Особенности цитологии новых хищных грамотрицательных ультрамикробактерий
Диссертация
В настоящее время микробиологами получены многочисленные экспериментальные данные, свидетельствующие о существовании и широком распространении в природе ультрамелких форм бактерий с объемом клеток менее 0,1 мкм3, т. е. близким к теоретически рассчитанному минимальному размеру клеток (Workshop, 1999, Schut et al., 1997; Cavicchioli and Ostrowski, 2003, 2003; Panikov, 2004; Duda et al., 2011; Дуда… Читать ещё >
Содержание
- Обзор литературы
- 1. Явление минимализации микробных клеток и понятие ультрамикробактерии (УМБ)
- 1. 1. Минимальные размеры микробных клеток
- 1. 2. Терминология для описания мелких микробных форм
- 2. Биоразнообразие У МБ
- 2. 1. Ультрамикроклетки в природных местообитаниях
- 2. 2. Методологические принципы поиска новых форм УМБ
- 2. 3. Культивируемые УМБ
- 3. Прокариотный паразитизм
- 3. 1. Стратегия взаимодействия «волчий стиль» (wolfpack)
- 3. 2. Периплазматические хищники
- 3. 3. Эпибионты
- 3. 4. Цитоплазматические хищники
- 3. 5. Хищники с неопределенной стратегией
- 4. Роль электронной микроскопии в выделении и изучении новых штаммов УМБ
- Экспериментальная часть
- 5. Объекты и методы
- 5. 1. Культуры бактерий
- 5. 2. Микробиологические методы
- 5. 3. Методы характеристики физиолого-биохимических свойств штаммов NF4 и NF
- 5. 4. Изучение взаимодействия культур УМБ с культурами тест-объектов — Bacillus subtilis АТСС6633 или Acidovorax delafieldi
- 5. 5. Молекулярно-генетические методы исследования
- 5. 6. Светооптические методы исследования
- 5. 7. Электронномикроскопические методы исследования
- 6. Результаты и обсуждение
- 6. 1. Морфология и ультраструктура клеток новых штаммов УМБ
- 6. 2. Физиолого-биохимические свойства новых штаммов УМБ
- 6. 3. Филогенетическое положение новых штаммов УМБ
- 6. 4. Хищничество новых штаммов УМБ: адаптации на ультраструктурном уровне
- 6. 4. 1. Ультраструктура клеток A. delafieldii 39 и В. subtilis АТСС
- 6. 4. 2. Изучение взаимодействия штамма NF1 с гетеротрофными бактериями
- 6. 4. 3. Изучение взаимодействия штамма № 4 с гетеротрофными бактериями
- 6. 5. Цитохимическое изучение адгезивного аппарата клеток хищников
- 6. 5. 1. Изучение взаимодействия клеток штамма № 1 и А. с1е1аАеШИ
- 6. 5. 2. Изучение взаимодействия штамма № 4 с В. зиЪНШ АТСС
- 6. 6. Цитохимическая локализация щелочной фосфатазы
- 6. 7. Механизм когезии клеток хищника и клеток жертв
Список литературы
- Андерсон Т. Метод негативного контрастирования при изучении вирусов и их серологических реакций. / В кн. Ультраструктура и функции клетки под ред. Франка Г. М. М.: Мир, 1965.-388 с.
- Афиногенова A.B., Коновалова С. М., Ламбина В. А. Утрата признака видовой моноспецифичности экзопаразитическими бактериями рода Micavibrio // Микробиология. -1986. Т.55. — С. 487−489.
- Афиногенова A.B., Ромай Пенебад С., Коновалова С. М., Чуркина Л. Г., Ламбина В. А. Сравнительная характеристика штаммов Bdellovibrio, выделенных из речной и сточных вод // Микробиология. 1981. — Т.50. — С. 378−385.
- Валентайн Р. и Хорн Р. Негативное контрастирование как метод выявления ультраструктуры / В кн. Ультраструктура и функции клетки под ред. Франка Г. М. М.: Мир, 1965.-388 с.
- Гайер Г. Электронная гистохимия. / М.: Мир, 1974. 488 с.
- Громов Б.В., Мамкаева К. А. Предложение нового рода Vampirovibrio для бактерии Chlorellavorus, ранее отнесенной к Bdellovibrio И Микробиология. 1980. — Т. 49. — С. 165−166.
