Деградация пиридина и его производных представителями родов Arthrobacter и Rhodococcus
Диссертация
В настоящее время практически все природные среды подвергаются антропогенным воздействиям. Интенсивное развитие химической промышленности привело к тому, что в биосферу постоянно и в возрастающих количествах поступают вещества-загрязнители. Одним из загрязнителей, требующего приоритетного внимания, являются органические гетероциклические соединения, масштабы производства которых, составляют… Читать ещё >
Содержание
- 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
- 1. 1. Микробиологическая деградация гетероциклических соединений производных пиридина
- 1. 1. 1. Деградация пиридина
- 1. 1. 2. Деградация алкилпиридинов
- 1. 1. 3. Деградация гидроксипиридинов
- 1. 1. 4. Деструкция пиридинкарбоновых кислот
- 1. 1. 4. 1. Деградация пиколиновой (лиридин-2-карбоновой) кислоты
- 1. 1. Микробиологическая деградация гетероциклических соединений производных пиридина
- 1. 1. 4. 3. Деструкция изоникотиновой (пиридин-4-карбоновой) кислоты
- 1. 1. 4. 4. Деградация 2,6-дипиколиновой (пиридин-2,6-дикарбоновой) кислоты
- 1. 2. Анализ микроорганизмов методом
- 1. 2. 1. Метод
- 1. 2. 2. МАЛДИ МС анализ микроорганизмов
- 1. 2. 2. 1. Практическое применение микробного профилирования методом МАЛДИ
- 1. 2. 2. 2. Факторы, влияющие на качество и воспроизводимость спектров микроорганизмов, полученных методом МАЛДИ
- 1. 3. Современное состояние и иммобилизация клеток микроорганизмов для целей биотехнологических производств и биодеградации ксенобиотиков
- 1. 3. 1. Общие характеристики процессов иммобилизации
- 1. 3. 2. Связывание клеток микроорганизмов на поверхности нерастворимого носителя
- 1. 3. 3. Включение клеток микроорганизмов в структуру полимерного носителя
- 1. 3. 4. Иммобилизация клеток микроорганизмов с использованием мембранной технологии
- 1. 3. 5. Физиология иммобилизированных микроорганизмов
- 2. 1. Объекты исследования
- 2. 1. 1. Соединения ряда пиридина — субстраты и продукты деградации
- 2. 1. 2. Микроорганизмы — деструкторы незамещенного пиридина, метил- и диметилпиридинов
- 2. 2. Идентификация выделенных микроорганизмов-деструкторов
- 2. 2. 1. Изучение культуральных и физиолого-биохимических особенностей
- 2. 2. 2. Хранение штаммов бактерий АНкгоЬа&ег эр. КМ-4, Ккойососсш лугаИЕ1а1епз15 КМ-Р и Ккойососст егуМгороШ 2.40МР
- 2. 2. 3. Сохранение утилизирующей пиридины активности штамма бактерий АгШгоЬас1ег Бр. КМ-4 после хранения
- 2. 2. 4. Количественное определение потребления пиридина и его производных
- 2. 2. 5. Определение скорости утилизации пиридина
- 2. 2. 6. Анализ методом матрично-активированиой лазерной десорбции/ ионизации (МАЛДИ)
- 2. 2. 7. Получение бесклеточных экстрактов клеток бактерий Аг/кгоЬааег Бр. КМ
- 2. 2. 8. Выделение и идентификация индивидуальных продуктов деградации пиридинов
- 2. 2. 9. Выделение и идентификация продуктов деградации 2-метилпиридина
- 2. 2. 10. Получение суспензионных клеток АНкгоЬаШг Бр. КМ-Р
- 2. 2. 11. Иммобилизация клетокАпЪгоЬа^ег Бр. КМ-Р в альгинате кальция
- 2. 2. 12. Определение потребления пиридина суспензионными и иммобилизованными клетками АНкгоЬаЫег Бр. КМ-Р
- 2. 2. 13. Сканирующая электронная микроскопия
- 3. 1. Выделение, идентификация и характеристики штаммов бактерий, утилизирующих пиридин и его производные
- 3. 1. 1. Выделение и характеристика штамма, утилизирующего незамещенный пиридин
- 3. 1. 2. Выделение и характеристика штамма утилизирующего 2,4-диметилпиридин
- 3. 1. 3. Секвенирование последовательности гена 16S рРНК штаммов-деструкторов пиридина и 2,4-диметилпиридина
- 3. 1. 4. Выделение и идентификация штамма, утилизирующего метилпиридины и диметилпиридин
- 3. 1. 5. Характеристика деградативной активности штамма Arthrobacter sp. КМ-4, утилизирующего метил- и диметилпиридины
- 3. 2. Хранение штаммов бактерий, утилизирующих пиридин и его производные
- 3. 2. 1. Лиофшшзация клеток штамма Arthrobacter sp. КМ
- 3. 2. 2. «Тест на ускоренное хранение» лиофшшзированных клеток бактерий Arthrobacter sp. КМ
- 3. 2. 3. Криоконсервация клеток штамма Arthrobacter sp. КМ
- 3. 3. Утилизирующая активность штаммов-деструкторов ииридииов после длительного хранения
- 3. 3. 1. Утилизация 2,6-диметилпиридина штаммом бактерий Arthrobacter sp. KM-2.6DMP
- 3. 3. 2. Утилизация 2-метилпиридина штаммом бактерий Arthrobacter sp. КМ-2МР
- 3. 3. 3. Утилизация 4-метилпиридина штаммом бактерий Arthrobacter sp. КМ-4МР
- 3. 3. 4. Утилизация незамещенного пиридина штаммом бактерий Arthrobacter sp. КМ-Р
- 3. 3. 5. Утилизация незамещенного пиридина штаммом бактерий Rhodococcus wratislaviensis КМ-Р
- 3. 3. 6. Утилизация 2,4-диметилпиридина штаммом бактерий Rhodococcus erythropolis KM-2.4DMP
- 3. 3. 7. Сравнительный анализ деструкции пиридина штаммами Arthrobacter sp. КМ-Р и Rhodococcus wratislaviensis КМ-Р
- 3. 4. Масс-спектрометрический анализ клеток бактерий
- 3. 4. 1. Сравнительный анализ биодеградирующих штаммов Arthrobacter sp. КМ-Р и R. wratislaviensis КМ-Р методом МАЛДИ
- 3. 4. 2. Влияние условий культивирования на МАЛДИ-профиль бактерий
- 3. 5. Изучение пиридин и 2,6-диметилпиридин окисляющих активностей бесклеточных экстрактов артробактеров
- 3. 6. Исследование путей деградации пиридина и его производных
- 3. 6. 1. Анализ и идентификация продуктов деградации 2,6-димегилпиридина штаммом Arthrobacter sp. KM-2.6DMP
- 3. 6. 2. Анализ и идентификация продуктов деградации 2-метилпиридина штаммом бактерий Arthrobacter sp. КМ-2МР
- 3. 6. 3. Анализ и идентификация продуктов деградации 4-метилпиридина штаммом бактерий Arthrobacter sp. КМ-4МР
- 3. 6. 5. Превращение 2-гидрокси- и 3-гидроксипиридинов штаммом Arthrobacter sp. КМ-Р
- 3. 6. 6. Анализ и идентификация продуктов деградации пиридина штаммом Rhodococcus wratislaviensis КМ-Р
- 3. 6. 7. Анализ и идентификация продуктов деградации 2,4-диметилпиридина штаммом Rhodococcus erythropolis 2.4DMP
- 3. 7. Деградация пиридина культурой, суспензионными и иммобилизованными клетками Arthrobacter sp. КМ-Р
Список литературы
- Абелян В.А. Иммобилизация клеток включением в аубазидан // Прикл. биохим. микробиол. 2000. Т.36. С.85−88.
- Алиева P.M. Микробиологические аспекты очистки сточных вод. Дис. докт. биол. н. // МГУ им. М. В. Ломоносова. 1987.
- Аркадьева З.А. Факторы, влияющие на жизнеспособность и свойства микроорганизмов при различных методах хранения. Научн. докл. высшей школы. Биол. науки. 1983. № 4. С. 93−105.
- Арчаков А.И., Карузина И. И. Окисление чужеродных соединений. //Вестник АМН СССР. 1988. № 1. С. 14−23.
- Бекер М.Е., Дамберг Б. Е., Рапопорт А. И. Анабиоз микроорганизмов. Рига. Знание. 1981.
- Белоус A.M., Цветков Ц. Д. Научные основы технологии сублимационного консервирования. 1985. 208с
- Белоус A.M., Шраго М. И., Пушкарь Н. С. Криоконсерванты. Киев. Наукова думка. 1979.
- Бидей С.П., Броделиус П., Кабрал И. М. и др. Иммобилизованные клетки и ферменты. Методы. /Под ред. Дж. Вудворда. М.: Мир., 1988. 215с.
