Институт подсудности разграничивает подведомственные арбитражным судам дела между различными звеньями судебно-арбитражной системы. Для арбитражного процесса характерны два вида подсудности — родовая и территориальная.
Родовая подсудность разграничивает дела между арбитражными судами различных уровней. По общему правилу все споры, подведомственные арбитражному суду, разрешаются арбитражными судами субъектов РФ, за исключением споров, отнесенных к подсудности Высшего Арбитражного Суда РФ.
Высший Арбитражный Суд РФ рассматривает: экономические споры между Российской Федерацией и ее субъектами, между субъектами Российской Федерации; дела о признании недействительными (полностью или частично) ненормативных актов Президента РФ, Совета Федерации и Государственной Думы Федерального Собрания РФ, Правительства РФ, не соответствующих закону и нарушающих права и законные интересы организаций и граждан.
Территориальная подсудность разграничивает компетенцию арбитражных судов одного звена, т. е. краевых, областных и приравненных к ним арбитражных судов субъектов РФ. Территориальная подсудность может быть общей, альтернативной, исключительной, по связи дел и договорной.
В соответствии с правилами общей территориальной подсудности иск предъявляется в арбитражный суд по месту нахождения ответчика.
Правила альтернативной подсудности (ст. 36 АПК РФ) по выбору лица установлены ст. 36 АПК РФ.