- Громов Б.В., Павленко Г. В. Экология бактерий. / Л.: Из-во Ленинградского университета, 1989. 248 с.
- Дуда В.И., Сузина Н. Е., Поливцева В. Н., Воронин A.M. Ультрамикробактерии: становление концепции и вклад ультрамикробактерий в биологию // Микробиология. — 2012. — том 81.-С. 415−427.
- Егоров Н.С. Микробы-антагонисты и биологические методы определения антибиотической активности / М.: Высшая школа, 1965. 221 с.
- Звягинцев Д.Г. Взаимодействие микроорганизмов с твердыми поверхностями / М.: Издательство МГУ — 1973. 175с.
- Капаруллина E.H. Деградация этилендиаминтетраацетата аэробными бактериями: автореф. дис. на соиск. уч. степ. канд. биол. наук: 03.00.07/ Капаруллина Елена Николаевна. -Пущино, 2009. 28 с.
- Капаруллина E.H., Доронина Н. В., Трилисенко JI.B., Вагабов В. М., Троценко Ю. А. Особенности метаболизма Chelativorans oligotrophicus при двухфазном росте на смеси ЭДТА и глюкозы // Прикладная биохимия и микробиология. 2009. — Т. 45. -С. 555−560.
- Коновалова С.М. и Ламбина В.А. Электронно-микроскопическое исследование аденозинтрифосфатазы у Bdellovibrio bacteriovorus II Микробиология. 1980. — Т. 49. — С. 766 768.
- Ламбина В.А., Афиногенова A.B., Ромай Пенабад С, Коновалова С.Ж., Пушкарева А. П. Micavibrio admirandus gen. et spp. nov. II Микробиология. 1982. — Т. 51. — С. 114−117.
- Ламбина В.А., Афиногенова A.B., Ромай Пенабад С, Коновалова С.М., Андреев Л. В. Новый вид экзопаразитических бактерий рода Micavibrio, поражающих грамотрицательные бактерии // Микробиология. 1983. — Т. 52. — С. 777−782.
- Никитин Д.И. Техника прямого микроскопирования для наблюдения микроорганизмов в почве // Микробиология. 1973.
- Никитин Д.И. Использование электронной микроскопии для изучения почвенных суспензий и культур микроорганизмов. // Советское почвоведение. 1964. — С. 636−641.
- Никитин Д.И., Васильева Л. В., и Лохмачева P.A. Новые и редкие формы почвенных микроорганизмов / М.: Изд. «Наука».- 1966. 70 с.
- Павлова И.Н., Тимьянова Н. З., Толнер Л. Г. Антимикробные свойства некоторых термофильных бацилл // Микробиологический журнал. 1991. — Т.53. — С. 84−89.
- Поливцева В.Н. Цитология паразитизма ультрамикробактерии Kaistia sp. штамм NF1. Магист. диссер. по на направл. 20 200 Биология // Поливцева Валентина Николаевна. -Пущино. 2008. — 49 с.
- Северин А.И. Бактериолитические ферменты микроорганизмов: теоретические и прикладные аспекты: автореф. диссер. на соискание ученой степени д.б.н., Пущино, 1993.
- Сергиев В.П., Филатов H.H. Инфекционные болезни на рубеже веков. Осознание биологической угрозы / М.: Наука. 2006. — 572 с.
- Степная О.А., Цфасман И. М., Логвина И. А., Рязанова Л. П., Муранова Т. А., Кулаев И. С. Выделение и характеристика новой внеклеточной бактериолитической эндопептидазы Lysobacter sp.XLl // Биохимия. 2005. — Т. 70. — С. 1250−1257.
- Шлегель Г. Общая микробиология // М.: Изд. «Мир». 1972. — 476 с.
- Abram D., Castro е Melo J., Chou D. Penetration of Bdellovibrio bacteriovorus into host cells // J Bacteriol 1974. — V. 118. — P. 663−680.
- Abram D., Davis B.K. Structural properties and features of parasitic Bdellovibrio bacteriovorus II J. Bacteriol. 1970. — V. 104. — P. 948−965.
- Afinogenova A.V., Markelova N.Y., Lambina V.A. Detection of enzyme activities of some metabolic pathways in Micavibrio admirandus and Bdellovibrio bacteriovorus II Zentralblatt fur Microbiologic. 1986. -V. 141. — P. 471−475.
- Akerman K.K., Kuronen I., Kajander E.O. Scanning electron microscopy of nanobacteria -Novel biofilm producing organisms in blood // Scanning. 1993. — V. 15. — P. 90 — 91.
