Целью создания заповедника является сохранения уникальных высокогорных природных комплексов и восстановления численности редких и исчезающих видов животных (снежного барса, манула, барана-аргали и других).
Заповедник работает по следующим направлениям и программам: осуществляет проект Устойчивое жизнеобеспечение населения (УЖН):
- — на территории сотрудничества проводится финансирование микро-проектов, направленных на развитие предпринимательской активности населения — в первую очередь пчеловодства, а также животноводства и растениеводства;
- — зарегистрирован товарный знак заповедника для реализации органически чистой продукции Республики Алтай.
На территории центральной усадьбы находится этно-экологический музей алтайской культуры. Музей создан в восьмиугольном бревенчатом аиле — традиционном жилище алтайцев.
Здесь расположена экспозиция традиционных предметов быта — национальная одежда (женская и мужская), посуда (тажуур — кожаный сосуд для хранения молока, тепши — большое блюдо, пиалы, туески), музыкальные инструменты (икили — смычковый инструмент, комыс — язычковый инструмент, шоор — духовой инструмент, тип продольной флейты), охотничье и скотоводческое снаряжение (кырлу — самодельное ружье, камчы — кнут, конская сбруя) и пр.
Помимо прямых целей, заповедник выполняет еще как минимум одну функцию — она выражена в том, что каждый, посетивший Катунский резерват будет переполнен приятными эмоциями и воспоминаниями, ведь невозможно описать ту красоту, что вы увидите, побывав в этом месте.
