Получение и анализ трансгенных растений Arabidopsis thaliana (L.) Heynh с повышенной экспрессией генов
Диссертация
Создана и проверена уникальная система векторов рЕпЬох/рСге для получения и анализа мутантов АлкаИапа, характеризующихся повышенной экспрессией, близлежащих к Т-ДНК, генов. Впервые фаговая система рекомбинации Сге/1ох была использована в активационном векторе для трансформации растений с целью определения функций генов растений, экспрессия которых отсутствует в норме в растениях дикого типа… Читать ещё >
Содержание
- 1. Введение
- 1. 1. Актуальность темы
- 1. 2. Цель и задачи работы
- 1. 2. 1. Цель работы
- 1. 2. 2. Задачи
- 1. 3. Научная новизна
- 1. 4. Практическая, значимость работы
- 2. Обзор литературы 11 2.1 Состояние проблемы
- 2. 2. Определение взаимосвязи между последовательностями ДНК и их функциями
- 2. 2. 1. Инсерционный мутагенез
- 2. 2. 1. 1. Индукция инсерционных мутаций при помощи транспозонов
- 2. 2. 1. 2. Индукция инсерционных мутаций при помощи Т-ДНК
- 2. 2. 1. 3. Векторы для трансформации растений
- 2. 2. 1. 4. Энхансеры
- 2. 2. 1. 5. Векторы специального назначения на основе фаговых систем рекомбинации
- 2. 2. 1. Инсерционный мутагенез
- 2. 2. Определение взаимосвязи между последовательностями ДНК и их функциями
- 2. 3. Использование Arabidopsis thaliana в качестве модельного объекта молекулярно-у генетических исследований высших растений
- 2. 3. 1. Общие характеристики
- 2. 3. 2. Коллекции инсерционных мутантов A. thaliana
- 2. 3. 2. 1. Коллекции loss-of-function мутантов
- 2. 3. 2. 2. Коллекции gain-of-function мутантов
- 2. 3. 3. Морфологические мутанты
- 2. 4. Методы агробактериальной трансформации растений
- 2. 5. Идентификация генов, меченных с помощью Т-ДНК
- 2. 5. 1. Амплификация методом ПЦР последовательностей ДНК, нуклеотидный состав ^ которых неизвестен
- 3. 5. 2. Метод инвертированного ПЦР (inverse PCR)
- 3. 5. 3. Метод «ТА1Ь"-ПЦР с адаптерами
- 3. 5. 4. Метод «ТА1Ь"-ПЦР с вырожденными праймерами
- 2. 6. Компьютерный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК. 45 2.6.1 Интернет базы данных
- 2. 7. Итоги 47 Экспериментальная часть
- 3. 1. Растительный материал
- 3. 2. Штаммы бактерий и плазмиды, использованные в работе
- 3. 2. 1. Бактериальные штаммы
- 3. 2. 2. Плазмиды 49 3.3. Среды, использованные в работе. 50 3.3.1 Среды для культивирования бактерий. 50 3.3.2. Среды для выращивания растений А. thaliana
- 3. 3. 2. 1. Среда для выращиваниг растений A. thaliana in vitro
- 3. 3. 2. 2. Среда для скрининга инсеционных мутантов A. thaliana in vitro
- 3. 3. 2. 3. Среда для выращивания растений А. thaliana in vitro в присутствии A. tumefaciens
- 3. 3. 3. Антибиотики, использованные в работе. 52 3.4 Приготовление компетентных клеток E. coli 52 3.4.1 Приготовление клеток E. coli с низкой компетентностью
- 3. 4. 2. Приготовление клеток E. coli со средней компетентностью
- 3. 4. 3. Приготовление клеток E. coli с высокой компетентностью для электропорации
- 3. 5. Трансформация штаммов E. col
- 3. 5. 1. Быстрая трансформация клеток с низкой компетентностью
- 3. 5. 2. Трансформация клеток со средней компетентностью
- 3. 5. 3. Трансформация клеток с высокой компетентностью (электропорация)
- 3. 5. 4. Отбор рекомбинантных плазмид
- 3. 6. Метод быстрого клонирования
- 3. 7. ПЦР-скрининг бактериальных колоний
- 3. 8. Трансформация A. tumefaciens
- 3. 8. 1. Конъюгативный перенос
- 3. 8. 2. Прямой перенос
- 3. 8. 3. Трансформация при помощи электропорации
- 3. 9. Поверхностная стерилизация семян A. thciliana
- 3. 9. 1. Быстрая стерилизация
- 3. 9. 2. Долгая стерилизация
- 3. 10. Выращивание растений A. thaliana
- 3. 10. 1. Выращивание растений A. thaliana в стерильных условиях
- 3. 10. 2. Выращивание растений A. thaliana в открытом грунте
- 3. 10. 3. Выращивание трансгенных линий A. thaliana в стрессовых условиях
- 3. 11. Агробактериальная трансформация A. thaliana
- 3. 11. 1. Трансформация прорастающих семян
- 3. 11. 2. Трансформация неопыленных бутонов взрослых растений
- 3. 12. Отбор трансгенных растений A. thaliana
- 3. 12. 1. Отбор трансгенных растений A. thaliana in vitro
- 3. 12. 2. Отбор трансгенных растений A. thaliana с помощью гербицида Баста
- 3. 12. 2. 1. Отбор трансгенных растений A. thaliana в почве
- 3. 12. 2. 2. Отбор трансгенных растений A. thaliana на песке
