Молекулярная гетерогенность госпитальных штаммов ванкомицин-устойчивых Enterococcus faecium в гематологии
![Диссертация: Молекулярная гетерогенность госпитальных штаммов ванкомицин-устойчивых Enterococcus faecium в гематологии](https://westud.ru/work/3733921/cover.png)
За последние два десятилетия у штаммов Е. faeciurn выявлены новые генетические характеристики, к которым относятся гены резистентности к антибиотикам и вирулентности. Нельзя исключить, что эволюционные изменения, происходящие у Е. faecium, ведут к возникновению новой госпитальной линии штаммов с особыми характеристиками. Известно, например, что возбудитель чумы Yersinia pestis произошел… Читать ещё >
Содержание
- Список использованных сокращений
Глава 1. Обзор лигерагуры «Молекулярные механизмы устойчивости к ванкомицину и вирулентность госпитальных штаммов энтерококков».
1.1 Общая характеристика ЕЫегососсиь эрр.
1.2. Молекулярное строение энтерококков.
1.3. Молекулярные механизмы устойчивости энтерококков к ванкомицину.
1.4. Факторы вирулентности энтерококков.
1.5. Молекулярные методы исследования энтерококков.
Глава 2. Материалы и методы исследования.
2.1. Материалы исследования.
2.2. Методы исследования.
22.1. Выделение и идентификация энтерококков.
2.2.2. Палимеразная цепная реакция.
22.3. Пульоздекгрофорез.
22.4.Мупьптокусное секвенирование.
22.5. Сгашсшческая обработка результатов.
Глава 3. Результаты молекулярного типирования штаммов ванкомицин-устойчивых Е. /аесшт.
Глава 4. Результаты исследования структуры транспозонов Тп1546, кодирующих резистентность Е. /аесшт к ванкомицину.
Глава 5. Результаты исследования генов вирулентности Е./аестт.
5.1. Вирулентность ванкомицин-устойчивых штаммов Е. /аестт. 63 5.2 Характеристика вирулентности устойчивых и чувствительных к ванкомицину Е. /аестт.
Глава 6. Результаты мультилокусного секве нир ован ия эпидемических штаммов Е. ^аестт.
Список литературы
- Билимова С.И. Характеристика факторов персистенции энтерококков. // Журн. микробиол. 2000 — № 4. — С. 104−105.
- Глазер В.М. Генетическая рекомбинация без гомологии: процессы, ведущие к перестройкам. // Соросовский образ, ж-л. 1998 -№ 7. — С. 2228.
- Голуб A.B., Козлов P.C. Антибактериальная профилактика инфекций области хирургического вмешательства в колоректальной хирургии. // Клин, микробиол. антимикроб, химиотер. — 2000. — Т. 9. № 3. — С. 244 252.
- Гучев И. А. Современные препараты в лечении инфекций, вызванных оксациллиноустойчивыми стафилококками и энтерококками. // Инфекц. антимикроб, тер. — 2005. Т. 7. — № 2. — С. 24−35.
- Дехнич A.B., Кречикова О. И., Туркова Л. И., Страчунский JI.C. Энтерококковое носительство и антибиотикорезистентность в отделении выхаживания недоношенных новорожденных. // Клин, микробиол. антимикроб, химиотер. 2001. — Т. 3. — № 1. — С. 28−38.
- Клясова Г. А. Практические рекомендации по антибактериальной терапии инфекций у пациентов с нейтропенией. // Клин, микробиол. антимикроб, химиотер. — 2003. — Т. 5. № 1. — С. 47−73.
- Лопухов Л.В., Эдельштейн М. В. Полимеразная цепная реакция в клинической диагностике. // Клин, микробиол. антимикроб, химиотер. 2000. — Т.2. — № 3. — С.96−106.
- Платонов А.Е. Мультилокусное секвенирование-типирование. Сб. Генодиагностика бактериальных менингитов и генотипирование их возбудителей. Под. ред. Платонова А. Е., Шипулина Г. А., Тютюнника E.H., Платоновой O.B. М. — 2001. — С. 27−31.
- Сидоренко С.В., Резван С. П., Грудинина С. А., Кротова JI.A., Стерхова Г. В. Результаты многоцентрового исследованияантибиотикочувствительности энтерококков. // Антиб. химиотер. -1998. Т.43. — № 9. — С. 9−17.
- Ю.Сидоренко С. В. Инфекционный процесс как «диалог» между хозяином и паразитом. // Клин, микробиол. антимикроб, химиотер. — 2001. Т. 3. -№ 4. С. 301−315.