- Bae H.C., Cota-Robles E.H., Casida L.E., Jr. Microflora of soil as viewed by transmission electron microscopy // Appl. Microbiol. 1972. — V. 23. — P. 637 — 648.
- Bakken L.R. and Lindahl V. Recovery of bacterial cells from soil / In «Nucleic acids in the Environment: Methods and Applications» (J. D. Van Elsas and J. T. Trevors, eds.). Springer, Heidelberg, 1995.-P. 9−27.
- Bakken L.R. and Olsen R. A. The relationship between cell size and viability of soil bacteria // Microbial. Ecol. 1987. — 13. — P. 103−114.
- Bakken L.R. and Olsen R.A. DNA-content of soil bacteria of different cell size // Soil Biol. Biochem. -1989.-V.21.-P. 789−793.
- Benmalek Y., Cayol J.L., Bouanane A.N., Hacene H., Fauque G. and Fardeau M.L. Chryseobacterium solincola sp. nov., isolated from soil International // IJSEM. 2010. — 60. — P. 1876−1880.
- Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology: Volume 2: The Proteobacteria. SpringerVerlag. — 2005. — 2816 p.
- Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology: Volume 4: The Proteobacteria. Springer-Verlag.-2011.-949 p.
- Berleman J.E. and Kirby J.R. Multicellular development in Myxococcus xanthus is stimulated by predator-prey interactions // J. Bacteriol. 2007. — V. 189. — P. 5675−5682.
- Bernhard S. Synergistic interactions in the microbial world // Antonie van Leeuwenhoek. -2002.-V. 81.-P. 257−261.
- Bjorklund M., <^ift?ioglu N., and Kajander O. Extraordinary survival of nanobacteria under extreme conditions // Proceedings of SPIE. 1998. — V. 3441. — P. 123 — 129.
- Burnham J.C., Stetak T. and Locher G. Extracellular lysis of the bluegreen algae Phormidium luridum by Bdellovibrio bacteriovorus II J. Phycol. 1975. — V. 12. — P. 306−313.
- Button D., Schut F., Quang P., Martin R., and Robertson B. Viability and isolation of marine bacteria by dilution culture: Theory, procedures, and initial results // Appl. Environ. Microbiol. 1993. -V. 59.-P. 881−891.
- Camoin G.F., Gautret P., Montaggioni L.F., and Cabioch G. Nature and environmental significance of microbialites in Quaternary reefs: The Tahiti paradox // Sediment. Geol. 1999. — V. 126.-P. 271−304.
- Casanova J., Bodenan F., Negrel P. and Azaroual M. Microbial control on the precipitation of modern ferrihydrite and carbonate deposits from the Cezallier hydrothermal springs (Massif Central, France) // Sediment. Geol. 1999. — V. 126. — P. 125−145.
- Casida L. E. Jr. Ensifer adhaerens gen. nov., sp. nov.: a Bacterial Predator of Bacteria in Soilt // IJSB. 1982. — V. 32. — P. 339−345.
- Casida L. E. Jr. Protozoan response to the addition of bacterial predators and other bacteria to soil. // Appl. Environ. Microbiol. 1989. — V. 55 — P. 1857−1859.
- Casida L. E. Jr. Relation to copper of N-l, a nonobligate bacterial predator // Appl. Environ. Microbiol. 1987. -V. 53 — P. 1515−1518.
- Casida L.E. Jr. Bacterial Predators of Micrococcus luteus in Soil // Appl. Environ. Microbiol. -1980.-V. 39.-P. 1035−1041.
- Casida L.E. Jr. Competitive Ability and Survival in Soil of Pseudomonas Strain 679−2, a Dominant, Nonobligate Bacterial Predator of Bacteria // Appl. Environ. Microbiol. 1992. — V. 58. -P. 32−37.
- Casida L.E. Jr. Minireview: Nonobligate Bacterial Predation of Bacteria in Soil // Microb. Ecol. 1988.-V. 15.-P. 1−8.
- Casida, L. E. Jr. Observation of microorganisms in soil and other natural habitats // Appl. Microbiol.-1969.-V. 18.-P. 1065−1071.
- Cavicchioli R. and Ostrowski M. Ultramicrobacteria // In: eLS. John Wiley & Sons Ltd, Chichester. 2003. — www.els.net. — P. 1−8.