- Бирюков В.В. Основы промышленной биотехнологии. М.:Колос. 2004. 296с.
- Брюханов А.Л., Нетрусов Л. И. Длительное хранение строго анаэробных микроорганизмов в глицерине. // Прикл. биохимия и микробиология. 2006. Т. 42. № 2. С.200−203.
- Булыгина Е.С., Кузнецов Б. Б., Марусина А. И., Турова Т. П., Кравченко И. К., Быкова А., Колганова Т. В., Гальченко В. Ф. Изучениенуклеотидных последовательностей генов niffl некоторых метанотрофных бактерий. //Микробиология. 2002. Т.71. № 4. С.500−509.
- Варфоломеев С.Д., Калюжный С. В. Биотехнология. Кинетические основы биологических процессов. М.: Высшая школа. 1990. 296с.
- Волков В.Я. К вопросу о физиологических и физико-химических механизмах устойчивости микроорганизмов к замораживанию и высушиванию. Микробиология. 1994. Т.63. С.5−16.
- Скрябин Г. К., Кощеенко К. А. Иммобилизованные клетки микроорганизмов///Биотехнология. М.: Наука, 1984.
- Вредные вещества в промышленности. Справочник для химиков, инженеров и врачей. Изд. 7-ое. В 3-х томах. Т. 1. Органические вещества. Под редакцией Н. В. Лазарева, Э. Н. Левиной. Л.: Химия, 1976.
- Вульфсон Н.С. Препаративная органическая химия. М. ГХИ, 1959. 459с.
- Герна Н. Хранение микроорганизмов. // Методы общей бактериологии. М.Мир. 1983. Т.1. С.512−533.
- ГН 2.2.5.2308−07 Ориентировочные безопасные уровни воздействия (ОБУВ) вредных веществ в воздухе рабочей зоны, утв. 19.12.2007 г. № 89.
- Государственный доклад о состоянии окружающей среды РФ в 2006 г. М.: Министерство природных ресурсов, 2007.
- Грандберг И. И. Органическая химия. М.: Мир. 1973. 310с.
- Граник В.К. Токсикология лекарств. М. Вузовская книга. 2009.438с.
- Грушко Я.М. Вредные вещества в промышленных сточных водах. Л: Химия. 1982.216с.
- Грушко Я.М. Вредные органические соединения в промышленных выбросах в атмосферу. Справочник, Л.: Химия, 1986
- Давиденко Т.Н. Угольные материалы носители для иммобилизации ферментов и клеток микроорганизмов. Одесса: Изд-во ФХИ НАН Украины, 1995. 36с.
- Давиденко Т.Н., Бондаренко Г. И. Восстановление нитрозамещенных соединений нативными и иммобилизованными клетками Escherichia coli. //Прикл. биохим. микробиол. 2000. Т.36. С.74−79.
- Демаков В.А., Максимова Ю. Г., Максимов А. Ю. Иммобилизация микроорганизмов: биотехнологические аспекты. // Биотехнология. 2008. № 2. с.30−45.
- Джилкрист Дж., Миллс К. Химия гетероциклических соединений. М.: Мир. 2004. 727с.
- Дополнение № 2 к Перечню предельно-допустимых концентраций (ПДК) и (ОБУВ) вредных веществ для воды водных объектов, имеющих рыбохозяйственное значение от 23.04.01 N 02−46/561, 2001.
- Доронина Н.В., Назаров Н. М., Ежов В. А., Троценко Ю. А. Биодеградация метилацетата и этилацетата иммобилизованными клетками Pseudomonas esterophilus. II Прикладная биохимия и микробиология. 2006. V.42. Р. 5254.
- Ефременко E.H., Татаринова Н. Ю. Влияние длительного хранения клеток микроорганизмов, иммобилизованных в криогель поливинилового спирта, на их выживаемость и биосинтез целевых метаболитов. //Микробиология. 2007. Т.76. № 3. С.383−389.
- Ефремов A.A. Эколого-химическая безопасность питьевой воды промышленных городов России: состояние и перспективы. // Химия растительного сырья. 1998. № 3. С. 75−81.
- Зарипова С.К. Метаболизм арилкарбоновых кислот у Rhodococcus rubropertinctus'. Дисс. канд. биол. наук. Казанский университет, 1989. 120с.
- Золотов Ю.А. Основы аналитической химии. М.: Высшая школа, 2002. 412с.
- Китова А.Е., Кувичкина Т. Н., АринбасароваА.Ю., Решетипов А. Н. Деградация 2,4-дииитрофенола свободными и иммобилизованными клетками Rhodococcus erythropolis HL РМ-1. // Прикл. биохим. микробиол. 2004. Т.40. № 3. С.307−311.
- Коломыцева М.П., Соляникова И. П., Головлев Е. Л., Головлева Л. А. Гетерогенность Rhodococcus opacus 1СР как ответ на стрессовое воздействие хлорфенолов. // Прикл. биохим. микробиол. 2005. Т.41. № 5. С.541−546.
- Коростелева Л.А., Кост А. Н., Воробьева Л. И., Модянова Л. В., Терентьев П. Б., Куликов Н. С. Микробиологическая деградация пиридина и 3-метилпиридина. //Микробиология, 19 816. Т.17. С.380−388.
- Коростелева Л.И. Микробиологическая трансформация и деградация пиридиновых оснований. Дис. канд. биол. наук. МГУ им. М. В. Ломоносова. 1981а. С. 129−136.
- Кост А.Н., Терентьев П. Б., Куплетская М. Б., Модянова Л. В., Демина A.C., Ховрычев М. П., Шушеначева Е. В., Микробиологическая трансформация 2-метил-5-этилпиридина. Доклады АН СССР. 1974. Т.214. № 4. 937с.
- Лохова С.С. Новая медико-биологическая модель функционирования замкнутого цикла оксида азота. // Современные проблемы науки и образования. 2008. № 4 С. 22−29.
- Макаренко A.A., Аринбасарова А. Ю., Кувичкина Т. Н., Балашов C.B., Решетилов А. Н. Деградация n-толуолсульфоната иммобилизованными клетками Comamonas testosteroni BS1310 (pBSlOlO). // Прикл. биохим. микробиол. 2005. Т.41. № 5. С.521−524.
- Марек П., Кирстен Д., Кафлэн М. П. Иммобилизация клеток и ферментов включением их в гель. // В кн. Иммобилизованные клетки и ферменты. Методы. Под ред. Дж. Вудворда. М. Мир. 1988. С.53−64.
- Милько Е.С., Котова И. Б., Нетрусов А. И. Процесс диссоциации у бактерий. Учебное пособие. М.:МАКС Пресс, 2007. 68с.
- Нестеренко O.A., Квасников Е. И., Ногина Т. М. Накардиоподобные и кориноподобные бактерии. Киев: Наукова думка. 1985. 334с.
- Нетрусов А.И., Котова И. Б. Микробиология. М: Академия, 2007. 352с.
- Одум Ю. Экология, Т.1. М.: Мир, 1986, 328с.
- Олонцев В.Ф., Безруков P.A. Российские активные угли. М.:Изд-во ГУ ВШЭ, 1999. 90с.
- Перечень рыбохозяйственных нормативов: предельно допустимых концентраций (ПДК) и ОБУВ вредных веществ для воды водных объектов, имеющих рыбохозяйственное значение, М.:ВНИРО, 1999.
- Пожарский А.Ф. Теоретические основы химии гетероциклов. М.: Химия, 1986.
- Практикум по микробиологии: (под ред. Нетрусова А.И.) Академия. 608с
- Пучков Е.О., Говорунов И. Г. Проблемы криоконсервации бактериальных структур. Серия «Консервация генетических ресурсов», Пущино. ОНТИ НЦБИ АН СССР, 1983
- Кузнецов А.Е., Градова Н. Б. Научные основы экобиотехнологии. М.: Мир. 2006. С. 183−416.
- Кузнецов А.Е., Градова Н. Б. Прикладная экобиотехнология. М.: Бином, Лаборатория заний. 1 том. 2010, 629с.
- Кузнецов В.Д., Филиппова С. Н., Муравьева С. А., Фишман В. М. Прогнозирование выживаемости лиофилизированных спор Actinomyces parvullum, основанной на методе «ускоренного хранения» //Микробиология. Т. 46. Вып.2. С. 318−323.
- Кузнецова Э.Э., Горохова В. Г., Горохов А. Г., Сергеева А. С., Курильская Т. Е., Пивоваров Ю. Н., Рунович А. А. Микросомальное окисление в физиологических и патологических процессах. // Бюллетень ВСНЦ СО РАМН. 2007. № 4 Вып.56 С. 170−180.
- Кузьмина Н.А. Основы биотехнологии: учебное пособие для студентов биологических факультетов http: // www.biotechnolog.ru/. 2010.
