До сих пор историки не знают в подробностях, как произошло охлаждение царя Алексея Михайловича, прежде считавшего патриарха своим лучшим другом. Никон почувствовал, что Алексей охладел по отношению к нему. В 1658 г. в Москве проходила торжественная встреча грузинского царевича Теймураза; в его честь царь дал обед, на который патриарх позван не был. Более того, во время шествия во дворец царский окольничий обидел боярина, близкого к Никону, ударив его палкой по голове. Этот поступок был оставлен царём безнаказанным. Затем в праздник Казанской Божьей Матери, 8 июля, и в праздник положения Ризы Господней, 10 июля, Алексей Михайлович, несмотря на приглашение патриарха в собор не явился. Это было в глазах Никона прямым оскорблением патриаршества как духовной власти, которую он ставил выше власти царской. И тогда Никон отправился пешком, с одной клюкой, в Воскресенский (ныне Новоиерусалимский) монастырь. Добровольный уход Никона с патриаршего престола был невиданным событием и воспринимался в обществе трагически.
Но примирения, ожидавшегося Никоном после его демонстративного затворничества в монастыре, со стороны царя не последовало. Срочно из ссылки возвратили протопопа Аввакума, и ему было предложено стать царским духовником, правда при условии отказа от старой веры, Но для ревностного сторонника старых обрядов это было невозможно, ив 1664 г. он был сослан вновь. Столица да и всё московское царство были в великом смятении. Старую веру поддерживали широкие массы народа, части духовенства и известные и влиятельные боярские семейства (такие, как Морозовы, Урусовы). Церкви оставались пустыми, поэтому священники вынуждены были вернуться к службе по старым книгам.