- Chauhan A., Williams H.N. Response of Bdellovibrio and like organisms (BALOs) to the migration of naturally occurring bacteria to chemoattractants // Curr. Microbiol. 2006. — V. 53. — P. 516−522.
- Cisar J.O., Xu D.Q., Thompson J., Swaim W., Hu L., Kopecko D.J. An alternative interpretation of nanobacteria-induced biomineralization // PNAS. 2000. — Y.97. — P. 11 511−11 515.
- Davidov Y., Huchon D., Koval S.F., Jurkevitch E. A new alpha-proteobacterial clade of Bdellovibrio-Wks, predators: implications for the mitochondrial endosymbiotic theory // Environ. Microbiol. -2006. V. 8.-P. 2179−2188.
- Duda V. I. Ultramicrobacteria // In: eLS. John Wiley & Sons Ltd, Chichester. 2011, http://www.els.net doi: 10.1002/9 780 470 015 902.a0000309.pub2.
- Eckardt T. A rapid method for identification of plasmid deoxyribonucleic acid in bacteria // Plasmids. 1978. — V. 1. — P. 584−588.
- Eilers H., Pernthaler J., Glockner F.O., Amann R. Culturability and in situ abundance of pelagic bacteria from the North Sea // Appl. Environ. Microbiol. 2000. — V. 66. — P. 3044−3051.
- Folk R. L. and Rasbury E. T. Nanometre-scale spheroids on sands, Vulcano, Sicily: Possible nannobacterial alteration // Terra Nova. 2002. — V. 14. — P. 46975.
- Folk R.L. and Lynch F.L. The possible role of nannobacteria (dwarf bacteria) in clay-mineral diagenesis and the importance of careful sample preparation in highmagnification SEM study // J. Sediment. Res. 1997. — V. 67. — P. 583−589.
- Folk R.L. and Taylor L.A. Nannobacterial alteration of pyroxenes in Martian meteorite Allan Hills 84 001 // Meteor. Planet. Science. 2002. — V. 37. — P. 1057−1069.
- Folk R.L. In defense of nannobacteria // Science. 1996. — 274. — P. 1285e-1289e.
- Folk R.L. Nannobacteria and the precipitation of carbonate in unusual environments // Sediment. Geol. 1999. — V. 126. — P. 47−55.
- Folk R.L. SEM imaging of bacteria and nannobacteria in carbonate sediments and rocks // Journal of sedimentary petrology. 1993. — V. 63. — P. 990 — 999.
- Germida J. J. and Casida Jr. L. E. Ensifer adhaerens predatory activity against other bacteria in soil, as monitored by indirect phage analysis // Appl. Environ. Microbiol. 1983. — V. 45. — P. 1380— 1388.
- Giovannoni S.J., Bibbs L., Cho J.C., Stapels M.D., Desiderio R., Vergin K.L., Rappe M.S., Laney S., Wilhelm L.J., Tripp H.J., Mathur E.J., Barofsky D.F. Proteorhodopsin in the ubiquitous marine bacterium SARI 1 // Nature. 2005a. — V. 438. — P. 82−85.
- Guerrero R., Pedros-Alio C., Esteve I., Mas J., Chase D., Margulis L. Predatory prokaryotes: predation and primary consumption evolved in bacteria // PNAS. 1986. — V. 83. — P. 2138−2142.
- Hahn M.W. Broad diversity of viable bacteria in «sterile» (0,2 m) filtered water // Res. Microbiol. 2004. — V. 155.-P. 688−691.
- Hahn M.W., Stadler P., Wu Q.L., and Pockl, M. The filtration-acclimatization method for isolation of an important fraction of the not readily cultivable bacteria // J. Microbiol. Methods. -2004.-V. 57.-P. 379−390.
- Hahn W.M. and Hofle G.M. Flagellate Predation on a Bacterial Model Community: Interplay of Size-Selective Grazing, Specific Bacterial Cell Size, and Bacterial Community Composition // Appl. Environ. Microbiol 1999. — V. 65. -No. 11. — P. 4863872.
- Hahn W.M. Isolation of strains belonging to the cosmopolitan Polynucleobacter necessarius cluster from freshwater habitats located in three climatic zones // Appl. Environ. Microbiol. 2003. -V. 69.-P. 5248−5254.
- Hamilton A. Nanobacteria: gold mine or minefield of intellectual enquiry? // Microbiology Today. 2000. — V. 27. — P. 182−184.