- Кулинский В.И. Обезвреживание ксенобиотиков. Соросовский образовательный журнал. 1999. № 1. С. 8−12.
- Куплетская М.Б. Результаты 25 летнего хранения лиофилизированных культур микроорганизмов. //Микробиология. 1987. Т.56. С.488−491.
- Курдиш И.К., Титова Л. В. Применение и получение высокодисперсных материалов в технологии культивирования гранулированных препаратов Agrobacterium radiobacter I. // Прикл. биохим. микробиол. 2001. Т.37. М 3. С.369−373.
- Куценко С.А. Основы токсикологии. С.-П.: Фолиант. 2004. 720с.
- Лебедев А.Т. Масс-спектрометрия в органической химии. М.:Бином. Лаборатория знаний. 2003. 493с.
- Лохов А.Р. «Использование комплексных соединений цинка с пиридином и никотиновой кислотой и витамина С для устоксикации нитратов в организме цыплят-бройлеров». Дисс. канд. биол. наук. Владикавказ. 2002
- Пушкарь Н.С., Белоус A.M., Цветков Ц. Д. Теория и практика криогенного и сублимационного криоконсервирования. Киев: Наукова думка. 1984.264с.
- Ревич Б.А., Фвалиани СЛ., Тихонова Г. И. Окружающая среда и здоровье населения: региональная экологическая политика. М.: ЦЭПР, 2003.
- Руководство к практическим занятиям по микробиологии. // Под ред. Н. С. Егорова 2-е изд. М. Изд-во МГУ. 1983. 215с.
- Саприн А.Н. // Успехи биол. химии. 1991. Т.32. С.146−175.
- Сапунова Л.И., Лобанок А. Г., Парахня Е. В., Казакевич И. О. Свойства Arihrobacter sp. препарата иммобилизованных клеток продуцента ксилозо (глюкозо)изомеразы. //Микробиология. 2003. Т. 72. С.395−399.
- Сидякина Т.М. Консервация микроорганизмов в коллекциях культур. //Сб. научн. трудов «Консервация генетических ресурсов. Методы. Проблемы. Перспективы». АН СССР, Пущинский научн. центр. Институт биологической физики. Пущино, 1991, с.81−159
- Сидякина Т.М. Консервация микроорганизмов. Пущино, 1985. 62с.
- Синицын А.Л., Райнина Е. И., Лозинский В. И., Спасов С. Д. Иммобилизованные клетки микроорганизмов. М.:Изд-во МГУ. 1994. 288с.
- Слабова О.И., Никитин Д. И. Иммобилизация олиготрофных бактерий на пористых носителях методом сорбции. // Микробиология. 2005. Y.74. Р.430−432.
- Солянникова И.П. Организация биодеградативных путей у родококков. Дисс. докт. биол. наук. Пущино, 2007.
- Суворова М.В., Соляникова И. П., Головлева Л. А. Особенности орто-расщепления пирокатехина при разложении пара-толуата бактерией Rhodococcus opacus lcp. //Биохимия. 2006. Т.71. Вып. 12. С. 1616−1624.
- Федоров А.Ю., Волченко Е. В., Сингирцев И. Н. Хранение штаммов промышленных микроорганизмов, включенных в полимерные матрицы. //Прикл. биохим. микробиол. 2000. Т. 36. С.59−67
- Филиппова С.Н., Сургучева H.A., Кузнецов В. Д., Эль-Регистан Г.И., Гальченко В. Ф. Оптимизация защитных сред для хранения актиномицетов в жидком азоте. // Микробиология. 2007. Т.76. № 4. С.573−576.
- Халгаш Я. Биокатализаторы в органическом синтезе. М.:Мир. 1991. 204с.
- Хоменков В.Г., Шевелев А. Б., Жуков В. Г. и др. Молекулярно-генетическая характеристика метаболических путей утилизации ароматических углеводородов консорциумами микроорганизмов. //Прикл. биохим. и микробиол. 2005. Т.41.ЖЗ.С. 298−302.
- Хубларян М.Г., Моисеенко Т. И. Качество воды. // ВЕСТНИК РАН, 2009, Т.79. № 5. С.403−410.
- Чумаков Ю.И. N окиси алкилпиридинов. // Методы получения химических реактивов и препаратов. М. ИРЕА. 1963. № 7. С.58−61.
- Чумаков Ю.И. Пиридиновые основания. Киев: Техника, 1965. 113с.
- Чумаков Ю.И., Столяров З. Е. 2-метил-6-гидроксиметилпиридин, 2-гидроксиметилпиридин и 2,6-бис (гидроксиметил) пиридин. М. ИРЕА. 1963. № 7. стр. 71−79.
- Чумаков Ю.И., Столяров З. Е. 2-оксипиридин. М. ИРЕА. 1963. № 7. стр. 65−69.
- Шевченко А.Г., Старовойтов И. И., Зякун А. Ш. и др. Гидроксилирование хинолина бактериями Pseudomonas aeruginosa. II Докл. АН СССР. 1990. Т.310. № 6. С.1493−1495.
- Шлегель Г. Общая микробиология. М.: Мир, 1987, 567с.
- Abd El-Hady A., Abd El-Rehim H.A. Production of Prednisolone by Pseudomonas oleovorans Cells Incorporated Info PVP/PEO Radiation Crosslinlced Hydrogels. // J. Biomed. Biotechnol. 2004. V.4. P.219−226.
- Adam W., Lukacs Z., Kahle C., Saha-Moller C.R., Schreier P. Biocatalytic asymmetric hydroxylation of hydrocarbons by free and immobilized Bacillus megaterium cells. // J. Mol. Catalysis B: Enzymatic. 2001. V. 11. P.377−385.
- Agency for Toxic Substances and Disease Registry (ATSDR). Atlanta, GA: U.S. Department of Health and Human Services, Public Health Service. Toxicological profile for pyridine. 1992.
- Akita S., Takeuchi H. Sorption equilibria of pyridine derivatives in aqueous solution on porous resins and ion exchange resins. // J. Chem. Eng. Jpn. 1993. V.26. № 3. P. 237−241.
- Alberts B., Bray D., Lewis J., Raff M., Roberts K., Watson J.D. Molecular Biology of the Cell. // New York. Garland Publishing Inc. 1994.
- Anchordoguy T., Carpenter J.F., Loomis S.H. Crowe, J.H. Mechanisms of interaction of amino acids with phospholipid bilayers during freezing. // BB A. 1988. V.946.P.299
- Anhalt J.P., Fenselau C. Identification of bacteria using mass spectrometry. //Anal. Chem. 1975. V. 47. P. 219−225.
- Arima K., Kobayashi Y. Bacterial oxidation of dipicolinic acid. I. Isolation of microorganisms, their culture conditions, and end products. // J. Bacterid. 1962. V.84.P. 759−764.
- Arnold R.J., Karty J.A., Ellington A.D., Reilly J.P. Monitoring the growth of a bacteria culture by MALDI-MS of whole cells. // Anal. Chem. 1999. V.71. P.1990−1996.
- Ashwood-Smith M. J. Preservation of microorganisms by freezing, freeze-drying and desiccation. In: Low temperature preservation in medicine and biologe. Ed. by M. J. Ashwood-Smith and J.Farrat. Pitman Press, London. 1980. P.219−252.
- Axcell B.C., Gearty P.J. Purification and some properties of a soluble benzene-oxidiziong system from a strain Pseudomonas. II Biochtm. J. 1975. V.146 P.173−183.
- Banno J., Salcane T. Prediction of prospective viability of L-dried culture of bacteria after long-term preservation. // Res. Commun. Inst. Ferment. Osaka. 1981. №.10. P.33−38.
- Behrman E. J., Stanier R. Y. The bacterial oxidation of nicotinic acid. // J. Biol. Chem. 1957. V.228. P. 923−945.
- Behrman E.I., Pitt B.M. The Elbe peroxydisulfate oxidation in the pyridine series. A new synthesis of 2,3-dihydroxypyridine. // J.Am.Chem. Soc. 1958. V.80. P.3717−3718.
- Behrman E.J., Stanier R.Y. The bacterial oxidation of nicotinic acid. // J. Biol. Chem. 1957. V. 228. P. 923−945.
- Beshay U., Abd-El-Haleem D., Moawad H., Zaki, S. Phenol biodegradation by free and immobilized Acinetobacter. II Biotechnol Lett 2002. V.24. P.1295−1297.
- Bias J.C.T., Rezende R.P., Linardi V.R. Bioconversion of nitriles by Candida guilliermondii CCT 7207 cells immobilized in barium alginate. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001. V.56. P.757−761.
- Bradford M. A. Repid and sensitive method for the quantification miorogram quantifies of protein utilising the prinoiple of protein dye-binding. // Anal. Biochem. 1976. V.72. № 1−2. P. 248−254.