- П.Сидоренко С. В. Исследования распространенияантибиотикорезистентности: практическое значение для медицины. Инфекц. антимикроб, тер. 2002. — Т. 4. — № 2. — С. 38−41.
- Сидоренко С.В. Клиническое значение антибиотикорезистентности грамположительных микроорганизмов. // Инфекц. антимикроб, тер. — 2003.-Т. 5.-№ 2.-С. 3−15.
- Сидоренко С.В., Тишков В. И. Молекулярные основы резистентности к антибиотикам. // Успехи биол. химии. — 2004. — Т. 44. — С. 263−306.
- Тюрин В.П., Тихонов Ю. Г. Антибактериальная терапия инфекционного эндокардита. // Клин, микробиол. антимикроб, химиотер. — 2000. — Т. 2. -№ 2.-С. 31−39.
- Шагинян И.А. Роль и место молекулярно-генетических методов в эпидемиологическом анализе внутрибольничных инфекций. // Клин, микробиол. антимикроб, химиотер. — 2000. — Т. 2. № 3. — С. 82−95.
- Andrews Е., Horder Т. A study of streptococci pathogenic for men. // Lancet. 1906. — Vol. 2. — P. 708−713.
- Arthur M., Reynolds P., Courvalin P. Glycopeptide resistance in enterococci. // Trends Microbiol. 1996. — Vol.4. — P. 401−407.
- Bell J., Paton J., Turnidge J. Emergence of vancomycin-resistant enterococci in Australia: phenotypic and genotypic characteristics of isolates // J. Clin. Microbiol. 1998. — Vol. 36. — P. 2187−2190.
- Berti M., Candiani G., Kaufhold A., Muscholl A., Wirth R. Does aggregation substance of Enterococcus faecalis contribute to development of endocarditis? II Infection. 1998. — Vol. 26. — P. 48−53.
- Billot-Klein D. L., Gutmann S., Collatz E., van Heijenoot J. Analysis of peptidoglycan precursors in vancomycin-resistant enterococci. // Antimicrob. Agents Chemother. 1992. — Vol. 36. — P. 1487−1490.
- Billstrom H., Lund B., Sullivan A., Nord C. Virulence and antimicrobial resistance in clinical Enterococcus faecium. II Int. J. Antimicrob. Agents. — 2008. Vol. 32. P. 374−377.
- Bischoff, W. E., Reynolds T. M., Hall G. O., Wenzel R. P., Edmond M. B. Molecular epidemiology of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in alarge urban hospital over a 5-year period. // J. Clin. Microbiol. 1999. — Vol. 37.-P. 3912−3916.
- Bonten M. J., Hayden M. K., Nathan C., Rice T. W., Weinstein, R. A. Stability of vancomycin-resistant enterococcal genotypes isolated from long-term-colonized patients. // J. Infect. Dis. 1998. — Vol. 177. — P. 378−382.
- Brown A. R., Townsley A. C., Amyes S. G. Diversity of Tn1546 elements in clinical isolates of glycopeptide-resistant enterococci from Scottish hospitals. // Antimicrob. Agents Chemother. 2001. — Vol. 45. — P. 13 091 311.
- Coque T.M., Tomayko J.F., Ricke S.C., Okhyusen P.C., Murray B.E. Vancomycin-resistant enterococci from nosocomial, community, and animal sources in the United States. // Antimicrob. Agents Chemother. 1996.-Vol. 40. — P. 2605−2609.
- Darini A., Palepou M.-F.I., Woodford N. Nucleotide sequence of IS1542, an insertion sequence identified within VanA glycopeptide resistance elements of enterococci. // FEMS Microbiol. Lett. 1999. — Vol. 173. — P. 341−346.
- Darini A., Palepou M.-F. I., James D., Woodford N. Disruption of vanS by IS1216V in a clinical isolate of Enterococcus faecium with VanAglycopeptide resistance. // Antimicrob. Agents Chemother. 1999. — Vol. 43.-P. 995−996.
- Demertz E., Paiepou M., Kaufrnann M., Avlamis A., Woodford N. Charecterisation of vanA and vanB elements from glycopeptide-resistant Enterococcus faecium from Greece. // J. Med. Microbiol. —2001. Vol. 50. -P. 682−687.
- Donabedian S. E., Hershberger L. A., Thai J. W., Chow J. W.,. Clewell D. B., Robinson-Dunn B., Zervos M. J. PCR fragment length polymorphism analysis of vancomycin-resistant Enterococcus faecium. II J. Clin. Microbiol. 2000. — Vol. 38. — P. 2885−2888.