- Hampton T. Researchers eye. Predatory bacterium for novel antimicrobial strategies.// J. Am. Med. Assoc. 2004. — V. 291. — P. 1188−1189.
- Harwood-Sears V. and Gordon A.S. Copper-induced production of copper-binding supernatant proteins by the marine bacterium Vibrio alginolyticus II Appl. Environ. Microbiol. 1990. — V. 56. -P. 1327−1332.
- Hood M.A., MacDonnel M.T. Distribution of ultramicrobacteria in a gulf coast estuary and induction of ultramicrobacteria // Microb. Ecol. 1987. — V. 14. — P. 113 — 127.
- Huber H., Hohn M.J., Rachel R., Fuchs T., Wimmer V.C., Stetter K.O. A new phylum of Archaea represented by a nanosized hyperthermophilic symbiont // Nature. 2002. — V. 417. — P. 6367.
- Huxley H.E. Some aspects of staining of tissue for sectioning // J. Roy. Micr. Soc. 1958. — V. 78.-P. 30−32.
- Iizuka T., Yamanaka S., Nishiyama T., and Hiraishi A. Isolation and phylogenetic analysis of aerobic copiotrophic ultramicrobacteria from urban soil // J. Gen. Appl. Microbiol. 1998. — V. 44. -P. 75−84.
- Im W.T., Yokota A., Kim M.K. and Lee S.T. Kaistia adipata gen. nov., spec, nov., a novel Alphaproteobacterium II J. Gen. Appl. Microbiol. 2004. — V. 50. — P. 249−254.
- James W. Moulder Comparative Biology of intracellular parasitism // Microbiological reviews 1985. — V. 49.-P. 298−337.
- Jin L., Kim K. K., Lee H. G., Ahn C.Y., Oh H. M. Kaistia defluvii sp. nov., isolated from river sediment // IJSEM. 2012. — V. 62. — P. 2878−2882.
- Jin L., Kim K.K., Baek S.H., Lee S.T. Kaistia geumhonensis sp. nov. and Kaistia dalseonensis sp. nov., two members of the class Alphaproteobacteria. // IJSEM. 2011. — V. 61. — P. 2577−2581.
- Jurkevitch E. Predatory Behaviors in Bacteria—Diversity and Transitions // Microbe. 2007. -V. 2.-P. 67−73.
- Jurkevitch E., Davidov Y. Phylogenetic Diversity and evolution of predatory prokaryotes / In Microbiol Monogr Predatory Prokaryotes. E. Jurkevitch. — 2006. — P. 11−56.
- Kadouri D., Venzon N.C., and O’Toole G.A. Vulnerability of pathogenic biofilms to Micavibrio aeruginosavorus II Appl. Environ. Microbiol. 2007. — V. 73. — P. 605−614.
- Kajander E.O. and Cifitcioglu N. Nanobacteria an alternative mechanism for pathogenic intra-and extracellular calcification and stone formation // PNAS. — 1998. — V. 95. — P. 8274−8279.
- Kajander E.O., Bjorklund M., Ciftcioglu N. Mineralization by nanobacteria // Proceedings of SPIE. 1998. — V. 3441. — P. 86 — 94.
- Kajander E.O., Tahvanainen E., Kuronen I., Ciftcioglu N. Comparison of Staphylococci and novel bacteria-like particles from blood // Zentralbl. Bacteriol. 1994. — V. 26. — P. 147 — 149.
- Kajander O., Kuronen I., Akerman K., Pelttari A. and Ciftcioglu N. Nanobacteria from blood, the smallest culturable autonomously replicating agent on Earth // Proceedings of SPIE. 1997. — V. 3111.-P. 420−428
- Kim S.J., Weon H-Y., Kim Yi.S., Anandham R., Yoo S.H., Park In.Ch., Kwon S.Wo. Kaistia terrae sp. nov., isolated from a wetland in Korea // IJSEM. 2010. — V. 60. — P. 949−952.
- Kolter R.,'Siegele D.A., Tormo A. The stationary phase of the bacterial life cycle // Annul. Rev. Microbiol. 1993. — V. 47. — P. 855−874.
- Kooi B.W. and Kooijman S.A.L.M. Existence and stability of microbial prey-predator systems // Journal of Theoretical Biology. 1994. — V. 170. — P. 75−85.
- Koval S.F. and Bayer M.E. Bacterial capsules: no barrier against Bdellovibrio II Microbiology. 1997. — V. 143.-P. 749−753.