- 3. 13. 1. Выделение геномной ДНК из тканей A. thaliana для ПЦР-тестирования
- 3. 13. 2. Мини-препаративное выделение геномной ДНК из тканей A. thaliana
- 3. 13. 3. Выделение ДНК без примесей из тканей A. thaliana для клонирования и блот- ^ гибридизации
- 3. 13. 4. Выделение ДНК без примесей из тканей A. thaliana для получения FST
- 3. 14. 1. Мини-препаративное выделение плазмидной ДНК из бактериальных клеток
- 3. 14. 2. Препаративное выделение плазмидной ДНК из штаммов E. coli тепловым ^ методом
- 3. 14. 3. Выделение плазмидной ДНК с минимальным количеством примесей
- 3. 19. 1. Очистка ДНК при помощи трубчатого электрофореза
- 3. 19. 2. Очистка ДНК при помощи электроэлюирования
- 3. 19. 3. Очистка ДНК при помощи центрифугирования
- 3. 20. 1. Клонирование ПЦР-фрагментов
- 3. 20. 2. Приготовление Т-вектора
- 3. 21. 1. Рестрикция геномной ДНК
- 3. 21. 2. Электрофорез и перенос на мембрану переваренной геномной ДНК
- 3. 21. 3. Приготовление меченного зонда
- 3. 21. 4. Гибридизация и радиоавтографирование
- 3. 23. 1. Модифицированный метод ПЦР для локализаций инсерций
- 3. 25. 1. Реакция обратной транскрипции
- 3. 25. 2. Получение EST гена At3gl8780 (геи «домашнего хозяйства», актин)
- 3. 25. 3. Получение EST гена At5g
- 3. 25. 4. Получение EST reuaAtlg
- 3. 25. 5. Получение EST гена At5g
- 3. 25. 6. Поучение полноразмерной кДНК гена At 1 g
- 3. 26. 1. Секвенирование в лаборатории
- 3. 26. 1. 1. Подготовка стёкол 8 Г'
- 3. 26. 1. 2. Приготовление геля
- 3. 26. 1. 3. Заливка '
- 3. 26. 1. 4. Форез
- 3. 26. 1. 5. Послефорезная обработка
- 3. 26. 1. 6. Автограф
- 3. 26. 2. Автоматическое секвенирование
- 3. 27. 1. Обработка дексометазоном в стерильных условиях
- 3. 27. 2. Обработка дексометазоном в открытом грунте
- 4. 1. Создание системы векторов для индукции супер-экспрессии генов у двудольных растений
- 4. 1. 1. Создание вектора pEnLox для получения индуцирующих инсерционных мутаций
- 4. 1. 1. 1. Проверка вектора pEnLox
- 4. 1. 1. 2. Свойства вектора pEnLox
- 4. 1. 2. Создание вспомогательного вектора рСге для реверсий мутаций супер-экспрессии генов, вызванных действием энхансера
- 4. 1. 2. 1. Проверка вектора рСге
- 4. 1. 2. 2. Свойства вектора рСге
- 4. 1. 3. Система векторов pEnLox/pCre
- 4. 1. 1. Создание вектора pEnLox для получения индуцирующих инсерционных мутаций
- 4. 2. Расширение коллекции инсерционных мутантов Arabidopsis thaliana. 98 4.2.1. Трансформация растений Arabidopsis thaliana
- 4. 3. Анализ инсерционных мутантов Arabidopsis thaliana
- 4. 3. 1. Отбор трансгенных растений
- 4. 3. 2. Установление наличия и количества инсерций
- 4. 3. 2. 1. Анализ расщеплений в ТЗ поколении '
- 4. 3. 2. 2. Проверка при помощи блот-гибридизации по Саузерну
- 4. 3. 2. 3. Проверка наличия энхансера Т-ДНК, интегрированной в геном методом ПЦР
- 4. 3. 3. Установление точной локализации инсерций в геноме
- 4. 3. 3. 1. Модифицированный метод RC-PCR (miPCR)
- 4. 3. 3. 2. Амплификация примыкающей к бордеру последовательности не известной геномной Д1IK
- 4. 3. 3. 3. Определение нуклеотидной последовательности ПЦР фрагментов
- 4. 3. 3. 4. Компьютерный анализ полученных данных. 111 4.4. Проверка работоспособности системы векторов pEnLox/pCre
- 4. 4. 1. Скрещивание Е-линий с С-линиями
- 4. 4. 2. Отбор мутантов по двум селективным маркерам
- 4. 4. 3. Удаление энхансера из состава интегрированной в геном Т-ДНК
- 4. 4. 4. Проверка эффективности удаления методом ПЦР 115 4.5 Морфологические мутанты Arabidopsis thaliana
- 4. 5. 1. Поиск мутантов с измененной морфологией
- 4. 5. 2. Идентификация генов, супер-экспрессия которых влияет на морфогенез ^ ^ Arabidopsis thaliana
- 4. 5. 2. 1. Линия Е
- 4. 5. 2. 2. Компьютерный анализ гена At5gl
- 4. 5. 2. 3. Линия Е
- 4. 5. 2. 4. Компьютерный анализ гена Atlg
- 4. 5. 2. 5. Линия El
- 4. 5. 2. 6. Компьютерный анализ гена At5gl
- 4. 5. 2. 7. Поиск возможных гомологов исследуемых генов A. thaliana
- 4. 5. 2. 8. Поиск информации об экспрессии исследуемых генов
- 4. 5. 2. 9. Проверка уровня экспрессии близлежащих к инсерциям генов
- 4. 5. 3. Реверсия Е-мутантов к фенотипу дикого типа
- 4. 5. 4. Обсуждение проблемы дистального действия энхансеров
Список литературы
- Гапеева Т.А., Огаркова O.A., Тарасов В. А., Волотовский И. Д. Новые вектора для трансформации двудольных растений // Генетика. 1995. Т. 31. № 8. С. 1085−1091.
