В XIII в. Босния пережила три Крестовых похода, проведенных венгерскими королями в целях искоренения ереси богомильства. Страна была сильно разорена нашествием крестоносцев. Множество богомилов было избито, и только природа страны — горы и леса — спасали последователей этого учения от поголовного истребления, которое постигло их единомышленников альбигойцев (катаров) на Западе.
К началу XIV в. страна оправилась от разорений и войн и в 1300 г. боснийский правитель Павел Бребир даже присоединил Герцеговину. В годы правления в Сербии царя Стефана Великого Босния вошла в состав Сербского государства, но после смерти этого правителя вновь стала независимой (1355). При боснийском правителе Стефане Тврдко, принявшем титул короля и венец из рук латинского священства, Босния обрела временную стабильность. Но в конце правления короля Стефана на восточных границах Боснии обозначилась османская угроза.
Когда король Лазарь стал собирать силы в городе Крушеваце для отпора туркам, ему в помощь из Боснии пришло 30 тыс. воинов под руководством воеводы Влатко Вуковича. В роковой битве на Косовом поле боснийцы стойко дрались против османов на левом плече сербского войска. Многие погибли. Лишь часть из них отступила на север и долгое время удерживала турок от вторжения в пределы Боснии. Вскоре в стране началась междоусобица и боснийские феодалы признали себя данниками султана.
В XV в. между турками и венграми началась ожесточенная война. Боснийский король Стефан VII Фомич выступил со своим войском на стороне Венгрии. Огромное войско султана Мехмеда II разгромило венгров, а затем обрушилось на Боснию и страшно опустошило страну. Боснийцы были разгромлены, их король попал в плен и был казнен. Босния и Герцеговина превратились в турецкие провинции (1463) 30 тыс. боснийских мальчиков и юношей были обращены в ислам и записаны в корпус янычаров. Почти все бояре и знать ради сохранения своих владений и положения приняли ислам. Исламизация сильно повлияла на судьбу Боснии. Господствующие сословия стало опорой и усердными слугами турецкой власти. Одновременно они сохранили свой славянский язык, свои феодальные права и организацию. Отуреченные потомки знатных боснийских родов — боснийские беги и аги — достигли в своей стране значительной самостоятельности и власти, так как их владения находились на окраинах османской империи в Европе. Турецкие наместники и чиновники редко вмешивались в их дела. Боснийское войско стало принимать активное участие в походах османской армии. Ислам все более распространялся в Боснии, и к XVII в. его приняло большинство боснийского населения.