- Lambert C., Morehouse A K., Chang C.-Yi and Sockett R.E. Bdellovibrio: growth and development during the predatory cycle // Current Opinion in Microbiology. 2006. — V. 9. — P. 639 644.
- Lauro F. M., McDougald D., Thomas T., Williams T.J., Egan S., Rice S., DeMaere M.Z., Ting L., Ertan H., Johnson J., Ferriera S., Lapidus A., Anderson I., Kyrpides N., Munk A.C., Detter C., Han
- C.S., Brown M.V., Robb F.T., Kjelleberg S., Cavicchioli R. The genomic basis of trophic strategy in marine bacteria // PNAS. 2009. — V. 106. — P. 15 527−15 533.
- Lee H.W., Yu H.S., Liu Q.M., Jung H.M., An D.S., Im W.T., Jin F.X. and Lee S.T. Kaistia granuli sp. nov., isolated from anaerobic granules in an upflow anaerobic sludge blanket reactor // IJSEM. 2007. — V. 57. — P. 2280−2283.
- Loveland-Curtze J., Miteva V., Brenchley J. Novel ultramicrobacterial isolates from a deep Greenland ice core represent a proposed new species, Chryseobacterium greenlandense sp. nov. // Extremophiles. 2010. — V. 14. — P. 61 — 69.
- Loveland-Curtze J., Miteva V.I., Brenchley J.E. Herminiimonas glaciei sp. nov., a novel ultramicrobacterium from 30 042 m deep Greenland glacial ice // IJSEM. 2009. — V. 59. — P. 12 721 277.
- Luft J.H. Electron microscopy of cell extraneous coats as revealed by ruthenium red staining // J. Cell Biol. 1964. — V. 23. — P. 54A-55A.
- MacDonell M.T. and Hood M.A. Isolation and characterization of ultramicrobacteria from a Gulf Coast estuary // Appl. Environ. Microbiol. 1982. — V. 43. — P. 566−571.
- Makkar N.S. and Casida L.E. Jr. Cupriavidus necator gen. nov., sp. nov.: a Nonobligate Bacterial Predator of Bacteria in Soilt // IJSB. 1987. — V. 37. — P. 323−326.
- Markelova N.Y.' and Gariev I.A. Predatory bacteria Bdellovibrio: survival strategy // Pro. Biochem. 2005. — V. 40. — P. 1089 — 1094.
- Martin M.O. Predatory prokaryotes: an emerging research opportunity // J. Mol. Microbiol. Biotechnol. 2002. — V. 4. — P. 467−477.
- May H.D., Miller G.S., Kjellerup B.V. and Sovers K.R. Dehalorespiration with polychlorinated biphenyls by an anaerobic ultramicrobacterium // Appl. Environ. Microbiol. 2008. — V. 74. — P. 2089−2094.
- Mendelson N.H. Asymmetrical cell division and production of deoxyribonucleic acidless bacteria. // J. Bacteriol. 1972. — V. 112. — P. 298−300.
- Miteva V.I. and Brenchley J.E. Detection and isolation of ultrasmall microorganisms from a 120,000-year-old Grenland glacier ice core // Appl. Environm. Microbiol. 2005. — V. 71. — P. 78 067 818.
- Miyoshi T., Iwatsuki T., Nagatiuma T. Phylogenetic characterization of 16 rRNA gene clones from deep-groundwater microorganisms that pass through 0,2 micrometer — pore — size filters // Appl. Environ. Microbiol. — 2005. — V. 71. — P. 1084−1088.
- Morita R.Y. Bioavailability of energy and its relationship to growth and starvation survival in nature // Canadian Journal of Microbiology. 1988. — V. 34. — P. 436−441.
- Morris R.M., Rappe M.S., Connon S.A., Vergin K.L., Siebold W.A., Carlson C.A., Giovannoni S.J. SAR11 clade dominates ocean surface bacterioplankton communities // Nature. 2002. — V. 420. -P. 806−810.
- Nakabachi A., Yamashita A., Toh H., Ishikawa H., Dunbar H.E., Moran N.A., Hattori M. The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella// Science. 2006 — V. 314. — P. 267.
- Nakai R., Abe T., Takeyama H., Naganuma T. Metagenomic Analysis of 0,2-|j.m-Passable Microorganisms in Deep-Sea Hydrothermal Fluid // Mar. Biotechnol. 2011. — V. 13. — P. 900−908.
