Разработка информационных технологий для серотипирования ВИЧ-1 на основе эпитоп-имитирующих пептидов
Диссертация
Диссертации определяется тем, что, в обозримом будущем, одним из основных элементов противодействия распространению ВИЧ-инфекции, по-видимому, будет оставаться молекулярно-эпидемиологический мониторинг, позволяющий сформировать схему и оценить эффективность профилактических мероприятий. Основу такого мониторинга составляет: во-первых, как можно более полный охват различный групп риска в процессе… Читать ещё >
Содержание
- Список использованных сокращений и условных обозначений
- ЧАСТЬ I. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ ЧАСТЬ II. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
- ЧАСТЬ III. СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
- III. 1. Разработка и реализация БД по комплексному мониторированию ВИЧ-инфекции
- III. 2. Изучение статистических свойств ИР ВИЧ-1-позитивных позитивных сывороток по отношению к УЗ-имитрующим пептидам
- III. 3. Комбинированная схема классификации СПИР
- III. 4. Изучение постоянства спектров иммунореактивности ВИЧ-1-позитивных сывороток к УЗ-имитирующим пептидам в процессе развития инфекции
- III. 5. Динамика уровня иммунореактивности ВИЧ-позитивных сывороток к УЗ-имитирующим пептидам в процессе развития инфекции
- ВЫВОДЫ
- СПИСОК ПУБЛИКАЦИЙ ПО ТЕМЕ ДИССЕРТАЦИОННОЙ РАБОТЫ
Список литературы
- Абэлян А.В. Иммунологическая нейтрализация ВИЧ/Канд. дис. канд. мед. наук. М.: НИИВ РАМН, 1997. — 128 с.
- Альберте А., Брей Д., Льюис Дж., Рэфф М., Роберте К., Уотсон Дж. Иммунная система//В кн.: Молекулярная биология клетки (в 3-х тт.).-М.: Мир, 1994. Т. 3. — С. 215−286.
- Андерсон Т. Введение в многомерный статистический анализ. -М.: Физматгиз, 1963. 500 с.
- Атре Ш. Структурный подход к организации баз данных. М.: Финансы и статистика, 1983. — 267 с.
- Батин В.К. Теория реляционных БД. Екатеринбург: Изд-во УПИ-УТУ, 2001.-206 с.
- Бояринцев Б.И. Рынок и здравоохранение // Экономика здравоохранения. № 2 — 1996. — С. 5−10.
- Безопасность работы с микроорганизмами I—II групп патогенности. Санитарные правила. СП 1.2.011−94. — М.: МЗ РФ, 1994. -47 с.
- Берзофски Д.А., Берковер Д. В. Взаимодействие антиген-антитело // В сб. Иммунология (в 3-х т.) / Ред. У. Пол. М.: Мир, 1989. -Т. З.-С. 5−88.
- Браверман Э.М., Мучник И. Б. Структурные методы обработки эмпирических данных. М., 1983.
- Венедиктов Д. Д. К вопросу повышения эффективности управления в системе здравоохранения // Сов. здравоохранение 1972. — № 6. — С. 311.
- Вершигора А.Е. Общая иммунология. Киев: Выща школа, 1990. -736 с.
- Волькенштейн М.В. Биофизика. М.: Наука, 1988. — 591 с.
- ДжескеД.Дж., КепраДж.Д. Иммуноглобулины: строение и функция // В сб.: Иммунология (в 3-х тт.) / Ред. У. Е. Пол. М.: Мир, 1989. -Т. 1.-С. 204−252.
- ЖамбюМ. Иерархический кластер-анализ и соответствия. М.: Финансы и статистика, 1988. — 342 с.
- Иммунологические методы/Ред. Г. Фримель. М.: Медицина, 1987.-472 с.
- Иммуноферментный анализ / Ред. Т. Нго, Г. Ленхофф. М.: Мир, 1988.-444 с.
- Инструкция МГА РФ по перевозке воздушным транспортом грузов в сосудах Дьюара, заполненных жидким азотом № 60/И от 06.12.1995 г.
- Калинина В.Н., Панкин В. Ф. Математическая статистика. М.: Высшая школа, 1994. — 336 с.
- КальюП.И. Современные проблемы управления здравоохранением. -М.: Медицина, 1975. -381 с.
- Кантор Ч., Шиммел П. Размер и форма макромолекул//В кн.: Биофизическая химия (в 3-х тт.) / Ред. А. А. Богданов, Ю. С. Лазуркин, М.Д. Франк-Каменецкий. М.: Мир, 1984. — Т. 2. — С. 178−222.
- Кантор Ч., Шиммел П. Кинетика взаимодействия лигандов с макромолекулами//В кн.: Биофизическая химия (в 3-х тт.)/Ред. А. А. Богданов, Ю. С. Лазуркин, М.Д. Франк-Каменецкий. М.: Мир, 1984. -Т. 3.-С. 41−85.
- КарасеваН.Г., ГибадулинР.А., Киселев С. И., КарамовЭ.В. Экспрессия гена vif в Escherichia coli и изучение иммунореактивности белка vif// Мол. Ген. Микробиол. Вирусол. 1993. — № 5. — С. 26−29.
- Карпова Т. Базы данных: модели, разработка, реализация. Санкт-Петербург: Питер, 2001. — 304 с.
