Второй Большой конгресс ОУН, который состоялся в Риме 27 августа 1939 г., избрал председателем организации А. Мельника и присвоил ему титул «вождя», провозгласив что он в ответе лишь «перед Богом, нацией и своей собственной совестью». Эта мера неожиданно привела к противоположному последствию: Степан Бандера, который был освобожден из заключения после краха Польши в 1939 г., вместе со своими последователями, организовал в ноябре 1940 г. Революционный провод и провозгласил себя наследником Е. Коновальца.
В апреле 1941 г. фракция C. Бандеры провела свой собственный Второй Чрезвычайный конгресс в Кракове, который провозгласил Римский конгресс незаконным, избрал С. Бандеру главой ОУН. Большинство краевых членов признали полномочия С. Бандеры, и вскоре разлом стал необратимым. Две новые фракции, по именам своих лидеров, стали известны как ОУН (Б) — «бандеровцы» и ОУН (М) — «мельниковцы». На протяжении войны ОУН (Б) приняла название Революционная ОУН (Р).
Ориентация на Германию
Обе фракции надеялись использовать неизбежный конфликт между Германией и СССР для установления независимого Украинского государства. Каждая фракция пыталась добиться союза с национал-социалистической Германией. Перенос А. Гитлером Карпатской Украины венграм в 1939 г. вызвала определенный кризис в отношениях с Германией. С согласия немецкого режима ОУН (Б) сформировала батальоны «Нахтигаль» и «Роланд», которые должны были составить ядро будущей украинской армии. Позже из украинских националистов была сформирована дивизия СС «Галичина».
Вслед за германским вторжением на территорию СССР ОУН (Б) провозгласила 30 июня 1941 г. во Львове Акт создания Украинского государства и сформировала Украинское Государственное Правление во главе с Я. Стецько. ОУН (Б) ожидала, что нацисты смирятся с этим. Попытка провозглашения государства вызвала недовольство А, Гитлера, и С. Бандера и несколько его сообщников были арестованы и заключены гестапо. Управление организацией осуществлял М. Лебедь, который в мае 1943 г. передал полномочия Роману Шухевичу .
Обе фракции, посылали производные группы в Надднепрянскую Украину. Их численность составляла около 2000 чел. (в основном членов ОУН (Б)). Группа ОУН (М), которая достигла в сентябре 1941 г. Киева, выпускала газету «Украинское Слово» и сформировала Украинский Национальный Совет (во главе с М. Величковским), состоявший преимущественно из восточных украинцев. Ее члены были арестованы в декабре 1941 г., и более 40 из них, вместе с О. Телигой и их лидером О. Ольжичем, были уничтожены.
А. Мельника держали под домашним арестом в Берлине в январе 1944 г., когда вместе с другими арестованными главными деятелями ОУН (М) его отправили в концентрационный лагерь Заксенхаузен.