- Гловер Д. Клонирование ДНК // М.: Мир, 1988. 538 с.
- Досон Р., Эллиот Д., Эллиот У., Джонс К. Справочник биохимика // М.: Мир, 1991.544 с.
- Дрейпер Дж., Скотт Р., Армитидж Ф., Уолден Р. Генная инженерия растений // М.: Мир, 1991.408 с.
- Ли А., Тинланд Б. Интеграция Т-ДНК в геном растений: прототип и реальность // Физиология растений. 2000. Т. 47. № 3. С. 354−359.
- Маниатис Т., Фрич Э., Сэмбрук Дж. Молекулярное клонирование // М.: Мир, 1984. 480 с.
- Огаркова O.A., Томилова Н. Б., Томилов А.А, Тарасов В. А. Создание коллекции морфологических инсерционных мутантов Arabidopsis thaliana II Генетика. 2001. Т. 37. № 8. С. 1081−1087.
- Патрушев Л.И. Экспрессия генов // М.: Наука, 2000. 526 с.
- Погорелко Г. В., Фурсова О. В., Огаркова O.A., Тарасов В. А. Новая система векторов для индукции суперэкспрессии генов у двудольных растений // Генетика. 2007. Т. 43. № 2. С. 194−201
- Рыбчин В.Н. Основы генетической инженерии // С.-П.: СПбГТУ, 1999. 360 381 с.
- П.Сингер М., Берг П. Гены и геномы // М.: Мир, 1998. Т. 1−2. 765 с.
- Спирин A.C., Молекулярная биология. Структура и биосинтез нуклеиновых кислот // М.: Высшая школа, 1990. 201−210 с.
- Томилов А. А, Томилова Н. Б., Огаркова O.A., Тарасов В. А. Инсерционный мутагенез Arabidopsis thaliana: Увеличение эффективности трансформациипрорастающих семян в результате предобработки их ультразвуком // Генетика. 1999. Т. 35. № 9. С. 1214−1222.
- Томилов А. А, Томилова Н. Б., Огаркова О. А., Тарасов В. А. Идентификация гена, включенного в контроль развития корневой системы у Arabidopsis thaliana //Генетика. 2001. Т. 37. № 4. С. 1−10.
- Томилова Н.Б., Томилов А.А, Огаркова О. А., Тарасов В. А. Идентификация гена, мутация в котором обуславливает возникновение некрозов семядолей при развитии проростков Arabidopsis thaliana II Генетика. 2001. Т. 37. № 1. С. 36−45.
- Филипенко Е.А., Филипенко M.JL, Мурашева С. В., Денеко Е. В., Загорская А. А., Сидорчук Ю. В. Анализ сайтов встраивания Т-ДНК у трансгенных растений табака с мутантным фенотипом // Доклады Академии Наук. Т.370. № 2. С. 273−276.
- Abremski К., Hoess R., Sternberg N. Studies on the properties of PI site-specific recombination: evidence for topologically unlinked products following recombination // Cell. 1983. V. 32 № 4. P.1301−11
- Aeschbacher RA, Hauser MT, Feldmann KA, Benfey PN. The SABRE gene is required for normal cell expansion in Arabidopsis. Genes Dev. 1995 Feb 1−9(3):330−40.
- Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ. Basic local alignment search tool. J Mol Biol. 1990 Oct 5−215(3):403−10.
- An G. High efficiency transformation of culture tobacco cells // Plant Physiol. 1985. V. 79. P. 568−570%
- An, Gynheung. Binary Ti vectors for plant transformation and promoter analysis. Methods in Enzymol. 1987. 153: 292−305
- Azpiroz-Leehan R., Feldmann K.A. T-DNA insertion mutagenesis in Arabidopsis: going back and forth II TIG. 1997. V. 13. № 4. C. 152−156.
- Baulcombe D.C. RNA as a target and an initiator of post-transcriptional gene silencing in transgenic plants // Plant Mol. Biol. 1996. V. 32. P. 79−88.