- Клинико-статистические группы: теория и практика / Ред. Т. В. Карасева. Иваново: Медицина, 1993. — 194 с.
- Козлов А.П., Глебов А. В. Качество серодиагностики вируса иммунодефицита человека // Вопросы вирусологии. 1993. — Т. 38. — N 4. -С. 186−187.
- Козлов А.П., Емельянов А. В., Верёвочкин С. В., Карамов Э. В. Закономерности ранней фазы эпидемии ВИЧСПИД//Русский журнал «ВИЧ, СПИД и родственные проблемы». 1997. — Т. 1. — N. 1. — С. 5−28.
- Краснов П. А. Методические рекомендации по разработке и внедрению БД для автоматизированного проектирования машиностроительного оборудования. Екатеринбург: Изд-во «Уралмаш», 1998.- 122 с.
- Кудрявцев J1.Д. Функциональные пространства // В кн.: Курс математического анализа (в 3-х тт.). М.: Высшая школа, 1989. — Т. 3. -С. 96−304.
- Лазарев Ю. MatLAB 5.x. Киев: Изд-во «Ирина», 2000. — 383 с.
- Лебедев А.А. Использование маркетинговой философии в деятельности медицинских учреждений государственной системы здравоохранения в условиях рыночной экономики // Экономика здравоохранения. 1997. — № 7. — С. 31−37.
- ЛукашовВ.В., Слепушкин В. А., Горбачева А. П., Карамов Э. В. Перекрестные реакции между ВИЧ-1 и ВИЧ-2 при использовании радиоиммунопреципитации // Иммунология. 1992. — N 1. — С. 18−20.
- Маликов М.Ф. Основы метрологии. М.: Стандартгиз, 1949. -224 с.
- Мартин Дж. Планирование развития автоматизированных систем. -М.: Финансы и статистика, 1984. 182 с.
- Методика установления вида математической модели распределения погрешности МИ 199−79. М.: Изд-во стандартов, 1981. -34 с.
- Миленький А.В. Классификация сигналов в условиях неопределенности. 0 М.: Советское радио, 1975. 328 с.
- Налимов В.В. Теория эксперимента. -М.: Наука, 1971. 82 с.
- Натан А.А. Математическая статистика. Учебное пособие. М.: МФТИ, 1980.- 126 с.
- Натан А.А. Теория распознавания образов (статистические методы). Долгопрудный: МФТИ, 1988. — 84 с.
- Новицкий П.В., Зограф И. А. Оценка погрешностей результатов измерений. М.: Энергоатомиздат, 1991. — 304 с.
- Новохатский А.С., Хлябич Г. Н. Теория и практика лабораторной диагностики СПИД. М.: ВИНИТИ, 1992. — 178 с.
- Остерман JI.A. Исследование биологических макромолекул электрофокусированием, иммуноэлектрофорезом и радиоизотопными методами. М.: Наука, 1983. — 304 с.
- Папуашвили М.Н. Эффективность применения альтернативных схем терапии ВИЧ-инфекции и оппортунистических инфекций (клиника, диагностика, лечение) / Канд. дис. канд. мед. наук. М.: ГНЦ-Институт иммунологии МЗ РФ, 2000. — 180 с.
- Пашкова Т.А., ЯрославцеваН.Г., Щелканов М. Ю., Папуашвили М. Н., СахурияИ.Б., Корнилаева Г. В., Карамов Э. В. Биологические свойства первичных изолятов ВИЧ-1 различных серотипов // Вопросы вирусологии. 1998. — N 6. — С. 319−326.
- Покровский В.В., Ермак Т. Н., Беляева В. В., Юрин О. Г. ВИЧ-инфекция: клиника, диагностика, лечение. -М.: ГЭОТАР Медицина, 2000.- 496 с.
- Порядок учета, хранения, передачи и транспортирования микроорганизмов I—IV групп патогенности. Санитарные правила. -СП 1.2.036−95. М.: ГСЭН РФ, 1996. 35 с.
- Правила перевозки опасных грузов воздушным транспортом № 9814. М.: Представительство ООН в России, 1997. — 38 с.
- Рао С.Р. Кластер-анализ в применении к изучению перемешивания рас в популяции людей // В сб.: Классификация и кластер / Ред. Дж.В. Райзин. М.: Мир, 1980. — С. 148−167.
- Ржанинова А.А. Диссертационная работа на соискание ученой степени кандидата биологических наук. М.: НИИ вирусологии им. Д. И. Ивановского РАМН, 1998.
- Ройт А. Иммунология. -М.: Мир, 1991. 327 с.
- СахурияИ.Б. Биологические свойства изолятов ВИЧ-1, полученных от пациентов с территории СНГ / Канд. дис. канд. биол. наук.- М.: НИИВ РАМН, 1999.- 117 с.
- Семилетов Ю.А., Ржанинова А. А., ГараевМ.М. Синтез и сравнительный анализ антигенной активности пептидов гипервариабельной области V3 поверхностного гликопротеида gpl20 вируса иммунодефицита человека типа 1 //Биоорган. Химия. 1994. -Т. 20.-С. 1070−1079.
- Скотт Д. Разработка прикладных систем на Visual Basic for Windows™. M.: Бином, 1994. — 407 с.
