbale M.W., Roeder M.S., Park W.D. and Tanksley S.D. «Genetic and physical mapping of the papatin in potato and tomato». Mol. Gen. Genet. 225: 501−509, 1991
- Ganal M.W., Broun P., Tanksley S.D. «Genetic mapping of tandemly repeated telomeric DNA sequences in Tomato (Lycopersicon esculentum)». Genomics 14: 444−448, 1992
- Gelfand D.H. and White T.J. «Termostable DNA polymerases». PCR Protocols. A Guide to Methods and Applications: 129−141, 1990
- Gibbs R.A., Nguyen P.-N. and Caskey C.T. «Detection of single DNA base differences by competitive oligonucleotide priming». Nucleic Acids Res 17(7): 2437−2448, 1989
- Giese H., Holm-Jensen A.G., Mathiassen H., Kjasr В., Rasmussen S.K., Bay H. and Jensen J. «Distribution of RAPD markers on a linkage map of barley». Hereditas 120: 267−273, 1994
- Gilpin B.J., McCallum J.A., Frew T.J. and Timmerman-Vaughan G.M. «A linkage map ot the pea (Pisum sativum L.) genome containing cloned sequences of known function and expressed sequence tags (ESTs)». Theor. Appl. Genet. 95: 1289−1299, 1997
- Gonzalez J.M. and Ferrer E. «Random amplified polymorphic DNA analysis in Hordeum species». Genome 38: 1029−1031, 1993
- Grompe M. «The rapid detection of unknown mutations in nucleic acids». Nat Genet 5(2): 111−7, 1993
- Guadagnuolo R., Savova-Bianchi D. and Felber F. «Specific genetic markers for wheat, spelt and four wild relatives: comparison of isozymes, RAPD and wheat microsatellites». Genome 44 (4): 610−621, 2001
- Hahn V., Blankenhorn K., Schwall M., Melchinger A. E. «Relationships among early European maize inbreds: III. Genetic diversity revealed with RAPD markers and comparison with RFLP and Pedigree data». Maydica 40: 299−310, 1995
- Hallden C., Hansen M., Nilsson N.-O., Hjerdin A., Sail T. «Competition as source of errors in RAPD analysis». Theor. Appl. Genet 93: 1185−1192, 1996
- Han T.-H., Jeu M.D., Van Eck H. and Jacobsen E. «Genetic diversity of Chilen and Brazilian Alstroemerica species assessed by AFLP analysis». Heredity 84(5): 564−569, 2000
- Hansen M., Hallden C. and Sail T. «Error rates and polymorphism frequencies for three RAPD protocols». Plant Molecular Biology Reporter 16: 139−146, 1998
- Hernandez P., Dorado G., Cabrera A., Laurie D.A., Snape J.W. and Martin A. «Rapid verification of wheat-Hordeum introgressions by direct staining of SCAR, STS, and SSR amplicons». Genome 45: 198−203, 2002
- Hicks M., Adams D., O’Keefe S., Macdonald E., and Hodgetts R. «The development of RAPD and microsatellite markers in lodgepole pine (Pinus contorta var. latifolia)». Genome 41: 797−805, 1998
- Horn R., Kusterer В., Lazarescu E., Priife M., Friedt W. «Molecular mapping of the Rfl gene restoring pollen fertility in PET 1-based Fi hybrids in sunflower {Helianthus annuus L.)». Theor Appl Genet 106: 599−606, 2003
- Horton R. M. Hoppe B.L. and Conti-Tronconi B.M. «AmpliGrease: „hot start“ PCR using petroleum jelly». BioTechniques, 16(1): 42−43, 1994
- Huang S.C., Tsai C.C. and Sheu C.S. «Genetic analysis of Chrysanthemum hybrids based on RAPD molecular markers». Bot. Bull. Acad. Sin. 41: 257 262,2000
- Irzikowska L., Wolko В., Swi^cicki W.K. «The genetic linkage map of pea (Pisum sativum L.) based on molecular, biochemical and morphological markers». Pisum Genetics 33: 13−18, 2001
- Ito M., Ichinose Y., Kato H., Shiraishi T. and Yamada T. «Molecular evolution and functional relevance of the chalcone synthase genes of pea». Mol. Gen. Genet. 255 (1): 28−37, 1997
- Jiang C. and Sink K.C. «RAPD and SCAR markers linked to the sex expression locus M in asparagus». Euphytica 94: 229−333, 1997
- Joshi C.P., Nguyen H.T. «RAPD (Random Amplified polymorphic DNA) analysis based intervarietal relationships among hexaploid wheat». Plant Science 93: 95−103, 1993.