- Brady D., Logan S.R., McHale A.P. The effect of soluble alginate and calcium on 13-galactosidase activity produced by the thermotolerant, ethanol-producing yeast strain Kluyveromyces marxianus imb3. // Bioprocess Engineering. 1998. V.18. P.101−104.
- Buitink J., van den Dries I.J., Hoekstra F.A., Alberda M., Hemminga M.A. High critical temperature above Tg may contribute to the stability of biological systems. //Biophys. J. 2000. V.79 P. l 119−1128.
- Cabral J.M.S., Kennedy J.F. Immobilization of microbial cells on transition metal-activated supports: Methods in enzy-mology. V. 135. // Eds. S.P. Colo wick, N.O. Kaplan. Orlando: Academic Press, 1987. P. 357−372.
- Cain R. B., Houghton C., Wright K. A. Microbial metabolism of the pyridine ring. Metabolism of 2- and 3-hydroxypyridines by the maleamate pathway in Achromobacter sp. //Biochem. J. 1974. V. 140. P. 293−300.
- Campball K.N., Ackerman L.F., Campball B.V. Studies of pyrones. II. Synthesis of 4-pyperidinols. //J. Org. Chem. 1950. V.15. P.337−342.
- Chang C.C., Tseng S.K. A new method for carbon addition in an anoxic denitrification bioreactor. //Biotechnol. Tech. 1998. V.12. P.865−868.
- Chang Y.-C, Chou C.-C. Growth and production of cholesterol oxidase by alginate-immobilized cells of Rhodococcus equi No. 23. // Biotechnol. Appl. Biochem. 2002. V.35. P.69−74.
- Chibata I., Tosa T., Sato T. Immobilized aspartase-containing microbial cells: preparation and enzymatic properties. // Appl Microbiol. 1974. V.27. P.878−885.
- Colby J., Snell D., Black G.W. Immobilization of Rhodococcus AJ270 and Useof Entrapped Biocatalyst for the Productionof Acrylic Acid. //Monatshefte fur Chemie. 2000. V.131. P.655−666.
- Collins M.D. Isoprenoid quinone analisis in bacterial classification and identification. // Chemical methods in bacterial sistematic (eds. M. Loodfellod and M/E/Minnildn). Academic Press. 1985. P.267−288.
- Coradin T., Nassif N., Livage J. Silica-alginate composites for microencapsulation. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2003. V.61. P.429−434.
- Corcoran B.M., Ross R.P., Fitzgerald G.F., Stanton C. Comparative survival of probiotic lactobacilli spray-dried in the presence of prebiotic substances. //Journal of Applied Microbiology 2004. V.96. P.1024−1039.
- Crowe J.H., Crowe L.M., Oliver A.E., Tsvetkova N.M., Wolkers W.F., Tablin F. The trehalose myth revisited: introduction to a symposium on stabilization of cells in the dry state. // Cryobiology. 2001. V.43. P.89−105.
- Crowe, J.H., Carpenter, J.F., Crowe, L.M., The role of nitrification in anhydrobiosis. // Annual Review of Physiology 1998.V.60. № 1. P.73−103.
- Cuiping Zhang, Mingchen Li, Guangli Liu, Haiping Luo, Renduo Zhang. Pyridine degradation in the microbial fuel cells. // J. Hazard. Mat. 2009. V.172. P.465−471.
- Dalluge J.J. Mass spectrometry for direct determiniation of proteins in cells: Applications in biotechnology and microbiology. // Fresenius J. Anal. Chem. 2000. V.366. P.701−711.
- Davies D.G., McFeters G.A. Growth and comparative physiology of Klebsiella oxytoca attached to granular activated carbon particles and in liquid media. //Microbial Ecology. 1988. V. 15. P. 165−175.
- Demirev P., Fenselau C. Mass spectrometry for rapid characterization of microorganisms. // Annu. Rev. Anal. Chem. 2008a V.l. P.71−93.
- Demirev P., Ho Y., Ryzhov V., Fenselau C. Microorganism identification by mass spectrometry and protein database searches. // Anal. Chem. 1999. V.71. P.2732−2738.
- Demirev P.A., Fenselau C. Mass spectrometry in biodefense. // J. Mass Spectrom. 2008b V.43. P. 1441−1457.
- Dias J.C.T., Rezende R.P., Linardi V.R. Biodegradation of acetonitrile by cells of Candida guilliermondii UFMG-Y65 immobilized in alginate, k-carrageenan and citric pectin. // Braz. J. Microb. 2000. V.31. P.61−66.
- Dobreva E., Tonlcova A., Ivanova V., Stefanova M., Kabaivanova L., Spasova D. Immobilization of Bacillus licheniformis cells, producers of thermostable a-amylase, on polymer membranes. // J. Industrial Microbiol. Biotechnol. 1998. V.20. P.166−170.
- Dobson K.R., Stephenson M., Greenfield P.F., Bell P.R.F. Identification and treatability of organics in oil shale retort water. // Wat. Res. 1985. V.19. C. 849−856.
- Domingo J.S., Radway J.C., Wilde E. W., Hermann P., Hazen T.C. Immobilization of Burkholderia cepacia in polyurethanebased foams: embedding efficiency and effect on bacterial activity. // J. Industrial Microbiol. Biotechnol. 1997. V.18. P.389−395.
- Duong T., Barrangou R., Russell W.M., Klaenhammer T.R. Characterization of the tre locus and analysis of trehalose cryoprotection in Lactobacillus acidophilus NCFM. // Appl Environ Microbiol. 2006. V.72. № 2. P. 1218−25.
- Edwards U., Rogall T., Bloeker H., Ende M.D., Boeettge E.C. Isolation and direct complete nucleotide determination of entire genes, characterization ofgene coding for 16S ribosomal RNA. //Nucl. Acids Res. 1989. V.17. P.7843−7853
- Elsgaard L. Ethylene Removal by a Biofilter with Immobilized Bacteria. //Appl. Environ. Microbiol. 1998. V.64. P.4168−4173.
- Ensign J. C., Rittenberg S. C. The formation of a blue pigment in the bacterial oxidation of isonicotinic acid. // Arch. Microbiol. 1965. V.51. P. 384−392.
- Evason D.J., Claydon M.A., Gordon D.B. Exploring the limits of bacterial identification by intact cell-mass spectrometry. // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001. V.12.P.49−54.
- Feng Y., Kaiser J-P., Minold R.D., Bollag J-M. Microbial transformation of ethylpyridines. // Biodegradation. 1994. V.5. P. 121−128.
- Feng Y., Racke K.D., Bollag J.-M. Use of immobilized bacteria to treat industrial wastewater containing a chlorinated pyridinol. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 1997. V.47. P.73−77.
- Fenselau C., Demirev P.A. Characterization of intact microorganisms by MALDI mass spectrometry. //Mass Spectr. Rev. 2001. V.20. P. 157−171.
- Fetzner S. Bacterial degradation of pyridine, indole, quinoline and their derivatives under different redox conditions. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 1998. V 49. P. 237−250.
- Fukushima Y., Okamura K., Imai K., Motai H. A new immobilization technique of whole cells and enzymes with colloidal silica and alginate. //Biotechnol. Bioeng. 1988. V.32. P.584−594.
- Gardin PI., Pauss A. K-carrageenan/gelatin gel beads for the co-immobilization of aerobic and anaerobic microbial communities degrading 2,4,6-trichlorophenol under air-limited conditions. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001. V.56. P.517−523.
- Gauthier J. J., Rittenberg S. C. The metabolism of nicotinic acid. II. 2,5-Dihydroxypyridine oxidation, product formation, and oxygen 18 incorporation. //J. Biol. Chem. 19 716. V.246. P. 3743−3748.
- Gauthier S.S., Rittenberg S.C. The metabolism of nicotinic acid. Purification and properties of 2,5-dihydroxyperidine oxygenase from Pseudomonas putida N9. //J. Biol. Chem. 1971a. V. 246. N 11. P. 3737−3742.
- Gauthier S.S., Rittenberg S.C. The metabolism of nicotinic acid. 2,5-dihydroxyperidine oxidation. Formation of products and incorporation of oxygen -18. // J. Biol. Chem. 19 716. V. 246. N 11. P. 3743−3748.
- Gauthier, J. J., Rittenberg S. C. The metabolism of nicotinic acid. 1. Purification and properties of 2,5-dihydroxypyridine oxygenase from Pseudomonas putida N-9. // J. Biol. Chem. 1971a. V.246. P. 3737−3742.
- Gehrke C.W., Laking D.B. Gas-liquing chromatography of the purine and pyrimidine bases. // J. Chromatography. 1971. V.64. № 1. P. 135−142.
- Geldreich E.E. Pathogenic agents in freshwater resources. // Hydrol. Process. 1996. V.10.P.315−333.
- Gibson D.T., Mahadevan V., Davey J.F. Bacterial mttabolism of para- and metaxylene. Oxidation of the aromatic ring. // J. Bacteriol. 1974. № 3.P.930−936.