- Сокал P.P. Кластер-анализ и классификация: предпосылки и основные направления//В сб.: Классификация и кластер/Ред. Дж.В. Райзин. М.: Мир, 1980. — С. 148−167.
- Соловьёв В.Д., ХесинЯ.Е., Быковский А. Ф. Очерки по вирусной цитопатологии. М., 1979.
- Справочник по прикладной статистике (в 2-х тт.). М.: Финансы и статистика, 1990. — 528 е., 537 с.
- Структура и функции антител/Ред. JI. Глинн, М. Стьюард. М.: Мир, 1983.-200 с.
- Теория и практика иммуноферментного анализа/Ред. A.M. Егоров, А. П. Осипов, Б. Б. Дзантиев, Е. М. Гаврилова. М.: Высшая школа, 1991.-288 с.
- ТьюкиДж. Анализ результатов наблюдений. М.: Мир, 1981. -693 с.
- Умнов А.Е. Аналитическая геометрия и линейная алгебра. -Долгопрудный: МФТИ, 1997. 364 с.
- Фазекас де Сент-Грот С. Оценка качества антител и клеточных рецепторов // В сб.: Иммунологические методы/Ред. И. Лефковитц, Б. Пернис. -М.: Мир, 1981.-С. 10−57.
- Фукуната К. Введение в статистическую теорию распознавания образов. М.: Наука, 1979. — 367 с.
- Хаитов P.M., Игнатьева Г. А. СПИД. М.: Народная академия культуры и общечеловеческих ценностей, 1992. — 352 с.
- Цветков Э.И. Методические погрешности статистических измерений. Л.: Энергоатомиздат, 1984. — 144 с.
- Щелканов М.Ю., Ярославцева Н. Г., ЮдинА.Н., МирсковЮ.А., Ерёмин В. Ф., Титов Л. П., Рытик П. Г., Карамов Э. В. Анализ серологических свойств ВИЧ-1 из очага эпидемии в Гомельской области Белоруссии (1996 г.) // Вопросы вирусологии. Т. 43. -N 5. — С. 220−229.
- Щелканов М.Ю., Сойнов Л. А., ЗалунинВ.В., Славский А. А., СахурияИ.Б., Буру нова В.В., ЯрославцеваН.Г., Карамов Э. В., Хаитов P.M. Определение дистантности спектров иммунореактивности при серотипировании ВИЧ // Иммунология. 1999. — N 1. — С. 35−37.
- Щелканов М.Ю., Ярославцева Н. Г., Юдин А. Н., Бурунова В. В., Горбачёва А. П., Славский А. А., Ольшанский А. Я., Голиков В. А., Карамов Э. В. Серотипический профиль эпидемии ВИЧ-1 в Москве // Вопросы вирусологии. 1999. — Т. 44. — N 5. — С. 224−229.
- Эмануэль Н.М., Кнорре Д. Г. Курс химической кинетики. М.: Высшая школа, 1984. — 463 с.
- AlkhatibG., Combadiere C., Broder C.C., FengY., Kennedy P.E., Murphy P.M., Berger E.A. CC CKR5: a RANTES, MlP-la, MIP-1(3 receptor as a fusion cofactor for macrophage-tropic HIV-1 // Science. 1996. — V. 272. -P. 1955−1958.
- Ameisen C.J. Apoptosis subversion: HIV-Nef provides both armor and sword//Nat. Med.-2001.-V. 7.-P. 1181−1182.
- BaillouA., BarinF., Leonard G., Denis F., PetatE., Canas Ferreira W.F., M’Boup S., GoudeauA. Competitive enzyme-immunoassays using native viral antigens to discriminate between HIV-1 and HIV-2 infections // J. Virol. Methods. 1990. — V. 29. — P. 81−89.
- BaillouA., Brand D., Denis F., M’Boup S., ChoutR., GoudeauA., Barin F. High antigenic cross-reactivity of the V3 consensus sequences of HIV-1 gpl20 // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1993. — V. 9. — P. 1209−1215.
- Berger E.A. HIV entry and tropism: the chemokine receptor connection // AIDS. 1997. — Suppl. A. — V. 11. — S3-S16.
- Bergeron L., Sodroski J. Dissociation of unintegrated viral DNA accumulation from single-cell lysis induced by human immunodeficiency virus type 1 // J. Virol. 1992. — V. 66. — P. 5777−5787.
- Bhattacharyya D., Brooks B.R., Callahan L. Postioning of positively charged residues in the V3 loop correlates with HIV type 1 syncitium-indusing phenotype // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1996. — V. 12. — P. 83−90.
- Brun-Vezinet F., Damond F., Simon F. Variability of human immunodeficiency virus type 1 //Bull. Soc. Pathol. Exot. 1999. — V. 92. -P. 261−263.
- Human retroviruses and AIDS: a complementation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences. Los Alamos: Los Alamos National Laboratory, 2000.
- Carr J.K., Salminen M.O., Albert J., Sanders-Buell E., Gotte D., BirxD.L., McCutchan F.E. 1998b. Full genome sequences of human immunodeficiency virus type 1 subtypes G and A/G intersubtype recombinants // Virology 1998. — V. 247. — P. 22−31.
- Caso G., GarlickP.J., GelatoM.C., McNurlanM.A. Lymphocyte protein synthesis is increased with the progression of HIV-associated disease to AIDS //Clin. Sci. (London).-2001.-V. 101.-P. 583−589.