- Bechtold N., Ellis J., Palletier G. In planta Agrobacterium-mediated gene transfer by infiltration of adult Arabidopsis thaliana plants. // Paris: C.R. Acad. Sci. Sciences de la vie / Life sciences, 1993. V. 316. P. 1194−1199
- Benson DA, Boguski MS, Lipman DJ, Ostell J, Ouellette BF. GenBank. Nucleic Acids Res. 1998 Jan l-26(l):l-7.
- Bevan M., Bancroft I., Bent E., Love K., Goodman H., Dean C., Bergkamp R., Dirkse W., Vanstaveren M., Stiekema W. Analysis of a 1.9 Mb of contigous sequence from chromosome 4 of Arabidopsis thaliana II Nature. 1998. V. 391. P. 485−488.
- Blackwood EM, Kadonaga JT. Going the distance: a current view of enhancer action. // Science 1998 Jul 3- V. 281(5373): P. 61−3
- Borner, G., Lilley, K., Stevens, T., Dupree, P., 2003. Identification of Glycosylphosphatidylinositol-Anchored Proteins in Arabidopsis. A Proteomic and Genomic Analysis. Plant Physiol. 132−2, 568—577
- Bouchez D., Camilleri C., Caboshe M. A binary vector based on Basta resistance for in planta transformation of Arabidopsis thaliana // Paris: C.R. Acad. Sei. Sciences de la vie / Life sciences, 1993. V. 316. P. 1188−1193
- Bouchez D., Hofte H. Functional genomics in plants // Plant Physiol. 1998. V. 118. P. 725−732.
- Brendel V, Kleffe J, Carle-Urioste JC, Walbot V. Prediction of splice sites in plant pre-mRNA from sequence properties. J Mol Biol. 1998 Feb 13−276(1):85−104.
- Brian Sauer. Inducible Gene Targeting in Mice Using the Crdlox System. METHODS: A Companion to Methods in Enzymology 14, 381−392 (1998)
- Burge C, Karlin S. Prediction of complete gene structures in human genomic DNA. J Mol Biol. 1997 Apr 25−268(l):78−94.
- Castle L.A., Meinke D.W. Fusca gene of Arabidopsis encodes a novel protein essential for plant development // Plant Cell. 1994. V. 6. № 1. P. 15−41.
- Chalfun-Junior A, Mes JJ, Mlynarova L, Aarts MG, Angenent GC. Low frequency of T-DNA based activation tagging in Arabidopsis is correlated with methylation of CaMV 35S enhancer sequences // FEBS Lett. 2003. V. 18−555(3). P. 459−63.
- Cheng S., Chang S.-Y., Gravitt P., Respess R. Long PGR II Nature. 1994. V. 369. P. 684−685.
- Chunlin S, Zhen Z, Guifang X, Altosaar I, Pingzhang F. Construction of plant vectors withhigh level expressionofBit- toxin gene andstudies on their expression behavior in transgenic tobaccos. // Chin J Biotechnol 1999−15(4):203−10
- Corneille S., Lutz K., S vab Z-, Maliga P. Efficient elimination of selectable marker genes from the plastid genome by the CRE-lox site-specific recombination system- The Plant Journal, 2001. 27 (2), 171−178
- Davis S., Vierstra R. Soluble, highly fluorescent variants of green fluorescent protein (GFP) for use in rhigher plants // Plant Molecular Biology, 1998. 36: 521' 528 .' ¦
- Feidmann K.A. T-DNA insertion mutagenesis in Arabidopsis. Mutational spectrumi // Plant J. 1991. V. 1. P. 71−82 ' '
- Feidmann K.A., Marks M. D- Agrobacterium-mediated' transformation of germinating seeds of Arabidopsis thaliana: A. non-tissue culture approach // Molt, Gen. Genet. 1987. V. 208. P. 1−9. -
- Finkelstein R., Somerville C.R. Introduction of transposable elements into Arabidopsis II J. Cell Biochem. UCLA Symp. Molec. Cell Biol.: Abstr. New York: A.R. Liss, 1987. Suppl lib. P. 16.
- Forsthoefel N.R., Wu Y., Schulz B., Bennett M.J., Feldmann K.A. T-DNA insertion mutagenesis in Arabidopsis: prospects and perspectives // Aust. J. Plant Physiol. 1992. V. 19. P. 353−366.
- Fortunati A, Piconese S, Tassone P, Ferrari S, Migliaccio F. A new mutant of Arabidopsis disturbed in its roots, right-handed slanting, and gravitropism defines a gene that encodes a heat-shock factor // J Exp Bot. 2008−59(6): 1363−74. Epub 2008 Apr 1.
- Franzmann L.H., Yoon E.S., Meinke D.W. Saturating the genetic map of Arabidopsis thaliana with embryonic mutations // Plant J. 1995. V. 7. P. 341−350.
- Frey M., Stettner C., Gierl A. A general method for gene isolation in tagging approaches: amplification of insertion mutagenised sites (AIMS) // Plant J. 1998. V. 13. P. 717−721.