- Giebel R.A., Fredenberg W., Sandrin T.R. Characterization of environmental isolates of Enterococcus spp. by matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry.// Water Res. 2008. V.42. P.931−940.
- Gomez Zavaglia A., Tymczyszyn E., De Antoni G., Anibal Disalvo E. Action of trehalose on the preservation of Lactobacillus delbrueckii ssp. bulgaricus by heat and osmotic dehydration. // J. of Applied Microbiology 2003. V.95 P.1315−1320.
- Gostin L.O., Lazzarini Z., Neslund V.S., Osterholm M.T. Water quality laws and waterborne diseases: Cryptosporidium and other emerging pathogens. //Am. J. Public Health 2000. V.90. P.847−853.
- Gough S., McHale A.P. Continuous ethanol production from molasses at 45 °C using alginate-immobilized Kluyveromyces marxianus IMB3 in a continuous-flow bioreactor. // Bioprocess Engineering. 1998. V.19. P.33−36.
- Graham D., Pereira R.3 Barfield D., Cowan D. Nitrile biotransformations using free and immobilized cells of a thermophilic Bacillus spp. // Enzyme Microbiol. Technol. 2000. V.26. P.368−373.
- Griffin C.N., Cook E.C., Mehaffey M.A. Predicting the stability of freeze-dried tests. // Cryobiology. 1981. V. 18. № 4. P.420−425.
- Gupta R. C., Shukla O. P. 2-Hydroxy-isonicotinic acid—an intermediate in metabolism of isonicotinic acid hydrazide and isonicotinic acid by Sarcina. //Indian J. Biochem. Biophys. 1978. V.15. P. 492−493.
- Gupta R. C., Shukla O. P. Metabolism of nicotinic acid by Sarcina sp. //Indian J. Biochem. Biophys. 1978. V.15. P. 462−464.
- Gupta R. C., Shukla O. P. Microbial metabolism of 2-hydroxypyridine. //Indian J. Biochem. Biophys. 1975. V.12. P. 296−298.
- Gupte A., D’Souza S.H. Stabilization of alginate beads using radiation polymerized Polyacrylamide. // J. Biochem. Biophys. Methods. 1999. V.40. P.39−44.
- Hallas L.E., Adams W.J., Heitkamp M.A. Glyphosate degradation by immobilized bacteria: field studies with industrial wastewater effluent. // Appl. Environ. Microbiol. 1992. V.58. P.1215−1219.
- Harary I. Bacterial fermentation of nicotinic acid. I. End products. // J. Biol. Chem. 1957. V.227. P. 815−831.
- Harayama S., Timmis K.N. Metal ions in biological sistem. // Eds. H. Sigel, A.Sigel. NY. Marsel Dekker. 1992. V.28. P.99−156
- Heclcly R.J. Preservation of microorganisms. // Adv. Appl. Microbiol. V.24. Academ. Press. NY. 1978. P. l-53.
- Heitkamp M.A., Stewart W.P. A novel porous nylon biocarrier for immobilized bacteria. // Appl. Environ. Microbiol. 1996. V.62. P.4659−4662.
- Hirschberg R., Ensign J. C. Oxidation of nicotinic acid by a Bacillus species: purification and properties of nicotinic acid and 6-hydroxynicotinic acid hydroxylases. //J. Bacteriol. 1971a. V.108. P. 751−756.
- Hirschberg R., Ensign J. C. Oxidation of nicotinic acid by a Bacillus species: source of oxygen atoms for the hydroxylation of nicotinic acid and 6-hydroxynicotinic acid. // J. Bacteriol. 19 716. V.108. P. 757−759.
- Hirschberg R., Ensign J. C. Oxidation of nicotinic acid by a Bacillus species: regulation of nicotinic acid and 6-hydroxynicotinic acid hydroxylases. // J. Bacteriol. 1972. V. l 12. P. 392−397.
- Hirshberg R., Ensing L.C. Oxidation of nicotinic acid by a Bacillus species: source of oxygen atoms for the hydroxylation of nicotinic acid and 6-hydroxynicotinic acid. // J. Bacteriol. 1971. V.108. P.757−759.
- Holcenberg J. S., Stadtman E. R. Nicotinic acid metabolism. III. Purification and properties of a nicotinic acid hydroxylase. // J. Biol. Chem. 1969. V.244. P. 1194−1203.
- Hou C.T., Patel P., Lillard M.O. Extradiol cltavage of 3-methylcatechol by catechol 1,2-dioxygenase from various microorganisms. // Appl. Environ. Microbiol. 1977. V.33.P.725−727.
- Houghton C., Cain R.B. Microbial metabolism pyridine ring. Formation of pyridine diols (dihydroxyperidine) as intermediates in the degradation of pyridine compounds by microorganisms. // J. Biochem. 1972. V. 190. P. 879 893.
- Houghton C., Cain R.B. Microbial metabolism pyridine ring. Formation of pyridine diols (dihydroxyperidine) as intermediates in the degradation ofpyridine compounds by microorganisms. // J. Biochem. 1972. V. 190. P. 879 893.
- Houghton C., Watson G.K., Cain R.B. The metabolism of 4-hydroxypyridine by Agrobacterium sp.: a new ring cleavage of the pyridine nucleus. //Biochem. J. 1969. V. l 14. P.75.
- Houghton C., Wright K.A., Cain R.B. Pyridine diols as intermediates in the bacterial metabolism of the pyridine ring. // J. Biochem. 1968. V. 106. № 4. P. 51.
- Hsieh S., Tseng C., Lee Y., ICuo A., Sun C., Lin Y., Chen J. Highly efficient classification and identification of human pathogenic bacteria by MALDI-TOF MS. // Mol. Cell Proteomics 2008. V.7. P.448−456.
- Hubalek, Z., Protectants used in the cryopreservation of microorganisms. //Cryobiology. 2003. V.46. P.205−229.
- Hughes D. E. 6-Hydroxynicotinic acid as an intermediate in the oxidation of nicotinic acid by Pseudomonas fluorescens. II Biochim. Biophys. Acta. 1952. Y.9. P. 226−227.
- PIunt A. L., Hughes D. E. s Lowenstein J. M. The hydroxylation of nicotinic acid by Pseudomonas fluorescens. //Biochem. J. 1958. V.69. P. 170−173.
- Huynh S., Shell E.E. Enzymes of vitamin B6 degradation. // J. Biol. Chem. 1985. V. 260. N 6. P. 1555−1559.
- Imhoff-Stuckle D., Pfennig N. Isolation and characterization of a nicotinic acid-degrading sulfate-reducing bacterium, Desulfococcus niacini sp. nov. //Arch. Microbiol. 1983. V.136. P. 194−198.
- International Agency for Research on Cancer (I ARC). Pyridine. //Summaries&Evaluations. 2000. V.77.
- Israeli E., Shaffer B.T., Lighthart B., Protection of freeze-dried Escherichia coli by trehalose upon exposure to environmental conditions. // Cryobiology 1993. V.30P.519−523.
- Jackson K.A., Edwards-Jones V., Sutton C.W., Fox A.J. Optimisation of intact cell MALDI method for fingerprinting of methicillin-resistant Staphylococcus aureus. // J. Microbiol. Methods 2005. V.62. P.273−284.
- Jakoby W. B. Succinic semyldehyde. // Meth. Enzym. 1962. V.5. P.774.
- Jiang H.-L., Tay J.-H., Tay S. T.-L. Aggregation of immobilized activated sludge cells into aerobically grown microbial granules for the aerobic biodegradation of phenol. // Lett. Appl. Microbiol. 2002. V.35. P.439−445.
- Jiang J., Parker C.E., Fuller J.R., Kawula T.H., Borchers C.H. An immunoaffinity tandem mass spectrometry (iMALDI) assay for detection of Francisella tularensis. // Anal. Chim. Acta 2007. V.605. P.70−79.
- Jianlong W., Ping L, Yi Q. Biodegradation of phthalic acid esters by immobilized microbial cells. // Environ. International. 1997. V.23. P.775−782.
- Jirku, V., Turkova, J. Cell immobilization by covalent linkage: Methods in enzymology. V. 135. // Eds S.P. Colo wick, N.O. Kaplan. Orlando: Academic Press, 1987. P. 341−357.
- Jiwu Li, Weijiang Caib, Jingjing Cai. The characteristics and mechanisms of pyridine biodegradation by Streptomyces sp. // J. Hazard. Mater. 2009. V.165 P.950−954.
- Jones M. V., Hughes D. E. The oxidation of nicotinic acid by Pseudomonas ovalis Chester. //Biochem. J. 1972. V.129. P. 755−761.
- Kaiser J. P., Bollag J.M. The transformation of 3- and 4-picoline under sulfate-reducting conditions. // Appl. and Environ. Microbiol. 1993. V. 59. P. 701−705.