- ClaphamP.R., McKnightA. HIV-1 receptors and cell tropism//Br. Med. Bull. -2001.-V. .58.-P. 43−59.
- Clerici M., SeminariE., SuterF. Different immunologic profiles characterize HIV infection in highly active antiretroviral therapy treated and antiretroviral nai’ve patients with undetectable viremia. The Master Group//AIDS. -2000. — V. 14.-P. 109−116.
- Coffin J.M. 1979. Structure, replication, and recombination of retrovirus genomes: some unifying hypotheses // J. Gen. Virol. 1979. — V. 42. -P. 1−26.
- Cooper D.A., GoldJ., MacLeanP. Acute AIDS retrovirus infection: definition of a clinical illness associated with seroconversion // Lancet. 1985. -V. 1.-P. 537−540.
- CurranJ.W., EvattB.L., Lawrence D.N. Acquired immune deficiency syndrome: the past as prologue. // Ann. intern. Med. 1983. — V. 98. — N. 3. -P. 401−403.
- CurranJ.W., Lawrence D.N., JaffeH., Kaplan J.E., ZylaL.D., Chamberland M., Weinstein R., Lui K.J., Schonberger L.B., Spira T.J. Acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) associated with transfusions // N. Engl. J. Med. 1984. — V. 310. — P. 69−75.
- Dalgleish A.G., Beverley P.C., ClaphamP. R, Crawford D.H., Greaves M.F., Weiss R.A. The CD4 (T4) antigen is an essential component of the receptor for the AIDS retrovirus // Nature. 1984. — V. 312 ~ P. 763−767.
- Daar E.S., Moudgil Т., Meyer R.D., Ho D.D. Transient high levels of viremia in patients with primary human immunodeficiency virus type I infection//N. Engl. J. Med. 1991. -V. 324. — P. 954−960.
- DehneK., Pokrovskiy V. Update on the epidemics of HIV and other sexually transmitted infections in the newly independent states of the former Soviet Union, AIDS (suppl-2000). P. 75−83.
- De Lisi C. The effect of cell size and receptor density on ligand-receptor reaction rate constants // Mol. Immunol. 1981. — V. 18. — P. 507−511.
- Devito C., LeviM., HinkulaJ., Fernandez-Medina R.D., Libonatti O., Wigzell H. Seroreactivity to HIV-1 V3 subtypes A to H peptides of Argentinian HIV-positive sera// J. Acquir. Immune Defic. Syndr. Hum. Retrovirol. 1998. -V. 17.-P. 156−159.
- Doyle C., Strominger J.L. Interaction between CD4 and class II MHC molecules mediates cell adhesion // Nature. 1987. — V. 330. — P. 256−259.
- DragicT., LitwinV., Allaway G.P., Martin S.R., Huang Y., Nagashima K.A., Cayanan C., MaddonP.J., Koup R.A., Moore J.P., Paxton W.A. HIV-1 entry into CD4+ cells is mediated by the chemokine receptor CC-CKR-5 //Nature. 1996.-V. 381.-P. 661−666.
- Fauci A.S. The human immunodeficiency virus: infectivity and mechanisms of pathogenesis // Science. 1988. — V. 239. — P. 617−622.
- Fauci A.S., Schnittman S.M., Poli G., KoenigS., Pantaleo G. NIH Conference. Immunopathogenic mechanisms in human immunodeficiency virus (HIV) infection // Ann. Intern. Med. 1991. — V. 114. — P. 678−693.
- FenouilletE., Miquelis R., DrillienR. Biological properties of recombinant HIV envelope synthesized in CHO glycosylation-mutant cell lines // Virology. 1996. — V. 218. — P. 224−231.
- Fields A.P., Bednarik D.P., Hess A. et al. // Nature (London), 1988. -V. 333.-P. 278−280.
- Finnegan C.M., Berg W., Lewis G.K., DeVico A.L. Antigenic properties of the human immunodeficiency vims envelope during cell-cell fusion//J. Virol.-2001.-V. 75.-P. 11 096−11 105.
- FioreJ. M., Bjorndal A., PeipkeK. A., Stefano M.D., Angarano G., Pastore G., Gaines H., Fenyo E.M., Albert J. The biological phenotype of HIV-1 is usually retained during and after sexual transmission // Virology. 1994. -V. 203.-P. 297−303.
- Gallo R.C., Montagnier L. HIV infection and AIDS // Sci. American. -1988.-V. 259.-P. 41−48.
- GalloR.C., SarinP.S., GelmanE.P. //Science. 1983. — V. 220. -N. 4599. — P. 865−867.
- Gallo R.C. Mechanism of disease induction by HIV // J. AIDS 1990. -V. 3-P. 380−389.
- GaoF., Bailes E., Robertson D.L., ChenY., Rodenburg C.M., Michael S.F., Cummins, Arthur L.O., Peeters M., Shaw G.M., Sharp P.M.,
- HahnB.H. Origin of HIV-1 in the chimpanzee Pan troglodytes troglodytes //Nature -1999. V. 397. — P. 436−441.
- GaynorR. Cellular transcription factors involved in the regulation of HIV-1 gene expression // AIDS. 1992. — V. 6. — P. 347−363.