- Panikov N. Contribution of Nanosized Bacteria to the Total Biomass and Activity of a Soil Microbial Community // Adv. Appl. Microbiol. 2005. — V. 57. — P. 245 — 296.
- Psenner R., Loferer M. Nannobacteria: size limits and evidence // Science. 1997. — V. 276. -P. 1776−1777.
- Raoult D., Audic S., Robert C., Abergel C., Renesto P., Ogata H., La Scola B., Suzan M., Claverie J.M. The 1,2-megabase genome sequence of Mimivirus // Science. 2004. — V. 306. — P. 1344−1350.
- Rappe S.M., Connon A.S., Vergin L.K. and Giovannoni J.S. Cultivation of the ubiquitous SARI 1 marine bacterioplankton clade // Nature. 2002. — V. 418. — P. 630 — 633.
- Reynolds E. The use of lead citrate at high pH as an electron opaque stain in electron microscopy // J. Cell Biol. 1963. — V. 17. — P. 208−212.
- Rutz B. A. and Kieft T. L. Phylogenetic characterization of dwarf archaea and bacteria from a semiarid soil // Soil Biol. Biochem. 2004. — 36. — P. 825−833.
- Sacchi L. Ultrastructural basis of interactions between prokaryotes and eukaryotes in different symbiotic models. // Parassitologia Roma. 2004. — V. 46. — P. 19−24
- Sahin N., Gonzalez J.M., Iizuka T., Hill J.E. Characterization of two aerobic ultramicrobacteria isolated from urban soil and a description of Oxalicibacterium solurbis sp. nov. // FEMS Microbiol Lett. 2010. — V. 307. — P. 25−29.
- Schut F., Gottschal J. C. and Prins R. A. Isolation and characterization of the marine ultramicrobacterium Sphingomonas sp. strain RB2256 // FEMS Microbiol. Revi. 1997a. — V. 20. — P. 363−369.
- Schut F., Jansen M., Pedro Gomes M. T., Gotitschal C. J., Harder W., Prins A. R. Substrate uptake and utilization by a marine ultramicrobacterium. // Microbiology. 1995. -V. 141.-P. 351 -361.
- Schut F., Prins R. A. and Gottschal J. C. Oligotrophy and pelagic marine bacteria: facts and fiction // Aquatic Microbial. Ecology. 1997b. — V. 12. — P. 177−202.
- Sedivy R. and Battistutti W. B. Nanobacteria promote crystallization of psammoma bodies in ovarian cancer // APMIS. 2003. — V. 111. — P. 951−954.
- Shemesh Y., Davidov Y., Koval S., Jurkevitch E. Small eats big: ecology and diversity of Bdellovibrio and like organisms, and their dynamics in predator-prey interactions // Agronomie. -2003.-V. 23.-P. 1−7
- Shemesh Y., Jurkevitch E. Plastic phenotypic resistance to predation by Bdellovibrio and like organisms in bacterial prey. // Environ Microbiol. 2004. — V. 6. — P. 12−18.
- Shipp W.S. Cytochromes of Escherichia coli II Arch. Biochem. Biophys. 1972. — V. 150. — P. 459−472.
- Sidhu M. S. and Olsen I. S-layers of Bacillus species // Microbiology. 1997. — 143. — P. 10 391 052
- Sieburth J.M.N., Smetacek V. and Lenz J. Pelagic ecosystem structure: heterotrophic compartments of the plankton and their relationship to plankton size fractions // Limnology and Oceanography. 1978. — V 23. — P. 1256−1263.
- Silbag F.S. Viable ultramicrocells in drinking water // J. Appl. Microbiol. 2009. — V. 106. -P. 105−117.
- Southam G. and Donald R. A structural comparison of bacterial microfossils vs nanobacteria and nanofossils // Earth-Science Reviews. 1999. — V. 48. — P. 251−264.
- Staley J. T. Prosthecomicrobium and Ancalomicrobium: new prosthecate freshwater bacteria // J. Bacteriol. 1968. — V. 95. — P. 1921−1942.
- Strauch E., Beck S., Appel B. Bdellovibrio and Like Organisms: Potential Sources for New Biochemicals and Therapeutic Agents 11 E. Jurkevitch: In Predatory Prokaryotes. 2006. — P. 131 -152.