- Kaiser J. P, Bollag J.M. Metabolism of pyridine and 3-hydroxypyridine under aerobic, denitrifying and sulfate-reducing condition. // Experientia. 1991. Y.47. P.292−296.
- Kaiser J.P., Feng Y., Bollag J.M. Metabolism of pyridine, qunoline, acridine and derivatives under aerobic and anaerobic conditions. // Microbiological Reviews. 1996.V. 60.P. 483−498.
- Karas M., Bachmann D., Hillenkamp F. Influence of the wavelength in high-irradiance ultraviolet laser desorption mass spectrometry of organic molecules. // Anal. Chem. 1985. V.57. P. 2935−2939.
- Karas M., Bachmann D., Hillenkamp F. Laser desorption ionization of proteins with molecular masses exceeding 10,000 daltons. // Anal. Chem. 1988. V.60. P. 2299−2301.
- Khanna M., Shulda O. P. Microbial metabolism of 3-hydroxypyridine. //Indian J. Biochem. Biophys. 1977. V.14. P. 301−302.
- Kim M.IC., Singleton I., Yin C.-R., Quan Z.-X., Lee M., Lee S.-T. Influence of phenol on the biodegradation of pyridine by freely suspended and immobilized Pseudomonadas putida MK1. // Lett. Appl. Microbiol. 2006. V.42. P.495−500.
- Kirsop B. Freeze-drying and kryopreservation of yeast cultures. Commonwealth Mecological Institute Publication. Kew. Surrey. UK. 1983.
- Kobayashi Y., Arima K. Bacterial oxidation of dipicolinic acid. II. Identification of a-ketoglutaric acid and 3-hydroxydipicolinic acid and some properties of cell-free extracts. // J. Bacteriol. 1962. V.84. P. 765−771.
- Kolenbrander P. E., LotongN., Ensign J. C. Growth and pigment production by Arthrobacter pyridinolis sp. // Arch. Microbiol. 1976. V. l 10. P. 239−245.
- Kolenbrander P. E., Weinberger M. 2-Hydroxypyridine metabolism and pigment formation in three Arthrobacter sp. // J. Bacteriol. 1977. V.132. P. 51−59.
- Kost A. N., Vorob’eva L. I., Terent’ev P. B., Modyanova L. V., Shibilkina O. K., Korosteleva L. A. Microbiological transformation of 2,6-dimethylpyridine. //Appl. Biochem. Microbiol. 1977. V.13. P. 541−546.
- Kovalenko G.A., Kuznetsova E.V., Mogilnylch Yu.I., Andreeva I.S., Kuvshinov D.G., N.A. Rudina. Catalytic filamentous carbons for immobilization of biologically active substances and non-growing bacterial cells. // Carbon. 2001. V.39. P. 1033−1043.
- Krishnainurthy T., Ross P. L., Rajamani U. Detection of pathogenic and nonpathogenic bacteria by matrix-assisted laser desorption/ionization time-offlight mass spectrometry. // Rapid Commun. Mass Spectrom. 1996. V.10. P.883−888.
- Kulinsky V., Kolesnichenlco L.S. Extrinsic regulation of metabolic and energetic mitochondrial functions. // Focus on Signal Transduction Research. Ed. G. McApple. — NY: Nova Science Publishers, Inc., 2007.
- Kung H.-F., Tsai L. Nicotinic acid metabolism. VII. Mechanisms of action of clostridial a-methyleneglutarate mutase (B12-dependent) and methylitaconate isomerase. // J. Biol. Chem. 1971. V.246. P. 6436−6443.
- Lasch P., Nattermann H., Erhard M., Stammler M., Grunow R., Bannert N., Appel B., Naumann D. MALDI-TOF mass spectrometry compatible inactivation method for highly pathogenic microbial cells and spores. // Anal. Chem. 2008. V.80. P.2026−2034.
- Lee G.M., Rhee S.K., Lee S.-T. Degradation of 3-methylpyridine and 3-ethylpyridine by Godonia nitida LE31. Appl. and Environ. Microbiol. 2001. V. 67. P. 4342−4345.
- Lee J., Yoon J.-IT., Yang S.-Y, Lee S.-T. Aerobic biodegradation of 4-methylpyridine and 4-ethylpyridine by newly isolated Pseudonocardia sp. strain M43. // FEMS Microbiol. Lett. 2005. V.254. P. 95−100.
- Leslie S.B., Israeli E., Lighthart B., Crowe J.H., Crowe L.M. Trehalose and sucrose protect both membranes and proteins in intact bacteria during drying. // App. Environmental Microbiology 1995. V.61. P. 3592−3597
- Leslie S.B., Israeli E., Lighthart B., Crowe J.H., Crowe L.M. Trehalose and sucrose protect both membranes and proteins in intact bacteria during drying. // Applied and Environmental Microbiology 1995. V.61. P.3592−3597.
- Lettau H. Chemie der Heterocyclen. // Leipzig, Germany. 1980. 360 p
- Linders J.M., Wolkers W.F., Hoekstra F.A., van Riet K. Effect of added carbohydrates on membrane phase behavior and survival of dried Lactobacillusplantarum. // Cryobiology 1997. V.35. P.31−40.
- Liu H., Du Z., Wang J., Yang R. Universal sample preparation method for characterization of bacteria by matrix-assisated laser desorption ionization -time of flight mass-spectrometry. // Appl. Envir. Microbiol. 2007. V.73. P. 1899−1907.
- Lozinsky V.I., Plieva F.M. Poly (vinyl alcohol) cryogels employed as matrices for cell immobilization. 3. Overview of recent research and developments. //Enzyme and Microb. Technol. 1998. V.23. P.227−242.
- Malik K.A. Liquid-drying of microorganism using a simple apparatus. UNESCO/WFCC Technical Information Sheet. № 8. 1990.P.1.
- Manohar S., Kim C.K., Karegoudar T.B. Enhanced degradation of naphthalene by immobilization of Pseudomonas sp. Strain NGK1 in polyurethane foam. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001. V.55. P.311−316.
- Marmur J.A. Procedure for the isolation of deoxyribonucleic acid from microorganisms. //J.Mol.Biol. 1961. V.3. P.208.
- Marmur J.A., Dory P. Determination of the base composition of deoxyribonucleic acid its thermal denaturation temperature. // J.Mol.Biol. 1962. V. 5. № 1. P. 109−118.
- Martin M., Mengs G.,. Plaza E, Garbi C., Sanchez M" Gibello A., Gutierrez F., Ferrer E. Propachlor removal by Pseudomonas strain GCH1 in an immobilized-cell system. // Appl. Environ. Microbiol. 2000. V.66. P.1190−1194.
- Mathur A.K., Majumder C.D., Chatterjee S., Partha Roy. Biodegradation of pyridine by the new bacterial isoletes S. putrefaciens and B. sphaericus. // J. Hazardous Materials. 2008/ V.157. Issues 2−3. P.335−343.
- Meays C.L., Broersma K., Nordin R., Mazumder A. Source tracking fecal bacteria in water: A critical review of current methods. // J. Environ. Manage. 2004. V.73.P.71−79.
- Meays C.L., Broersma K., Nordin R., Mazumder A. Source tracking fecal bacteria in water: A critical review of current methods. // J. Environ. Manage. 2004. V.73. P.71−79.
- Moore F.W. The utilization of pyridine by microorganisms. // Journal of general microbiology. 1949. V.3. P. 143−147.
- Morgan C.A., Herman N., White P.A., Vesey G. Preservation of microorganisms by drying. // J. of Microbiol. Methods. 2006. V.66. P.183−193.
- Morgan C.A., Vesey G. Freeze-Diying of Microorganisms. Encyclopedia of Microbiology (Third Edition) 2009. P 162−173.
- Mudliar S.N., Padoley K.V., Sureshkumar P.B.M, Lokhande S.K., Pandey R.A., Vaidya A.N. Pyridine biodegradation in noval rope bioreactor. //Bioresourse Technology. 2008. V.99. P.1044−1051.
- Mukerjee-Dhar G., Shimura M., Kimbara K. Degradation of polychlorinated biphenyl by cells of Rhodococcus opacus strain TSP203 immobilized in alginate and in solution. // Enzyme Microb. Technol. 1998. V.23. P.34−41.
- Oh Y.S., Maeng J., Kim S.J. Use of microorganism-immobilized polyurethane foams to absorb and degrade oil on water surface. // Appl Microbiol Biotechnol. 2000. V.54. P.418−423.
- Ohsugi M., Inoue Y., Takami K., Namikawa M. Microbial degradation of a-picolinic acid, 2-pyridinecarboxylic acid. //Agric. Biol. Chem. 1981. V.45. P. 1879−1880.
- Oliveira A.C., Rosa M.F., Cabrai J.M.S., Aires-Barros M.R. Immobilization of Saccharomyces cerevisiae cells and rhizomucor miehei lipase for the production and extractive biocatalysis of ethanol. // Bioprocess Engineering. 1997. V.16. P.349−353.
