Все реки страны берут свое начало за пределами ее территории, поэтому ресурсы воды, используемой для полива теперь зависят от соседних государств.
Крупнейшей рекой Туркменистана по праву может быть названа Аму-дарья (расход воды у г. Атамурат (бывш. Керки) — 2000 м8/с). Менее многоводными, теряющимися в песках, являются реки Мургаб и Теджен. На западе страны р. Атрек впадает в Каспийское море. Большинство рек маловодны, с пересыхающими руслами. Страна имеет существенный дефицит воды. Значительную часть воды разбирают па орошение, к тому же вода испаряется или фильтруется в почву.
Специально для подачи воды Амударьи в центральные районы страны в советские времена был прорыт Каракумский канал. В перспективе он будет продолжен до столицы самого западного велаята страны г. Балканабат (быв. Гебит-Даг). В правобережье используют проложенные из Амударьи в Узбекистан каналы Аму-Бухарский и Каргаинский. На Каракумском канале, а также на реках Мургаб и Теджен построено несколько водохранилищ для создания резервных запасов воды. В предгорной зоне до сих пор еще используют кяризные галереи для подачи на поверхность грунтовых вод. В советский период были проведены значительные работы по обводнению каракумских пастбищ. В настоящее время правительство страны реализует проект создания в Каракумах па базе естественной впадины Карашор искусственного Туркменского озера, в котором могли бы аккумулироваться и в дальнейшем очищаться все сбросные и коллекторно-дренажные воды с орошаемых массивов.
Каспийское море как самый крупный водоем страны используют для судоходства и рыболовства, а также в качестве источника воды (после опреснения) для прибрежных населенных пунктов. Значительные изменения уровня Каспия в историческом прошлом наносили серьезный ущерб прибрежному хозяйственному комплексу. Подъем уровня моря в 1977—1997 гг. привел к затоплению пониженных прибрежных частей. Проект советских времен (в период понижения уровня моря) по строительству перемычки в проливе Кара-Богаз-Гол для экономии воды в основной части моря оказался неудачным. Создались неблагоприятные гидрологические условия. Перемычку пришлось уничтожить.
Из других водных объектов стоит назвать несколько соленых озер. Крупнейшее из них — Сарыкамышское озеро на северо-западе страны, возникшее на месте почти высохшего водоема в результате сброса поливных вод из оазисов, расположенных в нижнем течении Амударьи. Несколько озер имеется в понижениях, оставшихся после отступания с этой территории Каспийского моря. Самое большое из них оз. Куули. В нем добывают поваренную соль. В горных районах распространены под земные озера карстового происхождения.