- Ghanekar S.A., Stanford S.A., OngJ.C., Walker J.M., Mino V.C., Levy J.A. Decreased HIV-specific CD4-T-cell proliferation in long-term HIV-infected individuals on antiretroviral therapy//AIDS. 2001. — V. 15. -P.1885−1887.
- Gomez ZaeraM.G., Mira O., Pedrol E., SolerA., Picon M., Cardellach F., Casademont J., Nunes V. Mitochondrial involvement in antiretroviral therapy related lipodystrophy // AIDS. 2001. — V. 15. — P. 16 431 651.
- Gottlieb M.S., SchroffR. and Schanker H.//New England J. Med. -1981-V. 305.-P. 1425−1430.
- GrunfeldK. Dislipidemia due to HIV infection and its therapy/In: Abstract Book of 1-st International Workshop on Adverse Drug Reactions and Lipodystrophy in HIV // San-Diego (USA), 1999, 26−28 June. 1999. — P. 13.
- GullenB.R. Regulation of human immunodeficiency virus replication // An. Rev. Microbiol. 1991. — V. 45. — P. 219−250.
- GurtlerL.G., HauserP.H., Eberle J., von BrunnA., Knapp S., Zekeng L., Tsague J.M., Kaptue L. A new subtype of human immunodeficiency virus type 1 (MVP-5180) from Cameroon // J Virol 1994. — V. 68. — P. 15 811 585.
- Haseltine W.A. Molecular biology of the AIDS virus: ten years of discovery hope for the future / In: Science challenging AIDS // Basel: Karger, 1992.-P. 71−106.
- HoD.D., Sarngadharan M.G., ResnickL., diMarzo Veronese F., Rota T.R., Hirsch M.S. Primary human T-lymphotropic virus type III infection//Ann. Intern. Med. 1985. -V. 103. — P. 880−883.
- Hoffman T.L., Doms R.W. HIV-1 envelope determinants for cell tropism and chemokine receptor use//Mol. Membr. Biol. 1999. — V. 16. -P. 57−65.
- Human retroviruses and AIDS: a complementation and analysis of nucleic acid and amino acid sequences / Ed. G. Myers, B. Foley, J.W. Mellors, B. Korber, K.-T. Jeang, S. Wain-Hobson. Los Alamos: Los Alamos National Laboratory, 1998.
- Hu W.S., Temin H.M. Retroviral recombination and reverse transcription// Science 1990. — V. 250. — P. 1227−1233.
- Hwang S.S., Boyle T.J., Lyerly H.K., Cullen B.R. Identification of the envelope V3 loop as the primary determinant of cell tropism in HIV-1 // Science. 1991. — V. 253. — P. 71−74.
- Ivanoff L.A., DubayJ.W., Morris J.F., Roberts S.J., Gutshall L., Sternberg E.J., Hunter E., Matthews T.J., Petteway S.R.Jr. V3 loop region of the HIV-1 gpl20 envelope protein is essential for virus infectivity // Virology. -1992.-V. 187.-P. 423−432.
- Jenner E. An inquiry into the causes and effects of the variolae vaccine, a disease discovered in some of the Western countries of England, particularly Gloucestershire and known by the name of cow pox. L.: Sampson Low, 1798. — 75 p.
- Jenny-Avital E.R. The case of the undetectable viral load // AIDS Clin. Care.- 1999.-V. 11.-P. 20−21.
- JinL., ZhouY., RatnerL. HIV type 2 Vpx interaction with Gag and incorporation into virus-like particles // AIDS. Res. Hum. Retroviruses. 2001. -V. 17. — P. 105−111.
- Kan N.C., Franchini G., Wong-Staal F., DuBois G.C., Robey W.G., Lautenberger J.A., Papas T.S. Identification of HTLV-III/LAV sor gene product and detection of antibodies in human sera // Science 1986. — V. 2231 -P. 1553−1555.
- Kang C.Y., Luo L., Wainberg M.A., Li Y. Development of HIV/AIDS vaccine using chimeric gag-env virus-like particles//Biol. Chem. 1999. -V. 380.-P. 353−364.
- KesherE., TeminH.M. Cell killing by spleen necrosis virus is correlated with a transient accumulation of spleen necrosis virus DNA// J. Virol. 1979,-V. 31.-P. 376−388.
- Korber B.T.M., Mclnnes K., Smith R.F., Myers G. Mutational trends in V3 loop protein sequences observed in different genetic lineages of human immunodeficiency virus type 1 // J. Virology. 1994. — V. 68. — P. 6730−6744.
- Kostrikis L.G., Bagdades E., Cao Y., Zhang L., Dimitriou D., Ho D.D. Genetic analysis of human immunodeficiency virus type 1 strains from patients in Cyprus: identification of a new subtype designated subtype I // J. Virol. -V. 69.-P. 6122−6130.
- Kozlov A.P., Volkova G.V., MalykhA.G., Stepanova G.S., Glebov A.V. Epidemiology of HIV infection in St. Petersburg, Russia // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 1993. — V. 6. — P. 208−212.
- Kuntz I.D., Kauzmann W. Hydration of proteins and polypeptides // In: Advances in Protein Chemistry / Eds. C.B. Anfinsen, J.T. Edsall. NY: Academic Press, 1974. — V. 28. — P. 239−291.