- Dowling J. N., Saha A. K., Glew R. H. Virulence factors of the family Legionellaceae. II Microbiol. Rev. 1992. — Vol. 56. — P. 32−60.
- Dupre I., Zanetti S., Schito A.M., Fadda G., Sechi L.A., Incidence of virulence determinants in clinical Enterococcus faecium and Enterococcus faecalis isolates collected in Sardinia (Italy). // J. Med. Microbiol. -2003. — Vol. — 52. — P.491−498.
- Dutka-Malen S., Evers S., Courvalin P. Detection of glycopeptide resistance genotypes and identification to the species level of clinically relevant Enterococci by PCR. // J. Clin. Microbiol. 1995. Vol. 33. — P. 24−27.
- Eaton T. J., Gasson M. J. Molecular screening of Enterococcus virulence determinants and potential for genetic exchange between food and medical isolates. // Appl. Environ. Microbiol. 2001. — Vol. 67. — P. 1628−1635.
- El-Khoury J., Fishman J. A. Linezolid in the treatment of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in solid organ transplant recipients: report ofa multicenter compassionate-use trial. // Transpl. Infect. Dis. — 2003. — Vol. 5.-P. 121−123.
- Elsner H. A., Sobottka L, Mack D., Claussen M., Laufs R., Wirth R. Virulence factors of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium blood culture isolates. // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2000. — Vol. 19. — P. 39−42.
- Feil E. J., Li B. C., Aanensen D. M., Hanage W. P., Spratt B. G. eBURST: inferring patterns of evolutionary descent among clusters of related bacterial genotypes from multilocus sequence typing data. // J. Bacteriol. 2004. -Vol. 186.-P. 1518−1530.
- Frieden T., Munsiff S., Low B., Willey B., Williams G., Faur Y., Eisner W., Warren S., Kreiswirth B. Emergence of vancomycin-resistant enterococci in New York City // Lancet. 1993. — Vol. 342. — P. 76−79.
- Grindley, N.D.F. and R.R. Reed. Transpositional recombination in prokaryotes. //Annu. Rev. Biochem. 1985. — Vol. 54. — P. 863−896.
- Goering R.V. Molecular epidemiology of nosocomial infection: analysis of chromosomal restriction fragment patterns by pulse-field gel electrophoresis. // Infect. Control Hosp. Epidemiol. 1993. — Vol. 14. — P. 595−600.
- Granlund M., Carlsson C., Edebro H., Emanuelsson K., Lundholm R. Nosocomial outbreak of vanB2 vancomycin-resistant Enterococcus faecium in Sweden. // J. Hosp. Infect. 2006. — Vol. 62. — P. 254−256.
- Handwerger S., Skoble J., Discotto L. F., Pucci M. J. Heterogeneity of the vanA gene cluster in clinical isolates of enterococci from the Northeastern United States. // Antimicrob. Agents Chemother. 1995. — Vol. 39. — P. 362−368.
- Handwerger S., Skoble J. Identification of chromosomal mobile element conferring high-level vancomycin resistance in Enterococcus faecium. // Antimicrob. Agents Chemother. 1995. — Vol. 39. — P. 2446−2453.
- Heffron F. Tn3 and its relative. // In Mobile genetic elements. Ed. By Shapiro J.A. Acad. Press, New York. — 1983.- P. 233−250.
- Homan W. L., Tribe D., Poznanski S., Li M., Hogg G., Spalburg E., Van Embden J. D., Willems R. J. Multilocus sequence typing scheme for Enterococcus faecium. II J. Clin. Microbiol. — 2002. — Vol. 40. — P. 19 631 971.
- Huh J. Y., Lee W. G., Cho S. R., Lim A. Y. Distribution of insertion sequences associated with Tnl546-like elements among Enterococcus faecium isolates from patients in Korea. I I J. Clin. Microbiol. — 2004. — Vol. 42.-P. 1897−1902.
- Huycke M. M., Gilmore M.S. Frequency of aggregation substance and cytolysin genes among enterococcal endocarditis isolates. // Plasmid. — 1995.-Vol. 34.-P. 152−156.
- Jensen L. B., Ahrens P., Dons L., Jones R.N., Hammerum A.M., Aarestrup F.M. Molecular analysis of Till546 in Enterococcus faecium isolated from animals and humans. // J. Clin. Microbiol. 1998. Vol. 36. -P. 437−442.
- Jureen R., Top J., Mohn S. C., Harthug S., Langeland N., Willems R. J. Molecular characterization of ampicillin-resistant Enterococcus faecium isolates from hospitalized patients in Norway. I I J. Clin. Microbiol. 2003. -Vol. 41.-P. 2330−2336.