- Fridborg I., Kuusk S., Moritz T., Sundberg E. The Arabidpsis dwarf mutant shi exibits reduced gibberellin responses conferred by overexpression of a new putative zinc finger protein//Plant Cell. 1999. V. 11. P. 1019−1031.
- Gailus-Durner V, Scherf M, Werner T. Experimental data of a single promoter can be used for in silico detection of genes with related regulation in the absence of sequence similarity. // Mamm Genome 2001 Jan- V. 12(1): P. 67−72
- Gallois J.-L., Woodward C., Reddy G., Sablowski R. Combined SHOOT MERISTEMLESS and WUSCHEL trigger ectopic organogenesis in Arabidopsis II Development. 2002. V. 129. 3207−3217.
- Gish W, States DJ. Identification of protein coding regions by database similarity search.
- Nat Genet: 1993 Mar-3(3):266−72.
- Gleave A.P. A versatile binary vector system with a T-DNA organizational structure conducive to efficient integration of cloned DNA into the plant genome // Plant Mol Biol. 1992. V.20. № 6. P. 1203−7.
- Gondor A, Ohlsson R. Chromatin insulators and cohesions // EMBO Rep. 2008- 9(4):327−9.
- Gui-Li W, Wen ZQ, Xu WP, Wang ZY, Du XL, Wang F. Inhibition of Lysophosphatidic Acid Receptor-2 Expression by RNA Interference Decreases Lysophosphatidic Acid-induced Urokinase Plasminogen Activator Activation,
- Gell Invasion, and Migration in Ovarian- Cancer SKOV-3 Cells // Croat Med J: 2008- 49(2): 175−181 •
- Herman PX., Jacobs A., Van Montagu M-, Depicker A. Plant chromosome marker, gene fusion assay for study of normal and truncated T-DNA integration events // Mol: Gen. Genet. 1990- V. 224- № 2. P: 148−156. '
- Herman P-L., Marks M: D. Trichome development in Arabidopsis thaliana. II. Isolation and complementation of the GIABROUS I gene // Plant Cell. 1989- V. l. P. 1051−1055.
- Hoff T., Schnorr! K.M., Mundy J. A recombinase-mediated transcriptional- induction system: in transgenic Plants // Plant Molecular Biology. 2001. V. 45.P.', 41−49:., ¦. ',. •'. ' ' '' '-. '
- Hiei Y, Komari T. Agrobacterium-mediated transformation- of rice using immature embryos or calli induced from mature seed. Nat Protoc. 2008−3(5):824−34.* ' f
- Holrnberg N., Btillow L. Improving stress tolerance in: plants by gene transfer //
- Jefferson R A., Kavanagh T.A., Bevan M.V. GUS fusions: ?-glucuronidase as a sensitive’and versatile gene fusion marker in higher plant // EMBO J. 1987. V. 6. P. 3901−3907.
- Keplinger BL, Guo X, Quine J, Feng Y, Cavener DR. Complex Organization of Promoter and Enhancer Elements Regulate the Tissue- and Developmental Stage-Specific Expression of the Drosophila melanogaster Gld Gene. // Genetics 2001 Feb- 157(2):699−716
- Kerbach S, Lorz H, Becker D. Site-specific recombination in Zea mays // Theor Appl Genet. 2005−111(8):1608−16.
- Kertbundit S., De Greve H., Deboeck F., Van Montagu M., Hernalsteens J. In vivo random (3-glucoronidase gene fusions in Arabidopsis thaliana // Proc. Natl Acad. Sci. 1991. V. 88. P. 5212−5216.
- Kleckner N, Chan RK, Tye BK, Botstein D. Mutagenesis by insertion of a drug-resistance element carrying an inverted repetition. J Mol Biol. 1975 Oct 5−97(4):561−75.
- Kleffe J, Hermann K, Vahrson W, Wittig B, Brendel V. Logitlinear models for the prediction of splice sites in plant pre-mRNA sequences. Nucleic Acids Res. 1996 Dec 1−24(23):4709−18.
- Klutstein M, Shaked H, Sherman A, Avivi-Ragolsky N, Shema E, Zenvirth D, Levy AA, Simchen G. Functional Conservation of the Yeast and Arabidopsis RAD54-Like Genes // Genetics. 2008- 178(4):2389−97.
- Kojima M, Arai Y, Iwase N, Shirotori K, Shioiri H, Nozue M. Development of a simple and efficient method for transformation of buckwheat plants (Fagopyrum esculentum) using Agrobacterium tumefaciens. // Biosci Biotechnol Biochem 2000 Apr-64(4):845−7
- Koncz C., Martini N., Mayerholer R., Koncz-Kalman Z., Korber H., Redei G.P., Schell J. High-frequency T- DNA mediated gene tagging in plants // Proc. Natl. Acad. Sci. 1989. V. 86. P. 8467−8471.
- Koncz C., Martini N., Szabados L., Hrouda M., Bachmair A., Schell J. Specialized vectors for gene tagging and expression studies // In Plant Molecular Biology Manual. V. B2. Dordrecht, The Netherlands: Kluwer Academic Press, 1994. P. 122.