- Lafeuillade A., Khiri H., ChadapaudS., HittingerG., Halfon P. Persistence of HIV-1 resistance in lymph node mononuclear cell RNA despite effective HAART//AIDS.-2001.-V. 15.-P. 1965−1969.
- LaneH.C., Fauci A.S. Immunologic abnormalities in the acquired immunodeficiency syndrome//Ann. Rev. Immunol. 1985. — V. 3. — P. 477 500.
- Leads from the MMVR. // JAMA 1985. — V. 254 — N. 11 — P. 14 301 436.
- LeitnerT., Alaeus A., MarquinaS., LiljaE., LidmanK., Albert J. Yet another subtype of HIV type 1? // ARHR 1995 — V. 11. — P. 995−997.
- LeitnerT., Korovina G., Marquina S., Smolskaya Т., Albert J. Molecular epidemiology and MT-2 cell tropism of Russian HIV type 1 variants // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1996. — V. 12. — P. 1595−1603.
- LempJ.F., Payne S.F., Rutherford G.W., HessolN.A., Winkelstein W.Jr., Wiley J.A., Moss A.R., Chaisson R.E., ChenR.T., Feigal D.W.Jr. Projections of AIDS mobility and mortality in San Francisco // JAMA. 1990. — V. 263. — P. 1497−1501.
- Leonard R., ZaguryD., Desportes I., Bernard J., ZaguryJ.F., Gallo R.C. Cytopathic effect of human immunodeficiency virus in T4 cells is linked to the last stage of virus infection // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1988. — V. 85.-P. 3570−3574.
- Levinson S.S. //J. Clinical Immunoassay 1988. — V. 11 — N. 3. -P. 103−106.
- Levy R.M., Mills C.M., et al. The efficacy and clinical impact of brain imaging in neurologically symptomatic AIDS patients: a prospective CT/MRI study // J. Infect. Dis. 1990 — V. 3 — N. 5 — P. 461−471.
- Lifson J.D., Reyers G.R., McGrathM.S., Stein B.S., Engleman E.G. AIDS retrovirus induced cytopathology: giant cell formation and involvement of CD4 antigen // Science. 1986. — V. 323. — P. 725−728.
- LoetsherM. Cloning of all human seven-transmembrane domain receptor, LESTR, that is highly expressed in leukocytes // J. Biol. Chem. -1994.-V. 269.-P. 232−237.
- LukashovV.V., KaramovE.V., EreminV.F., TitovL.P., GoudsmitJ. Extreme founder effect in an HIV type 1 subtype A epidemic among drug users in Svetlogorsk, Belarus//AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998. — V. 14. -P. 1299- 1303.
- Luo Т., Foster J.L., Garcia J.V. Molecular Determinants of Nef Function//J. Biomed. Sci. 1997. — V. 4.-P. 132−138.
- Mahalanobis P.C. On the generalized distance in statistics // Proc. Nat. Inst. Sci. India. 1936. — V. 2. — P. 49−55.
- MaitraR.K., Ahmad N., Holland S.M., Venkatesan S. Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) provirus expression and LTR transcription are repressed in NEF-expressing cell line // Virology. 1991. -V. 182.-P. 522−533.
- McClockey T.W., OttM., TribbleE., Khan S.A., Teichberg S., Paul M.O., PahwaS., VerdinS., ChirmuleN. Dual role of HIV Tat in regulation of apoptosis in T cells // J. Immunol. 1997. — V. 158. — P. 1 OHIO^.
- McCutchan F.E., Hegerich P.A., BrennanT.P., PhanuphakP., Singharaj P., Jugsudee A., Berman P.W., Gray A.M., Fowler A.K., Burke D.S. Genetic variants of HIV-1 in Thailand. // ARHR- 1992 V. 8. — P. 1887−1895.
- McKeating J.A., WilleyR.A. Structure and function of the HIV envelope // AIDS. 1989. — V. 3. — P. S35-S41.
- Moore R.D., Keruly J.C., Chaisson R.E. Incidence of pancreatitis in HIV infected patients receiving nucleoside reverse transcriptase inhibitor drugs // AIDS. 2001. — V. 15. — P. 617−620.
- Myers G., Maclnnes K., KorberB. The emergence of simian/human immunodeficiency viruses // ARHR- 1992. V. 8. — P. 373−386.
- Nasioulas G., Paraskevis D., Magiorkinis D., Theodoridou M., Hatzakis H. 1999. Molecular analysis of the full-length genome of HIV type 1 subtype I: evidence of A/G/I recombination // ARHR 1999. — V. 15. — P. 745 758.
- Nomura H., Nielsen В.W., MatsushimaK. Molecular cloning cDNAs encoding a LD78 receptor and putative leukocyte chemotactic peptide receptors // Int. Immunol. 1993. — V. 5. — P. 1239−1249.
- Nyambi P.N., Nkengasong J., Lewi P., Andries K., Janssens W., FransenK., Heyndrickx L., PiotP., van der Groen G. Multivariate analysis of human immunodeficiency virus type 1 neutralization data//J. Virol. 1996. -V. 70.-P. 6235−6243.
- Pape J.M., Liautaud В., Thomas F. // New Eng. J. Med. 1983- V. 309. -N. 16-P. 945−950.
- Papsidero L.D., SheuM., Ruscetti F.W. // Cell struct, and function -1990.-V. 15.-P. 295−299.
