В основе церковной политики короля Вильгельма лежала его убеждённость в том, что надзор за состоянием церкви является одной из основных обязанностей монарха.
На посты епископов и аббатов стали назначаться исключительно нормандцы и к 1086 году во всей стране остался лишь один епископ англосаксонского происхождения. Это, с одной стороны, привело к некоторому отчуждению низшего духовенства, а с другой — значительно укрепило контроль центральной власти над церковью и способствовало внедрению в английской церкви современных религиозных идей и практик.
Было установлено, что, что любые нововведения в церковных вопросах должны предварительно одобряться королём. Более того, епископам было запрещено без санкции монарха предпринимать поездки в Рим, даже по вызову папы.
Смерть
Последняя война Вильгельма развернулась во Франции. В начале 1087 года французский гарнизон Манта, центра Вексена, разорил нормандское графство Эврё. Вильгельм, прибывший в Нормандию ещё в конце 1086 года, потребовал у Филиппа I возвращения Вексена, а после отказа осадил и сжег Мант. Королевский конь, проезжая по пожарищу, наступил на горячие угли, опрокинулся и ранил Вильгельма в живот. В течение последующих шести месяцев Вильгельм медленно умирал, страдая от жестоких болей. Раскаиваясь в своих злодеяниях, Вильгельм послал деньги на восстановление сожженных в Манте церквей и освободил политических заключенных.
9 сентября 1087 года Вильгельм Завоеватель скончался в возрасте 60 лет в монастыре Сен-Жерве, около Руана. Герлуин, единственный рыцарь, оставшийся верным своему королю, перевез тело в Кан, в церковь св. Стефана, где и захоронили тело Вильгельма I.