- Koncz C., Mayerhofer R., Koncz-Kalman Z., Nawrath C., Reiss B., Redei G. P., Schell J. Isolation of a gene encoding a novel chloroplast protein by T-DNA tagging in Arabidopsis thaliana IIEMBO J. 1990. V. 9. P. 1337−1346.
- Koncz C., Nemeth K., Redei G.P., Schell J. T-DNA insertional mutagenesis in Arabidopsis II Plant Mol. Biol. 1992. V. 20. P. 963−976. 1
- K00 JT, Choe J, Moseley SL. HrpA, a DEAH-box RNA helicase, is involved in mRNA processing of a fimbrial operon in Escherichia coli. Mol Microbiol. 2004 Jun-52(6): 1813−26
- Kooter J.M., Mol J.N.M. 7ran. v-inactivation of gene expression in plants // Current Opinion in Biotechnology. 1993. V. 4. P. 166−171.
- Krysan P.J., Young J.C., Sussman M.R. T-DNA as an insertional mutagen in Arabidopsis II The Plant Cell. 1999. V. 11 P. 2283−2290.
- Kubo H., Peeters A. J.M., Aarts M.G.M., Pereira A., Koornneef M. ANTHOCYANINLESS2, a homeobox gene affecting anthocyanin distribution and root development in Arabidopsis II Plant Cell. 1999. V. 11. P. 1217−1226.
- Kushiro T., Shibuya M., Ebizuka Y. Beta-amyrin synthase cloning of oxidosqualene cyclase that catalyzes the formation of the most popular triterpene among higher plants // Eur. J. Biochem. 1998. V. 256. № 1. P. 238−244.
- Laat WL, Appeldoorn E, Sugasawa K, Weterings E, Jaspers NGJ, Hoeijmakers JHJ. DNA-binding polarity of human replication protein A positions nucleases in nucleotide excision repair. Genes & Dev. 1998 12: 2598−2609
- Laibach F. Zur frage nach der individualitai der Chromosomen im pflanzeinreich II Beich. Bot. Col. I Abt 1907. V. 22. P. 191−210.
- Laibach F., 1943. In Meyerowitz E.M. History of Arabidopsis thaliana II http/www.arabidopsis.org. 1998.
- Lee L, Sadowski PD. Directional resolution of synthetic holliday structures by the Cre recombinase. J Biol Chem. 2001 Aug 17−276(33):31 092−8.
- Leutwiler L.S., Hough-Evans B.R., Meyerowitz E.M. The DNA of A. thaliana II Mol. Gen. Gen. 1984. V. 194. P. 15−23.
- Li S, Hartman GL, Domier LL, Boykin D. Quantification of Fusarium solani f. sp. glycines isolates in soybean roots by colony-forming unit assays and real-time quantitative PCR // Theor Appl Genet. 2008 Epub ahead of print.
- Liao BY, Zhang J. Null mutations in human and mouse orthologs frequently result in different phenotypes // Proc Natl Acad ScL 2008 USA. Epub ahead of print.
- Liu Y.G., Mitsukawa N., Vazquez-Tello A., Whittier R.F. Generation of a high quality PI library of Arcibidopsis thaliana-suitable for chromosome walking // Plant J. 1995. V.7. P. 351−358.
- Liu YG, Whittier RF. Thermal asymmetric interlaced PCR: automatable amplification and sequencing of insert end fragments from PI and YAC clones for chromosome walking//Genomics. 1995 Feb 10−25(3):674−81
- Lloyd A.M., Bamanson A.R., Rogers S.G. Transformation of Arabidopsis thaliana with Agrobacterium tumefaciens // Science. 1986. V. 234. № 4775. P. 464−466
- Lodish, Berk, Zipursky, Matsudaira, Baltimore, Darnell. Molecular Cell Biology, 2000. Chapter 12. DNA Replication, Repair, and Recombination. Section 12.5. Recombination between Homologous DNA Sites
- Masclaux FG, Pont-Lezica R, Galaud JP. Relationship between allelic state of T-DNA and DNA methylation of chromosomal integration region in transformed Arabidopsis thaliana plants // Plant Mol Biol. 2005. V. 58(3). P. 295−303.
- Mark D. Curtis, Ueli Grossniklaus. A Gateway Cloning Vector Set for High-Throughput Functional Analysis of Genes in Planta // Plant Physiology. 2003. V. 133. P. 462−469
- McClintock B. Mutable locus in maize // Carnegie Inst. Wash. Yearbook. 1948. V. 47. P. 155−169.
- McCormac AC, Elliott MC, Chen DF. pBECKS2000: a novel plasmid series for the facile creation of complex binary vectors, which incorporates «clean-gene» facilities. // Mol Gen Genet 1999 Mar-261(2):226−35
- McKinney E.C., Ali N., Traut A., Feldmann K.A., Belostotsky D.A., McDowell J.M., Meagher R.B. Sequence-based identification of T-DNA insertion mutations in Arabidopsis: actin mutants act2-l and act4-l II Plant J. 1995. V. 8. P. 613−622.
- Meinke, D.W., Koornneef M. Community Standards for Arabidopsis Genetics // Plant J. 1997. V. 12. № 2. P. 247−253.
