Соя относится к роду Glycine L, который объединяет десятки видов, распространенных в странах тропиков. В культуру введен один вид Glycine hispida Moench, выращиваемый на всех континентах земного шара. Сортовое разнообразие культурной сои объединено в 4 подвида (manshurica, chinensis, japonica, indica). Подвиды различают по продолжительности периода вегетации, строению куста, форме листьев и бобов, величине и окраске семян.
Корневая система стержневая с грубым, сравнительно коротким главным корнем и большим числом длинных боковых корней, проникающих в глубину до 2,0 м. Тонкие корни составляют около 60% массы всей корневой системы. Основная масса корней находится в пахотном слое. Стебель — твердый, неполегающий, высотой от 25 до 200 см, длина междоузлий от 3 до 15 см, количество боковых побегов от 2 до 5. Листья очередные, перистосложные. Первые 2 примордиальных листа — супротивные. Листья стушенные, состоят из 3 листочков различной формы: овальной, ромбической, яйцевидной, почти округлой. Цветки мелкие, пятилепестковые, без запаха. Венчик мотылькового. типа, белой или фиолетовой окраски. Соцветие — кисть, расположенная в пазухах листьев. Число цветков в кисти от 4 до 26. Тычинок 10, причем 9 из них срастаются вместе, 1 тычинка свободная.
Плод сои — боб. Бобы прямые, изогнутые, серповидные, плоские, опушенные, длиной до 5 см, окраска от светло-серой до черной. Число семян в бобе от 1 до 4, чаще 3. Количество бобов на растении зависит от густоты стояния растений, обеспеченности элементами питания и влагой. В загущенных посевах на растении образуется 10−15, а в разреженных посевах и на плодородных почвах — до 300−400 бобов. Нижние бобы прикрепляются на высоте от 3 до 15 см от поверхности почвы. В загущенных посевах прикрепление нижних бобов повышается до 17−20 см и в ряде случаев до 30 см от поверхности почвы. Семена шаровидные, овальные, плоско-округлые, удлиненно-округлые, почковидные. Окраска семян разнообразная — черная, коричневая, зеленая. Масса 1000 семян в зависимости от сорта колеблется от 60 до 400 г. Семя состоит из оболочки и зародыша, в котором имеются 2 семядоли и почечка с зачаточным корешком, стеблем и листьями.