- Kalina A.P. The taxonomy and nomenclature of enterococci. //Int. J. Syst. Bacteriol. 1970. — Vol. 20. — P. 193−199.
- Kanemitsu K., Nishino T., Kunishima H., Okamura N., Takemura H., Yamamoto H., Kaku M. Quantitative determination of gelatinase activity among enterococci. // J. Microbiol. Methods. — 2001. — Vol. 47. — P. 11−16.
- Kim W. J., Weinstein R. A., Hayden M. K. The changing molecular epidemiology and establishment of endemicity of vancomycin resistance in enterococci at one hospital over a 6-year period. // J. Infect. Dis. -1999. — Vol. 179.-P. 163−171.
- Ko K.S., Baek J.Y., Lee J.Y., Oh W.S., Peck K.R., Lee N., Lee W.G., Lee K., Song J.H. Molecular characterization of vancomycin-resistant Enterococcus faecium isolates from Korea. // J. Clin. Microbiol. — 2005. -Vol. 43.-P.2303−2306.
- Kolodjieva V., Yafaev R., Yermolenko E., Suvorov A. Incidence of virulence determinants in enterococcal strains of probiotic and clinical origin. // Int. Cong. Series. 2006 — Vol. 1289. — P367−369.
- Koh T. H., Hsu L. Y., Chiu L. L., Lin R. V. Emergence of epidemic clones of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in Singapore. // J. Hosp. Infect. 2006. Vol. 63. P. 234−236.
- Kohler W. The present state of species within the genera Streptococcus and Enterococcus. //Int. J. Med. 2007. — Vol. 297. — P. 133−150.
- Kreft B., Maire R., Schramm U., Wirth R. Aggregation substance of Enterococcus faecalis mediates adhesion to cultured renal tubular cells. // Infect. Immunol. 1992. — Vol. 60. — P. 25−30.
- Leavis H. L., Bonten M. J. M., Willems R. J. L. Identification of high-risk enterococcal clonal complexes: global dispersion and antibiotic resistance // Curr. Opin. Microbiol. 2006. — Vol. 9. — P. 454−460.
- Lee W. G., Huh J. Y., Cho S. R., Lim Y. A. Reduction in glycopeptide resistance in vancomycin-resistant enterococci as a result of vanA cluster rearrangements. // Antimicrob. Agents Chemother. 2004. — Vol. 48. — P. 1379−1381.
- Lopes M.F., Simoes A.P., Tenreiro R., Marques J J., Crespo M.T. Activity and expression of virulence factor gelatinase in diary enterococci. //Int. J. Food Microbiol. 2006. — Vol.112. -P.208−214.
- Lund B., Edlund C. Blood-stream isolates of Enterococcus faecium enriched with the enterococcal surface protein gene, esp, show increased adhesion to eukaryotic cells. // J. Clin. Microbiol. 2003. — Vol. 41. — P. 5183−5185.
- McCallum W.G., Hastings T.W. A case of acute endocarditis caused by Micrococcus zymogenes (Nov. Spec.) with a description of the microorganism. // J. Exp. Med. -1899 Vol. 4. — P. 521−534.
- Mohamed J. A., Huang D. B. Biofilm formation by enterococci. // J. Med. Microbiol.-2007.-Vol. 56.-P. 1581−1588.
- Mundy L.M., Sahm D.F., Gilmore M. Relationships between enterococcal virulence and antimicrobial resistance. //Clin. Microbiol. Rev. 2000. — Vol. 13.-P. 513−522.
- Palepou M.-F.I., Adebiyi A.-M.A., Tremlett C.H., Jensen L.B., Woodford N. Molecular analysis of diverse elements mediating VanA glycopeptide resistance in enterococci. // J. Antimicrob. Chemother. — 1997. — Vol. 42. — P. 605−612.
- Quintiliani R., Sahm D. F., Courvalin P. Mechanisms of resistance to antimicrobial agents // Manual of clinical microbiology 7th ed. Ed. By
- Murray P. R., Baron E. J., Pfaller M. A., Tenover F. C., Yolken R. H. ASM Press, Washington, D.C. — 1999. — P. 1505−1570.
- Reynolds P. E., Courvalin P. Vancomycin resistance by synthesis of precursors terminating in d-alanyl-d-alanine // Antimicrob. Agents Chemother. 2005. — Vol. 49. — P. 21−25.
- Rice L.B. Antimicrobial resistance in gram-positive bacteria. // Am. J. Infect Control. 1996. — Vol. 34. — P. 11−19.