- Orpin C.G., Knight M., Evans W.C. The bacterial oxidation of picolineamide, a photolytic product of diquat. // J. Biochem. 1972. V. 127. P.819−831.
- P.H.A. Sneath. Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology. Vol. 2. Baltimore: Williams & Wilkins. 1986.
- Palade G.E. F stady of fixation for electron microspory. // J. Exp.Med. 1952. V.52. P.285−298.
- Palmfeldt J., Radstrom P., Hahn-Hagerdal B., Optimization of initial cell concentration enhances freeze-drying tolerance of Psendomonas chlororaphis. // Cryobiology. 2003. V.47. P.21−29.
- Pandey R.A., Padoley K.V., Mukherji S.S., Mudliar S.N., Vaidya A.N., Rajvaidya A.S., Subbarao T.V. Biotreatment of waste gascontaining pyridine in a biofilter. // Bioresour. Technol. 2007. V.98. P. 2258−2267
- Park J.K., Chang H.N. Microencapsulation of microbial cells. // Biotechnol. Advances. 2000. V.18. P.303−319.
- Pattanapipitpaisal P., Brown N.L., Macaskie L.E. Chromate reduction by Micro bacterium liquefaciens immobilised in polyvinyl alcohol. // Biotechnol. Lett. 2001. V.23.P.61−65.
- Perei K., Rakhely G., Kiss I., Polyak B., Kovacs K.L. Biodegradation of sulfanilic acid by Psendomonas paucimobilis. II Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001. V.55.P.101−107.
- Pereira W.E., Rostand C.E., Leiker T.J., Updergraff D.M., Beennett J.L. Microbial hydroxylation of quinoline in contaminated groundwater: evidence for incorporation of the oxygen atom of water. //J. Appl. Eviron. Microbiol. 1988. V.54. P.827−829.
- Plazek. Uber die Nitriezung von einigen Methylhomologen des Pyridines.Ber. 1939. V.72. P.577.
- Plieva F.M., Galaev I.Y., Noppe W., Mattiasson B. Cryogel application in microbiology. //Trends in Microbiology. 2008. V.16. № 11. P. 543−551.
- Pourciel M.L., Launay J., Sant W., Conedera V., Martinez A., Temple-Boyer P. Development of photo-polymerisable polyvinyl alcohol for biotechnological applications. // Sensors and Actuators B: Chemical. 2003. V.94. P.330−336.
- Pribil P., Fenselau C. Characterization of Enterobacteria using MALDI-TOF mass spectrometry. // Anal. Chem. 2005. V.77. P.6092−6095.
- Rabinovici S.J.M., Bernknopf R.L., Wein A.M., Coursey D.L., Whitman R.L. Economic and health risk trade-offs of swim closures at a Lake Michigan beach.// Environ. Sci. Technol. 2004. V.38. P.2737−2745.
- Rhee S.K., Lee G.M., Park Y.H. Anaerobic and aerobic degradation of pyridine by a newly isolated denitrifying bacterium. // Appl. and Environ. Microbiol. 1997. V. 63. N 7. P. 2578−2585.
- Rogers J. E., Riley R. G, Li S. W. Microbial transformation of alkylpyridines in groundwater. // Water, Air and Soil Pollution. 1985. V.24. № 4. P. 443−454.
- Rogers J.E., Riley R. G, Li S.W., O’Malley M.L., Thomas B.L. Microbial transformation of alkylpyridines in groundwater. // Water, Air and Soil Pollution. 1985. V.24. № 4. P. 443−454.
- Ronen Z., Bollag J.-M. Biodegradation of pyridine and derivatives by soil and subsurface microorganisms. // Inter. J. of Environm, Analyt. Chemistry. 1995. V.59. P. 133−143.
- Ronen, Z., Bollag J.-M. Pyridine metabolism by a denitrifying bacterium. //Can. J. Microbiol. 1991. V.37. P.725−729.
- Ryu IT.-W., Wee Y.-J. Characterization of bioconversion of fumarate to succinate by alginate immobilized Enterococcus faecalis RKY1. // Appl. Biochem. Biotechnol. 2001. V.91−93. P.525−535.
- Sabah E., Celik M.S. Interaction of pyridine derivatives with sepiolite. // J. Colloid Interface Sci. 2002. V. 251. № 1. P. 33−38.
- Sabatini D.D., Bensch K., Barnett R.J. Cytochemistry and electron microscopy the preservation of cellular ultrastructure and enzymatic activity by aldehyde fixation. //J. Cell Biol. 1963. V.17. P. 19−58.
- Sauer S., Freiwald A., Maier T., Kube M., Reinhardt R., Kostzewa M., Geider K. Classification and identification of bacteria by mass spectrometry and computational analysis. // PLoS ONE. 2008. V.3. e2843. doi:10.1371/journal. pone.2 843.
- Schmauder H.-P., Schlosser D., Gunther T., Hattenbach A., Sauerstein J., Jungnickel F., Augsten H. Application of immobilized cells for biotransformations of steroids. // J. Basic Microbiol. 1991. V.31. P.453−477.
- Schmidt J. E, Ahring B.K. Immobilization patterns and dynamics of acetate-utilizing methanogens immobilized in sterile granular sludge in upflow anaerobic sludge blanket reactors. // Appl. Environ. Microbiol. 1999. V.65. P.1050−1054.
- Schofield K. Hetero-aromatic nitrogen compounds. Plenum, New York. 1967. P. 144.
- Seyfried B., S chink B. Fermentative degradation of dipicolinic acid (peridine-2,6-dicarboxylic acid) by a defined of strictly anaerobic bacteria. // J. Biodegradation. 1990. N l.P. 1−7.
- Seyfried B., Schink B. Fermentative degradation of dipicolinic acid (peridine-2,6-dicarboxylic acid) by a defined of strictly anaerobic bacteria. // J. Biodegradation. 1990. N1. P. 1−7.
- Shan H., Obbard J.P. Ammonia removal from prawn aquaculture water using immobilized nitrifying bacteria. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2001. V.57. P.791−798.
- Sharma S., Sachdeva P., Virdi J.S. Emerging water-borne pathogens. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2003. V.61. P.424128.
- Shriver-Lake L.C., Gammeter W.B., Bang S.S., Pazirandeh M. Covalent binding of genetically engineered microorganisms to porous glass beads. //Analytica Chimica Acta. 2002. V.470. P.71−78.
- Shukla O. P. Isolation, characterization and metabolic activities of a Bacillus sp. metabolizing a-picolinate. // Indian J. Exp. Biol. 1975. VI3. P. 80−82.
- Shukla O. P. Microbial decomposition of a-picoline. // Indian J. Biochem. Biophys. 19 746. V.ll.P. 192−200.
- Shukla O. P., Kaul S. M. Microbial transformation of 2-picoline by Bacillus sp. II Indian J. Biochem. Biophys. 1973. V.10. P. 176−178.
- Shukla O. P., Kaul S. M., Khanna M. Microbial transformation of pyridine derivatives: a-picolinate metabolism by a gram-negative coccus. // Indian J. Biochem. Biophys. 1977. V.14. P. 292−295.
- Shukla O.P. Microbial decomposition of 2-ethylperidine, 2,4-lutidine and 2,4,6-collidine. // Indian J. Exp. Biol. 1975. V.13. P.564−575.
- Shukla O.P. Microbial decomposition of pyridine. // Indian J. Exp. Biol. 1973. V. l 1. P.463−464.
- Shukla O.P. Microbial tnransformation of pyridine compounds. // Proc. Indian Acad. Sci. (Chem. Sci.). 1984. V. 93. №. 7. P. 1143−1153.
- Shukla O.P. Microbial transformation of a-picoline, 2-ethylpyridine and a-picolinate. // Biochem. J. 1972. V.128. P.64.
- Shukla O.P., Kaul S.M. Constitutive pyridine degrading system in Corynebacterium sp. // Ind. J. Biochem. Biophys. 1974a. V. 11. N. 3. P. 201 207.
- Shukla O.P., Kaul S.M. Microbial transformation of pyridine-N-oxide and pyridine by Nocardia sp. II Can. J. Microbiol. 1986. V.32. P.330.
- Shukla O.P., Kaul S.M. Succinate semialdehyd an intermediate in the degrative of pyridine by Brevibacterium sp. // Indian J. Biochem. Biophys. 1975. V.12. P.321−330.
- Sidyakina T. M., Golimbet V. E. Viability and genetic stability of the bacterium Escherichia coli HB101 with the recombinant plasmid during preservation by various methods. // Cryobiology. 1991. V.28. P.251−254
- Sims G.K. Metabolism of pyridine by Arthrobacter crystallopoietes. II Agron. Abstr.1987. P. 192.
- Sims G.K., O’Loughlin E.J. Degradations in the environment. // Crit. Rev. Environ. Control. 1989. V.19 P.309−340.