- Kaboev O.K., Luchkina L.A., Tret’iakov A.N., and Bahrmand A.R. «PCR hot start using primers with the structure of molecular beacons (hairpin-like structure)». Nucleic Acids Res 28: E94, 2000
- Kainz P., Schmiedlechner A., Strack H.B. «Specificity-enhanced Hot-start PCR: addition of double-stranded DNA fragments atapted to the annealing temperature». Biotechniques 28: 278−282, 2000
- Kasai K., Morikawa Y., Sorri V.A., Valkonen J.P.T., Gebhardt C., Watanabe K.N. «Development of SCAR markers to the PVY resistance gene Ryadg based on a common feature of plant disease resistance genes». Genome 43: 1−8,2000
- Kesseli R.V., Paran I., Michelmore R.W. «Efficient mapping of specifically targeted genomic regions and the tagging of these regions with reliable
- PCR-based genetic markers». In: Proceeding of the Symposium: «Application of RAPD technology to plant breeding». Joint Plant Breeding Symposia Series. Minneapolis, Minnesota, US: 31−36, 1992
- Khlestkina E.K., Pestova E.G., Salina E., Roder M.S., Arbuzova V.S., Koval S.F. and Borner A. «Molecular mapping and tagging of wheat genes using RAPD, STS and SSR markers». Cellular & Molecular Biology Letters 7: 795−802, 2002
- Kim S.-H., Jeong J.-H., Kim S.-K., Paek K.-Y. «Parentage Identification of 'Daebong' Grape (Vitis spp.) Using RAPD Analysis». J. Plant Biotechnology: 4(2): 67−70, 2002
- Ко J.-M., Do G.-S., Suh D.-Y., Seo B.-B., Shin D.-C. and Moon H.-P. «Identification and chromosomal organization of two rye genome-specificRAPD products useful as introgression markers in wheat». Genome 45:157−164,2002
- Komatsuda Т., Nakamura I., Takaiwa F., and Oka S. «Development of STS markers closely linked to the vrsl locus of barley, Hordeum vulgare». Genome 41:680−685, 1998
- Kwok S., Kellog D. E., McKinney N., Spasic D., Coda L., Levenson C., Sninsky J. J. «Effects of primer-template mismatches on the polyme- rase chain reaction: human immunodeficiency virus type 1 model studies». Nucleic Acid Research 18: 999−1005, 1990
- Labrune P., Melle D., Rey F., Berthelon M., Caillaud C., Rey J., Munnich A. and Lyonnet S. «Single-strand conformation polymorphisms for detection of mutations and base substitutions in phenylketonuria» Am. J. Hum. Genet. 48: 1115−1120, 1991
- Lamm R. and Miravalle J.R. «A translocation tester set in Pisum sativum». Hereditas 4: 417−440, 1959
- Lamm R. «Giemsa C-banding and silver-staining for cytological studies in Pisum». Hereditas 94: 45−52, 19 811 lO. Lamprecht H. «The variation in linkage and the course of crossing over». Agric. Hortic. Genet. 6: 10−48, 1948
- Lanza L. L. В., de Souza C. L. Jr., Ottoboni L. M. M., Vieira M. L. C., de Souza A. P. «Genetic distance of inbred lines and prediction of maize single-cross performance using RAPD markers» Theor Appl Genet 94(8): 1023−1030,1997
- Laroche A., Demeke Т., Gaudet D.A., Puchalski В., Frick M. & McKenzie R. «Development of a PCR marker for rapid identification of the Bt-10 gene for common bunt resistance in wheat». Genome 43: 217−223, 2000
- Laucou V., Haurogne K., Ellis N., Rameau C. «Genetic mapping in pea. 1. RAPD-based genetic linkage map of Pisum Sativum». Theor. Appl. Genet. V.97. p.905−915, 1998
- Lander E.S., Green P., Abrahamson J., Barlow A., Daly M.J., Lincoln S.E. and Newburg L. «MAPMAKER: an interactive computer package for constructing primary genetic linkage maps of experimental and natural populations». Genomics v. l: 174−181, 1987
- Lin Y., & Jayasena S.D. «Inhibition of multiple thermostable DNA polymerases by a heterodimeric aptamer». J. Mol. Biol., 271: 100−111, 1997
- Lopez-Brana I., Romero M.D. and Delibes A. «Analysis of „Heterodera avenae“ populations by the random amplified polymorphic DNA technique». Genome 39: 118−122, 1996
- Lukowitz W., Gillmor C. S. and Scheible W. R. «Positional cloning in Arabidopsis. Why it feels good to have a genome initiative working for you». Plant Physiol. 123: 795−805, 2000
