Заражение яиц патогенными микроорганизмами также происходит экзогенным и эндогенным путём.
Особую опасность представляют яйца водоплавающей птицы, которые часто бывают инфицированы сальмонеллами. Попадающие в яйцо сальмонеллы беспрепятственно в нём развиваются, так как лизоцим на них не действует. Наибольшую опасность среди сальмонелл представляют: S. enteritidis, S. cholerae suis, S. typhimurium, S. newport, S. dublin, S. anatum и др. В связи с этим продавать утиные и гусиные яйца в продовольственных магазинах, на рынках и реализовать их в сыром виде через сеть общественного питания запрещено.
Из сальмонеллезов у кур наиболее часто отмечается пуллороз. Основным источником инфекции при пуллорозе являются куры бактерионосители, от которых получают яйца, инфицированные S. pullorum и S.gallinarum. Из таких яиц выводятся больные пуллорозом цыплята, которые выделяют возбудителя во внешнюю среду. Ранее эти сальмонеллы считались безопасными. Сейчас известно, что употребление яиц, инфицированных S. pullorum и S. gallinarum, является одной из причин возникновения пищевых токсикоинфекций у людей. Наиболее благоприятной средой для развития сальмонелл является желток.
Кроме сальмонелл через поры скорлупы в яйцо могут проникать холерный вибрион и другие патогенные микроорганизмы, в том числе возбудители туберкулеза. Наиболее часто в яйцах кур обнаруживают М. avium. Яйца, полученные от больных туберкулезом и подозрительных по этому заболеванию кур, используют для пищевых целей только на промышленных предприятиях пищевой промышленности после предварительной тепловой обработки. Реализация таких яиц через торговую сеть и предприятия общественного питания запрещена.
Возбудитель микоплазмоза (Mycoplasma galhsepticum) передается в основном трансовариальным путем. Эндогенное заражение яиц отмечается также возбудителями чумы, холеры и др. Эндогенное инфицирование пищевых яиц вирусами может наблюдаться также при иммунизации птицы живыми вирусными вакцинами, используемыми в промышленном птицеводстве.
Кроме того, возможно эндогенное заражение яиц при болезнях яичников и яйцеводов различной этиологии. При этом яйца могут быть инфицированы стафилококками, кишечной палочкой, палочкой протея, синегнойной, флюоресцирующей палочками и другими микроорганизмами.
