Быстрый поиск в базах с использованием профилей. 
PSIBLAST

По аналогии с эвристическими подходами, позволяющими производить быстрый поиск в базах данных без выполнения полноценного выравнивания (BLAST, FASTA), были созданы методы, помогающие производить поиск с применением профилей аминокислотных последовательностей. Ниже приведена схема работы одного из самых популярных алгоритмов для быстрого поиска в базах данных с использованием профилей последовательностей — PSIBLAST. Из названия очевидно, что PSIBLAST является модификацией обычного BLAST для использования профилей. Приставка PSI — сокращение от «position specific iteration», т. е. позиционно-специфичный итерационный BLAST.

Puc. 3.29. Фрагмент выравнивания последовательности и профиля:

выравниваемая последовательность расположена вертикально, профиль представлен стоимостями выравнивания данной позиции профиля с каждым из 20 типов аминокислот (расположены горизонтально). Примеры выравнивания двух остатков серина с различными позициями профиля выделены рамками. Видно, что для позиции нуклеофильного остатка активного сайта (216) профиль демонстрирует явное предпочтение к серину (единственная положительная стоимость выравнивания в строке) Опишем алгоритм работы PSIBLAST:

• 1) сначала исследуемая последовательность используется для поиска совпадений с помощью обычного алгоритма BLAST;
• 2) обнаруженные значимые совпадения организуются во множественное выравнивание, на основании которого формируется профиль;
• 3) полученный профиль используется для нового BLAST-подобного поиска в базе данных;
• 4) если набор последовательностей, обнаруженных в ходе поиска, отличается от того, с помощью которого был составлен профиль, то осуществляется переход к пункту 2, т. е. производится новая итерация;
• 5) если последняя итерация не дала изменений в списке последовательностей, то полученные совпадения выводятся в виде результата.