- Manzanares-Dauleux M.J., Barret P. and Thomas G. «Development of pathotipe specific SCAR marker in Plasmodiophora brassicae». Europen Journal of Plant Pathology 106: 781−787, 2000
- McClelland M., Arensdorf H., Cheng R., Welsh J. «Arbitrarily primed PCR fingerprints resolved on SSCP gels». Nucleic Acids Res 22: 1770−1771, 1994
- Messeguer R., Ganal M., de Vicente M.C., Young N.D., Bolkan H. and Tanksley S.D. «High resolution RFLP map around the root knot nematode resistance gene (Mi) in tomato» Theor Appl Genet 82: 529−536, 1991
- Miklas P.M., Larsen R.C., Riley R. and Kelly J.D. «Potential marker-assisted selection for bc-12 resistance to bean common mosaic potyvirus in common bean». Euphytica 116: 211−219, 2000
- Mohan M, Nair S., Bhagwat A., Krishna T. G., Yano M., Bhatia C. R. and Saski T. «Genome mapping, molecular markers and marker-assisted selection in crop plants». Molecular Breeding 3: 87−103, 1997
- Mongkolporn O., Pang E.C.K., Kadkol G.P. and Taylor P.W.J. «Evaluation of SCAR Markers for Shatter Resistance in Brassicas». 10th International Rapeseed Conference, Canberra, Australia, 1999
- Mueller U.G. and Wolfenbarger L. «AFLP genotyping and fingerprinting». Trends in Ecology and Evolution 14: 389−394, 1999
- M6ller E.M., Bahnweg G., Sandermann H. and Geiger H.H. «A simple and efficient protocol for isolation of high molecular weight DNA from filamentous fungi, fruit bodies, and infected plant tissues». Nucl. Acids Res. 20:6115−6116, 1992
- Multani P. S. and Lyon B.R. «Genetic fingerprinting of Australian cotton cultivars with RAPD markers». Genome 38: 1005−1008, 1995
- Nazarenko I.A., Bhatnagar S.K., Hohman R.J. «A closed tube format for amplification and detection of DNA based on energy transfer». Nucleic Acids Res 25: 2516−2521, 1997
- Nei M. and Li W.-H. «Mathematical model for studying genetic variation in terms of restriction endonucleases». Proceedings of the National Academy of Sciences, USA 76: 5269−5273, 1979
- Newbury H.J. and Fofd-Lloyd B.V. «The use of RAPD for assessing variation in plants». Plant Growth Regulation 12: 43−51, 1993
- Neumann P., Nouzova M. and Macas J. «Molecular and cytogenetic analysis of repetitive DNA in pea (pisum sativum L.)». Genome 44 (4), 716 728, 2001
- Newton C.R., Graham A., Heptinstall L.E., Powell S.J., Summers C., Kalsheker N., Smith J.C., Markham A.F. «Analysis of any point mutation in DNA. The amplification refractory mutation system (ARMS)». Nucleic Acids Res 17(7): 2503−2516,1989
- Nilson N.-O., На1Ыёп С., Hansen M., Hjerdin A. and Sail T. «Comparing the distribution of RAPD and RFLP markers in a high density linkage map of sugar beet». Genome 40:644−651, 1997
- Nkongolo K.K., Michael P., and Gratton W.S. «Identification and characterization of RAPD markers inferring genetic relationships among Pine species» Genome 45: 51−58, 2002
- Noli E., Salvi S. and Tuberosa R. «Comparative analysis of genetic relationships in barley based on RFLP and RAPD markers». Genome 40: 607−616, 1997
- Nouzova M., Neumann P., Navratilova A., Galbraith D.W., Macas J. «Microarray-based survey of repetitive genomic sequences in Vicia spp.». Plant Mol Biol 45(2): 229−44, 2001
- Okayama H., Curiel D.T., Brantly M.L., Holmes M.D. and Crystal R.G. «Rapid, nonradioactive detection of mutations in human genome by allele-specific amplification» J Lab Clin Med 114(2): 105−113, 1989
- Olson M., Hood L., Cantor C., Botstein D. «A common language for physical mapping of the human genome». Science 245: 1434−1435, 1989
- Paniego N., Echaide M., Munoz M., Fernandez L., Torales S., Faccio P., Fuxan I., Carrera M., Zandomeni R., Suarez E.Y., Hopp H.E. «Microsatellite isolation and characterization in sunflower (Helianthus annuus L.)». Genome 45(1): 34−43, 2002
- Paran I., Kesseli R. V. and Michelmore R. W. «Identification of RFLP and RAPD markers to downy mildew resistance genes in lettuce with near isogenic lines». Genome 35: 1021 1027, 1991.