- Sims G.K., Sommers L.E. Degradation of pyridine derivatives in soil. // J. of Environ. Quality. 1985. V.14. N4. P. 580−584.
- Sims G.K., Sommers L.E., Conopka A. Degradation of pyridine by Micrococcus luteus, isolated from soil. // Appl. and Environ. Microbiol. 1986. V. 51. N5. P. 963−968.
- Sims K.G., O’Loughlin E.J. Riboflavin production during growth of Mirococcus luteus on Pyridine. // Appl. Envir. Microbiol. 1992. V.58. № 10. P.3423−3425.
- Singh R. P. Studies on the utilization of dipicolinic acid as carbon and nitrogen source by a laboratory isolated strain of Bacillus brevis. // Indian J. Exp. Biol. 1982. V.20. P. 223−226.
- Singh R. P., Shukla O. P. Succinic semialdehyde: an intermediate in the degradation of isonicotinic acid by a Bacillus sp. // Indian J. Biochem. Biophys. 1977. V.18. P. 8−8-89.
- Smole S.C., King L.A., Leopold P.E., Arbeit R.D. Sample preparation of gram-positive bacteria for identification by matrix assisted laser desorption/ionization time-of-flight. // J. Microbiol. Methods. 2002. V.48. P. 107−115.
- Stadtman E. R., Stadtman T. C., Pastan I., Smith L. D. Clostridium barkeri sp. nov. // J. Bacteriol. 1972. V.110. P. 758−760.
- Stern M., Elmar H., Kut O.M., Hungerbuhler K. Removal of substituted pyridines by combined ozonation/fluidized bed biofilm treatment. // Water Sci. Technol. 1997. V.35. № 4. P.329−335.
- Streeter J.G. Effect of trehalose on survival of Bradyrhizobium japonicum during desiccation. // Journal of Applied Microbiology 2003. V.95. P.484−491.
- Sulca M., Peslovaa K., Zabkaa M., Hajduch M., Havliceka V. Biomarkers of Aspergillus spores: Strain typing andprotein identification. // Int. J. Mass Spectrom. 2009. V.280. P.162−168.
- Sun W.Q., Davidson P. Protein inactivation in amorphous sucrose and trehalose matrices: effects of phase separation and crystallization. //Biochimica en Biophysica Acta. 1998. V.1425. P.235−244.
- Syu, M.-J, Wang, Y.-W. Immobilization materials mixed with activated sludge as column biofilters for the treatment of gaseous stream containing benzene and toluene. // Bioprocess Engineering. 1999. V.21. P.239−244.
- Szczesna, M., Galas E., Bielecki S. PVA-biocatalyst with entrapped viable Bacillus subtilis cells. // J. Mol. Catalysis B: Enzymatic. 2001. V.ll. P.671−676.
- Szczesna-Antczak M., Antczak T., Bielecki S. Stability of extracellular proteinase productivity by Bacillus subtilis cells immobilized in PVA-cryogel. // Enzyme andMicrob. Technol. 2004. V.34. P.168−176
- T. M. Sidyakina, N. D. Lozitskaya, T. G. Dobrovolskaya and L. V. Kalakoutskii. Cryopreservation of various types of soil bacteria and mixtures thereof. Cryobiology. 1992. V.29. P. 274−280.
- Tate R. L., Ensign J. C. A new species of Arthrobacter which degrades picolinic acid. // Can. J. Microbiol. 19 746. V.20. P. 691−694.
- Tate R. L., Ensign J. C. Picolinic acid hydroxylase of Arthrobacter picolinophilus. II Can. J. Microbiol. 1974a. V.20. P. 695−702.
- Taylor B. F., King C. A. Phthalic acid and pyridine dicarboxylic acids as catabolic analogs. //FEMS Microbiol. Lett. 1987. V.44. P. 401−405.
- Travkin V.M., Solyanikova I.P., Golovleva L.A. Hydroxyquinol Pathway for Microbial Degradation of Halogenated Aromatic Compounds. // J. Environm. Sci. Health. 2006. V.41. P.1361−1382
- Tsai L., Pastan L, Stadtman E. R. Nicotinic acid metabolism. II. The isolation and characterization of intermediates in the fermentation of nicotinic acid. // J. Biol. Chem. 1966. V.241. P. 1807−1813.
- Tsai L., Stadtman E. R. Anaerobic degradation of nicotinic acid. // Methods Enzymol. 1971. V.18. P. 233−249.
- Van de Peer Y., De Wachter R. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment. // Comput. Applic. Biosci. 1994. V. 10. P.569−570.
- Vargha M., Takats Z., Konopka A., Nakatsu C.H. Optimization of MALDI-TOF MS for strain level differentiation of Arthrobacter isolates. // J. of Microbiol. Methods. 2006. V.66. P. 399−409.
- Verbelen P.J., De Schutter D.P., Delvaux F.R., Verstrepen IC.J., Delvaux F.R. Immobilized yeast cell systems for continuous fermentation applications. //Biotechnol. Lett. 2006. V.28. P. 1515−1525.
- Watson G. K., Houghton C., Cain R. B. Microbial metabolism of the pyridine ring. The hydroxylation of 4-hydroxypyridine to pyridine-3,4-diol (3,4-di hydroxy pyridine) by 4-hydroxypyridine-3-hydroxylase. // Biochem. J. 1974a. V.140. P. 265−276.
- Watson G. K., Houghton C., Cain R.B. Microbial metabolism of the pyridine ring. The metabolism of pyridine-3,4-diol (3,4-dihydroxypyridine) by Agrobacterium sp. // Biochem. J. 19 746. V.140. P. 277−292.
- Watson G.K., Cain R.B. Metabolic pathway of pyridine biodegradation by soil bacteria. // J. Biochem. 1975. V. 146. N 1. P. 157−172.
- Watson G.K., Gain R.B. Metabolism ring by soil bacteria. // J. Biochem. 1972. V. 127. N 2. P.44
- Widenue H., Danielsen S. Evaluation of the use of Sr2+ in alginate immobilization of cells. //Naturwissenschaften. 2001. V.88. P.224−228.
- Williams H., Kaufmann P., Mosher H. S. The rearrangement of acylfurans to 3-hydroxypyridines. // J. Org. Chem. 1955. V.20. P. 1139−1145.
- Williams L.T., Andrzejewslci D., Lay J.O., Musser M.S. Experimental factors affecting the quality and reproducibility of MALDI TOF mass spectraobtained form whole bacteria cells. // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2003. V.14. P. 342−351.
- Yadanova T.N., Skokova I.F., Aleshina E.Yu., Gal’braikh L.S. Polyvinyl alcohol film materials containing biopolymers: preparation and properties. //Fibre Chemistry. 2000. V.32. P.347−352.
- Yaohui Bai, Qinghua Sun, Cui Zhao, Donghui Wen, Xiaoyan Tang. Simultaneous biodegradation of pyridine and quinoline by two mixed bacterial strains. // Appl. Microbiol. Biotechnol. 2009. V.82. P.963−973.
- Yaohui Bai, Qinghua Sun, Cui Zhao. Donghui Wen, Xiaoyan Tang. Microbial degradation and metabolic pathway of pyridine by a Paracoccus sp. strain BW001. //Biodegradation. 2008. V.19. P.915−926.
- Yuan Y., Wang S., Song Z., Gao R. Immobilization of an L-aminoacylase-producing strain of Aspergillus oryzae into gelatin pellets and its application in the resolution of D, L-methionine. // Biotechnol. Appl. Biochem. 2002. V.35. P.107−113.
- Yudanova T.N., Skokova I.F., Aleshina E.Yu., Gal’braikh L.S. Polyfunctional biologically active polyvinyl alcohol film materials. // Fibre Chemistry. 2001. V.33. P.20−24.
- Zefirov N.S., Agapova S.R., Terentiev P.B., Bulakhova I.M., Vasyukova N.I., Modyanova L.V. Degradation of pyridine by Arthrobacter crystal! opoietes and Rhodococcus opacus strains. // FEMS Microbiol. Let. 1994. V.118. P.71−74.
- МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТимени М.В. ЛОМОНОСОВА1. БИОЛОГИЧЕСКИЙ ФАКУЛЬТЕТ1. На правах рукописи1. ХАСАЕВА Фатимат Машировна5 201±-50 586
- ДЕГРАДАЦИЯ ПИРИДИНА И ЕГО ПРОИЗВОДНЫХ ПРЕДСТАВИТЕЛЯМИ РОДОВ АЮНКОВАСТЕЯ И КНОТУОСОССШ
- Специальности 03.02.03 микробиология 03.01.06 — биотехнология (в том числе бионанотехнологии)
- Диссертация на соискание ученой степени доктора биологических наук
- Научные консультанты: д.б.н., профессор Нетрусов А. И.д.х.н., профессор Лебедев А. Т.1. Москва 2011