- Pantaleo G., Graziosi C., Butini L., Pizzo P.A., Schnittman S.M., Kotler D.P., Fauci A.S. Lymphoid organs function as major reservoir for human immunodeficiency virus//Proc. Natl. Acad. Sci. USA. -1991. V. 88. -P. 9838−9842.
- Pantaleo G., Graziosi C., Fauci A.S. New concepts in immunopathogenesis of human immunodeficiency virus infection. N. Engl. J. Med. — 1993. — V. 328. — P. 327−335.
- Park J., Morrow C.D. The nonmyristylated prl 60gag-Pol polyprotein of human immunodeficiency virus type 1 interacts with pr55gag and isincorporated into virus-like particles//J. Virol. 1992. — V. 66. — P. 63 046 313.
- Parkin N.T., ChamorroM., VarmusH.E. Human immunodeficiency virus type 1 Gag-Pol frameshifting is dependent on downstream mRNA secondary structure: demonstration by expression in vivo // J. Virol. 1992. -V. 66.-P. 5147−5151.
- Pauza C.D., Galindo J.E., Richman D.D. Reinfection results in accumulation of unintegrated viral DNA in cytopathic and persistent human immunodeficiency virus type I infection of СЕМ cells // J. Exp. Med. 1990. -V. 172.-P. 1035−1042.
- Petrov R.V., KhaitovR.M., Sidorovich I.G., Pavlikov S.P., Nikolaeva I.A., Ivachenko M.E., Andreev S.M., Sklyarov L.Yu. The use of synthetic peptides in the diagnosis of HIV infections // Biomed. Sci. 1990. -V. l.-P. 239−244.
- Plantier J.C., Damond F. Souquieres S., Brun-Vezinet F., Simon F., Barin F. V3 serological subtyping of human immunodeficiency virus type 2 infection is not relevant // J. Clin. Microbiol. 2001. — V. 39. — P. 3803−3807.
- Preston B.D., Poiesz B.J., Loeb L.A. Fidelity of HIV-1 reverse transcriptase // Science. 1988. — V. 242. — P. 1168−1171.
- ReddyM.M., GoetzR.R., Gorman J.M., GriecoM.H., Chess L., Lederman S. Human immunodeficiency virus type-1 infection of homosexual men is accompanied by a decrease in circulating В cells // J. Acquir. Immune Defic. Syndr. 1991. — V. 4. — P. 428−434.
- Revised classification system for HIV infection and expanded surveillance case definition for AIDS among adolescents and adults // Morbid. Mortal. Wkly Rep. 1993. — V. 41. -N. RR-17. — P. 1−19.
- Richman D.D. Drug resistance and its implementation in the management of HIV-infection // Antivir. Ther. 1997. — V. 41. — N2. -Suppl. 4.-P. 41−58.
- Robertson D.L., Sharp P.M., McCutchan F.E., HahnB.H. Recombination in HIV-1 // Nature 1995 — V. 374. — P. 124−126.
- SadaieM.R., BenterT., Wong-Staal F. Site-directed mutagenesis of two trans-regulatory genes (tat-III, trs) of HIV-1 // Science. 1988. — V.2239. -P. 910−913.
- Salminen M.O., CarrJ.K., Burke D.S., McCutchan F.E. Identification of breakpoints in intergenotypic recombinants of HIV type 1 by bootscanning// ARHR- 1995. V. 11.-P. 1423−1425.
- Scott G.B., Buck B.E., Leterman J.G., Bloom F.L., Parks W.P. Acquired immunodeficiency syndrome in infants // New Eng. J. Med. 1984 -V. 310-N. 2-P. 76−81.
- Shaw G.M., Hahn B.H., Aray S.K., Groopman J.E., Gallo R.C., Wong-Staal F. Molecular characterization of human T-cell leukemia (lymphotropic) virus type III in the acquired immune deficiency syndrome // Science. 1984. -V. 226.-P. 1165−1171.
- Sherefa K., Sonnerborg A., Steinbergs J., Sallberg M. Rapid grouping of HIV-l infection in subtypes A to E by V3 peptide serotyping and its relation to sequence analysis//Biochem. Biophys. Res. Commun. 1994. — V. 205. -P. 1658−1664.
- Shchelkanov M.Yu., Yudin A.N., Antonov A.V., SoinovL.A., ZaluninV.V., Vedenov A.A., KaramovE.V. Variability Analysis of HIV-lgpl20 V3 Region: II. Hierarchy of taxons // J. Biomol. Struct. Dyn. 1997. -V. 15.-N2.-P. 231−241.
- SherefaK., Johansson В., SalminenM., SonnerborgA. Full-length sequence of human immunodeficiency virus type 1 subtype A, recombined with subtype С in the env V3 domain // AIDS Res. Hum. Retroviruses. 1998. -V. 14.-P. 289−292.
- Shimizu R.Y., Howard D.H., Claney M.N. The variety of Cryptococcus neoformans in patient with AIDS // J. Infect. Dis. 1986. — V. 154. — P. 1042.
- SimonF., Loussert-AjakaI., DamondF., Saragosti S., BarinF., Brun-Vezinet F. HIV type 1 diversity in northern Paris, France // AIDS Res. Hum. Retroviruses.- 1996.-V. 12.-P. 1427−1433.