- Paran J., Michelmore R.W. «Development of reliable PCR-based markers linked to downy mildew resistance genes in lettuce». Theor Appl Genet 85: 985−993, 1993
- Pearce S.R., Knox M.R., Ellis T.H.N., Flavell A J., Kumar A. «Pea Tyl-copia group retrotransposon: transpositional activity and use as markers to study genetic diversity in Pisum.'''' Molecular & General Genetics, 263: 898 907, 2000
- Perry M.D., Davey M.R., Power J.B., Lowe K.C., Bligh H.F.J., Roach P. S.and Jones C. «DNA Isolation and AFLP™ Genetic Fingerprinting of Theobroma cacao (L.) «. Plant Molecular Biology Reporter 16: 49−59, 1998
- Qui J., van Senten E. and Tuzun S. «Optimization of DNA amplification fingerprinting to study genetic relationships of white lupin germplasm». Plant Breeding 114: 525−529, 1995
- Rafalki, J.A., and Tingey, S.V. «Genetic diagnostics in plant breeding- RAPDs, microsatelites, and machines». TIG 9(8), 275−280, 1993
- Rameau C., Denoue D., Fraval F., Haurogne K., Josserand J., Laucou V., Batge S., Murfet I.C. «Genetic mapping in pea. 2. Identification of RAPD and SCAR markers linked to genes affecting plant architecture». Theor Appl Genet v.97: 916−928, 1998
- Roder M.S., Plaschke J., Konig S.U., Borner A., Sorrells M.E., Tanksley S.D. and Ganal M.W. «Abundance, variability and chromosomal location microsatellites in wheat». Mol. Gen. Genet. 246: 327−333, 1995
- Ronald P. S., Penner G.A., Brown P.A. and Brule-Babe A. «Identification of RAPD markers for percent hull in oat». Genome 40: 873−878, 1997
- Rus-Kortekaas V., Smulder M.J.M., Arens P. and Vosman V. «Direct comparision of levels of genetic variation in tomato detected by a GACA-containing microsatellite probe and by random amplified polymorphic DNA». Genome 37: 375−381, 1994
- Rychlik W. & Rhoads R.E. «A computer program for choosing optimal oligonucleotides for filter hybridization, sequencing and in vitro amplification of DNA». Nucleic Acids Res 17: 8543−8551, 1989
- Saiki R. «Amplification of genomic DNA». In M. A. Innis, D. H. Gelfand, J. J. Sninsky and T. J. White (eds) PCR protocols. Academic Press, Inc. San Diego: 13−20., 1990
- Saliba-Colombani V., Causse M., Gervais L., and Philouze J. «Efficiency of RFLP, RAPD and AFLP markers for the construction of an intraspecific map of the tomato genome». Genome 43: 29−40, 2000
- Shan X., Blake Т. K. and Talbert L. E. «Conversion of AFLP markers to sequence-specific PCR markers in barley and wheat». Theor. Appl. Genet. 98: 1072−1078, 1999
- Sanchez de la Hoz M.P., Davila J.P., Loarce Y. and Ferrer E. «Simple sequence repeat primers used in polymerase chain reaction amplifications to study genetic diversity in barley». Genome 39: 112−117, 1996
- Sanchez-Escribano E.M., Martin J.P., Carreno J., Cenis J.L. «Use of sequence-tagged microsatellite site markers for characterizing table grape cultivars». Genome 42: 87−93,1999
- Sharkey D.J., Scalice E.R., Christy K, G. Jr., Atwood S.M. and Daiss J.L. «Antibodies as thermolabile switches: high temperature triggering for polymerase chain reaction» BioTechnology 12: 506−509, 1994
- Sharma R., Aggarwal R.A.K., Kumar R., Mohapatra T. and Sharma R.P. «Construction of RAPD linkage map and localization of QTLs for oleic acid level using recombinant inbreds in mustard». Genome 45(3): 467−472, 2002