- Suzuki S., Horinouchi S. and Beppu T. Growth of tryptophase-producing thermophile, Symbiobactrium thermophilum gen. nov., sp. nov., is dependency on co-culture with a Bacillus sp. // J. Gen. Microbiol. 1988. — V. 134. — P. 2353 — 2362.
- Thomashow M.F., Rittenberg S.C. Intraperiplasmic growth of Bdellovibrio bacteriovorus 109J: solubilization of Escherichia coli peptidoglycan // J. Bacteriol. 1978. — V. 135. — P. 998−1007.
- Thomashow M.F., Rittenberg S.C. Intraperiplasmic growth of Bdellovibrio bacteriovorus 109J: attachment of long-chain fatty acids to Escherichia coli peptidoglycan // J. Bacteriol. 1978. — V. 135. -P. 1015−1023.
- Thomashow M.F., Rittenberg S.C. Intraperiplasmic growth of Bdellovibrio bacteriovorus 109J: N-deacetylation of Escherichia coli peptidoglycan amino sugars // J. Bacteriol. 1978. — V. 135. — P. 1008−1014.
- Torrella F. and Morita R. Y. Microcultural study of bacterial size changes and microcolony and ultramicrocolony formation by heterotrophic bacteria in seawater // Appl. Environ. Microbiol. 1981. -V. 41.-P. 518−527.
- Torsvik V., Sorheim R., Goksoyr J. Total bacterial diversity in soil and sediment communities a review. // J. Industr. Microbiol. — 1996. — V. 17. — P. 170 — 178.
- Tsuchiya M., Drake J.F., Jost J.L., and Fredrickson A.G. Predator-Prey Interactions of Dictyostelium discoideum and Escherichia coli in Continuous Culture 1 h. // Journal of Bacteriology. -1972. V. 110.-P. 1147−1153.
- Uwins P.J.R., Webb R.I. and Taylor A.P. Novel nano-organisms from Australian sandstones // American Mineralogist. 1998. — V. 83. — P. 1541−1550.
- Vancanneyt M., Schut F., Snauwaert C., Goris J., Swings J. and Gottschal J. C. Sphingomonas alaskensis sp. nov., a dominant bacterium from a marine oligotrophic environment // IJSEM. 2001. -V. 51.-P. 73−79.
- Vandamme P. and Coenye T. Taxonomy of the genus Cupriavidus: a tale of lost and found International // IJSEM. 2004. — V. 54. — P. 2285−2289.
- Vasilyeva N.V., Tsfasman I.M., Suzina N.E., Stepnaya O.A., Kulaev I.S. Secretion of bacteriolytic endopeptidase L5 of Lysobacter sp. XL1 into the medium by means of outer membrane vesicles // FEBS J. 2008. — V. 275. — P. 3827 — 3835.
- Velimirov B. Nanobacteria, ultramicrobacteria and starvation forms: a search for the smallest metabolizing bacterium // Microbes and Environments. 2001. — V. 16. — P. 67−77.
- Wang Z., Kadouri D.E., Wu M. Genomic insights into an obligate epibiotic bacterial predator: Micavibrio aeruginosavorus ARL-13 // BMC Genomics. 2011. — V. 12. — P. 453.
- Weon H.Y., Lee Ch.M., Hong S.B., Kim B.Y., Yoo S.H., Kwon S.W. and Go S.J. Kaistia soli sp. nov., isolated from a wetland in Korea // IJSEM. 2008. — V. 58. — P. 1522−1524.
- Workshop Size Limits of Very Small Microorganisms // Proceedings of a Workshop. Washington, DC: National Academy Press, 1999.
- Yang C.H., Menge J. A., and Cooksey D.A. Role of copper resistance in competitive survival of Pseudomonas fluorescens in soil. // Appl. Environ. Microbiol. 1993. — V. 59. — P. 580−584.
- Yi H., Yoon H. I. and Chun J. Sejongia antarctica gen. nov., sp. nov. and Sejongia jeonii sp. nov., isolated from the Antarctic // IJSEM. 2005. — V. 55. — P. 40916.
- Zhou J., Bruns M. and Tiedje J. DNA recovery from soils of diverse composition // Appl. Environ. Microbiol. 1996. — V. 62. — P. 316−322.
- Zhou J., Xia B., Huang H., Palumbo A.V. and Tiedje J.M. Microbial diversity and heterogeneity in sandy subsurface soils // Appl. Environ. Microbiol. 2004. — V. 70. — P. 1723−1734.