- Simon F., MauclereP., Roques P., Loussert-Ajaka I., Muller-Trutwin M.C., Saragosti S., Georges-Courbot M.C., Barre-Sinoussi F., Brun
- VezinetF. Identification of a new human immunode-ficiency virus type 1 distinct from group M and group О // Nat. Med. 1998. — V. 4. — P. 1032−1037.
- Skowronski J., Parks D., Mariani R. Altered T cell activation and development in transgenic mice expressing the HIV-1 Nef gene // EMBO J. -1993.-V. 12.-P. 1653−1657.
- Somasundaran M., Robinson H.L. Unexpectedly high levels of HIV-1 RNA and protein synthesis in a cytocidal infection // Science. 1988. — V. 242. -P. 1554−1557.
- Sonza S., Crowe S.M. Reservoirs for HIV Infection and Their Persistence in the Face of Undetectable Viral Load // AIDS Patient Care STDS. -2001.-V. 15. -P. 511−518.
- Stern W., Dales S. Biogenesis of vaccinia: isolation and characterization of a surface component that elicits antibody suppressing infectivity and cell-cell fusion // Virology. 1976. — V. 75. — P. 232−241.
- Strebel K., Klimkait Т., Martin M.A. A novel gene of HIV-1, vpu, and its 16-kilodaltonproduct// Science. 1988 -V. 2241 — P. 1221−1223.
- Takahashi H., Nakagawa Y., Pendleton C.D., Houghten R.A., Yokomuro K., Germain R.N., Berzofsky J.A. Induction of broadly cross-reactive cytotoxic T cells recognizing an HIV-1 envelope determinants // Science. 1992. — V. 225. — P. 333−336.
- Takeuchi Y., Akutsu M., Marayama K., Shimizu N., Noshino H. Host-range mutant of human immunodeficiency typel: modification of cell tropism by single point mutation at the neutralization epitope in the env gene // J. Virol. 1991.-V. 65.-P. 1710−1718.
- TindallB., Cooper D.A. Primary HIV infection: host responses and intervention strategies // AIDS. 1991. — V. 5. — P. 1−14.
- Triques K., Bourgeois A., Saragosti S., Vidal N., Mpoudi-Ngole E., Nzilambi N., Apetrei C., Ekwalanga M., Delaporte E., Peeters M. Highdiversity of HIV-1 subtype F strains in Central Africa//Virology. 1999. -V. 259.-P. 99−109.
- VarmusH., Brown P. Replication of retroviruses / In: Molecular biology of tumor viruses // Weis R., Varmus H., Coffin J., eds. NY: Cold Spring Harbor Laboratory, 1999. — 563 p.
- Verevochkin S.V., Skadova V.M., Kurbatova T.V., Kozlova O.S., Kozlov A.P. Quality control program of HIV screening in Russia: two years of experience//In: Abstract Book of 3-nd International Conference «AIDS,
- Cancer and Related Problems», 1995, St.-Petersburg, Russia. St.-Petersburg, 1995.
- Vieira J., Frank E., Spira T.J., Landesman S.H. Acquired immune deficiency in Haitians: opportunistic infections in previously healthy Haitian immigrants // New Eng. J. Med. 1983 — V. 308 — P. 125−129.
- Wei X.P., Ghosh S.K., Taylor M.E., Johnson V.A., Emini E.A., DeutschP., Lifson J.D., Bonhoeffer S., Nowak M.A., HahnB.H. Viral dynamics in HIV-1 infection // Nature. 1995. — V. 373. — P. 117−123.
- Weller S.K., Joy A.E., Temin H.M. Correlation between cell killing and massive second-round superinfection by members of some subgroups of avian leukosis virus // J. Virol. V. 33. — P. 494−506.
- WHO-UNAIDS report.// Global epidemics. 1998.
- Wills J.W., Craven R.C. Form, function, and the use of retroviral Gag protein // AIDS. 1991. — V. 5. — P. 639−654.
- Yaroslavtseva N.G., Shchelkanov M.Yu., Yudin A.N., Sakhuria I.B., Eremin V.F., GadynskayaN.I., Titov L.P., RytikP.G., Karamov E.V.
- Molecular history of HIV-l epidemic in (Gomel region, Byelorus)//In: Abstract Book of 6-th International Conference «AIDS, Cancer and Related Problems», 1998, May 18−22, St.-Petersburg, Russia. St.-Petersburg, 1998. -P. 91.
- Young A.C., Mazzullo J.M., Simon A.R., SkolnikP.R. Case Report: Kaposi’s Sarcoma: An Unusual Presentation // Med. Gen. Med. 2001. — V. 3. -P. 8.
- Zazopoulos E., Haseltine W.A. Mutational analysis of the human immunodeficiency virus type 1 Eli Nef function // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1992. — V. 89. — P. 6634−6638.
- Zolla-Pazner S., GomyM.K., Nyambi P.N. The implications of antigenic diversity for vaccine development // Immunol. Lett. 1999. — V. 66. -P. 159−164.
- Zvi A., Tugarinov V., Faiman G.A., Horovitz A., Anglister J. A model of a gpl20 V3 peptide in complex with an HIV-neutralizing antibody based on NMR and mutant cycle-derived constraints // Eur. J. Biochem. 2000. -V. 267.-P. 767−779.