- Mejia J.E., Larin Z. The Assembly of Large BACs by in Vivo Recombination. Genomics, 2000. 70, 165−170
- Mullins L., Kotelevtseva N., Boyd A.C., Mullins J.J. Efficient Cre-lox linearisation of BACs: applications to physical mapping and generation of transgenic animals. (c)1997 Oxford University Press, 2539−2540
- Mullis K.B., Faloona F.A. Specific systhesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction. // Methods Enzymol. 1987. V. 155. P. 335−348.
- Nimmo DD, Alphey L, Meredith JM, Eggleston P. High efficiency site-specific genetic engineering of the mosquito genome // Insect Mol Biol. 2006, 15(2): 129−36.
- Oono Y, Chen Q.G., Overvoorde P.J., Kohler C., Theologis A. age mutants of Arabidopsis exhibit altered auxin-regulated gene expression // Plant Cell. 1998. V. 10. P. 1649−1662.
- Pandey S, Monshausen GB, Ding L, Assmann SM. Regulation of Root-Wave Response by Extra Large and Conventional G Proteins in Arabidopsis thaliana. Plant J. 2008 Apr 4 Epub ahead of print.
- Pan X, Li Y, Stein L. Site Preferences of Insertional Mutagenesis Agents in Arabidopsis // Plant Physiology. 2005. V. 137. P. 168−175
- Pang P.P., Meyerowitz E.M. Arabidopsis thaliana: a model system for plant molecular biology//Biotechnology. 1987. V. 5. № 11. P. 1177−1181.
- Parinov S., Sevugan M., Ye D., Yang W.C., Kumaran M., Sundaresan V. Analysis of flanking sequences from Dissociation insertion lines: a database for reverse genetics in Arabidopsis II The Plant Cell. 1999. V. 11. P. 2263−2270.
- Pickett FB, Champagne MM, Meeks-Wagner DR. Temperature-sensitive mutations that arrest Arabidopsis shoot development. Development. 1996 Dec-122(12):3799−807.
- Pruilt R.E., Meyerowitz E.M. Characterization of the genome of Arabidopsis thaliana II J. Mol. Biol. 1986. V. 187. № 1. P. 169−183.
- Puchta H., Hohn B. From centimorgans to base pairs: homologous recombination in plants // Trends Plant Sci. 1996. V. 1. P. 340−348.
- Rastegar S, Hess I, Dickmeis T, Nicod JC, Ertzer R, Hadzhiev Y, Thies WG, Scherer G, Strahle U. The words of the regulatory code are arranged in a variable manner in highly conserved enhancers // Dev Biol. 2008 Epub ahead of print.
- Reinholz E., 1947. In: Meyerowitz E.M. History of Arabidopsis thaliana II http/www.arabidopsis.org. 1998.
- Richmond TA, Bleecker AB. A defect in beta-oxidation causes abnormal inflorescence development in Arabidopsis. Plant Cell. 1999 Oct-ll (10):1911−24.
- Riechmann J.L., Meyerowitz E.M. MADS domain proteins in plant development II J. Biol. Chem. 1997. V. 378. P. 1079−1101.
- Rijkers T, Ouweland JVD, Morolli B, Rolink AG, Baarends WM, Sloun P, Lohman P, Pastink A. Targeted Inactivation of Mouse RAD52 Reduces Homologous Recombination but Not Resistance to Ionizing Radiation // Mol Cell Biol. 1998- 18(11): 6423−6429.
- Roe JL, Rivin CJ, Sessions RA, Feldmann KA, Zambryski PC. The Tousled gene in A. thaliana encodes a protein kinase homolog that is required for leaf and flower development. Cell. 1993 Dec 3−75(5):939−50.
- Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T., «Molecular Cloning A Laboratory Manual, Second Edition»// Cold Spring Harbor Laboratory Press. 1989.
- Sanger F., Coulson A.R. A rapid method for determining sequences in DNA by primed syntesis with DNA polymerase, J. Mol. Biol., 1975, v. 94, p. 444−448.
- Santarem E.R., Trick H.N., Essing J.S., Finer J.J. Sonication-assisted Agrobacterium-medate, d transformation of soybean immature cotyledons: optimization of transient expression // Plant Cell Reports. 1998. V. 17. P. 752 759.
- Sauer B. Inducible Gene Targeting in Mice Using the Crdlox System // Methods. 1998. V.14. № 4. P.381−92
- Shaikh A.C., Sadowski P.D. The Cre Recombinase Cleaves the lox Site in trans. Volume 272, Number 9, Issue of February 28, 1997 pp. 5695−5702. JBC by The American Society for Biochemistry and Molecular Biology, Inc.
- Shang CH, Zhu F, Li N, Ou-Yang X, Shi L, Zhao MW, Li YX. Cloning and Characterization of a Gene Encoding HMG-CoA Reductase from Ganoderma lucidum and Its Functional Identification in Yeast // Biosci Biotechnol Biochem. 2008 Epub ahead of print.