- Simon C.J. and Muehlbauer F.J. «Construction of a chickpea linkage map and its comparison with maps of pea and lentil». The Journal of Heredity: 88(2), 115−119, 1997
- Simioniuc D., Uptmoor R., Friedt W. and Ordon F. «Genetic diversity and relationships among pea cultivars revealed by RAPDs and AFLPs». Plant Breeding 121: 429−435, 2002
- Simsek M., Adnan H. «Effect of single mismatches at З'-end of primers on polymerase chain reaction». Medical Sciences 2: 11−14, 2000
- Singh V.K. and Kumar A. «PCR Primer Design». Mol. Biol. Today 2(2): 2732,2001
- Sokal R.R. and Michener C.D. «A statistical method for evaluating systematic relationships». University of Kansas Science Bulletin, 38: 14 091 438, 1958
- Sommer S.S., Cassady J.D., Sobell J.L., Bottema C.D. «A novel method for detecting point mutations or polymorphisms and its application to population screening for carriers of phenylketonuria». Mayo Clin Proc 64(11): 1361−72, 1989
- Southern E.M. «Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis». J. Mol. Biol. 98(3): 503−517, 1975
- Svitashev S., Bryngelsson Т., Li X. and Wang R.R.-C. «Genome specific repetitive DNA and RAPD markers for genome identification in Elymus and Hordelymus». Genome 41: 120−128, 1998
- Swi?cicki W.K., Wolko B. and Weeden N.F. «Mendel's genetics, the Pisum genome and pea breeding». Vortr. Planzenzuchtg. 48: 65−76,2000
- Tanksley S.D., Ganal M.W., Martin G.B. «Chromosome landing: a paradigm for map-based gene cloning in plants with large genomes». Trends Biotechnol. 11(2): 63−68, 1995
- Tanksley S.D. «Mapping polygenes». Annual reviw of genetics 27, 205−233, 1993
- Timmerman G.M., Frew T.J., Miller A.L., Weeden N.F. and Jermyn W.A. «Linkage mapping of sbm-1, a gene conferring resistance to pea seedbornemosaic virus, using molecular markers in Pisum sativum». Theor. Appl. Genet. 85: 609−615, 1993
- Tingey S.V., Rafalsky J.A. and Williams J.G.K. «Genetic analysis with RAPD markers». In: Proceeding of the Symposium: «Application of RAPD technology to plant breeding». Joint Plant Breeding Symposia Series. Minneapolis, Minnesota, US.: 3−6, 1992
- Tiwari K.R., Penner G.A., and Warkentin T.D. «Inheritence of powdery mildew resistance in pea». Can. J. Plant Sci. 77: 307−310, 1997
- Urasaki N., Tokumoto M., Tarora K., Ban Y., Kayano Т., Tanaka H., Oku H., Chinen I., Terauchi R. «A male and hermaphrodite specific RAPD marker for papaya {Carica papaya L.)' Theor Appl Genet 104 (2−3): 281 285, 2002
- Van de Peer Y. «TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment». Computer Applications in the Biosciences 10(5): 569−570, 1994
- Van de Wiel C., Arens P. and Vosman B. «Microsatellite retrieval in lettuce (Lactuca sativa L)». Genome 42:139−149,1999
- Van der Knaap E., Lippman Z.B. and Tanksley S.D. «Extremely elongated tomato fruit controlled by four quantitative trait loci with epistatic interactions». Theor and Appl Genet 104: 241−247, 2002
- Vasquez M.P., Schijman A.G., Ben-Dov C., Lorenzi H., Levin M.J. «Detection of polymorphism in the Trypanosoma cruzi TcP2b gene family by single strand conformational analysis (SSCA)». Gene 180: 43−48, 1996
- Vicient C.M., Suoniemi A., Anamthawat-Jonsson K., Tanskanean J., Beharav A., Nevo E. and Schulman A.H. «Retrotransposon BARE-1 and its role in genome evolution in the genus Hordeum». Plant Cell 11: 1769−1784, 1999