- Schouten M. A., Hoogkamp-Korstanje J. A., Meis J. F., Voss A. Prevalence of vancomycin-resistant enterococci in Europe. // Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2000. — Vol. 19. — P. 816−822.
- Shankar V., Baghdayan A. S., Huycke M. M., Lindahl G., Gilmore M. S. Infection-derived Enterococcus faecalis strains are enriched in esp, a gene encoding a novel surface protein. // Infect. Immun. — 1999. — Vol. 67. — P. 193−200.
- Singh K. V., Qin X., Weinstock G. M., Murray B. E. Generation and testing of mutants of Enterococcus faecalis in a mouse peritonitis model. // J. Infect. Dis. 1998. — Vol. 178. — P. 1416−1420.
- Spratt B.G., Maiden M.C. Bacterial population genetics, evolution and epidemiology // Phil. Trans. R. Soc. Lond. B. 1999. — Vol.354. — P.701−710.
- Stampone L., Del G. M., Boccia D., Pantosti A. Clonal spread of a vancomycin-resistant Enterococcus faecium strain among bloodstream-infecting isolates in Italy. // J. Clin. Microbiol. 2005. — Vol. 43. — P. 15 751 580.
- Tendolkar P. M., Baghdayan A. S., Shankar N. Pathogenic enterococci: Enterococci: new developments in the 21st century. // Cell. Mol. Life Sci. 2003. — Vol. 60. — P. 2622−2636.
- Thai L. A., Silverman J., Donabedian S. and Zervos M. J. The effect of Tn916 insertions on contour-clamped homogeneous electrophoresis patterns of Enterococcus faecalis. I I J. Clin. Microbiol. — 1997. — Vol. 35. — P. 969−972.
- Thiercelin, M. Sur un diplocoque saprophyte de Y intestine susceptible de devenir pathogene. // C.R. Soc. Biol. 1899. — Vol. 5. — P. 269−271.
- Till M., Wixson R. L., Pertel P. E. Linezolid treatment for osteomyelitis due to vancomycin-resistant Enterococcus faecium. II Clin. Infect Dis. 2002. — Vol. 34. — P. 1412−1414.
- Top J., Willems R., Blok H., de Regt M., Jalink K., Troelstra A., Goorhuis B., Bonten M. Ecological replacement of Enterococcus faecalis by multiresistant clonal complex 17 Enterococcus faecium. Clin. Microbiol. Infect. 2007. — Vol. 13.-P. 316−319.
- Top J., Willems R., Bonten M. Emergence of CC17 Enterococcus faecium: from commensal to hospital-adapted pathogen. I I FEMS Immunol. Med. Microbiol. 2008. — Vol. 52. — P. 297−308.
- Treitman A.N., Yarnold P.R., Warren J., Noskin G.A. Emerging incidence of Enterococcus faecium among hospital isolates (1993 to 2002). // J. Clin. Microbiol. 2005. — Vol.43. — P.462−463.
- Uttley A., Collins C., Naidoo J., George R. Vancomycin-resistant enterococci. //Lancet. 1988. — Vol. 1. — P. 57−58.
- Wang JL, Hsueh PR. Therapeutic options for infections due to vancomycin-resistant enterococci. // Expert. Opin. Pharmacother. — 2009. -Vol.10.-P. 785−796.
- Werner G, Strommenger B, Witte W. Acquired vancomycin resistance in clinically relevant pathogens. // Future Microbiol. 2008. Vol. 3. — P. 547−562.
- Willems R. J., van Schaik W. Transition of Enterococcus faecium from commencial organism to nosocomial pathogen. // Future Microbiol. -2009. Vol. 4. — P. 1125−1135.
- Williams VR, Callery S, Vearncombe M, Simor AE. Utility of environmental sampling for the prevention of transmission of vancomycin resistant enterococci (VRE) in hospitals.// Can. J. Infect. Control. — 2009. — Vol. 24.-P. 119−124.
- Woodford N., Adebiyi A.-M.A., Palepou M.-F.I., Cookson B.D. Diversity of VanA glycopeptide resistance elements in enterococci from human and non-human sources. // Antimicrob. Agents Chemother. — 1998. — Vol. 42.-P. 502−508.
- Woodford N., Sohani M., Hardy K.J. Frequency of esp in Enterococcus faecium isolates. I I Lancet. — 2001. Vol. 358. — P. 584.
- Yasliani S, Mobarez AM, Doust RH, Safari M, Teymornejad O. Linezolid vancomycin resistant Enterococcus isolated from clinical samples in Tehran hospitals. // Indian J. Med. Sci. 2009. — Vol. 63 — P.297−302.