- Shibata F, Matsusaki Y, Hizume M. AT-richsequences containing Arabidopsis-type telomere sequence and their chromosomal distribution in Pinus densiflora // Theor Appl Genet. 2005. V. 110(7). P. 1253−8
- Shibuya M., Zhang H., Endo A., Shishikura K., Kushiro T., Ebizuka Y. Two branches of the lupeol synthase gene in the molecular evolution of plant oxidosqualene cyclascs // European Journal Biochemistry. 1999. V. 266. № 1. P. 302−307.
- Singh-Gasson S., Green R.D., Yue Y., Nelson C., Blattner F., Sussman M.R., Cerrina F. Maskless fabrication of light-directed oligonucleotide microarrays using a digital micromirror array // Nat. Biotechnol. 1999. V. 17. P. 974−978.
- Souer E., Quattrocchio F., de Vetten N., Mol J., Koes R. A general method to isolate genes tagged by a high copy number transposable element // Plant J. 1995. V. 7. P. 677−685.
- Speulman E., Metz P. L. J., Van Arkel G., Hekkert B.L., Stiekema W.J., Pereira A. Two-component Enhancer-Inhibitor transposon mutagenesis system for functional aanalysis of the Arabidopsis genome // The Plant Cell. 1999. V. 11. P. 1853−1866.
- Spradling AC, Stern DM, Kiss I, Roote J, Laverty T, Rubin GM. Gene disruptions using P transposable elements: an integral component of the Drosophila genome project.
- Proc Natl Acad Sci USA. 1995 Nov 21 -92(24): 10 824−30.
- Strizhov N, Li Y, Rosso MG, Viehoever P, Dekker KA, Weisshaar B. High, throughput generation of sequence indexes from T-DNA mutagenized
- Arabidopsis thaliana lines // Biotechniques. 2003. V. 35(6). P. 1164−8.
- Sugita K, Kasahara T, Matsunaga E, Ebinuma H. A transformation vector for the production of marker-free transgenic plants containing a single copy transgene at high frequency.// Plant J 2000 Jun-22(5):461−9
- Takeda K., Akira S. STAT family of transcription factors in cytokine-mediated biological responses // Reviews. 2000. V. 11. P. 199−207.
- Tani H, Chen X, Nurmberg P, Grant JJ, SantaMaria M, Chini A, Gilroy E, Birch PR, Loake GJ. Activation tagging in plants: a tool for gene discovery // Funct Integr Genomics. 2004. V. 4(4). P. 258−66.
- Tinland B. The integration of T-DNA into plant genomes // Trends in Plant Science. 1996. V. 1. № 6. 1360−1385.
- Topping J.F., Wei W., Lindsey K. Functional tagging of regulatory elements in the plant genome//Development. 1991. V. 112. P. 1009−1019.
- Van Lijsebettens M., Vanderhaughen R., Van Montagu M. Insertional mutagenesis in Arabidopsis thaliana: isolation of a T-DNA-linked mutation that, alters leaf morphology // Theor. Appl. Genet. 1991. V. 81. № 1. P. 177−284.
- Vergunst AC, Hooykaas PJ. Cre/lox-mediatcd site-specific integration of Agrobacterium T-DNA in Arabidopsis thaliana by transient expression of ere. // Plant Mol Biol 1998 Dec-38(6):1269
- Wan F, Miao X, Quraishi I, Kennedy V, Creek KE, Pirisi L. Gene expression changes during HPV-mediated carcinogenesis: a comparison between an in vitro cell model and cervical cancer // Int J Cancer. 2008 -123(1):32−40
- Wang Y, Yin G, Yang Q, Tang J, Lu X, Korban SS, Xu M. Identification and isolation of Mu-flanking fragments from maize // J Genet Genomics. 2008- 35(4):207−13.
- Wheeler JC, Shigesada K, Gergen JP, Ito Y. Mechanisms of transcriptional regulation by Runt domain proteins. // Semin Cell Dev Biol 2000 Oct- V. 11(5): P. 369−75
- Xiang C, Han P, Lutziger I, Wang K, Oliver DJ. A mini binary vector series for plant transformation.// Plant Mol Biol 1999 Jul-40(4):711−7
- Yamaguchi H, Nagaoka K, Imakawa K, Sakai S, Christenson RK. Enhancer regions of ovine interferon-tau gene that confer PMA response or cell type specific transcription. // Mol Cell Endocrinol 2001 Feb 22−173(l-2): 147−155
- Yanofsky M.F., Ma H., Bowman J.L., Drews J.N., Feidmann K.A., Meyerowitz E.M. The protein encoded by the Arabidopsis homeotic gene agamous resembles transcription factors // Nature. 1990. V. 346. P. 35−39.
- Zhang K, Wang G, Zou Z, Jia X, Wang S, Lin P, Chen Y, Zhang Z, Wang Y. Cloning, characterization and TBT exposure response of CuZn superoxide dismutase from Haliotis diversicolor supertexta // Mol Biol Rep. 2008 Mar 24 Epub ahead of print.
- Zhiming R, Zheng M, Wei S, Huiying F, Jian Z. Transformation of Industrialized Strain Candida glycerinogenes with Resistant Gene zeocin via Agrobacterium tumefaciens // Curr Microbiol. 2008 Epub ahead of print.