- Von Stackelberg M., Lindemann S., Menke M., Jacobsen H.-J. «Identification of AFLP and STS markers closely linked to the def locus in pea». Theor Appl Genet 106: 1293−1299, 2003
- Vos P., Hogers R., Bleeker M., Rejans M., van de Lee Т., Homes M., Fritjers A., Pot J., Peleman J., Kuiper M., and Zabeau M. «AFLP: a new technique for DNA fingerprinting». Nucl. Acids Res. 23: 4407−4414, 1995
- Wainwright L. A. and Seifert H. S. «Paraffin beads can replace mineral oil as an evaporation barrier in PCR». BioTechniques 14: 34−36, 1993
- Waugh R. and Powell W. «Using RAPD markers for crop improvement». Trends Biotechnol. 10: 186−191, 1992
- Weber J., Diez J., Selosse M.A., Tagu D. Le Tacon F. «SCAR markers to detect mycorrhizas of an American Laccaria bicolor strain inoculated in European Douglas-fir plantations». MYCORRHIZA. 12(1): 19−27,2002
- Weeden N.F., Swiecicki W.K., Ambrose A. and Timmerman G.M. «Linkage groups of pea». Pisum Genetics 25: 4 and cover, 1993(a)
- Weeden N.F., Timmerman G.M., Hemmat M., Kneen B.E., and Lodhi M.A. «Inheritance and reliability of RAPD markers». Applications of RAPD Technology to Plant Breeding: 12−17, 1993(b)
- Weeden N.F., Swiecicki W.K., Timmerman-Vaughan G.M., Ellis T.H.N., Ambrose M. «The current pea linkage map». Pisum Genetics 28: 1−4, 1996
- Weeden N.F., Ellis T.H.N., Timmerman-Vaughan G.M., Swiecicki W.K., Rozov S.M. and Berdnikov V.A. «A consensus linkage map for Pisum sativum». Pisum Genetics 30: 1−4, 1998
- Weir B.J., St-Pierre R.G. and Chibbar R.N. «Isolation of DNA for RAPD analysis from leaves of the saskatoon (Amelanchier alnifolia Nutt.) and other horticultural crops». Canadian Journal of Plant Science 76: 819−824, 1996
- Welsh J., McClelland M. «Fingerprinting genomes using PCR with arbitrary primers». Nucleic Acids Res 18(24): 7213−7218, 1990
- Weng C., Kubisiak T.L., Stine M. «SCAR markers in a longleaf pine x slash pine Fj family». Forest Genetics 5(4): 239−247, 1998
- Westfall В., Sitaraman K., Solus J., Hughes J., and Rashtchian A. «Improved PCR specificity and yield with platinum™ Taq DNA Polymerase». FOCUS 19(3): 46−48,1997
- Williams J.G.K., Kubelik A.R., Livak K.J., Rafalski J.A. and Tingey S.V. «DNA polymorphisms amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers». Nucleic Acids Research 18(22): 6531−6535, 1990
- Williams K. J., Fisher J.M. and Langridge P. «Identification of RFLP markers linked to the cereal cyst nematode resistance gene (Cre) in wheat». Theor Appl Genet 89: 927−930, 1994
- Wu D.Y., Ugozzoli L., Pal B.K. and Wallace R.B. «Allele-specific enzymatic amplification of p-globin genomic DNA for diagnosis of sickle cell anemia». Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 2757−2760, 1989
- Wu J.-Y., Wu H.-K. and Chung M.-C. «Co-dominant RAPD markers closely linked with two morphological genes in rice (Oryza sativa Z,)». Bot Bull Acad Sin 43: 171−180, 2002
- Yu Z.H., McCouch S.R., Kinoshita Т., Sato S. and Tanksley S.D. «Association of morphological and RFLP markers in rice (Oryza sativa L.)». Genome 38: 566−574, 1995
- Yu K., Park S.J. and Poysa V. «Abudance and variation of microsatellite DNA sequences in beans (Phaseolus and Vigna)». Genome 42: 27−34, 1999
- Zhou L., Wang Y. and Gui J.F. «Molecular analysis of silver crucian carp (Carassius auratus gibelio Bloch) clones by SCAR markers». Aquaculture 201:219−228, 2001